5DCEA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (tryptophan)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
344
structure length
344
Chain Sequence
PTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Functional Unit of Neisseria meningitidis 3-Deoxy--Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase Is Dimeric.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 128
structure length 344
sequence length 344
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dceA00
4NJKA 1KTCA 3NQCA 4TO8A 3S5ZA 4MPQA 2YR1A 4IUOA 1SZGA 3U2OA 3QMTA 4TMCA 2A21A 5D2YA 1PCKA 3N2XA 5FF4A 3G1DA 1W5NA 1DOSA 1LRNA 4IMGA 5AHMA 2Y7DA 4N6FA 5CPNA 3RLVA 3G1FA 4OHQA 3OA3A 2X16A 3LHUA 1S5WA 1H51A 2QCEA 1DKWA 4LVBA 3FLUA 3WJYA 2AGKA 4FX7A 3S1WA 3TNOA 5TBOA 2W79A 4MOZA 5D37A 2B7QA 3N3MA 4FNUA 1QAPA 3HPZA 1I2QA 5CZTA 4IMFA 3LCHA 4IXXA 3BGJA 1JRCA 3L5MA 1RPXA 5AHNA 3S5YA 4H6KA 2QCDA 3I7QA 1MO0A 3FKRA 5AN7A 1TPH1 5HR6A 4MFEA 4JTGA 4O15A 2Y7EA 3UWWA 1GJPA 2DZWA 1IF2A 1DQXA 3KVLA 1QNVA 3W1PA 1WBJA 1SO6A 1A5CA 5K9CA 2R8WA 3WJZA 2JK2A 1LOLA 2LLEA 3CM4A 3MP3A 3S1UA 3LCIA 3TKFA 4A29A 3TFCA 3W1TA 2ZZ1A 3DFSA 4AVFA 5F4WA 3NO5A 3M41A 3SY5A 1LBFA 4UTHA 1F73A 3NQ8A 1EPXA 3W6YA 1TPUA 4M19A 1KFLA 1K8XA 1OFRA 1QCWA 1LORA 1JRBA 2ZRUA 2Y62A 3F4WA 2Z6JA 3QM3A 2C13A 3L5LA 3PSWA 1FQ0A 3EWBX 4LS2A 3S42A 1VR6A 4X22A 2VEMA 5AOUA 3GDKA 4RZ6A 4N4QA 4JX6A 3OVPA 3HIJA 1I2PA 2FIQA 1OFDA 3L65A 1G69A 4WOZA 5EA9A 3O8AA 2Q8LA 2CLOA 2E09A 1TQXA 5FEXA 4NXKA 3ABRA 4JEQA 3S8HA 3W7CA 3W7IA 1KM6A 1VYRA 1F6PA 1XBYA 2C18A 3E49A 3W74A 1H50A 3QQ0A 2QCFA 4WY0F 4LVDA 1WDWA 3GDTA 3CIXA 1VHCA 4EOUA 1UUOA 4JX5A 2VFEA 3PVFA 2WJZA 3E02A 3EWWA 1VCFA 2E6FA 5J5DA 1LZOA 1YTEA 4QQ3A 1AMKA 1QPRA 2B7NA 1AK5A 1BKSA 3E12A 1G67A 4U4MA 4BR1A 5D30A 4N6EA 