5D9MA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from prevotella bryantii b14, e280a mutant in complex with the xyloglucan tetradecasaccharide xxxgxxxg
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGAYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Prevotella bryantii
total genus 137
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d9mA01
3K1DA 5EMYA 4WJXA 1TA3B 1V6YA 3IJ7A 3HN3A 3PTKA 1V02A 3VIKA 1HJSA 4RE2A 1J10A 3KEHA 4DM1A 5EFDA 3T0DA 1H3GA 1EGZA 3GH7A 3T2QA 1KWKA 4HTYA 4CCCA 3IK2A 3MKKA 4JL1A 4KGLA 1QPKA 1US2A 2RGLA 5I24A 5GNZA 4AZCB 4HU8A 2JF7A 2WHJA 4WF7A 3MS8A 2J75A 1RD6A 1EIBA 4A3HA 2PWEA 8CGTA 1N82A 4NRRA 2ZOXA 1CBGA 3AOFA 5A6BA 3PN8A 3CHEA 4W84A 4Q22A 2X09A 4AZIA 1GCYA 1LG1A 1HKIA 4U5KA 1UD2A 4W86A 3WDHA 3VD5A 1J0YA 2XFYA 1EO5A 4L4OA 1IZKA 3WDIA 5IHSA 4J3XA 1OIMA 3FAXA 4P7LA 3AFBA 1TVNA 3SCUA 1D3CA 2C8NA 2GJXA 3N9KA 4URIA 4CU7A 2UY2A 1UWTA 4JIEA 3CHDA 3ZR5A 4BQ5A 4X0NA 1V3HA 2V38A 2J47A 3WL1A 3T2PA 2BVDA 4DWSB 1AQHA 1ZBVA 2O9PA 1HXJA 3WY1A 2CEQA 4TVDA 4GZJA 3E1F1 4HA3A 2Y8VA 4M80A 4F9JA 2J7EA 2VQTA 3CUIA 4IISA 2BHUA 3WH8A 4BA0A 4AD1A 2GK1B 1I1WA 4AD5A 1PX3A 2HVMA 3FAWA 3OA5A 3CHFA 2OWWA 1DHKA 2WAGA 3SUSA 3CH9A 2J7HA 3GH4A 1QW8A 4AZGA 3TONA 3OZOA 5EFFA 1B3ZA 5KEZA 4UFIA 3PZ9A 1TZ7A 4KH2A 4ATWA 1M53A 1UA3A 4HA4A 3AIUA 1CECA 1CYGA 3SUVA 2G3JA 4JHOA 1UWQA 2UY4A 4B9YA 4QLLA 2V3EA 5E0FA 3CIVA 3WELA 3MO4A 2VR4A 4E2OA 4HZ8A 1OD0A 4PMRA 3WF4A 1KWGA 3WD2A 2ZUSA 1EQCA 2CBIA 1GQIA 5A95A 2WBKA 4ZENA 4E4PA 1U30A 1KCKA 3UESA 2PBGA 1EO7A 5A2AA 5BXPA 2G4FA 1J0ZA 2WC4A 1ZL1A 1PZ2A 2B31A 5CG0A 1E3XA 2BS9A 2JFEX 3ARQA 4J7RA 1UD5A 4P8WA 2CERA 4UQBA 2EXOA 2VL4A 3WF2A 2UWFA 1SMAA 2WKLA 3QGVA 1SYTA 2DEPA 4B15A 4M29A 1C8XA 2ZUWA 2F8QA 3HMCA 4CU8A 1GPFA 5FCZA 