5D9MA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from prevotella bryantii b14, e280a mutant in complex with the xyloglucan tetradecasaccharide xxxgxxxg
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGAYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Prevotella bryantii
total genus 137
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d9mA01
4S3KA 2D1ZA 1E4NA 4B9YA 4M8UA 1NP0A 2XYLA 4KGJA 2VI0A 1B0IA 4HU0A 5GQBA 4OOZA 3GNPA 2Y2WA 3GTNA 5LYRA 1JZ4A 2V5DA 1WB0A 2DH2A 3GXFA 4FK9A 1D2KA 1L8NA 5ABHA 4DUXA 2DQXA 2ZOXA 4U3AA 1UH3A 4PMXA 2CKRA 1FHLA 3CZ8A 4OZOA 3AIQA 4D71A 1UZ1A 4WF7A 1K6AA 4W5ZA 1V03A 3BMWA 4LQ1A 1XD0A 4AZIA 5CGMA 1V6WA 5CGTA 1WKYA 3T2OA 4JKLA 3IAQA 4QLKA 3A6OA 4JHOA 3ZR6A 3PZTA 1ZU8A 3DHPA 3BGAA 1F4HA 1V6UA 2XG9A 1BTCA 2JFEX 4LXFA 3VGBA 4AZCA 4P8UA 2VMFA 1J0YA 4D6DA 3PZVA 1G1YA 4F9DA 1EA9C 3W53A 3WQWA 1VBUA 4JAWA 3GBDA 4ACYA 1JAEA 1NQ6A 2OSYA 2ZUWA 2J78A 3AHVA 2PWGA 4CVUA 3KEHA 4AZBA 1OD0A 1OGGA 5HDRA 4H8HA 1H2JA 1K9TA 3IAPA 1LG1A 1ZS2A 2DH3A 4H2CA 3VIJA 5BXPA 3PZOA 1VEOA 2E9BA 4AZCB 3W37A 1I1WA 4WSJA 1WP6A 3WUFA 2OLHA 4AXNA 5A6JA 1MQRA 2DSUA 1QW8A 5D8ZA 2BNJA 4JCLA 1GONA 3U57A 4MDOA 1MFVA 4UFLA 1CXKA 4DUVA 4UNIA 1DWIM 2EPNA 4AD3A 5A2BA 2VR4A 5HOSA 1ISZA 1U2YA 4D6CA 3GXIA 3WF0A 1CPUA 1GOQA 3CPUA 4P7QA 3UEQA 2VZSA 2CEQA 1C93A 1EHAA 1NP2A 4FLOA 3RIKA 5E6YA 1LQ0A 2E9LA 1CXIA 3UR7A 1KFWA 1LL6A 3N17A 2VCAA 1PX4A 5D4YA 2VTFA 3AHTA 1VJZA 3VIGA 4E4PA 3WBAA 3PZGA 1CGVA 1BVZA 4HZ7A 2OYLA 3GDBA 3MKKA 3WIJA 1GQJA 1OWQA 4LYQA 3GH4A 5A1AA 2Z1KA 1HN1A 1PPIA 4CU7A 1V0NA 1ZBVA 1W3LA 3CTTA 4MTVA 4D1IA 5C8BB 2PWEA 1JYNA 3WDQA 4B3KA 4BZYA 2BY0A 2GVYA 3VIOA 1JD7A 2ZUNA 2WSKA 4AISA 1KGWA 3RM9A 3K8LA 2XGIA 1E4LA 4CD7A 2CERA 3VDCA 4UOZA 1W3KA 2BXZA 5I78A 1JZ6A 