5FF3A

Hyde from t. maritima in complex with 4r-tca
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
347
structure length
346
Chain Sequence
MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima (strain atcc 43589 / msb8 / dsm 3109 / jcm 10099)
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
total genus 145
structure length 346
sequence length 347
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ff3A00
1KTBA 1Q6QA 4FNSA 5AHIA 3LB0A 4FF7A 4BWLA 3DAQA 4UC5A 3B05A 3QRHA 2GQAA 1W8SA 4LVFA 3ZWTA 2GPTA 3G1DA 3W83A 3OHIA 4LVDA 3NQAA 1LTDA 4MY8A 2CW6A 3LXAA 4FX7A 1ML1A 3ABQA 2J9ZA 3NYZA 3A5VA 2ZA2A 3C52A 4UTHA 5L9FA 3UQNA 1VH7A 2C14A 3GVGA 1SO6A 2G95A 2DORA 4UR8A 4AWUA 3UPWA 3QFEA 2EHHA 1ICSA 3PULA 3S1VA 3W2LA 3L66A 3OBKA 2GVGA 3R5EA 4GXMA 4NNBA 3INPA 5C5YA 2WJZA 3F4NA 4BK9A 1IIGA 1RVGA 3R89A 5I3HA 5D2VA 5DY3A 2B7QA 1O95A 3LTYA 1K7XA 5HWJA 1ZHAA 2QAPA 3MI3A 1DV7A 3B06A 2H6RA 1WBJA 5HR6A 2FPYA 3ATYA 2VEPA 4JTFA 2BX7A 3BGGA 3EXRA 4O53A 2Y6ZA 4IMFA 3VI2A 3ABSA 1DQXA 4JDBA 2NUYA 3G1FA 2VEKA 3DKLA 3C2VA 3KXQA 1R2TA 5MHBA 4UMAA 3G1HA 3G22A 1AW1A 2ZZ2A 4Y9AA 3EEGA 4UTTC 3EX1A 2NV1A 4LC8A 4EWND 1Q3NA 4JDYA 4O16A 3WJSA 1N8FA 3UWQA 3VE7A 2EAWA 5HJLA 1KFBA 3VKJA 3NQDA 3STCA 3TSMA 1KTNA 5DELA 1SO5A 3GKFA 3G1SA 5G1YA 2E1DA 3BVJA 3G3MA 3LRMA 1DHPA 4EIVA 3L21A 4JTEA 5F1VA 3SIZA 4RJEA 1HTIA 1XBXA 1G7UA 3SW6A 3RK8A 3W75A 4O18A 4Y96A 1QOQA 3CQ0A 3BG3A 2QJHA 3LHYA 5K9XA 2DZPA 3VCRA 3NPVA 3C0JA 4DBDA 1OK6A 4WJEA 2Y7GA 4Y90A 1Z41A 1FX6A 3UXDA 1FQ0A 1RR2A 4TX9A 2V9DA 3TR2A 5DN1A 1B4EA 5BW6A 2FB3A 3P81A 1BWKA 3G18A 1Q6LA 1FUYA 3BO9A 3E9AA 4O11A 2Y7EA 4NZJA 3A9IA 4N9BA 4XKYB 3H55A 1TO3A 2QCDB 1G4SA 4NJIA 5HINA 5IBXC 1SSDA 3M6YA 4DO6A 3PUDA 4WUIA 4MPQA 3M0ZA 5T26A 2QKFA 1R2SA 5HNRA 2RH9A 4JTSA 