5DCBA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with pep
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus 132
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dcbA00
1KBJA 1LORA 3C6CA 4R34A 3CM4A 1GZGA 2PC4A 2H3BA 4O10A 2JKAA 3W72A 5DY2A 4X9SA 3PB0A 3THAA 1PS9A 3LLFA 5G2IA 3MW7A 1EUAA 2Y88A 4FNUA 1I45A 5IBXA 3NDOA 2GUUA 3ATZA 1GVQA 1H7NA 1FDJA 3OIXA 1ZALA 5GVJA 4CQ9A 4GXMA 2Y70A 3NQGA 2YW4A 3BW3A 3ABRA 3LBMA 4HN4A 3W84A 3G0XA 4JIQA 2ATMA 2XN0A 3A5VA 3TW7A 5BNKA 3HGJA 1VYSX 1YTDA 1OHLA 5K9DA 3HQ1A 3S5YA 2VELA 3WJZA 2PURA 5J5RA 6TIMA 2B4GA 2LLEA 2NXGA 3HPXA 4AHQA 1YYAA 1TPWA 2C3ZA 4LWWA 2CLIA 4YL2A 4UXDA 2TRSA 1TV7A 1TJPA 3B8DA 2DZWA 3V75A 4B5NA 3TC7A 4KFNA 1TPUA 1L6WA 3QMRA 1LOQA 2F7FA 2P1FA 1LBMA 2B7OA 1TTQA 3GXTA 2ZBTA 3PF3A 4YWIA 3RNDA 3G0UA 3L0GA 4O16A 1V5XA 1EWDA 4XUGA 3EWUA 1S5WA 1VJIA 2EGZA 3W1MA 4O4WA 5E93A 5CZTA 3PS7A 2EF9A 3O6CA 1H60A 1GVRA 3NAVA 3LI0A 3LTYA 1SW0A 3C61A 3EKZA 1GYLA 1LM1A 4O50A 3OBKA 2QCFA 2A7NA 2CLLA 2YR1A 2BX7A 1KLZA 3DGRA 5AOUA 4UMAA 4M7TA 3HMJG 1XL9A 4YLWA 4EVZA 2RDWA 4HHPA 4ZQMA 1UUOA 3NQAA 3GX9A 4AAJA 5D04C 1I2NA 1W56A 1SW7A 1T96A 3NQEA 5DELA 4ORMA 3MO7A 4RLIA 2ZA2A 4TMBA 5EL1A 4N9BA 4O0ZA 3UY7A 3IVTA 1N8FA 1X6UA 1W8SA 4O0KA 4ADSA 4N6EA 3E0IA 3HGOA 3GVGA 4NQ1A 1H5YA 2CLOA 1XBZA 4N4PA 3O07A 2QCLA 1NVMA 3HJZA 4WY0A 3ZR4A 4AHOA 1FQ0A 1NSJA 2QKFA 1SPQA 1EIXA 3VCRA 3OEXA 3P67A 3QQ0A 2X1TA 4KWVA 2FPTA 2BZNA 3USBA 4JR5A 3VNDA 1LYXA 1DJNA 3PUDA 3SGZA 3LTSA 4GWEA 4S2CA 2BWGA 1D3GA 4CQAA 4MZYA 3B0VC 2ZRXA 4UNLA 1KFEA 4GUIA 1UUMA 2Y7DA 3IGSA 3BW2A 1XBYA 3O6DA 4LS0A 5CPOA 5D02A 5CPLA 3NA8A 5D32A 1XI3A 1H7OA 1ZENA 1QO2A 5I3GA 5HR7A 1QCWA 1OX6A 2X30A 1DL3A 1VCVA 3QH2A 3TFCA 1PCKA 5CG7A 1F6KA 5TBOA 2GPTA 4DF1A 4LVAA 5DY3A 4RJEA 2I1OA 3W7GA 3LHWA 1Q3NA 1KLYA 2VFIA 3G22A 2YCEA 2BLEA 2DZTA 2QCMA 3MUXA 3W7IA 3LOTA 2Y61A 3N3MA 4PH6A 3PSVA 1XDLA 2R91A 