5HWN | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	303
structure length	303
Chain Sequence	MDPEQIKTALGSGLLSFPVTHFDAEGRFAADSYREHVEWLAGYKAPVLFAAGGTGEFFSLKPDEIPTIVAAAKEVAGETAIVSGCGYGTEIAVDIARSVEKVGADGILLLPHYLIDAPQEGLYAHIKKVCQSVGIGVMVYNRDNSVLQADTLARLCDECPNLVGFKDGTGDIGLVRQITAKMGDRLMYLGGMPTAELFAEAYLGAGFTTYSSAVFNFVPGLANEFYAALRAGERATCERILVDFFYPFMAIRNRAKGYAVSAVKAGVRLQGFNAGPVRAPLKDLTNEEIGMLEALIGTHKRKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
molecule tags	Lyase
source organism	Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus	117
structure length	303
sequence length	303
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.41: 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase.
pdb deposition date	2016-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5hwnA00

1YXCA 1OK4A 5BOOA 1YLVA 1PV8A 3F03K 1NEYA 1D3GA 1XKYA 4E2BA 4IMDA 4A2RA 3SZ8A 1HO4A 1DVJA 3TAOA 4Z1DA 2Y6ZA 4O19A 1MEIA 1K03A 4ZVJA 3SW6A 1Q3NA 4N9BA 1FCQA 4O53A 5H2ZA 1OFRA 1AL8A 2ZYFA 1SFLA 5HWMA 5G1TA 1TPVA 2H6RA 2VKZG 3ELFA 3NEVA 3BARA 4BI6A 3LCGA 5SWUA 2WSRA 1AG1O 5DXXA 3OIXA 3EEGA 1X7FA 2PCQA 4Z0JA 4X9SA 3IV3A 3KVMA 3LCIA 4IXXA 2CZFA 1O94A 3E02A 3EWWA 2E5BA 3TFCA 2ZA2A 5DY3A 5G1YA 3T7VA 3C8FA 1ONRA 2WV8A 2GVJA 3GR8A 1JCXA 4ZQCA 1JUKA 2YR1A 5C2XA 1KM5A 4DEFA 1KBIA 3E9AA 4U4MA 2FDSA 1KFJA 4GNJA 3GIYA 4FXSA 1LCOA 2YW3A 3S42A 1S5TA 3G3MA 1N8FA 1TREA 4HSOA 4CNOA 3GB6A 1MSSA 4NJKA 4JTLA 4AWSA 4DQWA 3ABOA 1VCVA 2O7SA 4JTIA 3QMRA 4DBDA 4FXRA 3LHWA 2CLMA 1X1ZA 2DZXA 1NF0A 3NQEA 5G4WA 3N9SA 1LTDA 2QCNA 3R89A 1QCWA 3TR2A 3CEUA 1JR1A 2DJLA 3FKRA 1M7PA 2NUYA 1OF6A 1P5BA 4LWWA 1VYPX 3L66A 3UXDA 4CCCA 1WDWA 1ZAJA 4FHAA 2NX1A 2FPYA 1UB3A 1J4EA 5HWNA 3HG5A 1O5KA 3W86A 4HSNA 2JGQA 1W5PA 4CLMA 3D0CA 4WX2A 3BW4A 3ATZA 1Z42A 3NQ2A 5C5YA 4HNTA 4PL1A 3G1XA 2AQWA 3GXTA 4DF2A 3V75A 5KZEA 4MIMA 3WK1A 2H90A 1I8JA 1S3HA 1VCFA 5DCEA 2J27A 3SECA 2DORA 1W8SA 3R2GA 4D2JA 5F1UA 2FB3A 3MYOA 4B5NA 3FYPA 4O14A 1QO5A 5C55A 1VZWA 2X1TA 2YFNA 3L68A 4JEQA 3B06A 1H62A 1C9DA 4IOTA 2A7RA 4XBSA 