5D09A

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase phe211ala variant
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHALSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Phe211Ala variant at 2.35 Angstroms resolution
rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d09A00
3NR0A 2EKCA 5DCDA 4XBSA 3VI2A 4DBDA 4KKXA 1H1YA 2CZDA 3W1LA 3QM3A 4U4MA 1FCBA 3NA8A 3W1QA 5BW6A 4R53A 4GUHA 2Y7DA 2C1HA 4RJEA 4QQ3A 1JCJA 3ATYA 3P81A 4JTSA 3DI1A 1I2RA 3KVKA 4QSHA 4ZQCA 3M5ZA 4AHQA 4M7SA 4JXCA 3LRMA 3NL5A 1GJPA 4NJKA 3NDOA 4MFDA 1H60A 4O0ZA 3M9YA 2E5CA 1EA0A 2ALDA 1RVGA 1GYLA 3EWWA 3P8IA 3W2UA 5CG7A 3DFOA 1D3HA 5D02A 3THQA 2Y63A 4DPQA 4TO8A 3PB0A 4JEQA 4FXRA 3UXDA 2RHGA 3S1WA 3ELFA 2YCEA 4MJMA 3CU2A 3OIXA 3IIZA 5C54A 4O1DA 5D2VA 4EF8A 2A6NA 3TUUA 4IXHA 2CLMA 3HG3A 1SW3A 4WOQA 3H54A 4JDYA 5I3FA 2OMAA 3EWUA 3HGJA 3W2KA 4IGHA 4GRSA 4IWWA 4JTLA 1GG1A 3RFAA 2X30A 2B7NA 1OFAA 3IEBA 4DQWA 4O54A 4PCFA 1VLWA 2CLEA 2I14A 1G4EA 1FDJA 3CHVA 1JCLA 3QC3A 4O52A 3HBLA 3LCIA 1GOXA 1HO1A 1VZWA 1F76A 3C56A 3RLUA 4UIOA 4UNKA 3ANYA 4IMDA 1KFJA 1R47A 4UTIA 4AF0B 4JTGA 4UFMA 1LOQA 2GUUA 3GB6A 3HG5A 2X2GA 4IMFA 2ZTJA 2NX9A 4WOZA 3M5VA 2CLLA 3TKFA 1YDNA 3NL2A 4NNCA 5LGZA 2QCHA 1W3NA 4TIMA 1MEWA 2HSAA 3NZ1A 1C8VA 4AVFA 4N9CA 1FBAA 4JIPA 4M6QA 4QAIA 3TFXA 4KFOA 5D2WA 3B06A 4GE8A 3W2LA 1SO5A 2DZSA 4RZ4A 4WY0A 4W9TA 3IVTA 3ABRA 2WSYA 5AYYA 1BWLA 3IV3A 2CZ5A 5FF2A 3EX1A 4FIRA 3HB9A 5CZ0A 2XN2A 3S9YA 2QUUA 1DVJA 3UWVA 5HNRA 5K4ZA 1C29A 2CU0A 2BTMA 3QH2A 3C2RA 3O16A 3WFAA 4A29A 2JKAA 2O7QA 4PL1A 1SFLA 1Q6QA 3PSWA 4PH6A 1TV5A 5FF7A 2HS8A 4LUIA 1VR6A 4HNVA 1OFEA 2NV1A 1TV7A 1FCQA 2ZRXA 1MSSA 4WJEA 4NZFA 5DY3A 3G1FA 1XUUA 3E49A 3GVGA 3W75A 3QW3A 4IMEA 3BLEA 5MHBA 1TRIA 1RQEA 2NUYA 2ZZ5A 1OFBA 2Y7EA 4LVDA 3TE9A 2G5WA 4RZ6A 1QFEA 3C2VA 1WDWA 4ZVJA 3STCA 3MP5A 3W73A 3I7SA 3PBWA 2TRSA 4JGDA 2Y7GA 5AHLA 4FNUA 1OF6A 3EX6A 4A21A 3NEVA 1G4PA 4EOUA 1DBTA 3NOEA 2BLEA 3W1TA 