5DCB | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	346
structure length	346
Chain Sequence	HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__287326041797372__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__287326041797372__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5DCB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__287326041797372__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"287326041797372","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5DCB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__287326041797372__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
publication title	Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms rcsb
molecule keywords	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus	132
structure length	346
sequence length	346
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2015-08-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5dcbA00

4UIOA 4PL1A 1WAUA 1I2OA 2HMCA 1H60A 3A5FA 1TB3A 5FEWA 2XN2A 3PG9A 3W7QA 4JNMA 1W5OA 3C2VA 1FCQA 5LNSA 3DU0A 1HO1A 1OABA 3WFAA 3O05A 3CQ0A 1DVJA 2E68A 3B0PA 1W5NA 3TKFA 1FDYA 3OG3A 1S5TA 5BNKA 4NVTA 1UUMA 2B4GA 3HG5A 1XUUA 3BGJA 4WXYA 4L4MA 3W76A 6ALDA 4MKNA 2ZA3A 3FLUA 1PS9A 1JCLA 1KV5A 3GR8A 3QW4B 4GUJA 5DY3A 4YCPA 2CZFA 3GXTA 1MO0A 4UTWC 3CEPA 1KBJA 2C0AA 5I3JA 3BLEA 2WQPA 3QM3A 4AXKA 2NXGA 2ZRZA 5HR6A 4LS2A 4FNQA 1J5TA 1R47A 1IXOA 4OT7A 3P81A 1L2UA 2RKXA 4DEFA 5DXYA 2NUXA 4H4IA 1C29A 4XZ9A 5LHEA 3M5ZA 3MYOA 1LP6A 4WJEA 4A22A 4NNBA 3UWUA 3M41A 5K2ZA 2Z6JA 4LY8A 2CZDA 2X1RA 3UZ5A 3B0UX 3G1DA 1ZAJA 4AHOA 3IVUA 4MLJA 1JQVA 5CZJA 3FA5A 4RX0A 2YCEA 3P67A 2OJPA 2A2IA 3B4UA 1TV7A 3NZRA 4UNLA 1UUOA 4HT3A 4JTJA 3PVFA 4JN6A 3LLDA 3NAVA 4A2SA 3RNDA 4JR5A 3GNDA 4Y96A 2PRMA 1GG0A 1ZENA 3VI2A 2ZZ1A 4LW7A 1O4UA 1F5ZA 4HN4A 3F1QA 1EPXA 2GQ9A 2NXHA 2CLMA 1TV5A 2C1HA 2RFGA 3PSVA 2I1OA 1ADOA 1PHWA 3SZ8A 4CNPA 1OF8A 5F2GA 3TDFA 1A5BA 3W23A 1GYLA 3O16A 4BI6A 3L5MA 1OX4A 