5D38 | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	ALAKRIDAALIMKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPITVGGGIHDFETASELILRGADKVEFNTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGTKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKMEHFLEAFLAGADAAKADSVFHSREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGLGSLEHHHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3778032013590016__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3778032013590016__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5D38/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3778032013590016__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3778032013590016","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5D38/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3778032013590016__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00ea12fb4955fccfe9bbd4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00ea12fb4955fccfe9bbd4/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein, lyase
source organism	Synthetic construct
publication title	Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 17 round 7-2 rcsb
molecule keywords	De novo kemp eliminase KE07 round 7-2
total genus	97
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.3.-:
pdb deposition date	2015-08-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5d38A00

1XC4A 1H63A 3A21A 3W70A 4PTNA 3S5YA 5IM51 2CW6A 4UTKA 1THFD 4KKXA 4WY0A 2QCDA 2X16A 4UTWA 3E96A 2TSYA 4K6AA 3WK3A 2Z0IA 4FIQA 4A21A 1TCDA 4WUIA 2J24A 4K37A 3SGZA 2R94A 4JTIA 3RLVA 3LHZA 1VYRA 1OHLA 2EF9A 3W22A 1N55A 3NQAA 1EUNA 3C6CA 4NX0A 4YXGA 3HIJA 3N73A 5EYWA 3LRMA 4GBUA 5G1YA 2FFCA 3FYPA 4ZQMA 1XDLA 4Y9AA 4O13A 5BMWA 4ALDA 3S1WA 1KM3A 2YX0A 4BI6A 3L2IA 1TTPA 4DELA 1MO0A 3GKFA 3ATZA 3M43A 3R89A 3VE7A 3EX4A 3I6RA 3MJYA 4XTIA 2ATSA 5K2ZA 3LCFA 3FYOA 3UNDA 3O6CA 1GG1A 2J88A 2V82A 4KWVA 3QMRA 1H5YA 2RDTA 3MBDA 1S5VA 4BF9A 4DQWA 2V30A 3DAQA 3CEUA 1O95A 1ZAHA 3NQ8A 2ABAA 4N9BA 4LUJA 4OT7A 4BWLA 3N14A 2DU2A 1UBSA 3OG3A 4NNAA 3P80A 1W5OA 