5HPC | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	316
structure length	316
Chain Sequence	MLKYVGVNLSGAEFNSRKKPGTLFKDYTYPAASDFSYFAGKGMNTIRLPFLWERVQPELNGPLDQAQLGLIKKSLEAAKANKQYLILDLHNYATYSGKRIGTSDVPAGALADLWRRLAPEFKDDKAVIFGLMNEPNGISAPDWANAAQGTITAIRKTGAKNLILVPGTAYTGAHSWRSTSYGVSNAKALEILKDPGNNLAFEAHQYLDKDYSGTKPVCTSDSVGQEKLQGFTSWLRENKQKGFLGEFATANNPVCDKALEGMLTYMEKNSDVWLGWTWWAAGAWWKPDYPFTVQPGKDGSDKPQMAILSKYARRAG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__674638766038415__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__674638766038415__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5HPC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__674638766038415__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"674638766038415","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5HPC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__674638766038415__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0dc3479e0af8035088a5be/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0dc3479e0af8035088a5be/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0dc3479e0af8035088a5be/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0dc3479e0af8035088a5be/pdb.gz): 939 ms

reading 316 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

316 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:315});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Xanthomonas axonopodis pv. citri
publication title	Structure of XacCel5A crystallized in the space group P41212 rcsb
molecule keywords	Cellulase
total genus	117
structure length	316
sequence length	316
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-01-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5hpcA00

1FH8A 4GZEA 1PX4A 4FLOA 5A6LA 2ZUVA 4CCDA 5A8PA 4WIWA 1DWHM 4V28A 4Z2KA 1HNYA 3L4ZA 5GNZA 2XG9A 4AD4A 1KXVA 1XD0A 3BCFA 2DSVA 2CKSA 4HU8A 2WVVA 2UY5A 3ARPA 2PWDA 4LGXA 1SFSA 1RPKA 4NZCA 3N1AA 3N15A 3VGBA 1UD3A 1GQIA 3WNOA 4ATWA 4C7GA 1KWGA 2GDUA 4U2YA 4E2OA 1DTUA 1WAWA 3ZJ7A 4CCCA 2X8RA 2VRQA 2GK1A 4OOUA 2J7BA 1KGWA 2ZIDA 1B3XA 3TTYA 3PBGA 2DT0A 2WHJA 2O9OA 4AD3A 1OCQA 2W67A 1JFHA 1KBBA 4AZIA 3VOCA 1MVYA 3SCQA 3CZKA 2Q8XA 1HN1A 5D8WA 4QCEA 4CVWA 3WIJA 1JZ6A 4BQ3A 1KXTA 1PZ2A 4JHZA 1SR0A 3OZOA 1W9BM 3K8LA 