1W9BM 5M3WA 2DT3A 2YDSA 3AJ7A 5C71A 3VGDA 1GUVA 5JBEA 5LA2A 2EJ1A 1EO5A 1E5JA 1B2YA 4AYSA 2YBTA 3DYOA 3ZT5A 1QI4A 1UWQA 3ZMRA 1UD2A 1UA3A 2DSWA 2O9PA 1KBKA 2F61A 1C7SA 1CGWA 4WK9A 3B9DA 1EDTA 3WH9A 1ECEA 4PMDA 2EXOA 4Y7EA 3W0KA 3ARUA 1HJXA 4OBRA 1J0IA 3F4VA 5A6SA 1CECA 2BV9A 1QPKA 3UETA 3WNMA 3I3EA 3S6TA 2J47A 1OIMA 4W8AA 2V3DA 2WCGA 4JL1A 3I3DA 2J8GA 1US2A 1DTUA 1E6QM 4ATWA 2DDXA 1BHGA 3UCQA 1H11A 1O7AA 4GQRA 2D3NA 5FCZA 2VRJA 1R8LA 3OGVA 2XTKA 2VRQA 3OGSA 4A4AA 3VU2A 1YHTA 4UFMA 3WMCA 5D9OA 4ML4A 2WW5A 3WSUA 3EDDA 2VX7A 3VOCA 2A3CA 2XVPA 2VT0A 3DYPA 1HNYA 2YKKA 4AD0A 4AD4A 3AIVA 4UOJA 3AYRA 3GH7A 1HJSA 2FDMA 4L4OA 1FFQA 4PUDA 3L4WA 1LF1A 3WF1A 4PUEA 1HVQA 2WC4A 2YOCA 2VZTA 1UWIA 3CZLA 4WJXA 3FHQA 2GJXB 1KCLA 1S46A 3N13A 4KH2A 5CPSA 1CWYA 2XJ7A 3A47A 1TA3B 3NYDA 1UKOA 2WSPA 2WMKA 1EIBA 1V6XA 3ARSA 3MSDA 2JE8A 2J74A 3VIMA 3PZMA 3ZO9A 1AQMA 1UZ4A 3K4AA 3TONA 4W89A 3GM8A 5CG0A 1DWFM 2D2OA 3POHA 5FD0A 2G4FA 1J18A 1MQPA 3W4RA 3NDZA 3EDKA 1CEOA 1KB3A 2VURA 1LL4A 1OCQA 2W4XA 3N1AA 1JFHA 4ZE5A 1LL7A 1QNSA 4J3VA 8CGTA 4CN1A 1UR4A 1QHOA 4M29A 4GQQA 3B9EA 5CLWA 3LPOA 2BVTA 3WH7A 3A4WA 5A8PA 2WBGA 1JYVA 3AS2A 5HNNA 1CXHA 2ZX5A 2J8FA 2HISA 4IUGA 1UD3A 1A47A 1JNDA 3E1F1 2IUZA 1J0KA 3WBEA 2YA0A 2BY2A 1KXVA 4XUYA 1UD4A 4ACZA 1CNVA 5FKYA 3BAWA 3WD2A 4CN4A 3PZUA 2XHYA 4JZ5A 4AIEA 2A3BA 1QVBA 3QGVA 4HMEA 3SEPA 3TP4A 3VTRA 2WHKA 3OLGA 1GQIA 1WZLA 1XV8A 1ESWA 1C92A 1XYZA 5GNXA 4ACZB 1WPCA 3HU7A 3NJ3A 3MANA 4W5UA 1HKMA 3RO8A 1OM0A 3FAWA 1N82A 1IZKA 1E70M 4AWEA 3ZT6A 2GJRA 1UKSA 3KL3A 2X05A 5C70A 1OGSA 2G3NA 2V38A 4AIUA 1LLOA 1KBBA 2D0GA 5TD4A 1B3YA 3VD4A 1WAWA 2WVTA 1BG4A 4MPKA 1B3XA 5M03A 4GO8A 2ZUSA 1ITCA 4EK7A 2XIIA 4P7NA 1OT1A 3CHCA 2WK2A 4ZFMA 1E6SM 3ZR5A 2VUYA 5KEZA 2XM1A 3ARXA 4QCEA 2BY1A 