5DXYA

Crystal structure of dbr2
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
379
structure length
365
Chain Sequence
KPTLFSAYKMGKFNLSHRVVLAPLTRCRAINAIPNEALVEYYRQRSTAGGFLITEGTMISPSSAGFPHVPGIFTKEQVEGWKKVVDAAHKEGAVIFCQLWHVGRASHQVYQPGGAAPISSTSKPISKKWEILLPDATYGTYPEPRPLAANEILEVVEDYRVAAINAIEAGFDGIEIHGAHGYLLDQFMKDGINDRTDEYGGSLENRCKFILQVVQAVSAAIGTDRVGIRISPAIDHTDAMDSDPRSLGLAVIERLNKLQFKLGSRLAYLHVTQPRYTEEEVAQLMKTWRGAYVGTFICCGGYTRELGLQAVAQGDADLVAFGRYFVSNPDLVLRLKLNAPLNRYDRATFYTHDPVVGYTDYPSLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal structure of Dbr2
rcsb
molecule keywords Artemisinic aldehyde Delta(11(13)) reductase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Artemisia annua
total genus 138
structure length 365
sequence length 379
ec nomenclature ec 1.3.1.92: Artemisinic aldehyde Delta(11(13)) reductase.
pdb deposition date 2015-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dxyA00
4GFSA 4XUGA 3EWUA 1TPH1 3JS3A 2RHGA 3FEMA 1EUAA 4JTIA 4JYFA 1I2NA 1FXQA 5D2WA 1G4PA 2H8XA 1WOBA 1YYAA 2V5LA 1XUUA 1M6JA 5G1TA 4JTLA 5I3GA 4FEZA 1VJIA 3QPZA 3UWYA 1X1ZA 4JEQA 2Y88A 4O0ZA 1QOPA 5CZJA 1EA0A 5F2IA 5D38A 3NQGA 3S1VA 3VI2A 5AFDA 3M9YA 1FWWA 1PV8A 2O7QA 1FDYA 4IMFA 3LOTA 1H7NA 4JTFA 3C6CA 3P5ZA 5CZSA 1YDNA 2GJLA 2VEPA 1FCVA 1FUYA 1AG1O 1SUXA 1WV2A 1ZAJA 3N2XA 3LCXA 1ME9A 5AHFA 3HB9A 1OYBA 1TV7A 1FQ0A 5F1UA 3DZ1A 3W7GA 5I3HA 3C61A 1Z42A 1H5YA 3S9YA 2CZFA 4JYDA 3P81A 4LT9A 1F73A 3IIVA 3HF3A 3WJSA 2IQTA 3NQEA 3O6DA 1N55A 4RK8A 1XDMA 1W31A 3WJZA 3TA6A 2YR1A 3LM7A 1XL9A 1B4KA 1ZNNA 4M6VA 1YXYA 3MP3A 3L0GA 3TXZA 1OYCA 1H63A 1WX0A 3O6YX 1LOLA 3PBVA 5D33A 2YPIA 2NWRA 3ELFA 4WJEA 4YXGA 2ZZ4A 2RH9A 5KITA 3GR8A 1SPQA 4OV4A 4M5PA 2C16A 4RXFA 2QCDB 4XQ6A 4X2RA 3TAOA 1A5CA 4R34A 3PF3A 2C18A 3NQVA 3NGJA 5D09A 4ZQMA 5CPLA 1T96A 3GYEA 4FXRA 1DVJA 2ATSA 3W1UA 5C55A 1BWLA 2XN1A 1BEUA 2DJLA 