5D2T | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	258
structure length	251
Chain Sequence	AKRIIAALIVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHGGAGKMEHFLEAFLAGADAAKANSVLHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__075212503911569__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__075212503911569__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5D2T/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__075212503911569__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"075212503911569","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5D2T/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__075212503911569__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00e9ba442a1c6acfe3ddee/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00e9ba442a1c6acfe3ddee/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00e9ba442a1c6acfe3ddee/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00e9ba442a1c6acfe3ddee/pdb.gz): 345 ms

reading 251 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

251 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:250});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein, lyase
source organism	Synthetic construct
publication title	Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 Wild Type rcsb
molecule keywords	De novo designed kemp eliminase KE07
total genus	93
structure length	251
sequence length	258
ec nomenclature	ec 4.1.3.-:
pdb deposition date	2015-08-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5d2tA00

2A85A 3W9ZA 4E38A 3B03A 3FJ6A 3NL3A 3C0JA 4LU0A 3A23A 4BWLA 5AHIA 3TSBA 3EEGA 4JYDA 4EWND 3HG5A 1GEQA 3W7IA 3HF3A 3HQ1A 3F4NA 3UWZA 4A2SA 2C6QA 2J24A 2VFDA 4NJGA 3DAQA 3LCGA 3T78A 4Q32A 1W5NA 1AW1A 3GKFA 4O10A 4MZYA 2GVJA 3NXFA 2QCMA 3A21A 2ZFAA 3P8IA 2Y7FA 1S5VA 3W1QA 3G1AA 3TMLA 4BI5A 3BARA 5CPOA 2CZDA 3PBUA 3W2MA 3NL5A 4H6KA 1SZGA 3MW7A 4HPXA 4S2CA 3E9AA 1FWRA 3R89A 4O1CA 4JN6A 