5EPDA

Crystal structure of glycerol trinitrate reductase xdpb from agrobacterium sp. r89-1 (apo form)
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
361
structure length
348
Chain Sequence
TLFQPTSLGAITLANRIVMAPLTRNRAGAGFVPGELTAGYYAQRASAGLIISEATQISQQGQGYQDTPGIYTQAQIDGWKKVTAAVHKKGGRIVLQLWHVGRISHVNLQPNGGAPVAPSAIRAEVKTFVNNGFVDVSEPRALELEELAGIVDDFRKAAANSIEAGFDGVEVHGANGYLLEQFAKDGANMRTDTYGGSVENRARLMLEVTAAVAQEIGPERTGIRISPVSPANGISCSDPQTQYDYIVDKLDALGIAYIHVVEPFDYGSLRRRFSRTYIANDLELATSHLADGRADLIAFGRPFIANPDLVERLQSGAPLAEVNAAKIFGGSAAGYTDYPRFSETTSDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol trinitrate reductase
molecule tags Oxidorecctase
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 125
structure length 348
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5epdA00
2NUXA 4MY9A 1C8VA 1ZCOA 3N73A 4AXKA 4GWEA 3G0SA 4HKPA 4RJEA 4UTLA 3LX9A 4IPJA 3W84A 4R33A 2I14A 5F2GA 2YXGA 1UUOA 1BEUA 1J5TA 3EXTA 3OA3A 3JS3A 4KFPA 2C1HA 5IBXA 7TIMA 3GDMA 3I65A 1H1ZA 1SW3A 3Q2DA 1XBZA 3DFSA 3NL5A 2FB2A 5E93A 4RZ5A 3A5FA 3P5ZA 4IMFA 3USBA 4M7SA 2J9YA 2TRSA 1OX4B 3R12A 2VEMA 3LGEA 3DHDA 1SFJA 1L6WA 4AH7A 3KXQA 5AC8A 4AB4A 4DELA 2RDTA 2B7NA 3T40A 3W7HA 3UQNA 3PBWA 4Y9AA 4O1AA 2ABBA 4FIQA 4O0KA 4I7UA 1R46A 2NX1A 1SO6A 3EWBX 3W73A 3MMTA 3GR8A 4S1FA 1O94A 4O57A 3G3MA 1GZGA 1YDNA 3C2FA 4UNLA 2E5CA 1I45A 5KZDA 1FWSA 2ALDA 4DPQA 3PUOA 1ME9A 4OE7A 3O1NA 4FX6M 3P67A 1EUAA 1JRBA 2ZZ7A 3IV3A 4BWLA 3PY2A 1OABA 2GUUA 5C2XA 1X7FA 2QDGA 1TPUA 4Z1AA 3NR0A 4RXFA 3JRKA 3QQ0A 4IOTA 1B4KA 5CSSA 5F1UA 2EPHA 3NXFA 4ZL1A 3YPIA 4JICA 2CWNA 3T55A 5C54A 5KMYA 1CI1A 1R2RA 4GUGA 3IIPA 4ZMGA 3P80A 3KVMA 2AQWA 5CZTA 1FDJA 1G4TA 2VEKA 4MY1A 4CNNA 4EVZA 1LBLA 3FA5A 3NQAA 5DCEA 4JTTA 1FDYA 3E0IA 3W1TA 3CTLA 1H7OA 3HJZA 5LNSA 4HHPA 5FF2A 1W56A 1OK4A 2GVJA 3P5YA 5BOOA 1MEIA 3VE7A 5D33A 1S5WA 1A5BA 