5HPCA

Structure of xaccel5a crystallized in the space group p41212
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
MLKYVGVNLSGAEFNSRKKPGTLFKDYTYPAASDFSYFAGKGMNTIRLPFLWERVQPELNGPLDQAQLGLIKKSLEAAKANKQYLILDLHNYATYSGKRIGTSDVPAGALADLWRRLAPEFKDDKAVIFGLMNEPNGISAPDWANAAQGTITAIRKTGAKNLILVPGTAYTGAHSWRSTSYGVSNAKALEILKDPGNNLAFEAHQYLDKDYSGTKPVCTSDSVGQEKLQGFTSWLRENKQKGFLGEFATANNPVCDKALEGMLTYMEKNSDVWLGWTWWAAGAWWKPDYPFTVQPGKDGSDKPQMAILSKYARRAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of XacCel5A crystallized in the space group P41212
rcsb
molecule keywords Cellulase
molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
total genus 117
structure length 316
sequence length 316
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5hpcA00
2QMJA 1CGXA 2WCGA 2PWEA 4CN4A 1EDTA 7A3HA 2ZICA 2D2OA 2ZWZA 4PMRA 3SCQA 1V02E 4ATDA 2BY0A 2IXVA 5ABFB 3MMDA 4LXFA 3AROA 1UKPA 1ESWA 1OSEA 2J47A 3ARQA 1XGZA 3VX0A 4QLJA 3BAJA 1KB3A 3RPMA 4KRUA 2GDVA 1ZJAA 3BSHA 3WMCA 3ZT7A 4H2CA 2CBIA 2YIHA 2E9LA 4ZE5A 3OBAA 2EPKX 2PF0A 4DWSC 5A8PA 3WNNA 4PTMA 1HT6A 4NF7A 2NSXA 4CD6A 2DH3A 3K1DA 2G3MA 3GXMA 3OA5A 3THCA 3A6OA 5KEZA 5AYBA 4CN1A 3A3HA 3WFLA 4AIOA 2AMGA 4TVCA 3IAQA 2DSWA 1LL4A 2GJRA 4PYSA 1V6XA 3CZ8A 1MWOA 4DWSA 2VVNA 5ABFA 4C7FA 3W53A 3L4YA 5A6JA 2GSJA 4V28A 2ZX5A 1XD0A 1WZMA 1EQPA 1MXGA 3CZGA 3VILA 1QNQA 1WP6A 1RPKA 2WMKA 2G3IA 3GXDA 1E72M 1KQYA 2Z1KA 1FHDA 2DSUA 4HTYA 4LPCA 1GOKA 1US3A 1PJ9A 2O92A 5A6MA 2J75A 1J0KA 1H09A 3W4RA 5GNYA 3AIWA 3WNOA 1UR8A 1WDSA 1J0JA 1OGSA 4MAZA 2CPUA 1J9YA 2YA2A 4AZCB 1E56A 2XM1A 3WKZA 4XV0A 2V5DA 3VMNA 2WC4A 3POCA 1UD2A 4EKJA 1BAGA 3ARYA 3BAIA 4GIAA 2IUZA 2CESA 4JHZA 3IANA 4JCMA 2XGIA 2XVPA 1ISYA 2X8RA 3MSGA 2VO5A 4MJ2A 3WQ4A 2FHFA 4RE4A 4F9JA 2PBOA 1UWUA 1K9DA 1GZJA 1W9DM 1FA2A 4D6GA 5JIPA 3ZJ7A 1GOWA 1DWJM 1OGBA 3AHTA 1WDPA 1GJUA 