5D09A

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase phe211ala variant
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHALSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Phe211Ala variant at 2.35 Angstroms resolution
rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d09A00
3M7WA 3MUXA 3Q2DA 2A6LA 1VLIA 4ORMA 4O13A 2QDHA 3PVFA 1F5ZA 2OCZA 4QIUA 1YDOA 5H91A 3N3MA 3ZWSA 3KAOA 5E93A 1A53A 1XCFA 4N9DA 4ZQPA 1GYLA 1N7KA 3W1LA 1BWLA 4FB7A 3BLIA 5BW6A 5KZEA 1EP3A 2E6YA 3B0PA 3G24A 2YW4A 3UNDA 4UIOA 4O1CA 4DPQA 4M7SA 4ZVJA 3W7IA 2DZVA 2E6FA 3Q58A 1P5BA 1H1YA 3AJXA 4Y90A 2D73A 3W1UA 4LVAA 4DO5A 1LDCA 3O1NA 4AHPA 4FNQA 4IJBA 3SI9A 2Y85A 3FFSA 1KA9F 3LHVA 1KLZA 3LTSA 3RNDA 3IIOA 3L66A 4LS2A 5TIMA 4JR5A 3LBCA 4POCA 1W5MA 3GR8A 3WJWA 3W7MA 5K4XA 5FEPA 4A2SA 5I3HA 1KFKA 1LOQA 3NNTA 1SO5A 3LHYA 3L5AA 4ZQMA 4BR1A 1W54A 4LV4A 4JTEA 4PCFA 4C1LA 1Q6QA 5T26A 4NJIA 1I2NA 4MYAA 3BPWA 3LV6A 1ZALA 1K8XA 3TFCA 2C16A 3SW6A 4BWLC 1GG0A 4JGDA 1LYXA 1VHCA 2ABAA 3G0UA 3RFAA 4JDYA 3FIGA 4KFNA 4IMCA 5FEXA 1EP2A 1SUXA 1TPVA 1MEIA 2X30A 5BOOA 3W7RA 4LUJA 5D38A 5J5DA 5LNWA 1JCJA 4CCDA 3EX3A 2BXVA 5EYWA 1GVOA 1OF8A 1IGSA 3HPSA 4MVAA 3S1UA 4DF1A 3VI2A 1W8SA 4MLJA 4WXZA 3VCRA 3DFSA 1EPXA 3C2RA 3GAYA 4JTGA 1JR1A 2ZZ5A 3LRLA 4RZ4A 1LBFA 1S5WA 3GK0A 1GVRA 3MHUA 5LHEA 1OABA 1GTHA 3C8FA 2BLEA 4FIRA 3JRKA 1D3HA 3WJYA 4O19A 1OHLA 2KZHA 1IIHA 3IVTA 1XI3A 4WY0B 4K7VA 1B3OA 3THAA 3HGOA 3HO8A 5G5IA 2NX3A 1I2RA 2UV8G 4LVDA 3QFEA 4CQAA 2VEPA 2X1SA 1YTDA 3QQ0A 1OK4A 2A7NA 3E02A 4N4PA 1JULA 1SO3A 5CPMA 3G18A 3L21A 2NWSA 3DFTA 3A9IA 3M5YA 2QUVA 3O6DA 4ICNA 1O4UA 1FCBA 2EGZA 2QJIA 3W1NA 3UXDA 2YXGA 1WBJA 1FWTA 1F74A 1G4PA 1DQXA 1I4NA 1WOBA 5I3GA 1SFLA 4WOQA 4XQ6A 3BG5A 3GDRA 3L2IA 2NXHA 3TXZA 2ZRWA 3MO7A 1R47A 5K9XA 5HUOA 1F05A 1RQHA 1VYRA 3TC7A 1FDYA 4UUIA 5AHMA 1YTEA 4TR9A 5F2LA 2DZTA 3QW3A 3TJXA 4HIBA 2VFGA 3MP5A 2ALDA 2NV2A 5CKSA 2B7QA 