3C2FA 2PURA 5H91A 3W9ZA 3HGOA 4LU0A 1EPXA 2CZFA 4KKXA 1GOXA 5CPLA 5AHEA 2X30A 3PB2A 1QO5A 3T44A 5BMXA 2WQPA 4GUHA 1TPC1 2ZCGA 3R8RA 3ABOA 3I68A 4XWUA 5D09A 1OFQA 1PHQA 4MJMA 3BPWA 3W7PA 1MSSA 3EWYA 4UTLA 5LZLA 3PF3A 2EPHA 2I9EA 4GWEA 1H62A 4JYFA 4Z1AA 1XBZA 1W5MA 1K3UA 1S5VA 4RXFA 4QSHA 5AHNA 3HG2A 1XUUA 4LRSA 4NXKA 2RDUA 1EB3A 2C15A 5D02A 4JYEA 2ATMA 2QJIA 3SR7A 3LI1A 4TO8A 5EKYA 3TW6A 1KA9F 3C2EA 1P0NA 3PUOA 3STFA 1LOQA 4WY0B 1U5JA 3LCXA 4NUWA 1FDJA 1G4EA 2VEMA 3MP3A 1SZGA 3B8DA 3K30A 2V2DA 1AMKA 1OFBA 3LI0A 3GAKA 4CCCA 4IGHA 3W2JA 4K37A 3M47A 3TFCA 2XFWA 3P82A 3S5ZA 3N3MA 5AYZA 4O15A 5H2ZA 1NFBA 4OWGA 1XM3A 3NL5A 2E6FA 1EUNA 3EWZA 4WZHA 3L0GA 1GTHA 4JTKA 2B7NA 1K02A 1Z44A 4DF2A 3I65A 4K36A 3MHFA 5D03A 1UCWA 4N02A 4YXGA 4MLRA 4O13A 5G5IA 4UNKA 1OX4A 2NX3A 4O1CA 4Q33A 4O0ZA 3QC3A 3KVJA 5IM51 2DJXA 2FPVA 4PH6A 5KSWA 3O1NA 4OE7A 2CLFA 4N6FA 3TMQA 5KITA 1FY6A 5AHFA 1JUBA 4Z1DA 5DBUA 3RMJA 2YXGA 4S1FA 4QISA 1N7KA 2VKZG 5I3JA 3EWXA 1J2WA 2YYUA 4P2VA 5G1TA 1I2OA 1FWWA 3HOJA 3UPBA 2QJGA 4ICNA 1H7XA 2AAMA 2DZXA 3PM6A 2BWGA 4CCEA 1IXQA 2JK2A 3O06A 4DELA 2D73A 5D05A 2Y7DA 4NNCA 4DO5A 1TRIA 5DCDA 3LCGA 2E5CA 3ABRA 3BW2A 3RLVA 3O16A 2A21A 5F2GA 1J4EA 3IGUA 2BLEA 2GUUA 5CKSA 3I7SA 1OFDA 1LBLA 3W2NA 4KFPA 4LV9A 1WOBA 1K8XA 1UJPA 1SSGA 1FCBA 3D0CA 2GVLA 2ZA1A 3MI6A 3G1YA 3W1LA 2H8XA 4K8HA 3TKFA 1GG0A 1OK4A 1YPIA 2CLHA 1YTEA 4NJHA 4RCXA 2YGYA 2ZRUA 4MY9A 5CZ0A 2B0MA 1TREA 3HQ1A 4DEFA 2WSQA 4Y8FA 1WQ5A 3STEA 3QF0A 1A53A 4CNOA 1PHWA 5I3IA 4DPQA 4JX6A 4O57A 2RDWA 5TIMA 1FXQA 5D30A 3W2KA 5F1UA 3LOTA 2ZDRA 3F03K 1T8XA 3NXFA 4GE8A 2A85A 3W07A 1ALDA 3W7MA 4LUJA 2P0OA 5G2IA 1DJQA 2RKXA 4CQ8A 3W6YA 2VFIA 4ADTA 4O4VA 1L6YA 1YXYA 4D2JA 4IWWA 3NM3A 3NQCA 5CPOA 5BRBA 1QCWA 5GVJA 3GIYA 4PODA 5D32A 3W1NA 2J88A 1KM4A 