4IXHA 3P60A 1NF7A 4MJMA 5HWMA 3I7SA 2GOUA 2PE4A 3N9RA 3W7PA 1LOLA 4LVFA 2X30A 4OV4A 4JEQA 4Y8FA 1OFQA 5CPNA 5AC8A 3FFSA 1XC4A 5AN7A 5HNRA 2QCEA 2R91A 3NM1A 4UNKA 2OT0A 4ZQRA 3C8FA 3G18A 1JULA 1QCWA 2X2GA 4R33A 1HL2A 3C2RA 1Y0EA 3QH2A 2RHGA 1TRIA 1F6KA 4NQ1A 1GTEA 2QDGA 3EX1A 2FFCA 1P1XA 3W1AA 3GYEA 1D9EA 4YXGA 1YYAA 3L2IA 8TIMA 3G0XA 3QSTA 3IVTA 4Z0JA 3TH6A 3W75A 1TPC1 1X6UA 3VKJA 2V8ZA 5K9XA 1PCKA 4RXFA 1I4NA 3DFTA 5C54A 1EA0A 4GUFA 3GK0A 4EVZA 3GX9A 3P82A 1DV7A 2JGQA 4N02A 1B4KA 4N6FA 3GDMA 4Q33A 1FCUA 4FEZA 3WJSA 3DXIA 2OCZA 3DGRA 1CI1A 3LRLA 1QPQA 3W88A 3W1NA 1SW3A 1XUZA 5DY2A 4UTKA 1ICQA 3EWUA 3MJYA 4A21A 1G6CA 3LCGA 3W7CA 1M5WA 4XTIA 2NWSA 4JTEA 5AC6A 4O10A 1RQHA 2QUVA 1Q6RA 2I14A 1A5AA 1FXQA 3PUDA 3WJWA 5LSMA 2ZCGA 3S1UA 3W1RA 2A85A 3DFQA 3G1XA 1Q45A 5F2MA 2WSQA 4JGDA 5C2XA 1W1ZA 3TQVA 3N19B 1GVOA 2ZQ0A 3G24A 1GQNA 2H8ZA 3P62A 2PRHA 4TU1A 3SGZA 4LUIA 4WOZA 4WY0B 1JQXA 4FHAA 5G4WA 4ORMA 2FPTA 3E0IA 4H3DA 1VC4A 4I7VA 3SJ3A 3RF9A 4QNEA 2GVJA 2NX3A 4FX7A 1M7OA 4Z1CA 3NO5A 3MP5A 3L5LA 4HKPA 3PULA 3SI9A 4RXGA 3S1VA 3H54A 3O8AA 5EYWA 1H1YA 2E6DA 3GKAA 2G96A 1M6JA 4KKXA 1O5KA 4S1FA 4K7VA 1QO2A 1O60A 1BTMA 4NZFA 2DZSA 2IQTA 2C15A 4UFIA 1JCNA 4NZJA 1OFRA 1OX5A 3NGJA 5AFDA 2Y89A 1RV8A 3KVLA 2V5BA 3HJZA 5U7SA 2CLHA 1KM2A 4MZ8A 3RLUA 2J24A 3LI1A 3HBLA 4RZ6A 2RDWA 4JS3A 4RZ5A 3NQ6A 3Q2DA 5EL1A 1KV8A 4Q32A 1HUVA 2W6RA 3W87A 4MIMA 3UXDA 2ZRXA 3S1XA 5CPLA 3TQKA 4JTSA 3ZWSA 1QOQA 2A7RA 3EEGA 3W2KA 5G2IA 4DPQA 3M5VA 4MY1A 3VE9A 4DF0A 1TPVA 2ZZ7A 3G22A 2VOMA 4QIUA 3HIJA 3R8RA 4JTFA 3W07A 4K8EA 1U83A 3G1HA 3E9AA 3M0ZA 5AB3A 1PHQA 1MZHA 1P4CA 2YR1A 3NZ1A 3ZFHA 3EX4A 4FNRA 4NU7A 3QC3A 4PA8A 1VYRA 4GUHA 4O18A 3HG2A 1Q6QA 3WJZA 1XDMA 3T40A 3LERA 3W83A 1LRNA 3R2GA 1TPH1 4JYDA 1IXQA 1YXYA 1SZEA 2PCQA 4DELA 1KM1A 1YADA 4JX5A 3MHFA 4AWSA 1SPQA 2C14A 1TPDA 3PM6A 1TJPA 3P5YA 1VPXA 2NV2A 3NG3A 5HUOA 2DZWA 3P7YA 2ISVA 1VHCA 1GOXA 3PBVA 3ABRA 4BF9A 2DU2A 4JIPA 5IBXC 4Y9AA 4JDBA 4R34A 5BMXA 1OYBA 2XN0A 3VNDA 2QR6A 