5G1Y | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	247
structure length	232
Chain Sequence	MIIPALDLIGGTVVRVLRDYGNDPLPRLQDYAAQGAGVLHLVDLTGAKDPAKRQIPLIKTLVAGVNVPVQVGGGVRTEEDVAALLKAGVARVVIASTAVKSPDVVKGWFERFGAQALVLALDVRIDEHGTKQVAVSGWQENSGVSLEQLVETYLPVGLKHVLCTDISTLASNVSLYEEVCARYPQIAFQSSGGIGDIDDIAALRGTGVRGVIVGRALLEGKFTVKEAIQWQN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__837455854606574__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__837455854606574__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5G1Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__837455854606574__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"837455854606574","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5G1Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__837455854606574__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d011e0194da184a4cf541ab/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d011e0194da184a4cf541ab/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d011e0194da184a4cf541ab/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d011e0194da184a4cf541ab/pdb.gz): 635 ms

reading 232 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

232 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:231});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Salmonella enterica
publication title	Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	SULFATE ION
total genus	80
structure length	232
sequence length	247
ec nomenclature	ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date	2016-04-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5g1yA00

3N19B 1E51A 4MYAA 3M5VA 3G0XA 3T40A 4M7SA 3T55A 3OVQA 3B4UA 3LLFA 3O6YX 4ONVA 4NNCA 2DJLA 2ATMA 3P84A 4JY8A 3STEA 1I2NA 3IGXA 3QSRA 4HIBA 3W74A 4UTMA 5F1VA 4AWUA 1P0KA 3BVJA 3TQVA 1QAPA 2OT1A 4K36A 4O19A 1LBMA 5CZJA 3NVTA 1VCFA 3W7EA 1H61A 1IXQA 1G6CA 1FWWA 4LV4A 5D2XA 5AN7A 3P74A 3QM3A 2QCNA 3NR0A 3W7NA 3NQ7A 3KRUA 3W07A 