5D9MA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from prevotella bryantii b14, e280a mutant in complex with the xyloglucan tetradecasaccharide xxxgxxxg
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGAYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Prevotella bryantii
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
total genus 137
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d9mA01
4CU7A 4D6GA 3AXHA 1JDDA 1CXFA 2VI0A 3CPUA 2IXUA 1MW1A 3WUGA 4MNMA 1CLXA 1EQCA 1HVXA 2CERA 1E0VA 2E9BA 2J7GA 4B16A 3I3BA 2WLYA 3CZ8A 1PX4A 3AIWA 2YDQA 3FY1A 3VDHA 1H41A 2W63A 4AD1A 2X1IA 4L4OA 1D7FA 1AQ0A 1BQCA 2Y4SA 2VCAA 1JF6A 4TVUA 3IAPA 7TAAA 2DT1A 1U2YA 3WUBA 1VFUA 3AMDA 4Z2LA 2VOTA 2E8ZA 4PSRA 3CHCA 3WNLA 8A3HA 2W66A 1UA7A 4W84A 4U3CA 3GBDA 2EBNA 4D6JA 2JIEA 2MANA 1FA2A 3A47A 2WMGA 2XG9A 2DH3A 1C93A 1ZU8A 3ARPA 1BG9A 2WC4A 1CXHA 4JFSA 3ALGA 3UG3A 1W9PA 2O9PA 3K46A 4GXPA 1UWUA 4TX8A 2XYLA 1B9ZA 1O7AA 1JDCA 2EEXA 3O6AA 1EO5A 2WHMA 3O2LA 3WEMA 1IV8A 3II1A 3ALFA 2CITA 3WY1A 1UWRA 2O9RA 2DGAA 4DWSD 3WL0A 4W8BA 1E73M 2WZHA 3SCTA 1G94A 2VX6A 3UESA 1UWSA 1ISVA 2VUYA 1V3HA 2J7FA 2WB5A 1SMDA 4N42A 4GI9A 2WVTA 1MFVA 1VJZA 1J0HA 2C8NA 1I75A 3GNRA 2BFGA 1GQJA 3PZNA 3K8KA 3FAXA 5EMYA 3K8MA 5D9OA 2J7EA 3CHFA 3KWXA 1E6QM 2OSWA 2CPUA 2GJRA 1W9BM 2Y8KA 3GZAA 2WSPA 2G8ZA 3BCDA 5IDIA 1WDSA 1NOUA 3BGAA 1NWSA 3OLIA 3NDZA 4CD5A 2FHCA 5A8OA 4GQQA 2RGMA 1PZ3A 1UH3A 1WB0A 4W5UA 3RIKA 3ZO9A 3OGVA 2IUZA 1E4MM 1JD7A 4P7OA 1KR0A 1QHPA 1EDQA 1OIFA 3CZGA 3O9NA 4XX6A 2WM0A 2D0HA 1QNRA 1EA9C 2XGIA 3OLGA 3A4XA 4H8HA 3GXFA 4LYRA 1MW0A 3WBAA 1F4HA 5I79A 2JF7A 2E40A 1H0GA 3A4AA 2ZUNA 1H5VA 4D1JA 1JZ7A 3RJXA 3ARWA 2XTKA 2ZUMA 2DIEA 1KQYA 3SURA 3W37A 5E09A 2Z1KA 1CENA 4GO9A 1XSJA 3ARZA 1JIBA 4URIA 3ZT6A 3VD7A 1W32A 1LG2A 2XVGA 1F4AA 5JIWA 1GQKA 3CUIA 5BXPA 1B3WA 3ARRA 3MV11 3W81A 4D6EA 5KZ6A 4UOJA 2NT0A 1W3HA 1E1FA 1FH7A 2VMFA 1HJUA 1ZBVA 2UY2A 3B9AA 4J28A 2OYLA 1W3LA 4BCEA 2WLZA 4W7VA 3WUFA 1E1EA 4GQRA 