1I8JA 1GYNA 1G69A 2OMAA 3P7YA 5FF7A 4ORIA 3W7HA 4NVTA 3N2XA 3FJLA 5F4SA 5KMYA 1GZGA 1EIXA 1IXQA 4OU1A 1Q6RA 2ZBTA 1JVNA 3VKJA 3H53A 2A6LA 1MSSA 4JNMA 2ZZ4A 4Z1BA 2BTMA 4NJHA 5G5IA 5D04C 3C2OA 1TPEA 1OF6A 3S1VA 1KFKA 2YFOA 1VLWA 4NXSA 4PA8A 1VCFA 4PL2A 2ZRYA 1LTDA 1ME8A 4A3UA 1UASA 3GDKA 3EB2A 5H91A 3UD6A 2OT1A 4AWSA 4TO8A 3A5VA 5LNVA 1FQ0A 4EVZA 2HS6A 2JKEA 3W7KA 3GDRA 3GNNA 1VGAA 2C3ZA 3CPRA 2QDGA 2C6QA 3HO8A 4FB7A 1PL9A 3KXQA 1I45A 1X1ZA 4JTEA 5CPOA 1W3NA 4N2YA 4JIQA 3F4WA 3NZRA 4JGDA 1EWEA 3LCXA 1UJPA 1L9WA 3C4UA 1OYAA 1C8VA 4GUHA 2GJLA 3SSJA 3MW7A 3LI0A 3NDOA 1EA0A 2NX3A 3IIXA 5EBUA 1KM2A 3KVJA 3S6DA 5FF2A 1PHWA 3HPZA 2PC4A 3LHVA 3TW7A 2YW4A 1SO4A 4MZ8A 2OT0A 3LTYA 2Y89A 4MFDA 4DPQA 4LV4A 3NA8A 3NQDA 5EY5A 2GOUA 2W0UA 1SU5A 4GXMA 4IX0A 2NXHA 1G4EA 2QJHA 3GYEA 4UCGA 4K7YA 4UTJA 3NPVA 1HUVA 2QCHA 3W3OA 3I7QA 2YYTA 5IBXC 5D2XA 3SGUA 2Q3RA 3N19B 3C2RA 1JUBA 3T55A 3T7VA 3NYZA 1Q45A 6ALDA 1Y0EA 3G1XA 4XBKA 2QCLA 2WNQA 1KV8A 1P1XA 3WJSA 2A7NA 3BG5A 3GR7A 4K36A 3SZ8A 1SSDA 1YPIA 3HGSA 1LBMA 3M5YA 3O6YX 1HG3A 1XUUA 4CQAA 1K7XA 5F2GA 4FEZA 4GUFA 4O52A 3F03K 2NX9A 2EAWA 4UMCA 2C1HA 4FXRA 3LBMA 1WV2A 4EF9A 4O53A 4M6QA 3LBCA 4UXDA 1YDNA 5FF0A 4LW7A 3TQKA 2RDWA 4C1KA 3FA5A 4WXZA 1ZJIA 4X3ZA 3PB2A 3U2OA 3GZ3A 3DHDA 4UTTC 3G1YA 3T78A 4AXKA 3M41A 3CQ0A 1R2RA 1TPH1 3TH6A 1JQVA 5HUOA 4DF0A 1TPVA 5KITA 1IGSA 4CNPA 3ZWSA 3BVJA 2CLEA 1G7UA 4WY0B 3QEZA 2QCDB 3EXSA 4FNPA 4PODA 1OG0A 3LV5A 3R8RA 3B06A 3P81A 1SW0A 4H4IA 2A6NA 4RZ5A 2ZRVA 4O1DA 1G4TA 4RV8A 1RD5A 3R5EA 3W7DA 5SWUA 3G1SA 4MOZA 4IUOA 4AMAA 3EEGA 5KINA 4CCEA 3W74A 4EWND 1XXXA 2BSLA 4JTJA 1BKSA 2OJPA 4MYXA 4HT3A 1U83A 2EKCA 2G5WA 3DKLA 1F74A 4O57A 2W79A 5E0KA 2C18A 1LOLA 4DEFA 4LTSA 1FCUA 2C19A 4FNUA 3OHIA 1ZHAA 3BLFA 5EA9A 3TFCA 1QO2A 2YXGA 1GYLA 5FEXA 3KX6A 2Y63A 1GOXA 1TV7A 3C2VA 1LORA 1KM0A 7TIMA 3G1AA 4JN6A 4S2CA 5D2WA 1OX5A 1X7FA 3QSTA 4OE7A 1KFLA 3QF0A 4Z0SA 4MJZA 4ZL1A 3MHGA 2QUVA 1Z48A 5AOUA 1EP2A 4O4VA 5HWNA 3PR2A 5AN7A 3M6YA 1WXJA 3GAYA 1YLVA 1D3HA 4N6EA 3LOTA 1GJPA 3VI2A 1XM3A 1OX4A 4RZ6A 3DFSA 5CG7A 3QZEA 4HPXA 5D02A 2WJZA 5I3GA 3NQMA 1FWRA 