5D2VA 2ATMA 3W1MA 4PTNA 1YXYA 3LXBA 2IQTA 3L5LA 2Y6ZA 3EWBX 3N14A 1DOSA 3NQMA 3PAJA 2E5BA 3HOJA 4ZQRA 1AL8A 3G8RA 4WQ6A 1F7BA 4JS3A 4XTIA 3TX9A 3DKLA 3NXFA 1MXSA 3BW4A 3L9CA 3P82A 4KWWA 4R7JA 2HSAA 3QJAA 3KRZA 3OEXA 2JGYA 1V5XA 1LORA 1XDMA 2FB2A 4RCXA 2HS6A 1JCLA 4FX7A 1QCWA 1XUUA 1TV8A 2XFWA 3L5MA 1HO4A 1H7PA 1KFLA 1FXPA 5BNKA 1GPWA 4GUJA 1F76A 1H1ZA 1TIMA 1TB3A 4A2RA 3G1SA 3T40A 1WDWA 3G1HA 4BI6A 4KKXA 4BI7A 5K3VA 1F6PA 1H50A 2R14A 4UTIA 4AEOA 1LZOA 2DZWA 4IMFA 2WJZA 3BLEA 2NX1A 2BWGA 1WA3A 4OV4A 4K8HA 2RDUA 1LLWA 1LOLA 1OYBA 3C56A 4WZHA 5FF4A 3IRDA 4M5PA 3HJZA 2OZ0A 1I2PA 2DP3A 1K8ZA 4QAIA 1JVNA 3E49A 3WJXA 3CU2A 1B57A 3GNDA 4Y8FA 2CLLA 5CGQA 1TCDA 2GJLA 5K4ZA 4UTMA 2I14A 3P74A 5HWJA 3GX9A 3AO0A 4PH6A 5G4EA 3E9AA 1BTMA 3GDLA 3W74A 5BRBA 3TSBA 4DO6A 4W9TA 2I1OA 3G8EA 4EVZA 1SZEA 2NWRA 3DU0A 4UR7A 4BF9A 1FWSA 4GUFA 5AHEA 4ONVA 1NF0A 2DJXA 3QMRA 3S0CA 2E1DA 2E6AA 1XBYA 1H7NA 2V2CA 4JTHA 2J24A 1JJKA 5KZDA 2FIQA 1KBIA 2QCFA 3EXTA 1C8VA 2ZDRA 1TJPA 2TPSA 2Y7FA 4O52A 1KFJA 2TMDA 2OT0A 3B03A 4LRTA 1XDLA 2CLIA 2E77A 3H54A 5HNRA 4XTDA 4IPJA 2E5DA 1P0NA 4MZ1A 3S42A 1QPNA 2ZZ7A 3LOTA 4PEKA 2AAMA 4AF0B 3BW3A 1HFBA 4EWND 1U83A 1X8FA 3NPVA 3R89A 3BLFA 4O57A 4BK9A 3M1ZA 4XKYB 2CLHA 3MJYA 2GUUA 2BSLA 3C2EA 1KV5A 1ZY9A 3NOEA 1SO4A 1P0KA 2ZTKA 1FCUA 3GKFA 3TXVA 2A21A 4XBKA 3GDMA 4LRSA 3P80A 4AWTA 4FO4A 1I8JA 5CG7A 2E68A 1OFRA 3W73A 2J27A 4NVTA 2ZZ1A 2P1FA 2Y7GA 1TV7A 1IXQA 2ZFAA 2PRLA 2FTPA 3LRKA 1Q6OA 3QSRA 3MI6A 5EL1A 3TSMA 3A24A 3DI0A 3ABSA 1SFJA 2G97A 2R91A 1SW0A 1DVJA 3S5NA 3IGXA 3GR7A 4S2CA 2NXGA 3FA5A 1G4EA 3TR2A 2DZPA 3K30A 4MLRA 2Y62A 4JIQA 4NQ1A 4M6PA 2C1HA 4HPXA 1YTKA 1EIXA 2HMCA 1DORA 3NQ7A 4JTSA 5CZTA 5AOUA 1W3NA 1GQNA 4E2DA 4JTLA 3TK7A 1OX6A 3P7YA 1QFEA 3STEA 3BW2A 4MKNA 2WSYA 1FWWA 1ZHAA 3O63A 1AK5A 1BEUA 1KM6A 1XUZA 4WJEA 3ANYA 5LHFA 3W2LA 1L6SA 4RZ6A 1H5YA 3W7HA 3A5VA 4WUIA 5K9DA 5HR7A 1R2TA 1JUBA 4UFHA 5K2ZA 1M6JA 