5D9N | Genus

Total Genus 141

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	349
structure length	349
Chain Sequence	NATYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGEYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYNN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__587224269441252__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__587224269441252__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5D9N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__587224269441252__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"587224269441252","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5D9N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__587224269441252__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00ef14ebe5e7f7ded50d98/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00ef14ebe5e7f7ded50d98/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Prevotella bryantii
publication title	Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14. pubmed doi rcsb
molecule keywords	B-1,4-endoglucanase
total genus	141
structure length	349
sequence length	349
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-08-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5d9nA01

5IDIA 1V0MA 4QLLA 5LA2A 1QW8A 2PWGA 3BLPX 4MNMA 4YPJA 3PZUA 5JBDA 2VO5A 2JEPA 4Y7EA 2Y8VA 2XWDA 1GONA 3AXIA 3RPMA 1TA3A 4UFLA 1CIUA 4CN6A 3AHYA 3N11A 1ZJAA 1RD6A 3WH5A 1KXVA 3B8SA 2J77A 4AEFA 2JALA 3GH4A 1E6XM 2O9TA 1FOBA 1EOKA 1WCGA 4BZYA 4HU8A 3M07A 2YL5A 1B9ZA 1V6WA 4HU0A 1H3GA 3ZR6A 3MUY1 5D4YA 3NDYA 4PMDA 3ZJ7A 3PBGA 1TR1A 1JFHA 1VAHA 4GO8A 2E3ZA 4A3YA 4D1IA 2E8YA 3FNDA 3AHVA 3WY1A 3BAJA 3QOMA 3VUPA 4CU7A 1GNXA 4GZEA 3WDJA 2A3AA 2VCCA 5C71A 2XM1A 3MUIA 3AROA 1VENA 3OLEA 5ECUA 2WANA 3VGFA 4AIUA 4CCDA 3QHOA 4ZE4A 1E1FA 1G1YA 3VIFA 3B9AA 5AY7A 2WMKA 4OJYA 1E4LA 3D5HA 3W28A 3OA5A 3W38A 1H1NA 