3EWBX 3CU2A 2HSAA 4PL1A 4JTTA 5DXXA 3N2MA 3W86A 1X7FA 3M16A 4UTUA 4N4QA 1WXJA 1NVMA 4A29A 4U4MA 1B4KA 3A24A 4MFEA 4XUGA 1B9BA 1SW7A 4OGZA 4UFMA 3LHUA 5K7JA 3HO8A 4N2YA 4POCA 1ZFJA 2R14A 1PV8A 1SO4A 3W7LA 3WJXA 3NG3A 2ZZ4A 5E0KA 1TCDA 3W84A 1ZAIA 3ATZA 4MUZA 2B7OA 5D33A 2V8ZA 1XDMA 1YXDA 1H5YA 1I2PA 2E6DA 2V81A 5AHLA 5EYWA 5CSRA 4IX2A 1GQNA 3P84A 2TYSA 3MBFA 2A0NA 4O28A 4EF9A 3TSBA 1TJRA 1DL3A 2QCCA 2ZRVA 4O19A 5AC6A 3PG9A 1DKWA 4FIQA 4FEZA 4GC4A 3TA6A 3S1WA 1RD5A 2NXIA 3O8AA 1KM2A 1JCLA 4Q32A 3LM7A 3TE9A 3HGRA 2Q8LA 1E51A 5EA9A 2E77A 1WV2A 2QCHA 1JCNA 3NM1A 3FKKA 3W72A 3DZ1A 4FB7A 4UTWC 1TB3A 1SFJA 1YYAA 3O05A 3TUUA 2BZNA 3FLUA 3HMJG 4O4WA 3MO7A 3GDKA 3CIXA 1MO0A 3EWUA 3HBLA 4OHQA 3WJZA 2YYTA 4LVBA 1V5XA 4O1AA 3WK3A 1P4CA 3HG3A 3P62A 4FHAA 4HSNA 3TFXA 3LTSA 4N6EA 3DENA 1FCUA 2A6LA 3TQ0A 3KVLA 3G0UA 3TQVA 1NF0A 1XFBA 2W0UA 3W85A 4DXVA 1GJPA 3IVSA 3WK0A 7TIMA 5HWMA 1IF2A 4ZQCA 4NJJA 2H90A 3GX9A 1EP3A 4K6AA 4LUIA 4HNTA 4MZYA 3CT7A 1FCVA 4E38A 4EVZA 2FTPA 5HUOA 4X9SA 2RFGA 3KRSA 5I3GA 1QPOA 2ZTKA 5FF4A 3QW4B 5U4NA 4TMBA 4O1DA 1JCYA 2ZZ6A 2ZA3A 4E0CA 3IIXA 1IXNA 4Z1CA 1KBIA 3V75A 3GNDA 4QQ3A 3W7KA 4AB4A 1JUEA 3EXTA 3QZEA 1F73A 4UNLA 3CM4A 4FNTA 4EF8A 4UMBA 4NT0A 3RF9A 2QDHA 3LHTA 4O17A 3AO0A 3TAOA 2NX9A 3PWAA 1XCFA 1XBYA 4RR4A 1QWGA 5HMSA 1W1ZA 3GXTA 3MYOA 3TV8A 3PS7A 1TPDA 1W0MA 3OVQA 4W9TA 3NQ7A 4XTDA 3DXIA 5C55A 1YDVA 3PVFA 1EEPA 4NVTA 1D9EA 4HPJA 1GVFA 2FB2A 2Y89A 1Q6OA 4BI5A 1RQEA 1LROA 3W7RA 1HFBA 1SFLA 3LHWA 1JULA 5AYXA 1JCMP 2CWNA 3TAKA 4GFSA 4WXZA 1G6CA 3Q94A 2JKAA 3CEUA 1VR6A 3OIXA 3LCFA 4HNVA 4IXXA 1WYIA 1A50A 2BTMA 5CPMA 1QO2A 2OT0A 2VEIA 4IMDA 3DFNA 3PBVA 3KVKA 2A7NA 1NF7A 4KWVA 3OG3A 3ZWSA 4UFJA 3N9RA 4IMEA 3O6DA 1AK5A 4I7UA 2WO5A 4UFLA 2WV8A 3O63A 2CZ5A 3SGUA 3ZFHA 2Y85A 