1F4HA 1BAGA 2DIJA 1ITXA 3GXFA 1ISWA 4BQ3A 1GNXA 1UH3A 3BGAA 3ZIZA 1JZ3A 4RE3A 1LQ0A 1JYNA 1HIZA 2J79A 3OLIA 5I79A 2VVNA 4GXPA 4OJYA 1UD8A 4ML4A 4W89A 4CD5A 2QF8A 1GQKA 3RM9A 2J8GA 1ZBCA 4ACZB 1OM0A 1UWIA 1ZB5A 4J27A 4F79A 3PTMA 5I5RA 4XZWA 1Z32X 1E4LA 2BV9A 4AD2A 1NP0A 3WMBA 1NP2A 3B9EA 1UWSA 5M17A 3ZMRA 3RJYA 1TA3A 3WNKA 5HOSA 7TAAA 2Y8KA 4DWSD 4AY1A 2YL6A 2VRKA 4PUEA 2O9OA 1XC6A 2AMGA 3AMGA 4DUWA 2OSWA 2D2OA 5HPCA 3WH6A 2WLZA 1CNVA 2WMJA 1UOKA 3AXXA 1MXGA 2WZHA 3SCSA 3W29A 1C7TA 3WF3A 2WXDM 5DT7A 3O2LA 3WD0A 1W3KA 2XUCA 4D6HA 5CJ5A 1DWJM 1J0JA 1J11A 3S6TA 2VJXA 2WLYA 4D71A 4AZCA 4TTUA 3QR3A 2DQXA 3U7BA 2EPLX 5EBAA 2J7CA 2A3CA 2G3MA 3FY1A 2Y2WA 1H2JA 2QPUA 1CLVA 4D6FA 2NW0A 5CSYA 1HP4A 3RJXA 4LYRA 5D9PA 2CHOA 2O92A 3CUJA 6A3HA 4BZYA 2YL8A 2YBUA 3A4XA 4C7FA 1UHVA 2PI6A 5LA2A 1J9YA 3NDYA 2BXZA 3GXMA 1PEZA 1UKSA 4GZIA 5D9MA 3I3DA 2GFTA 1V0LA 2XJ7A 4V27A 4P8VA 2X2YA 3CUHA 4QLJA 3AZSA 4IPLA 1XHGA 1VFFA 2E8YA 1KBKA 2EPMX 2XVNA 3WNLA 5ABEA 3BLPX 4AISA 4PN2A 2W67A 1KQYA 5A6SA 2OWXA 3VD3A 1XYFA 1D2KA 4FLOA 4CKQA 4HA1A 5D9NA 1UZ1A 4QCFA 4UZSA 1E6PA 1E4IA 3NSXA 3PZIA 2WW5A 1V6XA 3CZKA 1FOBA 2PC8A 4NZCA 2NSXA 1GORA 3BAWA 3N12A 1UYQA 2JIWA 3OB8A 3GDBA 5HBFA 5BXTA 1ZBKA 1CXKA 2NT1A 2YA1A 1VFMA 4D72A 1DWAM 2CBUA 1E4MM 4J3UA 5A69A 1GOKA 1E15A 3ARYA 3NIYA 2YL9A 1VB9A 2J7FA 3AMLA 2YDRA 4MB3A 2A3EA 1PIFA 2QV4A 1HX0A 1W9XA 2VZSA 5JBFA 1EH9A 4HZ6A 5IDIA 4UQEA 3T2OA 2VUYA 2CETA 1XSJA 1UKTA 2VZTA 4H8UA 3WUBA 1ISXA 2W4XA 2WPGA 1K9DA 3BCFA 3BXWA 2VURA 1R87A 1IZJA 1M04A 3MUZ1 3IJ9A 3KZSA 4QLKA 4UFJA 2FGZA 1GUVA 3EMQA 1DWIM 1JZ7A 2XVKA 2YA2A 4F8XA 1WCGA 3MV11 2ZUTA 3D3AA 1UH4A 1V03A 3MMWA 3DHUA 2ZWYA 1JDDA 2Z1KA 1X1NA 2CBJA 2DGAA 1C8QA 1Q6CA 2PF0A 2VX7A 3AYSA 3ARSA 4W5UA 3VDCA 5M03A 3LPFA 2VRJA 