5DXXA

Crystal structure of dbr2
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
383
structure length
376
Chain Sequence
KPTLFSAYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRAINAIPNEALVEYYRQRSTAGGFLITEGTMISPSSAGFPHVPGIFTKEQVEGWKKVVDAAHKEGAVIFCQLWHVGRASHQVYQPGGAAPISSTSKPISKKWEILLPDATYGTYPEPRPLAANEILEVVEDYRVAAINAIEAGFDGIEIHGAHGYLLDQFMKDGINDRTDEYGGSLENRCKFILQVVQAVSAAIGTDRVGIRISPAIDHTDAMDSDPRSLGLAVIERLNKLQFKLGSLAYLHVTQPRYTADGHGQTEEEEVAQLMKTWRGAYVGTFICCGGYTRELGLQAVAQGDADLVAFGRYFVSNPDLVLRLKLNAPLNRYDRATFYTHDPVVGYTDYPSLDKGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal structure of Dbr2
rcsb
molecule keywords Artemisinic aldehyde Delta(11(13)) reductase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Artemisia annua
total genus 139
structure length 376
sequence length 383
ec nomenclature ec 1.3.1.92: Artemisinic aldehyde Delta(11(13)) reductase.
pdb deposition date 2015-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dxxA00
4LS0A 1EIXA 1KFKA 4JTHA 3GNDA 4Q32A 2NV2A 4GUFA 2W79A 1CI1A 1DL3A 3ABSA 3IV3A 3LXCA 4DF0A 2VFHA 5HWNA 3IVUA 3L67A 1Z44A 5DCDA 3V1PA 3G8EA 4K6AA 5CZ0A 1SZFA 3IVSA 3THQA 5D02A 2B7NA 1YDNA 1DJNA 3SECA 5FF4A 3GAKA 2VFGA 2PURA 3LCIA 5DCBA 1K8XA 3H53A 3LCHA 1QO2A 1GZGA 1W5NA 3D0CA 1XCFA 3ANYA 3MYPA 4GC4A 3HPSA 4BF9A 1MEIA 1LORA 1F73A 4UCGA 1A5CA 1AK5A 3GXPA 2GQ9A 2QDHA 3M5VA 3CEPA 1LBLA 4IMCA 1YPFA 2WKJA 3C4UA 3A9IA 1HO4A 1X8FA 1P0KA 1HG3A 5AHFA 1R2RA 1XDLA 3HGRA 3W7QA 2RDWA 1OF6A 4O16A 3MI2A 3O63A 1N7KA 3KFTA 1YTKA 3QM3A 3LCXA 3DBPA 3LLDA 4NX0A 2WOQA 4K7YA 3W7OA 2OT1A 5E0KA 1G7VA 3NG3A 1MXSA 4CLMA 6ALDA 3STGA 3QQ1A 3L68A 3M0ZA 3W1NA 2Q8LA 3P7YA 3T55A 4GNJA 3UNDA 4N9BA 3VE9A 3G1YA 2WNNA 5EMUA 3VNDA 2A5HA 1G4SA 2H8ZA 3LHUA 2GVGA 4WQ6A 3UWQA 1TQXA 1RD5A 4WY0F 1F6KA 3UPWA 3GR8A 2EGZA 3ATZA 4EF9A 2H8XA 5D03A 3MP3A 4RLIA 1UBSA 2VEPA 1EX5A 1AW2A 1H50A 5TBOA 