5E93 | Genus

Total Genus 110

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__802716881157747__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__802716881157747__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5E93/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__802716881157747__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"802716881157747","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5E93/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__802716881157747__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00fef3c144c5f425437702/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00fef3c144c5f425437702/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00fef3c144c5f425437702/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00fef3c144c5f425437702/pdb.gz): 116 ms

reading 313 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

313 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:312});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi strain cl brener
publication title	Exploring Trypanosoma cruzi Dihydroorotate Dehydrogenase Active Site Plasticity for the Discovery of Potent and Selective Inhibitors with Trypanocidal Activity rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	110
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2015-10-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	5e93A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5e93A01

2QKFA 3UPWA 5EPDA 4OWGA 3A22A 4WY0B 3HG5A 4IPJA 1ZAIA 5DY3A 1K8ZA 1VCFA 1OFBA 3HJZA 2A85A 2HS6A 4JTUA 1KW1A 4IXHA 3THQA 3EX6A 4FNTA 5DY2A 1VCGA 4YXGA 5G1TA 1RVGA 1WBJA 3S1VA 2WOQA 1FUYA 3D0CA 1L6YA 3W88A 1JCYA 1ZAJA 1AW2A 3PVFA 4H6KA 1TTQA 2GOUA 2J27A 2JKPA 1TV5A 2WNQA 2ZRZA 1Q6OA 1MZHA 3MHUA 1G69A 1FCBA 4ALDA 4A2SA 2NUXA 4WJEA 4JY8A 2G5WA 4FF7A 1W5PA 4EVZA 2HMCA 3W3OA 3C4UA 4JDYA 2Y61A 5C2XA 5K4XA 3M5ZA 3UYCA 3HB9A 3GXTA 3TC6A 2QUVA 2ZTJA 4ONVA 1KLYA 4RX0A 5HWMA 4N9DA 1F6KA 2V81A 3GDRA 3SIZA 3UZ5A 4LTSA 3NQMA 5LNSA 3PULA 3W75A 2QJIA 1GEQA 4GUGA 2VELA 3FOKA 5D2XA 2DORA 1TJRA 3O8AA 1GPWA 3R2GA 5EMUA 4HNNA 2E5CA 4KWVA 3ATYA 3STFA 4MFEA 1RZMA 3ATZA 4QISA 3LCGA 4YCPA 2DZVA 4YMZA 2NZLA 3TW7A 3VI2A 1M5WA 3W6YA 4R33A 4UFKA 3EWWA 1KM1A 1KM3A 3UWWA 