1TR1A 4UOQA 3BLKA 3UG4A 1VIWA 5BRPA 1JI2A 1KXHA 1E5JA 1R8LA 4PMUA 1J12A 5I78A 1OCQA 3WQ8A 4MB4A 4U3AA 5E6ZA 3F5LA 1BQCA 1C93A 4CD4A 5JUVA 1CDGA 3UR7A 1XH1A 2V5DA 4W8LA 4WK9A 1TFVA 1DWGM 4XZBA 2WB5A 1ESWA 1CPUA 2ZX8A 3N13A 1WZAA 1GONA 4TX8A 4GO9A 2QMJA 3GNPA 2WBGA 1GHRA 1UD4A 2ZE0A 4MNJA 1OSEA 5D4YA 2WKGA 1W3JA 6TAAA 1CTNA 3OIHA 3RM4A 1XV8A 4NI3A 3VGGA 2ZUVA 1E0WA 2YKKA 1QOXA 2UY3A 5A94A 1CXLA 2GDVA 4UTFA 4PTWA 4FK9A 1TE1A 1UD3A 5A3HA 4UR9A 5CXPA 2V5CA 5DT5A 5IFPA 5GQBA 3WNOA 3D5HA 3AIWA 4AZ7A 4P7RA 2VMFA 5AYIA 2ZUNA 1JF5A 1Q6DA 4UFKA 2PWDA 1LF1A 1W2VA 1BSIA 1J01A 2J62A 2VT0A 1UA7A 1CENA 1CXIA 1VBRA 3K8LA 2VZVA 2XVPA 2J7GA 3O9NA 2EPKX 1BVZA 5IXEA 2YA0A 3POCA 1CGWA 3AI0A 2YDQA 3NSMA 1V0MA 1A47A 4PSPA 2CCRA 4R27A 3WKZA 1BG9A 3VGBA 1E5NA 1JXJA 1JZ4A 2X1IA 2XM1A 4Z2IA 2PWFA 2W62A 1MW2A 3L4TA 4GI6A 4Y7EA 3KWXA 1GOOA 1GZJA 3F5KA 1V02E 2VTFA 3NDZA 1DTUA 1B9ZA 4F66A 3DYMA 4HP5A 4W8BA 4UZUA 4F9DA 3AIQA 3VNZA 3WBEA 4C7DA 3SCQA 3N15A 1JG9A 2J7DA 1OT1A 4CD7A 3WNPA 2F61A 1VF8A 3FNDA 2XSBA 3OGRA 4XV0A 1CGTA 1V6UA 1ISZA 1Q6FA 5E9AA 2WNWA 1H0IA 2HISA 4D1IA 3SURA 3VM5A 3A4WA 1CGXA 3WUEA 3VX0A 1MWOA 3EDFA 4D6EA 1XH0A 3N18A 2A3AA 1CZ1A 1VFUA 1QI4A 1WNOA 5F7UA 2W5FA 2XVLA 1PBGA 4RE4A 1ZJAA 2XTKA 3DHPA 3GNRA 3IAQA 3TOPA 5A6LA 4JFTA 1W9BM 4AZHA 1O6IA 2EO7A 4BS0A 2WWDA 1M03A 1H49A 3K4AA 1B3VA 1O7AA 1JYWA 1U33A 5GPRA 2Q8XA 4JCLA 4ZEPA 1LJYA 4PSRA 1V3JA 2DT2A 3VTRA 2J8FA 1H0GA 3M07A 2X0HA 4MAZA 3TTQA 4JFVA 1V3KA 4IUGA 8A3HA 3SCVA 4GQQA 4W8AA 3GZAA 2XM2A 5M5DA 3AS3A 3W24A 3AHZA 1UR2A 1W1YA 2WCSA 2YOCA 5D8WA 2OYLA 4JHZA 5A8MA 3AZTA 2Y5EA 4J3SA 4NSBA 5HXMA 4WSJA 2ZXQA 4PEEA 5BROA 3ARPA 1B1YA 2CPUA 1C90A 1EDTA 2WMHA 1IT0A 1GOQA 4M1RA 1K9TA 1PZ3A 2BVTA 1NARA 1NH6A 1CLXA 1ZS2A 2ZICA 1E0XA 4ATDA 2J4GA 2DIEA 