5FEXA

Hyde from t. maritima in complex with se-adenosyl-l-selenocysteine (tfinal of the reaction)
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
346
structure length
345
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 142
structure length 345
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5fexA00
1VCGA 2AGKA 2V9DA 1YTKA 4XUGA 3W7QA 2G97A 1TJPA 2GPTA 2NX3A 1OFQA 4JGDA 1VR6A 2ZRWA 3VKJA 3GIYA 3IRDA 3WFAA 3G3MA 3RFAA 3HGJA 2KZHA 5FF7A 1DHPA 3IVTA 3KVLA 3PULA 3S9YA 1VZWA 3BW3A 4BWLA 1HL2A 3LTYA 3UXDA 1SW7A 3G1SA 3WJWA 1XBXA 3N14A 3QYQA 2A7RA 3LCLA 3TFXA 4FEZA 4Y96A 3TNOA 4FB7A 3W2LA 4LC6A 3N9SA 2JGQA 1GG0A 5AYXA 3QZEA 1J4EA 1YPFA 1TJRA 1TPVA 1IIGA 3HG3A 2YDAA 3RF9A 1P4CA 5A5WA 1PIIA 3C52A 2ZZ7A 3PC0A 5AHIA 1AW2A 1YDOA 3W22A 3E96A 5F4WA 1TTJA 3HJZA 1TB3A 2VENA 3OA3A 1WOBA 4NZJA 1R30A 1LBMA 4GUFA 4FX6M 4E2DA 1Z41A 3LHUA 4K37A 1QOQA 4YCPA 4K36A 4NJHA 1G7VA 1PHQA 3MP5A 3UPBA 3DHDA 4IQLA 3U2OA 1QR7A 4OBTA 4H6KA 4QNEA 4UTLA 1LBLA 3O6DA 4UTTA 4IX2A 1TPEA 3HGSA 1X6UA 3T44A 3EX6A 1EEPA 3W71A 5HR7A 1A5CA 3DFSA 5K9XA 3NAVA 5DELA 4L4LA 3G1AA 3GX9A 1OFEA 2GVJA 1TIMA 2Y88A 1K3UA 3W2MA 3S8HA 1PVNA 3B4UA 3O15A 4G1KA 4LWWA 7TIMA 1LLWA 1VCFA 2OJPA 4Z08A 4DF1A 4EOUA 2R91A 1GWJA 3LBMA 2CLFA 1SO6A 1KFCA 3LTSA 2ZZ1A 3PUOA 4S1FA 4RCXA 2QKFA 3F4WA 3RK8A 3EKLA 3UPWA 4C1KA 1L2UA 1KFLA 2EAWA 1OF8A 1JUKA 4CNPA 3CC1A 1W3TA 2ISVA 2FQIA 2GJNA 3CTLA 1E51A 2NXHA 4QSHA 4KFOA 3A5VA 1I4NA 1U83A 1ZENA 4PC8A 2W79A 1K8XA 2J24A 3LXCA 4DEFA 3MHFA 3DFTA 1F76A 4HSNA 3MWAA 1OYAA 2I14A 5EPDA 1MEIA 1PCKA 3LTPA 2Z1BA 5CSSA 1GVQA 3T40A 5LGXA 1C8VA 2YFNA 2E5CA 1LCOA 2OMAA 8TIMA 3QF0A 4RKAA 2QDGA 1AMKA 5G2WA 5EL1A 3PM6A 5K2ZA 4ICNA 3L68A 1KLYA 3W86A 1LP6A 1CI1A 3L0NA 1OX6A 1G7UA 1W5PA 3CPRA 3ATYA 4Z1AA 2NZLA 1M7PA 3SGZA 4JXCA 1T96A 3A24A 3TSDA 4IUOA 1J2WA 1GVRA 3BLIA 1FY6A 2V8ZA 3WJSA 3O6CA 3PBVA 2P10A 3ABOA 4ZZ9A 1PE1A 4RZ5A 4OQVA 3MI2A 2YX0A 4RR4A 