1GVRA 4O4WA 1JULA 1JCLA 5K9DA 1H7OA 2GQ8A 3EX6A 4HNNA 1VLWA 2FPYA 3MBDA 2Y61A 3N2MA 4UFHA 1NFBA 4L4MA 4P61A 2VFFA 1QDSA 2X2GA 4L4LA 2NXGA 3RU6A 4JX4A 3I65A 4O0KA 4WY0B 5F4XA 4YL2A 1YXYA 3ZWSA 1J5TA 3NZRA 4UC5A 3STGA 2JGQA 5D2VA 4I7WA 5F4SA 1HFBA 4LS0A 4H4IA 4CCDA 3TQKA 3GXNA 3F03K 3QSTA 1JCMP 4FX8A 2J88A 1FWSA 4TX9A 3NQ7A 5I3HA 3W83A 5EL1A 3OIXA 2FB3A 3B8DA 1LP6A 3MMTA 3MJYA 3QH2A 5LHFA 1T0OA 2Q3RA 4IWWA 4Z1DA 3EB2A 3UZ5A 2RHGA 4ZQNA 2QCGA 3CPRA 3P62A 4DF0A 1FDJA 2GQ9A 5F1UA 3A9IA 4I7VA 3TC6A 1D3HA 1JVNA 3S6DA 3DAQA 3G3MA 3M5ZA 1JUKA 5K4ZA 5LNVA 2NV1A 2QUTA 4NU7A 2YGYA 1VC4A 3OG3A 2C6QA 1R2SA 3W86A 2NUXA 2FLIA 3DHFA 4UFIA 3W7LA 4WX2A 6ALDA 4ADTA 3LXAA 5EY5A 3STEA 3W7EA 4BI6A 1ZCOA 3S5OA 3V1PA 1W37A 3GDRA 4O8RA 5CPOA 4AXKA 5KINA 4M7SA 5E0KA 5FI8A 2JGYA 2WKJA 3DFOA 3PULA 2VEIA 3B0UX 1K7XA 3TQVA 2QF7A 3C4UA 5FEWA 1H1YA 3NPUA 1K3UA 2IQTA 2TRSA 1QO5A 1SO4A 3TAOA 1A5BA 2WNQA 3UWUA 3B03A 3N34A 4JXCA 3ABQA 1H1ZA 4JR5A 3QMRA 3O05A 3PC0A 1C9DA 3G1HA 1OF8A 2NLIA 5DN1A 5HR7A 3S5NA 4BK9A 2I1OA 2Z6IA 3EWZA 2GQAA 3LI1A 5U4NA 1R46A 3UWYA 2P10A 4OU1A 1UUMA 1NF0A 4EF8A 4CQ9A 3QC3A 1X8FA 4Z1BA 1WOBA 5FF3A 3NQEA 1EP1A 3VKJA 4YXGA 3BW2A 5D2XA 3KRUA 1YDOA 1KM1A 3LDVA 3SIZA 3CHVA 3ANYA 3WJWA 3W07A 5CGQA 3JRKA 2C3ZA 5G2IA 5D33A 3CLMA 3N9SA 2H3BA 5AYYA 1TRDA 1LOSA 3L2IA 1Z48A 5AC7A 2YPIA 4AHQA 2XN2A 5G2WA 5I3GA 4MZ1A 1QO2A 1H7WA 3G8EA 1I8JA 1A53A 3IIVA 5EMUA 1VJIA 2YZRA 5TQLA 3NG3A 2ZDRA 3KOFA 4ONVA 4GUJA 3G0SA 4O11A 4QNEA 2VENA 3KHJA 1E51A 5EBUA 1SUXA 3RF9A 3BG3A 5U7SA 1G4TA 1QOQA 1IIHA 3PS7A 1AL7A 4HNUA 1ICPA 4H3DA 1X1ZA 3LCWA 3M43A 4HNTA 1F74A 1CW2A 2DZUA 1PCWA 2BXVA 2ABAA 4J9JA 2NXHA 3UXAA 2E6AA 4N2YA 3I6RA 2OT1A 1KW1A 5AHEA 2VEKA 3W73A 2XN1A 5DCDA 4M6VA 5KZMA 5HMSA 1KFKA 1BTMA 4UUIA 5MHBA 1PIIA 4OE7A 3QW3A 