5EPDA

Crystal structure of glycerol trinitrate reductase xdpb from agrobacterium sp. r89-1 (apo form)
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
361
structure length
348
Chain Sequence
TLFQPTSLGAITLANRIVMAPLTRNRAGAGFVPGELTAGYYAQRASAGLIISEATQISQQGQGYQDTPGIYTQAQIDGWKKVTAAVHKKGGRIVLQLWHVGRISHVNLQPNGGAPVAPSAIRAEVKTFVNNGFVDVSEPRALELEELAGIVDDFRKAAANSIEAGFDGVEVHGANGYLLEQFAKDGANMRTDTYGGSVENRARLMLEVTAAVAQEIGPERTGIRISPVSPANGISCSDPQTQYDYIVDKLDALGIAYIHVVEPFDYGSLRRRFSRTYIANDLELATSHLADGRADLIAFGRPFIANPDLVERLQSGAPLAEVNAAKIFGGSAAGYTDYPRFSETTSDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol trinitrate reductase
molecule tags Oxidorecctase
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 125
structure length 348
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5epdA00
1L2UA 2C0AA 4FF7A 4E0CA 3W7NA 4FNQA 3DKLA 2D73A 2VEKA 3R89A 2BX7A 4BI5A 2A7RA 1L6SA 3UNDA 1W5NA 3UYCA 5EA9A 3HG4A 4QITA 2A7PA 1WBHA 3W76A 4I7UA 1SQ7A 3O6YX 2FJKA 3EKLA 3MP3A 1W37A 1OABA 3UXAA 4BI6A 4UTUA 4JDBA 2V2CA 1DORA 3OIXA 5D2TA 3W2KA 3IVSA 3TW6A 1AL7A 1OHLA 4G1KA 3W7IA 2WSYA 4BR1A 2PCQA 1H5YA 3IGSA 4JYEA 5L6UA 5G1TA 3DFTA 2Y7GA 2ZYFA 5DXYA 3EXSA 4JICA 2CU0A 3LCLA 1LOQA 5HNRA 4A2SA 5D2XA 3HQ1A 1XUZA 1TPEA 4ICNA 3W72A 3GDKA 3QQ0A 2YXGA 4O18A 3PWAA 3OG3A 2VEIA 4IMEA 2YDAA 3OVPA 1BKSA 1O4UA 4Q33A 4O16A 4KKXA 1VCGA 2BWGA 4M19A 4GUFA 1SSGA 4NZFA 1QFEA 2V82A 3MHUA 4FNSA 2FPTA 3UQNA 3M5XA 1VCFA 4AWSA 4BFAA 3PY2A 4K7VA 3M47A 3MYPA 1ZCOA 2JGQA 2O7QA 4JDYA 3MYOA 2NLIA 4QISA 4O54A 4O15A 4XTIA 2C16A 5F2GA 2H8XA 2GQ8A 4N9EA 1CI1A 3O63A 4RKAA 1I2RA 1B3OA 4B5NA 1W0MA 1YPFA 4EF9A 5KZMA 4RLIA 3M5YA 2FTPA 1EUAA 4JD4A 2J6XA 3VNDA 3S1VA 1X6UA 3EB2A 3LI0A 4FNUA 2Z6JA 1VYSX 4NJGA 5AYZA 1VYPX 3VFLA 1CX9A 1O95A 1Z41A 3M0ZA 5J5DA 4WOQA 1DBTA 1LLZA 3NA8A 3W74A 1UASA 1V7YA 2YFNA 1JRCA 1WOBA 