5DN1A

Crystal structure of phosphoribosyl isomerase a from streptomyces coelicolor
Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
MSKLELLPAVDVRDGQAVRLVHGESGTETSYGSPLEAALAWQRSGAEWLHLVDLDAAFGTGDNRALIAEVAQAMDIKVELSGGIRDDDTLAAALATGCTRVNLGTAALETPEWVAKVIAEHGDKIAVGLDVRGTTLRGRGWTRDGGDLYETLDRLNKEGCARYVVTDIAKDGTLQGPNLELLKNVCAATDRPVVASGGVSSLDDLRAIAGLVPAGVEGAIVGKALYAKAFTLEEALEATS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH10 (223-227)S1 (5-13)EMPTYAH2 (54-58)TIV1 (12-15)S2 (16-21)TII2 (170-173)3H2 (168-170)TIV2 (20-23)S3 (24-31)AH1 (34-44)AH3 (64-73)AH11 (232-239)S4 (48-53)AH4 (87-96)TIV4 (81-84)S6 (100-103)3H1 (122-124)AH5 (105-109)AH7 (148-158)AH6 (111-121)S7 (125-132)TI'2 (138-141)S9 (143-147)TIV5 (131-134)S8 (135-138)TI'3 (139-142)S10 (163-167)S11 (193-196)3H3 (212-214)AH9 (202-210)S5 (77-81)S12 (216-221)TIV6 (228-231)AH8 (179-187)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Streptomyces coelicolor
publication title Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphoribosyl isomerase A
total genus 91
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00977 His_biosynth Histidine biosynthesis protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dn1A00
3OVQA 1KLYA 1Q6LA 1K8ZA 4DXVA 1HL2A 4OQVA 3W7PA 1SO6A 4IX2A 3DFSA 4NXKA 3M47A 2EKCA 3ATYA 3VI2A 1LBMA 2E68A 2Y88A 2VENA 2W6RA 1JULA 4OBTA 3TMLA 3MW7A 4MKNA 2FTPA 3TR2A 3C4UA 4WX2A 4EOUA 3LRMA 2Y7DA 1VRDA 2GQ9A 4J9JA 4O12A 3RMJA 2B7PA 1ZY9A 4XBKA 3PUEA 1JJKA 2R94A 2Y6ZA 1KM2A 5D02A 4JTEA 5F2LA 4LS0A 4OU1A 1TV8A 5K2ZA 1QAPA 3CPRA 4XTIA 3MI6A 1TB3A 3PULA 3G8EA 1B9BA 1OX4A 6TIMA 2QCLA 3BLFA 1JCJA 5FEXA 2GPTA 3ZS4A 4UNLA 1TPFA 4DPPA 1QFEA 3FEMA 3UZ5A 3CEUA 3LGEA 1Z44A 2A7PA 3GYEA 4OV4A 5G1YA 3EKZA 4AHPA 1K8XA 3KRSA 1ME9A 2DJLA 2QCGA 3GKFA 1C9DA 3D0CA 4RX0A 4CNNA 7TIMA 1G4PA 4IMCA 4OGZA 3W1NA 1DL3A 1M5WA 3OBKA 4O13A 2Z2UA 3QPYA 1ALDA 2CLMA 3HG2A 1GZGA 3W2UA 3W23A 3S1WA 3C2EA 1DBTA 2EGZA 3DFTA 4TU1A 2R8WA 3EXRA 2CZ5A 5F2MA 3SGUA 1IIHA 3ZFHA 3C3NA 3RLVA 3B0VC 3G1XA 1GYLA 4CQ9A 4LVAA 1GVSA 3M7WA 2VEPA 4QSHA 1LCOA 4DO6A 4H6KA 2YZRA 2Z6JA 2V30A 2WSYA 1OF6A 4BK9A 1F05A 