5D32 | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	LAKRIDAALIVKDGRVVEGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGTKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKMEHFLEAFLAGADAAKADSVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__205945205502865__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__205945205502865__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5D32/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__205945205502865__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"205945205502865","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5D32/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__205945205502865__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00ea6f41eb126e43d2b8c9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00ea6f41eb126e43d2b8c9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00ea6f41eb126e43d2b8c9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00ea6f41eb126e43d2b8c9/pdb.gz): 373 ms

reading 249 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

249 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:248});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein, lyase
source organism	Synthetic construct
publication title	Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 11 round 6 rcsb
molecule keywords	De novo kemp eliminase KE07 round 6
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.3.-:
pdb deposition date	2015-08-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5d32A00

3M7WA 1AW1A 3NPXA 1DJQA 1OFPA 1MEIA 4LRSA 3UWWA 3LHUA 4Q33A 4O13A 5AC7A 1MO0A 4QNWA 2A6NA 2TSYA 2C15A 1U5JA 3UZJA 3EWYA 3TA6A 3GZ3A 1T99A 3VNDA 3TW7A 3N14A 1G7UA 3S9YA 4TMCA 2VELA 1VLIA 4TX9A 4DPPA 3QM3A 3W75A 1EWEA 1R30A 4O53A 1TTQA 2C14A 1K8ZA 1QAPA 1FBAA 2ISVA 4EOUA 1F76A 3RNDA 1Z41A 3WK1A 3F03K 3B03A 1RQBA 1VCVA 3LCFA 3LTSA 3QQ0A 5C2XA 1LRTA 1T8XA 3M5YA 3C52A 4S2BA 1SSGA 3NQCA 4IGHA 4WJEA 2C6QA 2E5DA 3M5VA 4QITA 5AOUA 1TPH1 4WOZA 2Y63A 5EMUA 1PE1A 3KAOA 5DXYA 1KTNA 1L6YA 3GIYA 5LNWA 1AK5A 2QAPA 3ANYA 4LRTA 3Q2DA 4ZQCA 5AHIA 3SY5A 5ABTA 4O18A 4FEZA 2NUWA 3JS3A 4M7TA 1A50A 3IRDA 3LV5A 2C0AA 1YPFA 1YTEA 3G1FA 2YYUA 1NF0A 1KTCA 2Z2UA 5HUPA 5E93A 1ZAIA 2NLIA 2NUYA 3EX2A 4IMCA 4ORIA 4R34A 3W6YA 3O15A 4K7YA 1O4UA 3CLMA 1OX4A 3GX9A 1CI1A 1TRIA 3LGEA 4YWIA 4HNNA 1GT8A 4IWWA 3WJXA 4IMGA 