5D30 | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	LAKRIDAALIMKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKMEHFLEAFLAGADAAKADSVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__017223673957373__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__017223673957373__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5D30/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__017223673957373__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"017223673957373","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5D30/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__017223673957373__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00e9fa442a1c6acfe3de06/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00e9fa442a1c6acfe3de06/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00e9fa442a1c6acfe3de06/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00e9fa442a1c6acfe3de06/pdb.gz): 439 ms

reading 250 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

250 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 46 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:249});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein, lyase
source organism	Synthetic construct
publication title	Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 9 Round 5 rcsb
molecule keywords	De novo kemp eliminase KE07 round 5
total genus	93
structure length	250
sequence length	250
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-08-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5d30A00

4H4IA 2Y70A 3BPWA 4WY0B 2RKXA 1VJIA 3LV6A 2QCDA 2B7PA 1SSGA 5C2XA 1VRDA 1JUEA 3JS3A 4DBEA 4TMBA 3K30A 4MKNA 1F6KA 5C5YA 3GDKA 5LNUA 1OX5A 3RFAA 1NVMA 3NR0A 4NNBA 3N9SA 2HS8A 3V75A 1WDWA 5H2ZA 3F03K 5FI8A 4NJJA 4NJHA 4OV9A 2YXGA 4N9DA 4O17A 3PBYA 1NSJA 4NZJA 2QCLA 2DP3A 1VQTA 1OG0A 4J9JA 2X1TA 5AHMA 3NXFA 1SFJA 1OYAA 2PC4A 1TJRA 1ME8A 2NUXA 2YW4A 1H5YA 2OMAA 3HPZA 1KLZA 