3K30A 2WNZA 3TK7A 4ADSA 2YXGA 4JS3A 4B5NA 5LNWA 1GEQA 1K8YA 1TIMA 5BRBA 4Z1AA 2HTMA 2J27A 3HG2A 4DQWA 4PODA 1TCDA 4N9DA 3PBUA 4O52A 4M5PA 2R94A 3KRZA 5DY3A 3BO9A 3HO8A 1W5QA 2A7NA 3W3OA 3H53A 3C61A 3TIMA 1ICSA 1RQEA 3FYOA 3S1VA 4LOCA 1SSGA 4XWUA 4MZYA 3CWNA 1BWKA 4W9TA 2WO5A 1SFLA 2WNNA 4NX0A 1O60A 3GKAA 3QEZA 4S2BA 2A4AA 5EPDA 3M6YA 4JDYA 4JYFA 1Q3NA 1GTEA 3NQDA 3TH6A 5J5RA 3PBYA 1YXCA 4QISA 1P0KA 3W70A 4RK8A 3MYPA 4RZ5A 3SGUA 3L67A 1I4NA 1WX0A 4UTLA 2TMDA 2CLIA 1VYPX 4CCEA 2E5DA 2CZ5A 1LYXA 4FIQA 2NX9A 2A0NA 5AFDA 2YDAA 4Y9AA 1O5XA 4WXYA 3OVQA 2A2IA 2RFGA 3DH7A 3FIGA 5K9XA 4DXVA 4JTTA 2NUWA 1GYLA 3ELFA 3QRHA 4FXRA 4XKYB 5D05A 1DQWA 2CZDA 4UTUA 3DI0A 4ZQPA 4A3UA 1ML1A 5EKYA 3NEVA 5I3KA 4CQAA 4U28A 2YW4A 1UBSA 4M6PA 4WD0A 1F6KA 3CEUA 3YPIA 1T96A 3LRLA 3W1AA 5CKSA 3IIPA 4JICA 4XUGA 1ICQA 3GR7A 3M47A 5FF0A 4JTKA 5HWJA 3C8FA 1KM0A 4MUZA 2YYTA 2EKCA 3GR8A 1F05A 3OEXA 1UASA 3TE9A 3HJZA 2ZTKA 1R30A 1SSDA 4GUIA 4A21A 1OYBA 1V5XA 4AHOA 4KWWA 3G0UA 4Y6GA 5DCBA 3KXQA 4YMZA 3JS3A 5D38A 4O57A 4NZJA 3IIZA 1RZMA 1KM3A 1JCJA 1RD5A 4LC8A 2CLLA 1FDYA 4MIMA 4PA8A 2ZZ5A 3EKZA 4UTWC 2GJNA 3WJXA 2FJKA 3IRDA 1JQVA 3TXVA 5CZ0A 5C6MA 1HTIA 2P1FA 2Y63A 1N55A 3NPWA 5G1YA 4JTSA 4O19A 2X1TA 3W9ZA 3W1XA 5CSRA 1IGSA 3LGEA 4UCGA 4NXSA 4MLRA 4FO4A 3H55A 3A5VA 4LC6A 1Z42A 2H6RA 4N9CA 3JR2A 4NQ1A 3NQVA 2WQPA 2CLMA 5AC6A 1LRTA 2EHHA 3TSDA 4ICNA 3MUXA 3BPWA 3EX4A 4JTLA 4E38A 1W8SA 1LBLA 4OV9A 3MI2A 2DU2A 3RMJA 5G5IA 1KV5A 1AW1A 1PVNA 3S1XA 4O1AA 1QFEA 1PHQA 4DO5A 3W87A 2ZRVA 1NF7A 5AHLA 3PUDA 2WSQA 3ZFHA 2DZSA 6TIMA 4XTIA 2BWGA 3DKJA 3BLEA 3NL5A 4FNQA 1ME9A 1SO5A 3Q94A 3THQA 3B4UA 4FEZA 5AC8A 4HPJA 4WY0A 3LCLA 1GVOA 1O94A 3DENA 2D73A 1SZFA 3PG8A 1GWJA 2DZXA 1M5WA 5BNKA 4YLWA 4UXDA 1Q6LA 2WV8A 2R91A 1W1ZA 1OJXA 1TO3A 3UWQA 