3BARA 2CLKA 3GXNA 3DI0A 3W1MA 2H8XA 3NQ8A 1H7RA 3PB2A 2QCHA 5DCEA 4K39A 2W0UA 2QEZA 2PURA 2J9YA 4LVBA 2NXIA 2XN1A 1SQ7A 1YXCA 3NAVA 2QAPA 4NXSA 3STGA 1UBSA 2J88A 3C8FA 4UNLA 2A2IA 3MMTA 4UMCA 4MKNA 5E1QA 3A5FA 1W56A 5D30A 2CZ5A 5BW6A 2VEKA 3WJWA 3TFXA 4JTLA 4ZQRA 2I14A 3S1WA 3UD6A 5KZEA 1SU5A 4ZL1A 3LTYA 5KTLA 3GDLA 3UWVA 1LZOA 1EUAA 3OG3A 4MY1A 4NNAA 3HG3A 3PM6A 4XQ6A 3GVGA 3STCA 3TKFA 4FEZA 1FWNA 3C3NA 1OX4B 2R14A 2WPBA 2WSQA 3C0JA 3R89A 2A7RA 3S6DA 2J9XA 4PH6A 3UY7A 2C16A 3NPVA 1YADA 1FX6A 4E2DA 3CQ0A 3HGOA 3GIYA 4O50A 3NL2A 1MXSA 1QPOA 3S5OA 1DJQA 1GTEA 4GWEA 3TROA 3M5YA 3FKRA 1VJIA 3DHDA 3O6DA 2A7NA 3HG2A 1W0MA 1XBXA 4LS1A 2E5DA 4CQAA 4JTHA 4KWWA 1LRNA 1XBZA 5F1VA 1DHPA 5IM51 3G1XA 3GKFA 4BI7A 4AXKA 2X16A 3BW2A 4UTJA 3G24A 3LHZA 4Y96A 3JR2A 1HO1A 4LRTA 3QQ1A 1SFLA 4TMBA 5D2YA 4UTLA 3EXTA 1XM3A 2Y70A 3S1XA 4GE8A 3QW3A 2FFCA 1JRCA 3G8RA 4O28A 4IWWA 3H54A 2QAFA 3TUUA 4MLRA 1XDMA 2GVJA 2EKCA 4UFJA 1H5YA 3W87A 1SO6A 3GX9A 1ZFJA 2OT1A 4FX6M 4LY8A 4HNVA 1L2UA 3SJ3A 3UXDA 1P1XA 4O11A 4UIOA 1ZCOA 4I7VA 5CPOA 3IIVA 3LX9A 1TREA 4IMEA 1ICSA 1QWGA 2RDTA 4AHQA 3RK8A 1AL8A 3NQCA 1W5OA 3O6CA 2YW3A 4MZYA 2YFNA 4LV4A 5TBOA 2DJXA 4IGHA 3LXAA 3W7NA 4OV4A 4N6EA 3TCEA 4PL1A 2ATMA 1TSIA 1QFEA 1MO0A 2VFHA 4UNKA 5TQLA 3W1UA 4LVAA 3CM4A 1WA3A 2VKZG 3GAKA 5F2IA 4L4MA 2C6QA 3O6YX 4X3ZA 3BVJA 5EBUA 2C15A 4RKAA 1TQXA 1K02A 1NF7A 4O15A 1THFD 1VS1A 2QDHA 3C2OA 4AEOA 4R34A 1VH7A 1JUKA 1VLWA 1YTEA 3L68A 2P1FA 3O06A 1DQWA 2BX7A 5LKYA 3KAOA 3MO7A 1IXPA 3GZ3A 1GJPA 1Q6RA 4RCXA 2Z6JA 2OZ0A 3T7VA 3RU6A 2YPIA 2NLIA 2KZHA 3INPA 1ZENA 1B4KA 1TMHA 3QEZA 4Z1DA 3VE9A 4EIVA 3N34A 4YL2A 3S9YA 4JIQA 1WOAA 3E12A 4HSNA 4BI5A 5FF4A 3W22A 3W72A 3LHVA 3OIXA 5LNRA 5D38A 3DHFA 4FX7A 1OFOA 2H90A 4MZ8A 4FNRA 2V5LA 4S2CA 4Z0JA 2R94A 4OHQA 3DKLA 3CWOX 1DORA 3EB2A 5LHEA 1J4EA 2JKAA 2QCFA 1M7PA 3C2FA 1LBFA 2BWGA 4JY9A 1F76A 1VYPX 4JTKA 3UWYA 2C1HA 3A5VA 5U7SA 5LGXA 1W5QA 4Y6GA 3UQNA 3GR8A 1LROA 5AFDA 3W76A 3G1VA 4LU0A 1LTDA 2FLIA 3E0IA 3E49A 3UWUA 1H62A 3NQFA 1TV7A 2DP3A 5G1YA 3P61A 3PG9A 3P81A 4XTDA 4KKXA 4N2YA 1H51A 3UY8A 1I4NA 3MYPA 2Z6IA 2W6RA 4A21A 3LLDA 3QM3A 4RXGA 5FI8A 3CB8A 2J9ZA 3QPYA 3QPZA 1VC4A 1P4CA 3CC1A 1KA9F 3U8GA 6ALDA 3GK0A 1O5KA 3IVTA 1Y0EA 4XKYB 4UR8A 5I3FA 3C56A 4JTEA 1UUMA 2J24A 3P80A 1ALDA 