3QOMA 1FFQA 6CGTA 1L0PA 3SUWA 5A6JA 4D6GA 2D20A 1Q6GA 2VI0A 4BF7A 3FN9A 2NT0A 1K6AA 2VCBA 1LL6A 4EKJA 2BY2A 1EA9C 1EQPA 2WVVA 1B2YA 3EDKA 1XYZA 3TTYA 3UCQA 3VDAA 3S2CA 4U2YA 1EHNA 1D7FA 1E6NA 1BGGA 2TAAA 1MFUA 4TVCA 4H2CA 4WSKA 2PBOA 3WEZA 1MFVA 1VEPA 3AIEA 4MDOA 4OUEA 1RP8A 2AOSA 3AHTA 2DSWA 1SR0A 1PIGA 2DH2A 3QHNA 4CGTA 3EYPA 3IAPA 1E9LA 2WHLA 3EDEA 2CHNA 2WMFA 3ZR6A 2E0PA 5HPOA 1DWFM 3CMJA 4MB1A 4W5ZA 3N04A 3OLDA 1V6VA 5ABFB 1EXPA 3PZQA 1XGZA 2DDXA 3VGDA 2V3DA 1H11A 2BHZA 1KGUA 3AHXA 1BG4A 1SMDA 4FLQA 1ECEA 3AQUA 5AY7A 1OBAA 2WMKA 3MUY1 1NWTA 5LA1A 3WD1A 5A8NA 4HMEA 1LL7A 1GQJA 3FXYA 4BQ2A 2MANA 1NQ6A 5E0CA 1TCMA 3K4DA 3GXDA 3VD9A 1VFOA 2XVGA 4H8VA 4WIWA 3VIMA 4HU0A 1UWUA 4YHEA 4TX6A 1XSIA 4M82A 1NWSA 3RM8A 1JZ8A 1LWHA 4UCFA 3AMDA 3VU2A 2IUZA 3BH4A 1UD6A 1X6LA 2PWHA 2DT1A 3GYCA 3AIVA 3BAXA 3SCWA 2W66A 3APGA 2J7BA 1KCLA 3ZM8A 1JAKA 3WSUA 1W2PA 1MYRA 3VIHA 1XD1A 3VIIA 5D9OA 4KWUA 2GJPA 4MADA 1XCWA 3IJ8A 2BHYA 2CXGA 3W53A 2XHYA 1TMQA 4UFMA 4UNIA 2V3GA 3WMCA 5TD4A 1CXFA 4WKFA 3CZGA 3BSHA 3WFZA 3WD3A 3L4ZA 1JAEA 3MV01 1BYBA 4PMYA 1KQZA 3VIJA 5HDRA 3CTTA 2EJ1A 1E71M 5BRQA 2G41A 1PAMA 5IFTA 1M7XA 3MANA 1Q4NX 2D22A 4MNLA 3GBDA 1PPIA 4DUXA 5C8BB 3M7SA 3KL5A 4PMZA 2ZXAA 2EBNA 4WKAA 3VM7A 4Z2GA 2XIBA 1J18A 4MTVA 3WDQA 4E8CA 2Y4SA 2WSPA 1TVPA 4MPKA 2OWCA 3SUTA 3PZVA 1GVIA 1UQZA 3CHCA 2WMIB 4AEEA 3ECQA 1W3HA 2D0GA 4GI9A 3VUPA 1QNSA 2CIPA 1V3IA 3ZJ7A 4HOXA 4AD4A 4AW7A 2D0FA 3QOKA 4B16A 2J77A 1OGBA 4RL3A 1KGXA 1HJXA 4TOQA 3TTSA 1WO2A 1QI2A 3CO4A 3OGSA 4IPNB 4LX4A 3BAIA 2D3NA 3ZSTA 1UR8A 1W1TA 4S3JA 3WUGA 3WQVA 4YN5A 5M3WA 1H41A 5A8QA 4DWSA 1G5AA 2XGIA 1ZU8A 3TA9A 1E40A 3SEPA 1WKYA 1XRVA 3AXIA 1RPKA 4CD8A 2VOTA 1HKKA 2GK1A 1GQLA 4M81A 1HN1A 4WKHA 4OKDA 2ESCA 4JFWA 4H04A 1NWRA 1KBBA 