3MHFA 1EP1A 5DXYA 1DJQA 1G4SA 5HR7A 4HT3A 1KM5A 5L6UA 3NQFA 3A5FA 4E0CA 3I65A 2PCQA 3EWYA 3SW6A 1V7YA 1W54A 4UFIA 3L21A 3T55A 1RD5A 4O1AA 4GUIA 4JX5A 4LV9A 4H3DA 3C2FA 4TMCA 4NX5A 4UTJA 2WO5A 5T26A 1Q3NA 3A22A 1SO6A 1I2PA 1L6WA 2DZTA 3W2MA 3A9IA 3W1PA 3LI0A 2QF7A 4Z0JA 4UTTA 2XN1A 3S6DA 5HR6A 3A24A 1ML1A 1W8SA 1XCFA 3W74A 3EXTA 5DN1A 1VCFA 5BMXA 4M6VA 3VNDA 3W3OA 3O1NA 1L9WA 5D03A 4NXSA 1S5WA 3LLDA 4Z1BA 1Z42A 1R46A 5DBUA 1QR7A 2A7NA 3CQ0A 4O4WA 1I2OA 1NF0A 5HUOA 2X1RA 3ABQA 2W79A 3HPXA 1TIMA 2Z6IA 1TO3A 5AYZA 1TPB1 3DAQA 2P0OA 1G67A 3RK8A 5D33A 1O95A 1KA9F 1HL2A 2QDHA 3JRKA 1GZGA 3BV4A 3W71A 1W1ZA 2DP3A 3Q94A 3HPZA 4OV9A 5LZLA 3HGRA 3TROA 4LV4A 2W6RA 4CCCA 2QCLA 4N6EA 3PM6A 1SZEA 2FLIA 1DV7A 4R7JA 2ZA3A 1DQWA 1F74A 2RDTA 4DF2A 1EPXA 3G1DA 1T99A 3M5XA 2J9ZA 3EX2A 1KM0A 1NVMA 1KFBA 3W83A 3HMJG 3DHFA 2DZWA 2Z6JA 4AHPA 3G3DA 2WPBA 3G1VA 2B7PA 3GDLA 4N9EA 1H50A 3VKJA 3W1RA 4O10A 2ABAA 1OX5A 4HNNA 3BLFA 3CM4A 1H7OA 4JICA 1L6SA 1O94A 3NGJA 1SZFA 3LHYA 4I7UA 1XDLA 3BGGA 4JY8A 1A5SA 4MFEA 3BW3A 3TSBA 3M43A 3MO7A 5G1TA 1RQBA 4R33A 3TSDA 4O28A 4GFSA 2CWNA 1LBFA 1ME8A 2V5BA 1KTNA 1KTBA 3TNOA 1QPNA 1N55A 3NYZA 5DCEA 2BWGA 4GUFA 3PUEA 2E5DA 3R2GA 1KV5A 3W7OA 1KM4A 4AWSA 2QUVA 4BF9A 4PODA 2C0AA 3PG9A 4UMCA 2DU2A 3A5VA 1KBJA 3G0UA 1LDCA 2ATSA 5D38A 1F05A 2HMCA 2ZRYA 3LV6A 1SU5A 2J88A 2QR6A 3B0PA 3S0CA 1XM3A 5AN7A 1C9DA 5LHEA 1VYSX 3W7RA 5F4SA 4RR4A 3QPZA 3OVQA 3USBA 3B0UX 1X6UA 3B0VC 1W3IA 3DBPA 3E9AA 3GX9A 2BXVA 5G1YA 2QCCA 5J5RA 3LRLA 3STFA 1PCWA 1S5TA 3QJAA 1VGAA 4XUGA 3Q37A 1Q6OA 2QCFA 1M7PA 3GDKA 1YLVA 4E38A 2A0NA 4UMAA 3IIVA 5KMYA 3GDMA 1TREA 3EWZA 3NL3A 3EXRA 1KFEA 4CQAA 3G0SA 2VKZG 4EVZA 3GXPA 1GTHA 4HSNA 3Q2DA 1JUKA 4FNSA 4FIQA 3GDTA 2OT1A 3P5YA 3FYOA 1OFRA 2Q3RA 4ALDA 4XZ9A 2E68A 1T0OA 4JTTA 3TA6A 2QJHA 2Y70A 4QM1A 1LOLA 7TIMA 2NUWA 2JGQA 2OJPA 3U8GA 5KSWA 3HJZA 3QYQA 5KZEA 2ZZ4A 5FEPA 3PUDA 3W76A 1QDSA 4K7YA 1TQJA 1YTDA 1H7WA 4POCA 3QFEA 3GK0A 3GKFA 