5FEP | Genus

Total Genus 141

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	346
structure length	345
Chain Sequence	TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__848522102549219__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__848522102549219__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5FEP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__848522102549219__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"848522102549219","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5FEP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__848522102549219__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d010cb46653229d1f8e2bd5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d010cb46653229d1f8e2bd5/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d010cb46653229d1f8e2bd5/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d010cb46653229d1f8e2bd5/pdb.gz): 85 ms

reading 345 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

345 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:344});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE. pubmed doi rcsb
molecule keywords	[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
total genus	141
structure length	345
sequence length	346
ec nomenclature	ec 1.8.-.-:
pdb deposition date	2015-12-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF06968	BATS	Biotin and Thiamin Synthesis associated domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5fepA00

2V2HA 3PR2A 5HJLA 5KITA 1S5VA 3WK1A 5D2XA 2A6LA 4BI6A 2Y89A 5E93A 5AOUA 1GZGA 4O8RA 2Y7GA 1F6PA 4WXZA 5G4WA 3STCA 3TJXA 2YR1A 1I2OA 1H7NA 2QCGA 2Y7DA 3QSTA 3L66A 1GVOA 1EWEA 1L2UA 1PHWA 2ZBTA 1H1YA 1OFPA 4UC5A 4I9AA 6ALDA 3NPVA 3GXPA 1G6CA 1THFD 2ZZ4A 4GUJA 3PBUA 2FQIA 3TV8A 1QPOA 3VE9A 2A1YA 4WOZA 3UD6A 1H7OA 1G67A 3B03A 2QJHA 4NXSA 3ABSA 3TCEA 4HSNA 4K8EA 1LORA 3C61A 3TKFA 1NAL1 3MO7A 1PCKA 3NA8A 1OFAA 3W76A 3C2RA 