4EANA 5GNYA 5ECUA 4KRUA 1EHAA 1G9HA 1VEOA 2D3LA 5I23A 5FL0A 1CIUA 2VZOA 2UY5A 2PWGA 5C70A 3SCRA 2BXYA 2GUYA 5BYWA 3W81A 1UWRA 3HU7A 5CGMA 1BVNP 3N17A 2WC7A 9CGTA 4GO8A 3K46A 3RMEA 5A6KA 4GKLA 3KL0A 1W9UA 2ZX5A 2GJXB 3W27A 1K9EA 1VRXA 1JXKA 4JKKA 2YL5A 2XYLA 1OWQA 1BYAA 3WD4A 3W37A 3ARRA 4PMOA 3VMOA 3VD4A 1UKOA 3VGEA 3ZT5A 1OGSA 3MU7A 4FLSA 2G8ZA 3VMNA 4HPHA 1FP8A 1US3A 3L4XA 1HL8A 3W26A 3DYPA 3L4UA 3F4VA 3CZEA 2E9MA 1VJSA 3MMUA 3W28A 5FKYA 1C92A 3U7VA 2OYMA 4M56A 3ZSSA 4M24A 5A2BA 4ZFMA 2C7FA 3A4AA 4P7NA 4CCEA 2J74A 4QP0A 3PZUA 3POHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K1D A;  5EMY A;  4WJX A;  1TA3 B;  1V6Y A;  3IJ7 A;  3HN3 A;  3PTK A;  1V02 A;  3VIK A;  1HJS A;  4RE2 A;  1J10 A;  3KEH A;  4DM1 A;  5EFD A;  3T0D A;  1H3G A;  1EGZ A;  3GH7 A;  3T2Q A;  1KWK A;  4HTY A;  4CCC A;  3IK2 A;  3MKK A;  4JL1 A;  4KGL A;  1QPK A;  1US2 A;  2RGL A;  5I24 A;  5GNZ A;  4AZC B;  4HU8 A;  2JF7 A;  2WHJ A;  4WF7 A;  3MS8 A;  2J75 A;  1RD6 A;  1EIB A;  4A3H A;  2PWE A;  8CGT A;  1N82 A;  4NRR A;  2ZOX A;  1CBG A;  3AOF A;  5A6B A;  3PN8 A;  3CHE A;  4W84 A;  4Q22 A;  2X09 A;  4AZI A;  1GCY A;  1LG1 A;  1HKI A;  4U5K A;  1UD2 A;  4W86 A;  3WDH A;  3VD5 A;  1J0Y A;  2XFY A;  1EO5 A;  4L4O A;  1IZK A;  3WDI A;  5IHS A;  4J3X A;  1OIM A;  3FAX A;  4P7L A;  3AFB A;  1TVN A;  3SCU A;  1D3C A;  2C8N A;  2GJX A;  3N9K A;  4URI A;  4CU7 A;  2UY2 A;  1UWT A;  4JIE A;  3CHD A;  3ZR5 A;  4BQ5 A;  4X0N A;  1V3H A;  2V38 A;  2J47 A;  3WL1 A;  3T2P A;  2BVD A;  4DWS B;  1AQH A;  1ZBV A;  2O9P A;  1HXJ A;  3WY1 A;  2CEQ A;  4TVD A;  4GZJ A;  3E1F 1;  4HA3 A;  2Y8V A;  4M80 A;  4F9J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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