3RPMA 3D3AA 2ZX6A 5GNZA 1E0XA 1EO7A 2Y5EA 4QDMA 4HA1A 3N18A 4MB1A 1QBAA 3SCQA 3SCWA 5DMYA 1H0GA 3THCA 2EPLX 2XVNA 2VJXA 3GH5A 1CGXA 2NW0A 2CXGA 3IJ9A 5IHRA 4UFJA 4GZJA 4P8VA 1GOKA 1QI0A 2ZUVA 1VFMA 5A69A 1KCKA 2X09A 1QHZA 3ZSSA 4KWUA 4NSBA 3T2QA 3BC9A 1B31A 1FOBA 1OSEA 4GZEA 1EHNA 2VZOA 2CPUA 2PWDA 1UD5A 1X6NA 2OSXA 3VUPA 1HF6A 2WMIB 1GORA 4KRUA 1CGTA 1BF2A 3RCNA 5JUVA 1JFXA 1XSJA 4ZXLA 4CUCA 2PWFA 4CGTA 1SFSA 4FLSA 3RM4A 1E6NA 2PC8A 4LX4A 3AZSA 1QNRA 5A6LA 1UH2A 3SCUA 3W6MA 1WE5A 1G9HA 3VNZA 3VM7A 4HOWA 4CD5A 4W84A 1G01A 3PTMA 2X1IA 4EAMA 3MSGA 1IT0A 3WELA 3HJEA 1KWKA 1UQYA 1C90A 1BG9A 1Q4NX 4F79A 4Z2KA 4E8DA 1B3ZA 3AXXA 1W9UA 3GNRA 3WQ5A 2WVVA 2J4GA 4UQCA 3NUKA 4CU6A 1M04A 5A8NA 4TX6A 1WDRA 2WB5A 3ZT7A 3QHMA 4FMVA 3ARVA 3WDPP 1GW1A 3AIBA 2J7DA 3K8MA 2WLZA 1ISYA 1B9ZA 4J3UA 5CPTA 3UERA 2EO7A 4HP5A 4J27A 3K4DA 1E15A 1GVIA 1V0LA 1W9DM 2O9RA 2XUCA 3QR3A 4ATDA 4MJ4A 4U5IA 1D3CA 2JF6A 2ZXDA 3CHFA 4TXEA 1F4AA 1DWJM 1MXGA 3VDBA 2VZVA 3WEZA 1EDGA 4H7VA 3W27A 1HJUA 3VD3A 3WQ4A 1W1VA 4UTFA 1AVAA 2VO5A 4HPGA 4DWSA 5F7UA 3F5JA 3TOPA 3BCFA 3VMNA 2OYMA 4PMOA 4QP0A 2ZUUA 3ECQA 2A3AA 1QNOA 1E43A 1UR1A 2OWXA 4W85A 3CHDA 1OIFA 4BQ3A 2C8NA 5D9PA 5JBFA 5CLTA 4W7WA 2HVMA 4M82A 1E6RA 1IZJA 4TVDA 2RGMA 1I1XA 3DHUA 3CUFA 4GZIA 1DWAM 1ITXA 2J7HA 5EBAA 1UWSA 5E0CA 3WFLA 5BXSA 2VVSA 1CXLA 1E5NA 2EEXA 5E0FA 3WDIA 2XFYA 2J7GA 1XRVA 2G8ZA 1WDQA 3WUEA 4QFUA 2YIHA 1GVYA 2EPMX 1JD9A 1V3MA 1YQ2A 2ESCA 4CD4A 5EFDA 4HZ8A 2J77A 1R87A 2JEPA 3AS1A 5AC5A 1FFRA 4DM2A 3QHNA 1JAKA 1Q6FA 1R7OA 3AROA 1MVYA 3NCOA 3RJXA 3WNPA 3OIHA 4P8XA 3CUGA 3WF4A 4PMYA 2WYSA 1BAGA 1WNOA 1UWRA 4V2XA 3SUVA 1FHDA 1PIGA 5HPOA 4ZE4A 4AC1X 3SURA 2WANA 3CBWA 3ZM8A 1E4IA 1XGZA 3A4XA 4J3WA 4CN6A 4AEEA 1VEMA 4PEEA 3M07A 1C8QA 1HKJA 3TA9A 