4LV4A 1ME9A 4N6FA 3W72A 3MYOA 2B0MA 2Y6ZA 4CNOA 4OV4A 3S1WA 2I1OA 4UFMA 5FF0A 1XI3A 1KFKA 2Z6JA 3NQ7A 2NUWA 4PC8A 4AWSA 1W5MA 2Y85A 5AC8A 2B7PA 4ONVA 3KVMA 2BX7A 2GVLA 1SQ7A 3T7VA 5AC7A 4O1AA 1IXNA 1W31A 3QPZA 3IVTA 2H6RA 3PG9A 4UTTA 5F2GA 2NXHA 4CCEA 3HGOA 5AHMA 5C6MA 5G5IA 4A2RA 1OYAA 4X9SA 1YXYA 3EX2A 2QUVA 3OEXA 1K8ZA 2WNNA 3FKRA 1GTHA 1M7OA 1OABA 2OCZA 3EWUA 1YYAA 1RQEA 4POCA 1GVSA 1JUEA 1C29A 1NAL1 4UMAA 1R2SA 5AOUA 3EXSA 4XQ6A 3G8RA 3W76A 1H7PA 2DJLA 3CT7A 3TR2A 4FNQA 1KTBA 5KINA 3G24A 1B9BA 5IM51 3R8RA 1TB3A 2VENA 2QDGA 3UPBA 5F2MA 1T99A 1M6JA 1KM5A 4UXDA 1FDJA 1PCKA 1ZAIA 5G2IA 1F74A 3HGSA 4AEOA 3A9IA 1TREA 1H51A 2E77A 4K7YA 4Y6GA 5BRBA 2DJXA 3SJ3A 3FOKA 4AHQA 2VEIA 1G4SA 3LRMA 4TMBA 1OFBA 3R2GA 5EPDA 3LDVA 2WNZA 4IMFA 2H90A 2FIQA 4UNKA 4RCXA 1VGAA 4X3ZA 1FWSA 3RU6A 3HPXA 2VFIA 5AYZA 2J6XA 4Z0SA 1A53A 1YPIA 3WK1A 3CM4A 1RVGA 3L2IA 3C3NA 4O13A 1TQXA 3NGJA 1VJIA 3TAKA 4DPPA 1H7RA 1F6KA 3QQ0A 4O28A 3UQNA 3M47A 3TK7A 5K3VA 4QNEA 3TQKA 5L6UA 1JCMP 2TYSA 3HB9A 5D02A 1QOPA 2NWSA 3BVJA 1VCGA 1HFBA 3LTPA 4UIOA 1KFEA 3CPRA 3STEA 5F2LA 4Z1CA 1Z41A 3I7QA 1L6YA 5D05A 5AHFA 2RH9A 4GJ1A 3KOFA 4JTLA 1OF8A 5CZ0A 3NM1A 3G1SA 3VKJA 1W0MA 1ICSA 3M5VA 4UTHA 1A5AA 4WX2A 2DZSA 1MZHA 2YDAA 3BLFA 1FCVA 4O19A 4DBEA 6TIMA 2C19A 4KWWA 5DBTA 4DXVA 3LOTA 2C0AA 4FNPA 4UR7A 5DLCA 3KRUA 4IMEA 3ZR4A 2ZZ2A 5DY3A 3NQEA 1SFJA 3NA8A 3GK0A 3EXRA 2YGYA 5FF4A 3QW3A 2PURA 1YXDA 2ISWA 1LM1A 3SR7A 3M41A 3NM3A 5HR6A 3M6YA 5G2WA 1JCNA 1XUZA 3KRZA 5AYYA 4DO4A 4IPIA 1R30A 4NJKA 4BI7A 4O16A 4UFJA 1ZFJA 3SI9A 4NU7A 1XM3A 1K7FA 3GNNA 1KM6A 2ZZ1A 3ZWTA 5K4XA 4NZJA 1AL7A 3W75A 2QJIA 4N02A 3IVSA 4A3UA 2RHGA 3QMTA 3LTYA 4W9TA 3ABQA 3M16A 4GUJA 3CQ0A 2E5DA 3ATYA 2JGQA 2YCEA 4IQLA 1TV8A 1H61A 3K30A 1NF7A 2H3BA 2GJLA 2WNQA 2VOMA 3BLIA 2V2DA 2WOQA 4GXMA 1JQVA 2VEMA 1EP2A 1EP3A 3PM6A 5BOOA 4UTIA 2ABAA 3SY5A 1U5JA 2E6FA 4O12A 3LB0A 5DCEA 3NQCA 4GWEA 3TROA 1FY6A 2FQIA 4UFLA 3W2JA 1T96A 3NQAA 4IXXA 1DL3A 5FF2A 5IBXA 3WJXA 3GB6A 3IIPA 4RZ5A 