5FEXA

Hyde from t. maritima in complex with se-adenosyl-l-selenocysteine (tfinal of the reaction)
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
346
structure length
345
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
total genus 142
structure length 345
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5fexA00
3HJZA 3W71A 3EXSA 4QSHA 1TO3A 3RNDA 2NX3A 4X9SA 4XKYB 1JCMP 4O28A 5F2MA 3GVGA 3M7WA 1YPFA 2ZA2A 3TUUA 3OVQA 5AFDA 4UXDA 1C9DA 3UY8A 3CT7A 2ZBTA 5D05A 4ZMGA 3DH7A 1AMKA 4BI6A 3ZWTA 1GTHA 1F6PA 2E1DA 3NPWA 4M7SA 4PEKA 3L5MA 1K03A 1H62A 4LVFA 2EGZA 4MZ8A 4LOCA 2NLIA 4WZHA 5GVJA 3W3OA 3BG5A 3EEGA 4O1CA 3MI3A 3UWWA 4A2RA 5T26A 1TIMA 1PL9A 3W1QA 2IQTA 2C14A 4NT0A 1T8XA 1S5VA 2RFGA 5LNVA 2HMCA 1FXPA 5I3KA 3MP4A 3HPZA 2V2CA 3TQKA 4AEOA 3B4UA 2E77A 3DENA 2XN0A 1MO0A 2R91A 2ATMA 3CIWA 5AB3A 4GWEA 4YLWA 5IBXA 3T78A 3LHWA 3LM7A 4R53A 1A5SA 3SIZA 3DFTA 1EP2A 1KW1A 3G24A 3VKJA 2H90A 1D3GA 1I2PA 1FWWA 1QFEA 4ZVJA 3LRMA 5AHMA 2YFNA 3HOJA 3B03A 3C2FA 5DXYA 4O1AA 5DLCA 1TQJA 2YPIA 2YZRA 3MW7A 3QSRA 4P61A 3QQ0A 4X2RA 1QOPA 3W1UA 4LUIA 5FF3A 2E6AA 4N4PA 2GPTA 2ZRVA 3SGZA 1OK6A 5EYWA 1B4KA 3CTLA 2Y62A 2OJPA 3R13A 4ZQCA 1BEUA 1KTCA 4O16A 4FIQA 3S1UA 2C6QA 4FHAA 3B06A 4WXZA 2NZLA 4RZ4A 4UFIA 3W2JA 5I3IA 2FJKA 4X22A 3PBVA 5C55A 2YYTA 3PVFA 5FF2A 5KZMA 3LGEA 2DZUA 4TR9A 1EP3A 3QQ1A 5AHFA 5J5DA 4LC6A 2E68A 3FLUA 1PHWA 1X8FA 3DFNA 3QEZA 3F03K 4WOZA 3PWAA 5D2YA 3I7QA 1Z44A 5DY3A 1SZEA 1P5BA 4ZQRA 2ZRXA 1MSSA 1AK5A 1W5PA 2Q3RA 1YDNA 4IMGA 3W7IA 1OFRA 4BWLA 4AVFA 3G1DA 2TPSA 2QCFA 2QCDA 3B04A 4LV9A 2I9EA 4WX2A 3GDMA 2VEMA 4UR7A 1H7OA 1JULA 2YYUA 3LCWA 4DO5A 5TBOA 1GPWA 4OHQA 4ZQOA 2WV8A 4L4LA 3PSVA 4UNLA 1LDCA 4PC8A 1AW1A 2J9ZA 1GVSA 4MLRA 3WJYA 5HWMA 2ZZ7A 3FOKA 2CLLA 