4UFLA 3GZ3A 1SSDA 4N6FA 4NQ1A 1K8ZA 2PURA 1LYXA 3MHFA 3MI2A 2WQPA 5G4EA 1IXPA 3MP4A 3PBUA 2QJGA 3W22A 5D02A 3PY2A 4O11A 4BI5A 1FCQA 1UCWA 2RDTA 1F6KA 1BTMA 3GB6A 1THFD 4UXDA 3UWVA 5KZMA 2DZTA 1TYGA 5CPMA 3TR2A 5IBXA 1QNVA 3A9IA 4FHAA 3BLIA 4UTMA 1OX5A 3W2MA 3QPYA 4R53A 1AL8A 1TPVA 2QUUA 1GQNA 2QF7A 2BTMA 2YGYA 1TO3A 2GVGA 2X1SA 1ALDA 3A24A 4JGDA 2F7FA 1B9BA 1ZFJA 2BWGA 2Z0IA 2YXGA 3OEXA 5IM51 3PC0A 3IRDA 4LVAA 1H50A 1KFCA 1HL2A 3W70A 3I6RA 1J2WA 3G3DA 4UTHA 1P4CA 3B05A 4TR9A 3ZR4A 5KMYA 4WY0F 3HG5A 4E38A 4AHOA 2Y63A 2W6RA 3DU0A 2QJIA 2ZRZA 3HPSA 3T78A 3CM4A 4MVAA 2G5WA 3CQ0A 4UFHA 1YADA 3UZ5A 5LSMA 4JTJA 1ML1A 3BGJA 2FDSA 3GVGA 5LNUA 5LNSA 1T8XA 1PE1A 1GT8A 1VZWA 1R2RA 4NZFA 4GE8A 3C3NA 3UXAA 5I3KA 1K3UA 1KTNA 3HGJA 4NXKA 3VE7A 3V75A 3NM1A 4UTIA 4AWSA 3CWNA 2V82A 3NQ2A 1AW2A 4GWEA 4NJGA 3W1RA 5MHBA 1EWDA 3G1YA 4UMAA 4JTKA 1ZCOA 3W87A 1JUBA 3TQVA 1I2OA 4QM1A 3NQ8A 1SZFA 4AH7A 1B3OA 1GWJA 4WUIA 2GVJA 1FWNA 2FB3A 5J5RA 3IV3A 1W37A 4UFKA 2PRLA 1NFBA 2Y7FA 6TIMA 1KFJA 3NQ6A 3W2KA 4PTNA 2ZRWA 3HMJG 3A5FA 3JRKA 4UC5A 4UNKA 1XUZA 3MHUA 4A3UA 3CLMA 3IIZA 2DU2A 4GUFA 2DZWA 2OX1A 1TB3A 2Y70A 1H7WA 4Z1DA 3NL2A 1JJKA 3TFCA 3N73A 1GEQA 1ICSA 3O16A 3SGUA 3KRZA 3MUXA 1SZGA 3DI1A 1TSIA 2W0UA 3W74A 1G67A 3P62A 2WNZA 1SSGA 4R7JA 4LUIA 1LLWA 4YLWA 3VKJA 2X30A 4EIVA 3LI1A 1ICPA 3EX1A 2FPTA 4WOZA 4UTWA 3WJXA 4AF0B 3G1VA 1EP2A 1W5MA 3LXCA 3Q37A 3TNOA 1W5PA 1SO3A 5DY2A 3PB2A 1Q6QA 2YX0A 1W5NA 3OHIA 3NXFA 4LC6A 1ZAIA 3LHZA 3FJ6A 3IVSA 5DCEA 5GVJA 2C0AA 2VC6A 3C56A 3FYPA 3FS2A 4M19A 2QUVA 2ZZ7A 3L0KA 3TIMA 3B04A 3TK7A 5SWUA 2LLEA 2W79A 3UWUA 4KFPA 3AJXA 4LNYA 2NX3A 2VEMA 4TMCA 1ZY9A 3OVQA 5K4XA 1LLZA 1G69A 4GRSA 4IMCA 4X9SA 5FEZA 2BSLA 5K9XA 1TPWA 4YCPA 1OX6A 2Y89A 2DZVA 3TSDA 1S5VA 4LS0A 3W6YA 1EEPA 1G7UA 4K38A 1S5WA 5AHIA 1F2JA 4FX7A 4JX4A 4BK9A 3KXQA 4JICA 1QAPA 4K7YA 4BI6A 3LHUA 4O4VA 4UFMA 4IMEA 