3BG9A 3W23A 1OYCA 2VFGA 4LVFA 3FJLA 4K6AA 2ZZ7A 2VKZG 4MYXA 3E96A 4Z0JA 2NX1A 4MYAA 2F7FA 3O1NA 4LRTA 3ZR4A 1DV7A 4IMCA 1J2WA 3GNDA 1M6JA 4LS1A 2FB2A 3MHFA 2Y6ZA 3M9YA 2ZRWA 5HINA 3PSVA 4DBEA 3NAVA 5D09A 2RDWA 3A5FA 4CNPA 3O16A 4O18A 5F2MA 1XDMA 1ZAHA 3TJLA 3W1NA 1LROA 2QAFA 3QJAA 4AEOA 4TIMA 2RDTA 4N9BA 3M7WA 4Y8FA 3G1YA 3W7MA 1HG3A 1C8VA 2V81A 1AL8A 3LBCA 4JDBA 4LVAA 1TTPA 3M44A 1XDLA 2ZQ0A 1R47A 1X7FA 3UPBA 1RVGA 1WYIA 4OWGA 3NOEA 4WQ6A 3DHDA 4E0CA 3PUOA 1TPVA 1HO1A 3DBPA 3W1RA 4UR8A 4PEKA 3TR2A 1CI1A 5L9FA 3KX6A 5LNRA 4HNVA 1JCNA 2ZZ6A 3BG5A 2YYUA 2J9YA 5DBUA 2CZFA 2ZA2A 3HPXA 4WZHA 4O1CA 2WPBA 1FCBA 3EWXA 4O10A 2E1DA 2DZPA 2P0OA 3THAA 2EGZA 1FXPA 1GT8A 4R7JA 3A23A 5TIMA 3NQGA 4MY9A 2VC6A 1WA3A 2QCHA 4AHPA 3R5EA 2E5CA 1F2JA 1VCGA 3HPSA 2TYSA 3M5XA 4HT3A 4FX6M 4XBSA 1TPEA 3DFQA 1ADOA 5FF2A 3TC7A 4PC8A 1K02A 3CT7A 3MP4A 5LNSA 2ZZ4A 3EEGA 3TJXA 2J9XA 3NDOA 1XUUA 1DJQA 1ZALA 2CLHA 2E5BA 3GXTA 1S3HA 5C54A 2FPVA 3PBVA 3T7VA 4MZ8A 1H7RA 1TTQA 1OG0A 1KA9F 1FXQA 3W2MA 1IXPA 2TPSA 2VEPA 2A85A 4ZL1A 3CQ0A 3NZ1A 3WK3A 3TROA 3L0GA 4O16A 3ABOA 2DZVA 3UZJA 4RXFA 2XFWA 1PL9A 1SW3A 3QPZA 3L0NA 1ALDA 2PURA 1H60A 2W0UA 3IVUA 5K3VA 3GLCA 3NQFA 1SW0A 3SECA 4IMDA 4O12A 1K7EA 2V8ZA 1LCOA 1TV7A 1W5OA 4BFAA 4RR4A 2RKXA 5C5YA 1PE1A 2Y7FA 5LSMA 2NZLA 1EWEA 1LLWA 2ZTJA 4UTMA 1DVJA 5I3FA 2CWNA 2ZZ3A 3EXTA 2QJGA 1RV8A 4K8HA 5D2WA 2OT0A 4PL2A 1TMHA 2H3DA 2BX7A 1LOQA 1FUYA 3LTPA 5L6UA 4WUIA 4GRSA 3T55A 3LHWA 5HULA 1WAUA 3HGSA 4GFSA 1NSJA 4LT9A 1PHWA 1OFAA 3Q2DA 1TJRA 2YFOA 2PRLA 4RX0A 1KFJA 1XC4A 2GUUA 4NUWA 1IXQA 1IXOA 2QCLA 4LUIA 2JBMA 1X1OA 1V7YA 1EWDA 4O1BA 3MI6A 3W7HA 3LBMA 3UWVA 1KFEA 3OBKA 1OX4B 1ZY9A 5KZEA 4UMAA 4EF9A 4POCA 1W3NA 3M1ZA 1LBMA 1OX6A 3QYQA 2DP3A 3ABSA 1T99A 1VLIA 1P1XA 1GVSA 3HG5A 4S1FA 1TQJA 