5DLCA

X-ray crystal structure of a pyridoxine 5-prime-phosphate synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
TRILLGVNIDHVATLRQARGTRYPDPVKAALDAEEAGADGITVHLREDRRHIQERDVRVLKEVLQTRMNFEMGVTEEMLAFAEEIRPAHSCLVPERREELTTEGGLDVAGQEQRIRDAVRRLAAVGSEVSLFIDPDPRQIEASARVGAPAIELHTGRYADAEDPEEQARELQRVREGVALGRSLGLIVNAGHGLHYHNVEPVAAIDGINELNIGHAIVAHALFVGFRQAVAEMKALMLAAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray Crystal Structure of a Pyridoxine 5-prime-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords Pyridoxine 5'-phosphate synthase
molecule tags Transferase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 97
structure length 242
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2015-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dlcA00
2X1UA 5DBTA 5HULA 3EX6A 4JR5A 4MZ8A 1DJNA 2P1FA 3QFEA 4NX5A 1JCLA 3HG4A 1VJIA 4RV8A 3B8DA 5D04C 2JKEA 1WX0A 1TPUA 1OX6A 5DXYA 3L0KA 2HMCA 3GXPA 1T99A 3P62A 3ZFHA 1ZAIA 4UFKA 1TPDA 2QF7A 1SSDA 3NA8A 1KFEA 2QCCA 4LU0A 4O4WA 3H55A 3L2IA 3QEZA 2ZTKA 4WQ6A 1MEIA 5T26A 3TSMA 5G4EA 1ME8A 4UFLA 3DKLA 3RLUA 3TSDA 3WK1A 3DXIA 2J9XA 2UV8G 1VR6A 2E6YA 1AW2A 1SFJA 3G1YA 4DO4A 1SUXA 1LORA 1H51A 2A1YA 3NGJA 3W7QA 1O94A 3M6YA 1LROA 3QPYA 3QRHA 1WOBA 2VEMA 4JGDA 1FDZA 7TIMA 1KBIA 5LHEA 1YDVA 1PE1A 4MY1A 3DAQA 4N9EA 4Y6GA 1OVDA 1VGAA 4UCGA 4GNJA 1GVFA 3A9IA 3CQ0A 3IGXA 3W1MA 2E5DA 1FWWA 2C3ZA 2NUWA 1ZHAA 2QCLA 1YTKA 1W5MA 3R13A 3LTYA 4RR4A 5CZJA 3SY5A 3KVMA 1IIHA 3NPXA 2ISWA 1R2TA 4XTIA 4UTWC 4K39A 1TTPA 2ZQ0A 2WOQA 3BG5A 2DJLA 3BO9A 5FF0A 3O6YX 1GT8A 3TMLA 4CNNA 4OQVA 4GJ1A 1UJPA 2DZXA 5C6MA 3IGSA 4FNRA 4E38A 3EB2A 1DQXA 5H91A 2AGKA 2NUYA 3QMRA 1EA0A 3CWNA 4E2BA 2NUXA 1JJKA 1BKSA 1M7OA 2RDTA 1AK5A 3LHTA 3ELFA 4R33A 3EXTA 5AHEA 3DFQA 3WFAA 3QF0A 3A24A 2G96A 1FWNA 2ZRVA 2VFIA 1PVNA 4N6EA 4CCEA 4O1DA 2F7FA 3G1SA 