3NVTA 3STEA 2ZDRA 4GBUA 2E6DA 1KA9F 1EPXA 3GDKA 1KLZA 1IIHA 1SU5A 2ABAA 4JYDA 4NUWA 1I4NA 2C6QA 4MZ8A 4M7TA 3W07A 2B7NA 1SQ7A 2V5BA 3DHDA 2WKJA 4WOZA 1F2JA 3ABQA 4LW7A 4XKYB 3KFTA 3HPXA 4LC6A 2I1OA 1G7VA 3QH2A 3CT7A 3DENA 2ZBTA 4R34A 3W3OA 4O18A 1DOSA 4UTHA 3CIXA 1C29A 4L4MA 3S1UA 2YSWA 4JTEA 3CC1A 1H7XA 4UTTC 3KRUA 2ATMA 3LV5A 3SJ3A 3WK0A 4RZ4A 3BW3A 3M7WA 2XN1A 2FPVA 4Z1AA 4LVGA 1H63A 2V2CA 4JY9A 3I68A 3LV6A 4IX2A 4UTUA 2CLLA 3G1VA 3I7QA 2E6FA 3FOKA 2Q3OA 1ZJIA 1LBFA 4CQ9A 1B3OA 4N6EA 2Y7FA 2J6XA 5D33A 4LC8A 2VXNA 4UMBA 2HS6A 1L2UA 4WUIA 5LGXA 4O11A 3OHIA 2XN0A 3BG9A 4ORIA 5HUOA 4ZMGA 1QPOA 2CZDA 3M41A 4AXKA 1IIGA 4I7WA 4O12A 3LBCA 1TYGA 1H7PA 4C1LA 3QJAA 3DFOA 4HNVA 2C16A 3N34A 3L5LA 2ALDA 3EB2A 3NQ7A 2C13A 3WJYA 1KTNA 2J24A 3JRKA 4NVTA 3IRDA 1K8ZA 3LERA 1TPB1 5F2GA 1RVGA 4JX5A 4IMGA 4O10A 2WOQA 1O60A 4MVAA 3NNTA 4FO4A 4GUHA 4E0CA 3TNOA 1SZGA 5G4EA 1OK6A 2QDGA 3P67A 1L6SA 3LDVA 1H60A 4JTTA 2EAWA 1QPRA 1A5BA 1KLYA 4HIBA 4IMFA 1KM2A 1OX6A 5BMWA 1I2NA 1TV8A 2YW4A 3C2FA 5KINA 2ISVA 4AVFA 3CU2A 2V2HA 1TRIA 4MYAA 3QF0A 1GTHA 1GYLA 3NPUA 4AWUA 3GKAA 4IQLA 4QNEA 4WXZA 4MUZA 3KHJA 4O1CA 4Y6GA 3LHTA 3P7YA 3W1UA 2GQ8A 4E38A 1GTEA 4MZ1A 1M6JA 3W72A 3OA3A 3GYEA 2ZRVA 2WSQA 3TIMA 1F6PA 1H7OA 3RMJA 5FESA 1GQNA 3IGXA 5LGZA 4NJIA 4OHQA 2LLEA 4K7VA 3M16A 1RQHA 2RHGA 1PE1A 4A21A 2C1HA 1C8VA 5AC8A 2Q8LA 1V7YA 4LNYA 1O5XA 3HGJA 4MY8A 3QC3A 5LNVA 1YTDA 1GT8A 4LS0A 1W3IA 1KM4A 4WXYA 1YXDA 3LXBA 3DFPA 3FLUA 3ZWSA 2QCGA 1FY6A 3G0UA 3TFXA 1KFEA 4OBTA 3HQ1A 3LCWA 1KFLA 3SFKA 5LHEA 5HR7A 1W1ZA 3MHFA 3S1XA 1EIXA 1TRDA 1XBXA 1QPNA 4GRSA 1EB3A 1G4TA 5CZJA 5FF0A 2ZQ0A 4MY9A 4UNKA 3L0KA 4WZHA 1KM0A 4LV4A 1G67A 1GPWA 1VQTA 2NX3A 3DFNA 1CI1A 3TSBA 3W7OA 1TPH1 3UWYA 3G1AA 3L65A 1OHLA 3BG5A 1FXPA 1GVOA 1OG0A 1RV8A 2R14A 3EXTA 3G8EA 4BFAA 2CZEA 1TIMA 1K8XA 1SZFA 3OVQA 3NXFA 4MOZA 1W5MA 3QQ1A 1TV7A 3DZ1A 1ADOA 3QQ0A 1D9EA 3HJZA 4LOCA 4H4IA 3BGJA 2WJZA 3M43A 3BLIA 3IIZA 3L0NA 4ADTA 3G1DA 5D2YA 1JUEA 3L67A 2Y61A 1UUMA 4N4QA 3TXZA 1A5SA 4FIQA 3TH6A 4AWTA 3QMSA 4JIPA 5KSWA 