2D73A 3EWWA 3O6DA 4NZFA 2RHGA 3U8GA 4O1BA 1OFDA 3LB0A 3ABOA 1MZHA 5AYXA 3LV5A 5KMYA 3FS2A 1P1XA 2I14A 1WV2A 4UFLA 3NNTA 5AN7A 3LBMA 3RFAA 3G1HA 3N9RA 1A5AA 1RQHA 4LC8A 5CSRA 4IMGA 4EIVA 3NPUA 1DKWA 3GK0A 3DZ1A 3H55A 1R2TA 3B03A 3W07A 1XBZA 5AB3A 2BXVA 1KFKA 2Q3RA 2ZTKA 1XUUA 4AWUA 1LOLA 3TSMA 4YL2A 1RR2A 3NL2A 3UNDA 1OFBA 3LRLA 1YTKA 4Z1BA 3VKJA 1ZAIA 4S2CA 3FLUA 3B04A 3W9ZA 1EUNA 2GVJA 4OWGA 1YTEA 5K4ZA 3SR7A 2QAPA 4AB4A 1RQEA 1FCVA 4GNJA 2Y62A 4BI5A 3WJZA 2BX7A 3O1NA 1KV8A 3GDMA 4JX6A 5I3HA 1DQXA 3NQ6A 4GUIA 1S5TA 1SZGA 1YPFA 4QNWA 3LHYA 3CWOX 1J2WA 4O50A 3N9SA 3I6RA 2ZZ4A 5G2WA 3CTLA 3UZJA 3WK3A 2FB3A 1VH7A 5D2WA 2ISSA 2VEMA 5J5RA 3BG3A 1W37A 4JTKA 1LORA 1TCDA 4LWWA 4DF0A 2ZYFA 4Z08A 2VFIA 3FYPA 4KWWA 1JCXA 5C2XA 3G22A 3LCFA 3QQ0A 3B06A 4QITA 1KA9F 2B7OA 2VFGA 3KOFA 1SR9A 4FIRA 2WPBA 4DF1A 2NXGA 1EIXA 5FF4A 2EF9A 4LY8A 4NT0A 4JX4A 2QCDA 3QMRA 5I3JA 1KM6A 4HKPA 5F2IA 3W6YA 2H3DA 5SWUA 3QSRA 2H6RA 3C2FA 1VYRA 3L0KA 4AXKA 2HS6A 1VLIA 2ATMA 5EA9A 1JCNA 5HUPA 5DCEA 5AOUA 3M5YA 1F5ZA 2V2DA 4LUJA 4X9SA 3GKAA 2DZPA 2C0AA 2CZDA 1PV8A 3GAYA 1VQTA 3O07A 4PFMA 3HQ1A 3W7IA 2E77A 1EP1A 3M1ZA 4GUFA 4JYFA 4JTTA 1SO4A 3W2KA 5F1VA 1GOXA 4XQ6A 3M5XA 4X2RA 3FYOA 1I8JA 4CCCA 4UTKA 3TMQA 2YYUA 3LHZA 1V5XA 4PODA 1KBIA 1O5KA 4GE8A 2HS8A 2C3ZA 2BZNA 5AC7A 2EHHA 1R30A 1W3IA 2J27A 1XL9A 5DCBA 5FEZA 1DHPA 1AL7A 2YYTA 4TR9A 1YADA 3Q58A 3GIYA 4C1LA 1NFBA 3S1UA 3B0PA 3RLUA 1TPH1 3PB2A 2WO5A 3W7DA 1W5NA 2ZZ1A 3E12A 4WZHA 3PAJA 3PG8A 2OT1A 4Z0SA 1T0OA 3F4WA 4O17A 1W56A 1W3TA 5D2YA 2JK2A 3NQEA 2PCQA 3PM6A 2WSRA 3W1MA 3M9YA 1A50A 3L2IA 2JGQA 3HPXA 3O63A 5HJLA 2J9XA 1EPXA 4YCOA 1QDSA 5FF7A 4ORMA 1AMKA 2P10A 5CKSA 1D3GA 2QAFA 4E2BA 4JGDA 1OX5A 3A24A 1FCBA 1TPWA 1QPNA 1R2SA 4X22A 1VJIA 4NQ1A 5H2ZA 3A23A 3KFTA 2E5DA 1FXQA 4UTWA 2V5LA 1P0KA 2Y7FA 2AAMA 1LLZA 4NU7A 5KZDA 4AEOA 1TTJA 3B05A 2CFFA 4MYXA 3OIXA 4OT7A 2CLLA 3SJ3A 3KVMA 4FHAA 1ADOA 3GAKA 2X1TA 4FO4A 3OVRA 1OX6A 5KZEA 1E51A 3SECA 3FKRA 4LNYA 1L6WA 4CCDA 3KAOA 3W2MA 3G1SA 4CCEA 3W7OA 3NXFA 3PC0A 3LXAA 4K36A 4DBEA 1WQ5A 3USBA 3WJYA 4DQWA 3L5MA 3P81A 3MHUA 4HN4A 2E5BA 3NZ1A 2CLOA 4FF7A 1W5MA 4TX9A 4UTMA 1VR6A 2X1SA 