5D9NA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 member from prevotella bryantii b14, in complex with the xyloglucan heptasaccharide xxxg
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NATYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGEYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYNN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Prevotella bryantii
total genus 141
structure length 349
sequence length 349
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d9nA01
4J3VA 1JZ2A 4WKAA 5JBFA 3WF3A 5CPSA 4CD8A 1PZ2A 2XIBA 4XV0A 4MDPA 1W3LA 1I75A 1KWKA 1Q6FA 4PUEA 3NCOA 3NDZA 5I79A 2WMIB 3KWXA 1FP9A 3W37A 4UQEA 4U5IA 1NWSA 4UOZA 3T2PA 1V6UA 4NSBA 4CUCA 1QW8A 4DM2A 3ARPA 3AI0A 1CGXA 4E8DA 4D6DA 2WKGA 1IZKA 1IT0A 1E55A 1HP4A 1NWRA 2J8FA 2VVNA 3RM9A 5AC4A 4W7WA 2ZUNA 5BRPA 3KEHA 4NZCA 4TX8A 4PTXA 3SCVA 4M80A 4W7VA 7A3HA 3VOCA 1GOOA 1EHNA 3JUGA 1JNEA 3MKKA 2V3EA 2YA1A 1CDGA 2OSYA 2ZXDA 2AOSA 2G3IA 3VD4A 3VDCA 1J0YA 3ZT7A 4QLJA 1IV8A 2WK2A 4BF7A 3THCA 4TVUA 7TAAA 5A6BD 2TAAA 1PX4A 4KWUA 3MMUA 2D22A 1KBKA 3WL0A 2BV9A 3AIQA 1AQHA 5DO8A 3ZT5A 3MV11 1WPCA 5EMYA 3FHQA 1GONA 3CLWA 2CCRA 1PJ9A 2GSJA 4AZBA 4UOJA 3VMPA 1E70M 3EDFA 4HMEA 3ARUA 3W28A 4ZXOA 2VZOA 3RMEA 3VDBA 1B2YA 4AWEA 3WDIA 1C91A 1UR9A 3SUTA 1SMAA 4GZJA 3EDKA 2DSZA 5A6SA 3PZOA 3SIMA 1EOKA 3FY1A 4PMDA 2WBGA 3IJ7A 3PN8A 1C3FA 5I6SA 4W5UA 4TTUA 1OT1A 1E5JA 2QHAA 3K1DA 2XWDA 4V2XA 1LL7A 1O7AA 2GDVA 4AW7A 6A3HA 3NJ3A 2PBOA 5D9PA 1FA2A 2ZUWA 3CTTA 1CEOA 3WELA 2G3MA 4MAZA 1FHDA 1V0NA 4JFSA 3GH4A 4D72A 2PB1A 5EFDA 1XV8A 2WCSA 4BA0A 8A3HA 3A6OA 1JZ4A 5FKYA 1WZLA 1VBRA 4IISA 1UD3A 2A3HA 3CO4A 2J7EA 2W66A 3ZJ7A 4BQ3A 3U57A 1UWIA 2YL6A 1RD6A 5BWFA 2X0HA 3DHPA 1HIZA 4DWSB 2GK1B 3HU7A 4W7UA 2ZX9A 1JF6A 4YHGA 2JALA 4J3WA 1MYRA 