3W7QA 3C4UA 1FWSA 1FDJA 3G1YA 1BWKA 4JGDA 4AH7A 2WNNA 5L6UA 3MP4A 1JUBA 4YMZA 3O1NA 1DJQA 3CWOX 4C1KA 1XCFA 1UUOA 4TO8A 1XDLA 4UR7A 5AHFA 1VLIA 3W7MA 2HTMA 1TPWA 1AW5A 5K3VA 4X22A 3TW6A 4LTSA 3W1AA 4BWLA 2DZWA 5TQLA 2CLKA 3C56A 1ZALA 3KXQA 3S5NA 1B4KA 2NX9A 4IWWA 1SPQA 2YFOA 4WOQA 1ICSA 3MO7A 1KBJA 1K7FA 1VLWA 2WNZA 1R30A 3NM1A 3DHFA 3MJYA 2W6RA 2B7QA 3NQGA 3PR2A 3W6YA 5DBTA 4OE7A 1VPXA 1EX5A 4M19A 4EF8A 1DL3A 1FCBA 4DBEA 3N2XA 1R47A 3Q94A 5F2IA 3HGRA 3EWUA 1H61A 3W7DA 4UFHA 2NV2A 1LBLA 1J2WA 4BI7A 3G24A 4GFSA 4LY8A 3BV4A 5ABTA 5DCBA 1XBYA 1B9BA 1FWTA 1ZCOA 4O54A 1FBAA 2QCFA 4PODA 5KZDA 4X3ZA 2P0OA 3NQFA 4EOUA 4ZL1A 1TPUA 3NQ8A 1WOBA 3KOFA 4JTSA 1LDCA 3S5OA 5D30A 3EX6A 4FNPA 3HOJA 2QUVA 2DZTA 1VHCA 1DBTA 3FFSA 1YYAA 1MEHA 1F76A 1SO3A 3O16A 2V5LA 2CFFA 2YPIA 3LBMA 1SFJA 3HF3A 4UTJA 1KV8A 2XFWA 3W22A 3HPSA 2WNQA 1RQEA 3M9YA 4Q33A 1W37A 3TCEA 2YXGA 4RR4A 1JCLA 1HL2A 2B0MA 3VE9A 3LLDA 1H50A 2NZLA 5EA9A 3C2EA 1JRCA 5K2ZA 3IVTA 3LCXA 4NQ1A 2Y7EA 5LNWA 5FF3A 3BLFA 5GVJA 1BEUA 2CLEA 5CZSA 1QFEA 1LOQA 1RR2A 4EVZA 3QZEA 3UZJA 3TA6A 4O57A 2BSLA 4RK8A 2QKFA 3FJ6A 3P74A 4UTMA 2ZRXA 1EEPA 1EP1A 3GXNA 4PC8A 3W88A 1TTIA 3UYCA 3RU6A 4JTFA 2RDUA 2VFGA 4I7UA 1EUNA 2OT1A 3IVSA 5J5DA 3W7NA 2FFCA 3B0PA 4FNUA 4XWUA 4Z0SA 3W70A 4QSHA 1VCGA 4UTWA 1GOXA 5HMSA 1K3UA 1CW2A 4IMEA 4QISA 2O7QA 5H91A 1G4SA 2I14A 4S2CA 2E6YA 4M5PA 5F4WA 5G2HA 1H5YA 4FEZA 3P80A 1YPIA 5G5IA 4RX0A 4OV9A 1W3TA 5U7SA 3TV8A 3CQ0A 2V81A 1FXQA 4MPQA 1VR6A 1JCYA 4TX9A 3FEMA 4KFOA 4CQAA 1NAL1 3FA5A 3L9CA 4UCGA 3MI2A 4DF1A 1AW2A 4UFIA 2E77A 3RLUA 5CSRA 1F74A 4LV9A 4HKPA 3PG8A 3W7HA 2PRLA 1DHPA 4WY0A 2A6LA 5FF4A 1OYBA 2X30A 5HNRA 1O4UA 2TSYA 1SW0A 3RNDA 1QAPA 2QCLA 4ZQOA 1JCJA 1I2RA 1OFPA 5I3GA 3QRHA 1SSDA 5IBXA 5FF7A 1W5OA 1N55A 4ML9A 3PVFA 1IXOA 3CWNA 4RXGA 4EIVA 1OX4B 3W1XA 1MEWA 1XBVA 4JIQA 3HGSA 1EWEA 4QJ1A 3W85A 2QCDB 1PHQA 1J5TA 4OGZA 3C0JA 1B4EA 3P8IA 1M5WA 1SZNA 1ZY9A 4KWVA 2A7PA 3G3DA 3QM3A 3THAA 1LLWA 5DELA 3GXPA 4JS3A 2GUUA 3SIZA 3NZ1A 3GZ3A 3IIVA 1W31A 4RZ6A 3WJXA 4ZQMA 4GUGA 5LNUA 