5HWJ | Genus

Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	310
structure length	310
Chain Sequence	MDPEQIKTALGSGLLSFPVTHFDAEGRFAADSYREHVEWLAGYKAPVLFAAGGTGEFFSLKPDEIPTIVAAAKEVAGETAIVSGCGYGTEIAVDIARSVEKVGADGILLLPHYLIDAPQEGLYAHIKKVCQSVGIGVMVYNRDNSVLQADTLARLCDECPNLVGFKDGTGDIGLVRQITAKMGDRLMYLGGMPTAELFAEAYLGAGFTTYSSAVFNFVPGLANEFYAALRAGERATCERILVDFFYPFMAIRNRAKGYAVSAVKAGVRLQGFNAGPVRAPLKDLTNEEIGMLEALIGTHKRKAWSHPQFE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2355826705596114__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2355826705596114__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5HWJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2355826705596114__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2355826705596114","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5HWJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2355826705596114__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0132631d208f6564b8f4a6/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0132631d208f6564b8f4a6/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0132631d208f6564b8f4a6/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0132631d208f6564b8f4a6/pdb.gz): 553 ms

reading 310 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

310 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:309});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
publication title	Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
total genus	111
structure length	310
sequence length	310
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.41: 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase.
pdb deposition date	2016-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5hwjA00

3BLEA 3G0XA 5F1UA 3PY2A 1KTNA 1W5MA 4I7WA 3O63A 3WK1A 1ME9A 4H4IA 1KM6A 1S5TA 2H8XA 4O52A 1QFEA 3IRDA 1W5PA 3W2KA 1L9WA 1GJPA 2RDTA 2NXGA 3GAYA 3MBDA 1PHWA 3N2XA 5AHIA 4XQ6A 2ZA3A 4JX4A 1DKWA 2NUXA 1W37A 3DI1A 5EMUA 4KWWA 4MY8A 3MHGA 2TSYA 5G1YA 3WFAA 2J27A 4O16A 3CEPA 3KXQA 2OT1A 4RR4A 2NX1A 2O7SA 1P1XA 1QCWA 1R46A 4K7VA 3GXTA 2FFCA 2VFIA 4FX8A 1OK6A 3N9RA 2H90A 3W7KA 3HPSA 3A22A 1T99A 2NUYA 4WD0A 5MHBA 4JTGA 5EKYA 3LHWA 4L4MA 2GQ8A 4KFPA 2ISVA 3S6DA 1FBAA 1KBJA 2CZDA 3EWBX 1WA3A 4OE7A 2Y7FA 3DZ1A 4LC8A 1XKYA 2NXIA 3TJLA 4OV4A 4M6VA 1FXQA 2WNZA 5I3GA 4IMFA 3ZS4A 4JTIA 3LCFA 3LV6A 2P10A 3LRKA 1ZHAA 3O8AA 4JTUA 3W7LA 4GE8A 2ZRWA 1GVSA 3FYPA 3RK8A 4JDBA 3E49A 4GUJA 2J88A 1F5ZA 3STEA 2PRMA 1O5XA 3CLMA 1IXNA 1AK5A 1KBIA 2VXNA 1JCLA 2V5BA 1KTBA 4DBDA 4AVFA 