2VZVA 2AOSA 1V3KA 1K9TA 3NUKA 1B3VA 4TVCA 4MAZA 1V6YA 1C91A 4S3KA 2UY5A 4OUEA 1UKPA 1R86A 2G41A 2GJXA 4MJ2A 1FP9A 4KRTA 1ZB5A 1CXIA 2VQUA 1NP2A 3RIKA 1EHNA 1OGGA 1PIFA 3ARWA 4E2OA 1CGVA 2X8RA 3AS3A 1MXDA 1SYTA 1HP4A 3IJ9A 1EOMA 2JEQA 2E9LA 4GZJA 4PSRA 5HOSA 4JKKA 2XFRA 1V0LA 1OT2A 3WIJA 3TOPA 3L4UA 4JIEA 4PMOA 1DEDA 3WH6A 5KZ6A 3VMNA 1FFQA 1V3LA 1B3WA 1UR1A 4CU6A 3BCDA 4CVUA 4J28A 3AS1A 1LL4A 4KWUA 2WSKA 4RE3A 3OLGA 5HBFA 3T0AA 4ATDA 3APGA 3RO8A 1XH1A 3AIBA 3ZJ6A 3VX1A 5A6JA 1IT0A 2FHBA 3SCSA 1HJUA 1X1NA 5CQ1A 2J7DA 4MDOA 8A3HA 3VU2A 1OINA 1E0WA 3BSHA 3W25A 1HN1A 1KQZA 4JHOA 3AMGA 3WMSA 1AVAA 4XZWA 3N12A 4HP5A 4D1JA 1GZJA 4JKMA 1NP0A 1NWTA 4IPNB 6A3HA 3MKKA 1FH8A 2PI6A 1Q6FA 3WL1A 2YOCA 1NOFA 4QCFA 3W53A 3TA9A 1R87A 4P7NA 2PC8A 1KR1A 3AIRA 3SURA 2WCSA 2DSZA 2QLYA 1KBKA 4XV0A 5HXMA 1J18A 1BYBA 5CZKA 4TVUA 1MW1A 4C7FA 2Y8KA 4PMRA 3WQ4A 3FXYA 2UY2A 4HZ6A 1R7OA 3BC9A 2WC7A 4CN4A 4ZXOA 3CUFA 5CLWA 3ZT5A 1V0KA 2VTFA 1MFVA 2WLYA 1UR4A 3KE0A 1UH4A 4UQDA 1ODZA 3E1F1 1TE1A 1U33A 3WNPA 1KWGA 1CNVA 2OYKA 1RH9A 3VIGA 3WMBA 2EXOA 5A1AA 5I2UA 4H04A 3N17A 4TXEA 1UH3A 1V0NA 3SCUA 5BXSA 3ARYA 3WFLA 1CGXA 2E40A 1Q6EA 4DUWA 1E43A 3F5JA 3UG5A 1UH2A 2ESCA 5AC4A 3NIYA 2X0YA 3VO0A 3OZOA 4M8UA 1HJXA 5EFFA 1BHGA 2GSJA 1MW3A 4AZ6A 1M04A 2WAGA 4ZXLA 2W61A 4MB5A 4B3KA 5BRPA 2AMGA 3L4TA 4UOZA 5TD4A 2WVSA 3THDA 1HNYA 2D22A 2WCGA 1UD6A 2YBTA 2VZOA 3SCWA 4Z2HA 4U3AA 3RJXA 5A6MA 1TG7A 3A47A 5I5RA 4WK9A 4W86A 3K8MA 4F8XA 3EMQA 1DWAM 1XH0A 4LQ1A 2J74A 4UFIA 4EE9A 1Z32X 4CCEA 3WD2A 1MXGA 5A2BA 1BQCA 3ZT7A 4UCFA 3U57A 3KEHA 3DECA 2CPUA 2QPUA 2D0GA 1H41A 1GVIA 2HISA 3OGSA 5AYIA 3GXDA 3QHMA 4KMQA 4NF7A 3CUJA 2VVNA 4CUCA 4W8LA 5A2AA 3CO4A 1UR9A 4D6JA 1S46A 5GQBA 1LQ0A 1E6PA 1C8XA 4LX4A 1CXFA 1L8NA 4RE2A 1BSIA 4E8CA 5GNXA 1QI3A 3VDCA 4L4OA 2E0PA 2ZOXA 2VR5A 3ECQA 3L2MA 2QV4A 2VCAA 1W9XA 2J8FA 3IJ7A 1JL8A 2EPOA 3GH7A 4UZSA 3KL0A 4J3XA 2YDRA 4LXFA 3VGBA 1JNEA 