3L68A 1JQXA 4FNSA 3M9YA 1L6YA 3B06A 4MLRA 3DFOA 2QJIA 4LWWA 3PG8A 1O95A 2BZNA 4ONVA 3S1WA 4GWEA 5HUPA 5HJLA 5HQEA 4L4LA 3MHFA 2RDUA 2WV8A 4KFPA 3HBLA 1TJPA 5LGXA 1SW7A 4NU7A 5D2VA 5FF7A 1VPXA 2E68A 2QJHA 4JNMA 2G5WA 5D37A 5TIMA 4YMZA 2A1YA 5AC6A 1TPC1 4H6KA 2PURA 3HGOA 5LGZA 2PCQA 1V7YA 1OX4B 5BMXA 5C6MA 2NV1A 2RFGA 3P8IA 3W88A 3TSMA 1K3UA 3LXBA 1WV2A 1BTMA 2E6YA 1FWSA 3Q2DA 4CCEA 3DI0A 3EXTA 1TPB1 4UCGA 2DORA 5G1YA 3KOFA 4CLMA 1EP2A 3QRHA 3FJLA 2R14A 4GJ1A 4Q4KA 2EGZA 3G1VA 3HGRA 1UUMA 1VCFA 1RQEA 2X1UA 3SW6A 1EX5A 1KW1A 5LNRA 1WA3A 2OCZA 3NM1A 1G69A 3NVTA 3BVJA 2V0TA 1S3HA 4EOUA 5D2XA 3LHYA 5CPMA 4ADSA 3THAA 1WYIA 4UFIA 1JR1A 3BLIA 2WPBA 3Q94A 1H50A 3VI2A 4LRTA 3EB2A 3P5ZA 1QAPA 4W9TA 5G4WA 3JR2A 2BWGA 3W7NA 3GDLA 2J6XA 1KTCA 4HSOA 3B03A 4RX0A 4HNNA 4M6PA 3SJ3A 4UMCA 1DKWA 3BGGA 4PODA 1D9EA 3ZR4A 4AMAA 3R13A 4UMBA 3IGUA 4H3DA 3W7KA 2CU0A 1YXDA 3N3MA 2KZHA 4JR5A 2OT0A 5D32A 1VS1A 4O13A 3UWYA 2VFIA 2FPVA 4UFJA 4U4MA 4UXDA 5CSRA 1EP3A 1SQ7A 3DBPA 1LCOA 3QEZA 1OFRA 2NX9A 1XDMA 2FPTA 1LBLA 4I9AA 4QNEA 3ZWTA 3PUEA 3EKLA 4AHPA 3ANYA 1NF7A 4Y6GA 1RVGA 1X8FA 1H51A 1EIXA 5KZEA 3Q58A 3HQ1A 3R89A 4O8RA 1SFLA 1GOXA 3W2LA 3CIXA 4ML9A 4QNWA 1YXYA 5HWJA 4CNNA 3HPXA 3W1AA 1OABA 4M19A 3T40A 4AF0B 5FEXA 1DJQA 2TRSA 1H7RA 3BG9A 2QCNA 1R2SA 2XFWA 3A21A 1OX6A 2VEMA 1DORA 2UV8G 3W7IA 5LHEA 1L6SA 2BSLA 1MO0A 3W86A 3LXAA 3GDTA 4NJGA 1IIHA 3GR8A 1AL7A 1TTPA 4YLWA 4C1LA 5AC8A 4Z1CA 3SSJA 5TBOA 1LOSA 1KM6A 3MHUA 2JGYA 3L5AA 4WJEA 2ISVA 3GAKA 4ORIA 2Y6ZA 3PS7A 3LCWA 2E09A 2WSRA 1H7NA 5F4XA 2HMCA 4DELA 5K3VA 3CEPA 3S5YA 3IRDA 3W2JA 3DHFA 1FCUA 2H6RA 4FNUA 3QMSA 1SR9A 4OT7A 3UWUA 3ZS4A 1VCVA 3TROA 5I3GA 5BMWA 4JTUA 2P0OA 2E6AA 4AXKA 5KITA 1IXQA 1ZAJA 5I3FA 4O1BA 2VENA 3TMQA 4LV4A 3LCHA 1SW3A 2YYTA 3P82A 3M41A 1VYRA 2VC6A 3SIZA 4N6FA 1YTEA 3B0PA 1H60A 3O06A 1HFBA 1KM2A 1L9WA 4RV8A 4BR1A 5HUOA 4G1KA 4JX6A 2TMDA 1K7XA 4GUHA 4IXHA 3LBMA 3FJ6A 3T78A 3W7CA 1HUVA 1ML1A 2CZFA 2C19A 2NV2A 1JUKA 2BLEA 3BARA 2IQTA 3DGRA 4DQWA 3LLDA 