4RZ4A 5E1QA 3W7JA 4JTHA 2W0UA 1WXJA 1EP2A 3W1QA 4JDBA 3GB6A 5LZLA 1GPWA 4IXHA 3W7CA 3W70A 1XBYA 5C54A 3BVJA 1ZALA 1LBFA 3W2NA 1ZHAA 3MP4A 3YPIA 3SSJA 5HQEA 4YCPA 1ZFJA 3LCGA 1SW7A 4RXFA 2V2CA 2X30A 2G96A 4IWWA 4UR8A 4X3ZA 3NVTA 1F74A 5FF3A 4EF9A 4S1FA 5GVJA 4KWVA 3RU6A 1W0MA 3CHVA 1H7RA 4RCXA 5E0KA 4FB7A 3WK2A 1LYXA 2CZFA 3L67A 3TE9A 4H3DA 2FJKA 2E5CA 3SW6A 3EX2A 5D33A 3TKFA 1YDVA 1K7EA 4FEZA 4JD4A 4R34A 4XBSA 3CC1A 3EWBX 3BGJA 1SO3A 4O54A 3QW4B 3Q37A 2X2GA 4AF0B 4HT3A 2DJXA 3GXPA 4WQ6A 4O57A 3UXDA 8TIMA 1F2JA 1ICPA 1GYNA 2H8ZA 3ABRA 3TQ0A 4TMCA 4M6VA 3PG9A 4WY0A 1OFEA 2NWSA 1FCQA 4HPJA 3N14A 3HGJA 1ZNNA 3IGUA 5D04C 4M7SA 3S5NA 1Z42A 5FESA 1LM1A 3TSDA 4GC4A 1XFBA 1U83A 3QF0A 1C29A 4JYEA 2ZZ2A 1TQJA 5FEWA 1L9WA 5K3VA 4ADTA 1M6JA 6ALDA 3P62A 3WJSA 5IBXC 4UFKA 1W54A 4IPIA 4O28A 3LXCA 1H1ZA 3BLEA 2WSQA 3STGA 3OG3A 4LVGA 1WX0A 3UWVA 1T96A 3L5LA 3UWZA 3G3DA 2JKAA 5F4WA 3W1LA 4NX0A 1Q6OA 1DOSA 3UPWA 4FNRA 4MZYA 5LNUA 4K6AA 2OJPA 3DHDA 3HJZA 1DJNA 4MZ1A 2A7RA 1SSGA 3UQNA 5G5IA 3MHFA 5DBTA 1XC4A 1I2RA 1H7XA 1T99A 3P8IA 2VFEA 5F1UA 1BEUA 3V75A 3W7QA 3I7SA 3PUOA 4XZ9A 1MEHA 1Q3NA 2GQ8A 3P61A 3IVUA 4BR1A 4MLRA 3LCWA 3QEZA 4Z1DA 3UD6A 2BSLA 4FX8A 3BG5A 3R8RA 4KFOA 2Y63A 2Y85A 3LOTA 4CQ8A 2YFOA 4MY1A 4LVFA 3PVFA 3N19B 2NV2A 2ZBTA 2XN0A 2Y89A 4IMEA 5KSWA 4OE7A 3KVKA 4RKAA 2EAWA 2QJIA 4PCFA 1LBLA 2Q3OA 3DAQA 1OFRA 1BKSA 5K9XA 3JR2A 4Y8FA 1MEIA 2ZTJA 3CQ0A 1P0NA 3FKKA 1IGSA 5LKYA 2YDAA 2GUUA 1YLVA 5HWNA 4P61A 3PUDA 3NGJA 1PCWA 1I4NA 3IVTA 3NL5A 3GDLA 3CM4A 4E2DA 5FF0A 2X1UA 5C6MA 1OABA 2XFWA 3DXIA 5MHBA 1KW1A 3BK0A 5U4NA 3EX6A 2H3BA 3L0GA 1MXSA 5C5YA 4AMAA 3W1AA 2CZEA 2V9DA 4Y6GA 1PHWA 4UTUA 4BWLC 3LHTA 1OYBA 3DKJA 3IIZA 4XKYA 4MIMA 3MMTA 3W71A 3L5AA 2QR6A 1XKYA 1TPUA 3LV6A 1JR1A 3EX3A 4PEKA 1TTQA 3UXAA 4JYDA 3SI9A 4FNTA 1TV5A 1BWLA 3S5YA 3IIVA 1LOSA 3HMJG 3UY8A 4JTJA 2WNNA 4NJKA 2DZWA 2C19A 3IIXA 1YXYA 2Q8LA 4CLMA 3NQ8A 3GVGA 4GJ1A 2NLIA 4FX7A 4O1CA 3P80A 3GLCA 1G4SA 2P1FA 1JVNA 3I7RA 3O05A 3NM1A 2JKEA 2QEZA 3P5YA 1L6YA 1OK6A 2NV1A 1KM3A 1FUYA 3G0UA 4R33A 3K30A 5CZTA 4UMBA 4O19A 2FLIA 2QJGA 4ZZ9A 1ZCOA 3W7NA 2XN2A 2ZRXA 2ZZ3A 2NUYA 5AHNA 2QUUA 5DBUA 