5E0KA

X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from pyrococcus furiosus at 2.76 a
Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYEEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-12)TII1 (3-6)AH8 (177-189)TIV1 (32-35)AH1 (18-28)AH2 (49-61)S2 (35-38)TII2 (12-15)3H1 (29-31)AH11 (234-246)EMPTYTIV2 (41-44)TI1 (44-47)S3 (83-87)TI2 (114-117)AH4 (89-95)S5 (135-140)S4 (111-114)3H2 (119-121)AH6 (122-132)AH7 (146-155)TI3 (141-144)TIV3 (156-159)S6 (159-163)S7 (194-197)AH10 (220-230)AH9 (203-212)AH5 (97-107)TVIb1 (14-17)S8 (216-219)TVIII1 (214-217)3H3 (231-233)AH3 (65-77)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus (strain atcc 43587 / dsm 3638 / jcm 8422 / vc1)
publication title Directed evolution of the tryptophan synthase beta-subunit for stand-alone function recapitulates allosteric activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 89
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2015-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5e0kA00
3M47A 1LORA 2QDHA 2Y89A 3QC3A 4MFDA 1F7BA 5F2LA 2JKAA 5DLCA 3PAJA 1FCBA 4CLMA 1NVMA 1W5QA 1KTBA 1FWTA 3G3DA 3LCHA 4N9BA 4ONVA 1RZMA 4FX8A 3QM3A 4JIQA 3S5YA 3EWYA 4IGHA 4M19A 1IIHA 4UTLA 3OIXA 4LT9A 3O6CA 1JCLA 2ZZ4A 3TA6A 2QCNA 1Q6QA 2V5BA 3W2KA 1LROA 4P61A 1IXQA 3DENA 3IRDA 1VPXA 3P80A 1FQ0A 2A7RA 3THQA 4O0ZA 4YMZA 1FBAA 1P5BA 2FIQA 1GYLA 4KWWA 1KTCA 1Z42A 5DCBA 3NQMA 4YCPA 3HBLA 1ZFJA 1L9WA 1JRCA 1K8XA 2GQAA 3I6RA 1A5AA 1G7VA 2DZWA 4PL1A 1GTEA 5LGZA 3S8HA 2V81A 2Y63A 1S5TA 4OT7A 2QR6A 5ABTA 4A3UA 5TQLA 2Q8ZA 2YFOA 2Y88A 3G1AA 1F2JA 3B06A 5LSMA 3E9AA 3H54A 3LRKA 4A29A 3C0JA 3DH7A 1AW2A 2ZA2A 4AAJA 1YTDA 2G96A 3P67A 1S5WA 4GJ1A 4LUIA 3FFSA 5FEZA 4N9EA 2ZTKA 5KINA 4RZ4A 1X1OA 1O5KA 2Y85A 2YSWA 4WY0B 1LRQA 5E93A 1ZAIA 3BLFA 4WQ6A 2VFDA 3RFAA 3IIXA 3CHVA 4HIBA 4XWUA 1Q6LA 1F6PA 1XUUA 3L2IA 5DN1A 4IUOA 3BGJA 2XN1A 2CLIA 3BW2A 4L4LA 1BKSA 5EKYA 3ABSA 3L0GA 4ZQCA 3W71A 4O1CA 1R2RA 1S3HA 5KZEA 1SPQA 2ZRWA 5U7SA 1JCJA 1X7FA 5C55A 3UPWA 1QPNA 1SSGA 3PC0A 1U83A 1MEWA 1VCFA 3JS3A 4NJIA 4OU1A 5I3FA 1RR2A 2PRLA 