3I7RA 5DBTA 4CCDA 5I3IA 1W1ZA 1X1ZA 3L5MA 3LCFA 1S5TA 4M5PA 1XUUA 4JD4A 2VFFA 1U83A 1HO4A 3MBFA 1NFBA 2WNNA 1ME7A 3O6YX 1F76A 3WJXA 3LDVA 3LX9A 3NL2A 1HUVA 3TC6A 3PSWA 3W73A 3HF3A 3WFAA 1F5ZA 1TRIA 3E49A 3W1XA 3F1QA 5CKSA 4Q32A 3SGUA 3STCA 1H50A 4UFKA 2OCZA 1GT8A 2WQPA 2Y63A 3KXQA 3TMQA 4CCEA 1W37A 4IPJA 4LT9A 1PV8A 1JQVA 2YPIA 3G3DA 3GLCA 3HOJA 2RH9A 4O4VA 3O05A 2DZXA 5FESA 3M16A 3G0SA 1I2OA 3MP3A 1NF7A 4O13A 3MMTA 5FF4A 3VE9A 1YADA 3QC3A 3LRMA 2ZA3A 4GJ1A 2P10A 2CZDA 1K8ZA 1JULA 1OYAA 1ZFJA 4MY1A 5H91A 1IXPA 3NZRA 4IWWA 3L0KA 4JN6A 2A4AA 1CW2A 3GKAA 1PL9A 1HTIA 3P74A 4Z08A 4FIQA 3ABQA 1BEUA 1WA3A 3R13A 1XBVA 4M6QA 3SJ3A 2NXHA 3R12A 2CZ5A 1U5JA 2FB3A 3L65A 1SU5A 3TH6A 4JY9A 4ZQNA 1YPIA 3BG3A 2CWNA 2V2CA 3B0PA 4O54A 3QMSA 2EHHA 4MY8A 1W3TA 3UD6A 1SZGA 1Z44A 1G4EA 3MHGA 4DEFA 1KM5A 3W7EA 1GVSA 3N9SA 4LNYA 5DN1A 5I3JA 1TSIA 1QNVA 1C9DA 1QOQA 2FJKA 3W87A 1GWJA 3W1LA 3DHFA 4OQVA 3DENA 3FYOA 3N73A 2G5WA 4XTDA 3GDRA 1UCWA 2QCDB 3EX3A 4GRSA 3TFXA 4NJJA 1CI1A 3NQ8A 3PUOA 1OFDA 2C0AA 1UBSA 1ZHAA 1AG1O 3WJSA 4JTLA 4NJGA 5LNUA 4DF2A 1IIGA 4UTWA 4WOQA 2X1SA 3GDKA 3FEMA 3LCIA 4FXRA 3UWQA 5C55A 1H62A 1YDNA 1G4SA 2XN2A 3S6DA 2V2HA 1Z41A 1B57A 5BW6A 1IIHA 2CLHA 4PA8A 1G4TA 1OYBA 1D9EA 3GXPA 1L6YA 3O8AA 2WJZA 2YFOA 2Y62A 4O1BA 3BGJA 2H6RA 5CSRA 4AWSA 2YFNA 4Z1CA 3MI2A 3S5ZA 3TA6A 1I8JA 2NX9A 5FEWA 4FNSA 3UWYA 4L4LA 4QISA 4FX7A 1FCQA 5CZJA 2X16A 1N7KA 5CZ0A 5AC7A 3AJXA 1QR7A 3NGJA 3P61A 4D2JA 5HWNA 3UWVA 3BLEA 4X2RA 3FIGA 3KRSA 5AYYA 3BO9A 3G1HA 1FDYA 1S5VA 1G4PA 3TXZA 3D0CA 3EX2A 4Z1BA 4LV9A 3C8FA 3L0NA 3OHIA 1LOLA 5AN7A 3DFNA 4IMGA 3R2GA 5K9CA 4WOZA 2DORA 1VCFA 4NVTA 4JGDA 2I14A 3CPRA 3NM1A 1R2TA 2RKXA 3BW4A 1S3HA 1OF8A 2QJGA 3E12A 4OV4A 4ZQRA 4OBTA 5DLCA 3V1PA 3VKJA 4NXSA 1KFKA 2ISSA 5G1TA 1FXPA 3QPZA 3DHDA 1TPFA 1MEHA 3W07A 3KVMA 2ZZ4A 1HFBA 3CT7A 4I7VA 1OG0A 1QPOA 2E1DA 3IV3A 3LHYA 4FXSA 2CU0A 3G1FA 