4ADSA 3B05A 3LCFA 4AAJA 5FEWA 2CLHA 5HQEA 3DI0A 5EYWA 1ALDA 5F1UA 4K38A 3PY2A 1N8FA 4N9DA 5AHEA 3WJSA 3E96A 2AGKA 3CT7A 1M7OA 3G24A 5IBXA 3W72A 1QWGA 2QCNA 5ABTA 3N3MA 2FTPA 4ONVA 5GVJA 2ZQ0A 4JYEA 1UASA 3TIMA 4UTWA 3LXBA 1GTEA 5D2XA 3M0ZA 4OBTA 4JR5A 1TQXA 8TIMA 1VH7A 1KBIA 4PTNA 1VYRA 2A6LA 2GOUA 1TPWA 4O11A 4O18A 4YCOA 2GQ9A 5K9XA 5CPLA 1N7KA 3U2OA 3I7QA 2C3ZA 4OU1A 5D2YA 1I8JA 3ABOA 4TR9A 1DKWA 2A2IA 4JNMA 1H61A 3FFSA 4ORIA 3W7HA 4H4IA 3L0NA 3CIWA 3EX3A 3KAOA 1OFDA 1JUBA 3L68A 3C6CA 5AC7A 4XKYA 1K8ZA 3PBYA 1KM6A 2J27A 2TPSA 2V2DA 2WQPA 3NNTA 4DEFA 4WQ6A 1NAL1 1IF2A 4O8RA 5LGXA 3I68A 3FEMA 2TYSA 4GBUA 1GVQA 1JVNA 3P8JA 5LNWA 4HHPA 3MI3A 2F7FA 4BR1A 3A21A 5AHFA 5AHNA 3KRZA 1QAPA 3M6YA 2E6FA 2C14A 3S1UA 2V8ZA 2VFHA 5DCBA 2E6AA 2CLIA 4KFPA 1R2SA 3OA3A 3RF9A 1SFJA 1DOSA 5E0KA 1VHNA 1D9EA 1PVNA 6TIMA 3E12A 2BX7A 5TIMA 5LKYA 3OHIA 3LCGA 4K39A 2Y61A 3HF3A 4Q32A 5AHMA 2CLOA 1EP3A 2YPIA 2DZPA 3U6WA 1J4EA 3LHZA 1ICPA 3W9ZA 4ORMA 3MI2A 1QNVA 1TPC1 4HNTA 5CSSA 2FIQA 6ALDA 2PURA 1EX5A 3ZWTA 4MLJA 2I9EA 2QJIA 4N02A 4DO4A 4C1KA 3LBMA 3N9SA 3GKAA 4MZ8A 4DO5A 1F7BA 1FUYA 1W56A 4JTFA 3SECA 5C5YA 4U28A 2YX0A 1BTMA 3GDRA 4AXKA 3C4UA 1YXYA 3JS3A 1GEQA 3N19B 4LT9A 5EBUA 3W7QA 2V9DA 2QUTA 2WKJA 2QCGA 3P7YA 4LRSA 3FJLA 1KM3A 1XUZA 1MO0A 4N6FA 3T7VA 3YPIA 1OABA 2V30A 1OYAA 3EWBX 4GJ1A 3BG3A 5EA9A 4CNNA 3G18A 3GLCA 4LVFA 3DU0A 1VS1A 3IGXA 2GQAA 1OHLA 2JGYA 4FB7A 1ZAJA 1P0KA 2H3DA 3NG3A 4MVAA 5HWJA 4R34A 3THAA 4BWLA 1ME7A 1WBHA 2Y6ZA 1MXSA 3TU9A 1YTKA 3UWWA 1NEYA 4JY9A 5FEXA 1B4EA 3MWAA 3SI9A 3LV5A 1BWKA 3NQMA 3NZRA 4WY0B 2J9XA 4GXMA 3JR2A 2ZZ7A 3TMLA 4FF7A 4AB4A 3WJWA 3NQCA 3N2MA 2RDUA 2VFIA 4GNJA 1TTPA 3W7MA 3O15A 4YLWA 4DXVA 5G2HA 2FDSA 3QPYA 1GPWA 2YYUA 3W84A 4FEZA 3PUOA 3C3NA 3R89A 4LS2A 1VPXA 3TC7A 5F2LA 3QZEA 4K6AA 4RV8A 1SZNA 3UZJA 4CNOA 2WJZA 1MEHA 1SUXA 1FWRA 2NX1A 1X8FA 5EPDA 4UR7A 1F2JA 1XI3A 2E6DA 2VFGA 2Y62A 3PG8A 1WAUA 1TTQA 3RMJA 1A5CA 2B7OA 2ZZ2A 