4NRRA 3N12A 2CEQA 3AZTA 5A6AA 3AS2A 1H1NA 1UQYA 4D71A 4CU7A 1BYBA 1WDQA 1C8QA 3W82A 1E72M 2WMJA 3UESA 2Y2WA 2WMHA 1MW0A 1E6PA 4AEEA 2XFYA 4E4PA 4IPLA 4KRUA 2O9TA 1E6RA 5JBDA 1MXGA 1VBUA 1V02E 1CENA 1RP9A 5GQBA 1DWGM 1UR0A 5CGMA 3O6AA 4CN4A 4F79A 1UWQA 3ZJ8A 1XH1A 5FL1A 3PZNA 1L8NA 3AMKA 4H7VA 1UKOA 3B9AA 1O6IA 4CKQA 3VGFA 3NSXA 2JE8A 1ZL1A 4HMCA 2ESCA 4J3XA 2YJQA 2CETA 3WFZA 4ATWA 3WDHA 2V3DA 3FAWA 1V0KA 1B9ZA 1J11A 4JHZA 1QI3A 1WAWA 5ABFB 1C92A 1LG2A 1OWQA 3PZTA 1W9BM 2JF6A 4WJXA 1Q6EA 3W53A 9CGTA 1TVNA 3WMCA 3ZOAA 1KXHA 5E6YA 3VIHA 4YN5A 1TUXA 1C93A 3GTNA 4CD6A 4NF7A 4HTYA 1VJZA 4P8XA 4H8HA 3ZO9A 2QMJA 4ACZB 3OG2A 4FLSA 4W84A 1AVAA 5M17A 1X1NA 4FMVA 2HVMA 4HA1A 3AIBA 3QOKA 4FK9A 1CGYA 5E9AA 2E40A 1I1XA 1US3A 1W3JA 3ZSSA 1QPKA 1JGIA 1W1VA 4N42A 3RJYA 3OBAA 3IAQA 1GJUA 4UR9A 1FH8A 3AIEA 4GQQA 1WDPA 1GQJA 2XUCA 5CSYA 2WCAA 1LWHA 1KR1A 3CZGA 4GI8A 3WEMA 1AQMA 2J7GA 1DHKA 1UOKA 2VL4A 2ZX6A 3RM4A 1BQCA 1H49A 3WH8A 1J10A 1J12A 3AHXA 3ARQA 4GZIA 1D7FA 1G0CA 1G01A 3WQ5A 1NH6A 4MNLA 1ZBCA 2D0FA 3ARYA 1V3LA 2WMGA 1RPKA 2BY1A 1OBAA 3WFLA 4MJ4A 5CLWA 4GI6A 3NDYA 2J77A 5E0FA 1BSIA 1UWRA 1V6WA 3K8KA 2BVTA 2A3AA 2X09A 3AJ7A 3J7HA 2EXOA 5CGTA 2EPNA 3UERA 4CVUA 4AY1A 3SCRA 2XYLA 3MV01 1B1YA 3ARWA 4Z2LA 1CLVA 3WH6A 1QI4A 1MW2A 2ZUTA 2J79A 2AMGA 3MUY1 1JZ3A 4HPGA 3SUUA 1JAEA 4AD4A 1G5AA 2DSUA 3ARSA 5C8BB 3WEZA 2XM2A 1HF6A 1DWIM 3VIJA 5A6LA 4GXPA 3A4AA 4M1RA 1UG6A 4XB3A 1E1EA 4M24A 2E9MA 4C7GA 3WQ4A 3CGTA 4PTVA 4UQ9A 1G94A 3AMCA 1G1YA 1HKJA 4B16A 1HVQA 3T2QA 3OGRA 1GHSA 5A8MA 3A3HA 5IHRA 2BS9A 1UWSA 5CXPA 2IUZA 1RH9A 4ML4A 3RPMA 2YBTA 4JCMA 4PMVA 3WDQA 1ECEA 1JDAA 3VDAA 2D2OA 2Y4SA 3VVGA 2WMIA 1R85A 2VX7A 2W92A 2O9RA 1K9TA 2XM1A 5I0DA 1LJYA 4XZWA 2VZSA 3AHYA 3F5LA 4W88A 3K4DA 5JBEA 2CPUA 1K6AA 2J75A 1UR8A 2BHUA 1ODZA 