4LT9A 3NA8A 3BGGA 2Y70A 1W3NA 3HGOA 2FPVA 3QQ0A 1JRCA 3T78A 1A53A 4XBKA 1GZGA 3RMJA 1XXXA 3S5NA 2QAPA 2H6RA 3PB2A 1BWKA 1RQEA 4MY8A 1IXNA 1EIXA 4O17A 5D2YA 5DCBA 1J2WA 4HSNA 4ZMGA 2FQIA 3G8EA 3PY2A 3NVTA 1P0NA 3KRUA 2ZRYA 1GWJA 4RK8A 1TJRA 1G7UA 4YMZA 1FBAA 5HJLA 1WA3A 2I9EA 5LNRA 5FEPA 3LBCA 4X9SA 4LV4A 2B7QA 1RD5A 1KLYA 1H61A 4IOTA 2QEZA 3DFSA 3EXSA 5GVJA 3W1QA 1F76A 3TFXA 1DJQA 2YYUA 1K8XA 3NQDA 3TW6A 4BI5A 3W73A 1VR6A 2X1UA 3G1SA 4HNNA 3V75A 1JCXA 1KA9F 1A5CA 4O1DA 1SUXA 4RV8A 2HSAA 3CT7A 2R8WA 3IGXA 3IV3A 3LCFA 3STCA 3UWVA 2WPBA 4GUIA 1EP3A 2YSWA 1I2RA 3W7KA 2CLOA 2E5CA 3FYPA 3DKLA 2BLEA 4O50A 4ZQNA 4O16A 3LTSA 2EKCA 4H6KA 5AYXA 5KZDA 4FX8A 5CPMA 1RQBA 4FNSA 5EBUA 1I2QA 2VEIA 1WOBA 2CLKA 3DZ1A 4OE7A 5D2VA 1SZNA 1B9BA 4IMDA 2FPYA 4LTSA 3DH7A 3ABQA 3JR2A 1JJKA 1ALDA 2YW4A 2OX1A 3MW7A 1Z48A 3Q37A 5EMUA 2F84A 4IGHA 3UWQA 3FEMA 3C2EA 1G7VA 1DKWA 1ME8A 2Q8ZA 1NF0A 5KMYA 1QFEA 1OG0A 3W7EA 4Z0SA 3CC1A 3IIZA 3E12A 3L0KA 2QDHA 2V82A 3DFOA 1SZFA 4K39A 4R7JA 1WQ5A 3VFLA 1EWEA 1W31A 3B04A 3KRSA 3T4CA 3ZR4A 3TSBA 4JTUA 1W5QA 1MEWA 4CQ9A 4DBDA 4PCFA 3YPIA 1YTKA 4MOZA 5HQEA 1HO4A 3PC0A 3BLFA 2CLLA 1JCMP 4UFMA 4FIQA 3KVJA 1VGAA 3NQ7A 2H8XA 3GVGA 3PBYA 5BRBA 1JCJA 5E93A 5AHLA 4UTTA 1H7PA 4S2BA 3TNOA 2WKJA 3MYPA 4WD0A 4IMGA 4LVDA 5I3GA 3S5YA 3WJXA 1H7NA 3TFCA 4GXMA 4AHPA 3DI0A 4GFSA 1Q6LA 3L0GA 4AMAA 1OYCA 2RH9A 3KFTA 4N2YA 1H7XA 5KTLA 2Q8LA 4EIVA 3FOKA 5G2WA 5FF7A 1C8VA 1ZJIA 4TX9A 3TU9A 1HTIA 5U4NA 4AEOA 3DI1A 3P8JA 3UWYA 3DENA 4BI7A 4O1CA 5FF4A 3KOFA 1FXPA 5DCEA 4LRTA 5FEXA 3UYCA 4DXVA 4E2DA 2Q3OA 3W85A 1JVNA 4MLRA 4GJ1A 4MPQA 4FIRA 1RR2A 5CG7A 1FWRA 3PUOA 3W7GA 3T55A 5BW6A 3W84A 3INPA 5AOUA 2V30A 3NL6A 3NEVA 3G3MA 5EPDA 4GE8A 4NX0A 2Y6ZA 3VCRA 1Z41A 5AHFA 4N9BA 4CQAA 1QPRA 1TMHA 3E96A 1IXPA 4XKYB 3FJ6A 3Q58A 2DJXA 1FCVA 4P61A 4HNTA 1UB3A 2E5BA 2QCNA 1R2SA 3GLCA 2AGKA 1F6PA 5D2TA 3UXAA 5HINA 3L0NA 3PR2A 4WY0F 2DZXA 4RLIA 3S8HA 4HIBA 2R14A 5K9DA 3GDRA 2QCHA 3S0CA 4A29A 3S42A 3WK2A 2JKEA 4OQVA 3G8RA 