4NVTA 4JTUA 4UTTC 3GNNA 1QOQA 3BGJA 1W37A 1JJKA 4O17A 1SW0A 2Q8ZA 1MZHA 2YZRA 2Z2UA 4B5NA 3KVLA 4CCDA 2RDWA 1THFD 2RKXA 1FQ0A 3HQ1A 4O4VA 5SWUA 3GXNA 4PC8A 3WJXA 2ZRWA 2ZZ3A 3MUXA 3C2EA 5U7SA 2E5BA 2V81A 3M47A 5K2ZA 1FWNA 1TTJA 4IPJA 1VQTA 5HINA 4IMGA 2CZFA 2CFFA 4I7VA 3I7RA 2Y89A 4UC5A 3W2NA 4O1BA 1U83A 4I7WA 4NX0A 4RK8A 2GJNA 1W31A 1L6YA 5HJLA 1SPQA 3G1AA 4FNRA 4IUOA 3MHGA 3MP3A 4FX7A 4UTHA 5F4WA 4JTHA 3UY7A 4OQVA 3P62A 2J24A 2CLKA 2QKFA 3L9CA 3DXIA 3IRDA 4QNEA 3P84A 2H6RA 4Z1AA 4ZQNA 2EHHA 4HIBA 5CGQA 5D37A 3LHTA 1U5JA 1JRBA 3TC6A 4UTUA 3PWAA 1HFBA 1RR2A 1H62A 1Z41A 3L5LA 2R8WA 1Z44A 4O57A 3NQVA 2JKPA 1LP6A 1O5KA 1UJPA 2ZZ1A 3LGEA 1K03A 2FQIA 1M6JA 3CB8A 3IIOA 1LZOA 3N73A 1QPQA 4Y6GA 3FA5A 3NPWA 4EWND 4RX0A 1UB3A 1WA3A 5E1QA 1TPDA 4UTMA 5CPMA 1IXOA 3LERA 2NV2A 3LHUA 4YCPA 2DZUA 3TW7A 5EL1A 2H8XA 3S1XA 3VFLA 2GVJA 3L67A 1QMLA 1D3GA 1SO3A 1VLIA 2ZDRA 5LHFA 3O6DA 1LBLA 3NQDA 4ZZ9A 3TMQA 1G6CA 1XBXA 5AB3A 1I2QA 1ONRA 4O53A 5F2IA 4OGZA 2GPTA 3W1AA 4RLIA 1ZCOA 3NQ6A 1XBYA 4UFKA 3W7IA 5F2MA 2G95A 3W6YA 3G1HA 3M41A 5DELA 4MUZA 1QPOA 3LTSA 5KITA 1IGSA 4ZQRA 4DF0A 3O06A 1EB3A 3TJXA 3BK0A 5DXXA 4LC8A 3DENA 1PS9A 3KHJA 1K02A 3MYPA 3N34A 5H2ZA 4Z08A 5D09A 4NT0A 1W5NA 2VFDA 2DJLA 4IX0A 3G22A 4MY8A 4A3UA 2G97A 3UPBA 4FX8A 1IIHA 3UPWA 5EMUA 1AW2A 3INPA 5KINA 3B4UA 3P5ZA 2ISWA 3MW7A 3W88A 1WX0A 1UCWA 2FPVA 4O16A 3C52A 1FXQA 4NJIA 2RH9A 1K8YA 2Y7FA 4O1CA 1K7XA 3KVMA 3F03K 1DL3A 3WJZA 1WYIA 4DF1A 2DJXA 2E77A 2ATMA 1GT8A 4WD0A 4MPQA 3T44A 4BK9A 1P1XA 3B04A 3QF0A 5U4NA 2I1OA 3V1PA 1FDYA 1ZNNA 3H53A 3W1UA 1GVFA 2ZA1A 4IOTA 3L0GA 1EP2A 1YXDA 3LHWA 4KFNA 3W7EA 3CEUA 3P67A 4ZQMA 1PCKA 4A22A 2PC4A 3P60A 3DFPA 2NWRA 4LU0A 3LTPA 4LVGA 4QJ1A 4JYFA 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 5F1V A;  3DKL A;  1TPH 1;  2NLI A;  3HGS A;  3UYC A;  3PBV A;  1OJX A;  2TSY A;  3PF3 A;  2VFE A;  1KM2 A;  4ICN A;  2WSQ A;  4QIT A;  3S5Z A;  4FNP A;  3KRU A;  1H5Y A;  1OF8 