4NNBA 1PS9A 2NXIA 3HGOA 1LCOA 1JCYA 4UC5A 3HPSA 4AMAA 2ZYFA 3W71A 4CQ9A 3W74A 3TW7A 4MLRA 2DZPA 2DZSA 1I2RA 3DAQA 3WJYA 4UTIA 1H7WA 4RCXA 3LRLA 4Y6GA 1FQ0A 2QCCA 3T4CA 4H3DA 4NZJA 3CPRA 2VELA 2J9ZA 3ABQA 3CEPA 3RU6A 3M1ZA 2Z6JA 2DORA 2YYTA 2DU2A 4K8HA 4NJGA 1DHPA 1HUVA 3NQFA 5HR7A 4JN6A 4MUZA 1HO4A 3VCRA 1KTNA 4AWTA 5EY5A 3W70A 4WQ6A 2JKEA 5CZJA 3W7IA 1KM2A 3L5MA 4MFDA 1KTCA 2FQIA 2VXNA 1ZALA 3PUEA 2C19A 1ICPA 1TJRA 4O4WA 1O4UA 3PBUA 1S3HA 1FBAA 3IVTA 4JDYA 2GQAA 3B05A 3LM7A 3SGZA 4UTTA 2VEIA 2J6XA 4XZ9A 2V0TA 4FNQA 2Z1BA 4BI7A 4I7WA 3RLVA 4EIVA 3GDKA 1K7XA 5DCDA 4O1DA 3W3OA 1O60A 4LS0A 3WFAA 1OF8A 3O06A 4DF0A 4NJKA 2H8ZA 4Z1DA 3M7WA 5CSRA 2DJXA 4R7JA 1DVJA 2CU0A 3G1YA 4IXHA 2XN1A 3GDRA 1ME8A 1YPFA 4YXGA 3NL2A 3T7VA 4MOZA 1DQWA 4FIRA 3H53A 1UASA 2Y88A 1KM4A 3P7YA 4PCFA 5SWUA 5CG7A 3LLDA 1T96A 5AN7A 3MUXA 4YL2A 1WBHA 2GQ9A 3QSTA 1EP2A 2WV8A 2ZA2A 4PA8A 2Y63A 2WO5A 2TMDA 3G1SA 1SZEA 3EX4A 2X30A 3EKLA 2VFDA 2XN0A 2YFOA 4TU1A 2A7NA 1Q3NA 3TMLA 3TAKA 1SU5A 3NAVA 3GLCA 5HMSA 1LBFA 3NQCA 3SFKA 3HPXA 4QNWA 3GXNA 1YDVA 3LHYA 3P84A 2QCFA 4IJBA 4BR1A 4JYEA 1GTEA 4E2BA 1KV5A 1KFJA 4K8EA 2ZFAA 1X8FA 4R34A 1EP1A 5EPDA 3B8DA 2YGYA 1RPXA 3L0NA 4N6EA 1T0OA 1EIXA 2E77A 3IGXA 4WXYA 3OHIA 1B57A 2NXHA 3W7JA 2BTMA 2BSLA 1FCVA 2TPSA 2VENA 4ADUA 2WNQA 3STEA 2CZ5A 4BI6A 3HF3A 4NXKA 4LC8A 1OFPA 1I8JA 5IM51 3GIYA 3PM6A 4PTNA 1QNVA 2Y7GA 3V75A 5LSMA 1RVGA 3HGRA 1XBVA 4CQAA 2UV8G 4G1KA 4EF8A 3Q94A 4DEFA 2PRLA 1C29A 3W6YA 1IXNA 1RZMA 1XCFA 4EF9A 2A7RA 4LVFA 3M0ZA 3MHFA 4UTKA 2V2HA 3RNDA 3BK0A 3M9YA 4WY0F 4GXMA 3WK1A 3LCWA 1JULA 4UR7A 3FYOA 3M44A 2E09A 3HO8A 3T44A 5AOUA 1OX6A 5FF4A 5AYZA 3LXCA 1WAUA 1CW2A 4JNMA 1W5QA 4TIMA 3QF0A 3O07A 6TIMA 3W2LA 1K02A 1N7KA 3GXPA 4E2DA 2YPIA 1IIGA 3B03A 4LRSA 4NVTA 3ELFA 5F4WA 1DL3A 2YZRA 2GOUA 4AAJA 1XC4A 1XDLA 3ATZA 1YXCA 2G96A 3OVRA 3CEUA 4HT3A 