2WCGA 3ZQ9A 2V3FA 1WZKA 4M56A 3BAKA 1W1PA 4QCEA 1ISVA 2YL5A 1GVYA 3F5JA 2J7BA 5HOSA 5I24A 3ARZA 2UY3A 4MB3A 3ALGA 1VEOA 1GVIA 3SCUA 3SUWA 1QW9A 4H2CA 1MQPA 3UG3A 5I2UA 4ZFMA 4AIEA 2YDRA 4ZE4A 1E3ZA 1OD0A 2JF7A 1V0MA 1TVPA 1W2VA 3W24A 2DT1A 1HJWA 3BLPX 1PZ3A 1R87A 3LPGA 4D6GA 5FD0A 2YLAA 5AC5A 2GJRA 2W4XA 4P7NA 1QHOA 3ARRA 4GI9A 3ARVA 1XHGA 2PWFA 1R86A 3LMYA 1UD6A 1H0GA 4AYSA 2BXZA 3WUEA 5E6ZA 2OSWA 3CUFA 3T08A 3ALFA 2CKSA 4JIEA 4AD2A 1W3HA 1PIFA 4MAVA 1E71M 2ZX8A 5CPTA 4AD3A 2PF0A 3BCDA 1XH0A 1HN1A 2WXDM 4PMNA 4AIUA 1H4PA 2XVLA 3CBWA 1ISWA 4FLRA 3N18A 4B9ZA 1F4AA 3WSUA 2ZIDA 1SYTA 1VRXA 4R27A 4ZE5A 3ZSTA 3BAJA 1ZS2A 1NP0A 1FP8A 3W6LA 4AZ6A 3WBAA 1PX8A 3MS8A 1UH2A 3L4ZA 1DWHM 5A8QA 3IAPA 1V6VA 1W1YA 1VFFA 1UZ1A 1LQ0A 3WN6A 3TTYA 1G9HA 2XVPA 4TOQA 4AXNA 1Q4NX 4M82A 3OIHA 3VTRA 2ZUVA 5A1AA 1J01A 4QLKA 3L4XA 3NSNA 4KMQA 4WIWA 1W1TA 1U33A 4W5ZA 2D24A 2DPEA 4PN2A 1J0HA 4JFUA 5A94A 5HPOA 3VX0A 2DT3A 4MNKA 1BLIA 4J7RA 4V28A 1V6YA 3RDKA 4EKJA 3VIFA 3ECQA 1J18A 4U31A 3MSDA 3PZGA 1B90A 2EBNA 3UR7A 1PEZA 2J4GA 5I3DA 5A2AA 3O2LA 2WZIA 1H41A 3CZLA 4U2ZA 1BGAA 5BXSA 1H11A 6CGTA 6TAAA 1E6XM 5IDIA 2E4TA 2Y24A 3AQUA 5A8NA 1DTUA 1EIBA 3WF1A 2VURA 5EB8A 4WLCA 3LPOA 1JL8A 1HNYA 2G4FA 3AIRA 3PZVA 3AHVA 5D8WA 4B15A 4PMUA 3W38A 1UKSA 1QHPA 3KL5A 2F61A 1W9VA 1MQQA 1XGZA 2XSAA 1BG4A 3GNPA 2OWWA 3APGA 1R8LA 4UNIA 3K8LA 3W26A 1ISXA 2E0PA 3RJXA 3MANA 4HZ8A 1E73M 2FHCA 2DSKA 3CIVA 4OOZA 4OBSA 2WLZA 1MWOA 4UFLA 2WVSA 5A8PA 1KXQA 4D6IA 1GOWA 1W9UA 1I1WA 2Q8XA 1ZJBA 2CYGA 2G41A 4B9YA 4BQ5A 4A3HA 4QP0A 2QF8A 1QI2A 2J8GA 1C7TA 1HKIA 1VF8A 4MJ2A 5D9NA 4OIFA 4CU6A 4ACZA 3AMDA 1KGUA 5DT7A 1VEMA 3M46A 3KZSA 1TCMA 1CXKA 1QHZA 2YIHA 2WVTA 4KRTA 1OB0A 4OJYA 4LGXA 3S6TA 1C7SA 5CQ1A 2WKLA 1UKPA 4QAWA 3EYPA 2XSBA 3MUIA 1E4MM 3T2OA 3VU2A 3BAXA 