5E6YA 4WKAA 5A2CA 1VB9A 1TCMA 1MWOA 1X6NA 4UFKA 3RCNA 2XIIA 4HU0A 1WZMA 4JL2A 4L4OA 4EE9A 3AICA 2FGZA 4MADA 3WH6A 1J11A 1KXQA 3VKKA 2WMKA 1NARA 3ZSTA 1PZ3A 1OT1A 1B30A 4WKFA 3WUFA 1V3IA 1X1NA 1JNEA 3VMNA 3IAPA 3KL5A 3LMYA 4GPNA 5TD4A 3WEOA 2VT0A 2JF6A 1G5AA 1WDSA 4LYQA 2BY0A 1P6WA 1AQ0A 5IHSA 1UD8A 3T0BA 4D6IA 2V5CA 3VINA 1TVNA 3TP4A 1CGWA 3AIRA 4B3KA 2Z1KA 1B3ZA 3DECA 4GI9A 1CTNA 2YL8A 2VR4A 1W3JA 5A69A 2UWFA 2XVGA 3ARYA 4QP0A 2CERA 5BXTA 1Q6FA 2HVMA 3GH7A 1V0LA 1WPCA 1V6VA 5DFAA 3VD5A 2GJXB 4CD4A 3AHXA 3WMSA 3BXWA 2BVTA 2BXZA 2CBIA 4RE3A 1WO2A 2X1IA 3D5HA 3GYCA 1HJQA 2WCGA 2VX7A 3WY1A 3VIOA 3F4VA 5FL0A 1XD1A 2XM1A 3EYPA 3WNNA 3KEHA 3AMDA 2V3EA 1GOWA 4PMOA 4PTVA 2ZICA 4OUEA 5IXEA 5I23A 2JE8A 2YLLA 1UWTA 2F8QA 3WF0A 3BAYA 3VX1A 5FIPA 1LG2A 4D72A 2WLZA 3OB8A 1H09A 1OGGA 1ZBCA 4WJXA 5HBFA 2DSUA 4GO8A 4Z2GA 1E5JA 2XJ7A 3WF2A 1MW3A 1V3JA 1GJWA 1CGYA 1UHVA 3M6DA 4KMQA 2YDSA 1UG6A 3PZOA 3SCTA 2PWEA 1XV8A 4ATLA 3NSMA 1NH6A 4E8DA 4PTMA 2YDRA 2DT3A 5LA2A 1EGZA 2D0HA 5HOSA 4MJ2A 5D9PA 2ZX5A 3GNRA 1JYNA 1LJYA 3CZLA 2G41A 1Q6EA 6TAAA 1NWSA 1QNPA 5EFDA 1C8XA 4W7WA 1KXHA 5JBEA 5A2AA 3CUFA 4AZGA 4U3CA 3WD4A 2XFRA 3BSGA 1UD5A 1MFVA 5A8OA 1JI2A 2BVYA 1UWSA 1J0IA 5DT7A 2AAAA 3CUHA 2WB5A 2BV9A 1H3GA 4D6CA 2XPKA 1DHKA 1HP4A 1LL6A 5DMYA 3AS1A 2VR5A 1VF8A 2WKLA 1E71M 4H8VA 3WUGA 4LYPA 4UFIA 2D2OA 1C8QA 4OOZA 1XGZA 3NYDA 1UYQA 3WBAA 3BAWA 2G3JA 2NT0A 3OIHA 4JKLA 2J62A 2VZSA 5CXPA 4FLSA 4JHOA 3AIBA 3VIMA 4J3TA 4P8WA 1QI2A 2QMJA 3UG3A 1E6XM 3WH8A 4H41A 2DSZA 3VIKA 1NWUA 3MUIA 2WZIA 1UR8A 2AMGA 3IJ7A 2ZX6A 2VI0A 1MW0A 3SCNA 4D71A 2VTFA 4CUCA 5DF0A 3FHAA 2X0HA 4F9DA 5F7UA 1WDPA 2DSKA 5KEZA 1OWQA 3MKKA 1PJ9A 3BAXA 3CHDA 4LYRA 2PWHA 5A95A 3MS8A 5ABFB 4LXFA 5A94A 4W8LA 1CYGA 3B9EA 3WL1A 4QLKA 5EB8A 1GOOA 4CU7A 3SUTA 1BQCA 1PIGA 5BXSA 1XHGA 3RJXA 3WDRA 3U7BA 1HJVA 2CIPA 4GQQA 4NF7A 1K9TA 1D3CA 1E56A 3BC9A 1BGGA 5CPTA 1EDGA 3F5KA 2BHUA 3F5JA 4P7QA 4W89A 1B31A 1E1FA 3W6LA 2NT1A 2IXUA 4YN5A 3AHVA 1I1WA 1BYBA 1GPFA 4JKKA 3PN8A 4B9ZA 3DYPA 3PZGA 1M04A 6CGTA 1GOKA 1UKPA 1H11A 1Q6GA 2ZX9A 4OBSA 1CGXA 1EXPA 3EMQA 4BA0A 2BFGA 5CG0A 5GQBA 5HPCA 2PWGA 1HL8A 5A3HA 2E9BA 4M1RA 1WZLA 3MUY1 1W91A 3VO0A 3NDYA 1EA9C 3W6MA 1UWIA 5HXMA 1CPUA 2WNWA 3N18A 4HOXA 3DHPA 1W9VA 1V6YA 1DWJM 4W88A 3POHA 4M29A 5HDRA 2QHAA 4ML4A 1HX0A 5AYBA 1UR9A 