4EF8A 3UY7A 3STEA 3NG3A 5FEWA 1FWTA 3EKZA 1D9EA 5BMWA 3C4UA 2C19A 4R33A 4CQ9A 1O94A 4NVTA 3LV5A 4FNQA 1QWGA 5CZTA 1KFEA 1OX6A 3IGSA 2V30A 1YXCA 2CLKA 1WDWA 4UTKA 4UFKA 5K9XA 1H63A 4Y8FA 5K3VA 1FQ0A 1YTEA 4O54A 1QO2A 4FNUA 3EKLA 2HSAA 5HJLA 2XN1A 4AF0B 3UWZA 2H8ZA 1H7NA 5K7JA 3A5FA 4XWUA 3TE9A 1JCXA 4N6EA 4DO4A 3N9RA 3LHYA 3N19B 3E0IA 4HPJA 1U5JA 3DI0A 2CLOA 3IVTA 3Q94A 3KHJA 1NEYA 3CLMA 3B0UX 2VOMA 3IIPA 3NR0A 4J9JA 3A9IA 3S8HA 1KLZA 2BXVA 4XBSA 4JR5A 3DGRA 4L4MA 5D03A 3CU2A 3LBCA 5I3JA 1ZHAA 4LW7A 2ZYFA 3W2LA 3HGOA 4IXHA 3OVPA 3TK7A 2YSWA 3LHTA 1GVQA 1SR9A 4RXFA 1QPRA 1UASA 3W7KA 3G1YA 4FX8A 4EVZA 2BZNA 4IJBA 4TO8A 4UC5A 2ATSA 1W37A 4OGZA 1T0OA 3DKLA 4LTSA 1AG1O 4O1BA 6ALDA 3BGGA 2R8WA 4IMCA 4DF0A 4BI7A 3O63A 1RPXA 3GDTA 4A2SA 3G0XA 5ABTA 3G1HA 2JKAA 1OVDA 1KLYA 5AYYA 3R12A 3ELFA 4W9TA 3U8GA 2YXGA 3DXIA 3W1MA 3S1WA 1AW2A 1SW3A 4MY1A 3W2MA 2C18A 5G1TA 3BW4A 4EOUA 1KM4A 1XXXA 2A85A 1XBZA 4IQLA 4MPQA 3PG8A 3THQA 3G0SA 4UMAA 3LDVA 2UV8G 3UNDA 1K8ZA 4WY0B 1P0KA 1G6CA 3HG4A 5G2HA 1CI1A 2GJLA 3S1VA 4LRSA 1H61A 1K7FA 4UFJA 2E09A 3H54A 1H7RA 2CW6A 1EEPA 3W1RA 3QRHA 1H7WA 3IVUA 2C15A 3QMTA 5DCEA 4UMCA 2O7QA 2VC6A 5A5WA 1KBJA 3I7SA 3IIXA 4LVDA 3HIJA 4N02A 5FEPA 5I3FA 4QISA 5D2WA 4N2YA 2A7RA 3RF9A 1OFAA 5E93A 2E6FA 4DPQA 3S5ZA 3MYOA 4UTHA 2TMDA 2VEKA 3BV4A 3NL5A 3ABSA 3PBUA 1MZHA 4BI5A 4AAJA 3GKAA 4PH6A 5D2TA 3AO0A 2Z2UA 5AN7A 2Z0IA 1Y0EA 3LCLA 4OBTA 3TJLA 3W7MA 2NXIA 1ONRA 3NA8A 1RV8A 4IMEA 2Y7FA 2V5BA 5AOUA 2X1TA 3WK1A 1FWRA 4OV9A 4O4VA 3T4CA 4TMBA 3W1TA 1JJKA 3CIXA 4HN4A 3IRDA 2ZRWA 4Q33A 1OFBA 2HTMA 4DQWA 5FESA 1VRDA 4IX0A 1K8YA 3R89A 2WOQA 2CLMA 3NOEA 1JCYA 3GR7A 4FNRA 4RX0A 4CCCA 3G22A 2XN2A 2BX7A 3CHVA 4N9BA 3P62A 3G1AA 1TV7A 1LORA 1DJNA 5HR7A 2B0MA 3Q58A 1YADA 3BLIA 