5HJL | Genus

Total Genus 120

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	322
structure length	322
Chain Sequence	SNKKAYLEKVSRDGIISALAFDQRGALKRMMASHQKEEPTTEQIVSLKRLVSEELTPYASSILLDPEYGLPAIEVKDQKAGLLLAYEKTGYDAKTSSRLPDCLEDWSVKGLKAAGADAIRFLLYYDVDGNEAVNHQKKAYIERIGSECQAEDLPFFLEILTYDEKISDNSSIAFAKVKAHKVNEAMRVFSAKRFGIDVLKVEVPLNMAYVEGFTEGPILYSKADAALAFKEQEAASHLPYIYLSAGVSAQLFQETLIFAAQSGATFNGVLCGRATWADVVSVYIKEGEAAARQWLRQEGVKNIESLNDVLAKTASPWTNKVL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__433948041509415__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__433948041509415__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5HJL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__433948041509415__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"433948041509415","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5HJL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__433948041509415__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0130de9d0c17ba90244f72/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0130de9d0c17ba90244f72/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0130de9d0c17ba90244f72/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0130de9d0c17ba90244f72/pdb.gz): 621 ms

reading 322 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

322 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:321});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus porcinus str. jelinkova 176
publication title	Structure and Characterization of a new class I Tagatose-1,6-bipshosphate aldolase from Streptococcus porcinus : switch in specificity directed by an Arginine rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase
total genus	120
structure length	322
sequence length	322
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2016-01-13

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5hjlA00