4ZVJA 5BOOA 1LRTA 4MYXA 3EXRA 1B57A 3W7LA 2ZTKA 1FUYA 4FF7A 2AQWA 5D33A 4WQ6A 4OU1A 1VS1A 3NQMA 2Z2UA 3C3NA 3CWOX 3LXBA 5KZEA 3W7OA 3DHFA 2A7PA 1UASA 2NUYA 3TROA 5KZMA 2JGYA 3THAA 3PS7A 4NJKA 2HS6A 2ZA2A 1NFBA 4NNAA 3OVRA 4WX2A 3RFAA 3P84A 3SR7A 1OFDA 2XFWA 2A1YA 2QCGA 4HPJA 4JTGA 3U6WA 2F7FA 3KXQA 3R12A 2WJZA 5LZLA 5FESA 3GB6A 4Z08A 2NLIA 1Z42A 4LOCA 4UTTC 4FNTA 4NJIA 3TCEA 1C9DA 3TC7A 4AF0B 4XTDA 2J6XA 3A22A 4PC8A 5CKSA 1W37A 4RR4A 1X8FA 2QAFA 2DZTA 4O19A 3NM3A 2ALDA 4N4PA 5D37A 3M7WA 2WV8A 3N2XA 1X7FA 1XBYA 5F2LA 5H91A 1KM3A 2QCDB 1SSGA 2V2DA 1T96A 4UMBA 3UZJA 3I65A 4MZYA 5D2WA 2NX1A 3HOJA 3LHTA 3LHUA 4FNUA 4JIQA 4O13A 3SIZA 3ANYA 5DELA 1RVGA 5TBOA 5D30A 3BG9A 4AB4A 4Y6GA 4C1LA 2G95A 4N9CA 3LI0A 4ZQPA 2FDSA 4IMCA 1JCYA 3NDOA 4QM1A 4FX6M 1Q3NA 2V2HA 1W0MA 5D2XA 3KX6A 4TMCA 4AWTA 4LRSA 2DZVA 5L9FA 3N2MA 1LZOA 4G1KA 3TMQA 3RK8A 1ZAHA 3W2UA 1TO3A 4POCA 3SW6A 2VFEA 3GAKA 1FWNA 1IGSA 1OX6A 4OGZA 1K02A 3HGSA 2YGYA 2A6LA 2Z6IA 4OBTA 4O14A 2GPTA 3Q94A 1P0KA 1LOSA 3HGJA 2X1TA 3W2JA 4PH6A 3MI2A 1SO6A 4M19A 1FDJA 3EWXA 2V9DA 2LLEA 3EX6A 3KVKA 5K4XA 3C52A 2ZFAA 3BVJA 3LRKA 2DZPA 4NXSA 1R2TA 4O57A 4OV9A 3LCWA 1H7OA 3GDLA 4CCDA 4N9EA 3MP4A 2JK2A 3NL5A 4OWGA 4AWUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4BK9 A;  4TTG A;  2OSW A;  6TIM A;  3N25 A;  4P8U A;  1K8Y A;  1GJW A;  3LPO A;  4G8T A;  3CJP A;  5AVH A;  4AZC A;  3CHE A;  1I75 A;  1CBG A;  2RJG A;  1E6P A;  4F0S A;  1V6Y A;  3WLR A;  4XD5 A;  3LM7 A;  5T26 A;  5TNV A;  1IEQ A;  1W9U A;  3A24 A;  2HIS A;  4W8A A;  5BMW A;  3LGD A;  3DUG A;  3U2C A;  1NOU A;  3PTK A;  1BGA A;  1EH9 A;  4HPH A;  3M44 A;  3ARY A;  1BSL A;  4MUP A;  5HNU A;  3ZJ6 A;  3AIU A;  2CCR A;  3TN4 A;  9XIA A;  4QIS A;  4J4K A;  3CIW A;  1ONE A;  4V15 A;  3H2C A;  2WSP A;  4WJX A;  4HIB A;  3B8W A;  2R1N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5DCBA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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