3FKKA 4IXXA 3CM4A 1K03A 4PFMA 2B7OA 1BWLA 3JS3A 1DORA 2H3BA 3W85A 3FOKA 4LS0A 5ABTA 2YW3A 1EA0A 3M7WA 3OIXA 5LGZA 4RXFA 1NAL1 3FA5A 1MZHA 3KXQA 3E12A 4HPXA 3V75A 1TPC1 4NJIA 4MLJA 3UWYA 2YGYA 4JIPA 4JYDA 4OV9A 1FWWA 2PC4A 4JR5A 5F2GA 2E6YA 3NVTA 1P1XA 5HWNA 1XFBA 2HS6A 4ZQCA 2B7QA 3LCXA 3IGUA 5DY3A 3DI0A 3TK7A 4O54A 4Q32A 3W6YA 5G1TA 5KTLA 1B9BA 4FXRA 2G5WA 1VGAA 3M0ZA 4I7UA 4TX9A 2X30A 3NQAA 3W1LA 4A22A 1ME9A 1O5KA 3KX6A 2G96A 3LHVA 1GYLA 3DH7A 1JULA 4JTJA 4JX5A 4Y8FA 2D73A 4AHPA 4YXGA 4M6QA 4N4PA 1B4EA 4TR9A 3LB0A 1T8XA 1GOXA 4LV4A 3W7EA 5FEZA 4UTWA 1W5NA 3NQ8A 5SWUA 1SW3A 3GKAA 3LHYA 3BGGA 1MXSA 5HQEA 4K7YA 4WJEA 4GUHA 1IXNA 5G4EA 5E93A 3FLUA 1OF6A 3CQ0A 4O4WA 4GNJA 1XUUA 2XN0A 4NNAA 3STGA 5BOOA 1FWTA 3ABQA 3TMQA 4O12A 3M5VA 4FNRA 3BK0A 1AK5A 2Y70A 2TYSA 5DBUA 1L6YA 2VXNA 3W1PA 3G1DA 2V81A 2WSQA 4LRTA 1YADA 1IXOA 2ZZ2A 5CGQA 1XXXA 3BG3A 1KA9F 4WQ6A 1XUZA 5EY5A 1KM1A 3L2IA 4YWIA 1OVDA 2ZTKA 4UTTC 4N6FA 1EWDA 1SSGA 2VEKA 4XWUA 4MFDA 3M5XA 2A7NA 4O14A 3LI0A 1WA3A 5AHNA 1VPXA 3MHGA 2ABBA 5BMWA 1EWEA 2VFHA 3LBCA 3F4NA 1OFBA 4MJMA 4UMBA 3DGRA 2GQ8A 3M5ZA 5LNSA 2WJZA 3W1AA 1NVMA 3LGEA 3S5NA 1HFBA 3BG5A 1ZY9A 4K7VA 3W2KA 5BRBA 3U8GA 2WV8A 3OEXA 3PSWA 2VEPA 1OK6A 4LRSA 3O8AA 2TRSA 2B7PA 2B4GA 2I1OA 1S5WA 3NM1A 3KRZA 1F73A 3IEBA 1OHLA 1B57A 2DZXA 2ZCGA 5F4SA 1G69A 3NOEA 1XI3A 3K30A 3W1QA 3LI1A 4Y90A 4ZMGA 1HO1A 1GYNA 4PL1A 4JYFA 1F6KA 3AJXA 2FPTA 4RXGA 1VRDA 3SI9A 3IVUA 2PCQA 3G1HA 1KTNA 2YYTA 4K6AA 4ORIA 1X8FA 3L0KA 3NL6A 3GNNA 5K9DA 4RV8A 4CQAA 4NJKA 1ZAIA 4O18A 3G24A 3P62A 3CEPA 4N9DA 3TMLA 3W87A 3C2RA 2FPVA 1WBJA 3DHFA 3IIPA 5D30A 5KSWA 5CSRA 3GXPA 5DCEA 1TCDA 5FF3A 4LUJA 2BTMA 2BZNA 1JCXA 3LERA 4WOQA 1RR2A 4OV4A 1VLIA 1JUEA 1Q6LA 1OX5A 3CWNA 3LCGA 4JIQA 3BVJA 3P5ZA 5CG7A 2Y63A 3NZ1A 2C14A 1F5ZA 4DBDA 3S0CA 4UMCA 4N02A 1W37A 1H7RA 4UTMA 4UTKA 1MEHA 1DL3A 5DCBA 3T78A 3S5YA 3EX3A 3Q37A 3E0IA 2V2HA 4O16A 2ZRZA 4QIUA 3DFNA 