2TAAA 2V3GA 3IJ7A 1JXJA 2UY3A 2ZXAA 4Z2GA 1E73M 2ZUTA 3SUSA 2Z1SA 2X8RA 3VIIA 2ZXQA 1X1NA 4UQ9A 7CGTA 2DPEA 1SR0A 4KRTA 1DHKA 3VGHA 2WWDA 3A4AA 1FH9A 4HPHA 4PRWA 2E9MA 3ARYA 1H5VA 4P7OA 2E4TA 5HPCA 1Q6EA 1KXHA 4UQEA 4XX6A 1E6XM 2CYGA 1HIZA 1BPLB 3SUUA 1VIWA 1JGIA 3SCVA 3G6LA 3AISA 2UWFA 5DO8A 1PJ9A 2YJQA 4A3YA 1TG7A 4OIFA 2D22A 3I3BA 4W88A 3JUGA 3W6LA 3VDAA 1XH0A 4MNJA 1ZL1A 3MV11 4PMZA 3AMKA 4PMVA 2XSAA 4RE3A 4U5KA 2IXVA 3WL0A 3EDJA 1E56A 1TR1A 5BCAA 2UY4A 3T08A 1PX3A 4MAVA 1B3VA 2ZXBA 2F8QA 3CZJA 3FHAA 3BAJA 3A3HA 5D8WA 1JYWA 3VILA 1TUXA 3W38A 1QI3A 3WNKA 2VX6A 3BXWA 8A3HA 4YN5A 3SCSA 1US3A 1WZKA 4H8VA 2WPGA 2VC9A 1XC6A 5M5DA 2PI6A 3ZJ7A 4MAZA 4DM1A 1ZBKA 2BVDA 1BVNP 1H1NA 3AIUA 1K9DA 3WNOA 3W25A 4UFIA 1GPFA 2UY5A 2AAAA 3KZSA 5A95A 1CGUA 3WNNA 2XVKA 1K9FA 1KQYA 5CZKA 4UZSA 1MYRA 3ZOAA 3WL1A 1PBGA 4TVUA 4D6IA 2GFTA 4TTUA 2Y8VA 5EFFA 5FL1A 2WHLA 3WN6A 4NI3A 1L0PA 1BQCA 1UWTA 1W1YA 1H4PA 3WKZA 4EE9A 4L4PA 4ZXOA 3WH8A 1V08A 4PCTA 1MFUA 2UY2A 3WQ8A 4JHZA 4X0NA 4B9ZA 4W87A 4B15A 2XSBA 1Z32X 1V6YA 1KQZA 3PBGA 4C7GA 3PTQA 4H8UA 1KR0A 3EDEA 1FP8A 3W26A 4CKQA 3TTSA 1C8YA 1JL8A 5BYWA 5IHSA 4JFWA 1RH9A 3WD0A 4B3LA 2CITA 1XHGA 3RJYA 4C7FA 4GI6A 1M01A 3LMYA 3BAXA 2D0FA 1UR0A 1CYGA 1W9VA 2A3HA 2ZX7A 2Y24A 1BYBA 2A3EA 1UOKA 2YDRA 1M7XA 3B9AA 4PMNA 4JFVA 4UQBA 1UUQA 5KZ6A 2DSVA 4OOUA 2GDVA 1FP9A 1UYQA 3QOMA 3WQ6A 2C7FA 1P6WA 2WMJA 2BHUA 3ZSTA 3HN3A 5I3DA 1SYTA 1IV8A 4X9YA 3AMLA 4CCDA 4MJ2A 4J7RA 1MWOA 1QW9A 3N9KA 2OWCA 4PTVA 2W62A 1W1TA 2XWDA 3MU7A 2V3EA 1JI2A 1UA7A 3VGGA 1CENA 3ARZA 2QMKA 3WMSA 2AOSA 4LPCA 1H0IA 2RGLA 1E72M 1AQ0A 1GOWA 4MB3A 4HA3A 3IJ8A 3MUAA 5CSUA 1CLVA 3U5YA 3NSMA 5A6BA 2GK1A 4JFUA 2BY3A 1EXPA 1Q6GA 2CHOA 1JZ2A 1PIFA 1JZ3A 2AMGA 3TTQA 3K46A 1PZ3A 5ABFA 1J0ZA 4AW7A 