2X8RA 1KB3A 1JZ4A 3CZKA 2PBOA 1PEZA 3IJ8A 4M24A 3UG4A 3N1AA 1GOWA 1EDTA 1EDGA 4PMXA 2YLLA 3AMKA 4MDPA 5IHRA 4TOQA 2ZXAA 3AMCA 1NOWA 2EXOA 4AW7A 2WVSA 4IM4A 1J01A 1GQLA 1PPIA 2VT0A 1TR1A 2PWHA 4C7DA 1BAGA 1BYBA 4UFJA 2PWDA 2E0PA 2WCGA 5BWFA 1NWRA 2GUYA 3BLPX 4JHOA 3JUGA 4MAVA 1I1XA 3ZR6A 3LPFA 2BVDA 3W27A 1XSKA 1OB0A 1LWJA 2O9OA 4MNJA 3NSXA 1V0NA 4CD8A 1XGZA 1ITCA 2X2YA 5BXTA 2J79A 5FIPA 1PX8A 3QHNA 1VIWA 2Q8XA 4IISA 5FL0A 1WPCA 1E56A 2EO7A 1PX3A 3N11A 2NW0A 4NRRA 1WKYA 1XSIA 2XHYA 1RPKA 1DWFM 2YDRA 1GJUA 1W9XA 3OLDA 4CU8A 4LX4A 1ISZA 1HL9A 2ZUTA 1IT0A 4MDOA 2XSBA 1GNXA 4JL1A 4J7RA 2FHFA 1KR1A 3WN6A 4AIUA 1WNOA 3UR7A 3GNPA 3WF4A 4W8AA 3IJ7A 2WMIB 3I3EA 3ARUA 4D6FA 5HNNA 5E9AA 3WF3A 1GOIA 4PMOA 3PBGA 3SIMA 4MTVA 1D2KA 1TFVA 2DT3A 2V5CA 5IHSA 1QHOA 4BQ2A 1BHGA 2ZE0A 4K68A 2DSUA 1W9VA 3AXIA 6CGTA 1H4PA 1CDGA 1E70M 1UD8A 2XVPA 3VGEA 1JZ6A 1U30A 4P8UA 3S6TA 4B15A 1LL6A 4UOQA 1CBGA 2CKSA 2YBUA 1BYAA 3ZIZA 3ARYA 3BSHA 3VUPA 4UTFA 3WQ8A 1GJWA 2VVSA 2WMIA 4W86A 4Z2GA 5DO8A 1B31A 4R27A 2E8YA 3SUVA 1B2YA 1Y7VA 1R7OA 3VKKA 4AD5A 4PMNA 1MW3A 4A3HA 1HP4A 1HJQA 1VEOA 3WNOA 1MQPA 3VNZA 4HA3A 3IJ9A 3CZJA 4DM2A 1K9DA 4X9YA 3OBAA 2BXZA 5I2UA 1KXVA 1BTCA 1GOOA 4NSBA 3ZJ7A 1OIMA 3WDJA 3SCVA 1U33A 1BFNA 1QI3A 5EB8A 1HJWA 1DWIM 1E0XA 1OT2A 2E4TA 4FLQA 1EOMA 5C71A 5A6AA 2VNCA 5EBAA 1V0KA 2CETA 1EQPA 2Y8VA 5AY7A 3MV01 4JFTA 5I78A 1C8QA 4PMDA 3BC9A 4KMQA 2ESCA 2JEQA 3VPLA 4EKJA 3EMCA 4V27A 2D22A 4GIAA 5M17A 5M5DA 2ZOXA 2DH2A 1G1YA 1GHSA 3AIBA 3SCPA 2WHKA 4Q22A 3AYSA 4AEEA 3VINA 4D72A 2ZWYA 4EK7A 3VU2A 1J0JA 2W91A 3W24A 5HOSA 1JNDA 2WKLA 3AMGA 3L4ZA 1WDPA 4R5EA 4J3VA 1TVNA 1BYCA 1LWHA 3NDYA 1FFRA 4LQ1A 2VURA 2VRQA 3PZMA 4PMUA 3N9KA 5FCZA 4XZBA 1HNYA 2XFYA 2J4GA 1HL8A 3TONA 3CBWA 3BSGA 1KGXA 5E0FA 1FOBA 1UKOA 1XD0A 4ACZB 1W1TA 2X0YA 4PMZA 1UR8A 2ZUWA 4PCTA 1EIBA 1JXJA 1CXEA 2W62A 2GJXB 1JAEA 1M53A 3LPOA 3KZSA 1UD3A 2W92A 1QI0A 3SCOA 5ABFB 1Q6GA 4ZENA 5A8NA 1D3CA 2DSWA 1N82A 4QFUA 3THCA 4PEEA 1B1YA 2D0GA 