5DCDA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (tyrosine)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms
rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 133
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dcdA00
1QWGA 4Y6GA 1KFEA 2YFNA 3C61A 3MHGA 1ZY9A 4LUJA 3BV4A 3LHZA 3NL5A 4YWIA 3A23A 2E09A 1JCXA 4UTWA 3TIMA 1W56A 1XI3A 3KFTA 4JYEA 5FESA 3L0KA 4JNMA 3NR0A 3M41A 1K02A 2KZHA 3L0NA 3NQEA 1IGSA 5KZDA 1WA3A 5MHBA 1OX5A 1I2NA 1W3IA 1G4TA 2OX1A 3DH7A 2F84A 3GVGA 4AEOA 3QF0A 1EEPA 4RZ6A 2A6NA 5KINA 1W5PA 2EHHA 3W1MA 1G4SA 3EX4A 1M5WA 2E6DA 4IMFA 2IQTA 1XUUA 2V9DA 3HO8A 1KFKA 1W54A 5D38A 1XDMA 2EAWA 1LBFA 2H8ZA 4HPXA 3W07A 1BKSA 3W7IA 4FEZA 2GVLA 3M9YA 1SW3A 2HTMA 3M0ZA 4MY1A 5D2XA 3TU9A 5EKYA 3R13A 4O57A 1WXJA 3ZR4A 5AB3A 2ABAA 1F5ZA 5FEPA 3WK2A 1L6YA 3IIPA 4UUIA 3FJLA 4MIMA 5HJLA 3ABOA 2OT1A 3OBKA 1W1ZA 4LW7A 2CWNA 3HPZA 4UFIA 5F1VA 4UNKA 3CIXA 3LCIA 4MFDA 4DBEA 1FWSA 1K7XA 1TB3A 3T4CA 1VLWA 2NX3A 1FCUA 1S3HA 4YL2A 2C6QA 3SZ8A 3DFPA 1LROA 3M5YA 4UTIA 1YXYA 1OFDA 1YPFA 3C2FA 1YDNA 2FPTA 2GOUA 4K6AA 3PR2A 4WJEA 3IEBA 3CPRA 1EIXA 5EA9A 3VCRA 3E49A 4LVAA 5AYXA 3R8RA 3LHWA 3U8GA 3OIXA 4JICA 3PULA 3BO9A 4WOZA 1M6JA 4NJKA 5CSRA 3DFOA 3BK0A 3ELFA 1LDCA 2ABBA 1T96A 2FB3A 1KLZA 3QQ1A 5LHEA 4BI7A 1QCWA 4XBKA 1EA0A 3AJXA 4QM1A 3L5MA 1OFQA 4RXGA 4BWLA 1F73A 4NUWA 4QNWA 5I3KA 1SO6A 3P74A 1TJPA 8TIMA 3LCGA 1KTBA 4LVFA 5LKYA 3W7HA 3STCA 1EP2A 5D2TA 5AHFA 2JKEA 1S5WA 4LC8A 4PA8A 1UASA 4CCDA 4LV4A 3S42A 2JGYA 3KVLA 5AYYA 1TV8A 1KA9F 4XKYB 4K8HA 1Q6RA 1F6KA 2YYTA 2ZBTA 4UFMA 1M7OA 3KVKA 3LHTA 4JDBA 3B0VC 4CCCA 1HO4A 3QC3A 3QRHA 5F2MA 1KM6A 2FIQA 1EWDA 2Y63A 3PUEA 4O4WA 4IWWA 3GYEA 3MBFA 4JTLA 1O60A 3G3DA 3NM1A 1GEQA 4JXCA 1VQTA 5KZEA 4NU7A 2XN0A 1OFAA 3O06A 5G5IA 4ML9A 3W1LA 3CEPA 3UZJA 2X30A 3TKFA 2C19A 1ONRA 4KKXA 3LXAA 4O1BA 1WOBA 3HOJA 5D05A 5E1QA 3S1UA 3TV8A 1PIIA 5T26A 5HNRA 4KFNA 