1GVFA 4GJ1A 4NNAA 1TPUA 2ZDRA 1LOQA 2OZ0A 1T8XA 1W54A 1FWNA 1XI3A 3M6YA 4XZ9A 3UWZA 4DO6A 1VZWA 3NL3A 1TJPA 3S8HA 2CZDA 3KRZA 1S3HA 3UZ5A 3DKJA 4QISA 1R46A 2H6RA 2ZFAA 3N2XA 3QMRA 5KITA 3N34A 4C1LA 3TDFA 1G4PA 2DORA 1KTCA 3I6RA 3M7WA 1LYXA 2FJKA 3SI9A 3MWAA 1N55A 1VQTA 2E1DA 3NL6A 1R47A 5KINA 5LNSA 4ZQMA 4O18A 5LNWA 2EF9A 3W2JA 3TMQA 4JTGA 4O0ZA 3G22A 2AAMA 2QCEA 2YGYA 4IPJA 1EUAA 1YTEA 4O17A 3W23A 4JGDA 2C15A 1W3NA 2Y63A 1QAPA 1J5TA 2OMAA 3NZRA 3W70A 4HNTA 3LXAA 2G95A 3I7QA 5TQLA 2C18A 2E09A 2WSQA 4LVFA 1LROA 2PRLA 3CWOX 3NQFA 5KTLA 2A2IA 1ICSA 2BZNA 3DFSA 2A0NA 3VKJA 1PIIA 4O52A 1YADA 1IXQA 1XC4A 2G5WA 3NPVA 4ORIA 2ALDA 4AXKA 4HSNA 1KFEA 1Q45A 1TPDA 5F2LA 3PBUA 2VC6A 3LI0A 3DH7A 3L65A 3N73A 1FXPA 2Z6IA 5LGXA 1I2NA 1L9WA 5G2IA 4W9TA 2NXHA 3DFPA 1UJPA 5HR7A 1PL9A 1YLVA 1IXPA 3MW7A 4JNMA 4XWUA 4PODA 3W88A 3PAJA 5IBXA 3DZ1A 3P84A 3CHVA 2ABAA 2X30A 5LNUA 4Z1CA 2GPTA 2DZTA 2QUUA 1XBXA 5L9FA 1GVSA 4UXDA 5CPLA 3DAQA 3F4NA 5CZSA 1KM0A 4DF1A 5K4ZA 2I14A 3EB2A 4WX2A 4ADTA 3OA3A 5LHFA 1LTDA 1RVGA 4JYDA 3C2FA 3DFTA 4FNRA 1KLZA 1AL8A 1LZOA 2C19A 2C6QA 3DFQA 3EX2A 3NPUA 5DCEA 4NXSA 4NNCA 3EXTA 1EA0A 3BGJA 3L0KA 3HPXA 3NM3A 1JVNA 4ML9A 1XKYA 4J9JA 5KZMA 1ME8A 3PG9A 1KFBA 1LM1A 3BARA 3NM1A 1IGSA 1QPQA 4EIVA 2E5DA 3B05A 3MHUA 5D30A 2RDUA 2CZEA 4GUIA 1L6SA 3RU6A 1OYCA 4A21A 3LERA 4JDBA 2QCCA 2E5BA 2ATSA 4UTJA 3TX9A 1A5BA 2FDSA 2OT0A 1FUYA 3RFAA 4QNWA 1LBMA 3OIXA 5LNRA 1XXXA 4EOUA 3TSDA 1DKWA 1TTPA 3IIOA 1OYBA 3QQ0A 4O14A 3QSRA 1XL9A 4NQ1A 4OWGA 1RQHA 5FESA 3NPWA 2ZCGA 1P5BA 4XTIA 3W7NA 3E96A 4HN4A 1U5JA 1KV8A 2CLEA 3UYCA 1OX6A 1QCWA 1NFBA 1BWKA 4UNKA 5KSWA 1FDZA 3TW6A 3FFSA 1EUNA 1A5SA 4MJZA 4OV9A 4UTUA 1GT8A 4N6EA 1VJIA 1K3UA 1Q3NA 1ZAIA 3ZWSA 1A5AA 4E0CA 4NX5A 1WX0A 2CU0A 4H3DA 4FIRA 1LLWA 3G24A 4LUIA 4LW7A 5K4XA 2QUVA 2W0UA 5D2TA 1FQ0A 4ZQRA 1OFQA 4UTWC 1W31A 3IIVA 1JCYA 3TXZA 3CWNA 1UUMA 1K8ZA 5CGQA 