5I3IA

Structure-function studies on role of hydrophobic clamping of a basic glutamate in catalysis by triosephosphate isomerase
Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS8 (230-233)S1 (7-11)S3 (60-64)TIV1 (12-15)AH4 (96-102)AH1 (18-30)AH2 (48-54)S2 (38-42)TI1 (57-60)AH3 (80-86)S4 (90-93)TII1 (74-77)O1 (72-74)AH5 (106-118)S5 (122-127)AH7 (138-152)3H2 (156-161)AH6 (131-136)S6 (162-166)3H3 (169-171)TII2 (171-174)TIV2 (211-214)O2 (175-177)S7 (207-211)TI3 (225-228)AH10 (218-224)TI2 (215-218)3H4 (235-238)AH11 (241-248)3H1 (45-47)AH9 (200-205)AH8 (180-198)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase, glycosomal
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5i3iA00
4YMZA 2A0NA 4UTTC 5D03A 3TH6A 3EEGA 1OYCA 5AHNA 1K03A 1AK5A 4UTHA 2FLIA 3TCEA 4ZQOA 1M7OA 3IIPA 4QQ3A 3N34A 2V2HA 3MHGA 2G5WA 4JXCA 3LB0A 3TE9A 1D9EA 1XBZA 1LTDA 3TQKA 5EKYA 1E51A 4AF0A 1OFOA 3FS2A 4M6QA 3U6WA 1Q6LA 3L5AA 4LRSA 1UUOA 5AOUA 3MWAA 2CLHA 3GKFA 3MBFA 4AWTA 3ABOA 2C3ZA 1KLYA 1TRDA 3F4WA 1EIXA 3QW4B 3G8EA 1LOLA 1TTIA 2ZCGA 3G1VA 4NNAA 5HULA 4GUFA 2ZZ7A 1XFBA 4LVAA 4N2YA 4LY8A 4JTHA 3GIYA 4LNYA 4JTIA 4JTSA 1W3TA 3SI9A 2OJPA 2QKFA 3UPBA 1LCOA 4JTJA 1WYIA 2ISWA 2YFOA 3BK0A 5LNRA 4AHPA 1KFKA 3M5VA 1O95A 4K39A 1JCMP 1LZOA 1NFBA 4UTIA 2Z6JA 4PEKA 4MJMA 3T7VA 3TKFA 3G18A 3TAOA 3GXPA 4M6PA 5LGZA 3S1VA 1MZHA 3DKJA 1ZNNA 3W7JA 4RXFA 4OU1A 2QDHA 3L5MA 1ZAHA 3THAA 5G1TA 1K8XA 1DJNA 1PVNA 1SZFA 2V5BA 1LDCA 4LS1A 3L0KA 2ZRZA 4BWLC 3S0CA 3IGUA 2FIQA 1ML1A 3KHJA 3BG5A 4AAJA 3M43A 3S5YA 3R13A 1U5JA 4IOTA 1TRIA 1L6WA 3DHDA 3LERA 3QEZA 3INPA 3R5EA 3THQA 1TTPA 1I2RA 3C8FA 2DZWA 3GDKA 1TV7A 2JKPA 2QCDA 3TC7A 1DHPA 4TIMA 3LCFA 5CZJA 3JRKA 1DQWA 4Y8FA 1W8SA 2PURA 2BZNA 3PWAA 4GUIA 4ORIA 2GJLA 3FKRA 3O1NA 1JUKA 4O10A 1QWGA 4UNLA 3KRSA 1HTIA 1LOSA 2CZ5A 4MY8A 4RV8A 1ICQA 1S5WA 4LV4A 3JS3A 3UWZA 1MSSA 5H2ZA 3KRZA 3L68A 4NZJA 2WO5A 4NX5A 3P81A 5FI8A 1FWRA 1TQJA 4GBUA 2VEKA 1F05A 1H7PA 3SR7A 3O6CA 4K8EA 2Z6IA 4LV9A 4XWUA 3P80A 3LHWA 4ZZ9A 2B7OA 