4AEOA 3BW3A 4GBUA 3G18A 3WK2A 4KFNA 2WJZA 1RPXA 3LCFA 1SZGA 3SY5A 3LTPA 1OJXA 2VFGA 4FNRA 4K38A 4P2VA 3CIWA 1TB3A 4MY9A 2J9YA 4FXSA 4O1AA 1H7PA 2ZYFA 1OYBA 2Y61A 4FF7A 3PBUA 4ICNA 3EX1A 4GUJA 1ONRA 8TIMA 4JS3A 1C8VA 2P10A 1R47A 3HG3A 3NL5A 4UTJA 1NF0A 1W3NA 3G0UA 4FEZA 1FUYA 1FWNA 1KFBA 2V5BA 4POCA 3NQMA 4KWVA 4GRSA 1D3GA 3E96A 4HPXA 4S2BA 2V9DA 4UC5A 1XCFA 4YCOA 3R5EA 3DFTA 2LLEA 3LHZA 2JKPA 3TQKA 3DI1A 2GJNA 3KVMA 3F4WA 1T99A 4UTKA 1LRNA 3RK8A 1GYLA 3TA6A 3P60A 4S1FA 2AQWA 2O7QA 3VNDA 2O7SA 1O4UA 4DF0A 2TYSA 4KKXA 4O15A 1PS9A 4XBSA 3GDMA 1A50A 1LRTA 2QCEA 4Z08A 5BNKA 5EYWA 2JK2A 3M47A 3PVFA 3N14A 1LROA 1X1OA 3HJZA 4E2DA 3TAKA 5DXXA 3LHTA 1XFBA 5LNSA 4Y90A 3P61A 4EF9A 2F7FA 1P0KA 1FQ0A 3W71A 4WOZA 1TPEA 1VGAA 1X7FA 2VEPA 3UZ5A 4MFEA 4RXGA 4JIPA 2XN1A 2Z2UA 4N4PA 4L4MA 3W7GA 2NWSA 1OK4A 5CSSA 4EIVA 1ZHAA 1F7BA 3EX3A 4OQVA 4RZ4A 2H90A 3GVGA 1ZALA 1W5PA 3MHGA 4N4QA 2BX7A 1R30A 4X2RA 4CQ9A 4A2RA 4ZQRA 3QC3A 3GKFA 1QWGA 3JRKA 4DO4A 1OHLA 4YL2A 3G1XA 4IX2A 3E02A 3LX9A 2OJPA 1Q45A 5GVJA 3GXNA 4ZMGA 3GYEA 3GIYA 1KFLA 3QFEA 1Q6LA 3S42A 2ZZ3A 2BTMA 3L2IA 4O52A 3O16A 5K4XA 1W1ZA 3T7VA 3LCXA 1TMHA 3ZFHA 1ME7A 3G1DA 2TSYA 3MBDA 1G4SA 3WJWA 5AN7A 1GVFA 3O8AA 5AOUA 3HG4A 2CLMA 3L5LA 1I4NA 5E0KA 1XBVA 4UFHA 4BF9A 1W0MA 1OVDA 3ABSA 1X6UA 1O5XA 2GQ8A 2GUUA 5DY3A 4NXKA 3WFAA 2YX0A 3FOKA 1WX0A 3G1SA 1OX4A 4JTGA 1YYAA 3LBCA 3N19B 4JGDA 2ZZ1A 3SZ8A 5L9FA 5CPLA 4UTTC 4GC4A 1QOPA 4FIRA 4JTSA 1JRCA 1QPRA 3QYQA 2YCEA 4WXYA 2Z6IA 3GXPA 3PSVA 4WXZA 2WOQA 1R2TA 4UNLA 2CLIA 2I9EA 1W37A 2W79A 2FFCA 2E6FA 1SZFA 3D0CA 5G2HA 1TPUA 2C13A 3C6CA 3STCA 3W2NA 2A7PA 3LTSA 1V5XA 3PB0A 3P5YA 5KINA 1LTDA 2CLFA 3TW7A 3M43A 1KTNA 4LUIA 4C1KA 3S1VA 4FO4A 1DQWA 4JTEA 3H53A 1UUOA 1YDVA 3CC1A 4FXRA 3BW2A 3GNNA 5CGQA 1F2JA 2GVJA 2ISWA 2J24A 2A6LA 4GE8A 2C16A 3W7MA 3W22A 3EEGA 1DV7A 4XKYB 1Z41A 1O60A 2NUYA 4E0CA 2Y7GA 3PR2A 4K8EA 1I8JA 4DF2A 3NGJA 3QF0A 1H7WA 2FPYA 3SGUA 2ZRZA 3UQNA 1LP6A 1WXJA 2C14A 2ZRVA 3NAVA 4HNVA 1IXOA 4MLJA 1UJPA 