3NOEA 3R5EA 3LI1A 2TYSA 1F7BA 4XKYA 1X6UA 3PBYA 1TYGA 1PHQA 5G2WA 2OX1A 3R12A 4X3ZA 4UTKA 4DXVA 5U7SA 5HUPA 7TIMA 3PWAA 1VS1A 4O4WA 4TU1A 1SW3A 2OCZA 2BTMA 2FB2A 3DHFA 4JTEA 3L0NA 4MPQA 5H91A 4O1BA 2GVJA 1ZAJA 3G1XA 5GVJA 5DY3A 3KVJA 1B4EA 3B0UX 3NQCA 3H54A 1YXYA 3LTPA 1WAUA 3E9AA 4IX2A 5AN7A 2ZA3A 3LBMA 1ZY9A 1D3HA 5G1TA 1TB3A 3W7GA 4BFAA 1TTQA 2KZHA 4TR9A 2ZZ7A 4CQ9A 4A2SA 2CW6A 4WZHA 3UWYA 1JUBA 2NWSA 4M6VA 1NSJA 4OE7A 3MO7A 3LM7A 3L2IA 1F6PA 2QCDB 3FKKA 1SZGA 4A3UA 2YXGA 2YYUA 4K37A 2DJXA 2Y61A 2PRMA 1BEUA 2V2CA 4QQ3A 3O6DA 4GUHA 5DELA 4OT7A 3R2GA 4MLJA 1W56A 1SO5A 1TJRA 3ZS4A 2GQAA 3ZWTA 4IJBA 1K02A 2A7NA 3ATYA 4U4MA 1W3IA 4X2RA 2AGKA 3FS2A 3GXTA 4R33A 4LVDA 1EP2A 2HSAA 1RQBA 3DFOA 3WK3A 1SFJA 3MBFA 3F4WA 1HL2A 2JBMA 1B4KA 2GUUA 5AHIA 4EF8A 3TQVA 2B4GA 3NEVA 1FCUA 5FEPA 4WY0B 4LTSA 4RR4A 5KMYA 5D2VA 4JX6A 4ZQPA 3BG5A 5CG7A 3M5YA 1H60A 3CIXA 2Z2UA 1RPXA 3GB6A 3GAYA 1M7PA 3SZ8A 4CNOA 2NLIA 4WJEA 1LBFA 1PE1A 3GVGA 2FTPA 3FEMA 2V8ZA 1I2RA 3BLIA 1VLWA 4NJJA 4TMBA 1QOPA 3BVJA 3TH6A 1UB3A 3Q2DA 4M6QA 1X1OA 3QH2A 4OU1A 2BX7A 4LS1A 5I3JA 4LUJA 4Y8FA 2DU2A 4N9EA 1MZHA 3GR7A 1E51A 3CTLA 1QO5A 2BWGA 1I2OA 2V81A 6TIMA 2QEZA 3W1XA 4O54A 2WSYA 4AWSA 5HWMA 2A4AA 1LCOA 5U4NA 1ZFJA 4DF2A 4R53A 3QRHA 1P4CA 1KFLA 5HJLA 2DZWA 2ZRVA 1JCXA 3BG3A 4ZVJA 3Q58A 1I8JA 3PSWA 3HGJA 1TPVA 2CLKA 5CSRA 5D04C 4QITA 1TPC1 3KVLA 1NAL1 4LV4A 3THAA 3UWUA 4MIMA 2VEKA 3EKLA 2V5LA 4ZMGA 2R14A 3CT7A 3M5ZA 3W7PA 2ZZ5A 1GYNA 1W1ZA 3WJYA 3M41A 3OVQA 3QC3A 1THFD 2GOUA 4FEZA 3L5MA 3PBWA 4RX0A 4JXCA 4HNUA 5AOUA 3O05A 3LBCA 3W7EA 1XUZA 3DHDA 5AYZA 4OHQA 4M19A 1QMLA 4FHAA 5C5YA 1ZALA 4ALDA 3TJLA 3LHVA 3G3MA 4KKXA 1WA3A 5BRBA 1TTJA 2RH9A 3QMTA 4BK9A 3HIJA 4UMCA 2E6DA 3FJ6A 1FDYA 4AMAA 4UFKA 2R8WA 3E0IA 3QSTA 2Y88A 1I45A 4K39A 3W2KA 1GVRA 3QF0A 3C2RA 2J9YA 2X1TA 3I7SA 3W1TA 3W1AA 5DBTA 3QPYA 2QCNA 4ZQNA 4MUZA 1SFLA 1P0NA 3GK0A 4LS2A 