1JNDA 2QF8A 1E0XA 2VZOA 3VVGA 1C8QA 5DF0A 1V6VA 3GH4A 3UR8A 5AY7A 3AIQA 3CMGA 3MUAA 2GDUA 1ZB5A 4HOZA 1CXFA 1L0PA 1QHPA 3LPGA 4ZE4A 1QW9A 1CLVA 1WE5A 3ARPA 3SCPA 2CHOA 1QVBA 1BYBA 2ZUNA 5DT7A 2D3NA 1MQQA 2J7FA 1OCQA 4BCEA 3POHA 4OOUA 1UWTA 3S2CA 4OUEA 4UFKA 1OINA 5GNZA 4CU7A 1UD3A 1GOQA 1UR4A 4PMXA 4J3UA 1H2JA 4D1JA 3UG3A 4J3XA 3K8MA 3AMGA 1CZ1A 8A3HA 3W38A 1GVYA 1SFSA 6A3HA 4AD5A 1PZ3A 3NUKA 2DSZA 1E43A 1UWQA 1NWSA 4QLLA 4NRSA 3J7HA 4NI3A 3N12A 3PTKA 3WL1A 1HVXA 4OIFA 1H3GA 4WKFA 1R85A 1W9PA 3ARWA 1HP5A 4J3SA 4CD8A 4IPNB 1BG4A 2C7FA 1JDAA 2CERA 9CGTA 4GQRA 1FHLA 4JIEA 4BZYA 3EDDA 3PZUA 2BVYA 4B9YA 4URIA 4W7UA 5IDIA 3DHPA 1OD0A 3PZOA 4JAWA 1XCWA 3UG5A 1J11A 1HXJA 4LYQA 3EMZA 3F5LA 1TA3B 3QGVA 5DEZA 5HOSA 4WF7A 3WBAA 5I24A 4JL1A 3ZR6A 5DO8A 5A94A 4UQDA 4NRRA 4FLSA 4PTVA 4W89A 3AS0A 2PB1A 1AQ0A 1G9HA 3FW6A 3VGBA 3U5YA 5JIWA 2YLLA 1I1WA 2D20A 2XVNA 3RDKA 6CGTA 1B0IA 3AISA 4XUYA 1B3WA 4UFJA 1US2A 1K9TA 2WHKA 3GM8A 4H41A 1V0LA 1MFUA 3VNZA 1HKKA 3VIFA 4BQ5A 5IFPA 4CVUA 3WQ8A 3FNDA 1WAWA 2J8FA 3PN8A 3VMPA 2WMIB 4ML4A 1LG1A 4F66A 3PZNA 4YN5A 4Z2GA 2XM2A 3QOMA 2PBGA 1W32A 2G3JA 2UY3A 2WKLA 4MDOA 2JF6A 3L4WA 3ZR5A 1WZAA 1JAKA 3BH4A 4DUWA 4IISA 4LGXA 1LJYA 3K4DA 4D6IA 1GQLA 1W1VA 2VUYA 4HU8A 3SCNA 2HISA 1TG7A 1KWGA 1QNSA 3CO4A 2DT1A 1E6QM 1UG6A 4W7VA 1E4LA 2Y8KA 4TTUA 3G6LA 4MDPA 3OLGA 4GI8A 5E0CA 3AYRA 3BXWA 1GCYA 2WYSA 1D2KA 1E15A 3OB8A 2WAGA 2OWWA 3SUSA 4B15A 1LL6A 1K9FA 2Y8VA 5A8NA 2ZUMA 2O9RA 4AZIA 2X09A 3KZSA 3PHAA 3L2MA 3M6DA 4P8WA 4BQ3A 3VD3A 2A3HA 5A8OA 3WNLA 2VVSA 3VO0A 3VIMA 4P7LA 2YDQA 1UWRA 2DSKA 1V02A 3OZPA 4CCCA 3DYOA 5M3WA 3DHUA 1B9ZA 3AIVA 5A2CA 5A6BA 1IT0A 2GJXA 2JFEX 4H8VA 5D8ZA 1C7SA 1KR0A 1AVAA 2JEPA 1C93A 3T0AA 3ZSSA 2PWFA 3TTOA 4HA4A 4JKLA 4W84A 5ABHA 4X9YA 1X1NA 3CHDA 2JF7A 4UQEA 4AD2A 5JBEA 3AHVA 1MW1A 4PUEA 3W6LA 2V3GA 1FFRA 3T2QA 