5I3DA

Sulfolobus solfataricus beta-glycosidase - e387y mutant
Total Genus 192
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
SFPNSFRFGWSQAGFQSEMGTPGSEDPNTDWYKWVHDPENMAAGLVSGDLPENGPGYWGNYKTFHDNAQKMGLKIARLNVEWSRIFPNPLPRPQNFDESKQDVTEVEINENELKRLDEYANKDALNHYREIFKDLKSRGLYFILNMYHWPLPLWLHDPIRVRRGDFTGPSGWLSTRTVYEFARFSAYIAWKFDDLVDEYSTMNEPNVVGGLGYVGVKSGFPPGYLSFELSRRAMYNIIQAHARAYDGIKSVSKKPVGIIYANSSFQPLTDKDMEAVEMAENDNRWWFFDAIIRGEITRGNEKIVRDDLKGRLDWIGVNYYTRTVVKRTEKGYVSLGGYGHGCERNSVSLAGLPTSDFGWEFFPEGLYDVLTKYWNRYHLYMYVTYNGIADDADYQRPYYLVSHVYQVHRAINSGADVRGYLHWSLADNYEWASGFSMRFGLLKVDYNTKRLYWRPSALVYREIATNGAITDEIEHLNSVPPVKPLRH
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus solfataricus (strain atcc 35092 / dsm 1617 / jcm 11322 / p2)
publication title A front-face 'SNi synthase' engineered from a retaining 'double-SN2' hydrolase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-galactosidase
total genus 192
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2016-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5i3dA00
4FLQA 1MW2A 1UD6A 1Q6EA 1GOQA 3VX0A 1UOKA 4D6GA 2VX7A 3W27A 4JKKA 3QHMA 1QHZA 4HOXA 3CMJA 5CSUA 1UD5A 3BLKA 2JEQA 5IHRA 1I75A 1NP2A 5JBDA 4UFJA 3AIEA 1QNQA 1UQYA 3BAYA 3D3AA 3NUKA 3AZSA 3PZIA 4UOJA 3HU7A 3CZGA 4X9YA 1JD7A 5EFDA 3IJ7A 4HPHA 4UQAA 4LX4A 3UG3A 1GPFA 1UYQA 4CKQA 1US2A 2W92A 3A47A 3VMPA 1UR4A 4NZCA 3VDHA 4W8LA 3VILA 4TOQA 4J27A 1UH2A 2JALA 1RPKA 2J47A 2XVGA 3PZTA 3PZNA 5DMYA 2V3DA 1X6NA 3CUGA 4UR9A 3WIJA 2ZX6A 3NDZA 3AHZA 1XYFA 3PZQA 1WZMA 3AS0A 4AZGA 2WMKA 3BSHA 1W9BM 3CHDA 4U5KA 3VMNA 3ARQA 1DEDA 4U2YA 2D1ZA 1E6NA 2XGIA 5DO8A 2QMJA 5FCZA 4P7OA 4AZ7A 3HN3A 3AIWA 3T2OA 1LWJA 2YDSA 1JZ4A 1H2JA 2X0HA 3CZJA 4B15A 1KXQA 1PZ2A 2WANA 5EMYA 1WNOA 1B9ZA 3UERA 3RMEA 3M07A 3WENA 4WLCA 3UCQA 2WMIA 1Q6GA 3AXHA 4FF5A 2ZUTA 2C8NA 2XM2A 3WNPA 2J7CA 2XUCA 5IDIA 5IHSA 1K9DA 1XD1A 1V3LA 4ML4A 