1EEPA 3ATZA 4MFEA 2GQ8A 3PBYA 4MLRA 3W7NA 1CW2A 5G4WA 2WSQA 4MY8A 4PA8A 4UTLA 1ZALA 2CLMA 4HIBA 1LORA 4N4PA 3DKJA 3PSVA 1GVRA 4JTFA 2JGYA 3PWAA 2EHHA 1GYLA 3QQ1A 3CWNA 1T8XA 3OBKA 1TIMA 3B06A 1TPB1 4JTJA 2A5HA 1NF0A 4DF1A 3NQ8A 5T26A 2YYUA 2ZZ4A 1IXPA 1H5YA 2WQPA 3ZWSA 1HG3A 4LVFA 3SGZA 1SFLA 5CZSA 1F5ZA 3NPXA 1DORA 5DBUA 3UD6A 2NLIA 3WK2A 4Y90A 5TBOA 3IGUA 4AHPA 2QUTA 1SSDA 3NAVA 4FXRA 1LRNA 4XBSA 5CSSA 3UWVA 3QC3A 4WXZA 1Z48A 3MJYA 3N14A 4RK8A 1DHPA 1FUYA 4M5PA 4IMGA 4OU1A 3W3OA 1OFRA 1RD5A 4PH6A 4IMDA 2P0OA 2V2HA 2ZBTA 2NV1A 2TPSA 4C1LA 5GVJA 4E2BA 5KZEA 4Q33A 4WOZA 3LCXA 4AAJA 5D2WA 4DPQA 3TCEA 5AB3A 1MEIA 3W23A 3MP4A 4M7SA 3L68A 3W7HA 3W85A 1TPH1 4Z08A 3O16A 4U4MA 2ZA2A 1SW7A 2CZ5A 2EKCA 4JTEA 3BO9A 3NQ6A 3W2LA 4ADTA 3G1YA 4JTGA 5F4SA 2R94A 2YW4A 4DEFA 2QCDA 1QWGA 1IIHA 3INPA 4UCGA 3HPZA 3LV5A 4LWWA 1ICPA 3NQFA 1QR7A 1RQBA 3NQGA 1XCFA 4GE8A 2DZVA 1ZAHA 1HO4A 1PHQA 3N73A 4MZ8A 4ZQOA 5I3FA 4S1FA 3NOEA 4N9EA 1MEHA 4MLJA 3V75A 1DKWA 5E1QA 3C2RA 3GXNA 2AAMA 1RZMA 2CZEA 4GNJA 4JYEA 3QYQA 1KM2A 4MY9A 3LHVA 1P0KA 4M19A 4QM1A 2E09A 3EX1A 2RDUA 3DI1A 2A7PA 2B7OA 5HJLA 3O63A 5FI8A 4O1DA 2Y89A 1S3HA 1TJPA 1ADOA 4RXFA 2ZZ3A 1GPWA 3U2OA 5AC6A 3JRKA 5KZMA 2CFFA 5HULA 2BZNA 1QOQA 4XTIA 3BW2A 3W7CA 4RZ6A 4K37A 1F6PA 2O7SA 3G3MA 3B0UX 3W1RA 1VZWA 2A7NA 1F76A 1PHWA 2QCCA 3TJLA 4LVGA 4MUZA 4XUGA 1Q3NA 3I65A 1EA0A 4JTIA 4DBDA 5E0KA 3TKFA 4E2DA 1G4TA 1E51A 2XFWA 3L67A 1DJNA 5HUOA 5HWJA 1H1YA 2EF9A 2VKZG 4NJJA 1Q6RA 1P1XA 3S1VA 1LP6A 2X1TA 4XZ9A 5LSMA 4O11A 2VC6A 1ZY9A 3DI0A 1YTEA 1SZFA 2J9YA 1LTDA 2QJGA 3IIZA 4FF7A 3W87A 1AW2A 1XL9A 3FYOA 3T44A 3SECA 1D3HA 5LNVA 4P61A 1EPXA 2J88A 1RV8A 5LNWA 3NL6A 2PRMA 2X1SA 3TE9A 3GAYA 4GRSA 4MZ1A 3UPWA 3B0VC 2Y88A 1KLYA 1WQ5A 3DFOA 4UFKA 3FA5A 2A6NA 3LHUA 3A5FA 2RFGA 5BNKA 4MJMA 1QNVA 1Q6QA 1R2RA 3EX4A 4HNNA 1VLWA 3F4WA 1V7YA 2X1UA 4R34A 3I7RA 1CX9A 3STFA 3E12A 3GLCA 2Q3RA 1HL2A 1YPFA 4IGHA 5FEPA 3PUOA 3P74A 1EX5A 3N19B 2QAPA 4N9DA 2NX9A 2O7QA 4WUIA 2PE4A 3DHFA 