1KBIA 3EX1A 3LHTA 5K7JA 4BI6A 3G24A 3IGSA 4X9SA 3W7MA 4O16A 3MP3A 1HFBA 2WPBA 1H62A 5CPLA 4AF0A 1BTMA 4O0KA 3W7QA 1YDOA 2QCLA 4E2BA 3GNDA 5KITA 2Z2UA 3W2KA 1R2RA 3A23A 4DQWA 5EMUA 1MXSA 2BZNA 2HSAA 2V5LA 4EIVA 2ZZ5A 4QJ1A 4LWWA 3VI2A 4AB4A 1EUAA 2YFNA 1EP3A 3KOFA 3W22A 1TPEA 1WOBA 3CEPA 3QC3A 2Y70A 5DXYA 1RQEA 3C0JA 1Z48A 1PVNA 4QISA 3RMJA 3QMRA 3NO5A 3QEZA 3LX9A 4NQ1A 3VKJA 3LHVA 4XBKA 3QZEA 2J27A 3MYOA 3BGJA 3PUEA 4EVZA 3S5OA 4N9DA 4IMDA 2PURA 1W56A 3NQVA 3C2FA 4GXMA 3S1XA 4ZMGA 1FCVA 3KVJA 4A22A 1JUBA 5D2VA 4UFLA 3O1NA 1SO6A 4UIOA 1QPNA 1KFBA 4LS1A 2BX7A 1GG1A 2J88A 4UTKA 5G1YA 3B0UX 4YCPA 5KMYA 2B4GA 3WJSA 1W31A 5I3HA 4FX8A 3MP4A 1TPH1 2B7NA 2YW3A 3MBDA 2ZRXA 1KA9F 2X16A 3LRKA 4UMCA 4MJZA 4HHPA 4ZQNA 4XTIA 2WKJA 4I7WA 3G1HA 2NX1A 4AHQA 3T4CA 3PULA 3W70A 5F2GA 1XCFA 3CB8A 2B0MA 2OX1A 3M1ZA 3NQGA 4K8EA 3G1DA 1W5MA 4R7JA 1ICPA 5K9XA 2OZ0A 2V81A 3NQMA 4Y90A 4EWND 3KVMA 3GDTA 4O11A 4QNEA 1TPDA 3GX9A 1JR1A 1XXXA 3S1VA 4UR7A 2UV8G 1SU5A 3NQ6A 2ZRYA 1AW2A 1W5PA 3L0GA 1VLIA 1I2OA 4LY8A 4XUGA 2P10A 4I7VA 1OYBA 1T99A 1X8FA 3ABRA 4LT9A 1H50A 4EF9A 4KFOA 1KM6A 2ATSA 4OE7A 3SY5A 1GOXA 4DELA 1EIXA 5I3IA 1KTBA 2HS8A 4JTGA 3UD6A 2V30A 4LUJA 4O50A 3M16A 1OX4B 4OQVA 3BG5A 1IXNA 3R5EA 4LVAA 3MJYA 1UASA 3NYZA 3CWOX 5AC7A 2NUYA 3FLUA 4O1CA 3JR2A 3TC6A 5K3VA 1D9EA 4N02A 4N4QA 3NQCA 2GVLA 1VC4A 3C6CA 2YW4A 1JJKA 3ATYA 5DELA 3BW2A 1K8ZA 3TQVA 4KKXA 3QSTA 3E12A 3LCWA 1TTIA 1K03A 1H7PA 2ZRWA 4QIUA 4DF1A 4UTUA 1F6KA 3LCXA 1RZMA 1VYRA 4O57A 1KW1A 4BI7A 4LOCA 1K8XA 2JGYA 2ZZ4A 2ISSA 4IMCA 5DN1A 4BI5A 2ABBA 3PB2A 1WA3A 3EXSA 2ZA1A 2C18A 2V2HA 1D3HA 1T96A 1GVSA 3GAYA 1TTJA 2C3ZA 3HMJG 4JXCA 2Y7EA 3GDLA 4MZYA 3C61A 4QAIA 5CG7A 3W85A 3G3MA 2EAWA 4X22A 5F1UA 4A3UA 3NQ7A 2A7RA 1S3HA 1SQ7A 2Y7GA 5EY5A 3SR7A 2ZQ0A 4LV9A 5I3FA 4RXGA 3EWWA 4U28A 1DVJA 4AHPA 1FWTA 3C2RA 3EEGA 1TMHA 1VH7A 3S6DA 1TTPA 4ZQCA 5AYYA 1W37A 1B9BA 3TJLA 1LZOA 5KINA 3NPWA 3G0SA 5FESA 5DY2A 1I2PA 2GQAA 3I7RA 2X1UA 1KFJA 4TO8A 4GNJA 3L2IA 2OCZA 4XQ6A 2C1HA 1A50A 3G8RA 2VENA 1K7XA 3LM7A 1P5BA 2GOUA 4JTLA 5AC6A 3HIJA 1KM4A 