4UFHA 1F2JA 4IMFA 3L2IA 3S1XA 3A5VA 4IWWA 1TTJA 1H5YA 3E02A 1HUVA 2ZQ0A 3C0JA 4JDBA 1JRBA 2FB3A 3C3NA 1DQWA 2J27A 2WSRA 4K37A 5LKYA 5K9CA 2BSLA 3F4NA 1O4UA 3F4WA 3G1XA 3HB9A 3W1NA 3M5ZA 4UTMA 2B7QA 2VFDA 4GNJA 3W2UA 1KFKA 3L0NA 3S0CA 4ZQMA 3TV8A 3PSWA 5G2IA 1H60A 1UB3A 1KV5A 2R94A 3M1ZA 4WXYA 2W79A 1HG3A 1XBYA 3PULA 3FJ6A 4PTNA 5EPDA 3B0PA 2X1UA 3HPXA 4QAIA 5LGXA 5KINA 5AYZA 4LV4A 3TR2A 1TV5A 3ANYA 4DBEA 2YX0A 4R7JA 3I6RA 4K8HA 4PL1A 3PC0A 1PIIA 1VLWA 2QCCA 2DZWA 5FI8A 2C1HA 5FF7A 1FDJA 3KVJA 3LHUA 4NNAA 1GZGA 3P74A 1JQVA 3M0ZA 3W7PA 3W7HA 2QUUA 1TPB1 3SZ8A 1LOSA 4FX7A 1F74A 1QO5A 5F1VA 2Z6JA 4JTHA 4HNVA 3W7EA 2YGYA 1UBSA 4RXGA 2NV2A 2X2GA 3MJYA 2YR1A 3W7JA 3MHUA 1KM0A 4Q4KA 3OA3A 4C1KA 5LNRA 2GJNA 2TSYA 4Y96A 3CM4A 3FYOA 4JTGA 3QW3A 4ZQNA 1TRDA 3PM6A 1LZOA 3DI1A 3TIMA 3BO9A 1R2TA 3KX6A 1QDSA 1WYIA 1H1YA 4MFEA 4N9DA 3LTPA 1SZNA 3OVRA 3EWYA 3C52A 4UFMA 4B5NA 5BW6A 3Q2DA 5IBXC 2QDGA 1TTQA 3TFXA 4MKNA 1W0MA 1W1ZA 1MXSA 3PG9A 3GZ3A 1MEIA 1W5MA 3EX3A 3L0KA 2Y85A 4LS1A 5AC7A 1W31A 4BFAA 2DZSA 3O16A 4A21A 8TIMA 5KSWA 1L6YA 1YDOA 2ZA3A 4O19A 1FCBA 1GJPA 2B7PA 3YPIA 4O50A 1SZGA 2EPHA 5L6UA 3SI9A 4S1FA 1ZY9A 2VFEA 4ADSA 2V82A 2YW3A 4JX4A 2QCGA 3FYPA 3VNDA 3KFTA 3DU0A 5F4WA 3PB2A 1SSDA 1WQ5A 4KFNA 5I3HA 4QM1A 3G1VA 5D04C 3EWZA 5HMSA 3W7CA 1QNVA 4HSNA 3DZ1A 1RQBA 4M19A 5KITA 3RFAA 2GQ9A 4ZL1A 3SJ3A 1LLWA 4I7VA 3STGA 2PCQA 3MWAA 1OF6A 4CQAA 3M41A 3IVSA 5FF0A 3LBMA 2FB2A 2QJHA 4TU1A 4UTTC 3MMTA 1HFBA 3TX9A 4BWLC 3AJXA 2V2DA 1G4PA 5LHEA 1ME8A 3QF0A 1QMLA 4O4WA 1GQNA 1Q3NA 1XDLA 3W75A 2V9DA 3M5YA 3OG3A 2H8XA 1XI3A 2ZCGA 3BLFA 2J9XA 1SO3A 3PY2A 3P7YA 3T44A 3KVKA 3TAKA 4M6VA 1QCWA 3U2OA 5EL1A 2ZRYA 5AHEA 3C2EA 3W2KA 3C56A 1WAUA 1B4EA 2QJGA 4K36A 3NPUA 2NXHA 3W7DA 3EX2A 2PRLA 5CPLA 