2FPTA 4NJJA 3G0XA 3NVTA 4OQVA 4P2VA 4JTUA 4E2BA 2J6XA 1H7NA 4UTTA 3B05A 2EAWA 3P8JA 2J9ZA 1EEPA 3LX9A 1EP2A 3LXBA 4RZ4A 4IJBA 2ISVA 4FHAA 5HUPA 1A5AA 1F76A 2YCEA 3HG4A 2G96A 2RDUA 3MBFA 2C1HA 1IXNA 4K7VA 1EX5A 3GXPA 1S5TA 4FNSA 1QPOA 2ZFAA 2Y70A 4GXMA 1R2RA 1XI3A 4DEFA 3PAJA 1JCYA 5ABTA 3DI1A 2ZA1A 4DBDA 4XKYA 2OZ0A 1G6CA 3STCA 5HWNA 3GZ3A 2BZNA 3U8GA 3OVRA 4HIBA 1FWRA 3QF0A 4NX5A 5DBTA 1P5BA 3F4NA 3IVSA 3ZS4A 1MEHA 3P80A 5BMWA 1OABA 1Q6OA 3W2NA 1N8FA 1EUNA 3NXFA 2QJHA 3TW6A 1PS9A 1O95A 1D9EA 3W76A 2DZTA 3LCGA 4GWEA 1M7PA 3P60A 3LTYA 2A6LA 3BW3A 3LERA 4GC4A 4Z08A 1VPXA 4JIQA 1U83A 2ISSA 5FF7A 4NJIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DZA A;  3AIS A;  1OGG A;  3S5Z A;  2CXG A;  4IUO A;  2DT3 A;  3FX4 A;  2VX7 A;  4MGG A;  3UJE A;  1JZ3 A;  1E1C A;  5D2Y A;  4XVD A;  4TTG A;  2CHN A;  2CEQ A;  4C6C A;  1KXH A;  3N2X A;  1SVD A;  2GGE A;  4S3G A;  4O8A A;  5AHM A;  4N6F A;  3RLV A;  2VCC A;  2X16 A;  4P7O A;  4GX8 A;  2QCE A;  1DKW A;  3WFL A;  4FX7 A;  3TNO A;  3TYZ A;  4MOZ A;  1OB0 A;  5D37 A;  5TNV A;  1NAR A;  4IXX A;  1CBG A;  3L5M A;  2OEK A;  1MO0 A;  2ZUM A;  1PAM A;  5HR6 A;  1UD4 A;  4JTG A;  4CU8 A;  3UWW A;  3R10 A;  2YXX A;  1JPM A;  2P50 A;  5CPT A;  1YNP A;  4XAZ A;  1SO6 A;  5K9C A;  3WJZ A;  4CUC A;  1UP2 A;  3S1U A;  2ODO A;  5HAT A;  1A4M A;  3TFC A;  2A3C A;  1BSI A;  3N6J A;  2PUZ A;  4UTH A;  2BDQ A;  4LPC A;  3CV6 A;  3GFY A;  3H4W A;  1F73 A;  1EPX A;  4MB4 A;  4QHR A;  3DYM A;  4FR6 A;  1B2Y A;  1QCW A;  3TC3 A;  2QNE A;  3TON A;  2PWU A;  3F4W A;  3QM3 A;  7ODC A;  2BG5 A;  5DMN A;  3EWB X;  4LS2 A;  4ZO9 A;  3R8G A;  3UVA A;  1K6W A;  1HQT A;  1W6T A;  5JH2 A;  3HIJ A;  4QLL A;  2INZ A;  4B3K A; 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