3TC7A 1W5NA 4Q4KA 2WNNA 5FF3A 1VH7A 3R5EA 1K8XA 2CW6A 4FNRA 1LRTA 4XTDA 4UMCA 3U2OA 2Y61A 2J9XA 2V2DA 1JJKA 4N9DA 4DQWA 4O15A 3NQEA 3BGJA 3BLIA 4JTHA 1G7VA 3WK0A 3UWZA 4PODA 1TPWA 4LUJA 2Y7DA 1LDCA 3LV6A 2ABAA 1VCVA 4ZQNA 3W7GA 3E02A 4WD0A 5K4XA 3LDVA 4PFMA 1GVFA 1WDWA 3LRKA 1R2SA 2QJHA 2BWGA 2TSYA 3TFXA 3FJLA 4PH6A 4N9CA 4GUFA 3O8AA 1VYRA 1MSSA 3QH2A 1FCUA 2DZWA 1NVMA 3NM3A 3PUDA 2P1FA 4Z0SA 3ZFHA 3MI3A 1EWEA 2E5BA 5AB3A 4ORMA 1TV7A 4NNAA 2HS6A 3BG9A 4IGHA 3EKZA 3GR7A 3WJXA 1KTBA 2FIQA 2ZA3A 1EEPA 1W1ZA 1VHCA 3CM4A 3LOTA 5DCBA 1SO5A 3QPZA 4JTJA 3PB0A 1MXSA 2ZRYA 3HBLA 5D38A 3WJZA 1FXQA 2HS8A 4HPJA 3C56A 3EXRA 3IIZA 1Q6OA 1LM1A 1OFQA 4K37A 4UR8A 2ZQ0A 3CIXA 3DXIA 3M5VA 2V8ZA 4IXXA 1TPB1 1JUBA 1L6SA 3UD6A 3MO7A 1DQXA 2QUTA 1VCGA 4UFJA 3B06A 1VHNA 1W31A 3L66A 5C5YA 2JGYA 2B7PA 2QUUA 4U28A 1NSJA 4I9AA 2HMCA 3NZRA 3PSVA 3A9IA 1P0KA 1W5OA 2V82A 1WOAA 5KITA 4WX2A 3GX9A 2ZRXA 4HNVA 1IXQA 3UXDA 4UTUA 1LOQA 1WXJA 3P8IA 1WX0A 1QO2A 1JUKA 4OU1A 1JCMP 3MBDA 3QMTA 3L21A 1R47A 1AG1O 3NQMA 4M6PA 3S0CA 2YW3A 3M6YA 4JEQA 1OYAA 1OFOA 1TTPA 5D05A 4UMBA 5HWJA 3A21A 4XBKA 2WKJA 5HUOA 1UJPA 2Q3RA 3TX9A 2FLIA 4HPXA 3NDOA 5L9FA 1BKSA 1H61A 3H54A 3C2OA 3D0CA 3G1VA 3K30A 3DFPA 1XBXA 4RV8A 1YXYA 5FEXA 3I68A 2DZTA 3PB2A 2VOMA 1B9BA 3RF9A 3KRSA 3DENA 2QKFA 5ABTA 1HG3A 4O53A 5LGXA 2XFWA 2DZVA 3QZEA 1MO0A 4O1CA 1GYLA 3O15A 3W87A 4TMBA 2CLIA 4CCCA 2CLEA 1QWGA 1P5BA 4NJJA 3L67A 1OYBA 4RZ4A 3E96A 4O50A 4RLIA 5LGZA 3FKKA 5LNRA 1GPWA 2C6QA 3F03K 1ME7A 1B3OA 1SSDA 3M5YA 1AW5A 3SI9A 1GQNA 3W2JA 4KWWA 3FIGA 4KFOA 1PE1A 3NOEA 1H7XA 3C0JA 2G5WA 1L2UA 5HNRA 1IXOA 2ZCGA 3S5OA 1FWWA 3CIWA 2E68A 2NUYA 1BWLA 4JIPA 3INPA 3KVKA 1W8SA 1QPQA 3DFQA 2ZA1A 3TC6A 4O8RA 3W9ZA 5A8GA 2NX9A 1H7NA 5MHBA 4Z08A 1VQTA 3HQ1A 1VS1A 1XL9A 2B7OA 2O7SA 1LRNA 4XKYA 2PRMA 1TTIA 5E0KA 5C6MA 1H63A 4WJEA 2OX1A 2EAWA 3TROA 