4AB4A 1W31A 4CNNA 4BI6A 5BOOA 1K7EA 1PIIA 3VE9A 3W3OA 5BMXA 3S6DA 2C13A 4ZQPA 3QH2A 4ICNA 4NZFA 1D9EA 4O28A 3GAKA 4X9SA 2NX3A 3NG3A 1W1ZA 4JEQA 2E6FA 2FLIA 1D3GA 3DI0A 3CIXA 4UTIA 1F6PA 3SECA 5CKSA 4YMZA 2ZQ0A 4Y6GA 5AB3A 3U2OA 1SW3A 1ZNNA 1PS9A 5D38A 4PCFA 3PULA 4JR5A 2YW3A 3CPRA 4PL2A 5CSRA 5HR7A 1GQNA 2DP3A 2NV2A 1FCUA 5ABTA 2RDUA 1I2RA 4GRSA 1TTJA 5F4XA 1LZOA 1F74A 3FFSA 2Y7DA 4DQWA 5KINA 3V75A 4DF2A 5HWNA 1W3IA 2P1FA 3CEUA 3N14A 1GWJA 1FWRA 3U8GA 3S0CA 1NEYA 2CLFA 4K7VA 2D73A 2AAMA 5KSWA 1GYNA 3QFEA 4MFDA 2PCQA 4W9TA 1TB3A 5K9DA 3DFQA 3QPYA 1QO5A 5LNSA 5C54A 2O7SA 2VFFA 3G8EA 1ML1A 4QSHA 3HGJA 4EF8A 3LCFA 3LOTA 1TPEA 3QYQA 1XUZA 4N6EA 1WOAA 2CLEA 1ZHAA 1YTEA 3LCLA 2QCMA 3UPWA 3CEPA 3JS3A 4RZ6A 1K7XA 1FUYA 2A0NA 1VH7A 1CI1A 4QQ3A 4LV9A 3CHVA 1SZFA 3G1VA 5KZMA 3LCWA 2Y7GA 3LI1A 3P81A 5F2GA 1B4KA 2GOUA 3NQAA 2E6YA 3MHGA 3PB2A 5FF0A 1LORA 5F2IA 2J9YA 3AO0A 3R12A 1LP6A 3W2JA 1VZWA 3TQKA 3GDLA 3W7QA 3DFSA 1JCMP 2PRLA 1XBVA 1L9WA 1DKWA 1DQWA 1TJRA 4JIPA 4K6AA 2LLEA 4DF1A 1A53A 3Q37A 4C1LA 3O6DA 4IMGA 3GXTA 1ZCOA 1YPFA 2GQ8A 1OJXA 3KHJA 3THQA 3G1HA 1B4EA 4MIMA 3EWWA 3GDKA 1W56A 2GVLA 3W1LA 4LUIA 3KVJA 1BTMA 1JVNA 1WA3A 2BXVA 2RKXA 3U6WA 1H7OA 1JRBA 2E09A 3PR2A 1XFBA 4UTTC 2V8ZA 2B7OA 3JRKA 2QUUA 5I3GA 3W7IA 3CC1A 3DFTA 3SIZA 3N34A 4K39A 1VLWA 3M41A 2YCEA 4N9CA 4FIQA 2YZRA 2NWSA 4UMCA 3KVLA 1ZENA 3C4UA 1SFJA 1ZFJA 4LC8A 4KWVA 3LCIA 4UTTA 4U28A 3CTLA 4M6VA 2NLIA 3S8HA 1JCXA 3G1XA 3HG4A 5AC8A 5H2ZA 2Z6IA 4ZVJA 3DENA 2QEZA 1YYAA 4IUOA 2XN1A 2DZSA 1I2PA 2CWNA 4GWEA 1SZGA 3TC7A 3MWAA 4CCCA 1O95A 5C6MA 4NJGA 4UCGA 4O14A 5F4WA 4GUFA 4WY0A 1S5WA 1TV5A 3NQDA 2BLEA 1VPXA 1H5YA 3NQCA 3W7OA 1I2QA 4O1DA 4RK8A 1B3OA 3CWOX 5EBUA 2J27A 3IV3A 3SFKA 5CGQA 4PC8A 5CPLA 1FBAA 4JIQA 1TV8A 3W1XA 4ZQOA 3LLDA 3M5XA 3TDFA 1VYRA 4L4MA 4PTNA 5KITA 1SO5A 3IRDA 3MI2A 4QNEA 2ISVA 3TSMA 3W7PA 3MP4A 2H3BA 3M43A 3SJ3A 3W2NA 3GVGA 4JGDA 1M6JA 4TMBA 3EWXA 1RQHA 3DFPA 5D30A 3QMTA 1TPB1 1G4SA 4CQAA 2ZZ4A 3E49A 3P61A 4JX4A 1VHCA 3KVKA 5LNRA 3W1NA 