5DCDA 3P82A 1F7BA 4I7UA 3LCFA 4U28A 3VCRA 3IGXA 5AC6A 3ABRA 1GG0A 4S2BA 2QCDB 5DXXA 3W1AA 3ZFHA 3W22A 3O6YX 1AL8A 2X1RA 3P67A 4JTFA 1ICQA 2VFGA 1SU5A 5F4SA 4O11A 3UZ5A 2CZEA 3GDLA 1C29A 1VCVA 3MI6A 2YDAA 4FXRA 3R2GA 1FWNA 2RKXA 4NXKA 2CZ5A 3IIZA 5K2ZA 1K8XA 3KRZA 3NQ7A 3TMLA 3NNTA 3C6CA 2NV1A 4X3ZA 1LM1A 3C2RA 4XZ9A 4GE8A 2Y70A 1QPNA 3W73A 4DO6A 1DVJA 3DFPA 1OF8A 4NJJA 3LLFA 2QUVA 4LY8A 5L9FA 4ZQPA 4A29A 3M9YA 3UWVA 5IM51 5EY5A 1FXQA 2QAFA 3MP3A 1SW7A 4RK8A 1IXPA 2YW4A 1ZAHA 4XQ6A 2NUWA 4GBUA 5DY2A 1YPIA 3RLUA 2GVJA 4UIOA 4QITA 2CLIA 2NX9A 1WOAA 1OX4B 1VHCA 1L6SA 3S5OA 2PRHA 2ZTKA 4RCXA 3LI1A 1PCWA 3TU9A 1KM5A 4DF2A 1SW0A 4HSOA 4QNEA 2I14A 2WSQA 3OEXA 1OHLA 4CNNA 5SWUA 4KFOA 4NJHA 2VFIA 1B9BA 3E49A 5CSRA 5F1UA 4OWGA 1XFBA 3EX6A 3G3DA 5LZLA 3BK0A 3EWXA 1HTIA 4M7TA 3PBWA 2QJIA 2OMAA 4UTIA 3LXCA 1A5CA 3WJSA 3HG5A 4JTUA 4UTLA 4FXSA 4OU1A 1R2SA 4ORIA 2ZFAA 4N6FA 3P60A 1KV8A 1KM1A 2X1SA 4AHPA 1VJIA 3NPVA 1WOBA 3W88A 3BW3A 3JR2A 3KRSA 4JTLA 3O15A 1FCVA 4JX6A 5HUPA 4E2BA 4YXGA 4G1KA 3T40A 3HG3A 1RD5A 4YWIA 3SW6A 4HNUA 4AWSA 2FQIA 4JIPA 1YLVA 3JS3A 1R47A 1F5ZA 1OYCA 4GUJA 4IPIA 3BARA 4JYEA 3GDRA 2CFFA 4E2DA 2WPBA 1GG1A 3SFKA 5D2VA 5HWJA 1QPQA 3PF3A 3NM3A 3VE7A 1EA0A 4GXMA 3B0VC 4O14A 3HBLA 2Y6ZA 2VFFA 4LVBA 2P0OA 2P1FA 2C16A 2GVLA 1OABA 1LBMA 1OFDA 2RHGA 2DJXA 3UD6A 1NVMA 1F76A 3T7VA 1IGSA 4N9CA 5HUOA 4K7VA 3JRKA 4NJIA 5EMUA 4H6KA 2B4GA 3PAJA 4GUGA 3RMJA 3DHFA 4AHQA 2A2IA 5J5RA 3N14A 1JVNA 4UNKA 1EIXA 2QKFA 1EWDA 1GWJA 3EB2A 2ALDA 3HGRA 4JNMA 5HQEA 3LCHA 4ML9A 3EXRA 2X16A 3H53A 2VFHA 3QM3A 3O07A 2I1OA 2QCLA 5G5IA 4Z1AA 5LNUA 2A5HA 3CQ0A 3TA6A 4BF9A 3QFEA 4JY8A 1M6JA 4S2CA 5DCBA 2RDUA 4MVAA 1FDYA 3MYPA 2GQ8A 1CX9A 3W2NA 4O0KA 2GOUA 5H91A 3SY5A 2DZTA 2G95A 4Q32A 3LXBA 2QR6A 