1W2VA 1LF1A 3EDEA 5I79A 3VGFA 4NRRA 3WQ8A 3AIBA 4DUVA 3LPFA 4B3LA 2GDUA 4H04A 3CUHA 4PMVA 1AQHA 1MWOA 4U2ZA 1MW3A 1TA3A 2ZUNA 3AIRA 2V3EA 3WDPP 1GUVA 3N11A 4Z2GA 5IFTA 5A6KA 2WMFA 1R86A 3U7VA 4LPCA 1FA2A 3GNOA 3K1DA 3ZSSA 4W86A 2VURA 2YLLA 3EDDA 2BVTA 4MJ2A 3SCQA 3U7BA 1CXFA 3GNPA 4AD4A 3W28A 2XGBA 3SUVA 4GI6A 1LQ0A 5HXMA 1WZAA 3L2LA 4U31A 4MPKA 3B9EA 4D6HA 3FW6A 4M56A 1ZS2A 1B3XA 2OWCA 1CGXA 1MQRA 1VFOA 4V2XA 2YBTA 2OYMA 4TX6A 1B3WA 5M03A 1I1WA 7A3HA 1QI3A 5GNZA 2Y8KA 3K8MA 1KWGA 1E3ZA 3MMUA 3W4RA 1GHRA 5DT7A 5E0CA 2E9LA 4AISA 2YIHA 4BCEA 3AHVA 2QF8A 2VX5A 5E0FA 5D8WA 5E09A 1M7XA 3U5UA 3AIUA 3N04A 4R27A 1ZBVA 1TVNA 4HA4A 8A3HA 1UR8A 4MB5A 4HTYA 4RE2A 3FXYA 5HDRA 5BROA 1H49A 1UWSA 5JIPA 2E9MA 3UESA 3AISA 2WKGA 4UQDA 4B9YA 1CGTA 1DP0A 1UZ1A 1UR9A 1GNXA 1H3GA 2AMGA 2GFTA 1EDQA 3WUBA 4L4PA 4PUDA 1B0IA 1LLOA 2YKKA 4JL2A 1W1YA 1JAEA 3NCOA 2XFFA 3QOKA 1UWTA 4AEEA 1FFRA 2G3NA 4KH2A 3CO4A 3ARZA 1E6PA 3EDFA 1FH8A 2UY4A 3WQ5A 1UWUA 5A8MA 4W8BA 1VFFA 3WD2A 1FFQA 4DUXA 4U3CA 3OG2A 3WEZA 1B3ZA 2WHLA 2NW0A 4PTWA 3SUWA 1AMYA 1BG4A 3NSMA 4XX6A 4AWEA 3AJ7A 1PEZA 1CGWA 1E0XA 2FGLA 2VZUA 4FK9A 5GNYA 4AW7A 2X8RA 4CN1A 3WDJA 2V3GA 3ZJ6A 4JFUA 1TVPA 1LJYA 4AEFA 2DSUA 2DDXA 4AZIA 1E43A 2FHCA 1G94A 3HMCA 1FP9A 4ATWA 1R7AA 4PTMA 3DHUA 1N82A 1EA9C 1KQZA 1WE5A 3VIJA 5A8PA 3GNRA 3VD9A 5HOSA 2CXGA 3GDBA 3A6OA 4CD6A 1E56A 2PWHA 2X1IA 4D6FA 4PMRA 2VNCA 2CBVA 1R87A 1VEPA 1E3XA 4MB1A 3RJYA 4ACZB 4GZJA 2YL6A 2ZXBA 3KL3A 4JFWA 4ZENA 3PZOA 1B30A 2W91A 5E70A 3BMWA 3WNLA 2QV4A 1V08A 5HPOA 4DWSB 3LPOA 2BXZA 2GVYA 3RM9A 5AY7A 5JUVA 2WVVA 2BHUA 5CGMA 1JYVA 1ZJBA 4P8VA 3PZGA 3GXMA 4CD7A 4W5ZA 4XUYA 1BPLB 3L2MA 4E2OA 2J7EA 2OSYA 2BY3A 3WF1A 1GW1A 4OBRA 3BSGA 1DWGM 5E6ZA 4ZEPA 1UKOA 2EPOA 3NSNA 2XTKA 1GONA 3VM5A 2BVDA 1J0KA 2CYGA 4Z2KA 5KEZA 4GZIA 4W84A 1UWIA 4J3VA 4CCEA 5FIPA 4CU6A 3AZRA 1GORA 1ODUA 3EMZA 1KWKA 1W91A 1GOIA 1W9DM 1JD9A 3DYMA 