5FF7 | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	325
structure length	325
Chain Sequence	ITLTENKRKSMEKLSVDGVISALAFDQRGALKRMMAQHQTKEPTVEQIEELKSLVSEELTPFASSILLDPEYGLPASRVRSEEAGLLLAYEKTGYDATTTSRLPDCLDVWSAKRIKEAGAEAVKFLLYYDIDGDQDVNEQKKAYIERIGSECRAEDIPFYLEILTYDEKIADNASPEFAKVKAHKVNEAMKVFSKERFGVDVLKVEVPVNMKFVEGFADGEVLFTKEEAAQAFRDQEASTDLPYIYLSAGVSAKLFQDTLVFAAESGAKFNGVLCGRATWAGSVKVYIEEGPQAAREWLRTEGFKNIDELNKVLDKTASPWTEKM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus pyogenes serotype m1
total genus	128
structure length	325
sequence length	325
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2015-12-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5ff7A00

2NUYA 2VENA 1Z42A 3RU6A 4UC5A 3OA3A 3EWBX 5DXYA 2ZRUA 3C6CA 1F05A 1V5XA 2Q3RA 3RFAA 2XFWA 5DBUA 4MPQA 3S6DA 4JY9A 2AQWA 1R2RA 1XXXA 4EF9A 3G1VA 4DBDA 4HNNA 3QSTA 1OX4A 4MIMA 5F2IA 3M5YA 4O16A 2CWNA 5FI8A 1X8FA 5I3FA 2X1UA 3EWZA 4AMAA 5F2GA 3NQAA 3W88A 4UTTA 1O95A 2X2GA 3MI6A 3C61A 4IWWA 2C19A 1AL8A 2E5DA 3NO5A 4UMCA 2DP3A 5AC8A 1UCWA 2P10A 2GVJA 5F2LA 2E1DA 1VHNA 2V2CA 4E38A 3DFTA 3EWXA 3C2OA 2WSQA 4I9AA 4A21A 4JTIA 4O1CA 4JX5A 3RF9A 3GNDA 4FNSA 2JKPA 2IQTA 5I3JA 2J24A 4TU1A 4ZQCA 3NA8A 3A5FA 3W1QA 1Y0EA 2ZTKA 4LC8A 1JUBA 1M6JA 2H90A 3GB6A 5I3GA 5AHIA 2V2DA 1ME8A 3E49A 5CKSA 2CLKA 4Z1CA 1GPWA 2C3ZA 1I45A 4JXCA 3S9YA 2PRHA 5D38A 4BFAA 3I7QA 2KZHA 2GOUA 3CWNA 2QDGA 4UTMA 2VEIA 4WXZA 4KKXA 2CZDA 1KFLA 5LHEA 5I3HA 3MO7A 4NZFA 2HS8A 1Z48A 1UB3A 1PS9A 1KM4A 3MP3A 3B0UX 1PE1A 4LVFA 2QUVA 4IPJA 1ZFJA 4IMDA 2VFIA 4ZZ9A 3CEUA 3P81A 4KWVA 2ZA3A 1KFEA 3DHFA 5DY3A 1I2NA 4I7UA 5HQEA 4DQWA 4LS2A 4S2CA 3CHVA 1QCWA 3LERA 1GG1A 1XUUA 2O7QA 4AHQA 5BOOA 2FPVA 4NNCA 2C6QA 2Q3OA 3NL2A 3FKRA 5A5WA 4PA8A 3T55A 4HHPA 4N6EA 1JUKA 2I14A 3MBDA 4JDYA 4XUGA 3QF0A 3TMQA 3W7GA 2QCGA 1H7PA 3OEXA 4UTWC 1KV5A 1P5BA 1W5OA 4FNUA 1ICPA 3QEZA 4PEKA 1EPXA 3W7KA 1SSDA 1SO4A 2OCZA 1W5PA 3BVJA 4OE7A 1R46A 3W7CA 3QYQA 4JIQA 2Y88A 3UY7A 1WX0A 2GUUA 1ME9A 2CLHA 4UTIA 1I2OA 3L0KA 5CPNA 