4DELA 3I7QA 1ME7A 2YSWA 5D2XA 5C55A 1LDCA 1VJIA 4EF8A 1QFEA 2QCHA 4NUWA 3W7HA 2C3ZA 1MEWA 4FNTA 2NXGA 1EP1A 5EBUA 3NL3A 3C3NA 4PTNA 4YLWA 2ZZ6A 4TU1A 4LOCA 3NDOA 4X2RA 5LHFA 4PH6A 2ZTJA 4Z1DA 2C6QA 1G4TA 3VE9A 3NZRA 3W23A 4CCDA 2Q3OA 3UYCA 3PG8A 3KAOA 1V5XA 4JEQA 5HUOA 3T7VA 5TBOA 5L9FA 2H8XA 4ALDA 4AXKA 1M6JA 1DQXA 4IJBA 2Q8LA 4M5PA 4O28A 1GVSA 4IX0A 3PUEA 4XZ9A 3F03K 2E5BA 4U4MA 3R2GA 3R5EA 3SECA 1RPXA 5AOUA 1F7BA 1WDWA 4DPPA 3I65A 4ZQPA 5FEXA 4XBKA 3UZJA 1LYXA 3SW6A 2DJLA 1YXCA 3G0UA 3CT7A 4OE7A 3P61A 5HINA 4FF7A 5KZMA 4UTWC 4WY0F 4O0KA 1S3HA 4GE8A 5H91A 1W5MA 2ISWA 2DZWA 4DO4A 4MJZA 2IQTA 3L65A 1XBZA 5K4XA 2HSAA 4CQ8A 2C18A 1VCVA 2ABAA 5LZLA 1KW1A 3MW7A 1FXPA 1GTEA 3QSRA 5HUPA 2DZTA 4DF0A 1K8YA 1TV8A 2E6FA 3TCEA 5L6UA 1SQ7A 4O15A 1QPOA 3LHWA 2F84A 2X2GA 2QDHA 5EYWA 2PRHA 4YL2A 2Y62A 4CCEA 2NUWA 2O7SA 4YMZA 5G4WA 2PE4A 1G6CA 3W83A 3P8JA 4QAIA 1X1ZA 3LXAA 1CW2A 4JY9A 3UQNA 3NYZA 3S5OA 3T55A 1ZALA 3MBFA 3MI6A 3LCFA 3W7IA 5EKYA 3EX4A 4WUIA 2OT0A 3FFSA 2RHGA 2Y7GA 1PS9A 1HO4A 5HR6A 3W7JA 3PWAA 4JTUA 1EUNA 3QEZA 1XBVA 3RLUA 2Y85A 4UTJA 3O06A 3TSMA 4BI5A 2E5DA 1O95A 3CIXA 5KITA 1GTHA 2QCGA 4RJEA 1X1OA 1C9DA 2ZYFA 4Q33A 5MHBA 3UY8A 1S5TA 1DKWA 5A8GA 4HT3A 3Q94A 4MUZA 1FX6A 3E9AA 1FDJA 1JCLA 4O50A 3R13A 3W7DA 4O4VA 1KBIA 5T26A 1M5WA 3MP4A 5EMUA 3LRKA 1HTIA 3DI1A 2NX1A 4Z0JA 3DFPA 4UIOA 2FFCA 2B7NA 4FIQA 4N4QA 3NQGA 3NGJA 3EX1A 4MYAA 5I3JA 3RU6A 3W88A 1XDMA 1VLWA 1FWNA 2RH9A 2CLOA 3N2MA 3P82A 4J9JA 1JRCA 4S2CA 3CB8A 2A5HA 3WK1A 3GDMA 2Z2UA 4X22A 1FDYA 3HG4A 1ZAHA 2WO5A 3INPA 1FCQA 3G1XA 4BK9A 4ZQOA 5D33A 3NL2A 5C6MA 5IBXC 1XC4A 1DV7A 5CPMA 2VEMA 4DF2A 2BSLA 1Q3NA 2FLIA 2DJXA 3ZR4A 1BTMA 4XTDA 1I2RA 5BNKA 3TJXA 1GZGA 1J5TA 2FB2A 5E1QA 3E49A 3MHUA 1ZHAA 2CU0A 1W31A 2W0UA 1SO4A 3TFCA 3FKRA 4AF0B 3W1XA 4N9EA 3FS2A 1KFKA 1QMLA 4TO8A 3NQDA 4UR7A 5DY2A 3P5YA 1G4EA 3W7NA 3LCHA 1ADOA 1TTPA 1A53A 2WKJA 2DORA 1UCWA 3W9ZA 4O52A 1QNVA 