1FHDA 2NT0A 1GJWA 1OGBA 2WCGA 3W24A 2VO5A 1KQYA 5CXPA 1CGVA 2YLAA 4CN4A 3A4XA 2ZX5A 1UH4A 4H8HA 1EIBA 1GHSA 2J7HA 1KXTA 4AC1X 4PMUA 4PTXA 3OGRA 4C7DA 5FD0A 3ZSTA 2WZEA 4P7NA 3W82A 5EBAA 3S2CA 1CGYA 3CUIA 1E5JA 2ZWZA 4GQQA 4AZCB 4B9ZA 2VZOA 3IAQA 4W88A 2PWGA 3MS8A 4GI9A 3WMBA 4D1JA 4U3AA 2E4TA 3DECA 1OCQA 3M6DA 3VINA 4EKJA 2DSKA 1WDRA 1OGSA 2CESA 2AAAA 3RPMA 1JI1A 5CLWA 4AZHA 3TONA 3ARVA 3WQVA 1UD4A 3VIHA 2IXVA 3PZ9A 2DIEA 4AD2A 2VRJA 1J0HA 4JL1A 3ZQ9A 3F5LA 1V3MA 4LXFA 4DWSD 4H41A 1CIUA 3L4VA 5CQ1A 2CCRA 4PEEA 4QFUA 1FP8A 3AMGA 3GXFA 2XFRA 3TTOA 4M1RA 5CJ5A 1HJWA 3TA9A 1IZKA 3TTQA 4GZEA 3CIVA 1XSIA 1EDTA 4QCFA 2F61A 4L4OA 1UQZA 2CKRA 4WIWA 3EYPA 1ZB5A 2BY1A 4OOZA 2VZVA 2XWDA 3ZJ8A 4KWUA 2J7GA 3WD1A 3ZT5A 5ECUA 1E1FA 1OIMA 3OLGA 1XH0A 1CWYA 1BHGA 4JHOA 3EMQA 1CXEA 1PBGA 4H8UA 4ATDA 5I2UA 4AD0A 2X0YA 5A8NA 1Z32X 4YN5A 1NH6A 4W87A 4OZOA 5BRQA 4PBGA 1UWQA 3TOPA 2GK1B 5A6AA 4KGLA 4CGTA 1C93A 1JDDA 1G01A 2J8FA 2XIBA 2WC4A 3N12A 1DTUA 4ZE4A 2EPKX 4P7RA 1PAMA 1JZ5A 1OGGA 3AHYA 4OKDA 2ZXDA 3G6LA 1W9VA 1WPCA 1RP8A 2J8GA 1E1EA 3W6MA 1GOWA 1JDAA 5GQBA 1W2PA 1JIBA 1EO5A 3THDA 2EXOA 2ZOXA 3VIFA 2IXUA 4PUEA 4MNMA 4EK7A 4PMOA 2XSBA 5A95A 3K4AA 1KB3A 1BVZA 1XH2A 1ODZA 2X2YA 5M3WA 3PN8A 4QAWA 2OYLA 1GVYA 3LPPA 4PMYA 5FL1A 4HU0A 3WF3A 3CZLA 4A4AA 5BXPA 3MO4A 2VCBA 2J75A 3WEOA 3S6TA 1E6QM 2EEXA 1C7SA 4X0VA 3T0BA 4Z2IA 1JL8A 2VX4A 4H8VA 1BF2A 2XWEA 5E9AA 1VJZA 3PZVA 2VRKA 4JKMA 4D6EA 4MDOA 1E4NA 4UZSA 3WQ4A 3WNOA 1BYCA 1WCGA 3BMVA 3DYPA 3QHOA 1V03A 1UD2A 3CHCA 1OT2A 2DIJA 1E0VA 2WWCA 4JFVA 4S3JA 1UKTA 1QNPA 2HVMA 4R5EA 3MUZ1 1BQCA 1SFSA 1H0GA 3T08A 4J3TA 4OUEA 5DEZA 4NRSA 1FOBA 4QLLA 4P8UA 1NARA 1JFHA 4AZBA 4F9JA 4JAWA 3GBDA 1KGUA 2UY3A 1OWQA 1EGZA 3WFZA 3WN6A 1R85A 2PB1A 4AD1A 2VZTA 5FKYA 1FHLA 3WDQA 3VM7A 5A69A 1SMAA 2XG9A 4M29A 4BF7A 2CEQA 3VUPA 1FH9A 2D3NA 1JG9A 4D6CA 3MSGA 2GJXA 3WMCA 2DGAA 3ARYA 4BQ3A 3WH9A 4JIEA 2ZICA 