4NU7A 1BWKA 3DKJA 1JUBA 2BXVA 3P8IA 4UNKA 4RX0A 3PG8A 3M43A 1K8YA 3P80A 4JEQA 5LHEA 1K7XA 4AWTA 1RPXA 5AFDA 3ABOA 3S0CA 1VZWA 2YYTA 1RZMA 2QCDA 1RR2A 4HKPA 1W31A 1SFJA 3NEVA 3RMJA 3NOEA 2YX0A 5BOOA 1LP6A 3EX1A 4AHPA 5KINA 4PTNA 1AMKA 2J9ZA 4RXGA 2RHGA 5HUPA 3LXCA 2GQ8A 3QFEA 1WXJA 4M19A 2Z0IA 4O11A 3ZFHA 2A6LA 4L4MA 2H8ZA 2CZEA 3O06A 3E02A 5LNSA 1LTDA 1R2RA 3W1NA 1JQXA 1ZAJA 1R46A 1SSGA 3UNDA 1DBTA 1GQNA 2AGKA 2DJXA 3IGUA 1N55A 3W1TA 4IXHA 3TQVA 3N2MA 3DFSA 3FKKA 5HUOA 1QPNA 4O1AA 1H1ZA 4O12A 4O19A 4IX2A 5I3FA 3STGA 3CQ0A 2DZSA 3ANYA 4GBUA 2VC6A 3I65A 2KZHA 3Q58A 3W70A 3KRZA 4HNTA 3TSMA 3MBDA 5KMYA 2NV1A 4U4MA 2DU2A 2ATSA 2CLKA 2OT0A 5D2XA 5KZDA 1OX4B 3NG3A 3W7QA 1HL2A 1ICSA 1TTJA 2ABAA 1AL8A 3BG5A 1W5NA 4DBDA 1ONRA 1VLWA 3B05A 3L5LA 5EPDA 4ZQOA 2EAWA 5AB3A 3Q2DA 5KZEA 2VFDA 4Y9AA 3UZ5A 3G1XA 2W79A 1OFOA 5ABTA 2OX1A 1O94A 4BWLC 1OFAA 3P82A 1TPC1 3PULA 3FYPA 4QNWA 1AW5A 3CEPA 2W0UA 3CWNA 3CLMA 3IIZA 4PCFA 1BKSA 1KW1A 3W2UA 1OF6A 3W85A 1TV5A 3N2XA 3LB0A 4ZMGA 1YXYA 4GC4A 2CLFA 4AWUA 1YXDA 4K36A 3GDMA 3LCLA 1FDZA 3W7MA 4WJEA 2J6XA 2NWSA 4YMZA 5HWJA 3GYEA 3OA3A 5F4SA 4O53A 1VYRA 3W3OA 4PL1A 4IMDA 3P60A 2VFEA 3SSJA 1FCUA 4MJZA 3W7KA 4RK8A 5FEZA 3P5YA 5BMXA 1KFBA 3MJYA 4JTEA 5CSSA 3ZWSA 1XM3A 3N9RA 1LBLA 5FF0A 3FS2A 4LVFA 2A7PA 4WXYA 1JCNA 2RDTA 3M5VA 3W6YA 5K3VA 3TMLA 4LW7A 3LCWA 4E2BA 2QUTA 5K4ZA 1O5XA 5LHFA 2E77A 1KM2A 3I7QA 1YDOA 2Z2UA 5DCEA 3W88A 4MFDA 3DBPA 1BTMA 1G7UA 2VXNA 4NZJA 2B7NA 4GUJA 3SZ8A 2V9DA 5C6MA 4AXKA 2JK2A 1W5OA 3DFPA 1G69A 1DQXA 4HNNA 3S9YA 4UC5A 1WAUA 2ZA1A 3C0JA 1VR6A 3EWYA 1EP2A 3AO0A 4O1DA 4UFHA 1THFD 4LVGA 7TIMA 1EEPA 1ALDA 3LRKA 1OX4A 1O60A 1PVNA 1SSDA 4JYEA 4LUIA 3FFSA 3IVSA 3L2IA 4JTJA 3TAOA 3S1UA 1RQEA 5F2IA 3IVUA 3H55A 2J88A 1TREA 1SO6A 4YXGA 1TQJA 2A0NA 4K7YA 5D2WA 1A50A 5EBUA 2FFCA 5C5YA 1FWNA 1LCOA 3BARA 5AC8A 2OZ0A 2DZUA 4UIOA 2FLIA 1L6SA 4RV8A 5FI8A 2Z6IA 