1VHNA 4AWTA 1C29A 4A29A 4BI6A 1DORA 3IEBA 2EGZA 3TU9A 4HT3A 2V9DA 1WX0A 1TPC1 4N2YA 5D2XA 4OQVA 3M0ZA 1LORA 3N9RA 1KBJA 4MJMA 3LOTA 1ZALA 2CLOA 5AYXA 2GVGA 3BARA 1KFCA 3OVQA 4L4LA 1W1ZA 4E2DA 1W37A 3FOKA 3RU6A 3V75A 1SUXA 3OHIA 3EKLA 4N9DA 1B4KA 1V5XA 4HPJA 3IVTA 1JR1A 5LNSA 4JYEA 3TDFA 5BW6A 4UTUA 3EX1A 4O57A 2G5WA 3DH7A 1H7PA 1ZFJA 4IXXA 4CQAA 1RV8A 4LV9A 3P67A 3ZWSA 2RDUA 5I3FA 2HSAA 4LVBA 3DGRA 3TXVA 3IGSA 4CQ8A 4PC8A 4M7SA 3C0JA 4N02A 3KOFA 5D2TA 3TE9A 4PODA 4S1FA 4XZ9A 5D38A 1TIMA 4ADUA 4E2BA 2NXIA 1OX4B 1XBZA 1ICQA 2W6RA 4X3ZA 3U2OA 3NNTA 3ABRA 1NFBA 5AN7A 2NV1A 4JY9A 4PFMA 1LROA 3N19B 5D2YA 3T4CA 4GC4A 2FJKA 5E1QA 3W7JA 1I2PA 3W7EA 2YGYA 1RZMA 5FI8A 4ZQNA 1P4CA 2Y7FA 3LLDA 3MI3A 4MYAA 3DI1A 4HHPA 5F2LA 2YFNA 5TIMA 3BW4A 4H6KA 3VKJA 3STGA 3OVRA 1FDYA 2PRMA 3W7CA 2X2GA 4NJIA 3USBA 2NX3A 1DHPA 3N2XA 1VLWA 2Y89A 2CLKA 2WSRA 3TH6A 3VE9A 3TUUA 3RK8A 4PH6A 2A7PA 4XBKA 2E6AA 3ABSA 4Q4KA 2QJIA 1GEQA 1GTEA 1TO3A 2ZRZA 3E49A 5BOOA 4S2CA 2CZ5A 4ZQRA 2GPTA 4AHPA 3MHUA 3NM3A 4JXCA 4GUJA 1ME9A 3MI2A 1XM3A 4RV8A 3TJXA 3PB2A 5HUOA 5KSWA 1F2JA 3G1SA 3GXTA 4JX4A 4FX7A 3EXSA 5DXXA 5A5WA 1VYPX 5AHNA 4KFOA 1N55A 1GVSA 1PIIA 3SZ8A 3A21A 3PBWA 3KVMA 3S1UA 1MXSA 2G95A 5L9FA 3KRUA 2H6RA 4BWLA 3W1AA 4O14A 2NXGA 3VE7A 5KITA 3UXAA 3HIJA 1Q6LA 1I2NA 2WSYA 3HGRA 2F84A 3KHJA 3IIOA 1FCUA 1Q6QA 3T44A 3W73A 2YXGA 4DELA 1ZCOA 3MHGA 4J9JA 3W1RA 5BRBA 2A85A 4NT0A 2ZA1A 1QPQA 1EUNA 2OJPA 4DO5A 3W2KA 3B0PA 1W3NA 2CZEA 4PEKA 4ZL1A 3LDVA 3B04A 3W7KA 3TCEA 2FTPA 1VJIA 3BG5A 1OHLA 2QCFA 1C8VA 3S1VA 1WDWA 3LXAA 1AL8A 4WXZA 3W83A 4O1AA 2B4GA 4Z0SA 1GOXA 2VFFA 3S5ZA 3M1ZA 1SZEA 5DCEA 3HG4A 1R2TA 3QPZA 1GYLA 3QFEA 3GNNA 3LX9A 5FEWA 4AF0A 1PL9A 1XUZA 1IXPA 1XBVA 4UMBA 1H51A 4UCGA 2ZA2A 5BNKA 1FXQA 1HO1A 3W7PA 3NPVA 4O12A 2PC4A 1ONRA 2EKCA 3PG9A 3IV3A 2QEZA 3G1YA 5TQLA 2QDHA 5FF3A 3RF9A 3TK7A 3W2LA 2XFWA 2FDSA 3LCHA 4MZYA 1CX9A 3MMTA 3NZ1A 2XN2A 4GFSA 4WY0A 4CCDA 5G5IA 3PWAA 5IBXA 3S5OA 2FPVA 2GVLA 3A23A 2FPYA 3HBLA 4K8HA 3NL3A 5C55A 3M44A 3QZEA 3C4UA 3UWVA 1OFEA 2E77A 2QUUA 4QIUA 4RZ5A 2R8WA 1GJPA 1EP3A 2A2IA 1X8FA 4LT9A 3FYPA 3LV6A 4M5PA 4QSHA 4E0CA 3QMTA 3FEMA 5I3KA 3WK0A 3S0CA 3DFOA 4DQWA 1QFEA 2Q8LA 4MZ1A 3FLUA 2I1OA 1QPNA 2BZNA 4AVFA 4JTSA 3DZ1A 1G7VA 3RLUA 3G0XA 4I9AA 5C54A 3L21A 2QCMA 3W86A 3CC1A 4UTTA 2TMDA 4UFHA 4JNMA 5AHFA 1ZAHA 1O5XA 3B0VC 4IPJA 3QPYA 3ELFA 3IIZA 5D04C 2H90A 3LM7A 4AF0B 3PB0A 2QR6A 1TPUA 