5LKYA 1TSIA 1PIIA 5CZJA 4WOQA 3DFSA 2X1UA 3DBPA 3KVJA 4UTTA 3QPZA 3KXQA 2VXNA 5I3GA 1IF2A 1EP3A 1LRTA 1X8FA 5HWMA 1OABA 1Z44A 3INPA 2EGZA 2WNZA 2CLOA 1TJPA 2NV2A 3HGJA 4HN4A 4TO8A 4M6VA 1BWLA 1SO3A 2ZFAA 3LHWA 4AVFA 4LS2A 5EMUA 1CW2A 4K8HA 2AGKA 3PVFA 2B7OA 4N9CA 1X6UA 1JCNA 3EB2A 3P84A 3PSVA 5D37A 4Z08A 1WXJA 2QAPA 1YADA 4O50A 4QSHA 3L21A 3QMRA 2E6DA 4E2BA 4UMCA 5G2WA 3UNDA 2FPYA 3ZFHA 1GOXA 4BI7A 2J9ZA 1L6SA 4RZ5A 4WY0F 3GDLA 2A2IA 3CC1A 1BTMA 5G2HA 3E02A 3TKFA 1TV8A 4BK9A 2F84A 2CU0A 3R5EA 4AB4A 1XFBA 1ICPA 2C6QA 3NOEA 2NWRA 1ZNNA 4DEFA 5HWNA 3KX6A 3BW4A 4Y6GA 3SY5A 3DHDA 2B7QA 3C2VA 3DKJA 1N55A 4NX0A 3W7CA 3S1WA 2H8XA 5FF7A 1JVNA 4WXYA 2DZUA 2CZDA 4IOTA 3W1MA 2FTPA 3CT7A 4MJMA 3L67A 3TUUA 2V2DA 2QCMA 1I45A 3WK2A 3FLUA 3BLEA 4O1AA 3U2OA 4HNVA 3GVGA 3LHUA 5D30A 3P60A 4RK8A 2H3BA 3LXCA 2CZFA 4NU7A 1YTKA 3W23A 3F4NA 1VH7A 4EF8A 3GYEA 1QO2A 1VCVA 2WNNA 3W1XA 4JTHA 4HT3A 3GR8A 5HUPA 5D05A 1KTNA 5G1YA 2ALDA 3QW3A 1MSSA 3DXIA 1TMHA 3QEZA 3GLCA 5HQEA 4K7VA 3F03K 2B7NA 2VKZG 4K39A 4O11A 3B0VC 4DF1A 3WJZA 3HO8A 2X16A 5LNUA 5L6UA 3NPUA 2DZTA 3R89A 3BVJA 4LRTA 5IBXC 3T44A 4YLWA 4R34A 2FPVA 5AN7A 3O16A 1K03A 3H55A 1ZAHA 1D3HA 1QCWA 4LVFA 4DPPA 3UWVA 3KOFA 5KZDA 3PB2A 3EX3A 3UWZA 1RQBA 2RH9A 3CEUA 3BGGA 1YDNA 2QUTA 3DU0A 1GG0A 2GOUA 4MZYA 4O1DA 4HNTA 3EWXA 3TH6A 2CLHA 5K9DA 4RLIA 4ZQNA 4JYEA 3UZ5A 3HG2A 4K7YA 5D2VA 5HR7A 2OJPA 2C13A 1NF0A 4O0KA 3W7KA 3QW4B 1ZHAA 4HSNA 3FYPA 2FDSA 1TTJA 2B0MA 3G8EA 5D09A 4QJ1A 4IXHA 3CTLA 4JGDA 2DZXA 3R8RA 5FEWA 2GJNA 1YXYA 4CQ8A 1AG1O 1VC4A 3PULA 4UFLA 4MKNA 4GFSA 4AWSA 1HG3A 1XBYA 4XKYB 3HG4A 4Z0JA 3EWBX 4UTWA 3G1VA 3BG3A 3NQ2A 3TROA 2Z2UA 1C8VA 3LLDA 3MJYA 1TPC1 1LBFA 2FPTA 4ML9A 1RQEA 4CNNA 4IMDA 5LNWA 2PRHA 1FX6A 3W1TA 1TPEA 3W1UA 1GZGA 1EUAA 1Q6OA 3C8FA 4LUJA 4DO4A 1THFD 1L2UA 2V2HA 3HIJA 1W54A 1M6JA 3M5XA 3NM3A 4IMCA 5BOOA 4JTUA 3LI1A 2H90A 6ALDA 1SQ7A 1OFBA 2GUUA 3P81A 5D2WA 3L0NA 1DOSA 1H50A 3W22A 1QDSA 3M44A 4WJEA 1UUOA 3LM7A 3S42A 5FF0A 4XBSA 1SW3A 5D32A 2PURA 1QPQA 2KZHA 4IMGA 2X1SA 3KVKA 4PCFA 3WJYA 2QCEA 3E49A 1QMLA 3C2EA 2OT1A 3CPRA 2E5DA 4X9SA 4WY0A 