3LGEA 3EWWA 2HTMA 1R47A 4Y6GA 3M47A 3S5OA 1OX5A 5KINA 1LBMA 4UMBA 1W0MA 4UFIA 5FF4A 4LTSA 3LTSA 1VH7A 4LT9A 2WPBA 3HGOA 4HSOA 3HG4A 5KSWA 3D0CA 2XN2A 3NM1A 4DEFA 3M44A 2G95A 1QNVA 3P7YA 1WOAA 3CIWA 4O19A 3DFQA 2A6NA 2ZQ0A 3BG3A 5D04C 3R89A 2R94A 3HPXA 2QCNA 4UR7A 3O8AA 1G4SA 3UWUA 5F2LA 2ISVA 2AQWA 3ATZA 2X1SA 3NPWA 1OHLA 3QZEA 2B7PA 3ABQA 1BKSA 3STGA 1A5AA 4A2RA 4KFNA 3DXIA 2F84A 1VR6A 3CQ0A 4Q4KA 4MFEA 1N8FA 1FCVA 3NL5A 3N73A 2C15A 2CLMA 5G5IA 1KA9F 1KW1A 2WV8A 3IV3A 2B0MA 3AJXA 3ZR4A 2VEIA 3MMTA 3TC6A 2A6LA 2A7PA 4KFPA 1D3HA 3LCLA 4UXDA 1OG0A 3SGZA 3GDTA 3SW6A 5CPMA 4HNUA 1MEWA 3HBLA 3TFCA 1TJPA 4LVGA 2D73A 4LU0A 1F2JA 2A1YA 3CWOX 3W1UA 3PSWA 3P8JA 3FIGA 1QPQA 5LGXA 1Z44A 4OWGA 4O1DA 4UFMA 1AL7A 3UXDA 4DQWA 1GVFA 4PTNA 5D2YA 4MLRA 1T99A 3STEA 1XXXA 2RHGA 2Q3RA 5DCDA 5IM51 1JCLA 4JTUA 4EF9A 3W86A 2E77A 2GOUA 1W5NA 1Q45A 3UYCA 1LOQA 3NPXA 1FUYA 1LLZA 3NOEA 1VC4A 1TPB1 3L0GA 3GDRA 5DXXA 1JCXA 4CCDA 3LXAA 4IQLA 3BW4A 5AHMA 3LV6A 3ZFHA 1VQTA 1B4KA 1RR2A 2X16A 4AVFA 4QM1A 3EXRA 3PB0A 5F2IA 1FX6A 1XUZA 3W2UA 3PG9A 4UCGA 4MUZA 4JX6A 3UWYA 3TW6A 4MZ1A 3W1TA 2A85A 1TSIA 2X2GA 2CW6A 1DL3A 1OX4B 4FNTA 1VGAA 1TJRA 3CT7A 3EX3A 4JTLA 4AXKA 2ZZ2A 1UCWA 2OT0A 4GE8A 5TQLA 3G0XA 4ZVJA 1KM1A 1WX0A 5CGQA 3W1XA 3L5LA 4WXZA 1PL9A 3M9YA 4GUHA 3W88A 4M7TA 4N9BA 3NZ1A 3C2OA 3I68A 1H60A 4IX2A 4O18A 5AYYA 4GWEA 3DAQA 3WJWA 3P61A 2W6RA 4MYAA 5FF7A 1XM3A 5HWNA 1PIIA 4O4VA 4FXSA 3GR7A 5L9FA 3NQCA 4QITA 1KM2A 3BLEA 4JYDA 5D30A 1A5BA 3HG2A 1W5OA 3IIXA 1WQ5A 4W9TA 2Q8ZA 4RZ5A 3NQ8A 1H7RA 1LYXA 1SFLA 2DZTA 3NPVA 1FWTA 3W2LA 1AL8A 2OCZA 4O11A 4UUIA 1GYNA 3GR8A 1XDLA 1S5VA 3RMJA 2YX0A 2RDTA 3QPYA 3E96A 2NWRA 3QPZA 1H7OA 1RQEA 1LP6A 1ONRA 1VZWA 1SO3A 3L2IA 4IXXA 2QUUA 3IVSA 3G0UA 1W31A 4K38A 3WFAA 2EF9A 5EMUA 1I45A 4JTGA 3SGUA 5HR6A 2ABAA 1RVGA 2OZ0A 3KVLA 4P61A 1CI1A 4N4QA 2KZHA 2Q8LA 1EP1A 5BW6A 2Y63A 2CLIA 2OT1A 3NR0A 1A5CA 1TPFA 4LOCA 5D2VA 1YPFA 5HUOA 4DO5A 3LLDA 4RLIA 5FEXA 2NX1A 1W5PA 1XBXA 3LXBA 1PS9A 4OGZA 3PS7A 1JCJA 5IBXA 1F73A 