5CSYA 3A47A 3WD1A 2Y4SA 3T2OA 2EJ1A 2D24A 1FP9A 4AC1X 5BXRA 7CGTA 1HJSA 3SCTA 2YA1A 4HA1A 3RO8A 2X05A 1UZ1A 1TMQA 2F61A 3RM9A 2Q8XA 3CHFA 1G01A 5CPQA 5I3DA 4B3LA 5DT5A 1GOIA 3GNRA 1WPCA 4K68A 3WD0A 5LA0A 3VOCA 4CKQA 4M81A 5D4YA 3VDBA 1J0HA 2VZUA 1E5JA 4N0RA 2VZTA 1BSIA 4AWEA 1E9LA 4UZUA 1LL7A 3VTRA 1R7OA 2A3BA 4M1RA 3EYPA 5FIPA 1U2YA 4UTFA 5CPSA 2VTFA 3WQ5A 3U57A 2EPLX 4UQBA 2D0FA 2OYMA 4JKMA 1WKYA 3WDPP 2WMGA 2VRQA 1VEMA 2J78A 4CGTA 1DWIM 5BRPA 1Z32X 4PUDA 3CHEA 1VB9A 1VEPA 2DDXA 1JYXA 4Q7NA 4A4AA 1PX4A 3QHOA 4H8UA 5E70A 1NOUA 2TAAA 2DPEA 2YLAA 2GK1A 3NDZA 1XV8A 1BYCA 1UKTA 1ODUA 4UQCA 1Q6FA 2VZSA 3AMCA 2ZXDA 3VD9A 1DP0A 2XGBA 1JIBA 1KFWA 2W67A 1DEDA 1HP4A 3BAYA 3RJXA 3MKKA 1DWGM 4QDMA 4WJXA 4CD4A 2WBKA 1OWQA 3AIBA 3NIYA 5A6SA 3DYPA 1E6RA 2A3CA 5I79A 2VT0A 4GO8A 1Q6CA 2EBNA 5D9MA 1NWRA 2BS9A 1NOWA 2EPNA 1JXJA 4P7OA 4J3WA 4N42A 2FGLA 4UZSA 3ARVA 1W3JA 1BFNA 1XYZA 2XPKA 2JALA 1ISWA 5IFTA 4BS0A 1XH1A 2BV9A 1J10A 2BFGA 4D6CA 3M7SA 2W92A 3ARZA 5CJ5A 3AIUA 4P7QA 4DWSB 2VNCA 4P8VA 1S46A 5CSUA 1UH4A 1VAHA 2UWFA 4LYPA 4AIEA 3BAKA 2PWGA 3ECQA 1KCLA 4IPLA 2VZVA 3W24A 1TE1A 5IHRA 3AIEA 5FD0A 2F8QA 5LA2A 4OKDA 1CEOA 3VKKA 4HA3A 4B16A 1KGUA 1HL8A 1R86A 2OSYA 3D3AA 3WEMA 5KZ6A 1EHAA 4HOXA 4EK7A 1J01A 4KH2A 1E3XA 4WSKA 1EO5A 2WPGA 3AXIA 3WF2A 3WDQA 1BGGA 1L8NA 2VQUA 1O7AA 1R7AA 5HPOA 3VIOA 1E0WA 3MS8A 1NWUA 3GYCA 5CGTA 2ZX8A 1LLOA 3GDBA 3AHZA 3MUIA 1G5AA 4FMVA 2XFYA 4AD0A 3N17A 1H11A 1HJUA 2UY4A 3TONA 5EB8A 3EMQA 3PZ9A 1ZS2A 5FOOA 1VEOA 1VJSA 2HVMA 1JD9A 3MV11 5CXPA 2EPOA 1B3XA 1C7TA 2J74A 1UKSA 3ZT6A 3AQUA 5EMYA 4M56A 4CU6A 3VUPA 5I77A 1E71M 1FFQA 4P8UA 1XD1A 1K9EA 3OLDA 5E9AA 2BVTA 1DHKA 2G8ZA 2J7CA 2OSWA 3BC9A 4AZGA 3N13A 2QPUA 1DWFM 1WCGA 4CCDA 3T0DA 3O9NA 4IM4A 3NSXA 3UETA 4GPNA 2WLYA 3WFZA 2MANA 4KMQA 4A3HA 4AD3A 4C7GA 4OOZA 1BPLB 4LYRA 4PCTA 3K8KA 2ZX9A 