2ZZ4A 2YDAA 5IBXA 2ATSA 1FQ0A 4OU1A 4FNTA 4EWND 1KTBA 1ZALA 3BLIA 1W3NA 1KA9F 3C61A 1B9BA 1Q6OA 1SPQA 5F1UA 4I7VA 1G6CA 1KV5A 1TRIA 1FY6A 1XI3A 3UD6A 5LGXA 3G22A 4JTLA 4X2RA 2W6RA 3M47A 4BI5A 1OF6A 3HPXA 3EKZA 3G0UA 1TPH1 1EP1A 4X22A 4CNOA 2NWRA 4WX2A 3O6DA 5FEPA 4UTJA 1MXSA 3SI9A 2QCFA 2R91A 5LNSA 1YDOA 2I14A 1V7YA 4BF9A 3B03A 3FLUA 1THFD 2E77A 5D2TA 5CZSA 1Z42A 2W0UA 4N2YA 1OYBA 5AYYA 1RQEA 1LOQA 4ZQCA 4AHPA 3GNNA 1LBFA 4O57A 5LNRA 4O15A 2YXGA 4NJIA 3DFNA 3PBYA 1W3IA 2VFHA 5HUOA 3R89A 3VKJA 4JTKA 1QO5A 3NZ1A 5DBUA 2JKPA 1GVSA 3LI0A 1QAPA 3IIOA 1JCMP 1HUVA 4UFJA 3PBUA 3LHYA 1SR9A 4HNNA 4FNUA 3B0UX 4CQ8A 2ZA3A 4IMEA 4YMZA 3FOKA 2YYUA 1N55A 3I6RA 4FB7A 1L6WA 1VC4A 4D2JA 1W8SA 3LHUA 3LV6A 1U5JA 1NF7A 4XKYA 1SO5A 3UPBA 2CU0A 3OG3A 1TPB1 3T44A 4AVFA 2FPTA 4JY9A 4UFIA 5EY5A 1F05A 4ZQOA 4JTGA 4E2DA 3NQ7A 1ML1A 5EA9A 3FYOA 1FCVA 3TW6A 1HO4A 1Z41A 4UTMA 3UZ5A 3H54A 1TTJA 3L0NA 2J88A 4HT3A 2JKAA 3HIJA 3WJXA 1LLZA 3FKKA 2WNQA 1YPIA 1TTIA 4I9AA 4XKYB 2GQ8A 3TAKA 2DORA 3OBKA 1FDJA 1VLWA 4XUGA 5CPLA 4M19A 3HPZA 3NYZA 4WUIA 5A8GA 5K2ZA 3QYQA 1LDCA 2P0OA 3O63A 5CZTA 3IGUA 5HWNA 1ZNNA 4LS0A 2WQPA 1G67A 3I68A 4HSOA 3L65A 1TTQA 3O15A 3GR8A 3NPVA 4UXDA 5AHFA 3UWYA 2Q3RA 1DORA 2NX1A 6TIMA 3PWAA 1SW7A 3LCWA 2LLEA 4NU7A 3P7YA 2ZRYA 1LCOA 1OFBA 5GVJA 1LM1A 3OA3A 4Z1AA 3FA5A 4FXSA 2A5HA 1KM2A 4LV4A 1UB3A 4ZQRA 4IUOA 2QDGA 4DO5A 5HWJA 3GKAA 5FF4A 1AMKA 4WOQA 3P67A 1R2RA 4JN6A 1WXJA 3NAVA 3C2FA 2B7QA 3O1NA 3S5NA 3S1WA 1J4EA 5DXXA 1W31A 3ZWSA 3W1QA 3TJXA 3NL6A 2Y88A 4M5PA 4WXZA 5HUPA 2YSWA 1FBAA 4FX8A 4K36A 4LS1A 4LS2A 3VE9A 1I8JA 3PB0A 1OYAA 2QEZA 1H7WA 3GAYA 2DP3A 1S3HA 2EHHA 2ZDRA 4IX0A 3STEA 1LBLA 4WY0F 1WYIA 3MO7A 2B7OA 2GVLA 2QUVA 4OHQA 3W76A 5CSSA 5D05A 1K7XA 4A3UA 1O5XA 2C0AA 4HNVA 4LVDA 4CCDA 4S1FA 5L6UA 4OBTA 5U7SA 1C8VA 4S2BA 3N9RA 4MLRA 3LBCA 3NQFA 1LRNA 2FPVA 3DGRA 