6TIMA 2ZQ0A 4XBKA 3IVUA 3W1TA 1J2WA 3H55A 4EF8A 5HWNA 5F2GA 2EKCA 3V1PA 2V81A 3Q37A 4EVZA 2G96A 1O5KA 3R8RA 4FNPA 3GDRA 4MVAA 3TCEA 5FEWA 2I14A 3DFNA 3W2UA 2E6DA 3LRMA 3QW3A 3LV5A 3L0NA 1MEHA 1W5MA 2ABBA 2QEZA 5CKSA 3MP4A 3TQ0A 2WSYA 4Z0SA 4I7UA 4XZ9A 2CLOA 1TPFA 1GVRA 2YR1A 3NL3A 2GPTA 5T26A 3L0KA 4ORMA 3IVTA 3LI0A 3IVSA 4TR9A 3W1NA 2ZZ2A 1DJNA 4A29A 1XC4A 3TFCA 4UTMA 4DXVA 2CZEA 3C2FA 1W31A 3FYPA 1N8FA 3LDVA 1NFBA 3RLUA 3W75A 2Y63A 4JX4A 4HIBA 4AF0A 1IGSA 5F2LA 2Q8LA 3MMTA 2ZA1A 5DCDA 3WJZA 1JUBA 2FTPA 1IIGA 3WJSA 1TSIA 3MWAA 2ZA3A 4TMCA 4IMFA 1OFAA 3G24A 1XUZA 3TAOA 1YADA 3HG2A 5EKYA 1GG1A 5LNWA 3BG3A 4AH7A 1MXSA 1N55A 2VXNA 3I7SA 1GPWA 4YXGA 4OE7A 1M6JA 1K8ZA 3PULA 2HTMA 1GVOA 1K7FA 1FWTA 3ATZA 4K37A 1GWJA 3IIOA 4PCFA 5EY5A 3F1QA 3NYZA 3M5VA 1ZNNA 3NOEA 5AHEA 3LCGA 4WY0F 3I68A 5D04C 1YTDA 1AW1A 3DU0A 4FX7A 4XUGA 4MPQA 5LZLA 3PF3A 1B4EA 1PHWA 4QJ1A 1TTJA 3KX6A 5FF2A 1DVJA 1ZJIA 3CHVA 1T0OA 3TIMA 3MI2A 3G8EA 4LV9A 5F4SA 3M0ZA 4UNKA 3E9AA 2R8WA 3RNDA 2Q3RA 4R33A 1GYNA 1R46A 2JKEA 3MYOA 5DELA 1SPQA 1XBYA 4UFLA 3QPYA 3BK0A 3N73A 1KA9F 5DN1A 2Q8ZA 2QCDB 1U83A 1CX9A 3L67A 1S5WA 4DEFA 1I2QA 4LU0A 1H1ZA 3KXQA 2VELA 2FB3A 1TTIA 2ZA2A 4CQ8A 5K9XA 5AHNA 2QCGA 2GQ9A 1TIMA 4MOZA 3LHUA 1R2RA 4GFSA 1VH7A 2QDHA 3GAYA 1CI1A 4FNQA 3TSBA 5TQLA 2XN2A 3O6CA 4U28A 3MYPA 5D2TA 4NJIA 3GR7A 1UB3A 2YFOA 5I3JA 1I2OA 1TREA 4AWSA 3VKJA 3TH6A 4PA8A 1YDOA 1PCWA 2A5HA 3EX2A 1LLZA 1FDZA 1UASA 3PC0A 4IMGA 2ZRUA 4CNPA 3EX6A 4UUIA 4ADUA 5CG7A 1KFKA 2EF9A 4X9SA 5D02A 3EXRA 3CM4A 3W7RA 3ABQA 4K8HA 1YLVA 4PL1A 1DL3A 1WOBA 4MZ8A 3T55A 4LS2A 4IGHA 4FIQA 4LC8A 1B3OA 3T44A 1H7OA 1LOLA 3BLEA 2ZRYA 1Z48A 2A0NA 3QW4B 4Y9AA 4A2SA 1DOSA 3S5ZA 3FEMA 1W5QA 1QR7A 3CB8A 3ATYA 1AMKA 2B7QA 4S2CA 1G67A 5KSWA 3LRKA 3W7DA 4HPJA 1OFQA 3HPSA 3W2MA 1VYPX 4WOQA 4CCCA 1QFEA 1SO5A 3PSWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5D30A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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