1OGGA 5FOOA 5GNXA 4U3CA 5C71A 3WQWA 1BGGA 2D23A 4D6FA 3BAIA 2YOCA 2VQUA 4GKLA 1LLOA 3PZMA 1QBAA 4EAMA 1QI0A 5ECUA 5A6BA 1WE5A 4HZ6A 3WNLA 2WMKA 4PEEA 3BXWA 3GBEA 3UG4A 3VINA 2ZXQA 4LX4A 2J7DA 1GZJA 3GNOA 5FCZA 2CBUA 3U5UA 1GQIA 1CGWA 4LQ1A 3GDBA 3N15A 2VX6A 1GHRA 2W67A 3W0KA 4E2OA 3WMBA 4RE3A 5BRQA 1KCKA 2B31A 2J7FA 2ZWZA 4S3KA 1E6NA 1KQZA 3M7SA 4PUDA 3BMWA 2VRQA 4CN6A 4HA3A 4W86A 1ODUA 4W85A 5I77A 2J25A 2O9OA 4UFMA 1PX3A 2ZX7A 3CMGA 2EPKX 1KGWA 2FH6A 1J0IA 2Z1SA 4IUGA 3AYRA 2W5FA 4Q7NA 1XH2A 3TTSA 1LG1A 3QHOA 3FHAA 2ZICA 1ZBWA 1HJVA 3IANA 4QDMA 2WVUA 4Z2KA 1N82A 3AOFA 4Z2JA 1HJUA 3AHTA 2NT0A 3WNNA 2A3BA 4AISA 3GNRA 3GZAA 4EANA 2E8ZA 2VZVA 3WUBA 4DUXA 4UQAA 3MMWA 4CCEA 4J3UA 4PMRA 4PSRA 4PMOA 2VZTA 5I23A 1QBBA 4AD1A 5BROA 1JDDA 3N04A 3OZOA 3WKZA 3N9KA 3UEQA 3VO0A 5BXRA 4R5EA 3FN9A 4A3YA 1EXPA 2VI0A 3K8MA 1L0PA 4H8VA 2EO7A 1VIWA 3S2CA 2ZWYA 3FNDA 1OGBA 1JFXA 2VOTA 4UQCA 4L4PA 3WD3A 1V6XA 3GXMA 3GM8A 4AMCA 3VD3A 4BS0A 3PZ9A 3CZJA 4TVDA 3VGBA 4JKLA 1HX0A 5A69A 1E15A 5GNYA 3WH5A 1US2A 5TD4A 4F8XA 3WF2A 1FH9A 3AS3A 3POHA 1SMDA 4P7LA 1JI2A 1QNPA 3AISA 1OIFA 4M29A 4XUYA 1CPUA 5IFTA 2VR4A 4Z2IA 1GORA 1P6WA 1NM9A 1WZAA 1E0VA 2J47A 1JYWA 1YQ2A 4QCFA 1EDGA 4MNMA 1GOKA 1XCXA 1KCLA 2G3NA 2V38A 3KL3A 3T0AA 1D2KA 4HP5A 1CIUA 3BAYA 3WD4A 1U2YA 1QOXA 3W6MA 4HMDA 2FHBA 4KH2A 3VNYA 3OA5A 3CHFA 3WEOA 4ATDA 2W91A 4FF5A 4UFKA 5BXPA 2BVYA 4W8AA 1B3WA 5CPQA 4OBRA 3UR8A 1KXTA 1JZ8A 3WIJA 2WW5A 2DH2A 4H04A 1UR1A 3ZJ6A 3ZM8A 1CXHA 4IM4A 1B3ZA 1XSKA 4OUEA 2J62A 3D3AA 1VJSA 2YL8A 1KGXA 2DH3A 4KGLA 1TA3B 3QR3A 5A3HA 4W89A 3RIKA 1GQLA 3VIPA 2VTFA 3PZIA 3WF0A 1ESWA 2BY0A 5GNZA 5AYIA 2WAGA 1OGSA 2XTKA 4AZHA 3WBEA 1BHGA 4BQ2A 4ZEPA 3OB8A 3ARXA 3UETA 5E70A 2GJXB 2VRKA 2JFEX 3CUGA 3QGVA 3N17A 2W62A 1H3GA 2VX4A 1UD8A 2X1IA 3CZEA 2CBVA 