3GDKA 1WYIA 4K8EA 2CW6A 1BWKA 1KLYA 1JUKA 3W7PA 5F4WA 3W73A 1P0NA 4JX6A 1TIMA 3O06A 1KM6A 3TXVA 3PG8A 1G4EA 1XDMA 5CPMA 1GEQA 3GKAA 4JTLA 1T0OA 2I14A 4X22A 2QKFA 1B4KA 2JKPA 1GVSA 3IEBA 1TPDA 3AO0A 1WV2A 2A1YA 1QPRA 3SIZA 1GG1A 2FB2A 2QCLA 3TSBA 4R33A 3T55A 2X30A 4LV4A 1Y0EA 1XL9A 1O60A 3QH2A 3EX4A 1BEUA 5CPLA 3NPXA 5BMXA 3HPXA 3TFCA 3LCGA 5FF2A 3SGZA 3W7LA 3L66A 1FXQA 2GQ8A 5FEPA 2VELA 4JICA 5C6MA 1I2OA 5HNRA 2QCDB 2BLEA 3W7OA 1LTDA 3NQ8A 1OJXA 3PR2A 3DI0A 4GE8A 2VFIA 2J9YA 3NL2A 3NAVA 2YGYA 2P10A 2ZA1A 4Z1DA 4PODA 2BTMA 3BW3A 1H1YA 1VHNA 2NX1A 3QRHA 1R30A 4WX2A 3O1NA 1LP6A 3TJLA 3FKRA 3LX9A 4JEQA 2X1TA 4E38A 4Z1CA 4HHPA 4M6QA 3G1XA 4K6AA 4UMBA 4U4MA 1T96A 4ALDA 4ZMGA 2ZZ6A 3TMQA 1GJPA 1HL2A 1W3IA 5KZMA 1LYXA 2A4AA 5AHNA 1KFJA 2NXHA 4NNCA 1HTIA 1GQNA 4XZ9A 2P1FA 4C1LA 3EX2A 3W7EA 4FIRA 3LLFA 2R8WA 4FX6M 1PL9A 3KVMA 1GVFA 3N2XA 4JTSA 4MVAA 4ZQOA 3EXSA 3M7WA 3W9ZA 3KRUA 4JTGA 4A2SA 1VLWA 3H53A 3N73A 1SO4A 4TU1A 1QWGA 1ME8A 5K9XA 3FJ6A 5FF4A 3M9YA 5DBUA 1NFBA 5CKSA 1TTIA 3EWWA 3PG9A 3NA8A 3CB8A 5LGXA 3W2LA 5KITA 2CWNA 3TMLA 3ZS4A 4A21A 4I7WA 3RU6A 1O4UA 4TR9A 4JX4A 1YYAA 2YYUA 3GR7A 4JDYA 2NLIA 3OVPA 5F1VA 1B9BA 3PM6A 3W7QA 2R94A 4K38A 1DKWA 1DQWA 1ONRA 4PEKA 2EF9A 3W2MA 2OT0A 2W6RA 4I9AA 1S5VA 1OK4A 3MYOA 1Q6RA 4QNWA 3VE7A 3MI2A 1G4SA 5TIMA 2E1DA 1DBTA 2E77A 4O14A 3SZ8A 4Z1AA 1FWNA 3NYZA 3MWAA 1W1ZA 5E0KA 2CFFA 3HJZA 5AC8A 3MYPA 3P82A 3W86A 5H2ZA 2A21A 3DFNA 1O94A 3STCA 3UPBA 1EEPA 5AYZA 3IIVA 3DFQA 4O10A 3N34A 5G5IA 1I2PA 3BG9A 4U28A 3B0PA 4EIVA 2WSRA 3C3NA 1W5NA 5L9FA 2C18A 1QOQA 4QAIA 3NQ6A 4O54A 1P0KA 4GUJA 1J2WA 1EUNA 3B05A 1OFQA 3NXFA 3P7YA 1Q45A 4MOZA 4Y8FA 3W70A 3VKJA 1TQXA 4JYDA 2CLFA 1TPWA 5HJLA 3GAKA 4LWWA 5EYWA 1JCMP 3OEXA 4XKYA 2ABAA 3N19B 4LU0A 2QJIA 3GNNA 4LVBA 1GWJA 4Y90A 3FYOA 3ABQA 3MUXA 4JYFA 1K8ZA 1U5JA 4FNPA 1K7EA 4ADTA 3SFKA 1UJPA 2DJLA 1H7XA 1OX5A 1VLIA 3OHIA 2Y70A 4KKXA 3OBKA 1JJKA 4NJKA 1R2TA 3OVRA 4Q33A 4CNOA 1K02A 2YZRA 5K4ZA 2HS6A 1H7PA 1P1XA 2QJHA 3E96A 3F4WA 3S5ZA 3HQ1A 3SR7A 2Z6JA 4BFAA 4M6PA 4GC4A 3UXDA 3N9SA 4IMFA 1FUYA 3Q37A 2QUVA 1OYBA 3HGSA 1ZENA 