3WD1A 4DM1A 3W29A 3ZM8A 3GDBA 3BMVA 1JNEA 5LA2A 2QF8A 2GDUA 6A3HA 4UCFA 5D9MA 1J18A 3NJ3A 2BV9A 1GHRA 2E9MA 1ZJAA 3VTRA 3VMOA 1DTUA 2Z1SA 2QPUA 3AISA 4W88A 3VM7A 4U2ZA 1KXTA 3WEZA 3K4AA 4MJ2A 5JBDA 4GI8A 1CYGA 5AYBA 2G41A 1VBRA 1K9TA 2X0HA 3GXDA 1JZ5A 4DWSC 2AAAA 2V5DA 3AIQA 3A4WA 2XM1A 2NSXA 4J3XA 3ZR5A 1XH0A 5A1AA 3BAXA 1SYTA 3LPPA 3L4WA 5DFAA 4DUVA 1UHVA 3LPGA 1UD4A 1VFOA 3AJ7A 1XCXA 1BPLB 2XPKA 3VGDA 4DWSA 1B3VA 2A3CA 5I0DA 3WL1A 1KGWA 4HOXA 3VGBA 4D6CA 1V3KA 2QLYA 2CNCA 1DEDA 3EDDA 4E4PA 1RP8A 1UKQA 5EFDA 5A6BD 1GVYA 1M01A 4AZBA 4FLRA 1PAMA 1GORA 2GSJA 1E6XM 3BMWA 3D5HA 1OD8A 4W7UA 5CPTA 4YPJA 3RO8A 3AICA 3RM8A 3WDRA 2BHUA 1V08A 2WBGA 5BYWA 1G5AA 1KGUA 3CUFA 1NOFA 1R86A 3APGA 3T09A 1E9LA 3MSGA 4MB5A 1PJ9A 1XD1A 2F61A 1CGXA 1WDRA 4AC1X 3AS1A 2XIIA 1XC6A 1EGZA 4NZCA 1OD0A 1G9HA 1V03A 4UQCA 3T0DA 4UZUA 1JZ3A 1CNVA 3TTOA 3ZT7A 4AXNA 1MQRA 4UQAA 4HP5A 3BCFA 3N15A 3PZGA 1B3XA 5M3WA 1JZ8A 2D3LA 4UQ9A 1UH4A 2EPKX 5FL1A 1S46A 1VAHA 2G3NA 2GDVA 3W28A 3WD2A 1V3LA 2CBVA 3GNOA 3PZ9A 1V3IA 3BAJA 3W53A 3L4XA 2HISA 1W9DM 1J10A 4PTMA 4UR9A 4CD4A 7CGTA 1QPKA 2J47A 1E6NA 5CGMA 4AWEA 4BZYA 8CGTA 1V3MA 4YHGA 3TOPA 1E15A 2OYKA 4FLOA 2YL6A 1VEPA 4F8XA 1G0CA 1UH2A 4AYSA 2PF0A 4LXFA 2O9TA 1TZ7A 3BLKA 3SCSA 2GVYA 1HJXA 4CKQA 4CN6A 1TA3B 1JAKA 2OLHA 5C70A 4CD6A 3WH6A 4J3TA 3F5KA 2ZUVA 4AZ5A 2Y2WA 3WFLA 3NUKA 1V3JA 4AZGA 1W2VA 2J77A 3OIHA 4WKFA 4XB3A 1VB9A 2W61A 3AHVA 5ECUA 3AZTA 1QBBA 1DWHM 2XFRA 1JYVA 1UQZA 1XRVA 3CUJA 2VVNA 1OWQA 1ZL1A 3OZOA 3THDA 1E4IA 1OGBA 1IZKA 5A3HA 1DHKA 1WZKA 4P7RA 2BHYA 2VZUA 4GINA 1US3A 1LL7A 4AEFA 2D3NA 2F2HA 2V3DA 1TA3A 2E3ZA 3AS2A 3UEQA 2OWWA 4CUCA 4GZEA 2J74A 5DMYA 2G3IA 1B3YA 5EFFA 1MXGA 5DEZA 2X09A 3GXIA 4UZSA 3DECA 3FN9A 1CTNA 4P8XA 3HJEA 5A6MA 2CHNA 2DPEA 2J25A 4KRUA 1A47A 4UQEA 1C92A 2JFEX 1UQYA 2XFFA 1QBAA 3A3HA 1E55A 4KWUA 1L8NA 2J7DA 2FH8A 3SUWA 1VENA 3WEOA 3AYRA 3TTQA 1JYXA 3U7BA 1E0WA 1HN1A 1W3KA 2V38A 3AHYA 4QCEA 3ECQA 4AD2A 1OM0A 1MWOA 1UR2A 4MB1A 4C7GA 4W87A 