4ICNA 4UFIA 4M19A 2X16A 3R2GA 1PHWA 3O05A 2GVGA 3NVTA 4WY0B 2Y6ZA 4IUOA 3P82A 2ZRWA 3HG4A 3MYOA 3TNOA 1FWNA 4JXCA 5EBUA 2ZZ2A 4OHQA 2RDUA 3W7LA 3O6YX 4PL1A 2IQTA 3HPZA 1SZFA 4M7TA 3CWOX 4IWWA 1TPVA 4OQVA 4HIBA 3TMQA 1KLZA 1K8YA 3C2VA 1JR1A 1J4EA 3UWYA 1XUZA 4JYDA 4ZQOA 3M5ZA 5LHEA 4IPIA 5KZEA 3C4UA 3P8JA 3EX1A 3P81A 2QJGA 1D3GA 4C1LA 3TR2A 1JCNA 4Q33A 1P4CA 3G18A 3BLFA 3W2UA 2QCLA 4FNSA 4I7VA 2YR1A 1FWTA 3LBCA 3NQVA 1KBJA 3STGA 1W3NA 3EX6A 3G1DA 3L68A 5TIMA 3KVJA 4UTWA 5LHFA 4NXSA 1OX4A 3H55A 1YLVA 4NX5A 2JBMA 5BMXA 1ZENA 2A2IA 1WBJA 1UB3A 3IIXA 1TPEA 2GJLA 3GKAA 1EA0A 5HWNA 4KFNA 1FCQA 3MYPA 1EPXA 3N14A 4K39A 1H7RA 1RR2A 2DP3A 1GG1A 3NM1A 4N9BA 4GBUA 1JQVA 1TIMA 1UBSA 2FPVA 3RFAA 3W2NA 3UY7A 3P61A 2JK2A 2A6NA 3C8FA 3NA8A 4J9JA 1KM0A 5U4NA 5KZMA 2EKCA 2X1TA 4B5NA 4O52A 4CLMA 3B4UA 3B0VC 3EX3A 1VRDA 3E12A 3W7RA 4QQ3A 1NF0A 1T99A 3W85A 3F4NA 5K9XA 2D73A 3STFA 3IIOA 3HGJA 1M7OA 2RDWA 4NT0A 3W07A 3S1WA 3W7DA 5DLCA 5BNKA 1JVNA 2E6FA 1ZAJA 4AWSA 1JQXA 1SQ7A 3EXSA 1OYCA 3W83A 3C2RA 3SSJA 4WOQA 3R13A 5DELA 2VEPA 3P60A 1OFBA 2CZFA 2ZRUA 2C0AA 1H51A 2BXVA 1SR9A 3WJWA 3QC3A 3G24A 3W2MA 3HGSA 4JTFA 2O7QA 5AC7A 3UWQA 4U4MA 3LCHA 3IIVA 3TSMA 4LVBA 4M5PA 2H3BA 1DJQA 1ICSA 1SZNA 4DXVA 1PHQA 4HN4A 1XDMA 4ADSA 3HMJG 3BG5A 3VFLA 3QMRA 3S9YA 3W7PA 5D02A 4AF0B 3QW3A 4JTIA 2JKAA 3L2IA 3LTSA 4FNUA 1VPXA 3PWAA 2AAMA 4MLJA 5DY3A 3G22A 3LCLA 3R8RA 3LCXA 2Z2UA 4JX5A 1ZNNA 2I9EA 1AW1A 1J2WA 2Y62A 2FB3A 3PC0A 4LV4A 3KOFA 1A5AA 2CLHA 4MYAA 5HR6A 2AGKA 2Q3OA 3NZ1A 3LRMA 2B7QA 1OX5A 1EP3A 5FEZA 4N2YA 2V2CA 2BX7A 4FNTA 5FEPA 3N9RA 3CLMA 3UY8A 1T8XA 4IMDA 5D32A 1SSGA 1YADA 3PSWA 1JCJA 3VE9A 1TREA 2GPTA 3ABRA 3C3NA 3G1AA 3DHFA 3GB6A 3VKJA 4NUWA 3OBKA 3PBYA 4X3ZA 2CLMA 3LLFA 3S5YA 4AHPA 4GE8A 3ZR4A 2ZTKA 2A1YA 1YPIA 2OCZA 1FY6A 3LHZA 3IEBA 1WOBA 3NL6A 2ZZ4A 1ZAHA 3NG3A 2W79A 1OF6A 3L5AA 2V81A 