1H51A 1W3NA 1ALDA 4Y9AA 3W75A 1SW7A 2JBMA 3QQ0A 1YDOA 4GWEA 3M5ZA 4UTTC 3W7RA 1E51A 4WXZA 2QAFA 4OE7A 1I4NA 3P62A 1OFOA 1NAL1 4AEOA 4UFMA 1QO5A 4O53A 4ZL1A 3VE9A 4D2JA 3C6CA 5BW6A 1T8XA 3G1SA 4E0CA 4EWND 2J6XA 1R2SA 4JS3A 2V30A 4A2RA 1VRDA 4CCCA 3B0UX 3IIZA 4ICNA 3SI9A 3TDFA 3GDRA 3M5YA 1F05A 1IGSA 3NL3A 1QPOA 2FFCA 5CZ0A 1VZWA 1KM1A 3MBDA 4IPIA 4O13A 4UTHA 5KTLA 1EP1A 2PC4A 4ZQMA 1C29A 1VYRA 4PL2A 4I7UA 4JN6A 3S5NA 3NPVA 3A24A 2YW4A 4QITA 2WQPA 4BI6A 2Y7FA 3NQVA 3CEPA 3LHZA 2FB3A 1F5ZA 1KLZA 3VI2A 3PB0A 2RFGA 1RD5A 1W5OA 3MI6A 3MP4A 1OX4B 1H63A 1QNVA 4FEZA 5EBUA 2QCDA 2ZRYA 5D2XA 3Q58A 2WKJA 3ZWTA 4CQAA 4XQ6A 3GXPA 3FJLA 3M1ZA 4PH6A 3G1DA 4M7SA 4UMAA 3U8GA 3O05A 3YPIA 2ISSA 1M7OA 5AYXA 3GIYA 3I7SA 3I68A 1W0MA 1ZY9A 1EP2A 1WBHA 2C1HA 1R46A 3O63A 2NZLA 3RLVA 3SECA 4R53A 3FA5A 2E6AA 4GBUA 1V7YA 3DKLA 1YXDA 3BPWA 3STGA 3PS7A 3WJXA 2CLKA 4O28A 5DCDA 3IVSA 3CQ0A 4G1KA 4UR7A 4N4QA 2YCEA 2H3DA 4FNUA 3LV5A 3G3MA 1JRBA 1WAUA 5AHEA 3IIPA 4MYXA 3BG5A 4ZQRA 2Y62A 1XXXA 3LHVA 2H8ZA 1LM1A 2TPSA 3R12A 5FEXA 3SJ3A 1LRNA 3PSWA 1W8SA 3L65A 2A6NA 2ZZ3A 3PUDA 4IMEA 1GT8A 5FESA 1OX6A 1XI3A 4P2VA 3W2JA 3STFA 3BO9A 1LBLA 1ICSA 1SZFA 3G22A 2J88A 2ZTJA 3N9RA 4HPJA 3VFLA 5FF3A 1FCQA 1JULA 1PCKA 4HNNA 2Z1BA 3NG3A 3VNDA 1KM5A 4O57A 3QMSA 2DP3A 3MBFA 5T26A 1XUZA 2W0UA 3PBVA 3RMJA 4OHQA 1TRDA 1W31A 2QCFA 3W6YA 3UXAA 3W7JA 1TTQA 4JR5A 5F1UA 3HPSA 4CCEA 4DBEA 1XBVA 5F2GA 3TAOA 1HFBA 4N4PA 3PBUA 4ORIA 1VHCA 4OQVA 4GUIA 4IX0A 3IIOA 1WQ5A 4BR1A 4UTWC 4LNYA 1LZOA 5DXXA 3BK0A 1PS9A 2ZRZA 1JQXA 2AAMA 2TRSA 3GDTA 1FWWA 2FJKA 1TV7A 2CLMA 2C19A 5CPOA 4B5NA 3I65A 5HR6A 1TPFA 2X2GA 4ZZ9A 2PCQA 3UWYA 3TX9A 3S5OA 4LOCA 5CSSA 2WJZA 3OG3A 3LV6A 3TK7A 3G24A 4FX7A 3LTSA 4NNBA 3W7NA 3CLMA 5U4NA 3LERA 1O5XA 1FWRA 1ME7A 2B7PA 3L68A 1KV5A 2TMDA 3O15A 2EAWA 4NXKA 1UASA 3KHJA 2YXGA 5AHIA 3W83A 5FI8A 1R47A 1RPXA 1SW0A 5F4XA 1IXPA 1VYPX 4NNAA 2V8ZA 1TYGA 5F2MA 4Z1BA 3CWNA 3O8AA 4ADUA 3W7MA 5K3VA 2O7QA 3QSTA 2NUXA 4YL2A 3W85A 5BNKA 1TV5A 5DCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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