1V03A 1ZU8A 2EEXA 2E0PA 4W8LA 1FH7A 3OGRA 1EOKA 1KGXA 3KWXA 1OM0A 3RM8A 1GOMA 4PRWA 3SCVA 3WD2A 4AEFA 3SUWA 3T2PA 4MNJA 4BA0A 4NZCA 3CBWA 3EDKA 2B31A 3AXHA 3E1F1 2BHYA 1MFVA 1OBAA 1E40A 3M46A 1J0ZA 2G41A 1RP9A 5BWFA 4PEEA 3IJ7A 3L4XA 3L4TA 1EO7A 3N04A 1JZ5A 2DSVA 3WUFA 3WH5A 3CTTA 1BG9A 1W9BM 3WUGA 2DT0A 1OD8A 4UOQA 4PCSA 1W9UA 2WLZA 1EA9C 3NSMA 4F79A 1CTNA 4PMQA 1VFMA 1HNYA 3GXFA 1KXTA 3II1A 3N1AA 2D1ZA 1QI3A 2XVLA 3EMCA 2QPSA 4QLKA 1C91A 4E8CA 4W7WA 2VR5A 2W63A 3OIHA 4JL2A 3CGTA 2VJXA 2XFFA 3VU2A 2QMKA 3N11A 4M29A 4J7RA 2G3NA 3SIMA 2F2HA 1QNOA 1JFHA 1BLIA 2DEPA 3D5HA 5CPTA 3MU7A 4OBRA 3WQWA 4AYSA 3WH7A 4MB3A 4NSBA 1HKIA 1EQCA 1G94A 3FY1A 3G6MA 2Y24A 1GQIA 3WN6A 1E70M 4PSRA 2QHAA 2ZE0A 1E73M 5GPRA 5HDRA 3TOPA 1MXDA 3KL0A 5E09A 5ABGA 4J3TA 4HOWA 1UZ4A 4LQ1A 1PEZA 3ZJ8A 5M03A 1EDQA 3VDHA 4E8DA 2WCAA 4PBGA 4W88A 4FK9A 1V3HA 4GINA 2XSAA 1E5NA 4WK9A 1LG2A 3AI0A 1WB0A 1IZKA 3AOFA 4HZ7A 4BQ4A 4YHGA 2YDRA 1MQRA 1P6WA 2E8ZA 1KGWA 5AC5A 3ZOAA 1EH9A 1E1FA 2BY2A 4D6FA 2RGMA 1ZBWA 2X1IA 4KGJA 3PZVA 4P7RA 1KR1A 1PPIA 2EPMX 2XYLA 4LX4A 4TVUA 2BHZA 5FKYA 1V6WA 1AMYA 4QCEA 2BXZA 2OWXA 2CBVA 2ESCA 2WCSA 5AC4A 3PTQA 2XUCA 5BXTA 2DH2A 1VBUA 3CMJA 3TTSA 3AZRA 4DWSD 3VINA 2WZEA 4MNLA 1AQMA 1KQZA 1E3ZA 1U30A 1HKMA 3LPFA 4D71A 4WKAA 1JGIA 3CHCA 1VJZA 2J79A 2YKKA 1MVYA 3WD4A 4GXPA 4EE9A 2G4FA 1MW2A 2WVTA 2WM0A 5ABEA 2YDSA 2ZWYA 2FHBA 1SMDA 4W8AA 4S3JA 5A8QA 3SUUA 1WNOA 1TR1A 2WVUA 1ZBCA 2CYGA 3WELA 2XVKA 5HNNA 2YBUA 4Z2JA 2JIEA 3NDYA 3BLKA 2GJXB 3A4WA 4Z2LA 1JZ6A 2XG9A 2CBJA 4ZXLA 2RGLA 2VR4A 4Z2IA 4U3CA 1KBKA 4OBSA 1GJWA 2VURA 4X0VA 4FF5A 1JG9A 1LWHA 3GH5A 4AMCA 2CCRA 3RIKA 5F7UA 2CEQA 4UFLA 2IXUA 3CZLA 1W1TA 2J7GA 2CIPA 1V0NA 5A2BA 4QFUA 4WKHA 4UQ9A 1UR1A 2W4XA 3UG4A 2W5FA 1NARA 4FLOA 1W2VA 3ALGA 3BMVA 4AEEA 2C8NA 3AZTA 1A3HA 2NT1A 3DC0A 2XFRA 1BYAA 1GONA 2OYLA 3WH8A 