2E5DA 2QCCA 2X2GA 1C9DA 2V81A 4PCFA 1B4EA 5I3JA 6ALDA 3P80A 3TSDA 6TIMA 2VFDA 1VYSX 3TNOA 1LOLA 2QUVA 4Z08A 1A5CA 4XKYA 4JTSA 2GVJA 4AAJA 3NEVA 3CTLA 4EVZA 3MW7A 3S5YA 2V82A 1G4PA 4KWWA 2V5BA 1R47A 4OE7A 2B0MA 5BMXA 3GX9A 4RK8A 5L6UA 4C1KA 1F7BA 2V30A 2ZCGA 4JTEA 3EEGA 4N9BA 3O6YX 3FFSA 3EX2A 5HMSA 1KW1A 2TPSA 4JIQA 1NEYA 1XXXA 5CGQA 5A8GA 5AFDA 4N6FA 3A21A 5I3GA 1P1XA 4TMBA 3L67A 4E2BA 2J24A 4M7TA 2YDAA 3WJXA 4OHQA 1N7KA 1O5XA 4GUGA 3VKJA 3PUOA 5AN7A 4WX2A 3QSRA 4Q33A 4GFSA 3BGJA 4O18A 4GUFA 1JUKA 5I3HA 4UC5A 3KXQA 3NG3A 5DN1A 3Q2DA 1LRNA 1VC4A 3TXVA 3W7RA 3B03A 3QSTA 4MYXA 1A50A 5HUOA 4GUIA 4GWEA 1MZHA 3GXPA 2J9XA 1TPEA 1H63A 3O05A 1TTPA 2CLHA 4IMCA 1TQJA 1EX5A 3L68A 3TR2A 3JS3A 3R2GA 3SIZA 5LNUA 3HMJG 2P1FA 4S2BA 4O14A 4HKPA 2WJZA 1I2RA 1Z42A 3HG5A 5AHEA 4WOQA 1HL2A 5F4SA 1FDZA 3EWYA 1SZFA 1RV8A 3T40A 2QJIA 2DJLA 2R91A 3NPWA 1O4UA 4S1FA 4NJIA 2ZRUA 4C1LA 4LRSA 1FQ0A 2QDGA 1KM5A 2GQ9A 2RHGA 3M5VA 1I2OA 5LSMA 2CLEA 1G69A 1WQ5A 1H7RA 5D02A 4N9CA 1VCVA 4R53A 1N8FA 1TV5A 4OWGA 1G7UA 4OT7A 1TTIA 1F2JA 4LC6A 3RK8A 3TQKA 5EL1A 1DKWA 5FEWA 2VELA 1FX6A 2QCEA 4UCGA 4AHQA 2YSWA 4E0CA 4AXKA 4HHPA 4GNJA 1H51A 4PH6A 1K8ZA 1H7NA 3PS7A 5C54A 3IIVA 4NNBA 3I7RA 3IVUA 5U7SA 3W6YA 4AF0A 2X16A 3G1DA 3KRUA 1OF6A 3H53A 2A7PA 4QIUA 2F7FA 4LVDA 4K7YA 1B9BA 2J6XA 4UTTA 2J9ZA 2FFCA 1YTKA 2DZUA 1UUMA 2A6LA 1GG0A 4X22A 5H91A 2GJLA 4ORIA 2VEKA 4JTUA 1TSIA 1X8FA 4LU0A 1LRTA 3EB2A 2Y85A 4JTKA 2NX1A 3DKJA 4PC8A 3W2KA 3PSVA 4IMDA 5HR6A 1TPWA 1H7XA 1J2WA 2HMCA 2OT0A 3LX9A 2ZYFA 4EF8A 1TREA 3IIXA 1M7PA 1IXNA 3NL2A 3LI0A 2NUYA 4MY8A 3W1AA 5BNKA 1SZGA 3G3MA 3W1UA 3TCEA 3MI6A 1ZAJA 3GDLA 4ADUA 4MY9A 5I3FA 3NZRA 3QMTA 3RMJA 3UY8A 2ZTJA 1NAL1 2ATSA 1UJPA 3G1YA 5EYWA 4I7VA 2QEZA 3B4UA 4POCA 1TQXA 2PCQA 1Q3NA 1I45A 4MLJA 4O13A 4KWVA 3UWYA 1GYNA 4OBTA 3MP3A 3P82A 2VEPA 5CPOA 4LT9A 3BG9A 3FS2A 3TH6A 3LB0A 4A29A 1XFBA 3SFKA 2WO5A 4O1DA 4PEKA 