3LOTA 4R7JA 3W6YA 1SW7A 3EX4A 1VCVA 4HN4A 2J9YA 4A29A 1ME7A 3HJZA 2EAWA 3TSMA 1YXCA 3NQDA 2G97A 4XUGA 4WY0B 5IBXC 4DF1A 3PBYA 3TK7A 1YPIA 3KVMA 1KM5A 2V2DA 1UUMA 3UWWA 2CWNA 3G1FA 3QFEA 3DZ1A 4H6KA 4IXHA 2NZLA 4CQ9A 4I9AA 5HUPA 3W70A 3B0UX 4LW7A 1LLWA 3FKKA 4O1BA 4MPQA 3L66A 4GC4A 5U7SA 4NZFA 1YDNA 3WK0A 1EWEA 3BLIA 3NL3A 1G4PA 2GPTA 1A5SA 4NQ1A 4GNJA 6ALDA 4AHQA 4LUIA 3G24A 1GVOA 5G4EA 4UMAA 2NLIA 4KWWA 3G1YA 4FNRA 2NX3A 1GG0A 2DJLA 1W37A 3MP3A 3IGSA 2BWGA 1GVSA 3LM7A 4KFOA 5D09A 3VKJA 5A5WA 4LVFA 4UTKA 5MHBA 2J9ZA 5J5RA 3SIZA 1QOQA 2V0TA 2NV2A 4O54A 3N9RA 2VC6A 3GDMA 4O28A 3QC3A 1VHNA 2C18A 2ZZ6A 2Y7FA 2XFWA 1ZAIA 3NNTA 3I65A 3TU9A 4AWSA 1QR7A 3BGJA 3BW2A 4JN6A 3NQ7A 2QDGA 3LCXA 4WUIA 1P5BA 3TFXA 1EUNA 4O52A 4ML9A 5I3JA 5C2XA 2VENA 1GVQA 4JYEA 1NEYA 2VOMA 4POCA 2YFNA 4FEZA 5I3KA 3MYPA 1GJPA 1QOPA 3DENA 4RCXA 5AHEA 1O4UA 2Z2UA 4FX7A 2DORA 3EWZA 1C29A 1K7XA 4M5PA 4OE7A 5U4NA 1PHQA 8TIMA 4UTTA 1VS1A 2JGYA 3NZRA 3B04A 1B57A 5K9DA 4QISA 3BO9A 5LHFA 4RKAA 2CZFA 5F2GA 2Y70A 4RX0A 3S1UA 1JQVA 2YGYA 4Z1CA 4ZMGA 4UTUA 5EBUA 3CEPA 1ALDA 1SO5A 3E12A 3QH2A 2O7QA 2QCMA 1ZAJA 4CQ8A 4HIBA 3W7RA 1OFEA 1NF0A 1JULA 4NNBA 4DBDA 4QSHA 1RZMA 3RLUA 3RFAA 3H53A 3HGSA 1JUBA 3C52A 4BFAA 1OYBA 2WNZA 3LXCA 1JUEA 3W1MA 1L9WA 3I7SA 1QCWA 3WJYA 3B0PA 3E49A 1EUAA 5DY2A 3HMJG 1KFCA 4ZQNA 4EVZA 3W1PA 3VE9A 2CZDA 4IWWA 4R53A 1K8YA 5E93A 1OK4A 2DJXA 5D33A 1MEIA 2FJKA 1G6CA 3C3NA 3DHFA 3ANYA 2E5DA 1VYPX 2PRLA 1EEPA 3I6RA 5LZLA 1B9BA 3F1QA 3C56A 5LNVA 4DXVA 3QF0A 1MXSA 2BSLA 1O5XA 5K7JA 3G0SA 4Z1AA 3PC0A 3T78A 3JR2A 1TPEA 1XDMA 4BWLA 3O06A 4IJBA 3N14A 3LX9A 1FXQA 4PL2A 2YCEA 3MUXA 1IXPA 3NQGA 5DN1A 3W75A 1I2PA 1BWLA 2I1OA 2ZZ3A 4JGDA 2QCHA 3GX9A 3N19B 4LS2A 3ZWTA 2J88A 5LKYA 1NF7A 3NG3A 3QMRA 1G69A 2DU2A 4QNEA 3W23A 1SSGA 1O5KA 2H90A 1RPXA 3DU0A 1X6UA 1DVJA 4DBEA 3NQAA 5F4SA 1GG1A 3P5ZA 1PE1A 3LHVA 2RH9A 1KFEA 1SW0A 3G1SA 1Q6RA 2Y7DA 3TR2A 4Y9AA 3UPWA 4XTDA 3E02A 1J4EA 1XKYA 3TUUA 4WQ6A 3C2FA 3NQFA 1UASA 1CW2A 3EWXA 1WXJA 3ZS4A 1IIGA 4DF0A 1QPRA 