1P0KA 4O52A 4XZ9A 4BFAA 4QAIA 1GWJA 4UNKA 1I2PA 3W9ZA 4LVFA 5K2ZA 4ORMA 4HNVA 4UTWC 3GK0A 3HPZA 3TJLA 5F1VA 1JCJA 1H51A 2Z1BA 5AHFA 4PA8A 4MLJA 3CB8A 4O1DA 1QR7A 4QJ1A 3GB6A 1HO4A 1SSDA 4OE7A 3TQ0A 5D32A 4BI5A 3UWWA 3UWUA 1WA3A 3FKRA 4O50A 2ZRXA 3S1VA 1EPXA 1X7FA 3LOTA 3WJXA 2E6AA 1QNVA 2ATMA 1W5NA 4IQLA 2YYTA 1F2JA 2O7SA 1L6YA 5HR7A 1KM4A 1TTIA 2YPIA 4IUOA 4AHOA 1TPC1 3N2MA 4JTIA 3LHUA 1M5WA 1VC4A 1TTJA 4DF2A 1YYAA 1FWWA 1QOQA 2WNNA 2V82A 4WUIA 3C3NA 1OX4A 4QM1A 2PC4A 2BXVA 1B4EA 1EEPA 1DV7A 1KBIA 3L0KA 4FNUA 2LLEA 4U4MA 3W7PA 3L68A 3FLUA 4CQ9A 4FX8A 4ZQRA 3LRKA 4UTIA 1C9DA 1Q6RA 1EUNA 3DH7A 4JICA 3F4NA 3DKLA 3EKZA 3QH2A 3GDRA 3C56A 2DZUA 4IXXA 2HMCA 1TYGA 5KZDA 5TQLA 3O16A 1DVJA 3WFAA 5AHIA 1QMLA 3SGZA 1DL3A 2NX9A 3M7WA 4P61A 3KVJA 3V1PA 1QPNA 4MFEA 2CLMA 3NGJA 3VCRA 2B7OA 4MKNA 4GJ1A 3W07A 3UXAA 4X9SA 3DI1A 3W85A 4I7WA 1W5QA 3SIZA 1CX9A 1FBAA 1A5CA 5EA9A 5D09A 2YDAA 1R2RA 3L67A 1LOLA 3GKAA 3M9YA 4IJBA 1U5JA 3FJLA 1ICQA 1OABA 4ADUA 3N19B 4Z1BA 2DZWA 4MY1A 1NVMA 2WJZA 1T0OA 2G96A 3O15A 1TJPA 3HG2A 1F74A 2QR6A 3T78A 2VC6A 5DY3A 3CT7A 3PUEA 1FQ0A 5E1QA 1KTBA 2AGKA 5BNKA 2G95A 3MJYA 3M41A 3HIJA 4UNLA 5BW6A 3B05A 3HG5A 5HUOA 5HWNA 1EA0A 3NQ2A 3CC1A 1YDVA 3W7LA 3GAKA 1UCWA 4UUIA 4DO5A 4IXHA 3IIOA 2VEMA 1GPWA 3ABRA 5DXYA 4Y96A 1L6SA 5L9FA 1JUKA 4R7JA 2FIQA 1ZAHA 5LGZA 4FNTA 3SFKA 3W1RA 1FY6A 3I7QA 2X16A 5CZTA 1XBVA 2ZTJA 4UTHA 4H4IA 1ZENA 3W7NA 3PSVA 1X1ZA 3EX4A 3NL2A 3W1TA 3LDVA 1G7UA 1RV8A 1KFJA 2CLOA 3BG3A 3TUUA 1LP6A 2ZZ5A 1JUEA 3W2UA 3TW6A 4CCEA 3IVUA 3TSMA 5AHMA 2E6DA 5G4EA 1TPVA 4DBDA 2DP3A 5DBTA 4TO8A 3LRLA 4AEOA 1IXNA 1JQXA 3BGJA 4MZ1A 4LVGA 4JN6A 1TSIA 1W37A 4X22A 1YPIA 1FDZA 2ZRWA 4MZYA 2CU0A 3PM6A 3PBWA 4O18A 1R47A 3W7DA 3NQVA 4LOCA 4A22A 2YFNA 2HTMA 8TIMA 3K30A 2EF9A 5CSRA 1IXPA 4EF8A 1K7XA 1TPFA 3NNTA 3PWAA 4NJKA 1QO5A 4MPQA 4O4WA 2A7NA 2PRMA 4EIVA 4LUJA 2TRSA 2R8WA 5AYZA 3T7VA 3UY7A 1LOSA 2ZRUA 4YCPA 5J5DA 2A7PA 3HBLA 3KOFA 1EUAA 1GYNA 1OK4A 2CLKA 2H8XA 1DJQA 4CCDA 