1LBLA 1RPXA 1UUMA 3Q58A 3L68A 3UWZA 3MYOA 1SW3A 3GR7A 1GG0A 5FF4A 3W2JA 3C2FA 1HO4A 2A4AA 2A7NA 2ZFAA 3U8GA 1XC4A 2WPBA 2ZA1A 4RZ4A 2FFCA 4DBDA 5F4SA 3CHVA 4HPJA 3LBCA 1G6CA 2X2GA 4O1BA 2NUXA 2H90A 4IPJA 3WFAA 2ZZ6A 3A23A 4OWGA 2BX7A 4DEFA 3PS7A 1RR2A 3W7HA 1MZHA 2JGQA 4GJ1A 5CPNA 3ABSA 1TTJA 1J5TA 1W8SA 1KBIA 3GDLA 3TW6A 2Y85A 2WNQA 5AC7A 4GXMA 2NZLA 4L4LA 2ALDA 1H7OA 2D73A 3FLUA 4FIRA 4IWWA 1SR9A 3O8AA 4N02A 3RLUA 4WZHA 1H62A 1W5OA 1N7KA 3QZEA 4LY8A 3R8RA 2XFWA 4M7SA 5DXXA 5EL1A 2YFOA 4UR7A 4HSOA 4H3DA 1RQEA 1HG3A 5DN1A 4MY9A 2E5DA 5DBTA 2A7RA 5HWJA 4LTSA 3NEVA 4MJMA 5HQEA 1XXXA 5LHFA 4LS1A 4Q4KA 1NF7A 5LGXA 3W83A 4JN6A 3H53A 2ISWA 3MHGA 5K3VA 5HULA 4FNQA 1KFLA 2QDHA 4UFJA 1S3HA 2JGYA 2Q3OA 3S5YA 3SZ8A 2H3DA 4U28A 5D2XA 3WK1A 1OFBA 5CZ0A 4LVBA 2C3ZA 3THQA 1DOSA 3Q94A 4Q32A 3KRUA 1Q45A 4MZ8A 3NDOA 4O28A 3TROA 1OK4A 4O17A 4ORMA 4RX0A 3DH7A 2J9XA 4LV9A 5G2IA 3STEA 5CZTA 5EMUA 1KBJA 5F2MA 2WSYA 4BWLC 1HTIA 2E6FA 1VRDA 3W2LA 4HNUA 2OZ0A 3T40A 2YFNA 4XTDA 3HQ1A 3PUOA 5CSSA 1VYRA 3CIWA 3NA8A 2BXVA 2I9EA 1HO1A 4HNNA 1NSJA 2V8ZA 4ZL1A 3SGZA 1H1ZA 4JX6A 4NJKA 2H6RA 3B06A 4JDYA 1G4EA 1UASA 1CX9A 1XBZA 3HBLA 4Z08A 1LOQA 4WXZA 3RF9A 4NVTA 4IGHA 1Q6OA 5FF2A 3W76A 3QRHA 2NLIA 1PHWA 5F4WA 2DJXA 2FJKA 1TQXA 5L9FA 5K9DA 2HSAA 3E12A 3BV4A 3O06A 1WXJA 4P61A 3H54A 1LRTA 2YSWA 3MBFA 1VLIA 5FF0A 5DCBA 4ML9A 2E1DA 2X1UA 3DI0A 4ALDA 1YLVA 3L65A 4O53A 3STFA 4MLRA 1JCLA 4DELA 1X7FA 4OE7A 4QIUA 4XTIA 3UXDA 2NXHA 1SFJA 2NV1A 2WO5A 3W23A 5BNKA 5I3FA 3QJAA 2EGZA 1RQBA 3N14A 1I2QA 1I45A 4AWTA 3GXNA 3NR0A 1RVGA 4Y96A 3QEZA 1AL7A 4XZ9A 4ZVJA 5AB3A 3THAA 3PVFA 1F7BA 3NG3A 4JX5A 1L9WA 3TV8A 2A7PA 1EWEA 2CZDA 2E77A 1KM3A 3TDFA 3JR2A 3S5NA 4YMZA 1X6UA 4JNMA 3LHTA 2ISSA 4G1KA 3TCEA 3TSMA 1QO5A 1TREA 5CG7A 3IVUA 1RQHA 2RFGA 4IJBA 1O4UA 3M5VA 1K7FA 3BK0A 3CT7A 3NQCA 4JTUA 1DHPA 1L6WA 2GQAA 1VCFA 2QR6A 4MZ1A 3LHWA 5C6MA 