2OT1A 2VEKA 1W37A 3PC0A 1JRCA 1OK6A 5AFDA 5LZLA 2A7PA 1MO0A 2F84A 2I9EA 5F1VA 2NV2A 3OVPA 5U4NA 3UXAA 1C29A 4N4PA 5SWUA 2DZPA 1H5YA 2WPBA 2TPSA 5H2ZA 1SFLA 4JYFA 5D09A 3GVGA 5F2MA 5EMUA 4AEOA 3NO5A 2TMDA 2Y6ZA 1H1YA 5FESA 1O95A 3CHVA 3FEMA 4ZQMA 4AXKA 1I2OA 4B5NA 3NQAA 4NNCA 3GDMA 3IVTA 1TV8A 3STGA 5LKYA 3BW3A 2A0NA 3W84A 1SO6A 4TIMA 1K8ZA 4TU1A 5D2VA 2QUTA 1I2QA 4JEQA 2FPYA 4M6PA 3BW4A 3MP3A 2Y70A 2ZRZA 1W5OA 2RDUA 4EVZA 2CLFA 1JCXA 4MYAA 1U83A 4K37A 5KZEA 2QJIA 3B0VC 3IVSA 3HB9A 4ADUA 3BGGA 3FIGA 3S5OA 2A6NA 3LHWA 4JIPA 4Q33A 4MUZA 3S42A 4LV9A 3BLFA 3W7IA 3UY7A 2QDHA 3PY2A 1R2SA 5CG7A 1DV7A 3E96A 2EKCA 1TSIA 3QC3A 3W3OA 4MFEA 2C6QA 2Q8LA 4AF0A 1IF2A 1DL3A 3HQ1A 5K9CA 4LC6A 3MW7A 4Y96A 4QAIA 3SGUA 3P8IA 4Q32A 3TV8A 1QWGA 1XBZA 2WSQA 1EPXA 1AW1A 2CWNA 4HIBA 2EF9A 4LTSA 4GUIA 5D03A 4O16A 3AO0A 3DI0A 4AB4A 3KOFA 3G1VA 3W1UA 1GQNA 5L9FA 3EX1A 1VRDA 3GLCA 2QCDA 4AF0B 3BGJA 1ZCOA 3RK8A 2EAWA 4POCA 3F1QA 3VFLA 4BR1A 4O11A 4O1AA 3TFXA 4LUIA 1TPWA 5K4ZA 4LC8A 2O7QA 1SZNA 4MJMA 4JTTA 1EP3A 3W1LA 4OWGA 1WQ5A 2PE4A 4S2CA 4LVBA 1UASA 3MBDA 3TXVA 3KAOA 2YZRA 5D30A 2C13A 2YGYA 3E49A 1JQXA 3LXAA 2Z0IA 4O52A 4QISA 4GUJA 1O60A 1BTMA 3R2GA 4XTDA 2YX0A 4UR8A 3CIWA 3N34A 1AW5A 4RZ6A 2QR6A 1VS1A 1JUBA 2FQIA 3KVLA 3BV4A 4U28A 2WSRA 3THAA 1NAL1 4MPQA 3T55A 3PUEA 3MI6A 1H7RA 4JDBA 1QR7A 4Z08A 5HNRA 1A50A 1LTDA 2X16A 1OG0A 2V9DA 3TQKA 3FS2A 1XDLA 3RNDA 4O13A 3C2OA 3W7PA 4RX0A 1NSJA 5F2LA 3W88A 3W1NA 5CSRA 4UNLA 4ORMA 2V5LA 1XBVA 3M1ZA 4ICNA 2ZA1A 3WJWA 4UMAA 2OJPA 1OFEA 2CFFA 3C56A 3M43A 3O6CA 3SJ3A 3TC6A 3L9CA 2HTMA 2QAPA 1T8XA 3S6DA 5C2XA 1H1ZA 3T4CA 1FXQA 3HO8A 4PODA 3IV3A 1PV8A 4CQAA 5CPOA 1H7PA 4KFNA 3T7VA 1D9EA 3TX9A 3W9ZA 1AL7A 1G4SA 1LOLA 3C3NA 3GXTA 3W74A 2WV8A 1EWDA 3GDRA 2JK2A 1K02A 4NXKA 2B7PA 4ML9A 3NM1A 1I2PA 2TRSA 3QQ1A 1PIIA 1QOPA 1CI1A 1F6PA 5BNKA 3S0CA 1XUUA 