1SU5A 7TIMA 3OVRA 1LM1A 1QO2A 1EB3A 3NG3A 2GQAA 2X1TA 3O05A 3GB6A 3S1WA 1G7UA 1B4KA 3PG8A 3DFPA 3KX6A 4K37A 3G1DA 1T96A 2QR6A 1MSSA 4RV8A 3UZ5A 2AGKA 3I65A 1JUKA 3CIWA 5G2IA 1KFEA 2ISVA 3FS2A 1UUOA 1KFBA 2VXNA 2P10A 3DFNA 3W1XA 1K02A 3KRUA 4UFJA 2NV1A 1PE1A 4JN6A 1FY6A 4OWGA 2ZRYA 3UYCA 2VKZG 1W0MA 2CW6A 4X22A 5FEWA 1VH7A 1MO0A 2OT1A 5TQLA 3SJ3A 2W79A 4ADUA 4Z0JA 4O1BA 2H8XA 3F03K 4GNJA 4AWUA 4EOUA 4QNWA 3A5FA 1X6UA 5KZMA 4GE8A 1TPH1 4AHQA 4AF0A 3HBLA 1WX0A 4JICA 4NJKA 4M6VA 4YL2A 3MI2A 3FEMA 4JY9A 3GDTA 4I7WA 3C2OA 3DENA 3UQNA 4MJMA 3NL3A 4MUZA 5CZ0A 1O94A 1QOQA 5LGXA 1K7XA 1JRBA 4J9JA 4UMAA 5TBOA 2F7FA 4IOTA 4Q33A 3BG3A 3WK0A 5A8GA 2A6NA 3B8DA 2JKPA 3H55A 3NM3A 3W76A 3W7GA 3T4CA 2QCNA 3PC0A 4L4LA 2VEKA 3QM3A 1W1ZA 1OJXA 2Y7DA 1FWNA 2NXIA 1FDJA 4LU0A 3DGRA 1L6WA 5AN7A 2A4AA 1FBAA 1MEWA 2QCDA 5HULA 5C5YA 5A5WA 2I9EA 3LTYA 4IWWA 5I3FA 1GTEA 2CLOA 4PC8A 1LRQA 4R53A 2YFOA 1K03A 3SZ8A 4P2VA 3EX1A 2A7RA 1K7EA 2X16A 4O17A 4UTTA 4K8EA 5HMSA 2QAPA 3OG3A 1BWKA 2JBMA 2JK2A 3Q37A 1TSIA 3GIYA 3CHVA 2FDSA 3EWWA 4TMCA 4JTIA 2PCQA 4M19A 3G1AA 2XN1A 5LGZA 1VCVA 3NQCA 3EWYA 1FCVA 2ZA1A 1VRDA 4UNLA 1TTJA 5KMYA 3TW7A 3R13A 4LC8A 4MIMA 4ALDA 3O16A 1XBVA 1B4EA 2X1UA 5U7SA 4NT0A 5F1UA 2FJKA 3G0SA 3RLUA 4CLMA 1WBHA 3O15A 4Z1DA 3DFQA 4N2YA 1OFPA 1T0OA 3NPWA 4PODA 4AAJA 3P5YA 2NLIA 4PL2A 3HB9A 1JQXA 2WO5A 4Q32A 1ZAHA 1FCQA 1GVSA 1H7RA 3TCEA 5F4SA 3W7JA 1TQXA 3DXIA 3EB2A 3W7CA 2YZRA 3NQFA 3W7LA 5F4XA 4CNPA 3S1VA 1DV7A 1N8FA 1IXNA 3UWUA 2VFDA 4N4QA 5HR6A 4XWUA 1RQBA 3W2NA 4L4MA 4S2BA 4HN4A 4NZFA 1KTBA 4N02A 3A23A 1TRDA 3LM7A 4EF8A 2AQWA 3W1AA 3QPZA 1OX5A 1OX4A 5HWMA 4O11A 1JCMP 1G4TA 2VENA 4LVFA 4OE7A 1O5KA 2TYSA 1SQ7A 2CU0A 3W87A 3MBFA 1YXDA 3QH2A 4LUIA 3L0NA 2VELA 1EUAA 4WY0F 4LWWA 3UD6A 5DN1A 1GZGA 3TUUA 1WQ5A 4IXHA 1G6CA 5HWNA 4TU1A 2E09A 1W5OA 4JYEA 4DBDA 4GJ1A 1KBJA 2WV8A 3WJZA 1H7OA 3GVGA 1SZNA 3STFA 2VFFA 4O14A 3LDVA 4MPQA 3UZJA 