3EX6A 3HMJG 1CX9A 3RLUA 3G0XA 4IWWA 4WXYA 1W5NA 3EWXA 4B5NA 4BK9A 2A7RA 3TU9A 3QM3A 2CZ5A 4OBTA 4X9SA 5BMXA 4ML9A 5C54A 3B0UX 3O05A 3GK0A 4JIPA 4IGHA 4MLJA 1K8YA 4MZYA 2J9ZA 2LLEA 1ICSA 2ATMA 4JY8A 1H50A 5L6UA 2QEZA 4MZ1A 4Q4KA 1MEHA 1WBHA 2ZQ0A 4RR4A 2QJIA 4KFOA 4E2BA 4J9JA 1TTIA 1QFEA 5D2TA 1KFBA 1VRDA 1KTNA 1F73A 3V75A 5KSWA 1P0NA 3EX1A 2PRLA 3HG2A 3WK1A 1RV8A 2E6AA 3FKRA 4ZQCA 3EWWA 4NUWA 1K02A 2X1TA 3DFPA 4AAJA 1OFRA 1TPDA 1SPQA 5C2XA 4XTDA 1A5SA 4FNTA 1ME7A 5D2YA 3QRHA 5E1QA 2DZSA 1ZY9A 2CLMA 1I2OA 4OV4A 3W1PA 3TAKA 3W9ZA 2C14A 1N7KA 3GXTA 3DENA 3TR2A 1YTEA 2O7SA 2E09A 4UR8A 3B8DA 5LHFA 1VCVA 4JDBA 3NXFA 1K8ZA 3MUXA 3VNDA 4DPPA 4QISA 2CZFA 1ALDA 1O60A 5J5DA 2AQWA 3EWZA 5HWMA 1LM1A 3MWAA 3LHYA 4QNWA 3UPBA 4M7TA 1TQJA 2A85A 3W7GA 2ISVA 1HO4A 1QWGA 3OA3A 1F05A 4UIOA 4LVBA 4DBDA 5E93A 3W7MA 1FX6A 1WAUA 3IGSA 3PS7A 1TPUA 4Z08A 3B04A 4NZFA 3NOEA 3Q94A 4IPIA 2C16A 1OYBA 3G8EA 4AF0A 5K4ZA 3YPIA 2ABBA 4CQ8A 4UFLA 1SO3A 4QM1A 2E6FA 4ZQOA 1OFBA 4LS0A 4ORMA 2DZUA 4HPJA 1K8XA 3EX2A 4LVGA 1ZALA 3KFTA 1TRDA 1FXPA 1ME9A 1A53A 3HF3A 3WFAA 4DF1A 1VS1A 4UTIA 1DL3A 4FHAA 5D09A 2ZZ5A 1K03A 3FFSA 3KHJA 4CLMA 1ZFJA 1EX5A 2Z2UA 5I3FA 5DELA 4ZQRA 3TMQA 3PM6A 2Y88A 2CLFA 3L67A 3BLEA 3EWBX 3BLIA 2NXGA 3P60A 5AYXA 4D2JA 1ICPA 1ZNNA 3IRDA 1TTQA 1YADA 2A2IA 4I7VA 4YCPA 1H7WA 2H8ZA 5F4XA 3ABQA 3KAOA 5CZJA 4TR9A 2WPBA 5G2HA 2PURA 1AL8A 3ABOA 3W23A 3OVQA 2WV8A 4IJBA 3FS2A 4UC5A 3QYQA 4XKYA 1AW1A 2ZDRA 1W37A 4ADTA 4JTTA 2Q8LA 3M0ZA 1K7EA 4IPJA 1UUOA 1JCNA 4I7UA 5DXYA 4MVAA 3BARA 4WOQA 1NF0A 4IXHA 5DBTA 3QQ1A 3PBUA 3SY5A 1QO5A 3KVKA 2Y7DA 1JCMP 5DXXA 4LVAA 3JS3A 3QW3A 1WQ5A 4U28A 2GVGA 3MHUA 2QCMA 3E0IA 1NEYA 3E49A 1JCJA 3LGEA 4K8HA 1EP3A 1F76A 3W85A 5LZLA 5HR6A 3BW2A 2WKJA 2QKFA 3GIYA 3NQEA 4MLRA 1J2WA 3W72A 3S5OA 3T40A 3TXZA 1EP1A 2Y61A 4RXFA 1C29A 1DKWA 1OK6A 5KZMA 5IBXA 2R8WA 5BRBA 3LX9A 4JTKA 1RQEA 1B9BA 1UB3A 1OK4A 4HKPA 2TMDA 1RVGA 3ZR4A 3O1NA 4X22A 5F2IA 1TPFA 3CU2A 3STGA 3JRKA 4A2SA 4WX2A 1OFDA 1ZAIA 3LV6A 3HG5A 2J6XA 4JICA 1OX4B 5LNRA 1QMLA 3E9AA 3W73A 3W7LA 2WOQA 4MY8A 2VEMA 4KFPA 4JYDA 1XL9A 3OBKA 1F6PA 2E1DA 