4OE7A 2QJGA 2XN2A 1GWJA 3LB0A 2V0TA 2X1RA 1H7OA 1XKYA 2B4GA 1O5KA 3YPIA 1XL9A 3M41A 3O8AA 4AAJA 4IX2A 5K4XA 4FXRA 3NG3A 4L4MA 4O0ZA 3EXRA 4PC8A 3PVFA 2Y7DA 1AL8A 3LI1A 4UNKA 4O50A 1EIXA 4NNBA 3F4NA 1ZAJA 1MSSA 2AAMA 3PUDA 1ME9A 4DO6A 2BTMA 3LGEA 2YPIA 4JS3A 3KRUA 3G1XA 1H62A 3NM3A 5KSWA 1K7FA 2GJLA 3L5MA 4O53A 1LP6A 4A2RA 3TR2A 3ZR4A 3BARA 4R7JA 2NXIA 4IJBA 4K7VA 3NXFA 3TCEA 3VCRA 5LGZA 4DPQA 1B3OA 1E51A 4ZVJA 4UMBA 1WA3A 1OFDA 5BMXA 3LHVA 3M7WA 3LHZA 3UWVA 1H7NA 1P1XA 1H61A 3WJYA 2CZEA 4NQ1A 4AH7A 3C0JA 3PSWA 2IQTA 3USBA 2E68A 5AC7A 4LNYA 1KFBA 4O12A 4DBEA 1YXDA 2J24A 4O18A 4X9SA 3IIPA 2HS8A 1QCWA 1EEPA 2A2IA 1VQTA 3IEBA 1AG1O 5I3GA 4JD4A 3L66A 2PRMA 4WD0A 3LRLA 1UUOA 4WY0A 3CTLA 5EYWA 2Z6JA 4UR7A 1SZFA 4RXGA 2VFEA 3UPWA 4JYEA 1LOSA 1PHQA 4IQLA 3FJLA 3O05A 3E12A 2PC4A 1BEUA 4FIQA 2PRHA 1RV8A 4UC5A 2ZZ2A 3TH6A 5LNVA 1VH7A 1JCNA 1EX5A 3LCXA 3EWWA 4N9CA 2H90A 2JBMA 1JUKA 4WY0B 4O1BA 4HPXA 5KZDA 3JS3A 2PCQA 3W1RA 1Q6QA 4P61A 4A29A 3G1DA 4R53A 4U4MA 1F74A 3MHUA 3EKLA 3UWUA 2ALDA 1X8FA 1KFJA 3QSRA 4CLMA 1T0OA 2OZ0A 2ZFAA 4MZ1A 2I1OA 2VC6A 3CLMA 4IMGA 3I65A 4UFMA 4TMCA 3MI2A 1GYLA 2ABBA 3QH2A 4CQ9A 1W54A 1SQ7A 5K7JA 3MMTA 1JQVA 1F76A 2BWGA 1YXCA 4AWSA 3BPWA 3NL2A 2ZZ6A 3W6YA 1OF8A 2E6FA 4FNPA 1JR1A 2WNZA 4FNQA 1ALDA 3EXSA 1G7UA 2DZUA 3W85A 2JGYA 3KXQA 4NJGA 2GUUA 4AHOA 3IIXA 2VFDA 2J9YA 3E02A 3LCHA 5I3KA 2VFFA 3N3MA 5D37A 1XM3A 4G1KA 1CW2A 3UQNA 4MYXA 3A5VA 3TQ0A 3A21A 1QMLA 3E9AA 5K3VA 4FEZA 2VELA 2QCMA 1W5PA 2A85A 1TCDA 1MZHA 4IGHA 1UCWA 3U6WA 4FHAA 2CZDA 3I7RA 1RR2A 1RQHA 3RMJA 2VXNA 1DOSA 4K8EA 4LVGA 1SO4A 1FX6A 3STCA 5LHFA 1RQBA 2C15A 3PUOA 4NJHA 3GDLA 2GQ9A 3D0CA 3SGZA 2C1HA 4H4IA 4UTTA 3EEGA 1G4PA 4JX4A 1FWTA 1LRTA 2NZLA 4RZ5A 3W7EA 3NL5A 3W87A 5E0KA 4RJEA 2E6AA 1KW1A 5HQEA 5FEWA 4WZHA 3EWUA 4X3ZA 3W7KA 4FX6M 2YR1A 4EIVA 3M5XA 3W72A 1YPFA 5CPMA 