3HU7A 2XTKA 3ZJKA 1K6AA 1KQZA 4AZCA 1R8LA 3NJ3A 4S3JA 4D6GA 3B8SA 1CGVA 2BS9A 5CSUA 1EO7A 5CQ1A 2X09A 1DWGM 1CZ1A 1NM9A 1F4AA 1JDDA 2DH3A 4TVDA 3WH7A 2A3HA 3UETA 5I2UA 2ZXAA 4PMDA 3ZIZA 2WPGA 2G8ZA 3ZSSA 4CCEA 1XRVA 2VZUA 3VMOA 3GH4A 4TVCA 1TUXA 3MANA 2G4FA 2PBGA 3SURA 1G9HA 1J10A 3L4YA 2RGMA 3G6MA 4HA4A 2EPOA 1E5NA 5CLTA 2BHYA 4Y7EA 1KFWA 1FH9A 3T2OA 3ZQ9A 1UH2A 1AQMA 2ZX8A 2CITA 1GCYA 3ARTA 4IISA 2FHCA 2GJRA 1W2PA 4HOWA 4AD2A 1MW2A 2ZWZA 4J3XA 2VX5A 1VFMA 2JIWA 6A3HA 1FFRA 3FNDA 1B3VA 3ARSA 2CBJA 2FDMA 1V0NA 5I24A 4XX6A 1VJSA 4PMZA 4PMUA 1CGTA 4W93A 4ZFMA 1J9YA 1EOMA 1PBGA 3QGVA 3BAIA 3CZJA 3PZNA 4ZXOA 4Z2LA 1ZBVA 3ZR6A 1QHOA 1E9LA 1UD6A 1FA2A 4AC1X 1IZKA 4DWSA 1DWFM 1JYWA 3T0DA 5E9AA 3SCVA 1E4IA 3MMDA 2X05A 3SCWA 1BLIA 2X0YA 5DT5A 1JZ8A 4MNJA 4HZ7A 2XVPA 2GUYA 2J8GA 5BWFA 4WK9A 2WM0A 1UR0A 3N13A 3UCQA 2ESCA 1BSIA 1O6IA 3TONA 3THCA 1PAMA 3VD3A 4UFHA 2C8NA 3AI0A 3BLPX 2WSKA 3T09A 3OG2A 3PZ9A 1R87A 2XFFA 2J47A 2EPLX 4KWUA 3ZT7A 1BYCA 2CBVA 2F2HA 4ATDA 2WVVB 2ZXDA 4CD8A 3WDHA 2D3LA 1ISZA 8CGTA 5FCZA 1GVIA 5IHRA 3MMUA 3IANA 1XCXA 2VCCA 4HOZA 1CGUA 2VVSA 3OZPA 3S6TA 3VDHA 3MUAA 3RIKA 3EBVA 4W5ZA 4XZBA 1JNDA 4AXNA 2D0GA 4UFLA 2GK1B 2C7FA 2E8YA 4JFSA 3WD3A 3NIYA 1CECA 1EHNA 2W91A 3HN3A 1NQ6A 5JBDA 4HA1A 1V03A 3ARQA 3N04A 1QI3A 5E70A 2WCAA 1UZ4A 3GNPA 5FL1A 2Z1SA 2WMFA 4JKMA 2ZE0A 3BAJA 3ZR5A 1LF1A 3PZTA 3T2QA 4P8VA 1ZJAA 1HVXA 2FHBA 1OBAA 4AD5A 1OB0A 3DHUA 3M07A 1NP2A 4HPGA 2C0HA 1BYAA 1GHSA 4H2CA 1U30A 1HJXA 3KL3A 3ZJ8A 3JUGA 5C70A 1LWJA 4ZENA 3MSDA 1AQHA 2XSAA 1PX3A 2XM2A 3O9NA 2DDXA 1C93A 4H8HA 2E8ZA 1ISVA 4S3KA 2WMJA 4Q22A 1QHPA 4MB3A 2W92A 1ODUA 3AIQA 1R85A 1NWTA 3ZOAA 1VEMA 1TZ7A 2GDVA 5IDIA 4AIOA 4UR9A 4PSRA 1C7TA 2JEQA 4MJ4A 4MNLA 2XGBA 3CMJA 1CXKA 3SUSA 2J7EA 5CJ5A 1R7OA 2QPSA 3GH5A 3WQ8A 2JFEX 3PZVA 4GXPA 4GINA 4UZSA 4UOZA 4CN6A 4W8AA 3WMBA 5A6JA 2E4TA 3ZT5A 4QCFA 1C3FA 1G1YA 1UQZA 2Y4SA 3G6LA 2BHZA 4CN4A 4BCEA 3T2PA 3WQVA 5JUVA 5I0DA 1CLVA 2WXDM 4H04A 5I79A 4YHEA 3EDJA 4UQBA 4URIA 1VEPA 1HJUA 4P7LA 4DWSC 1FH7A 4HTYA 3AISA 1QI0A 1IZJA 4P7NA 5CPSA 5CPQA 4DM1A 1X6LA 1E40A 3GBDA 1SYTA 1A47A 3TTQA 1JAKA 1E72M 4AYSA 1OGBA 2WHKA 5BROA 2ZUNA 1R7AA 3WDQA 5C71A 3HMCA 4AD0A 3VU2A 5EMYA 4JFWA 1JF6A 2ZUTA 1H1NA 3SUWA 2D0FA 3WMCA 1IT0A 3AXHA 2YL5A 7CGTA 1XYZA 2VO5A 4J28A 5I77A 2VCAA 2BVDA 1JIBA 3WD0A 