A;  3WJY A;  3NPU A;  1LRN A;  4YMZ A;  3AO0 A;  1T8X A;  4N4Q A;  3SGZ A;  1RZM A;  4LOC A;  2ABB A;  5AC8 A;  1H7P A;  1KTC A;  1QOP A;  3LCL A;  4JD4 A;  3W7C A;  2NZL A;  2H90 A;  5LNV A;  2P1F A;  5KZM A;  3R12 A;  1VRD A;  2ZA2 A;  1GQN A;  3GYE A;  1T96 A;  3LDV A;  3G1Y A;  3KOF A;  4RCX A;  3NQG A;  2RFG A;  2C13 A;  1IXQ A;  4O13 A;  5IM5 1;  2ZRU A;  4ADT A;  1ZEN A;  4M7T A;  2CW6 A;  3LRK A;  4YWI A;  3BAR A;  1I4N A;  3IIP A;  3TV8 A;  2J6X A;  1ZY9 A;  2R94 A;  3G8E A;  1LCO A;  1OX4 B;  3N14 A;  1YAD A;  3C0J A;  4LVA A;  2EAW A;  3ATZ A;  4LWW A;  3HOJ A;  3R13 A;  3QQ1 A;  3AJX A;  4N9B A;  3BLI A;  4WZH A;  3LHV A;  4YL2 A;  2W0U A;  5HUP A;  1OVD A;  5K4X A;  1LBM A;  3Q58 A;  3NPV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5DCD A;  1HF6 A;  3RUB L;  1PUD A;  4XBS A;  2CPU A;  4BZY A;  4R53 A;  3I3B A;  4RJE A;  3N4E A;  4LCR A;  2XGB A;  3KVK A;  4QSH A;  4L6D A;  4JXC A;  5D4Y A;  1GJP A;  3NDO A;  2E7F A;  2PDW A;  1H60 A;  3TTQ A;  1FTX A;  2OFJ A;  2WWC A;  4F2T A;  3EWW A;  1Q2S A;  2AKM A;  2DEP A;  2Y63 A;  3PB0 A;  4FXR A;  3UXD A;  4GH1 A;  2RHG A;  7REQ A;  1BXC A;  2XWD A;  4H00 A;  5C54 A;  3N4A A;  1V6Y A;  2IKI A;  4IP5 A;  5A6K A;  1SW3 A;  1POJ A;  3H54 A;  1VEO A;  2IS7 A;  4JDY A;  1W9X A;  2J7C A;  3SCS A;  2OMA A;  2XVG A;  4IIG A;  4X60 A;  1IWA A;  1CGX A;  4J3X A;  4EP8 C;  4HPG A;  1BLI A;  3SN4 A;  1JZ3 A;  1G4E A;  3QC3 A;  4LAU A;  2B81 A;  4W93 A;  1GOX A;  1E6S M;  1V77 A;  3C56 A;  4F0M A;  2I5I A;  1BRL A;  4MF4 A;  5A6A A;  3ABX A;  1JPD X;  3CMG A;  3ANY A;  4JTG A;  2GUU A;  1P0E A;  2OLH A;  4EAM A;  2TOD A;  1QI3 A;  2X41 A;  3CAS A;  3M5V A;  4AYS A;  3C0L A;  3CZ8 A;  2BNJ A;  3KRB A;  1QOX A;  3AMK A;  5CEW A;  4DHG A;  4AVF A;  3A47 A;  3G5E A;  4QAI A;  5A8Q A;  5A95 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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