3LRMA 3WK0A 1G4EA 4O19A 2DZSA 4QNWA 3WK2A 1NEYA 4ADSA 2FB3A 1VYPX 1FWSA 3C52A 3M5ZA 1TPEA 5IM51 1JRBA 1XUZA 1RVGA 4M6VA 4QJ1A 3DBPA 5G1TA 3C2EA 4DQWA 2CZ5A 3SECA 3NQ2A 3HG3A 3MYOA 1TPFA 2E1DA 3UNDA 1DJQA 1YDNA 4PEKA 3LLFA 3U8GA 5AHMA 1SSGA 1HO1A 1ME7A 3S1UA 5AOUA 4H3DA 1NFBA 4HPJA 3M5YA 4JX6A 3P60A 5EPDA 5D38A 1DKWA 1S5WA 3NQMA 4PA8A 2RKXA 1VPXA 5G2HA 3MWAA 1D3HA 3ABSA 3MUXA 4GE8A 1KBJA 2Y62A 4Z1CA 4W9TA 3PS7A 3HGOA 1KV8A 1RZMA 3CIXA 3P74A 5CZ0A 4ALDA 4GUHA 3W1XA 5HR7A 5J5DA 1GTHA 3LOTA 2D73A 2TYSA 2R8WA 2AQWA 2E09A 4YCPA 3FYPA 1JUEA 1C9DA 4LWWA 2RHGA 1EUAA 1XCFA 2CLIA 3ATYA 3DFPA 4JTJA 4LW7A 2CLMA 3EWXA 4I7UA 5LSMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PBG A;  4H2C A;  4JQ4 A;  2WBG A;  3UFY A;  3HG4 A;  4F0S A;  4G56 A;  3ORW A;  1ZGD A;  2BV9 A;  1WX0 A;  4G1N A;  3T9P A;  4DWS B;  2Q8X A;  4QEE A;  2W91 A;  1N8I A;  2JIW A;  1T99 A;  3ZFH A;  1TPD A;  4DJF A;  1XCW A;  4XIA A;  2QF7 A;  1E1C A;  1FTX A;  2WCA A;  3L2I A;  3MJM A;  1QK2 A;  3QEZ A;  2ZTK A;  5FL0 A;  5T26 A;  3FVD A;  1E6P A;  1BPL B;  3RM4 A;  1HJW A;  4GQR A;  2PTW A;  2FH6 A;  3CUG A;  1AW2 A;  3ICJ A;  3H26 A;  3AS1 A;  3WBE A;  1E1C B;  2CBJ A;  1LRO A;  3QRH A;  4AZC A;  1FDZ A;  4I6K A;  1XQK A;  1PE1 A;  3KM8 A;  4MY1 A;  5TAO A;  4GFI A;  4FF5 A;  1M03 A;  3W1M A;  2WVV A;  5IDI A;  2QCL A;  1NY1 A;  3GHR A;  3DC0 A;  4W86 A;  1W5M A;  3R13 A;  3VIN A;  3LTY A;  3ZLG A;  3GM8 A;  3FJN A;  4D1I A;  1IIH A;  1R2T A;  4QJ3 B;  4S3K A;  3VD7 A;  4L9Z A;  3BUR A;  3O6Y X;  3N4F A;  4OQV A;  4QGC A;  1UJP A;  5C6M A;  1S2V A;  3T0C A;  4E38 A;  3QMR A;  1XIM A;  4AYS A;  1NDZ A;  1EA0 A;  2WC3 A;  1AK5 A;  3LHT A;  5AHE A;  5C9X A;  3TLQ A;  3W28 A;  4AUB A;  1LWI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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