4RX0A 1FCQA 1S5WA 2ZZ6A 4Y6GA 3W86A 1LOQA 3WK0A 2PCQA 4OWGA 3PB0A 2CWNA 2Z1BA 3KRSA 3RK8A 2E6DA 3M5ZA 4UTTA 4MUZA 5AC7A 4DF2A 1I2RA 4TMCA 2QUTA 3L66A 1EUAA 1ZENA 3DFQA 2QAPA 4AB4A 4L4MA 3G1FA 2RH9A 5TBOA 1TO3A 3LRLA 3W2UA 1H7NA 1L6WA 5ABTA 2YR1A 2GPTA 4NNBA 1A5CA 3UYCA 3E12A 5G1TA 1L6YA 1SZFA 4S1FA 5EL1A 3NZ1A 3KOFA 2YFNA 4GE8A 4LOCA 2FB2A 5F2MA 1XKYA 3FLUA 1O4UA 2GJNA 5AHFA 3O15A 1I4NA 1EEPA 2NXIA 4BR1A 4HIBA 1SW3A 1Z44A 3TSDA 2P0OA 3CM4A 2FB3A 4UR7A 5G4EA 3GXNA 1KTCA 1UUMA 3P5YA 3A9IA 3W6YA 3L21A 3O8AA 4DO6A 3W7RA 1OFOA 1QAPA 3WJYA 5HINA 2E5DA 1B3OA 3M1ZA 3THAA 5CSRA 4WZHA 3UXDA 4C1LA 3E02A 4JD4A 5I3HA 3TXVA 1QNVA 2XN2A 3TSBA 3L0KA 4JX6A 3NL3A 1LLWA 5AHLA 2DJLA 1Q6OA 4O1AA 3B03A 3CIWA 2ZZ7A 3L5LA 4XZ9A 1GEQA 4FX7A 1BWKA 5GVJA 1XI3A 2NLIA 4PH6A 5D05A 1LBLA 1W5QA 3UZ5A 4IMDA 4AF0B 1RR2A 3UWVA 1GPWA 2V2HA 1J4EA 3UWQA 3W7JA 4I7WA 4O18A 3SR7A 2WNNA 5L9FA 2VFGA 4JTHA 1CW2A 3LCWA 3EWUA 1KBJA 2KZHA 3G22A 4K39A 2X30A 2Y70A 4O14A 2BZNA 5U4NA 2H3BA 3PBWA 1UCWA 3W1RA 1P5BA 4LRTA 4O8RA 1SSGA 2VFDA 1HFBA 1ZAJA 3M47A 1IIGA 3EXRA 3WJXA 4M5PA 5DN1A 1FDZA 1FDJA 4IXXA 3U6WA 4LC6A 5D38A 2ZZ3A 2I9EA 2V2CA 2V5LA 4RK8A 3LCHA 3LERA 2CLHA 2DORA 2D73A 4YL2A 3HPXA 3NQ6A 1DVJA 3JR2A 2CFFA 3QMSA 5K7JA 5LNWA 1F7BA 1I2PA 4JTLA 3SJ3A 3S9YA 1JCLA 3CT7A 4PL1A 4LUIA 4N4QA 1KFEA 5U7SA 5G2IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CN6 A;  3MVI A;  3WQF A;  4BKN A;  2VNC A;  1RY8 A;  4KW2 A;  4B4H A;  5LIK X;  3RFA A;  3AHV A;  2YL6 A;  3P84 A;  4HD5 A;  3NL2 A;  4GXP A;  5AC5 A;  3T9P A;  5K9X A;  2RDU A;  5D8Z A;  2A7P A;  5A8G A;  1XX1 A;  1OZQ A;  3QC0 A;  2O92 A;  3R12 A;  5HNR A;  1AJZ A;  3AO0 A;  3MY9 A;  2QHA A;  2VFI A;  2IPF A;  4H7C A;  1OG6 A;  4Q4R A;  3BG9 A;  3SCQ A;  4IME A;  2VDG A;  4KWO A;  4W5Z A;  4Z2H A;  3H22 A;  3URN A;  3DFY A;  3ZT7 A;  4CD7 A;  2OEM A;  1OCJ A;  3SIM A;  4MIM A;  1UA3 A;  1EX1 A;  4S3A A;  4DJE C;  3P5Z A;  3B0Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5D38A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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