2GVLA 1MSSA 4JIPA 5DCEA 3WK2A 3G8EA 3CQ0A 1RPXA 3Q94A 4ZQPA 1SSDA 2TYSA 2YSWA 3LLDA 4M7TA 1XFBA 1OFDA 2X1UA 3LXCA 2Y7DA 2HS6A 3LTPA 1LRNA 3PG8A 1TJRA 3M5ZA 4M6PA 2V5LA 4MY8A 1FBAA 1RVGA 6ALDA 3MI2A 1VZWA 3ZS4A 4IOTA 2ALDA 3TFXA 2PURA 4POCA 1QO2A 4AVFA 3TCEA 4GJ1A 1YDVA 2NX1A 3CWNA 1G6CA 3E9AA 4S2CA 3PBUA 3W7JA 2OMAA 1ZALA 2A7NA 1XCFA 3DH7A 2C15A 1NFBA 1XL9A 3LHVA 3MHFA 4MUZA 4NX5A 2NWRA 2X1TA 4DPPA 2B7PA 4ZQCA 4R33A 2X1RA 1KTNA 2H8ZA 2YW3A 4JN6A 2YPIA 4JX6A 2A2IA 2NXIA 4MLRA 5CGQA 3MO7A 3RMJA 1LORA 4X22A 3W7MA 4Z1AA 3G3DA 1W8SA 7TIMA 4RK8A 2WSRA 1YLVA 1LOLA 2QCEA 1GG0A 3NPWA 4XZ9A 4IMDA 3K30A 4CLMA 3LHZA 3ABSA 1SW3A 3QMSA 1QWGA 3P5ZA 3N14A 3NVTA 4NZJA 1ICSA 1NF0A 3R5EA 3LTYA 4DXVA 1AK5A 3MW7A 1LCOA 4O1DA 4EOUA 1WDWA 3O15A 3INPA 1OYBA 1AL8A 4UFHA 5AC7A 5D02A 5I3GA 3PVFA 4LUJA 4NU7A 5DN1A 5LGXA 1EA0A 3T55A 4AB4A 3EX1A 2ZZ2A 3W7OA 3CHVA 1FWTA 3C3NA 1Z48A 3V75A 1FCUA 2EPHA 3W07A 3W86A 2Z0IA 3ABRA 2V2HA 3D0CA 1TTPA 5HINA 4MFEA 1SW0A 3QRHA 4ML9A 3SECA 3H54A 3H55A 3STCA 4WJEA 4Q4KA 1ZFJA 2XFWA 4YCOA 3LCFA 5BOOA 4GFSA 4BF9A 2WKJA 4YL2A 2EKCA 5CKSA 1ALDA 1JCMP 3U8GA 3LCXA 3QQ1A 3HO8A 5TQLA 4R7JA 4HN4A 1VC4A 5HJLA 3I68A 3FIGA 5CZTA 4AAJA 3PUEA 2X2GA 3IRDA 3UWWA 3B05A 2CLMA 1FXPA 3E02A 1OYAA 4ZQRA 2H3DA 1EX5A 4WY0A 8TIMA 3PUOA 4FX8A 3RU6A 1C9DA 1KTBA 3C6CA 3F03K 3CEUA 4FNTA 1KFJA 1IXOA 3W1NA 1QOQA 3WJWA 2ISVA 1GVQA 3LI1A 4E38A 1IIHA 4HHPA 1YXCA 1A5AA 3GNDA 2QAFA 1XXXA 2C3ZA 1X1OA 3DHDA 1YTDA 3FS2A 2EAWA 1GZGA 2ZZ7A 4N6EA 1L6YA 3DFOA 5I3HA 3GK0A 1I2QA 4TR9A 4A2RA 4RV8A 5GVJA 3MMTA 4JTSA 4TIMA 1KV8A 4LWWA 4XUGA 1LZOA 1ML1A 3TA6A 4K36A 3S42A 3S5ZA 2WNQA 1TYGA 3W1XA 1GQNA 1LM1A 3TIMA 3B0VC 3W70A 3HGJA 3F1QA 5FF3A 4HPJA 1KTCA 1LBLA 1SZNA 3EX6A 4OGZA 3BARA 4N9BA 5DXXA 3TAKA 5G5IA 1I4NA 3TAOA 1MXSA 4HIBA 5C5YA 4FIQA 3Q37A 3N2MA 3W1TA 3C56A 1SFLA 5LGZA 2J9YA 1OFRA 