5HR7A 3DU0A 4KFNA 3W7HA 1VCGA 2E1DA 1BWKA 1VS1A 3ZWSA 1W3NA 3L68A 4KFPA 3KRUA 3A21A 1JQVA 4O10A 4C1KA 3GXNA 5EL1A 1W5OA 4JTUA 2V0TA 1X6UA 2A7NA 3B8DA 1XDMA 4CNOA 2C15A 1AW1A 5CPOA 4RLIA 3ZWTA 3QW3A 3G1YA 3N2MA 4UFMA 1EWDA 4O18A 3W73A 3P7YA 1VYPX 2E6DA 2QCCA 2VEKA 1TPB1 4WXYA 4ZL1A 4IQLA 2AQWA 1Q6QA 1N55A 4JDYA 4HNTA 1LOQA 4Z1AA 1NF7A 1RD5A 1QPQA 3LTSA 3TSBA 1G7VA 2ZRYA 3DENA 3TDFA 3QMTA 4MJMA 3GR7A 1VCFA 3PBYA 1CW2A 2OCZA 3CU2A 4GWEA 3HGSA 4DBDA 3P5ZA 3UWYA 1ONRA 1J5TA 3S6DA 3W7RA 3EKLA 2J88A 4LRTA 3O6YX 2ZA2A 3LCXA 1SZEA 1SQ7A 3LHWA 2C1HA 1QCWA 1FCUA 1UJPA 1KFBA 4MY9A 2YW4A 2ZZ6A 4QM1A 2QDGA 1OF8A 4JY8A 3TFCA 2ABAA 3KXQA 3ELFA 3MI3A 5EY5A 2NUXA 1GTEA 3VNDA 3HO8A 1WOAA 3L66A 4UMAA 1JUKA 2E09A 3LDVA 2F7FA 1GT8A 2HTMA 2QCHA 2GVGA 3HGRA 2ZDRA 2GJLA 4MJZA 4MOZA 3ABSA 4AHQA 3I7QA 4K7YA 3C56A 3C2OA 3NQ7A 4RXGA 4ADSA 5DY3A 3CB8A 2WNQA 1T8XA 3KVJA 5I3GA 1ZENA 3G18A 3W7EA 1JUEA 2ZZ5A 4LUIA 2LLEA 4L4MA 5AHFA 3INPA 2VXNA 5D37A 4UTLA 1JQXA 2BLEA 3P82A 1IXQA 3LRKA 1TO3A 1UUMA 2WJZA 1F76A 4Y90A 5D05A 3P74A 3RK8A 2ZRZA 2YW3A 5CPMA 1GQNA 4HHPA 3BV4A 1TIMA 1J4EA 3TX9A 3HG4A 5E93A 4UCGA 3ZR4A 2YGYA 2PRHA 1K7FA 1FWSA 4O0KA 4PL1A 1G6CA 2RFGA 4FNPA 1LTDA 3DH7A 1X1OA 1BTMA 3G0XA 5DY2A 3TH6A 4CQAA 3MI2A 4JTFA 2WQPA 3EWZA 3STCA 4JICA 5CZ0A 5DCDA 4JTIA 2TRSA 3THAA 3NO5A 1RVGA 3QPZA 4AWTA 3S42A 4Q32A 4AAJA 1ICQA 5F2GA 1S3HA 1R47A 4Q4KA 1B4KA 4FXRA 1TJPA 2ISWA 3NQ2A 5K9CA 1KFJA 3NQGA 4MZ8A 5G4WA 4H4IA 3S1XA 3DFQA 5LNVA 4FNQA 5CZSA 4RV8A 5TBOA 1TSIA 2PC4A 1TREA 4HNNA 2C13A 3E96A 3EWXA 1OYAA 1XM3A 1I45A 3MO7A 3QQ1A 4NX5A 3F1QA 5T26A 3THQA 5H91A 2Y7EA 2NXIA 2JGYA 3BO9A 2OX1A 2ZRWA 3HGOA 4OV9A 3O6CA 1AL8A 4JXCA 5BW6A 5G2HA 3NR0A 5BRBA 4UFIA 3TW7A 3QRHA 1ME8A 3NYZA 3TFXA 1GVRA 4LS1A 1N8FA 3I65A 4WXZA 3TJXA 4UFHA 1XCFA 3ANYA 4IMFA 4YMZA 2FDSA 2TSYA 3LLFA 3TC7A 3P67A 1VGAA 4ALDA 2GVLA 2NZLA 2W79A 1X8FA 2QKFA 3DI0A 3BG9A 1JUBA 2CLKA 4Y9AA 3IV3A 5EYWA 3OHIA 1D9EA 3CEPA 1G4TA 3EWYA 3EX1A 4JTSA 1UUOA 1M7PA 4PTNA 1RQBA 5KINA 4GXMA 3M0ZA 4OHQA 3ABQA 2PE4A 3G0SA 5A8GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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