3FOKA 3N34A 1FWTA 5FEXA 3KFTA 2C19A 2DZVA 3BARA 3E0IA 1EUAA 1EIXA 3LRKA 2Q3RA 2DZWA 2X1RA 1ZY9A 4ALDA 3DFSA 1K03A 2NXGA 2AGKA 1TPB1 2ISSA 3THQA 2B7PA 3B03A 4HIBA 4CQAA 2V82A 3PY2A 2E6AA 1QFEA 1SW0A 1M7OA 3G3DA 4UTWA 1RQHA 3T78A 2ZRWA 4ONVA 5EL1A 3ANYA 1VHCA 3USBA 4CCDA 1LORA 4X22A 2OJPA 3S5OA 4NXSA 3TIMA 3G1AA 1ME8A 1LOLA 3DH7A 3F1QA 3OVPA 4M7SA 2V2HA 2DZUA 1X1ZA 3TC6A 2NWRA 5KZEA 1SUXA 1TRDA 3UWVA 3VFLA 2ZTJA 3RFAA 3A21A 3M5ZA 3W73A 1LDCA 3VNDA 2HS6A 1LM1A 4JEQA 1QPQA 4WY0F 1PL9A 3QYQA 4AWSA 1R2RA 3W87A 1O60A 3P67A 4L4LA 4R7JA 4MOZA 4FNRA 4JGDA 3TXVA 3SFKA 1VRDA 3W70A 5AFDA 5LNRA 5DLCA 4ZVJA 3PSWA 3LBMA 1X6UA 2HS8A 4MY1A 5G4EA 4LS2A 5DCBA 1XC4A 3UY7A 5LGZA 5U7SA 1TMHA 1YTKA 3W23A 2VFFA 2LLEA 1ZJIA 2FJKA 3TNOA 3GXPA 1ME7A 3P5YA 1IXPA 1H61A 4I9AA 1GG1A 3LLDA 1KFEA 2OZ0A 1GVSA 4LOCA 1OVDA 3F4WA 5D04C 3S1UA 3PBWA 4AF0B 4O8RA 4MFDA 1KTCA 4LWWA 2Y88A 3U8GA 1EP2A 1P0KA 3JS3A 4DF1A 1VLWA 2Z1BA 5D38A 2R8WA 5A5WA 1P1XA 4OU1A 1F6KA 4QNEA 2YDAA 2H3DA 1QOPA 1OFPA 1EA0A 3NQMA 1OFEA 2F7FA 5CSSA 3BG9A 1FXPA 4DBEA 4M6QA 1S3HA 3W1PA 3ELFA 1Z42A 2ZQ0A 3C4UA 3IV3A 4GUGA 2Y61A 4ZQNA 1WA3A 2X2GA 4O52A 1SW3A 3G24A 2A1YA 5F2IA 3TK7A 1KBJA 2X1UA 3BLIA 2NUXA 4IPIA 3GKAA 2QUVA 1RZMA 4E2DA 3UYCA 1OFOA 1X8FA 4QIUA 4AXKA 5HQEA 4JICA 1K8YA 3M43A 3BW4A 1JRBA 2QR6A 3NPWA 3NGJA 2C1HA 1EWDA 1VCFA 1AW2A 1UASA 5FF0A 1F6PA 4IQLA 4MZ1A 4UFHA 3DFPA 1GPWA 4XBKA 1L6WA 4UTTA 4QNWA 4G1KA 1GVQA 3QM3A 1TIMA 2C0AA 5KTLA 3MWAA 3ZS4A 3DFQA 3UD6A 3LDVA 5LNWA 4IMCA 4Z0JA 4HHPA 3UWZA 3LV6A 1GZGA 1C29A 3HG4A 3CWOX 3MBDA 3NQVA 4FNUA 4HNNA 1EWEA 5LKYA 5LHEA 3W7EA 4YL2A 1VLIA 4WOQA 3LXBA 1QMLA 3S8HA 1S5TA 3QH2A 1I45A 4K38A 4BI6A 1TV5A 3KVMA 5LNUA 2XN0A 3CC1A 3MMTA 4MJZA 1DQWA 1DVJA 1H1ZA 3I6RA 5AN7A 3LBCA 4BF9A 3CPRA 4GBUA 4TU1A 3EXSA 