5DCD | Genus

Total Genus 133

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	346
structure length	346
Chain Sequence	HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1220905028493__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1220905028493__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5DCD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1220905028493__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1220905028493","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5DCD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1220905028493__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00efee41eb126e43d2ba97/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00efee41eb126e43d2ba97/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
publication title	Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms rcsb
molecule keywords	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus	133
structure length	346
sequence length	346
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2015-08-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5dcdA00

1M7OA 4ZMGA 1TTIA 3NL5A 1SR9A 3MW7A 5H2ZA 4IMGA 1FXPA 4MIMA 3N9SA 3W2JA 4XBSA 2V2DA 1OVDA 3NR0A 1VYPX 5EY5A 1W5OA 4BF9A 3BPWA 4ZQPA 3LTSA 3S9YA 3QJAA 3S0CA 4JEQA 1YXYA 1J4EA 3NZRA 3VFLA 4EF8A 3NQ7A 3DFSA 2ZQ0A 4MFDA 1QO5A 1GTHA 1IIGA 4EF9A 2GPTA 2H6RA 3U2OA 4WOQA 4WY0A 4Q4KA 4ZVJA 1JULA 1AL7A 1S5VA 1DKWA 1TQXA 3VI2A 3L67A 1W56A 5FF4A 2VEPA 4O18A 2NWRA 2V82A 3DHFA 1AW5A 4AAJA 2X1RA 4BWLA 1JCNA 4Z1AA 3NQVA 3SW6A 1UUOA 3EWXA 3HGRA 3QH2A 4NQ1A 3W7QA 4O12A 1LTDA 4YMZA 3C6CA 4NXSA 2TSYA 4QNWA 5LNSA 4FIQA 4LS1A 3LOTA 4EVZA 2Q8LA 3WK0A 3R8RA 1JJKA 1K3UA 1QWGA 3EX4A 4NNCA 1FX6A 4UTMA 4UFIA 3UXDA 3LTYA 4ZQNA 4LOCA 3LHZA 4AXKA 1MEWA 3DKJA 3G1FA 1PE1A 4RR4A 1ALDA 1DJNA 5EPDA 4O53A 3RK8A 1OK4A 3C2EA 3UPBA 3QMSA 2RDWA 1I2QA 3G1DA 4WQ6A 1KLZA 3P60A 1SSDA 2W6RA 1W5QA 4KFPA 5D38A 4ZQOA 5KZMA 1F2JA 4GC4A 5D2VA 3STGA 4HSOA 2GOUA 1FCQA 5AYYA 2G97A 3GR8A 2J9YA 