2G3NA 2PWDA 5GNZA 2VX7A 2DSKA 4AEEA 4DWSC 2QMKA 5FOOA 3EMZA 1E73M 3VIMA 2XGIA 4PCTA 1HL8A 3WDHA 3WN6A 2A3BA 3AZSA 4UQAA 5FIPA 2DDXA 1M53A 3WQ6A 2G3JA 1DP0A 3N1AA 2XGBA 3WQ8A 3T08A 4NI3A 1UA3A 4HPGA 3W24A 3SCRA 1MYRA 1G01A 1E4MM 3KL3A 1VEMA 3FAWA 3AHXA 3WH7A 4JKLA 1I1WA 2WMHA 5CPTA 1HKIA 3UR8A 1OCQA 1QHPA 2D0FA 4PMUA 3VD4A 1J0HA 2DIJA 3K8LA 5A6BA 3BAWA 4D6GA 3BAXA 2ZUNA 2RGLA 1E71M 4PUDA 2WHLA 2XWEA 2NSXA 1OM0A 4ML4A 4PRWA 1VFMA 1E9LA 2CCRA 2ZUSA 2W4XA 1CTNA 4AC1X 1V3JA 1XCWA 2G8ZA 1GOWA 1FA2A 2TAAA 1QI5A 5A8MA 1R7AA 4UFKA 5CLTA 4JL1A 4AY1A 2J25A 3ARTA 1PX3A 1DTUA 4YN5A 1ISWA 2EO7A 1BLIA 2UY4A 3AXXA 1MW2A 1JF6A 5IHRA 1H2JA 3WNNA 5EB8A 3AYRA 4R27A 4UNIA 4QCEA 2E9BA 2V3DA 2V3FA 1ZU8A 4CN1A 3VD5A 1D2KA 2DIEA 1FHDA 1R8LA 4UOQA 1W9PA 4V27A 3TTOA 4CD5A 4AD4A 3GNPA 3HJEA 4AD1A 2J7HA 1EA9C 4HA4A 1V6UA 2WNWA 4DWSB 3N15A 1HJVA 5LYRA 4B9YA 4Q22A 4LYQA 5A6BD 2JE8A 1D3CA 4H8HA 2CHOA 1WDQA 4OIFA 1JDDA 5M5DA 4MAVA 1QNOA 3W0KA 2WZHA 3TTQA 2VOTA 1UQZA 3PZIA 1NM9A 1E6QM 2YBUA 4W88A 3S6TA 4M56A 5LA0A 3SCVA 4F9JA 2DT1A 2GUYA 1WZMA 1EDQA 1H4PA 3BSGA 3WF3A 2IXUA 4AMCA 4AXNA 3WH8A 5EFDA 2MANA 3PZVA 2Z1KA 4OKDA 4QLJA 3QR3A 3T0DA 4PEEA 5IFPA 3ARXA 1QNRA 3UG3A 3CTTA 1J01A 2XFFA 4JZ5A 5I3DA 1C90A 1LG2A 3GTNA 2E4TA 4ZE5A 2BY1A 3AMKA 4YHEA 1OWQA 3VDAA 3B9EA 5C70A 2Y5EA 2RGMA 2YJQA 3RMEA 3OLDA 1HF6A 4B16A 2OYMA 4W93A 3DYOA 3WUBA 1H0IA 3FHQA 1UWQA 2C8NA 1KR0A 3ARVA 4AD3A 4DM1A 7CGTA 2VX5A 3CZ8A 2GK1A 1PIGA 1ODUA 4M82A 4X0NA 1HXJA 1UD2A 4N42A 3OLIA 2WMGA 4ACZB 4J3WA 1OD8A 1QNPA 2WB5A 1VFUA 5A8OA 1JDCA 3GXFA 3HU7A 1W1YA 5EBAA 3I3EA 4U5IA 3WBAA 3PZMA 1JYWA 1UWRA 1K9FA 3AYSA 5BXRA 1VIWA 1C7TA 3AHZA 4W87A 3WQ5A 4IM4A 5GNYA 1W9DM 2O9OA 1G0CA 1FFRA 2EPKX 1OT1A 2V38A 3MU7A 1L0PA 3AS2A 5FD0A 5I0DA 4QDMA 2J8GA 1J0JA 1BFNA 2XVPA 2ZX8A 5I24A 3WEZA 1KB3A 2PWHA 3AIEA 2CESA 3CZLA 3W4RA 1GJUA 4F66A 4HMDA 1TFVA 1US3A 2W66A 4BQ5A 5KEZA 1PZ2A 3SCQA 2YA2A 1DWIM 