4JDYA 4L4MA 2YCEA 4LC6A 4UTWA 4O4VA 5A8GA 3P74A 3GIYA 3P5YA 1VC4A 1OFBA 3EWZA 4UTMA 1Q6RA 3DU0A 4UR8A 1D3GA 5DN1A 3L21A 2Y7GA 1YXDA 2A85A 3BW2A 1LLZA 2X1UA 3UD6A 2HTMA 3W9ZA 1H7NA 4HPJA 3N3MA 5T26A 3SJ3A 3T4CA 1WOAA 4OQVA 4NXKA 3I65A 3P82A 2WPBA 5EKYA 3S5YA 3NZ1A 3HO8A 2VELA 3HG5A 1G4TA 1Q6LA 2EKCA 3H55A 3NQGA 1R2SA 3A23A 4RK8A 3NQDA 1W0MA 5AFDA 3LV5A 1VYPX 4UFLA 2CLLA 4K36A 5D2XA 1JCNA 1H61A 1TREA 1RV8A 2YFNA 1VRDA 3W73A 4IGHA 4UMAA 5HR6A 2ZRZA 2V82A 4OBTA 3O15A 4I7WA 4DPQA 2VXNA 4N9DA 3MI3A 5K9XA 4UC5A 5D05A 1K7EA 1VYSX 1FY6A 2ATMA 3G1FA 4MY9A 3QYQA 1KTBA 1TPH1 2YR1A 2ZA2A 1ALDA 3W76A 2B7PA 1LP6A 3U8GA 2D73A 3JRKA 3SIZA 3TROA 3JR2A 3P61A 4BWLC 2YSWA 4PFMA 1EWDA 3HG4A 1RZMA 2NXGA 1SR9A 1DV7A 1MSSA 3A5VA 3KVMA 3NAVA 1LRTA 3G18A 5DXYA 3RLUA 1TRDA 4XTDA 4DELA 3I68A 4K7VA 3KAOA 2FLIA 3IGSA 4UFHA 3ABQA 3TAOA 4PTNA 1K03A 4DBDA 4LC8A 5CPOA 1KA9F 3PUEA 3G0XA 2WNQA 4HIBA 1F05A 1HO1A 1PS9A 2ZZ2A 3NVTA 2QKFA 3PB2A 2TPSA 2HS6A 3S6DA 3OEXA 4PH6A 1AL7A 3GDTA 4UIOA 3BLFA 5CZTA 4TIMA 1DQWA 3ELFA 5LKYA 3C8FA 3P8JA 3HB9A 3U6WA 1PHWA 1Z48A 3STEA 4UFIA 3IVTA 1L2UA 5K3VA 3RNDA 4AB4A 3W86A 1C29A 2ISSA 3BG9A 1WDWA 4PCFA 3FKRA 1DBTA 4CCEA 3BV4A 5KZDA 3W3OA 3W75A 1MEHA 3INPA 2ZRWA 5EY5A 4EWND 2J24A 4A22A 4MY1A 3Q37A 5AHMA 5FF7A 1TPEA 3S1XA 4CCCA 2PE4A 3W7KA 3NR0A 2J27A 3HGOA 3T7VA 4PEKA 3FLUA 4IUOA 4JTSA 3TA6A 2F7FA 4DPPA 1GYLA 1T99A 4R34A 4WXYA 3EX4A 3EX1A 2A1YA 3PULA 3NL2A 1IIHA 2P10A 2V9DA 1GOXA 2QCFA 4AVFA 2R94A 3W1QA 1T96A 3DKLA 3E12A 5I3GA 4Z08A 5C54A 3NQEA 4JIQA 4NZJA 4A29A 2FQIA 1LOSA 4MFEA 5EPDA 4LRSA 4NJIA 1QPNA 5FI8A 2JKEA 2QCMA 4Z0JA 4Y96A 5L6UA 2CWNA 1B3OA 1LRNA 5D37A 1JRCA 3O07A 3W1LA 3OG3A 1OX5A 5EBUA 3C2OA 3GX9A 1OVDA 4XBKA 3O6CA 4GBUA 3C56A 1N8FA 3MBDA 1KM3A 2R91A 5FF2A 2OJPA 1H7PA 4CNNA 1NVMA 4NZFA 3EEGA 5K2ZA 3UXAA 4YL2A 1SQ7A 4YLWA 5J5DA 3GKFA 2AQWA 4HPXA 2VENA 5HNRA 1YYAA 3MP5A 3N2MA 2YDAA 