5AC6A 3JS3A 3C8FA 4LT9A 1F05A 3O8AA 3PS7A 1AMKA 3QSRA 1TCDA 3DI0A 3QYQA 4L4MA 1JRCA 3P84A 2QCGA 1I2RA 3TDFA 4W9TA 1HO1A 5DBTA 1EUNA 2Z6IA 3CIXA 3TE9A 3CEPA 2ISSA 4IMEA 2X30A 2WNZA 4ZQMA 3N2XA 4QJ1A 3LCXA 4YCOA 1RD5A 3W2NA 4LWWA 3R2GA 4LVAA 5FEXA 3WJZA 2FPYA 3JR2A 1KV5A 1H50A 3IVUA 3SZ8A 3GDMA 4BI5A 4UMCA 1SW0A 1VLIA 3KXQA 1OYAA 1GVQA 4E0CA 2YFOA 1P4CA 3BW2A 1T99A 3L5MA 2YYUA 4ORIA 2GVLA 1MO0A 4OWGA 1ZNNA 1D3GA 2HSAA 3GKAA 3ABQA 3E9AA 3LERA 1Q6QA 4Z1BA 2FIQA 2HMCA 1LM1A 3KVJA 3ATYA 3PSWA 1EEPA 1H7NA 1LBFA 2J88A 4I7UA 2WSRA 1QOPA 4X22A 5LNRA 4XKYA 3NPUA 2YW4A 1FDJA 2A0NA 3QC3A 5I3FA 3NZ1A 4O50A 1KFEA 1JCXA 1ONRA 3NPWA 3NOEA 4E2DA 2BTMA 4HPXA 2LLEA 3R89A 4R33A 4RXGA 2DZUA 3NL6A 2RHGA 3DHDA 5DN1A 4RX0A 4H4IA 4GUGA 3EWUA 3LCHA 4J9JA 3QPYA 4O52A 3M43A 3OG3A 3A22A 4AF0B 4JTTA 4IWWA 1VJIA 3HMJG 1TPDA 4XUGA 4JTHA 1YTEA 2DU2A 4LRSA 5U7SA 3STCA 4DEFA 1BEUA 1A5AA 3S5ZA 3IIXA 1IXOA 5D2WA 1SFLA 2Y7DA 1I4NA 1V5XA 3WJXA 7TIMA 4JTGA 3GDKA 2NWSA 4XWUA 3W1MA 2VOMA 5LZLA 4K8HA 5LHEA 2CZ5A 3MP3A 1ME7A 4EIVA 1BWLA 2QCFA 4JR5A 1TPC1 1VR6A 1VQTA 3PBWA 4H3DA 1EB3A 2C19A 1NEYA 4WX2A 1L6WA 4UFJA 1L6SA 3TR2A 3ZWSA 3PB0A 2ATSA 3QF0A 3W1NA 2HS6A 3W7JA 4ADTA 3EEGA 3ZFHA 2X1SA 3ANYA 5D02A 5CG7A 3S5OA 2C0AA 3C56A 4O16A 3ZWTA 3FA5A 2Y7FA 5AHMA 3KFTA 1GVSA 3LCLA 5CGQA 1TJRA 3LBCA 3SSJA 2CZFA 3NEVA 1SSGA 4JX5A 1KV8A 4M7SA 6TIMA 2Q8ZA 3W1LA 2ZYFA 3OA3A 4FF7A 3W72A 3QMRA 3TQVA 4N9CA 3TXVA 4LVFA 1ZHAA 4LVGA 1W54A 4NUWA 3W1PA 2QJGA 3G1SA 5TBOA 3VE9A 1AW1A 1JUEA 4O17A 4N4QA 4CQAA 4LUIA 1WDWA 1C29A 1QPOA 1IF2A 2E09A 3UWYA 3FOKA 4IPJA 1TTPA 4KWVA 4Z08A 3OEXA 3TCEA 8TIMA 4O4VA 1W31A 1IXPA 3N2MA 4PL2A 4WUIA 3B03A 3O07A 2E6DA 4O11A 5E1QA 4K6AA 2VEIA 4UIOA 4LW7A 3G0XA 5C5YA 3DBPA 4UFKA 1Q6RA 3MBFA 2ZTKA 3SFKA 2G96A 5LHFA 5F2MA 4E38A 5AC7A 1DJQA 4JX6A 3S1VA 1KM4A 1PS9A 1Z41A 5E93A 2XN1A 1F6PA 4QM1A 5K4XA 5SWUA 3LCWA 1MZHA 1DHPA 5HMSA 2DJXA 4GWEA 2FPTA 2R14A 5CSSA 4YCPA 3NVTA 1VPXA 1A50A 2RFGA 4FX6M 5L6UA 5A8GA 3W1RA 3NO5A 3G0UA 3F4WA 3PUEA 3N19B 2NV1A 4DF2A 4IPIA 4R34A 