4GE8A 4IOTA 2ABAA 3B04A 6TIMA 1N55A 2A0NA 5K3VA 1LTDA 3A5FA 4WD0A 3C2OA 2NV1A 1LRTA 5HUPA 2V30A 2FPTA 2WV8A 5K9CA 5C6MA 2ZA1A 1YADA 2Y6ZA 3QC3A 3STGA 3LHZA 4Q4KA 4UR8A 4XWUA 2V0TA 1TB3A 4WX2A 1UBSA 4HPJA 2P10A 4ZQNA 1OX5A 1HUVA 1GEQA 4WJEA 4Y9AA 4IMEA 4QISA 3ZWTA 4XKYB 1JCYA 2YGYA 3E96A 2NXGA 3LHYA 3TQKA 1KFCA 1DJNA 2QCFA 1W5OA 3DHFA 1OFRA 5F4WA 3NM1A 5LNUA 1KV8A 5HR6A 3RU6A 1T99A 3TSDA 4DEFA 1I2RA 4YMZA 3ABOA 2V8ZA 3B8DA 2WSYA 3GNDA 3TMQA 3FFSA 1K03A 2BLEA 4UMCA 3G22A 4NT0A 3SGUA 1P4CA 3GNNA 3MI2A 1VPXA 1QCWA 3G8EA 1MEWA 4RZ5A 3W1LA 1WQ5A 3EWUA 4AMAA 1KLZA 1MXSA 5I3KA 1ZHAA 2ZDRA 1HFBA 2ATSA 3KFTA 1VCVA 2A5HA 1WX0A 4Z08A 4TU1A 3RLVA 3LBCA 2V81A 3B4UA 3CU2A 1OX4B 1TPWA 3PB2A 3MP4A 4RZ6A 2QDHA 3LHTA 1D3GA 1MO0A 2X1TA 1YXDA 3O07A 3ZR4A 3S5NA 1QAPA 3MW7A 2CFFA 4O1BA 2E6FA 1JQVA 1J2WA 1ADOA 1PV8A 1VGAA 4RR4A 3T40A 3PUDA 1VR6A 1Z42A 2J6XA 3G0SA 3M5ZA 5F2IA 3NYZA 5DELA 3M0ZA 5LZLA 3BO9A 1H61A 3W86A 3PC0A 4BR1A 1VHCA 1JCMP 4XBKA 4FIQA 1RR2A 3LBMA 3WJSA 1YTKA 4MFDA 5DXXA 3NL3A 3O63A 3NM3A 3HG3A 4YWIA 2YW4A 2XFWA 2FB3A 2B7PA 4M6QA 4CQAA 1AW1A 1O95A 2JGYA 3G3DA 3IRDA 3NZRA 5A5WA 2A85A 3PF3A 3Q58A 1XUZA 5TBOA 2V2DA 4A29A 3T44A 2ISWA 2NZLA 1HO1A 5D02A 3TU9A 3GVGA 1XKYA 3LV5A 1L6WA 3KAOA 1VYSX 3M5YA 4JGDA 3CEPA 3B0UX 3OVRA 3KVLA 2WSQA 5FI8A 4DO4A 2R14A 3NO5A 4YXGA 1ZJIA 1IF2A 1GTHA 3N9RA 1MSSA 3S42A 2W0UA 5DN1A 2GQ9A 3W2KA 1OF8A 1LM1A 1DORA 3UWQA 4JIPA 3U6WA 5I3HA 2ZTKA 5MHBA 5AYYA 1H7XA 3DU0A 5D38A 2WNZA 2QEZA 3IIPA 2R91A 1LROA 3MBDA 2VFFA 5LNVA 4NXKA 1FCUA 1JCXA 2GJNA 4WY0A 2PRHA 3L21A 3HF3A 2RDUA 3RLUA 1ONRA 3TXZA 4DF1A 5AHNA 2NWSA 3G8RA 4UTWA 4ZQOA 1NFBA 1KM5A 3MMTA 3G18A 2G97A 1GG1A 4X2RA 3BK0A 4NVTA 2ZYFA 5EL1A 5SWUA 2FLIA 3IVTA 2TSYA 3VI2A 3IV3A 3I6RA 4HKPA 4UFKA 3NQAA 3PVFA 4W9TA 3JRKA 3LGEA 4UTLA 2ZQ0A 3UZJA 3NOEA 1W3IA 4QIUA 1SO4A 1Y0EA 2C3ZA 1HG3A 3QMTA 4YL2A 3MUXA 2BWGA 5HWJA 1VS1A 3INPA 3CWOX 3T55A 1X1OA 5BMXA 4O1AA 2UV8G 2C19A 3E9AA 1O4UA 3DFOA 1B4KA 4WY0F 4GBUA 3P80A 