3FHQA 1HIZA 4AIUA 4P8UA 1MQQA 4M82A 3NDZA 1HKIA 3W81A 3EDKA 1UD2A 3NSNA 2OSYA 3AS2A 2ZXQA 3CHFA 5IFTA 1J0YA 3CZ8A 1ECEA 4A3HA 1GVYA 2DPEA 2ZUUA 4CU6A 1QNSA 4PUEA 4MAVA 3EDEA 3AMKA 2OWXA 2WC3A 3QOMA 1HKKA 5D9NA 1W1PA 1MW1A 5A8MA 1EDQA 1FOBA 1EOKA 1SMAA 3ZM8A 4DWSD 4J27A 4F66A 4U2ZA 5M5DA 2WMGA 3GTNA 1S46A 5I5RA 5ABHA 3WDJA 3AMCA 2J25A 1E6SM 3GNOA 3OLIA 3GZAA 4D6EA 1JDAA 4L4PA 3KWXA 3W53A 2QF8A 3BCDA 4JIEA 1W1VA 4D6FA 1K9EA 1BVNP 3SUVA 1H0IA 2J77A 4P7RA 2A3AA 1W2VA 2DIJA 3AIUA 5D8ZA 4GI8A 2EO7A 2JIEA 4UFMA 1KR0A 3EMCA 4W85A 4D1IA 1VAHA 3WF3A 1C7SA 3IJ9A 1LWHA 4PMRA 4EK7A 4TVUA 4PMNA 2WKGA 2DQXA 2XUCA 4NRSA 1GOIA 4MB5A 2IXVA 5GNXA 3WF1A 1L0PA 1E3ZA 3BH4A 1OD0A 2FGLA 2XSBA 2TAAA 4UQDA 9CGTA 3BSHA 2YKKA 1M01A 3O6AA 3RM8A 1VJZA 4R5EA 3WNKA 1VFFA 5HNNA 1UUQA 3BMVA 1BG9A 4MNKA 4JAWA 3WQ6A 2W5FA 3VM7A 4UOQA 2PWFA 3CUGA 1C91A 2XVNA 7A3HA 5LA1A 1OSEA 1NOUA 1OT2A 3VVGA 1M7XA 1G01A 3VIPA 2RGLA 4JFVA 3W27A 1CNVA 1H0GA 3AMGA 5AYIA 1ZB5A 1BFNA 5A6KA 3CZGA 1N82A 4W7VA 1E0WA 3DYMA 3SUUA 1DWAM 2XVKA 3UERA 1JXKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HVX A;  4IMC A;  4AVO A;  2HRW A;  1M41 A;  2ZUV A;  4CCD A;  3H6O A;  1SJD A;  1HNY A;  2C6Q A;  2HMC A;  4BKN A;  3BCF A;  2CKS A;  3FEM A;  3PK7 A;  2UY5 A;  2F6X A;  3H21 A;  2PWD A;  1SFS A;  1RPK A;  2D69 A;  4R85 A;  2NSO A;  1HO1 A;  3TN5 A;  3SY5 A;  4GYP A;  3KTS A;  1KWG A;  4E2O A;  1EZ2 A;  3EPM A;  3FKR A;  3OO2 A;  2VRQ A;  3ABZ A;  2GK1 A;  4UIO A;  1NSJ A;  1H7N A;  2QAP A;  3TK7 A;  1B3X A;  4RZ6 A;  1TMH A;  5DEL A;  3SB0 A;  3W6Y A;  4I6K A;  2W67 A;  3W7H A;  3VKJ A;  5LXX A;  2EJA A;  2VDH A;  4AZI A;  3VOC A;  3GUW A;  4AST A;  4IQJ A;  1TWW A;  3VKA A;  5D8W A;  3HFT A;  2QVN A;  3RRA A;  4WD0 A;  4HNO A;  4JHZ A;  1W9B M;  2RJG A;  4K8G A;  4AVN A;  1P0K A;  1TCM A;  4UFK A;  4HHH A;  2XII A;  1NJJ A;  4JL2 A;  4EE9 A;  4LF1 A;  1PKL A;  3WH6 A;  2PDL A;  4JD4 A;  1J11 A;  1KCZ A;  1A5A A;  3VKK A;  1PZ3 A;  2B7O A;  2YCL B;  1TPF A;  2HK1 A;  1TYG A;  3H70 A;  1JPK A;  1KFJ A;  3IAP A;  3KL5 A;  3CMF A;  2JF6 A;  3TYA A;  3F2C A;  1M3U A;  3C8F A;  1FDJ A;  4O8A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5HPCA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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