2PRHA 3SGZA 2CZFA 3S6DA 4RXGA 1K7FA 2ZZ4A 2QAFA 3TNOA 1TYGA 5D37A 4A29A 5AFDA 3TQKA 1ZCOA 3ELFA 3PUEA 4QITA 3HG2A 4O16A 3CTLA 3W70A 4DF2A 2A85A 3QQ1A 4UTTC 1S5VA 1TTQA 3JR2A 4HKPA 4PL1A 3HGRA 1IIGA 3QZEA 4DBEA 2E6DA 1ZNNA 4FNSA 1Q6RA 2C6QA 1W56A 4HSOA 5AHIA 3C2FA 2W6RA 4HSNA 4X9SA 4ZMGA 2CZEA 3PSVA 1QR7A 1OFBA 2FPTA 2VOMA 1R30A 2J88A 4Y9AA 3CEUA 5GVJA 1TPB1 3NQ6A 4FX6M 4S1FA 4M6QA 2GVGA 2YGYA 5DCBA 5IBXA 4BFAA 1KM4A 2C15A 3PUDA 1F6KA 4YCPA 3MP3A 1FUYA 4GXMA 5FF3A 1DJQA 1PHQA 3LHWA 1XXXA 1GYNA 1VPXA 3TE9A 1VCFA 4MFEA 4GC4A 5DXYA 3TU9A 3LLDA 5KTLA 3MHGA 3G1XA 2F84A 4AWSA 3WJSA 4NXKA 3TA6A 2ZZ6A 5D33A 3TAOA 3UPWA 4CQ8A 4O15A 3OHIA 4DXVA 4A22A 1UBSA 1PV8A 4GBUA 1CW2A 4HNTA 2ZRXA 2CLKA 4FXRA 1VZWA 2PRMA 2QCLA 1R2SA 4O4VA 4LS0A 2RFGA 1V7YA 4JX4A 1EWEA 1W5PA 4N9EA 1OF6A 1QPOA 3SY5A 2HS8A 3IGSA 4O12A 3O6CA 4FNRA 1SPQA 3TKFA 2WNZA 2A0NA 3BGGA 1TPUA 2CZDA 2DJLA 3NGJA 1H60A 3P60A 4LV9A 3NZRA 1OYAA 5D03A 1L9WA 3QF0A 5AYZA 1RV8A 4AXKA 4UFKA 4MJZA 4E2BA 1U5JA 4KFPA 1IXOA 2TRSA 3PB2A 2DZUA 3QEZA 3HG4A 1VJIA 4KWVA 4GUIA 4R33A 3DAQA 3UY7A 4HNVA 3GKAA 2VFIA 4ZQCA 2LLEA 1NVMA 4MYXA 2B0MA 2B7NA 3O6YX 4CNNA 1FXQA 3SSJA 4JTFA 4AHOA 1XFBA 3W86A 1R46A 1Z44A 1VHNA 5C6MA 1YADA 5D04C 5G4WA 5EBUA 5J5RA 3NDOA 5CZJA 5HUPA 3G1FA 2YPIA 1RPXA 5EMUA 1G7VA 1KM5A 1T99A 3NQ2A 1M7OA 1H51A 4AMAA 4NNAA 3TQ0A 1CX9A 3W7PA 4FHAA 3PBUA 5D02A 3EX2A 3W7QA 4TIMA 1GVFA 5D09A 3W1PA 5LKYA 5H2ZA 4RX0A 2V82A 4LY8A 5G2HA 5IBXC 4N9CA 2H3DA 3FKKA 4UC5A 5FF7A 1Z48A 1QAPA 2Y7EA 2ZRZA 4FNTA 1N55A 3C0JA 1A5CA 3UWYA 1ML1A 2TSYA 3C52A 2V2HA 3NQVA 1I2QA 1LRTA 1YXCA 4O4WA 1PIIA 2CFFA 2VEMA 3NR0A 3HPXA 1EP1A 3EKZA 3KHJA 1YDVA 3PBYA 4H3DA 1EWDA 4XUGA 2YW3A 4NU7A 4MY9A 1AMKA 3CT7A 5G1TA 3QMSA 1XM3A 4O50A 1AL7A 1XC4A 2CLMA 3NQAA 1MZHA 3ZFHA 3PB0A 4LNYA 3VNDA 3E12A 3P8IA 2H6RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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