5F2IA 1LRQA 3PM6A 5HINA 5TQLA 4O18A 4EOUA 3NL3A 4DEFA 4ADTA 4UTKA 1H7PA 1GYLA 3W7NA 4ALDA 1JJKA 1JCYA 1W56A 1F76A 4JX5A 5E0KA 5I3KA 4LS2A 1EX5A 2VEMA 3GX9A 1V5XA 1PHQA 1B3OA 2NWSA 3DFOA 1HTIA 2FPYA 1Q3NA 3PR2A 4B5NA 4IUOA 3W2UA 4UTTC 5FEWA 2B7PA 4QSHA 3CPRA 3QQ0A 4ZZ9A 4AHPA 3NGJA 4GC4A 5G4WA 3NQVA 3GDTA 5TBOA 4S1FA 3T40A 2J9XA 1RPXA 2C13A 3G1DA 4JN6A 1RV8A 4XBSA 2CWNA 1HO4A 3D0CA 3NYZA 2CZFA 3UWZA 3M5YA 4JXCA 2B4GA 1NEYA 5G2WA 3QMSA 4GWEA 3WK3A 4UR7A 1LORA 3U2OA 2H8ZA 3R12A 3W1RA 5U4NA 2J9YA 3TDFA 1QDSA 4HNTA 3TW6A 5LGZA 4IPIA 1WAUA 3S0CA 3V75A 3CC1A 2X1SA 2Z6IA 3OIXA 4MLJA 1A50A 2WV8A 4OQVA 2A85A 2F7FA 2Y62A 5DY3A 3TA6A 3E0IA 2WQPA 4JS3A 3S5OA 3G1AA 1AW1A 2XN2A 3P74A 3GKFA 4NU7A 5LNWA 5AOUA 1MZHA 3FKRA 1TPUA 4AEOA 1H1YA 3AJXA 5KZDA 3EWXA 3PWAA 3EX4A 1R47A 1Q6LA 4YMZA 3S42A 3G1FA 1IXPA 1A5CA 2E68A 3ZR4A 4IQLA 4MUZA 1X8FA 2YFNA 2G96A 3WJZA 3WJSA 1BWLA 1CW2A 4LTSA 5CZ0A 1OX5A 1KLYA 4M5PA 3C8FA 2QCLA 3U6WA 4X22A 1M6JA 3F4NA 5EL1A 1VQTA 1PV8A 3THAA 3IGXA 1A5AA 2AAMA 4K38A 2IQTA 3EXRA 4NQ1A 3PSWA 1J4EA 4PL2A 3NR0A 3DFTA 3LB0A 2W0UA 1OFRA 2DORA 3CQ0A 2Q8LA 5I3HA 1JUEA 5I3IA 3RF9A 4FX6M 3QM3A 1OHLA 4FHAA 4DO6A 2JGQA 4OGZA 3PUOA 1H51A 1L6SA 4LUJA 3MMTA 3S5YA 5EY5A 3G22A 3M41A 1PL9A 4HSNA 3M1ZA 1EWEA 1ZCOA 2E6AA 1K7XA 1SZGA 5CZJA 4JIPA 3NOEA 1AG1O 1SO5A 4K8HA 1YPIA 5F2LA 4E0CA 4FNUA 2R94A 1X1OA 2PRHA 3A23A 1ICSA 2W6RA 3TH6A 1VJIA 3ABSA 3LXCA 5CSSA 4K36A 4NJKA 1XUUA 4HSOA 2Y88A 4DO4A 1TTQA 4O1CA 4Z1DA 3W2LA 3KX6A 1NVMA 2B7QA 3DU0A 5EYWA 1WX0A 1LBFA 3BG3A 5HUPA 1H62A 2YGYA 3B0VC 1NF7A 1GVFA 2Z2UA 3LHZA 1KLZA 5I3JA 1Z48A 3EWUA 3O6CA 4NZFA 4OT7A 1WV2A 4A2RA 3GNDA 4LVGA 3C61A 3HMJG 4XUGA 4NJIA 3V1PA 3TK7A 4E38A 4O17A 1AW5A 2HS6A 3GKAA 3W75A 1YPFA 2HS8A 3QZEA 4ONVA 1XXXA 2XFWA 1KM2A 5F2GA 3S8HA 2RHGA 4NX0A 2CLHA 1ME8A 4K8EA 2E5CA 1FUYA 1K3UA 3W73A 1UASA 5AHEA 1UUOA 1B4EA 3IVUA 3KRUA 2YSWA 3G8EA 1S5WA 1FCBA 1XDLA 3OVPA 3C52A 4EF9A 4JGDA 3GNNA 2ZZ3A 1YDVA 3W7RA 1LBLA 3A9IA 3NQAA 3QMRA 1VYSX 5HMSA 3IGSA 2QJIA 1MXSA 2E5BA 1NFBA 1T0OA 1UJPA 2TYSA 2ZCGA 2ZZ7A 1I2QA 3OVQA 2QUTA 4RK8A 2OZ0A 3PG8A 3LXBA 2AQWA 1OK4A 2HTMA 2JKAA 4XKYA 2EF9A 1QPNA 1TQXA 1I2RA 4O8RA 4MFEA 4RX0A 3P80A 1YDOA 3NL6A 1TTJA 4JY9A 1TTPA 3TQKA 2DJXA 1TPDA 2E5DA 4LRTA 2FPVA 4O13A 4Z1BA 4UTMA 3SI9A 2E77A 3G0SA 2Y85A 1FX6A 2B0MA 1Z44A 4HNNA 3NAVA 4RLIA 1XBVA 3AO0A 4UTLA 1NF0A 1PCKA 3TC7A 4HIBA 4UFJA 4O10A 4Z0SA 5LNVA 5AYZA 5C55A 4L4LA 3TAKA 3PB2A 4WX2A 1VCFA 3FEMA 2NX9A 3W1MA 4U4MA 2ATMA 5D09A 4XTDA 3SR7A 1XBYA 2ABBA 1L2UA 3NEVA 4RXGA 2V81A 4ZQMA 3UYCA 2GQ9A 2G97A 3HIJA 3LCXA 5D04C 2V9DA 2DZPA 