1KFWA 2ZX7A 3L2LA 1HKKA 1FH7A 1UWTA 1JGIA 1IZJA 2XM2A 4W5ZA 3SEPA 4FK9A 5DF0A 1TA3B 2WZIA 2CBVA 2ZXQA 3VINA 4AYSA 2CBJA 1E6SM 1M03A 6CGTA 4P7OA 3TTYA 2J7EA 1E6RA 2D20A 4M24A 3VNYA 4XZBA 1F4HA 3DC0A 2UWFA 2WVUA 4NSBA 1JNDA 1E72M 1JFXA 4F79A 1O6IA 3CPUA 3ZQ9A 4DUVA 1PJ9A 2W63A 3AFBA 4P7RA 2D2OA 4P7LA 1BYAA 3WBEA 2WSPA 3VGEA 1GQJA 1EDTA 2GFTA 1XSKA 1NWSA 1E55A 1B90A 1E15A 3SUVA 2IUZA 3ZOAA 2DT0A 2WC4A 2ZE0A 3ARSA 1CGYA 3VIPA 1JZ7A 4PYSA 1CGUA 3OIHA 2VC9A 3PZ9A 2G3IA 3AIUA 3PN8A 3SUWA 3WD0A 1IV8A 2J62A 1KGUA 3SUSA 3SCPA 3GXIA 1E0VA 1JXJA 1CZ1A 3K4DA 2ZXDA 4D6HA 2WPGA 1UD3A 2DQXA 2CBUA 1NWRA 3GM8A 3W37A 3PHAA 2O9PA 1VFFA 3POHA 1QHOA 5FCZA 3CIVA 5D9OA 3T2QA 1J0YA 1ZBVA 2OYLA 1JZ8A 3N18A 1HKMA 1MQPA 3OGRA 1UZ4A 4P8WA 5AYBA 4CU8A 3TP4A 4AZIA 5DFAA 2PB1A 3VOCA 5F7UA 2ZX9A 2BY3A 1BTCA 5DEZA 2G4FA 2OSXA 3PTMA 1Q4NX 2X09A 2GJXB 1AQ0A 4E8DA 4YHGA 2JFEX 3WQWA 5FL0A 1UYQA 4GINA 4CVWA 4IISA 4WKHA 1V6VA 2A3CA 2OWXA 1A47A 3CUIA 4EANA 3NSNA 3AS0A 3VGHA 4PTXA 3VGDA 1UQYA 1W2VA 2BVDA 1C93A 2A3HA 1R85A 3AIWA 5IXEA 1JZ2A 5A8NA 4MJ4A 1LWHA 3K1DA 2WKLA 2XFYA 4FLQA 3WDPP 4XUYA 1W3LA 3I3BA 2F8QA 4M80A 1B30A 1G94A 2VMFA 1JD7A 1EH9A 4PSPA 5A6LA 2XVLA 2YL9A 3AZRA 4AZBA 2ZWZA 5ABEA 4QFUA 3OB8A 5BROA 1E40A 2BNJA 1NOUA 1MFUA 1OIFA 1XD0A 3EDDA 1B0IA 2F61A 4PCSA 2YDQA 4JFWA 1ZJBA 2HVMA 1TUXA 4GIAA 1J11A 3BAYA 2Y24A 1XRVA 5HPOA 3GNRA 5CXPA 4KGLA 3MSGA 3CMGA 2O9RA 5M3WA 4OOZA 5ABHA 1W3KA 1DHKA 2FDMA 3WDIA 1QBAA 3PZOA 3VIJA 3WNKA 1G9HA 1QVBA 1UD5A 2VR4A 4BQ3A 4U5KA 2XVGA 1H5VA 2FH8A 3SUTA 3AMDA 3W26A 1CXEA 2WVTA 1CXKA 1JF5A 3AICA 3QOKA 2YL6A 5BRQA 2Y2WA 3S2CA 1KWKA 3UERA 4W8AA 1ECEA 1I75A 4UR9A 3NCOA 1DWJM 3AXHA 1VEPA 1CLVA 1JZ6A 2FGLA 1KQYA 4WSKA 4WKAA 2QHAA 3BLKA 3PTKA 3SCTA 2WW5A 3WEMA 4CD7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5D9NA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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