1JXKA 1GJUA 2D0HA 1QHPA 1KGXA 5A3HA 4LGXA 1PAMA 1HL9A 4QLJA 2GK1B 3AHYA 4BA0A 2DT0A 1UR8A 3M46A 4QLLA 5LA1A 1B90A 3FXYA 3L4TA 4S3JA 4DWSD 4D1JA 4TUFA 2XVGA 2O9OA 3SCPA 7A3HA 1JZ5A 2MANA 2V5CA 1M03A 2C0HA 3CLWA 4AD2A 2W67A 4IPLA 3BSGA 4BCEA 4UFKA 2ZX9A 4YPJA 4V28A 2EBNA 1XSIA 4F9JA 3J7HA 3WMBA 1X6LA 1J0HA 4D6JA 3KWXA 1MW1A 3KL5A 4PCSA 1JNEA 4MNKA 2X0YA 1HKIA 1E3XA 4MB4A 3PZIA 3WF3A 3TTYA 4J28A 5DF0A 1BYAA 1MW0A 2QHAA 2WMHA 1JIBA 3CHEA 1OBAA 2YLAA 4IPNB 4WIWA 9CGTA 1W91A 3IK2A 1ISWA 1WZAA 3WDJA 2G3IA 1GOMA 4GPNA 3NDYA 2E8ZA 3M7SA 4PTWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4S3K A;  2D1Z A;  1E4N A;  4B9Y A;  4M8U A;  1NP0 A;  2XYL A;  4KGJ A;  2VI0 A;  1B0I A;  4HU0 A;  5GQB A;  4OOZ A;  3GNP A;  2Y2W A;  3GTN A;  5LYR A;  1JZ4 A;  2V5D A;  1WB0 A;  2DH2 A;  3GXF A;  4FK9 A;  1D2K A;  1L8N A;  5ABH A;  4DUX A;  2DQX A;  2ZOX A;  4U3A A;  1UH3 A;  4PMX A;  2CKR A;  1FHL A;  3CZ8 A;  4OZO A;  3AIQ A;  4D71 A;  1UZ1 A;  4WF7 A;  1K6A A;  4W5Z A;  1V03 A;  3BMW A;  4LQ1 A;  1XD0 A;  4AZI A;  5CGM A;  1V6W A;  5CGT A;  1WKY A;  3T2O A;  4JKL A;  3IAQ A;  4QLK A;  3A6O A;  4JHO A;  3ZR6 A;  3PZT A;  1ZU8 A;  3DHP A;  3BGA A;  1F4H A;  1V6U A;  2XG9 A;  1BTC A;  2JFE X;  4LXF A;  3VGB A;  4AZC A;  4P8U A;  2VMF A;  1J0Y A;  4D6D A;  3PZV A;  1G1Y A;  4F9D A;  1EA9 C;  3W53 A;  3WQW A;  1VBU A;  4JAW A;  3GBD A;  4ACY A;  1JAE A;  1NQ6 A;  2OSY A;  2ZUW A;  2J78 A;  3AHV A;  2PWG A;  4CVU A;  3KEH A;  4AZB A;  1OD0 A;  1OGG A;  5HDR A;  4H8H A;  1H2J A;  1K9T A;  3IAP A;  1LG1 A;  1ZS2 A;  2DH3 A;  4H2C A;  3VIJ A;  5BXP A;  3PZO A;  1VEO A;  2E9B A;  4AZC B;  3W37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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