2GJLA 2YXGA 2A7RA 3OHIA 3HF3A 3L66A 2NUXA 1FXPA 1NF7A 3DI1A 4UTJA 4N9BA 2HS8A 3UWYA 1GVOA 1KFLA 5HWMA 4NZJA 3NGJA 1EX5A 5CG7A 4A22A 3LRLA 4UTUA 4O1CA 1F76A 1VYPX 3N73A 1TQXA 3MP3A 4PFMA 1F7BA 3DXIA 4XUGA 2YX0A 3PWAA 4E2BA 3E96A 3MW7A 3MYOA 3R89A 2VEPA 3G3DA 5DBUA 2QF7A 3P5YA 4GFSA 4YCPA 3BW4A 1TO3A 4UIOA 5D2YA 3C2FA 3W1RA 2YR1A 5AHIA 4KFNA 3MI3A 2GPTA 4CCEA 2EPHA 4H3DA 1IIHA 2JBMA 3QQ0A 5K4XA 3KFTA 1XDLA 5K7JA 4LWWA 3F4NA 4LTSA 4WJEA 2V5LA 3S1UA 4DO5A 1L6SA 2ZRXA 1C29A 5DCBA 3STFA 5LNVA 1N7KA 3SSJA 1IXPA 3HPXA 3OVPA 4N2YA 2JKPA 3S9YA 5F1UA 1X6UA 3LRMA 1KW1A 1RPXA 5BMWA 3G1DA 4RX0A 2B0MA 4LC6A 2Y61A 2Y62A 2FPYA 2NX1A 1PHQA 3W7JA 1SSGA 3GLCA 2HS6A 1GVFA 4JYFA 3TFXA 3N2XA 3GYEA 1JUEA 5C55A 3TQ0A 3KRZA 4UTLA 3PBUA 4PODA 3H54A 4O15A 1R2TA 2CLOA 1FDJA 5CPMA 4L4LA 3JR2A 1XDMA 3HJZA 1SO4A 1TREA 4JN6A 3BPWA 4ORIA 3G3MA 1K3UA 3A5VA 3NL6A 3KVMA 1LRNA 1LDCA 4MJMA 4M7TA 2AGKA 1MZHA 4ZZ9A 3KXQA 2CLLA 1ZAHA 3W7HA 5C5YA 1YDOA 3CB8A 1QOPA 4JTFA 2CLMA 1FX6A 5AHNA 1ME9A 1W5OA 4Y9AA 4DXVA 3EB2A 1NVMA 3DKJA 3ZS4A 1PE1A 3LXAA 2ZZ3A 3MBFA 3PM6A 2YSWA 3UWZA 3RFAA 2X1SA 3G1YA 3R8RA 2ALDA 3RU6A 5LNUA 3LI0A 3TMQA 3T7VA 4UMBA 3P67A 3GKAA 2Q8ZA 3PAJA 4WX2A 1JULA 3ABRA 3PF3A 1Q6LA 3G18A 2CZEA 2F84A 1F05A 1VLIA 3EWYA 1WV2A 5EA9A 1LOLA 4RJEA 4I7VA 2ZZ6A 2QAPA 5AHLA 2ISWA 5DY2A 4GJ1A 1PHWA 3OVRA 1D3HA 4EVZA 4IMFA 3ZFHA 4YL2A 2JKEA 1WYIA 2PC4A 5TIMA 3DKLA 3A5FA 1K03A 5AYYA 3LDVA 2YDAA 3UNDA 2ZRUA 3LCGA 4O0ZA 1F2JA 1S5TA 1U5JA 1W0MA 3QPZA 3QMRA 1UASA 2XFWA 3GR8A 2C14A 3P82A 4IXXA 5HUPA 3STGA 1QPOA 2FJKA 3FS2A 2VFHA 4FX8A 4NJKA 1DORA 1MEHA 5DCDA 4A2RA 3RF9A 4NNAA 3FOKA 4JX6A 2QJHA 4Q32A 1KTBA 2FPVA 3G0UA 3O06A 4Z1AA 5FF2A 4UFHA 4O4VA 1H7RA 1H7PA 1TPDA 1TQJA 3UQNA 2C18A 1RZMA 3W76A 2C1HA 4AWTA 1KV5A 1VRDA 1EEPA 3NZ1A 4O12A 1EUAA 1QMLA 1TRDA 3OIXA 3NOEA 3GXNA 5G2IA 1DVJA 4FNRA 2A21A 5FEWA 3GK0A 1SW7A 5A5WA 4QM1A 4K37A 4HT3A 2EGZA 2VELA 3VE7A 1TYGA 3MHFA 3O6CA 2ZA3A 1JCYA 4NJIA 3L65A 3W87A 1XBZA 3S5NA 5EPDA 1JR1A 1KFBA 4RZ5A 3FYPA 4IPJA 1FWTA 