1VHCA 3NR0A 1ZHAA 1VLIA 2TSYA 3NO5A 2E68A 4IX0A 1WX0A 5E0KA 5CZ0A 3QF0A 3S8HA 1U5JA 5TIMA 3ANYA 2C14A 4JYFA 2P10A 1KM4A 3HQ1A 2B7NA 2Q3OA 1A5AA 3CIXA 4LVFA 1KM5A 1A5CA 1Q3NA 2Y62A 2G97A 3NG3A 3IVSA 3GDKA 2GPTA 3KVLA 3TC7A 1OYBA 1VCVA 5BMXA 1P0NA 4Z1AA 5K3VA 3PBWA 3G1YA 1QNVA 5SWUA 3LCWA 3LHTA 1RD5A 3PUEA 3MP5A 4Z1BA 2ABAA 5K4ZA 5F4XA 4JN6A 3M47A 4O1BA 5D05A 4D2JA 4ZMGA 3G0SA 3LB0A 1PIIA 1WBHA 1EP2A 1R46A 2J6XA 2CWNA 3QJAA 3NQ6A 2WNZA 1LOLA 1KV5A 4NU7A 3W7GA 1FCVA 3HPZA 2JK2A 3W7QA 1AW5A 4Q33A 3LCLA 2RH9A 5MHBA 4U28A 4WY0F 3OVPA 4NZJA 1X6UA 1G4PA 1TPUA 2BZNA 3DKJA 4JR5A 3BO9A 4IPIA 4UMBA 1AG1O 1W54A 5G5IA 2A5HA 4MFDA 1NAL1 2DZSA 4QIUA 4DELA 3SY5A 5K9XA 1FY6A 4E38A 4DO4A 4B5NA 2AAMA 3ABRA 1R30A 4M6PA 3DI1A 3TMQA 1SZNA 1GVSA 5FESA 3MI6A 3PB0A 1K3UA 3W1PA 5AHMA 3B06A 5D2TA 3TSDA 5HR6A 2X1UA 1LP6A 4O17A 3F03K 5DCBA 1H7WA 1CX9A 3SFKA 3GKAA 4BF9A 3I7RA 2YR1A 1H1YA 1FWSA 1GOXA 2NUWA 1GVOA 4Q32A 4NJHA 1F2JA 3C61A 3LGEA 2E6YA 4O16A 3N3MA 1XBVA 1IXNA 3BPWA 5A8GA 1SO3A 1TPDA 3W07A 1W5MA 2A6NA 2Y89A 4I7UA 4OE7A 1KFCA 2FB2A 1G6CA 3KX6A 3LCIA 1LOQA 1T0OA 1TB3A 3YPIA 3MJYA 3Q37A 2RDWA 3GB6A 4CNNA 3GLCA 1DV7A 4JDBA 4UCGA 3B0VC 3NQEA 5AHIA 2TPSA 5I3KA 3G3DA 2CLMA 3ZS4A 3NL6A 4FNPA 4FXSA 3HIJA 3LLFA 5F4WA 3BLFA 5AYZA 3W1NA 3PSVA 2ZZ2A 4LVGA 4TIMA 3N14A 2CLIA 3QSTA 2BLEA 2Z1BA 3W7DA 2XFWA 3L0GA 1FDZA 4TR9A 2CZFA 3RFAA 3W73A 3NA8A 3EKLA 3IV3A 1KFEA 5DBUA 3TDFA 1GVRA 1T99A 4QQ3A 4HN4A 2ISWA 4X9SA 1VYSX 2UV8G 4DEFA 1SW7A 5CG7A 3G1DA 4BFAA 1VGAA 3W9ZA 3IGUA 1FWTA 2A0NA 4ORIA 3W1QA 1EX5A 2CLHA 4FXRA 2Q3RA 3M43A 3B0UX 1LRTA 3A9IA 1D3HA 2GQAA 3M7WA 3GNNA 1TPB1 4YCOA 3B04A 1XKYA 1PE1A 3QRHA 4ORMA 3UNDA 2CZDA 4A3UA 4TMCA 4X2RA 1UJPA 3DZ1A 3R5EA 3TW6A 1XUUA 4C1LA 1LCOA 4WD0A 2YFOA 3B4UA 2ZA3A 2V82A 1Z42A 4QM1A 3G1SA 5U4NA 1M6JA 4MOZA 1PL9A 4N4QA 4NJJA 2FIQA 1EUNA 1OX6A 1FWWA 2Y85A 4JX4A 4BK9A 3FJLA 3O16A 5I3GA 2F84A 2X2GA 4MVAA 3W7RA 2BSLA 2CW6A 3LBCA 4LVDA 5DXYA 1W31A 1SPQA 2I1OA 1WOBA 2Y7FA 3LHUA 3W23A 4OT7A 5HWNA 4MYAA 3GDMA 3WJYA 3CWNA 1YDOA 2H6RA 2AGKA 2EGZA 5KITA 4CQ9A 1HO4A 2E09A 7TIMA 3GYEA 2B7QA 3M5XA 4XBKA 2ZZ1A 4UR7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5E93A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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