4IMFA 5DY3A 1A5AA 5F4XA 4XTDA 1B3OA 1FWNA 5LGZA 1JCNA 5D02A 5CGQA 2EAWA 3BLIA 3E02A 3W72A 1OFAA 2ATSA 3DKLA 4A21A 2P1FA 3O16A 5CPMA 3NQ8A 5K9XA 3W9ZA 3E12A 3NQEA 1H1YA 2ZBTA 2VEMA 1QCWA 1F7BA 1KV8A 1YYAA 5LKYA 1J2WA 4N6EA 1LYXA 4O10A 4QQ3A 1S5WA 3MYOA 3S1WA 4GE8A 4AEOA 1QO5A 1D3GA 1TV5A 2X1SA 1JVNA 1KW1A 4FF7A 3MWAA 2R94A 3QJAA 3HG5A 3FYOA 3R2GA 3QYQA 2WNQA 1WA3A 2QCNA 3G3DA 3QMSA 1QMLA 3NPUA 4PL2A 4NJGA 3A5FA 3UYCA 4X9SA 2TYSA 3LI1A 4X2RA 1XKYA 3LERA 3A9IA 2C13A 1L9WA 5CSRA 3QSRA 4K39A 2ZYFA 5D2WA 4Z1CA 3HMJG 1I2RA 3W1LA 1TPEA 2WJZA 1W56A 3EX6A 3BW3A 4TO8A 1WBJA 2CFFA 5H2ZA 5T26A 1KLYA 1OYCA 1V7YA 1P0KA 3W7DA 4UFKA 2RKXA 1QR7A 2G97A 1VPXA 2ZRUA 1IF2A 2Y88A 3NO5A 4WZHA 1XCFA 2HS6A 4UXDA 3N34A 3M16A 4BFAA 3TMLA 2YZRA 4XQ6A 3DU0A 1PCKA 2DJXA 2HMCA 3IIVA 3W85A 3CHVA 1TV7A 3GR8A 5DY2A 1W3TA 1KM3A 2Y7DA 4Y90A 2OZ0A 3T78A 1GQNA 4YMZA 1QPRA 2P10A 1S3HA 5LZLA 2OX1A 3NL2A 1SFLA 2CZFA 3GB6A 5HWNA 2ZZ2A 2YYTA 3E9AA 3UWZA 3BPWA 3W2MA 5IM51 2FB3A 1GYNA 2A0NA 3LHWA 3P62A 1YTKA 2QJHA 3W2NA 1OFDA 3G1HA 2QAFA 4FB7A 3GDLA 1LBFA 4QISA 5D2VA 3UY8A 1YPIA 3H53A 2I9EA 1EX5A 3HOJA 2DORA 3NYZA 1ADOA 4UUIA 5U4NA 4JTTA 2WSQA 4HNTA 3LRMA 4ZQMA 2CLIA 3C3NA 3P5YA 3UQNA 4BF9A 3GVGA 2E1DA 3TKFA 3V1PA 4H3DA 2GVJA 3L0KA 4L4MA 4AWSA 3OG3A 1DJNA 2JKAA 3QF0A 1VYRA 1UASA 3B06A 2ZCGA 1BWKA 1QPOA 3SFKA 4CNOA 2JBMA 3L5MA 2YCEA 3DENA 3IIPA 4JICA 1KM1A 2AAMA 3LHTA 3UD6A 4UTMA 3LXBA 4O1DA 1BTMA 3MP4A 3QEZA 4AHQA 2ZZ1A 4LS1A 1G69A 1XBXA 3BLEA 3FKRA 3BG3A 4LUIA 3L0NA 1OFOA 1DKWA 1TTPA 1TYGA 4MIMA 2ISWA 4DBEA 3NQFA 1H1ZA 5HINA 1OG0A 3MUXA 1HFBA 1A53A 1W5OA 4YXGA 4JYFA 3NZRA 1QWGA 1TPFA 1VRDA 2ZTKA 1QDSA 3NM1A 1ZHAA 4IXHA 1H7NA 1SFJA 2YR1A 4FNRA 2H8ZA 1HO4A 3C2FA 1FWSA 1I8JA 1RR2A 3S1XA 2D73A 1IIGA 4GUHA 4BK9A 1A5BA 1AMKA 1H7RA 4FO4A 3PSVA 1SO3A 3HJZA 4RLIA 2BTMA 3GXPA 1X6UA 1IIHA 3AJXA 4TU1A 3LBMA 5K9CA 1XI3A 5EY5A 3OBKA 1KFKA 3E96A 3G22A 2QF7A 4KFPA 3WJYA 5FF0A 3O07A 2RDWA 4HPXA 1AL7A 4JTIA 5G2IA 4GUFA 4JIQA 4AH7A 3TSDA 3TQ0A 3BW2A 4KWWA 5I3JA 2YDAA 1TCDA 1GG0A 1FCBA 2QUTA 3W7MA 4UTWA 4ADTA 1QNVA 1NAL1 1YDNA 2C3ZA 1JULA 3EX4A 3BV4A 4WQ6A 2GOUA 3DHDA 5G1TA 3W07A 3GAKA 3NL6A 2V2CA 1OFBA 4K8EA 3P74A 4MJZA 2QCEA 1QOPA 3O05A 4OV4A 3TROA 4O1CA 1ME7A 3C8FA 3W84A 5HMSA 3M41A 1EPXA 2JKEA 3LXCA 4UMCA 4IQLA 1JRBA 3FJ6A 4C1LA 3CPRA 4JX6A 4RCXA 3PS7A 2VC6A 4JTHA 2Y61A 3UZ5A 5EL1A 3HF3A 1ZNNA 5LNUA 3S6DA 4OWGA 3UWUA 5C6MA 4RXGA 