1W56A 1GVRA 3G3DA 2W79A 3IRDA 3BVJA 4IX0A 4PODA 2E68A 2Y7EA 3W71A 4BI6A 2QCEA 4I7UA 1ZENA 1KM3A 1AG1O 1SO6A 1KFJA 3PBWA 2AAMA 2GJNA 2YW4A 5DELA 4N9EA 3CU2A 1U83A 4RZ4A 3W73A 2V9DA 5SWUA 5CZTA 1YXYA 1VYSX 5C54A 2ZA1A 2P10A 3V75A 1SU5A 3NQMA 1DV7A 1AW1A 1H5YA 4UIOA 5CPOA 5TIMA 4UTMA 4YCOA 2NWSA 5G2HA 3GXNA 4LVDA 4A21A 1TB3A 1M7PA 3LHUA 3EWBX 3WK2A 3OBKA 3HPZA 2GVLA 4DPQA 3GLCA 3S6DA 3LRKA 1XL9A 2C0AA 4BR1A 3IVUA 3W7LA 5T26A 4JTTA 3QMTA 4ZQPA 4M7SA 4N9DA 3S9YA 4MOZA 3LTPA 3DFOA 3P5YA 1YXDA 3R2GA 1J2WA 1Z42A 3RLVA 3MHUA 1D3GA 5D2XA 1UBSA 4FNQA 4XKYB 2VEPA 3GYEA 2R14A 4Z1DA 5FF3A 3W07A 4MJZA 4TO8A 2YYTA 4JTFA 1YTEA 2R8WA 4UNKA 4Z0JA 4NVTA 3NL2A 1YDOA 3NQ2A 4XQ6A 2LLEA 1OJXA 4WXYA 1IIHA 2E6AA 2P0OA 1EB3A 1SPQA 1GWJA 3W7CA 1OYAA 4JEQA 4MY1A 3TDFA 5AB3A 1H51A 3CHVA 4FNSA 4Q33A 4DF2A 2Y89A 4UMCA 3W85A 3MJYA 1YDVA 3C2EA 4XBSA 1SR9A 4K7VA 2H6RA 3H54A 2H8ZA 2UV8G 1GQNA 3TJXA 4TMBA 4U28A 5DY3A 3CLMA 4YXGA 3GB6A 3WK1A 3FLUA 2TMDA 4X22A 2DZXA 2XN1A 1F7BA 3BPWA 4YWIA 2V5LA 3LHTA 4QNWA 4RXGA 1GTHA 1XBVA 4CNNA 3GNNA 5BMXA 2JBMA 2TRSA 3DI1A 3YPIA 3NGJA 4CLMA 5K4XA 3NYZA 1ZALA 4LVBA 5G1YA 5H91A 3ABRA 1F6PA 1TPC1 3F4NA 3M5YA 2JGQA 5DLCA 4A2SA 2VXNA 1TQXA 2PRHA 2E5CA 1G4TA 3DBPA 1MEHA 3MP5A 4S2CA 1TPVA 4GUJA 3PUEA 1TV5A 3O05A 4EIVA 4Y90A 4JS3A 1I2QA 1DKWA 3QW3A 5ABTA 4BI5A 1KFBA 3N3MA 1NSJA 3NVTA 3MO7A 3UXAA 1TTJA 3W7GA 5FF2A 1I8JA 3BG9A 1BTMA 2QCFA 1TCDA 3M6YA 4HT3A 4XTIA 1GZGA 4LC6A 1HO1A 4DO6A 1GYLA 4CCEA 3LBCA 4L4MA 3BW3A 3RU6A 4CNOA 1K7FA 3P62A 1TPDA 5EA9A 1L6SA 3K30A 1IXOA 4NXKA 3QM3A 1I4NA 2ZFAA 4EWND 2GUUA 2VFFA 4HNNA 3W84A 1VPXA 1T96A 3W7IA 3EX2A 3LHZA 4E0CA 2EGZA 1VCFA 2CLEA 2H3BA 4TMCA 5I3FA 2Y6ZA 3QQ0A 3HQ1A 2VFGA 1CX9A 3EXSA 3USBA 1EP2A 3HG3A 1TV8A 4FXRA 3QJAA 4JD4A 3STFA 4UTJA 3GK0A 3IEBA 3CWNA 3L67A 3IIZA 1RQHA 3G1HA 2A2IA 2X1RA 3DI0A 5D05A 1QFEA 1A50A 1JR1A 1YLVA 3GAKA 1ADOA 1W5MA 5HMSA 1TPH1 1SO4A 2ZA3A 3WK3A 1GT8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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