4O18A 1CW2A 3BARA 1QMLA 3PBWA 4MPQA 4Y90A 3AO0A 3TC6A 1FCBA 3R5EA 2Y7DA 1JR1A 4NJJA 1M5WA 4YL2A 4UTUA 4UTLA 2BZNA 3PUDA 3KFTA 4N2YA 4YCOA 4UTTC 3A5VA 2P10A 3GAKA 1LROA 3GNNA 1TRIA 3S1UA 3EWBX 1XDLA 5FEWA 1LBFA 1JVNA 3FKRA 3NOEA 3STCA 4LC8A 3WK0A 1RD5A 3NVTA 4M7TA 4Y6GA 2ZRVA 1KM0A 4Q33A 1UJPA 3ABOA 4QNEA 3HO8A 2XN0A 3O6CA 2QUTA 4O13A 3E9AA 2NXGA 1A53A 2J27A 1PIIA 3G18A 5KZDA 3NPWA 1T99A 1Q6LA 5A8GA 4LRSA 4HNVA 4UTKA 2DORA 5F4XA 4XBKA 3W7JA 3O05A 4O16A 3UQNA 3ABRA 1SZEA 1U5JA 2YW4A 3QSTA 3LCWA 3W1LA 4CCDA 1I8JA 1G7VA 5TQLA 1KFEA 2ZTKA 3W7LA 3GX9A 4AHQA 3LI0A 2GQ8A 3SFKA 4OGZA 5HR6A 3CPRA 3CU2A 4TO8A 1TPDA 2A85A 3H55A 3LCHA 4DPQA 1TPC1 3HPXA 4JTTA 5BRBA 3PULA 2B4GA 2V0TA 3FFSA 2CFFA 1LBMA 3PBYA 1MXSA 1YDVA 3G1HA 1QFEA 3NL3A 1BKSA 1EB3A 5BMWA 2ZA2A 4CQAA 5EPDA 1VH7A 2CLEA 4CNOA 3UY7A 1EUNA 4MFDA 4K37A 3LTSA 4P2VA 2FPYA 1O60A 3EWZA 1DL3A 1NAL1 3IIPA 1TJPA 5AYZA 3MW7A 1AMKA 4XBSA 2I1OA 3NL6A 1ZJIA 3FKKA 3MJYA 3WJYA 1AK5A 5K4ZA 4AAJA 4GUHA 4EVZA 2PC4A 3EX3A 4TIMA 3U2OA 4A2RA 3P5YA 1OFEA 3YPIA 5BW6A 3PR2A 2A21A 4CQ9A 4I7WA 1VQTA 5U7SA 3P67A 5FF3A 2Z1BA 1O95A 5CSRA 3QC3A 5F1VA 3I7QA 8TIMA 1A50A 1KV5A 3W1QA 1W3NA 5J5DA 2XN2A 1R2TA 3UPWA 2VFEA 5AHEA 4ZQNA 3FIGA 1LCOA 5K9CA 4A22A 3QM3A 1OFDA 4LUJA 2CLFA 3D0CA 3W2UA 4X22A 4WQ6A 4RZ5A 3BGGA 1PVNA 3TQ0A 3KVJA 3BW2A 2DP3A 5EYWA 3FJLA 3L5LA 4DBEA 4CCCA 1YPIA 2HMCA 1JCYA 2ABAA 3LRLA 3O07A 4PL2A 3I68A 2V2DA 1UBSA 4LS2A 3K30A 1VYSX 3P7YA 4NNAA 4C1KA 2FQIA 2V5BA 2VFHA 3GXPA 3M44A 3TXVA 4K36A 3OIXA 2FTPA 4MYAA 3UNDA 3F4NA 3F1QA 3TJXA 1X1OA 3HG4A 1K8YA 1W54A 2E6DA 4PC8A 3B0VC 4GUJA 1FWRA 4BR1A 1H51A 1R30A 3NQDA 4UR8A 2VKZG 4GUIA 5D05A 3ZS4A 2EHHA 3RNDA 2ABBA 4AEOA 3EXTA 3ANYA 2ZBTA 3HG2A 4RJEA 2ZQ0A 1FCUA 4O1CA 3BO9A 2CLOA 3VFLA 1IXOA 1A5AA 1FXPA 2QCCA 2V2HA 3F03K 3QH2A 1LOSA 2ATMA 4HKPA 2QCEA 3G8RA 2HS6A 4J9JA 2WJZA 4JR5A 2J9ZA 1U83A 4MY1A 3LV6A 3CTLA 