2VX5A 3OB8A 1C3FA 3A6OA 1CGWA 3WQ5A 2PC8A 1GW1A 2ZX6A 3MMDA 2DSZA 3EDEA 2CBJA 4B3KA 4JHZA 2J75A 3VILA 3AIEA 1HJVA 1QNOA 2VX7A 2WANA 3VIGA 4WIWA 2VRJA 2YA0A 4DUXA 4DUWA 2WWDA 2G3JA 4BS0A 2WMFA 1JYNA 4OJYA 4H7VA 4JFVA 4HZ6A 1MYRA 4UFIA 2DSVA 2A3BA 3KL3A 1OCQA 3F5LA 4MB3A 1R7AA 5D8WA 1UOKA 3WH8A 1LL4A 1PBGA 2J8GA 2OWCA 1GOKA 5A8PA 3VOCA 1MW2A 4W7WA 3VIFA 1V6VA 5GNXA 4KH2A 2PWGA 2OSXA 4HOZA 4LPCA 3I3DA 4QP0A 3VX0A 2XM2A 1QI5A 2J78A 1UWQA 3WQ4A 1RD6A 2CHOA 3GXMA 5CZKA 3T2QA 1OBAA 3ZQ9A 4AD3A 2VR5A 2WMHA 2XIBA 2W67A 1FP9A 4P7LA 3PTMA 4W93A 2VQUA 4TVCA 1OT1A 3N13A 5CPQA 1HKIA 2WC7A 5I6SA 1J0IA 3IANA 1UWIA 4AY1A 1HXJA 4PTWA 1BGAA 1C91A 5GPRA 4ZE4A 1TG7A 3MO4A 3WDIA 1CPUA 4HA4A 3AHXA 3RPMA 1M7XA 3RM9A 2OWXA 2WBKA 4H8UA 1TVPA 1J0YA 1HKMA 3WMSA 1W9UA 3QOMA 1K6AA 4PYSA 1QOXA 1NWTA 1W3JA 1W2PA 4D6HA 4B9ZA 1V0MA 4M1RA 6TAAA 1JI1A 2JIWA 2J8FA 1JFHA 3ZT5A 4ACYA 1EO7A 2PI6A 1YQ2A 2XJ7A 4MB4A 4MADA 4WF7A 2RGLA 2WZEA 3T08A 5JBFA 2ZX5A 4JKKA 3VGHA 4RL3A 1UYQA 1P6WA 3MANA 3VGGA 3U7VA 1V6UA 4AZ7A 4IPLA 4JKMA 1E72M 2PWEA 4TTUA 4HU0A 1E4LA 2DDXA 4HMDA 3VNYA 1C8XA 5A8QA 4D6IA 1Q4NX 1UR9A 4H04A 1QI2A 4XUYA 1CIUA 1MVYA 2GFTA 3MUIA 2V3GA 3OA5A 4Z2JA 1WZMA 1AQMA 3WDQA 3WQ6A 3DYMA 1DWJM 1HF6A 4MPKA 1K9FA 2CXGA 1UD5A 5E6ZA 5C8BB 5CPSA 2DIJA 3QHMA 2VZSA 1UG6A 3T2PA 3RM4A 2UY4A 3WNPA 2EPMX 1BYDA 1EHNA 1DP0A 3M46A 2GK1A 2ZICA 2ZIDA 2G4FA 3FW6A 4QDMA 3OLEA 4TX6A 2XVKA 1R87A 1E6SM 2YL8A 3EYPA 3L4TA 2WMKA 4XV0A 1E5JA 1E43A 3WDPP 1LQ0A 1R8LA 2DT0A 1H11A 4HA1A 5FD0A 1ITXA 4F79A 3VIKA 4PBGA 3VD9A 3PN8A 3EDFA 1FP8A 3AS3A 2E9LA 1JG9A 2WC3A 1DWGM 4MJ4A 4BQ3A 2NT1A 2XUCA 4P7QA 1HIZA 1E4NA 1ZS2A 2WZIA 2VRKA 4PMQA 4ATDA 4FK9A 2F8QA 3OZPA 2YDSA 5JUVA 4OIFA 3QR3A 3AIUA 1FHDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CU7 A;  4D6G A;  3AXH A;  1JDD A;  1CXF A;  2VI0 A;  3CPU A;  2IXU A;  1MW1 A;  3WUG A;  4MNM A;  1CLX A;  1EQC A;  1HVX A;  2CER A;  1E0V A;  2E9B A;  2J7G A;  4B16 A;  3I3B A;  2WLY A;  3CZ8 A;  1PX4 