4A22A 1GWJA 1GTHA 4CNPA 2YX0A 5D05A 4MLRA 3G0SA 3O6DA 3GDMA 3QSTA 3TIMA 1X1ZA 1FCVA 1Q45A 2WPBA 3PSWA 3NAVA 3W1XA 1G4SA 4MY8A 3LTPA 3AO0A 3ABOA 2G96A 4HIBA 3P81A 3SR7A 3FJLA 3RLVA 4CQ9A 4FIRA 1THFD 4RJEA 5AHEA 1HTIA 7TIMA 1L6WA 2AGKA 2J6XA 1YLVA 3C2EA 1DV7A 3STFA 4HN4A 1ZY9A 5F1UA 3BGJA 3QRHA 4OBTA 2QCHA 2BX7A 2GQAA 3B0UX 1P1XA 1Q6OA 3HGOA 3VI2A 3MBDA 1VZWA 4K7VA 4D2JA 2Q3RA 1W5NA 2DZVA 5CPLA 1KFBA 2WNZA 3BG9A 4NNCA 2VFDA 1EB3A 5DCBA 3NGJA 1LTDA 4MLJA 5KZEA 2FFCA 5FESA 1RQHA 4N9CA 4GJ1A 1R2RA 1NEYA 3SIZA 3EWZA 2Z6IA 3NL5A 3GDKA 4JTGA 1J5TA 1TPDA 5MHBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1PX3 A;  4UR7 A;  2G50 A;  3GLC A;  2NWS A;  1RBA A;  3N18 A;  2JF6 A;  2PB1 A;  3KDN A;  4OJY A;  5HJL A;  4V2X A;  3ITC A;  4A3U A;  1XYF A;  5MF5 A;  2ZUS A;  3WNO A;  3I68 A;  5DX7 A;  3FHA A;  2V5L A;  3M07 A;  4Q8P A;  4XAF A;  5C9U A;  5HNU A;  5CZT A;  3TNB A;  1XG4 A;  2XFR A;  2PCE A;  3NQG A;  1UR0 A;  3F2C A;  3QMR A;  1R3R A;  1JUB A;  4QJ1 A;  1ME8 A;  4HK6 A;  3BMW A;  4LUS B;  1LOL A;  3G1R A;  1GCY A;  1M7J A;  2PUR A;  1EC8 A;  2NUX A;  2GJX A;  3I4K A;  5LIW X;  1E73 M;  2DVU A;  5EB8 A;  4GHR A;  3ITV A;  4TTG A;  4H04 A;  4Z42 C;  1JND A;  2E6Y A;  3YPI A;  1BRL B;  4Y7E A;  3H4W A;  1IEW A;  2DZX A;  4LF1 A;  1SO5 A;  1FWJ C;  2V6A A;  1DE5 A;  2NQH A;  4BJH A;  4ZQO A;  3MZN A;  2BVW A;  3WJS A;  3S5S A;  3RIK A;  3PNU A;  3NQM A;  3UWE A;  1H60 A;  5HMF A;  2V81 A;  3B9N A;  3T81 A;  3P8J A;  5AHL A;  2DZS A;  5BU9 A;  3AMC A;  2Y8K A;  1KRM A;  5H91 A;  4YN5 A;  4EXB A;  4D8A A;  1JJK A;  3PUO A;  1DIE A;  2Y85 A;  3WLQ A;  4H8U A;  1TB3 A;  3E2R A;  3ATZ A;  2AMG A;  3T0T A;  2DSU A;  2VC9 A;  4IHC A;  3VKC A;  1SW7 A;  2BXV A;  3LTY A;  3CU2 A;  4Q7I A;  3NZQ A;  3CWN A;  5A8G A;  4Z2H A;  2I5Q A;  3D46 A;  3IVS A;  3C2R A;  3W23 A;  4IPI A;  1Q2R A;  3H22 A;  1FKW A;  1XPG A;  5CSY A;  1WP6 A;  5BMX A;  1QI4 A;  4PUL A;  1FFQ A;  4JEQ A;  4DWS C;  4MWA E;  1RK6 A;  4FXR A;  2GJP A;  2OVL A;  3N4A A;  1LCO A;  2FHC A;  2QQ6 A;  1W9P A;  4UQC A;  4S3C A;  4S23 A;  4LVG A;  1OIM A;  4HYV A;  2XSB A;  3H54 A;  4O0Z A;  3TC6 A;  1KGW A;  4DO4 A;  2OWX A;  3PWI A;  4W8L A;  3W74 A;  5D4Y A;  1S2A A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5D32A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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