5AYIA 3VTRA 3VD7A 3I3EA 2CHOA 3ZIZA 2O9PA 4CD5A 2VI0A 1VIWA 3AMLA 4UTFA 3RDKA 4UFIA 1D3CA 4JHZA 4B16A 1NOFA 1XV8A 3BXWA 3F4VA 3HJEA 3WF2A 2CBJA 2PF0A 1LL4A 1E55A 7CGTA 4MB3A 4HA1A 1J18A 1KGXA 1P6WA 3MV01 3EBVA 5D9NA 4J3UA 5HNNA 1C8YA 5M17A 5TD4A 2G3IA 1J0ZA 2JIWA 3I3DA 3LPGA 3W37A 1KFWA 3OA5A 1NM9A 3GXDA 2W5FA 5D9MA 1CXHA 3ZMRA 2BY0A 4UOZA 3BAKA 1CLVA 2O9RA 4Q22A 1OM0A 1XRVA 3SCTA 3AZTA 3SUTA 3AS3A 2XVLA 2WSPA 4ACZA 1HF6A 1PZ3A 3ARWA 4CVUA 1UZ4A 2V38A 1QI2A 3AMDA 4KRTA 3PBGA 1OBAA 1ZBWA 4F79A 4ATLA 1V6YA 1C90A 2ZUVA 3VMOA 2PWEA 1B1YA 2C7FA 1TR1A 3TTSA 4OJYA 3APGA 1QNOA 2Z1SA 4DM2A 1JGIA 1EH9A 4ACYA 1NWTA 3AROA 3SCVA 4GPNA 2VCAA 1E6SM 2JF6A 2WZHA 4GKLA 3AS1A 5LYRA 4OIFA 1E6XM 3ARSA 3RO8A 3WBAA 3B9DA 1HP4A 3K8KA 4QCEA 4J3WA 2B31A 1V6VA 1ZL1A 1NQ6A 4S3KA 1DWJM 3ZM8A 1WP6A 2YL9A 1XHGA 2X09A 3FAXA 2WC7A 1SMDA 4WKAA 3UG5A 5A6BD 4JCLA 1LWHA 1V3JA 2O9OA 2VJXA 1E6ZA 1H1NA 4J3SA 4X0NA 3L4YA 2DEPA 2OWXA 1XSKA 2EPMX 4Q7NA 4D6JA 2D23A 2JEPA 3N17A 3WH7A 1CTNA 3EMCA 1CECA 2WVTA 4PMZA 1W32A 4F8XA 4ZXLA 1W9XA 5GPRA 3BC9A 2ESCA 4BQ4A 1IV8A 2MANA 2VOTA 2Y8VA 2YDRA 5KZ6A 1RH9A 3QGVA 4W7WA 3A4WA 4AZCA 1Q6FA 2EO7A 1JZ7A 2C0HA 3VIKA 1CZ1A 3FHQA 2VCCA 1TUXA 2ZWYA 1QBAA 1V3IA 5AC5A 2VQUA 3ARPA 4CN6A 3ARXA 5F7UA 1CNVA 2ZX7A 2J78A 4CU8A 2CITA 1HXJA 3L4UA 4PRWA 5IFPA 2GJPA 1XCXA 3CUFA 1F4AA 3GH5A 4MAVA 2ZUUA 1G1YA 2UWFA 1L0PA 3VDBA 1QHOA 1BGGA 1C91A 3FHAA 3RJXA 5D4YA 3T0DA 3FAWA 2YDQA 3SUSA 3DC0A 5D9PA 1MQPA 1TG7A 2J7FA 1XGZA 4ZXOA 5CPTA 1V0MA 4UNIA 1X1NA 2RGLA 2QHAA 1QVBA 4DWSC 3MUIA 1JFXA 1KR0A 4URIA 1CLXA 4UQCA 1CEOA 3KEHA 3WSUA 4HZ6A 2ZUWA 3NDYA 4BZYA 3TP4A 4P7LA 3VPLA 3VGBA 1XYZA 1WDSA 2WMIB 4Z2HA 1XD0A 2F8QA 3N15A 2BHZA 3ZO9A 1VBRA 4PN2A 3N18A 2O92A 1IT0A 1JXJA 2OLHA 4ZE5A 1H5VA 1OIFA 4W93A 3GBEA 4HZ7A 1EHNA 3WNNA 4QP0A 5ABFB 5DF0A 4W7UA 4GO8A 1TA3B 1GQKA 1NWRA 1OD8A 2YL8A 2G3JA 1ECEA 4D6IA 1DWIM 1XC6A 3NYDA 3GH7A 2YJQA 4B3KA 