3TAKA 1AL8A 4PFMA 1FCVA 4O10A 2ZRVA 3G22A 4CLMA 2XN0A 1VHNA 1GVRA 3CU2A 1I8JA 2R91A 4JS3A 4K37A 1KFBA 2F7FA 4CCDA 1MSSA 2W0UA 5HJLA 3FS2A 1LRTA 1TSIA 3W2MA 3W07A 4JIQA 3T4CA 3LHWA 3DFOA 4P61A 4Q33A 4IMFA 4X9SA 3H53A 4UFMA 1M6JA 2FLIA 4GUHA 1SUXA 1L2UA 3C4UA 1KM6A 2EKCA 4LNYA 3CTLA 1LLWA 3GB6A 3QM3A 3RLUA 5C6MA 1YADA 3NPXA 3T55A 3TKFA 2E77A 5I3IA 1KBIA 4N9BA 3KHJA 4A22A 1BKSA 4LVDA 3B8DA 3FYOA 1KM3A 4ZZ9A 5HWMA 4UC5A 4IX2A 1OFBA 3W75A 4JY9A 1ZFJA 4UTUA 3BLEA 3PBYA 1SFJA 2FB2A 1YDNA 4PL1A 3HPXA 1LOQA 2A1YA 5F4SA 4ZQRA 1W1ZA 2CU0A 2P0OA 3GLCA 1EUAA 2BSLA 1UCWA 3VE7A 1R30A 3OVPA 2QCNA 5IM51 1O60A 4M6VA 4TU1A 3W2LA 4I7WA 3KRZA 1R2SA 3E12A 4Y6GA 3S8HA 3G1VA 4XTIA 1M7PA 1OX5A 5H91A 1LP6A 4DF0A 2NX1A 3LXCA 1O94A 4HNNA 4D2JA 1TJPA 3O6CA 2J27A 2QUTA 5HQEA 2YX0A 3GAYA 4GXMA 1JR1A 3L0NA 4RKAA 2JGQA 1XDLA 4L4LA 1V7YA 5KMYA 4JTIA 3C2FA 3ABOA 3TFCA 1KLYA 2VFIA 3WJSA 1TRIA 5FI8A 4WD0A 4JTLA 4M6PA 1SPQA 3CWNA 4FEZA 5FEPA 2CLIA 2OZ0A 3LXBA 5ABTA 2C16A 2EAWA 1JQXA 2ZRWA 2ZA1A 3W23A 4FX8A 3KVMA 2PRMA 2YW3A 3P8IA 4U28A 4MKNA 1K02A 2NXIA 3UWVA 3DXIA 4GUFA 1SO3A 1THFD 2FJKA 2PCQA 3UYCA 4JYDA 3Q37A 3TK7A 4CNPA 3LHTA 2VFDA 5AHLA 1D3HA 5C54A 4Q32A 3CQ0A 3KOFA 4YLWA 3TFXA 2JKAA 3EWWA 3V75A 3I7SA 2ZRXA 2Z0IA 3STEA 4BI6A 3QQ1A 4GFSA 3DI1A 3OBKA 5F2LA 1X8FA 3MP4A 3W1UA 5FF0A 4MJMA 1P0NA 3KVKA 3CT7A 4O4WA 1H5YA 3HG4A 3N34A 3S5NA 1FY6A 3M6YA 4JX4A 1W37A 3W7NA 3WJYA 4Y9AA 1EWDA 3LCIA 3QSTA 3WK3A 4GRSA 3LDVA 4IMCA 3W7PA 1T96A 3O15A 4JYFA 3L21A 4UNLA 1TPFA 1G7VA 2YSWA 1ZCOA 3M5VA 3GZ3A 4OT7A 1E51A 2JBMA 3IRDA 2NX9A 3C2VA 1N8FA 4A21A 4M6QA 1I2NA 3EB2A 4JDBA 1FBAA 3NAVA 3TC7A 1L6YA 2Y63A 2Y85A 2ZBTA 3UWUA 3DFNA 1VCVA 1RVGA 1GG0A 1UBSA 1KTBA 3G18A 4FB7A 1QNVA 2QCDB 1TV5A 2A7RA 1LLZA 2YZRA 3BGGA 4UTTA 2QJHA 2HS8A 4AHQA 3CHVA 1TYGA 4HNUA 4BK9A 4Z1CA 2Y88A 3UNDA 4M7TA 3HPSA 3M44A 4A3UA 4WY0B 1NF0A 1H63A 1NAL1 3MI6A 2QAFA 2GQAA 1SZNA 2Y6ZA 1TPVA 3W70A 3A24A 1RPXA 4NJHA 2DZPA 5A5WA 2A21A 1M5WA 4ICNA 3Q58A 3TAOA 4WOZA 4UNKA 1XDMA 4NT0A 5D33A 1KM0A 3SI9A 3NQAA 4TMBA 4RXFA 