3N3MA 4HNUA 1KTCA 3OA3A 3PWAA 1JULA 4O10A 2DZTA 3WFAA 1VYPX 3TSBA 1VCGA 2A1YA 1NFBA 1JRBA 3LLDA 2OCZA 4LY8A 4WY0A 4X3ZA 2A85A 2YGYA 4R34A 1DJQA 1YYAA 2V8ZA 4P2VA 4MZYA 1JRCA 2RFGA 4NJHA 1FCQA 1SFJA 2P0OA 3NAVA 4IMGA 3DFSA 5TIMA 4ADSA 5F2LA 4GBUA 5D30A 3TDFA 1PCKA 1OX4A 3LRLA 4LVGA 3W7OA 1VR6A 4FIQA 5AHLA 4ADTA 3SGZA 3N34A 3GDTA 2NX9A 1WYIA 3GNDA 3T55A 3W84A 1TTQA 1DJNA 2BWGA 3LHYA 4FNQA 2C3ZA 2J27A 1ME7A 2VFIA 2ZZ4A 4Y8FA 1D3GA 3LXCA 3HGOA 4UR8A 4R33A 5KMYA 3W2LA 1HFBA 4QJ1A 3L66A 4N2YA 4U4MA 3G1HA 2V5LA 2CU0A 1AG1O 2ZTKA 3D0CA 4MKNA 1ZALA 4ZQNA 2ZA3A 5G1TA 2E5CA 4RCXA 3TA6A 1MEIA 2EKCA 4DEFA 5U4NA 4EF9A 1OX6A 5EY5A 1KBIA 1T99A 1SQ7A 3CWNA 5BW6A 4Z0SA 4IX2A 4P61A 2WSQA 3CB8A 4JTHA 3TK7A 2W6RA 2B4GA 2WPBA 1TPH1 1YLVA 2XN1A 2ZRVA 5FEXA 5DXXA 3WK0A 3NOEA 3ZFHA 5HWNA 3B8DA 4FNSA 5AC6A 1UCWA 3DKLA 4JTGA 4X9SA 1RR2A 3OVQA 1Q6QA 4JY9A 1LLWA 2QCDA 1QAPA 3H55A 3W7NA 3G1FA 4FO4A 2ZFAA 3NQAA 1UUOA 1P5BA 4J9JA 3BVJA 4E2DA 1OFRA 2QCNA 2Y62A 1THFD 4UTHA 2G97A 5FF3A 2E68A 1ICQA 1W3TA 4YXGA 2G95A 4XZ9A 2Y7FA 1GWJA 4O8RA 2DP3A 1XBVA 2ZDRA 3LV5A 4NNCA 4HNTA 1TRDA 5K7JA 4OV9A 3LV6A 1H1ZA 3W9ZA 1QOQA 5CZSA 5HQEA 3W1TA 3DGRA 3WJZA 3HG4A 1W8SA 3P62A 2E6FA 1K03A 3UPWA 3H54A 3MP5A 1FCVA 4HN4A 3W75A 3NQDA 1TTJA 4YMZA 3L9CA 1XBXA 3MMTA 3S5NA 4TO8A 4D2JA 4TIMA 3NNTA 5AHNA 4GUJA 2VC6A 4O54A 3FYOA 4NXSA 3UWUA 4YLWA 4LNYA 2E77A 3EX3A 3TW6A 1SW7A 2CLMA 4ZQMA 1LOSA 4DXVA 1SW0A 2C16A 1H50A 5HUPA 4QAIA 4PL2A 2ZA1A 4RZ5A 2QAFA 3NQ7A 3NQCA 1K3UA 1RPXA 5K2ZA 3G1XA 4UTKA 4ZQPA 1QO5A 1VLIA 3WK1A 2QCLA 1I2QA 2DZWA 2LLEA 5FEZA 2X1TA 2QKFA 3PBWA 1DQXA 1S5VA 2W0UA 3ABRA 2ALDA 5G2IA 3SSJA 3TQ0A 1K7EA 3W7LA 3ABQA 3L5AA 1JQXA 3N2MA 1OFPA 2QF7A 1GG1A 3R12A 4U28A 1HO1A 4GC4A 1SZEA 2VFHA 4OQVA 2DZSA 4M6QA 3VNDA 3M6YA 3UWZA 1OG0A 1HUVA 1ICPA 1ZJIA 3S5OA 1Q6LA 1ICSA 2Y89A 4AWTA 3G0UA 4O0ZA 1V5XA 4N9DA 5F2IA 1UBSA 1DVJA 1QFEA 3P5YA 5A5WA 1ADOA 4Q4KA 