A;  3AIW A;  2YDQ A;  3FY1 A;  3VDH A;  1H41 A;  2W63 A;  4AD1 A;  2X1I A;  4L4O A;  1D7F A;  1AQ0 A;  1BQC A;  2Y4S A;  2VCA A;  1JF6 A;  4TVU A;  3IAP A;  7TAA A;  2DT1 A;  1U2Y A;  3WUB A;  1VFU A;  3AMD A;  4Z2L A;  2VOT A;  2E8Z A;  4PSR A;  3CHC A;  3WNL A;  8A3H A;  2W66 A;  1UA7 A;  4W84 A;  4U3C A;  3GBD A;  2EBN A;  4D6J A;  2JIE A;  2MAN A;  1FA2 A;  3A47 A;  2WMG A;  2XG9 A;  2DH3 A;  1C93 A;  1ZU8 A;  3ARP A;  1BG9 A;  2WC4 A;  1CXH A;  4JFS A;  3ALG A;  3UG3 A;  1W9P A;  2O9P A;  3K46 A;  4GXP A;  1UWU A;  4TX8 A;  2XYL A;  1B9Z A;  1O7A A;  1JDC A;  2EEX A;  3O6A A;  1EO5 A;  2WHM A;  3O2L A;  3WEM A;  1IV8 A;  3II1 A;  3ALF A;  2CIT A;  3WY1 A;  1UWR A;  2O9R A;  2DGA A;  4DWS D;  3WL0 A;  4W8B A;  1E73 M;  2WZH A;  3SCT A;  1G94 A;  2VX6 A;  3UES A;  1UWS A;  1ISV A;  2VUY A;  1V3H A;  2J7F A;  2WB5 A;  1SMD A;  4N42 A;  4GI9 A;  2WVT A;  1MFV A;  1VJZ A;  1J0H A;  2C8N A;  1I75 A;  3GNR A;  2BFG A;  1GQJ A;  3PZN A;  3K8K A;  3FAX A;  5EMY A;  3K8M A;  5D9O A;  2J7E A;  3CHF A;  3KWX A;  1E6Q M;  2OSW A;  2CPU A;  2GJR A;  1W9B M;  2Y8K A;  3GZA A;  2WSP A;  2G8Z A;  3BCD A;  5IDI A;  1WDS A;  1NOU A;  3BGA A;  1NWS A;  3OLI A;  3NDZ A;  4CD5 A;  2FHC A;  5A8O A;  4GQQ A;  2RGM A;  1PZ3 A;  1UH3 A;  1WB0 A;  4W5U A;  3RIK A;  3ZO9 A;  3OGV A;  2IUZ A;  1E4M M;  1JD7 A;  4P7O A;  1KR0 A;  1QHP A;  1EDQ A;  1OIF A;  3CZG A;  3O9N A;  4XX6 A;  2WM0 A;  2D0H A;  1QNR A;  1EA9 C;  2XGI A;  3OLG A;  3A4X A;  4H8H A;  3GXF A;  4LYR A;  1MW0 A;  3WBA A;  1F4H A;  5I79 A;  2JF7 A;  2E40 A;  1H0G A;  3A4A A;  2ZUN A;  1H5V A;  4D1J A;  1JZ7 A;  3RJX A;  3ARW A;  2XTK A;  2ZUM A;  2DIE A;  1KQY A;  3SUR A;  3W37 A;  5E09 A;  2Z1K A;  1CEN A;  4GO9 A;  1XSJ A;  3ARZ A;  1JIB A;  4URI A;  3ZT6 A;  3VD7 A;  1W32 A;  1LG2 A;  2XVG A;  1F4A A;  5JIW A;  1GQK A;  3CUI A;  5BXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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