3LRMA 1I45A 3AO0A 1K7FA 3TX9A 1TCDA 2DU2A 3PM6A 3EX4A 3BLEA 2FFCA 2QDGA 5DELA 6TIMA 4O17A 4EWND 3B8DA 3JRKA 4PFMA 2YW4A 5BMWA 1ICQA 3W88A 4Y8FA 1G4SA 1NF7A 3CIWA 4ZZ9A 2JK2A 1W5MA 3TQ0A 4DF1A 1EP2A 5K7JA 4XQ6A 1G67A 5D2VA 3UWUA 4A22A 4Z08A 4FXSA 3PC0A 3NOEA 4IMGA 1TPUA 5EY5A 1U5JA 3W75A 3W22A 3NZ1A 1OFBA 1TPC1 4H4IA 4N2YA 3IIPA 5TBOA 3EEGA 1H7OA 4O1BA 3T44A 1GVOA 4DQWA 3KOFA 3GKAA 5LHFA 1SZFA 2Y7FA 1TPVA 3O06A 3QMRA 1WAUA 3EXTA 1S5TA 4AWTA 1BTMA 3DKJA 3HGRA 3BVJA 5CPOA 3UWVA 4GBUA 4DELA 1PVNA 3DFNA 2R14A 3NQGA 3W9ZA 3A24A 1M5WA 3TSBA 3HPZA 4JR5A 3KAOA 2ZZ4A 1WV2A 3ELFA 1OX5A 2TMDA 1TQXA 3LLFA 1SO4A 3STGA 5KITA 4LNYA 5BMXA 4PL2A 4BWLC 1W3NA 1OFPA 3H53A 4BWLA 3GYEA 3MI6A 2CFFA 4IQLA 3STFA 5K3VA 3O07A 3ZR4A 4Z1BA 4L4MA 1PS9A 4UC5A 1A5CA 2QUVA 2ZRVA 5D04C 5FEPA 4JTIA 3LHWA 3M7WA 1XBZA 2C6QA 5FF2A 3TQVA 3LB0A 3MP4A 1SFJA 3NR0A 1P1XA 2ZZ5A 3CPRA 3M9YA 5A5WA 5AYXA 1DKWA 4XKYA 2ABBA 2A4AA 1L6WA 2DORA 4GNJA 3THAA 1XKYA 4I7WA 5K2ZA 1Q6OA 1QR7A 1O94A 3PSVA 2VC6A 1GG1A 1VLIA 1YDOA 1VYRA 3GLCA 1JCNA 5DCDA 1HO1A 3RLVA 3FEMA 5FF0A 1LBMA 4JTHA 4MVAA 3NYZA 2J9ZA 4U28A 1FUYA 1WBJA 2Y85A 4QAIA 4LRSA 3LCWA 1FCVA 3L2IA 3TROA 1KM2A 3PAJA 1TREA 3NZRA 4FEZA 3LHYA 3LBCA 5K4XA 1OFQA 4HNUA 3B0PA 3S5OA 1QMLA 4IX2A 1H50A 4YLWA 4IMCA 3M6YA 4JXCA 5DBTA 1YADA 1HL2A 4NJKA 1K8ZA 3CT7A 3BW3A 1Y0EA 1R47A 3NM1A 5C54A 2CLEA 5U4NA 2QJIA 2V0TA 2WPBA 4LC8A 3U2OA 1V5XA 3N9SA 3GX9A 3DZ1A 3EWXA 1TQJA 3VCRA 3SZ8A 5D33A 2YYUA 4HPXA 3G22A 4GUIA 3QPZA 3DHFA 3W1UA 5IBXC 4O8RA 5IBXA 2W0UA 1FDJA 1VLWA 1PHWA 3E49A 5D05A 3OBKA 1WA3A 3L0GA 3PG9A 1ME7A 2V2DA 2E68A 3L67A 3I7QA 1TPH1 2VEPA 3L0NA 3S1UA 3DAQA 1JQVA 5AHMA 1DL3A 2OT1A 4WQ6A 3SIZA 4AH7A 1DJNA 2IQTA 2ZTJA 2RH9A 1B57A 4M6VA 2CZ5A 2FLIA 1FCQA 5L9FA 3GB6A 2PRHA 4RZ4A 2WO5A 1QAPA 3BGGA 1WOAA 4JYFA 4O1CA 5KZEA 4UR8A 3A9IA 2CZFA 2A0NA 4AF0B 2RDWA 