2O7QA 3EX4A 4FX8A 4N9DA 1F76A 4RV8A 4WQ6A 3THAA 4MVAA 1TPUA 1WAUA 3WJWA 3NQEA 1H7NA 3HJZA 4O54A 5AC8A 1M5WA 4UTIA 2A4AA 2EGZA 3DKJA 1UUMA 4QAIA 3W2UA 1GYNA 4GNJA 2VELA 2WNQA 3UNDA 3W7QA 1NSJA 1OG0A 1ICPA 2GQ9A 4JTHA 3T4CA 4MZ8A 3NL3A 1TQJA 5IBXA 5F2MA 2FQIA 3GDLA 3NZ1A 3FA5A 4YLWA 4K7VA 5CZJA 3IEBA 4K39A 2VOMA 3A22A 3LTPA 2J24A 2W6RA 1EX5A 3W71A 3LHZA 3QPZA 1XBVA 4HKPA 1ZALA 3N2XA 3CB8A 3NPXA 3O07A 1TTJA 4X2RA 5DY2A 5HWNA 5HUPA 4LRTA 4ZQOA 3PC0A 3LRLA 4B5NA 1GWJA 5F4XA 1OJXA 2ZBTA 1V7YA 4XKYA 4E2BA 2NV2A 2QCDA 3QSRA 1EP1A 2JKPA 3QPYA 1G69A 1LRQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MSR A;  4FF7 A;  2YL5 A;  4UC5 A;  1R3S A;  1XLB A;  2GPT A;  3VOG A;  3W83 A;  3BOX A;  1LTD A;  4MY8 A;  5I5R A;  1CGY A;  3NYZ A;  2YDS A;  2ZA2 A;  1DWI M;  1CLX A;  2OYK A;  3UQN A;  1VH7 A;  3LMZ A;  1AJZ A;  4Q4R A;  3A47 A;  3CUZ A;  1KBK A;  2XZ9 A;  1FHD A;  3GFY A;  3BCJ A;  1JPM A;  2OZ8 A;  3PTK A;  3TN6 A;  2EHH A;  3LPG A;  3S1V A;  4E6M A;  4GXM A;  3INP A;  2OOD A;  2V3D A;  3QHN A;  3QGA C;  4OBS A;  1IIG A;  1UPM B;  4HHL A;  3LU2 A;  4IIG A;  1W1T A;  4QRN A;  1WUE A;  2H6R A;  1WBJ A;  3BIC A;  3HV8 A;  4GIE A;  3TLL A;  2DSV A;  1GHS A;  3VIK A;  2BX7 A;  5IFP A;  3BGG A;  4PTD A;  3K4W A;  3CTT A;  2Y6Z A;  3VDG A;  2OB3 A;  3ABS A;  2BHY A;  3VGF A;  4JDB A;  3G1F A;  4UTF A;  3DKL A;  7ODC A;  2DIK A;  3HTW A;  1P7T A;  5BXP A;  3G1H A;  4Y9A A;  1TR9 A;  4J28 A;  4UTT C;  3EX1 A;  4H6E A;  3UJF A;  4LC8 A;  1NH6 A;  1ZTV A;  4CNU A;  4QG8 A;  4H9X A;  1RD6 A;  3L2L A;  5CC3 A;  5HJL A;  5IOB A;  1KFB A;  3STC A;  3TSM A;  1ITQ A;  1OCB A;  1XV8 A;  4PBG A;  3QHO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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