4RL3A 5CGTA 3RM4A 3SCOA 4A3HA 5JBFA 1HT6A 1H4PA 1CXIA 2DQXA 4XZWA 1YHTA 2XVKA 3VD3A 1ISVA 4C7FA 1VJSA 5I23A 1KBBA 1B3VA 1UD8A 1E9LA 2FH6A 1M01A 1LL7A 2WVSA 2J79A 5BXRA 4PMNA 2ZUMA 4IISA 4WJXA 1PX4A 2CERA 3VIMA 1KGWA 3A4AA 2WHKA 2XVNA 1ITCA 2WXDM 5BCAA 4MB4A 4AD5A 1KCKA 4U33A 4GINA 2VT0A 2WB5A 1PX3A 3RM8A 3OZPA 1WAWA 1JF6A 1UD3A 4TVCA 1BGAA 2D3LA 4OOUA 1HKKA 4D71A 2VR4A 2ZIDA 1K6AA 3PTQA 5ABGA 4GQRA 3BAWA 1BSIA 5I78A 3LMYA 4TX8A 1WO2A 2X05A 2IUZA 2VX6A 2Y4SA 3I3BA 2PC8A 1K9TA 1B90A 2DT2A 1HL8A 3WMSA 1BTCA 4JFSA 5IXEA 1W3JA 1R7OA 2WLYA 3U57A 1E0WA 3VGHA 1W9PA 3TTYA 2PI6A 3BGAA 4M80A 3SEPA 3UR7A 1C8QA 2WK2A 3QR3A 1MVYA 4MADA 1GQLA 2VC9A 3GTNA 1QNRA 1SYTA 2D0GA 1QI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FLQ A;  1MW2 A;  1UD6 A;  1Q6E A;  1GOQ A;  3VX0 A;  1UOK A;  4D6G A;  2VX7 A;  3W27 A;  4JKK A;  3QHM A;  1QHZ A;  4HOX A;  3CMJ A;  5CSU A;  1UD5 A;  3BLK A;  2JEQ A;  5IHR A;  1I75 A;  1NP2 A;  5JBD A;  4UFJ A;  3AIE A;  1QNQ A;  1UQY A;  3BAY A;  3D3A A;  3NUK A;  3AZS A;  3PZI A;  4UOJ A;  3HU7 A;  3CZG A;  4X9Y A;  1JD7 A;  5EFD A;  3IJ7 A;  4HPH A;  4UQA A;  4LX4 A;  3UG3 A;  1GPF A;  1UYQ A;  4CKQ A;  1US2 A;  2W92 A;  3A47 A;  3VMP A;  1UR4 A;  4NZC A;  3VDH A;  4W8L A;  3VIL A;  4TOQ A;  4J27 A;  1UH2 A;  2JAL A;  1RPK A;  2J47 A;  2XVG A;  3PZT A;  3PZN A;  5DMY A;  2V3D A;  1X6N A;  3CUG A;  4UR9 A;  3WIJ A;  2ZX6 A;  3NDZ A;  3AHZ A;  1XYF A;  3PZQ A;  1WZM A;  3AS0 A;  4AZG A;  2WMK A;  3BSH A;  1W9B M;  3CHD A;  4U5K A;  3VMN A;  3ARQ A;  1DED A;  4U2Y A;  2D1Z A;  1E6N A;  2XGI A;  5DO8 A;  2QMJ A;  5FCZ A;  4P7O A;  4AZ7 A;  3HN3 A;  3AIW A;  3T2O A;  1LWJ A;  2YDS A;  1JZ4 A;  1H2J A;  2X0H A;  3CZJ A;  4B15 A;  1KXQ A;  1PZ2 A;  2WAN A;  5EMY A;  1WNO A;  1B9Z A;  3UER A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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