1FX6A 3MWAA 1GT8A 3S8HA 3EWZA 2Z2UA 2QCLA 2OX1A 3D0CA 3NG3A 3W2JA 1F6KA 3LV6A 3NPXA 2Y70A 5G2IA 4UR7A 4D2JA 4LWWA 3GXNA 4H3DA 4MZ8A 4JTTA 2QJIA 3G1XA 1H7PA 1KW1A 1ZCOA 3EEGA 3P67A 1VCFA 2Q8ZA 4N9EA 3UYCA 4YCOA 4Z1AA 4FXSA 4IPIA 3MI6A 5BRBA 2BSLA 1I45A 3HB9A 3B06A 2H90A 3AO0A 4O19A 3CLMA 3LCIA 1DOSA 3O8AA 2X30A 5GVJA 4CCCA 1J4EA 4I7VA 3UWVA 4ZMGA 1IIGA 4FX7A 3PULA 3FA5A 3UWYA 4XKYA 4O0KA 5FESA 2RHGA 3Q37A 4R34A 2Z6JA 3BG9A 3F03K 2ZZ3A 5AN7A 4DELA 5K4ZA 3NPUA 2W79A 1G69A 3QJAA 4WQ6A 1H60A 3W22A 1GYLA 3IGSA 5HULA 1IIHA 5IM51 3V75A 3W75A 1A50A 4TIMA 4EOUA 2RDTA 3G1VA 1Q3NA 2ZA3A 1AK5A 1KM1A 1FWRA 1W5MA 2E1DA 3MHFA 4N6EA 2XN0A 1QO2A 5CG7A 2A2IA 5H91A 2X1UA 1A53A 1O5KA 1UJPA 1ICPA 4JYDA 3UQNA 2Y62A 3NL6A 1JUBA 1M7PA 5CPNA 4FNSA 1MEIA 4PTNA 5KSWA 1AL7A 4RXGA 1FWTA 1NSJA 3RMJA 1PS9A 3Q2DA 1GVFA 1BWLA 4ADTA 4JEQA 4JS3A 3EXSA 2V5BA 2EPHA 5LNSA 3IIVA 2C13A 1AL8A 1OYBA 4N6FA 4IMFA 2DJXA 4AWUA 3IIZA 1GQNA 4JY8A 3MYPA 2A6NA 3AJXA 1S5WA 5AC7A 4UFHA 4ALDA 2VEIA 3W7QA 1YLVA 3W7HA 4GC4A 1SZGA 2OZ0A 1LBLA 2QCEA 3EX3A 3SJ3A 4JTKA 4DO6A 3LLDA 4O4VA 4O15A 3HJZA 1NF0A 3O6YX 3W1UA 3S9YA 1B3OA 3U2OA 3PS7A 5EMUA 2NX3A 3SY5A 3W2LA 4RKAA 4PL2A 2J27A 5FEZA 1TTPA 3IEBA 4NZJA 3W1AA 1VQTA 4LC6A 3P5ZA 3TXVA 4IGHA 2ZZ1A 1L9WA 1WBHA 4LV9A 5AC6A 1OFDA 2GPTA 3NVTA 3ATZA 3L2IA 4RXFA 4RZ4A 4O16A 1T96A 3N73A 2QCHA 3OA3A 4AF0A 3NZ1A 3P8IA 1MEHA 4M5PA 4MYAA 3TAOA 3SECA 4TMCA 3TH6A 1FWNA 2VOMA 2RDWA 3GDLA 2Y88A 1GG0A 2RKXA 1JRCA 1W5PA 1R2TA 1G4TA 3N14A 2C0AA 2CZFA 2YW3A 1I2NA 1OF6A 3LCLA 1FCVA 3OVQA 4Z1DA 2FJKA 2H6RA 1QPRA 5LNWA 1DQWA 3QPZA 4Q32A 4FF7A 4HN4A 4PC8A 4Y6GA 4AH7A 5AFDA 3NR0A 4BWLA 3W84A 5AYXA 1OFOA 1IXOA 4R53A 5CPMA 4O17A 3SR7A 3OIXA 1H7WA 3FOKA 3EWBX 3GIYA 3MYOA 1VLIA 4UFMA 3WJWA 1PHQA 5I3FA 3TDFA 5CZJA 1EP3A 1XI3A 4ONVA 1K7FA 3WJZA 2J88A 4ZQMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5FEPA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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