2AAMA 5BMXA 5F1VA 3PBYA 1OK4A 3KXQA 1SO4A 1VS1A 4O14A 2ZRUA 3CPRA 3M5ZA 3P67A 1V5XA 2GJNA 2YR1A 1DBTA 4HIBA 2CLIA 1S5TA 4NXSA 4ZQRA 4QNWA 2Y6ZA 2QJHA 4CLMA 3GXTA 4JTIA 4JTKA 4OBTA 3BW3A 3FEMA 1VHCA 4BR1A 3BLEA 3HGOA 2QCDB 3WK2A 4MOZA 2EF9A 1YYAA 1ADOA 4I9AA 1DQWA 3TA6A 1DQXA 1H7RA 4FNRA 3N2XA 5G1TA 3G1FA 3W1MA 2FTPA 3RNDA 3IGXA 3TV8A 1OFBA 4HPJA 4JYEA 3R12A 4R33A 1FDZA 5KZMA 2C16A 3KFTA 4CQ9A 3NA8A 4FEZA 1R47A 2B7PA 1C9DA 5C5YA 4IMFA 1TYGA 4UFJA 2FJKA 1GYLA 2G96A 2WNZA 3DKLA 4UTHA 1CI1A 3QYQA 1S5VA 4AMAA 1W8SA 3GNNA 3QMTA 3N14A 3W23A 4K7VA 2FLIA 3RK8A 3ZR4A 3GIYA 4R34A 1LBMA 4H3DA 4I7UA 1ICQA 3D0CA 3EWYA 2E77A 3USBA 2RDWA 2WV8A 4QSHA 4YWIA 3CIWA 4N2YA 1XUUA 2WJZA 2V8ZA 4NX0A 1OHLA 3B0PA 1RQHA 3FJLA 4HSNA 2YFOA 2PRMA 3LCGA 2KZHA 5FEZA 3DFNA 3DFSA 3W9ZA 1WDWA 3SGUA 4K39A 3NPVA 4WXZA 1L6SA 2GJLA 4WXYA 2NX3A 4NJHA 3OBKA 1ME8A 3O06A 2J9ZA 1F5ZA 1GJPA 4MY1A 1DL3A 3NOEA 1QDSA 3V1PA 2HMCA 2X2GA 2GPTA 1MEHA 1OK6A 1OYAA 2ZRZA 3IVSA 3FFSA 4JYDA 4WJEA 3W76A 3PF3A 4AF0B 3PSVA 3UWZA 1JCMP 1MEWA 4NJGA 1JVNA 3W71A 5EL1A 5U7SA 3BO9A 5KSWA 2ZBTA 3GDKA 3HGRA 1W1ZA 3G3DA 5BRBA 1IIHA 3EB2A 3P8IA 4XBSA 4Q4KA 3UPWA 3C2VA 1K7FA 5AN7A 4E38A 3AO0A 3I65A 3KVLA 4MVAA 3YPIA 4U4MA 5DLCA 1O5KA 3CIXA 4FXSA 5LZLA 4NX5A 3GXPA 4IPIA 3STCA 1TQJA 5FF7A 4ZZ9A 5HR7A 1ZAIA 1I45A 3PG9A 2HS6A 2V0TA 1G67A 2BTMA 3DFPA 3TKFA 1TPC1 1IXPA 4N9BA 1JRCA 1WOAA 1EP2A 3QW4B 2V9DA 1JULA 4PC8A 3IGUA 4Z1BA 3TK7A 3BV4A 3O05A 3OVRA 3ZWTA 3NQAA 2C15A 3LCIA 2Q3RA 4RK8A 4BWLC 4YCOA 4WY0B 5K9CA 2VFHA 1UUMA 2WSQA 3CT7A 3G1VA 4YMZA 2J9YA 4UXDA 5HWNA 5H2ZA 3NQDA 3FIGA 5LSMA 3TCEA 4AXKA 2Y62A 5BOOA 1SR9A 2R91A 5D37A 2OT0A 1VHNA 3JRKA 3QRHA 2D73A 4XWUA 2OJPA 2J9XA 5DCEA 3GXNA 3FKRA 4O15A 3FKKA 5LGXA 1X1OA 4IX0A 4C1LA 1H7OA 3A9IA 1Q3NA 4JTUA 4MYXA 4O52A 2TYSA 4AHOA 3FYOA 4LTSA 4UMBA 6ALDA 5C55A 2NXIA 4P61A 1RPXA 5DBUA 3TXVA 1AK5A 3R89A 3SGZA 5TQLA 3BVJA 1ME7A 3PS7A 4M7TA 4RXFA 4RX0A 1QPQA 4GUGA 3IIXA 2DU2A 3LCFA 4WX2A 3PSWA 1DORA 1ZNNA 3P60A 4DF0A 2RHGA 3CHVA 1M5WA 