2ATMA 5AHMA 6TIMA 3E02A 1LTDA 1A5BA 1H7NA 4LVAA 4QJ1A 4JTKA 3A21A 3LDVA 4JTIA 3PY2A 4O1AA 2QCEA 3TDFA 1NSJA 3PF3A 5F2MA 4O57A 1IF2A 3USBA 1O94A 4QITA 3A5FA 1OFAA 1FUYA 1FCBA 3S6DA 5FEWA 1SO3A 3OHIA 4K8HA 1OABA 3BLEA 3H55A 4QISA 1K8ZA 4R53A 1XKYA 1GVFA 3W2UA 3W7KA 1W54A 4O0ZA 3Q58A 3FIGA 6ALDA 5GVJA 5D2YA 3TQ0A 2A4AA 3NQ6A 1YPIA 3C2OA 4PCFA 5FF2A 3LLFA 1ZNNA 4UR8A 2E6DA 1VHCA 2QCDB 3GAKA 2YZRA 4UNKA 4JTTA 1EP3A 2CLHA 1RZMA 4XQ6A 3EXTA 3W7CA 3UXAA 1GG1A 3NNTA 4JTLA 3P74A 4MZ8A 1DJNA 4O53A 3N34A 1TPH1 2YPIA 3SFKA 3W07A 2J9YA 3KRSA 2RDTA 3NPWA 4BI7A 3YPIA 2JBMA 5D09A 1SZNA 5DXYA 1X7FA 1FQ0A 4MFEA 5DN1A 2A7PA 3W7MA 4LVGA 3CU2A 4N9BA 4Q4KA 5FI8A 2YXGA 3EWWA 4A21A 1DJQA 2BWGA 4UFHA 5HULA 2LLEA 2X1UA 1XL9A 4WY0B 3O6YX 3HPXA 4NJJA 2Y7FA 1Z42A 3HGRA 2BLEA 3STEA 3N2XA 1F2JA 1ML1A 3QFEA 4JS3A 5J5DA 4FX7A 2TMDA 3O1NA 4UC5A 4IWWA 2EKCA 2WOQA 2R14A 1AL7A 1A5AA 3UWUA 1WBHA 1N55A 2QCLA 3GZ3A 2CLKA 3W73A 3G0SA 2CW6A 4LTSA 4JNMA 4OGZA 3TX9A 3MYPA 2X16A 4NX0A 4O17A 1BEUA 4ADTA 1U5JA 1VQTA 3V1PA 2X1RA 1LZOA 1BKSA 2DZUA 1JUBA 3TU9A 1H60A 1TSIA 3OVRA 1LRTA 3GR7A 2WQPA 3WJYA 3W70A 4ZL1A 5U7SA 3PS7A 3UWWA 2JKPA 4NXSA 4PEKA 4O8RA 5K9CA 1TTQA 2CLMA 4Z1BA 2CFFA 1KLZA 4IXHA 1GQNA 2E6AA 2HS8A 3CLMA 3LX9A 1LLZA 4KWVA 5I3FA 4IMCA 3LCIA 1FWRA 3HIJA 4QM1A 5H2ZA 4JX4A 1IGSA 2CLLA 3WJXA 3W72A 1KM6A 3TSBA 1SZFA 5G2IA 5HNRA 3U6WA 4LUIA 3RNDA 1ICSA 3SJ3A 2A0NA 2ZRYA 3DAQA 3NQ7A 4E38A 5F4XA 3L5MA 4PA8A 3C56A 3SZ8A 3BARA 5FESA 2FJKA 4WOZA 1QCWA 1SZEA 2V2CA 4FNPA 3CEUA 1XBYA 1R47A 1I8JA 4NNCA 4EIVA 1QO5A 4OU1A 3TKFA 3G22A 1EX5A 2P1FA 3IIZA 4LT9A 2GOUA 1D9EA 2QEZA 3C4UA 5CZTA 3DENA 3GK0A 3NR0A 3EKZA 2Y61A 3BO9A 3BW2A 4ZQNA 2YR1A 3GVGA 4O1CA 4UTUA 2EF9A 3WK0A 4CNOA 2PRMA 1OFPA 2ISSA 3IVSA 4JY8A 3CIWA 3TV8A 4BF9A 1WX0A 3W7GA 5LNUA 1PL9A 3C8FA 3MUXA 2EHHA 5DBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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