2VFEA 1LLWA 4JTUA 4K8EA 3UWUA 1KM1A 2ZA2A 2Q8LA 5G2HA 1B9BA 1XL9A 2P0OA 1V5XA 1RR2A 2C0AA 4Z1BA 4N4QA 3O16A 1QDSA 1KM2A 1MEIA 2C15A 2V2DA 2HTMA 3NL3A 4K8HA 2G5WA 2V81A 3QF0A 3W9ZA 3F4WA 1XUUA 2ZZ1A 5GVJA 1LLZA 1TPWA 2ZRWA 2A1YA 1CW2A 2R14A 4M6QA 3NQEA 3IIVA 3WK3A 1A5SA 2GVJA 4LT9A 3W7KA 4HSNA 3BK0A 4IJBA 2OT0A 3QRHA 2E6DA 1RD5A 1WDWA 4MKNA 3W1UA 4XBSA 1KM6A 1RQBA 1OX6A 2E6AA 4JTSA 1LROA 3GXPA 4QJ1A 1ICPA 4XKYB 5G2WA 1OG0A 2B4GA 4X3ZA 3QQ1A 3THAA 1OYBA 2VEIA 4JX5A 3CU2A 3RMJA 1XXXA 4Z0SA 1AMKA 3G0SA 4CQ8A 4O10A 5K3VA 3LXCA 5HULA 4XTIA 1JQVA 3DBPA 3T44A 1EP3A 5FESA 1Q6OA 2YFOA 3NZRA 5U4NA 4I7UA 1ZAJA 3HIJA 4ADSA 1GG1A 3BGJA 4J9JA 1THFD 2WNNA 1EUNA 4HN4A 5EY5A 5I3KA 4HKPA 3TA6A 4OGZA 1S3HA 2VFDA 1L6WA 2QDGA 4R53A 4DBEA 3W85A 1WAUA 4M19A 4O0KA 3RLVA 4JTEA 4LOCA 4EOUA 3NPUA 3LV5A 3G22A 3W1PA 1O5KA 2G97A 3F03K 3HMJG 3B04A 3LXBA 2I1OA 2A6LA 1PV8A 2FPTA 1IF2A 1DBTA 3W1TA 1M7PA 3L0KA 4TR9A 2J88A 1MXSA 4NJJA 1K8YA 3SW6A 5L9FA 1W5MA 4MY1A 1OX4A 3EX6A 1JCJA 2VEKA 3MI6A 5BW6A 3BG5A 3M16A 4HHPA 1I45A 1V7YA 4NJHA 3C61A 5I3JA 2F7FA 1AL8A 2FTPA 2ZTKA 1M5WA 1XC4A 1FCBA 2G96A 1UJPA 4JTKA 1KTCA 3O05A 4UFLA 3WK0A 1WBHA 3LRKA 4OE7A 1T8XA 4UNLA 5FF3A 1G7VA 3HGSA 4IPIA 3I7QA 4O16A 1I2OA 1G4PA 3HGRA 4DF0A 3TXVA 1YADA 5T26A 2FFCA 3FLUA 1HG3A 3BG9A 3P8IA 4K7YA 4OBTA 4BI7A 1TTPA 5DLCA 1AW1A 2QCFA 3B06A 3HG3A 4ALDA 1OYAA 2TPSA 5HQEA 1TPUA 3BW2A 4Z1DA 2A2IA 1ADOA 4DPPA 3NQVA 4FNPA 4RV8A 3TROA 4PEKA 3W86A 3GDTA 1OHLA 3NPWA 4R33A 1NF0A 4NXKA 3W7RA 4O18A 3L0GA 1SZNA 1YLVA 3KAOA 1IXNA 5EL1A 3CIWA 3L5LA 1FWNA 4RXGA 2FDSA 1KFKA 1YXCA 4WXZA 1ALDA 1O4UA 4NX5A 3QJAA 4NX0A 3WJSA 4CNOA 3W2KA 5D02A 1DHPA 3M47A 1LCOA 3VCRA 4Y90A 1SSDA 1F73A 4M5PA 3NXFA 4ORMA 3GX9A 4E38A 2WNQA 3MO7A 2WQPA 1BWKA 1WX0A 3S5ZA 4S1FA 1OX4B 4A21A 1WQ5A 5K9XA 4UUIA 2ZZ5A 7TIMA 4MVAA 3F1QA 1OFOA 4RXFA 3M1ZA 3AJXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5G1YA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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