3O63A 3NM3A 4A2SA 1TJRA 1ML1A 4ADTA 2ZCGA 1B4KA 2NX3A 2CLEA 1YDVA 2NX1A 4WD0A 4OV9A 4R53A 2X1RA 3GIYA 2Q8ZA 3L5AA 1J4EA 4HPJA 4O18A 1OK6A 2E5BA 3QQ1A 2DZPA 3C52A 1TRDA 5DCDA 3QSTA 3JS3A 4FEZA 3UWZA 5J5DA 2Z1BA 2X2GA 3DI1A 2QR6A 1SR9A 3T7VA 1JCYA 2GVJA 5D05A 5K9XA 4E2DA 4YCOA 1WYIA 3W9ZA 1RQBA 2YDAA 2R94A 4ICNA 4DBEA 5D2VA 1P4CA 3IIXA 3TX9A 3U6WA 3BG9A 2A85A 1TPH1 2D73A 5I3KA 3R5EA 3W86A 3Q37A 1MO0A 4MLRA 2ZRWA 1GG0A 4Y6GA 3CIWA 3P7YA 3NVTA 1K8XA 3PBVA 3BPWA 2G97A 3HIJA 4HNUA 3G1YA 1I2RA 3TUUA 1DVJA 4QJ1A 3MHFA 5FF7A 3NPVA 3KFTA 5U4NA 2G96A 4Y90A 4EWND 3LXBA 3TDFA 2QCNA 5KITA 1JRCA 2RFGA 2YYUA 1YTEA 4IPIA 1GTHA 3ZS4A 3LM7A 1QMLA 3OVQA 3G8RA 2CW6A 1E51A 1HO1A 1W5PA 4LY8A 3IIVA 4CLMA 4K8HA 3C4UA 2NUXA 1KV8A 5EMUA 1ZCOA 2JKPA 3TCEA 5AYZA 3M9YA 5AHIA 3OVRA 3B03A 1SW3A 3QW3A 1H51A 3DZ1A 3EWZA 3T78A 2ZTKA 1H7WA 4TX9A 3LGEA 1F6PA 1C29A 3IIOA 2E6AA 1F05A 3TSDA 3MHUA 4MYXA 4BK9A 3THQA 4FO4A 4UTMA 2JKEA 2V81A 4NNCA 2Q3OA 4QSHA 3W7PA 1YPFA 1IGSA 4FX8A 3W2KA 3HGRA 1NEYA 1PHWA 3BVJA 3FOKA 3HGSA 3UQNA 3W75A 2HMCA 1OYCA 3Q94A 5HINA 3VI2A 5HNRA 2CFFA 3TR2A 2GJLA 3DH7A 2QJIA 3S1XA 2V82A 3STEA 3WK3A 2OT1A 3BLFA 1LROA 1TCDA 2QUUA 3KVKA 3NQVA 4HSNA 3LBCA 5G2WA 3STFA 3W76A 2B7PA 2X1UA 5F1UA 4NX5A 1FY6A 3BLIA 2CZFA 5HJLA 1FCBA 3R89A 3PB2A 1NAL1 1EP1A 4WY0F 4Z1AA 4ALDA 1SZNA 3UPWA 5KSWA 5LSMA 2FDSA 2V2DA 4HT3A 2VEIA 1F7BA 4NJIA 5SWUA 5IM51 2JBMA 2ZZ2A 1EA0A 3PG9A 1A5AA 3NL3A 3W23A 4FNQA 4LVDA 3C2VA 3PC0A 3LV5A 2Y85A 1EWEA 4ADUA 3DFQA 5U7SA 1V7YA 5LNRA 1F73A 1MSSA 2V0TA 2VKZG 3EX4A 5AYXA 4A22A 1WDWA 2A5HA 2UV8G 2HS8A 3W2LA 2E6YA 3IGXA 3EWBX 1ME9A 3UXDA 4CQ8A 3L67A 2C6QA 2ISVA 3OVPA 4XBSA 1YLVA 3PM6A 3N19B 4UTKA 4NXKA 2YZRA 1SZEA 3E9AA 4NJKA 4WXZA 1VYPX 4LRSA 1MZHA 3B04A 3L68A 4TIMA 4JDYA 3INPA 1W5MA 1TO3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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