1SR9A 1F7BA 2G96A 5FF3A 1KFKA 4YCPA 2X1SA 1L6YA 3SGZA 2JBMA 4LT9A 4IMEA 5AHNA 4O0ZA 3W1NA 4MY9A 4RCXA 3H55A 4A29A 4FNQA 3U2OA 3BG9A 4ADTA 4FNTA 1LCOA 4ICNA 3G8EA 4FNPA 3KXQA 3O63A 1EX5A 4YWIA 4ZVJA 3KHJA 2H3BA 4O52A 2P1FA 5K9CA 4QJ1A 4YL2A 3P8JA 5TQLA 4WY0B 1TPEA 4KFOA 4JTUA 4IGHA 2NV2A 3HPSA 3TW7A 1KM5A 1ONRA 1FXPA 4AXKA 5EMUA 1ICSA 3RLUA 4NNBA 1ALDA 4JN6A 1W5NA 1KTBA 5K4ZA 3G3DA 4XKYB 3BLEA 1S3HA 3LHVA 3W2MA 3QPZA 5C5YA 3W23A 1FWWA 5EL1A 3PUEA 1D3GA 2C14A 4LVAA 4PTNA 2PCQA 6TIMA 5HR7A 3GDKA 1QPRA 1G7UA 3G1FA 5G4EA 1G69A 4XQ6A 2GQAA 3BLFA 2XN1A 2ZZ1A 4O18A 1SO5A 4IMFA 3W85A 1QO5A 4Y90A 1VPXA 4YCOA 1S5TA 3TCEA 1ZAHA 4QQ3A 4DF0A 3LLDA 4RZ4A 3P74A 3WK1A 3W73A 3KVLA 5DCDA 1H7WA 1MEIA 4N9EA 1KA9F 1LOSA 1OF8A 3S1VA 1KM2A 1OG0A 4X2RA 1VZWA 3NAVA 3QZEA 4N02A 2YGYA 3LCFA 4OU1A 3HB9A 3NPWA 3QW4B 1JCMP 4H4IA 2V2HA 4BF9A 2C13A 3NPUA 4MY1A 2X30A 1OABA 3QH2A 2Z6IA 1SO6A 3IGUA 5LSMA 3GZ3A 1VHCA 3DXIA 3F4NA 1A5BA 3O05A 4QISA 3OBKA 3TQ0A 3MHUA 3MYPA 1W3TA 3M16A 1HTIA 1PCKA 1IXPA 3LHTA 2WO5A 3IIOA 2D73A 1SW0A 4CCDA 5KINA 1I2RA 3M44A 2WV8A 4M7TA 2YCEA 3M6YA 1UJPA 4GUIA 3TSDA 1EWEA 5G4WA 1H63A 4PCFA 1AK5A 4C1LA 5L9FA 4ZQOA 5IBXA 1LOLA 3W75A 3AJXA 1JCNA 3HF3A 3S1UA 2ZZ2A 2QCLA 4AWUA 2GQ9A 2YSWA 1B3OA 4Q33A 1TJPA 1JUEA 1NF7A 4UTUA 1GVSA 3QM3A 4QITA 3W6YA 4AF0A 4WQ6A 1PVNA 3E02A 3HPXA 3NEVA 3PBYA 2R91A 3EXSA 4DPQA 3TE9A 3FOKA 1KTNA 4MYXA 1WYIA 2C16A 2R14A 1LBFA 1VYRA 2Z1BA 3G18A 3KX6A 3VE9A 4GXMA 1F73A 2YX0A 2BSLA 5FEWA 5AFDA 3LCLA 4JYEA 3S5ZA 3W84A 1G7VA 3W7NA 1GVOA 4L4LA 2BWGA 3F4WA 1CW2A 3STFA 1K7FA 2B4GA 5K9DA 5G5IA 3ATYA 5E0KA 2H8ZA 3IVUA 3QRHA 1VCFA 3LX9A 4DELA 4UIOA 1K3UA 3NQ6A 1QNVA 1OK6A 4NJJA 3LXCA 2VOMA 3PAJA 1ZENA 2VELA 1VJIA 5K3VA 2CFFA 4JX4A 4WXYA 1I4NA 4IMGA 1C9DA 2W0UA 3E0IA 1UUMA 1EIXA 4UTTC 4UFHA 3I7SA 5D37A 3PR2A 4NZJA 2OT0A 1FCQA 3BW4A 1IGSA 3DGRA 3M0ZA 4GWEA 3NQMA 3THQA 4JICA 4ONVA 4DPPA 1FWTA 2FIQA 5GVJA 2QJGA 1LYXA 4TMBA 1XBZA 3S42A 2VXNA 3QMRA 3CTLA 2AAMA 3C0JA 1QMLA 5K4XA 1G6CA 1GT8A 2QJHA 1SFLA 2A0NA 