3W83A 1YTEA 1SUXA 3NQ6A 3O63A 3M5ZA 2QR6A 4E2DA 1TSIA 7TIMA 3U8GA 4JY8A 1THFD 1VYRA 4FF7A 3O15A 5DN1A 5K4ZA 1Z44A 4CCEA 8TIMA 4S1FA 3NZRA 1RZMA 5D03A 4ADSA 3BGGA 2KZHA 1HTIA 4AF0A 1PIIA 5HUPA 4GWEA 3QW3A 3C6CA 5D02A 1DKWA 1EUAA 1TCDA 1FCUA 3W7KA 4HN4A 3VE7A 2WQPA 3UWUA 4JDYA 4TMBA 3NL5A 2BWGA 5HINA 3G18A 1H51A 3OG3A 4JD4A 1ICPA 2ZZ7A 1AMKA 1M7OA 3STGA 2ATSA 2V2DA 2ZZ2A 4GUJA 4RV8A 2J9XA 5AHMA 3T40A 1BTMA 2VEKA 4CQ8A 3DKJA 1ZAHA 4GUFA 2R91A 1MZHA 1LRTA 4J9JA 3A9IA 6TIMA 4O0ZA 1K8YA 2Z1BA 5L9FA 3WK3A 4MYXA 3I6RA 4A22A 3GAKA 3NR0A 2QAPA 2YZRA 4CNPA 1TPEA 5I3IA 2C0AA 1V5XA 3PUDA 2X1SA 3B0VC 3P5YA 3TXVA 3KAOA 3TJXA 1T0OA 1VS1A 2R8WA 3P62A 3TAKA 3B05A 3ABSA 3PY2A 3TC7A 1QOPA 4N2YA 1DV7A 1QO2A 4RJEA 2A21A 2HS8A 2JK2A 4BR1A 4OT7A 3W1RA 4Y9AA 5D04C 3STFA 4MZYA 1Q45A 3PUOA 2Y7GA 3LX9A 3UD6A 3VFLA 3NQAA 4H3DA 3MI3A 3W7RA 2E6AA 1W54A 3S5ZA 1LORA 3A23A 3W23A 3BO9A 3QEZA 3IGUA 1WAUA 1G6CA 2A6NA 1WOAA 2ZCGA 4O4VA 1KW1A 4LUIA 5HWJA 4CNNA 1LRNA 3TROA 3DKLA 3P61A 2NWRA 3FS2A 5E0KA 4RLIA 1TV5A 5D37A 3WJZA 3R8RA 4O1DA 4O52A 1ML1A 2GJLA 4IJBA 4NZFA 5CPLA 1S5WA 3T4CA 2PE4A 3W2LA 1TMHA 4YCPA 4BF9A 1T99A 2CLOA 4OWGA 2V82A 1SW3A 3TC6A 3W76A 3L2IA 3M5XA 3P82A 1ICQA 4ALDA 5LZLA 5AYXA 5DY2A 1TPFA 3M5VA 4JTKA 2QCEA 3C2VA 3IEBA 4DO6A 1NSJA 3QSTA 3TUUA 1G4PA 2VFDA 1QOQA 2UV8G 4RZ5A 4YLWA 2Z0IA 5K4XA 5F2MA 3M1ZA 3LRLA 5AHIA 1FWNA 3TKFA 1OVDA 3NL3A 5AC7A 1TTQA 2G95A 1NF7A 3UPWA 1XUUA 2QEZA 1SO6A 3GDLA 4MKNA 4Y8FA 1LLZA 4K38A 1X1OA 1KM3A 3PF3A 4GXMA 3EWYA 4KFNA 5KTLA 2Z6IA 3OEXA 2X1RA 5I3JA 1KFBA 1MO0A 3GAYA 3PAJA 4JTUA 3SGUA 2A5HA 2Y62A 5F4SA 1A50A 1OJXA 4O50A 3GNDA 4JXCA 3G8RA 3ZR4A 5KZMA 2HMCA 4JDBA 5D2WA 3M5YA 3GVGA 2CLIA 4WY0B 4LVAA 3C2RA 3O6DA 3WK2A 1NFBA 2EPHA 3DFSA 1X8FA 1QWGA 1XUZA 3FYOA 4RCXA 2OX1A 3EXRA 2GQAA 3TMLA 3RK8A 3GKFA 2E09A 4FIRA 3MP5A 4O16A 4NXSA 3W73A 2DU2A 1W5NA 3W7LA 4O28A 3QSRA 1G69A 3GDTA 2JBMA 3O07A 3MMTA 5LHFA 1LOLA 2VOMA 2C19A 3RLVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5HWNA

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