2ZRZA 4LS2A 2NXHA 5F2GA 1FDYA 5HINA 3SI9A 4AH7A 3TFCA 3I6RA 2V2DA 5DBUA 2CZDA 3A22A 5LGZA 3CHVA 4UFLA 3RU6A 4NXKA 3BPWA 3KHJA 1SPQA 2Y70A 3TFXA 2VEIA 3NL6A 1JCNA 1SUXA 5CZTA 2WV8A 5LZLA 4NZJA 3V1PA 3OVRA 4XQ6A 1EWEA 5IBXA 4IUOA 3N14A 3IGUA 5AC8A 4M6PA 2FQIA 2QCFA 1Q45A 3BLEA 3UXAA 4IMEA 5E0KA 3NPUA 3HF3A 3JR2A 2QDHA 3K30A 4TU1A 5CZ0A 2Z2UA 1R2TA 3EWWA 1MO0A 5I3IA 1IIHA 3LTSA 4A2RA 5LNRA 4JN6A 3N9RA 5KZMA 1LLZA 1F05A 1PE1A 2B7PA 1W5OA 3U2OA 4CQ8A 3CIWA 4AMAA 4RXFA 3ANYA 2X1RA 3I68A 1A5SA 5C2XA 2XN2A 1KFBA 3LHVA 4WY0F 4NJGA 3DBPA 5C6MA 3STEA 1F76A 4O4VA 3IVSA 2HS8A 3W2JA 1BWKA 3LTYA 3W7GA 2CLFA 2YPIA 4UTJA 4LS1A 4MVAA 3HGJA 1VJIA 1XBZA 3QMRA 1XDLA 1A53A 4Z1AA 1SO5A 4JY8A 3GKAA 1U5JA 2EGZA 1ZENA 3IIOA 4CQAA 4RKAA 3ABSA 1KV5A 1SO3A 2O7SA 4DPQA 1JJKA 3L65A 2YFOA 4HNVA 3W1PA 1ALDA 2YW4A 5KITA 4H6KA 2TRSA 4IOTA 3HQ1A 3TAOA 3UNDA 3MHUA 2CZEA 4UTLA 2R94A 5CPMA 1CI1A 2JBMA 3INPA 4MUZA 1QDSA 1R30A 3W85A 1J5TA 2E1DA 4GRSA 2FLIA 1H61A 2NWRA 2JKAA 2VKZG 5EMUA 3ATZA 4FNRA 4IPIA 3NQGA 2CW6A 2VEMA 2ZZ7A 1OABA 2QR6A 4UNLA 3S8HA 2Q3RA 3THAA 3W1NA 3B05A 3QYQA 4JYFA 4OV4A 5DCDA 1KM0A 2NV2A 5F1UA 5BRBA 1DV7A 2A2IA 2ZZ2A 4UTWC 4DQWA 1S5TA 1IXPA 2Y6ZA 1KLYA 3BW4A 3M43A 1VHNA 1SSGA 3G0XA 4FF7A 3DFTA 3Q58A 4BK9A 3TC6A 2YZRA 4WD0A 2FTPA 3HG3A 2DZXA 4UTUA 1SFLA 3W7CA 4IX0A 4O28A 2Q8LA 3O63A 1LP6A 1BEUA 1D3HA 3GDMA 1X6UA 2VOMA 3EXRA 3KOFA 3LCXA 3NQ6A 4UXDA 4LUIA 4NNAA 2E6AA 3N2XA 1VRDA 1FWTA 1OYAA 3G22A 2GQAA 3N19B 4WXYA 1YDOA 3B0PA 3LTPA 4FXRA 2HSAA 1T0OA 2J88A 1XM3A 3CQ0A 1DHPA 1DQWA 4GJ1A 4JYDA 4O53A 1RZMA 3NQ2A 3RNDA 5GVJA 5AHMA 1Z48A 2PURA 4Z1BA 4BR1A 3EWBX 3W2NA 3C4UA 3LBCA 1EP1A 3VFLA 4DPPA 1LZOA 3EWUA 1I2PA 3CU2A 1QOPA 1EB3A 3W7DA 1PHWA 3W83A 2A0NA 1SU5A 1BTMA 2B7QA 1W5MA 1Z44A 3MYOA 3TROA 3PB2A 3ATYA 1QPOA 5D2VA 2ZQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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