4N9CA 1ADOA 2NXGA 4JTFA 4OE7A 4XTDA 4XKYB 2JBMA 1X1ZA 3IIZA 5EMUA 1KM3A 4LRTA 5CPMA 4MZYA 1ZY9A 3W2UA 2NWSA 4AWUA 1TRDA 4ZMGA 3I65A 4Z1CA 3HOJA 2JGYA 3NPVA 2CLIA 1EPXA 3PBVA 4A3UA 4UXDA 2E5DA 1DVJA 4UTLA 5AOUA 3GR8A 2YGYA 4IXXA 4NNBA 1GJPA 3CB8A 3C2EA 5D2WA 1MEIA 5I3KA 1XI3A 4IGHA 2Q3OA 2GQAA 1RQHA 1FX6A 3S1WA 1R2SA 3HF3A 1SO6A 3L9CA 1IXNA 3NQVA 1K8YA 4PEKA 5LNWA 2QCNA 3M44A 1C29A 1JUKA 5CZJA 1XBXA 3S9YA 1EWEA 2QCFA 3LCGA 2BLEA 3SFKA 1TV8A 5H91A 3W87A 4DO5A 1EIXA 3PS7A 3TUUA 3PB0A 1CW2A 4K38A 2B7QA 1JCJA 4R53A 3W7RA 2ZTKA 4WUIA 1MEHA 3N19B 3GKFA 5U7SA 3NL3A 3OHIA 1BEUA 2W6RA 5AC8A 2ATMA 4PL1A 1ZNNA 1R30A 3M41A 4X9SA 1W3TA 4FXRA 3DENA 1FWWA 5CPLA 1F05A 1KFCA 4LC6A 3N73A 1THFD 1VCVA 2LLEA 4DF2A 3P8IA 2Q8ZA 1TJPA 3TR2A 1XM3A 2GJNA 1OX6A 2HS8A 1M7PA 3UWZA 4YWIA 4UCGA 1F74A 3TE9A 4CNNA 5D32A 2PRMA 1KFEA 3Q58A 1B4KA 4OHQA 4IUOA 1BWLA 4O13A 2R94A 2QCGA 2Y89A 1UBSA 3PB2A 3IGUA 4DF0A 1JQXA 1JUEA 2PRLA 3P5YA 3WJXA 1RQBA 2QAPA 3E96A 4HSNA 3EWZA 4HKPA 4O14A 1AMKA 4PC8A 2A5HA 3VE9A 4MY9A 3GAYA 3W2NA 4RCXA 1JULA 1K7EA 2C13A 1H7WA 1WQ5A 3TNOA 1ME9A 4TMCA 1ZAHA 4UFMA 4CCEA 4NJIA 1VHCA 3SJ3A 1RQEA 3SW6A 3CWOX 4DBEA 3MI3A 1KLYA 2JKAA 3WJYA 1UB3A 3W7GA 4MJMA 4M7SA 2X30A 4ADSA 3DU0A 4Y6GA 1L9WA 5AHEA 4UFLA 2RFGA 3SY5A 5H2ZA 2F7FA 3L66A 3OEXA 3TKFA 3T78A 1B4EA 3TSDA 4MZ1A 1F6KA 3W71A 2GVJA 4O11A 3BG3A 4CQ9A 3T4CA 1LP6A 1A5SA 2CLFA 2B7NA 1OFAA 2GUUA 3KHJA 2E6YA 3W84A 2Z6IA 4UIOA 2BSLA 1JJKA 2NUXA 5HMSA 4S2BA 3TXZA 1ZENA 3G3MA 5K9CA 4KFOA 5I3FA 2CLOA 3W1MA 2E6DA 3C8FA 2QEZA 2NXHA 1TTIA 1G4PA 2G97A 4K8EA 3UWQA 1TB3A 1T99A 2QKFA 2J24A 2ZRWA 4LVBA 2QCDB 3B4UA 4LVDA 3SGUA 3FKRA 4GUJA 3B06A 1RZMA 3IVTA 3CTLA 3WJZA 3TV8A 1PIIA 1KM5A 1JCXA 1WXJA 1OFEA 2AGKA 1G7UA 4L4LA 4MFDA 3EWUA 3IIOA 3A5VA 3E0IA 4NVTA 2G95A 1J4EA 1TSIA 3HG2A 3NQCA 4O4VA 4FNRA 4WZHA 4HNVA 4N02A 1D3GA 