3OHIA 2Q8ZA 2DZUA 3W7QA 1QO2A 3JR2A 3NNTA 4IMCA 4R53A 1L2UA 4LW7A 3TSDA 2B4GA 2DU2A 4YCPA 3QJAA 1FXPA 1X8FA 3B05A 3MHGA 3G0UA 4LC6A 3CWOX 4I7WA 5DN1A 4UMBA 2I14A 1A5CA 2ZZ5A 1O94A 2YR1A 2XN1A 4O8RA 3N2MA 2CWNA 4Q4KA 5DELA 4BK9A 1MXSA 3TA6A 3QH2A 3C4UA 2NWRA 1I2OA 4TX9A 1XC4A 3MHUA 3VE7A 4CLMA 2ALDA 2ATSA 1G4PA 3C56A 2HMCA 5D2XA 3P62A 4WY0B 1KA9F 4IPJA 4LNYA 4ZQCA 3T40A 5FF3A 3THQA 3UWWA 2H8ZA 4TMCA 3OA3A 1LCOA 4QIUA 4DF2A 1SO3A 5D2YA 1JUBA 3W1LA 4UFIA 4NVTA 2B7QA 1K7EA 1W1ZA 3PG8A 4UTWC 2NXIA 3SFKA 1JCXA 3HG3A 3PULA 1KTCA 1IGSA 2E1DA 4C1KA 1W5QA 4O57A 1XBXA 4JICA 4JY9A 4PCFA 2ISSA 4I7VA 4IX0A 2ISVA 1ME8A 1BTMA 1XFBA 4LUJA 2RDWA 3DHDA 3B0PA 5KITA 3W2NA 3TFXA 3IEBA 4OHQA 1VS1A 3G1DA 2GJNA 1O95A 1R47A 1J4EA 3S9YA 3OVRA 1KV5A 4PTNA 2A4AA 4UTMA 4X22A 5HWMA 3KHJA 2NUYA 2OX1A 5C5YA 3BLEA 3IGSA 4PL1A 4NX0A 2BXVA 1W3TA 5BMXA 3GAKA 2CZFA 1XXXA 4AVFA 1H1ZA 1LOLA 1B4KA 4O1BA 1TPUA 1W56A 4DQWA 1TO3A 4ICNA 4EIVA 2Y7DA 3TW6A 1L6WA 4NQ1A 4J9JA 1P4CA 5EBUA 3E0IA 5LNRA 3YPIA 4UC5A 4FIRA 3PC0A 4ZQNA 2F84A 3PF3A 2HSAA 3MP5A 2QCNA 5F2IA 1K03A 4HSOA 3S42A 4CQ8A 4QITA 1TTPA 3N34A 2CLLA 2F7FA 5HMSA 4UTKA 3GYEA 4IXHA 3BV4A 4H4IA 1AW5A 3L0NA 3QW4B 3QM3A 5AFDA 3L21A 3HO8A 1EUNA 1SZNA 1PV8A 1SW0A 5U7SA 4EF9A 4Z1DA 1W3NA 3DFTA 1WA3A 2PCQA 2ZZ7A 3PAJA 4HPJA 2P10A 1NFBA 2ZZ6A 3FJLA 2GQ9A 1S5WA 1F73A 3EX6A 4TR9A 3SGUA 4CNNA 3W1AA 3NZRA 4K39A 3M44A 1JUKA 3ABSA 3HGRA 2JKPA 1X1OA 3LBCA 3L5AA 4JTTA 4OBTA 3W71A 3UYCA 3H54A 4NNCA 1W54A 1WBJA 2ZRVA 4FIQA 5F1VA 2P1FA 4HHPA 1PCWA 1JULA 3GVGA 3NL2A 3KAOA 3U6WA 3R5EA 4KFOA 3DXIA 3G1HA 4KFPA 2DZWA 1VYSX 5CSRA 1GVFA 1LOSA 2HS6A 1OX5A 3QSTA 2IQTA 3PB2A 4HN4A 4JD4A 2J27A 3W1PA 4GUFA 4ZZ9A 3W1XA 4GUIA 1DV7A 3TQ0A 3EKZA 4RLIA 4RXGA 1KM3A 4ZMGA 3TNOA 2QCLA 2CLEA 4IJBA 3L9CA 1WOAA 1H7NA 1GZGA 2FDSA 4LV9A 4LVBA 3G1FA 1Z44A 4IUOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5D2TA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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