4LVGA 4NQ1A 4RZ6A 1DOSA 1XFBA 2VKZG 3HIJA 4FO4A 1FXPA 3FJ6A 3ATYA 3BW3A 1G7UA 4KKXA 2VFEA 3V1PA 2A7PA 1PV8A 4N4QA 5LZLA 3LCFA 1PIIA 3TE9A 4X9SA 3FOKA 3HG5A 3GAKA 4MJZA 1FUYA 1W54A 1NFBA 3N34A 2X1SA 2ZBTA 4AWUA 2ZRZA 4O12A 4O4VA 4O0ZA 3CU2A 4E38A 2FTPA 3FS2A 3UWWA 3SGUA 1RD5A 2R14A 3PVFA 3NQDA 4FNPA 3N9SA 4QNEA 5D2XA 4H6KA 2DZXA 5CPLA 5CPMA 4MFEA 5EMUA 4E0CA 5I3IA 3OVQA 3T78A 5G2WA 1W0MA 1EB3A 1K8ZA 3NPVA 4C1KA 4XUGA 3LHVA 2ISSA 2FPTA 1UCWA 2YX0A 1A5SA 5BMWA 1XM3A 1RQBA 1LRQA 4JY9A 3QW4B 3TH6A 3W7NA 2CZDA 1FDZA 3E49A 3GXTA 4OV4A 4YCOA 1VZWA 3LI1A 3M16A 1KM6A 3NEVA 4LUIA 5AHLA 4LV9A 4O28A 3NQ7A 4O14A 1BTMA 1AL8A 1IXPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4UQB A;  3H12 A;  3B40 A;  1F3E A;  1VFO A;  3ZST A;  3E2Q A;  4AXK A;  4HKP A;  1MQQ A;  5ABH A;  1OAD A;  4JFS A;  5F2G A;  4HA1 A;  3D47 A;  3GWQ A;  3MCO A;  1BEU A;  1J5T A;  3EXT A;  4KFP A;  3TTE A;  2XJ7 A;  4WSK A;  4M1R A;  4AXN A;  1SW3 A;  2QYG A;  4Y8E A;  2YXO A;  1V6Y A;  3NL5 A;  5A95 A;  2OB3 A;  2OYM A;  4M7S A;  3UZY A;  2EJA A;  2VEM A;  1Z6K A;  4QQU A;  2V69 A;  5A1A A;  3LGE A;  4AYS A;  2J75 A;  4XVE A;  1SFJ A;  3NZQ A;  3KP0 A;  4AH7 A;  2D3L A;  3KXQ A;  4U2Y A;  3LQG A;  4FOJ A;  1Q4N X;  1TX0 A;  3N29 A;  1R46 A;  1OD8 A;  1SO6 A;  1UWR A;  3WH6 A;  3WX7 A;  4S1F A;  4O57 A;  3G3M A;  1YDN A;  1YNY A;  1FWS A;  3PUO A;  1ME9 A;  2CLP A;  4FX6 M;  1EUA A;  1NWT A;  2ZZ7 A;  1XIB A;  3PY2 A;  1OAB A;  4B5X A;  5C2X A;  4Z1A A;  4RXF A;  3QZA A;  1Q6G A;  3JRK A;  4W8B A;  5C71 A;  2GJP A;  2VGI A;  2BGQ A;  4LCQ A;  1UR4 A;  3VCC A;  4JIC A;  4AD0 A;  3B9N A;  5C54 A;  5KMY A;  1CI1 A;  2J13 A;  5IHS A;  2AQW A;  4NZ1 A;  3VGB A;  4A3Q A;  1Q2S A;  4MY1 A;  1AJ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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