1IXQA 5K9XA 3RNDA 3QZEA 1XBVA 1IF2A 5FI8A 2RDTA 3FA5A 5FF7A 5C55A 3TSMA 2QJHA 5F4WA 5G4WA 4A29A 4R34A 3DFPA 1GYNA 3TFCA 1GEQA 3NQ6A 4X3ZA 1SZGA 1W56A 5FESA 3PUDA 2CW6A 1OK6A 3TK7A 1UCWA 4M5PA 3DI1A 2FB3A 1EEPA 3MBDA 1KA9F 3NO5A 5BRBA 3RF9A 5AC6A 3KVJA 3LRKA 3FOKA 3F4WA 1J2WA 4HSOA 3NG3A 3LV5A 2ZBTA 5CPNA 3IGXA 1SO3A 3G1SA 3P82A 1LRTA 3S5NA 1OJXA 2DZWA 2QCLA 2YZRA 3GXTA 4UFKA 1RV8A 3USBA 4H6KA 2G5WA 4O53A 4LW7A 3MUXA 3NL5A 3MWAA 3WJSA 1N55A 2TPSA 4RXGA 3S0CA 2J9XA 3NM3A 4O28A 1DV7A 4IX0A 3LHUA 1LTDA 4JY8A 3CM4A 3HB9A 3I6RA 3NGJA 2ZFAA 3SI9A 2DP3A 2ISWA 3A21A 1H51A 3RFAA 4OV9A 4ZVJA 1TV7A 3UD6A 3PSWA 4UTWC 3GIYA 3BLIA 5E93A 3W1PA 5BW6A 1SZEA 4UTWA 5CG7A 4NT0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RX3 A;  1L2U A;  3W7N A;  1XRF A;  3H8A A;  3CUX A;  2BX7 A;  4PUW A;  3WD4 A;  4QIT A;  1HF6 A;  1W8G A;  4YS1 A;  4I7U A;  5DO8 A;  3O6Y X;  3EKL A;  3OG2 A;  4Q8P A;  1OAB A;  3E1F 1;  3CYJ A;  3VIF A;  1N2V A;  4FP1 A;  1CXK A;  5CAH A;  1OHL A;  1UKP A;  3W7I A;  4XD6 A;  2PCQ A;  1H5Y A;  4GX9 A;  3DFT A;  2ZYF A;  4TV6 A;  3WF1 A;  3VM7 A;  2RGM A;  2NV9 A;  2CU0 A;  3B8S A;  3MU7 A;  4L9Z A;  3CZG A;  1RA0 A;  5JXQ A;  1LOQ A;  5D9O A;  3A6O A;  1GQI A;  1TPE A;  3UER A;  4AD1 A;  4ZXO A;  2AGT A;  4FLQ A;  8XIM A;  3FCP A;  5LA2 A;  2WHK A;  1PKY A;  3AHY A;  4CN6 A;  3M6D A;  3VOG A;  3OG3 A;  2VEI A;  4HD5 A;  2YDA A;  1BKS A;  4Q33 A;  3TC3 A;  2DT1 A;  1EJR C;  1A0D A;  2IKI A;  4GUF A;  1SSG A;  3S2L A;  1QFE A;  3MHU A;  3RIL A;  3D6N A;  3WEN A;  2ACS A;  5CBI A;  1S1R A;  5AVH A;  4EK7 A;  3PY2 A;  1C7S A;  3U4F A;  1FH8 A;  4JDY A;  1XFC A;  1V0M A;  3B0X A;  1QWK A;  2VI0 A;  3TTQ A;  4A35 A;  4XO6 A;  4LBU A;  4RKA A;  1T7L A;  1S1P A;  4K68 A;  1B3O A;  4Z2H A;  1CEC A; 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