1GQKA 5TD4A 1B3VA 3WNPA 4P7NA 3ARXA 3CZJA 3WIJA 3QHNA 2ZUWA 4B9ZA 1UD5A 1QNPA 1XC6A 2OYKA 3BAWA 4WIWA 3L4ZA 4GZJA 3VGDA 4UCFA 2V5CA 2CKSA 3WY1A 3F5JA 1BVZA 1VRXA 3WMSA 5C70A 4ZXOA 1ISZA 5IHSA 4HP5A 3ARUA 1VENA 4GO9A 4W8BA 4AISA 4HU0A 3WDIA 4E2OA 1CXEA 2VC9A 1QOXA 2E40A 4F9DA 1FH9A 1PIGA 1B2YA 3RCNA 3WQVA 2VX7A 1GORA 4GI9A 3W0KA 3LPOA 1CBGA 1NP0A 5AYIA 1BTCA 4YPJA 1B3YA 4W85A 1XH2A 3FHQA 3O6AA 2WMJA 3K4AA 3HU7A 3TTYA 4Z2HA 2YL9A 5E6ZA 1C8XA 2BXYA 3N18A 1W2PA 3BSGA 3SCWA 4U2YA 1JYNA 2FDMA 3W28A 1W3LA 5BRQA 2XJ7A 1E4NA 3UEQA 1V3IA 4J3VA 4M8UA 3VIHA 2C0HA 2E8YA 5HXMA 2GK1B 2WHMA 3KE0A 1JF6A 3W25A 1CWYA 3PZQA 1TCMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMJ A;  1CGX A;  2WCG A;  2PWE A;  4CN4 A;  1EDT A;  7A3H A;  2ZIC A;  2D2O A;  2ZWZ A;  4PMR A;  3SCQ A;  1V02 E;  4ATD A;  2BY0 A;  2IXV A;  5ABF B;  3MMD A;  4LXF A;  3ARO A;  1UKP A;  1ESW A;  1OSE A;  2J47 A;  3ARQ A;  1XGZ A;  3VX0 A;  4QLJ A;  3BAJ A;  1KB3 A;  3RPM A;  4KRU A;  2GDV A;  1ZJA A;  3BSH A;  3WMC A;  3ZT7 A;  4H2C A;  2CBI A;  2YIH A;  2E9L A;  4ZE5 A;  3OBA A;  2EPK X;  2PF0 A;  4DWS C;  5A8P A;  3WNN A;  4PTM A;  1HT6 A;  4NF7 A;  2NSX A;  4CD6 A;  2DH3 A;  3K1D A;  2G3M A;  3GXM A;  3OA5 A;  3THC A;  3A6O A;  5KEZ A;  5AYB A;  4CN1 A;  3A3H A;  3WFL A;  4AIO A;  2AMG A;  4TVC A;  3IAQ A;  2DSW A;  1LL4 A;  2GJR A;  4PYS A;  1V6X A;  3CZ8 A;  1MWO A;  4DWS A;  2VVN A;  5ABF A;  4C7F A;  3W53 A;  3L4Y A;  5A6J A;  2GSJ A;  4V28 A;  2ZX5 A;  1XD0 A;  1WZM A;  1EQP A;  1MXG A;  3CZG A;  3VIL A;  1QNQ A;  1WP6 A;  1RPK A;  2WMK A;  2G3I A;  3GXD A;  1E72 M;  1KQY A;  2Z1K A;  1FHD A;  2DSU A;  4HTY A;  4LPC A;  1GOK A;  1US3 A;  1PJ9 A;  2O92 A;  5A6M A;  2J75 A;  1J0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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