3T7VA 2Z0IA 3TIMA 3NQEA 4MLRA 1P1XA 3I68A 4UFHA 5G4EA 3ATZA 3QQ0A 4DPQA 3V75A 5CZ0A 1MSSA 2JKAA 1G7UA 3LV5A 2X30A 4WQ6A 1G7VA 3W07A 4KFPA 1SZNA 2EHHA 4NJJA 5E0KA 3BG9A 1KV5A 3EKZA 5DBTA 2W6RA 3TW7A 1LROA 2A4AA 3G1YA 4N6FA 4N9CA 5CKSA 3W1AA 3UZ5A 2E6DA 1HG3A 4JIQA 4OV4A 5HWMA 1A5BA 1M7PA 4TU1A 4BWLA 3T44A 2E5BA 2FPYA 3VCRA 3W7DA 2RKXA 1G4TA 5FEWA 4WOZA 3W87A 1B3OA 1SFJA 3HQ1A 4LVDA 1S5WA 3MI6A 4O19A 1H60A 3N34A 4BF9A 2CW6A 2QCHA 5SWUA 1VQTA 2FIQA 2VEPA 1WQ5A 2ZDRA 1QFEA 5TBOA 3NVTA 1OJXA 3MP5A 3ABQA 4JY8A 3LCHA 3MI2A 3WJWA 5BW6A 3MUXA 1VGAA 1Q45A 2CZDA 2DJLA 3NR0A 3C4UA 3W1NA 1RV8A 1FCQA 4JX4A 1JCLA 1XDMA 1PCWA 1ZCOA 2DP3A 4LC8A 4UMAA 1U5JA 1A5AA 4L4MA 1TO3A 3LGEA 3LLFA 3ANYA 1XKYA 4LS0A 1ONRA 1EB3A 1DJQA 2QAFA 1GEQA 3STFA 4UTWC 3F4NA 2QCEA 2A21A 3W7EA 4O54A 4HNUA 3S8HA 3DXIA 1O60A 5CPOA 1BKSA 3L67A 2VOMA 4DF2A 5I3KA 1GVFA 3QW3A 3HGJA 1VJIA 2A1YA 2QR6A 1KM3A 2G97A 3DBPA 1T0OA 3M44A 3DKJA 4X3ZA 3UWQA 3P81A 3EXRA 3NG3A 4H4IA 1HL2A 1T8XA 3RU6A 1NF7A 4LVGA 2VXNA 4MY8A 1OF6A 2QJIA 2CU0A 3GB6A 4M19A 4WUIA 1RR2A 1YDNA 1UUOA 1YXCA 1I2QA 3S5ZA 3DHFA 4FIQA 1TV7A 5H91A 2ISVA 4IMGA 4RZ6A 5CPMA 2Y63A 3W1QA 1QO2A 2VEKA 3IIZA 3FJ6A 2YXGA 4FNQA 2A0NA 4RZ4A 3T78A 4ZQMA 1HTIA 3G22A 4Z0JA 3NAVA 4UFKA 1LORA 2A7NA 4M6QA 5U4NA 4S2CA 4FNTA 3DU0A 3MHFA 4FNUA 4OHQA 1O94A 5DXXA 1LTDA 1LLWA 4XKYB 5CGQA 1ZFJA 4LRTA 1KFCA 2J24A 1WXJA 3N9RA 3QJAA 3N19B 1X7FA 4IOTA 2J6XA 4DO5A 2ZZ1A 1TPFA 3GDRA 1PS9A 3NGJA 1WX0A 4MYAA 4IMEA 1SW7A 5CZTA 2HTMA 1K7EA 1I2NA 1GYNA 3JS3A 1JQVA 4UTJA 4UTWA 4M5PA 2DZXA 5HULA 1N7KA 2W79A 3M9YA 2JKPA 3W1PA 1XBZA 4OGZA 1F6PA 1IF2A 3NXFA 3KRUA 3C2OA 3O63A 1H1YA 2V5BA 1AL7A 3KHJA 3OVQA 3P7YA 4BK9A 3K30A 2A5HA 4JTEA 3ZWSA 5BNKA 1AMKA 4ORIA 5AYZA 1YLVA 3NQ8A 5HMSA 3W7OA 3SZ8A 1VR6A 5AHIA 4A2RA 1HO1A 2GVGA 4O10A 2H90A 5AYXA 2C0AA 1VCFA 4WZHA 4LU0A 1N55A 3W2NA 1O4UA 4UTTC 2H3DA 2NXHA 5E93A 3E0IA 2E5DA 1EEPA 1TREA 3P84A 4ML9A 2G95A 4O17A 3MBFA 3TSBA 1FCUA 2WNQA 3NL6A 1FUYA 2C6QA 3W1LA 3EX3A 1LRNA 5L6UA 3ABSA 5AOUA 