4M7SA 3NQ7A 3NQGA 3TJXA 1VR6A 4I7UA 1F7BA 5D38A 5AC7A 2CZ5A 5H2ZA 3HO8A 4IXXA 1FDYA 3NQFA 3L65A 5FEPA 3A24A 3B03A 4N02A 4WY0F 1SUXA 1N7KA 1DL3A 1UBSA 3M16A 2H3BA 5HWJA 4N6FA 2QKFA 3LTSA 1IXOA 1TPWA 1VHNA 3BLFA 1P5BA 1K02A 3CB8A 3RMJA 5LZLA 1C8VA 5D2TA 3NQDA 3W84A 3G3DA 1ZY9A 4AHQA 4UMBA 5BMWA 3EKLA 1W0MA 2YW4A 5E1QA 3GDMA 2VKZG 4JX6A 5CPMA 2JKPA 5AYXA 5FF3A 3SGUA 5FF4A 3W3OA 5G2IA 3LCWA 2RDWA 4TMBA 1L6YA 1QPQA 2A1YA 3B05A 5L9FA 3LRLA 1THFD 5G5IA 3W07A 1OABA 3EWWA 3JS3A 1KFKA 2ZZ1A 2E6DA 2Y70A 1J2WA 1O60A 1XM3A 3WJWA 4FNTA 2ZA1A 3W7GA 3UWWA 3GDRA 3W2MA 1K7FA 3DKJA 3E96A 4ZL1A 1LM1A 4ZVJA 4FIQA 4BK9A 1VCGA 1KA9F 4CQAA 1WXJA 3T44A 4LU0A 3TROA 2ZQ0A 4Y6GA 3TUUA 2BTMA 3UY7A 4BR1A 3NXFA 2ISSA 1DJNA 3H53A 1G4PA 5CPLA 3TFXA 3UWVA 3R2GA 3GXNA 3BW2A 2ISWA 1F6PA 2CLMA 3IIVA 1Z42A 3KVLA 5AFDA 5AN7A 2B7NA 3W85A 1XFBA 2VFFA 5HJLA 3GR7A 1BTMA 2EKCA 2VFDA 2WPBA 5DBTA 2QF7A 4GUHA 3DFPA 3QJAA 4HHPA 1U83A 2GOUA 1BEUA 3O15A 1I4NA 4UNKA 3NVTA 1QPOA 4PL1A 3W7EA 4QQ3A 3W7CA 3TMLA 4Z1CA 1KW1A 5LHFA 3I7SA 4FXRA 3W87A 3C56A 1UUMA 3E12A 2JKEA 4UFKA 3MP3A 2WSYA 2V2CA 2Y61A 4FO4A 3TKFA 2RFGA 2RKXA 3B0PA 4UC5A 1D3GA 3INPA 4RZ6A 4HPXA 2WNQA 4K39A 2JK2A 1JUBA 3BW3A 4ZQRA 2E6YA 4O28A 3CWNA 1EA0A 3M5XA 1QOQA 5D30A 3MJYA 5K9XA 2ZRZA 1H5YA 2LLEA 4AWUA 1KFLA 2QJGA 4O53A 5K2ZA 2JBMA 1DOSA 3QW3A 1FQ0A 4TR9A 3SECA 5KZMA 1UCWA 1FY6A 3EEGA 1RQBA 1Q45A 3M43A 4X3ZA 4GUGA 4UTIA 4JR5A 3T78A 2C15A 1I8JA 4KFOA 3IIXA 1QNVA 1GEQA 4WXYA 4RKAA 2GUUA 5CZSA 1M7PA 2V8ZA 2QAFA 1GOXA 3LI0A 3ZWSA 3GZ3A 3ABQA 4ML9A 4NUWA 4HPJA 1KFBA 2Z6JA 3PULA 1S5VA 3TX9A 1TV8A 4MPQA 3N19B 3GLCA 3W7JA 3M7WA 1KV5A 1L6WA 4CQ9A 1WBHA 1T96A 3U8GA 3TMQA 1AMKA 2NV2A 4NJGA 4IMEA 5KMYA 1LCOA 3ATZA 4JIQA 4JTJA 1LZOA 4LOCA 2FPTA 1IIGA 5DCDA 1KTCA 1KM4A 1G4EA 3YPIA 3G1SA 4YCOA 1F05A 1HL2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3RJX A;  7A3H A;  4AF0 B;  2PRL A;  4ORI A;  1H1Z A;  3AMD A;  3IJ6 A;  4IX0 A;  3L5M A;  1FWT A;  1MW0 A;  3SQM A;  2J47 A;  4KEM A;  4TX9 A;  1EHN A;  4WSK A;  1C9W A;  2Q01 A;  2XIB A;  1VFS A;  3GIQ A;  2GVG A;  2VR5 A;  2IPW A;  2PEV A;  4MF4 A;  3RPM A;  5A8Q A;  4A4A A;  1AOD A;  1J0K A;  1ZBK A;  2PTZ A;  4EP8 C;  1F6Y A;  3DGB A;  1A5S A;  3S2C A;  3ZXW A;  1G4S A;  5ABG A;  1QI4 A;  3DAQ A;  1Z8A A;  1C8X A;  1PZ0 A;  3AUJ A;  3SB0 A;  3GHU A;  4KFN A;  5FJP A;  1OSE A;  4PUW A;  3PUE A;  1MDR A;  4O4V A;  3BOF A;  3MYO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5HWJA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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