3IEBA 3LDVA 4XKYA 5BMXA 1TTQA 4UFIA 3IIOA 1DV7A 3Q2DA 4KFOA 3T4CA 5U4NA 2DZPA 4NNCA 1X8FA 2A1YA 4Z0SA 2X1TA 4QJ1A 1D3HA 3NZ1A 3W1XA 5KZEA 1GTHA 1F76A 4NX0A 3PG9A 4RV8A 4L4MA 3ATYA 1ZENA 2QCFA 4QAIA 3W1MA 3M43A 3P61A 4NXSA 5G2HA 1L6SA 4JDBA 2V81A 3VE9A 1KLZA 2DZUA 3TFXA 4FX8A 2J88A 3V1PA 4DF0A 3C2VA 1W5QA 2EKCA 2ZTJA 4FF7A 1K02A 3ABQA 1EP1A 3KX6A 4S1FA 5LGZA 3TMQA 3W1NA 4QSHA 2E5BA 4OBTA 3N19B 4GC4A 2CLLA 3G1SA 4HNTA 1FDJA 3KHJA 1O94A 3GLCA 6ALDA 2CLMA 4LVGA 4JIPA 2Q3RA 4S2BA 1JQXA 4CQ8A 1DORA 3G8EA 2WNNA 2C13A 4N4PA 1YDOA 3IGSA 3LTYA 1OFOA 1GVOA 1VPXA 4FNRA 4DO6A 1Z44A 4IX0A 2VXNA 1TJRA 1SW0A 3DGRA 5G1YA 4S2CA 4FX6M 3W7QA 4Y8FA 3P60A 5C54A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4S3B A;  4XUG A;  3VIH A;  1XRV A;  1EUA A;  4KEU A;  4D8L A;  4JYF A;  1I2N A;  1LG1 A;  6PTD A;  3UZX A;  1XUU A;  2IQ0 A;  4JTL A;  4ZE5 A;  1XLD A;  4JEQ A;  2Y88 A;  5CZJ A;  5D38 A;  3UP8 A;  4PMV A;  4BJH A;  3DEC A;  1UH4 A;  3VI2 A;  2PGW A;  1FWW A;  1PV8 A;  1FDY A;  4Q6J A;  3GZA A;  5AVH A;  2FZD A;  3LOT A;  1SJB A;  3V16 A;  3CH9 A;  2V67 A;  2YL8 A;  3C6C A;  3P5Z A;  5CZS A;  1KXQ A;  2GJL A;  3VYL A;  2XM2 A;  1DTU A;  1FUY A;  5HPO A;  4PRW A;  1WV2 A;  4ML4 A;  3RLG A;  1ME9 A;  3CV2 A;  1V6W A;  1OYB A;  1UPM B;  3ISI X;  3W7G A;  5I3H A;  1SM9 A;  3C61 A;  1Z42 A;  2QMK A;  1UWU A;  4Q8N A;  1H5Y A;  2CWX A;  3UVA A;  3GWQ A;  1F73 A;  1TWW A;  1DE6 A;  1EDT A;  1KCL A;  3MPG A;  2YCL A;  3LQL A;  3WJS A;  4MGG A;  1XYZ A;  2YCI X;  1C8Y A;  5HNU A;  1ZNN A;  4M6V A;  3CUZ A;  2ZE0 A;  5HNN A;  4LXF A;  3NWR A;  5I79 A;  3RX3 A;  3DG3 A;  1LOL A;  2YPI A;  2D0G A;  2RH9 A;  3VDC A;  3GR8 A;  2SFP A;  4OV4 A;  4M5P A;  4WHB A;  2QCD B;  2OTD A;  1J9Y A;  4X2R A;  1PTA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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