1YPIA 1FXQA 1ML1A 4FIQA 3QJAA 3W7LA 1XBZA 3TQKA 4I7UA 1ME9A 5CPMA 2H3BA 3RK8A 1M7OA 1OG0A 1RQEA 3LHZA 1Q6QA 4S2CA 2QCGA 1SO3A 1OYAA 3C0JA 3QEZA 4JTUA 3UQNA 3SGUA 2JKPA 3L5LA 1OX4B 3B06A 5H2ZA 4UR7A 2ZRYA 4DQWA 4JY8A 3S1VA 5CZJA 2Y6ZA 4AAJA 3TCEA 4GXMA 3LHTA 5CSSA 2ISWA 3FOKA 1JCLA 5HMSA 5D2YA 3VE7A 1ZAHA 2JGYA 3G1SA 4HSOA 2C16A 4JTTA 1EPXA 3W71A 1KTNA 5K9CA 3IIPA 3W84A 5HULA 4O13A 2YYTA 3M16A 4FF7A 4JYFA 3VCRA 3SR7A 5D38A 2NXIA 2WO5A 2ABBA 3KXQA 3QPZA 1PCKA 3PS7A 3C52A 1SSDA 1H7WA 4MZ8A 1KFCA 4I7VA 3NQ6A 3UWVA 5BNKA 1JUKA 4NU7A 2PC4A 3PF3A 1L6WA 4P61A 2JGQA 1HFBA 3WJZA 4BWLA 4MZYA 2FPYA 1VCVA 3PM6A 3M43A 4JTKA 1VR6A 4ADUA 2F84A 2DZXA 3P8IA 1OFPA 4JICA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3APY A;  3BC9 A;  3SUV A;  4LS0 A;  4JTH A;  3AIV A;  1I75 A;  1H41 A;  1CI1 A;  1DL3 A;  3IV3 A;  3LXC A;  3RU8 X;  4DAI A;  1KCZ A;  3IVU A;  2V38 A;  1HVX A;  4QTG A;  3G8E A;  4HPN A;  1CYG A;  2OOF A;  4J3W A;  3THQ A;  5D02 A;  2B7N A;  2REQ B;  1W2V A;  1SJD A;  3SEC A;  2BY0 A;  4DYE A;  5DCB A;  1E0U A;  1OZM A;  1QO2 A;  1GZG A;  1RJR A;  4GVF A;  4GC4 A;  1EXP A;  2X40 A;  1NM9 A;  1AK5 A;  3GXP A;  4ACZ B;  3PZQ A;  4J7R A;  1DJX A;  1YPF A;  4L9Y A;  3WFL A;  3EA1 A;  3HGR A;  3VOI A;  2W67 A;  4WKH A;  5FOO A;  1N7K A;  1YTK A;  3SJN A;  1DJY A;  3VOH A;  3LLD A;  2PGW A;  3GD6 A;  2F9R A;  4QDW A;  3NDY A;  1HQT A;  3OBA A;  3VC5 A;  9RUB A;  3QY6 A;  1TWD A;  5E0K A;  3GG8 A;  4FF5 A;  1US3 A;  1LL4 A;  1HJU A;  1XYL A;  2E8Z A;  3M0Z A;  3W1N A;  2QPX A;  4YJ5 A;  3T55 A;  1UD3 A;  3LUT A;  1OSE A;  3VE9 A;  3B8W A;  3G1Y A;  2YCI X;  5AZ0 A;  5M2F X;  2WNN A;  3VND A;  1KWG A;  2GVG A;  4MNJ A;  4WQ6 A;  1F6K A;  3UPW A;  1RBL A;  3GR8 A;  2ZWY A;  4E4P A;  4EF9 A;  2H8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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