4NI3A 5E09A 1E0WA 3L4YA 5A6MA 1HKMA 3QHNA 4JZ5A 2J78A 2CKRA 3QOMA 3GH7A 4XX6A 2WM0A 4RL3A 2D3NA 3TTQA 1UKTA 3WQ6A 2XG9A 1BYDA 4AD5A 2BNJA 1W3KA 3SCPA 4AZGA 2CXGA 1UR4A 3MU7A 1V03A 2PWDA 3VIKA 1MW3A 1QNSA 4E8CA 5C70A 1BVNP 2UWFA 3DYOA 1JI1A 1MVYA 1V0LA 4IPNB 5JUVA 1JDCA 1UKQA 4TTGA 5CG0A 3WUGA 4X0VA 3RM8A 4WKHA 3SCOA 1JZ6A 1K9FA 2JEPA 2C7FA 4GO8A 5BYWA 1H2JA 2J74A 3CH9A 4GINA 1VFUA 2FH8A 2QV4A 3EMQA 1BVZA 2WC3A 1NP2A 1PPIA 4P7QA 1UHVA 2NW0A 1HJSA 2BXYA 5D9OA 2VCBA 4BCEA 3UG5A 1JXJA 4ATLA 1R7AA 1NQ6A 3DYMA 4JL1A 2WNWA 4TVCA 1Y7VA 1ZB5A 4DWSC 5KZ6A 3EDEA 4LPCA 1QI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J3V A;  1JZ2 A;  4WKA A;  5JBF A;  3WF3 A;  5CPS A;  4CD8 A;  1PZ2 A;  2XIB A;  4XV0 A;  4MDP A;  1W3L A;  1I75 A;  1KWK A;  1Q6F A;  4PUE A;  3NCO A;  3NDZ A;  5I79 A;  2WMI B;  3KWX A;  1FP9 A;  3W37 A;  4UQE A;  4U5I A;  1NWS A;  4UOZ A;  3T2P A;  1V6U A;  4NSB A;  4CUC A;  1QW8 A;  4DM2 A;  3ARP A;  3AI0 A;  1CGX A;  4E8D A;  4D6D A;  2WKG A;  1IZK A;  1IT0 A;  1E55 A;  1HP4 A;  1NWR A;  2J8F A;  2VVN A;  3RM9 A;  5AC4 A;  4W7W A;  2ZUN A;  5BRP A;  3KEH A;  4NZC A;  4TX8 A;  4PTX A;  3SCV A;  4M80 A;  4W7V A;  7A3H A;  3VOC A;  1GOO A;  1EHN A;  3JUG A;  1JNE A;  3MKK A;  2V3E A;  2YA1 A;  1CDG A;  2OSY A;  2ZXD A;  2AOS A;  2G3I A;  3VD4 A;  3VDC A;  1J0Y A;  3ZT7 A;  4QLJ A;  1IV8 A;  2WK2 A;  4BF7 A;  3THC A;  4TVU A;  7TAA A;  5A6B D;  2TAA A;  1PX4 A;  4KWU A;  3MMU A;  2D22 A;  1KBK A;  3WL0 A;  2BV9 A;  3AIQ A;  1AQH A;  5DO8 A;  3ZT5 A;  3MV1 1;  1WPC A;  5EMY A;  3FHQ A;  1GON A;  3CLW A;  2CCR A;  1PJ9 A;  2GSJ A;  4AZB A;  4UOJ A;  3VMP A;  1E70 M;  3EDF A;  4HME A;  3ARU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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