3P61A 4N02A 3A21A 5DCEA 3W7EA 4LV9A 1H7PA 2Z6JA 2GQ8A 3FJ6A 3S1WA 1W3IA 1FDZA 5HWJA 1PCWA 2WQPA 1Q6LA 2YCEA 1VRDA 4DPQA 1WAUA 3PM6A 3GK0A 2ZRYA 4FNTA 3NQMA 1NF7A 2FTPA 1G69A 2RDUA 3MWAA 4XQ6A 3R5EA 5D2YA 1W8SA 1WOAA 3E49A 4PTNA 1DV7A 1HTIA 1XBYA 4N9DA 1YTKA 4NZFA 4WJEA 1F74A 4CQ8A 2J6XA 3PUOA 4WZHA 1FWSA 4OQVA 2B7NA 2Z2UA 1QAPA 3BV4A 4O1AA 1G4PA 1YXDA 2ZZ5A 3RU6A 4NNBA 4PCFA 2V2CA 4LU0A 1GJPA 1WBJA 3W9ZA 1HUVA 2A85A 4BWLC 3BLIA 2TMDA 1XUZA 4HHPA 3W7GA 3PUDA 3SY5A 1GVOA 2WNQA 1QMLA 1DOSA 1BWKA 4QITA 3U8GA 4UTIA 1I45A 3TROA 3THQA 3PVFA 5D30A 1QO2A 4UCGA 2E6YA 1GEQA 5FF7A 2X1TA 2V2HA 3C61A 4ZL1A 4M19A 3HGOA 3MBDA 5MHBA 3W73A 2DZWA 3LB0A 1L9WA 3UWWA 4G1KA 1B9BA 1N55A 3W7OA 5HUOA 2VFEA 2EPHA 4QIUA 2OJPA 4U4MA 5KITA 1WBHA 1DORA 4IMDA 3M1ZA 3VNDA 3IVSA 3QFEA 5D04C 4PA8A 1KM1A 4CCEA 2CLOA 1WA3A 3LLFA 3G24A 3NNTA 2ISWA 4FIRA 1OJXA 4CNNA 1RQBA 2A7PA 1TPB1 3O16A 2OT0A 3L66A 3M41A 2GVGA 2ZZ4A 1YDOA 3FKRA 1OF8A 4O0ZA 3UQNA 3W86A 3TC6A 5EA9A 2JGYA 3HQ1A 1YYAA 2A2IA 4RZ6A 1JUKA 1XFBA 4K38A 3W7DA 1ICPA 2C15A 4XTDA 2QEZA 2NX3A 2QAPA 4AH7A 1K7FA 3L5AA 3C2OA 4MLJA 3S5YA 5LSMA 1DQXA 3LCFA 2X16A 1F6KA 1JUBA 4UR7A 4XKYB 1OFEA 5KZEA 3LBMA 3R12A 4FX7A 3HGSA 4UR8A 4FNRA 3S6DA 3LTPA 4IJBA 4JTEA 2RKXA 4WY0F 1LRQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LF1 A;  2DT3 A;  1UR2 A;  4KEZ A;  3AMG A;  2RDT A;  3W7I A;  1US2 A;  1CGX A;  1REQ A;  2V69 A;  3OIX A;  5CGM A;  2O9P A;  4OV4 A;  1VRX A;  4DB7 A;  3CTT A;  4DAF A;  1QI2 A;  5AN7 A;  4EWN D;  2PB1 A;  5HNR A;  4QSH A;  2CXE A;  4QBX A;  4EPB C;  1AUS L;  4MYA A;  2XH4 A;  3N04 A;  4GXW A;  5T9C E;  4FZI A;  3T0T A;  5FEZ A;  1HKW A;  4FXR A;  4IG2 A;  4MY8 A;  4MY9 A;  2PZ0 A;  5CC5 A;  3RGT A;  1AQH A;  4OOU A;  3M5Y A;  2YJQ A;  2B7O A;  4OBT A;  3SIM A;  4KEV A;  3UER A;  3K30 A;  4FMV A;  5GVJ A;  1HKK A;  3QY6 A;  4S3A A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5DCDA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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