1EPXA 7TIMA 4OT7A 5D2YA 2FDSA 5AHEA 5AHMA 3TW6A 1LBLA 1TPUA 4JR5A 6TIMA 5I3JA 5LNVA 3TR2A 3TU9A 3BPWA 3P82A 4PL2A 3G18A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2CHN A;  3FW6 A;  4JTJ A;  2Z27 A;  2ZA3 A;  4J4K A;  3Q45 A;  3HUR A;  1C7T A;  1FH8 A;  3LLX A;  3WLL A;  2GQ9 A;  5TF0 A;  1N8I A;  4UCF A;  1TB3 A;  2WNW A;  2VX4 A;  2YL6 A;  4Q8T A;  3EWC A;  3LXB A;  1QWG A;  3FEQ A;  3GH4 A;  2QXW A;  2CHO A;  2X0S A;  1NQK A;  2F2H A;  5XIM A;  4H19 A;  3W75 A;  1I9C B;  3PTK A;  1OX4 A;  1TWS A;  3N17 A;  1TWI A;  4JOM A;  2E1W A;  1KFL A;  3DX5 A;  3GS6 A;  3UP8 A;  3LQL A;  3TR9 A;  3K13 A;  3VIO A;  3TNO A;  1OFO A;  1WDQ A;  3CUZ A;  5AC5 A;  4AVO A;  2O4Q A;  4ZE4 A;  4REQ B;  3ONC A;  2WSP A;  2GDV A;  3HFY A;  3FGC A;  4N9E A;  3W27 A;  3I7Q A;  2J7H A;  4O4W A;  5A6B A;  1F7B A;  4K1G A;  3HFT A;  4UZS A;  2W4X A;  4R9X A;  2G5W A;  1WO2 A;  1NVM A;  3KW3 A;  1XV8 A;  5HME A;  4FLQ A;  2EJ1 A;  4IIF A;  1UZ1 A;  2ZX8 A;  3RGT A;  2ZE0 A;  2GWN A;  2XII A;  3ALF A;  3H7V A;  4LC6 A;  1FWG C;  1ZY9 A;  4FNP A;  3WNK A;  4MKV A;  3WCZ A;  1NFB A;  3R7M A;  1EUN A;  4DBE A;  4Q7B A;  2RAG A;  1AQM A;  2XM2 A;  1MFV A;  3MUZ 1;  5ABT A;  4JFT A; 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 1YNQ A;  4CNN A;  4V28 A;  2IW0 A;  4AD4 A;  1I1W A;  1PIF A;  4ACZ B;  1XRV A;  1X6L A;  2XN2 A;  1AH0 A;  2GJR A;  4P8W A;  4GYJ A;  3Q2D A;  1MRQ A;  3DYO A;  4AEE A;  3K1D A;  4IIE A;  4Z08 A;  3TJX A;  5FOO A;  1YHT A;  1VLW A;  1JXK A;  1D3G A;  1OWQ A;  1SSD A;  3BAJ A;  3RLG A;  1TUX A;  3E96 A;  5CQ1 A;  1XGE A;  3AJX A;  3SSJ A;  3T2P A;  8XIA A;  3VX0 A;  2JK2 A;  1YPF A;  3DHP A;  2DIE A;  1OFQ A;  4W9T A;  3OJG A;  3PUG A;  3KCL A;  2XZ7 A;  1Z44 A;  3LGD A;  5CBI A;  4EAC A;  1UWR A;  1B90 A;  2EGZ A;  1JAE A;  4AZB A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5HJLA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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