4IQLA 2QJIA 1QWGA 4N6FA 8TIMA 3NQ7A 3DAQA 3DBPA 3EX4A 3W1MA 3KAOA 3S5NA 4NXSA 5BMWA 4RKAA 2J27A 4QIUA 4LOCA 4QM1A 3LHZA 1AW2A 1PL9A 4LU0A 3W2KA 3S5OA 4CLMA 3SSJA 3P61A 4LVBA 4FX6M 1OJXA 2YR1A 4AWSA 1UUOA 4S2BA 4JTFA 1DOSA 3PULA 4WOZA 1B4EA 3NQVA 4WZHA 2V5LA 3UZ5A 3B05A 3KRUA 4UXDA 4O1BA 1DQXA 1FDZA 3EWUA 3N73A 2ZTJA 4PL2A 5KITA 2V9DA 3L5MA 5FEZA 3EB2A 3DZ1A 3NQCA 2BZNA 4JIPA 4GBUA 1OFBA 3TV8A 4IXXA 3LRLA 4QNEA 3CIWA 4UTKA 4JD4A 3CIXA 4JTSA 2HTMA 2ISSA 4TO8A 2DZXA 3JR2A 1WOBA 3PC0A 5EY5A 4XBSA 4TIMA 1C29A 3PBVA 1GTEA 4DF2A 2OMAA 3HGOA 4HPXA 4Q4KA 2C18A 4JTKA 4OV4A 4CNOA 3WK2A 3EWYA 1TRDA 3SIZA 3W7OA 1EB3A 5D09A 3C3NA 3N2XA 4H6KA 2DZVA 3GDTA 2FJKA 4RLIA 1XL9A 2WOQA 5F4WA 1BWKA 4K7YA 1TV8A 3QSRA 3LCXA 3M5ZA 3SW6A 4JX6A 1KBJA 4NQ1A 5C6MA 1FY6A 4FIQA 3QMTA 4ZQMA 3O6CA 4NJGA 3LXAA 3SGUA 2NUWA 2C0AA 2NXHA 4M6PA 4X22A 2OZ0A 1HO1A 3TMLA 4LTSA 1KV8A 2DORA 2VFDA 3CEPA 1TRIA 3W3OA 1X1ZA 5AYYA 1GQNA 3UXAA 1RV8A 1VLWA 2A6NA 5D2TA 1H50A 1TPFA 3GR7A 5LGZA 1F6PA 4LS0A 1X6UA 1TMHA 3LCHA 4HSOA 1S5VA 1XC4A 1L6WA 5HUOA 4GC4A 2CLIA 1QOQA 3BPWA 3LV5A 5D2XA 3MWAA 1P0NA 1K03A 1THFD 2Y61A 4IX0A 5HUPA 5KTLA 2A4AA 3LHUA 3NPXA 1W54A 1J5TA 2GPTA 4HT3A 4O8RA 3WFAA 3T44A 2H8XA 3ATZA 3KFTA 3GNNA 4FHAA 1TJRA 3CPRA 3GXPA 2UV8G 4LVDA 4BWLA 5AYXA 1O5KA 5C54A 1VYSX 1JRCA 4O50A 3GVGA 5G2IA 3W2JA 1JVNA 3BLIA 2Z0IA 3GK0A 1TB3A 2ATSA 4ZQPA 5I3IA 1QDSA 3NL6A 4I7VA 1KM3A 4AB4A 5C55A 3W7MA 4HNTA 3N14A 3OVQA 4U4MA 1LRNA 3M47A 4CQAA 1TTPA 2ZRWA 3UPBA 3IIVA 1SW7A 1R2TA 1RZMA 1GVFA 1LBMA 3NXFA 2E6DA 2Z6JA 2YZRA 1VGAA 3I7RA 3E12A 1Q6LA 5EA9A 3DFNA 5SWUA 2ISVA 3N9RA 1SZFA 3C2RA 3INPA 1H1ZA 1TREA 2ZDRA 1IIHA 1W0MA 4ZQRA 3FYOA 4PC8A 3A23A 1Q3NA 3FS2A 1O5XA 2G97A 3LTSA 3K30A 3S0CA 1LLZA 4H3DA 3WJZA 2E5BA 4AF0B 1GWJA 3ABSA 1SPQA 1F76A 3R12A 4DO5A 4DBEA 1ADOA 4N4QA 3MMTA 3IV3A 4E2BA 2ZA1A 3GLCA 3NQ2A 5HWMA 3L5AA 3WJXA 5D03A 3LTPA 2A1YA 5HINA 1KTCA 3P7YA 3UD6A 2P0OA 1KLZA 3RMJA 1K02A 2NUXA 4OQVA 2QKFA 1TTIA 3T4CA 3KVMA 5K2ZA 1SQ7A 5KZEA 3NOEA 2V0TA 4EOUA 5IBXC 3TKFA 