1X6UA 1VZWA 4DBDA 1NF0A 2VEPA 1D3HA 1PCKA 4QNWA 5EBUA 1A50A 4H3DA 2NUYA 2NXGA 1GT8A 1W8SA 3NVTA 3P5YA 3NXFA 4EIVA 4LVAA 1ICPA 3NAVA 3NQFA 3OBKA 1LYXA 4O53A 3MO7A 2QCMA 3CWOX 3WK2A 3KVMA 5MHBA 2W6RA 4FNSA 1EP1A 3D0CA 2ZZ6A 5F4XA 4I7WA 3E9AA 2Y7GA 4KKXA 3TSMA 4NU7A 2Y61A 1ML1A 3G0UA 1UJPA 3N34A 1G4TA 1ZAJA 1THFD 4CNPA 3K30A 1H7XA 2ZZ4A 4XTIA 2BLEA 2Y88A 3TC6A 4WJEA 1X7FA 4LS0A 4GC4A 2NWSA 2V81A 3W1XA 2VELA 1ADOA 3O1NA 3STCA 4JTTA 1M7PA 1FUYA 4GJ1A 1GVFA 3IIOA 2Y7DA 3EX1A 3LERA 3N2MA 1RZMA 1TV8A 2FIQA 1GTEA 5DN1A 4AWTA 4NQ1A 4JTSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WLM A;  1NP0 A;  1ISZ A;  1CDG A;  4Z2H A;  2YBU A;  4HOX A;  2POD A;  2MAN A;  4XKY B;  2JAL A;  1CWY A;  5I23 A;  2KX9 A;  1WDP A;  1R3S A;  3TUU A;  5AFD A;  3MSG A;  1C9D A;  2ZBT A;  4ZMG A;  2GGJ A;  2I9U A;  2CHN A;  1YE4 A;  3ZJ6 A;  2VC7 A;  3ITX A;  2E1D A;  4CNT A;  1VEP A;  1XYF A;  1K03 A;  4LVF A;  4WSH A;  3FND A;  1WKF A;  4WZH A;  2J77 A;  3W3O A;  1UML A;  4XAF A;  3BG5 A;  1QVB A;  3UWW A;  4A2R A;  3B8I A;  4H9U A;  3CH9 A;  3W1Q A;  4NT0 A;  2F6K A;  3VD9 A;  2I57 A;  3VGF A;  4QCE A;  9RUB A;  2VGB A;  1CBG A;  5EML A;  2WMG A;  2E77 A;  1R3Y A;  2XN0 A;  2HVO A;  3CIW A;  2VO5 A;  2OZT A;  2ZXQ A;  2OX4 A;  3SIZ A;  3G24 A;  4FAL A;  4WDW A;  3HUR A;  4ZVJ A;  4A8R A;  1OGG A;  2YFN A;  3GS6 A;  1TR1 A;  1XSK A;  4O1A A;  3B3D A;  1TQJ A;  2YPI A;  3MW7 A;  3ARV A;  1DIO A;  4FOK A;  1UIP A;  2WAN A;  4ZTY A;  1UR2 A;  2IMR A;  4KWS A;  1DJW A;  5EYW A;  3DX5 A;  4IT1 A;  4ZQC A;  1BEU A;  5EFD A;  3E0L A;  2ZXA A;  4Y9P A;  3MDU A;  2C6Q A;  3RJX A;  5REQ A;  4X22 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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