3W87A 3YPIA 2YYTA 3HO8A 4AWTA 4KWWA 3O06A 1UBSA 1H62A 2ZRZA 4RZ6A 3N19B 3W2UA 3S1WA 3CC1A 3Q94A 2V5BA 1BWLA 1SSGA 2DZSA 4RX0A 2DZPA 2VFEA 3GIYA 1DV7A 2A2IA 4M6VA 1GVQA 1K7EA 1YDVA 4POCA 4GUHA 1HL2A 3DHDA 2R94A 2Y62A 1NSJA 2VFFA 3HBLA 2YW4A 5LKYA 5FF4A 1LM1A 3STCA 1QFEA 1IXOA 3ANYA 3PY2A 1PIIA 3TFXA 3L0NA 1WXJA 3LRKA 1GOXA 2TPSA 3LB0A 1DVJA 1RVGA 3STEA 2ZQ0A 3NGJA 1KFBA 3ABOA 2QDHA 4FNRA 1XUZA 4LC6A 4DF1A 4UR8A 1EP2A 2Y89A 1EEPA 2Y85A 4MFDA 3P60A 3EX3A 4K8HA 3TROA 4O10A 4P61A 5F2MA 1AW1A 4K36A 3HG2A 3SFKA 3SY5A 4HNVA 1ZJIA 2FB2A 4DO6A 2PRLA 3C2VA 3TSBA 3W76A 2CZFA 2TMDA 1WV2A 4IX2A 5FEXA 1YTKA 4JYDA 3NL5A 4O53A 1YPFA 1OFAA 3KRZA 1K8ZA 4FIRA 1K8YA 2YYUA 5KSWA 4MLJA 1XBXA 4MJZA 4NJIA 3JS3A 3W7IA 2OJPA 1O94A 4RZ5A 1TV5A 5E1QA 5AC6A 1LLWA 1G67A 1TIMA 4RV8A 2G5WA 1W37A 5D33A 1T99A 4GE8A 3B06A 1TPVA 3TXVA 3KRSA 2WNZA 5DELA 3ELFA 3W7HA 2QCMA 1XBYA 1YDNA 3PF3A 3BO9A 3OG3A 1YLVA 4UFMA 2NX9A 1OX5A 3HMJG 3TK7A 4ZQNA 3BARA 3GXTA 3G1XA 1WBJA 2RFGA 1H51A 2CLLA 4LV4A 3TAOA 1B9BA 2HS6A 1BTMA 3GAKA 4HN4A 3DFQA 3L21A 4O12A 3ZFHA 3SI9A 2EAWA 2WQPA 1WAUA 3TX9A 5F1UA 1PHQA 1B57A 1S5WA 4TX9A 3U6WA 5EBUA 3RLVA 2EGZA 2R8WA 1GVRA 6ALDA 4M7SA 1A5SA 3UWYA 1FWRA 1H7NA 1KBIA 1A5CA 1HUVA 3LLFA 2W6RA 5FEPA 4ALDA 3UPWA 2JK2A 5H91A 4ORMA 4WUIA 2J9XA 3IGSA 2ZBTA 1XCFA 4QAIA 3W7RA 3G0XA 1TPWA 3V75A 3P67A 3LCGA 1KM0A 3LV6A 4XTDA 3VFLA 2EF9A 5J5RA 1OYCA 3EXTA 3C2FA 2Y7DA 2Y7FA 1VQTA 3EX6A 4LY8A 1KW1A 3NZRA 5DXXA 1TPUA 4Z08A 3S5YA 3M9YA 3W7PA 1XFBA 2B7PA 1OHLA 2HSAA 3HG4A 3THAA 3ZWTA 1I8JA 5KZDA 4MOZA 1TPB1 2I9EA 3DFOA 3R89A 3TIMA 4LUIA 3N34A 3W1TA 1H7RA 2Y7EA 5LGXA 3W7QA 1Q6QA 3PB0A 4UTLA 2RDTA 3NM1A 3AO0A 3HGRA 5F4SA 2YPIA 3TC6A 1RR2A 1E51A 4BI5A 3T78A 4Q32A 2FTPA 4NX5A 3GDRA 1OK4A 2F7FA 3ABRA 3IIZA 4OGZA 1X1OA 1T0OA 4HKPA 1XDMA 3LHYA 4M19A 1OYAA 1W56A 1M5WA 5DLCA 3M43A 1H61A 2Y70A 4TR9A 1TPDA 1L9WA 2XN0A 4FXSA 4NJHA 5ABTA 4UNLA 2YW3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5FF7A

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