5IBX | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	250
structure length	249
Chain Sequence	SRKPFIAGNWKMNKNPEEAKAFVEAVASKLPSSDLVEAGIAAPALDLTTVLAVAKGSNLKVAAQNCYFENAGAFTGETSPQVLKEIGTDYVVIGHSERRDYFHETDEDINKKAKAIFANGMLPIICCGESLETYEAGKAAEFVGAQVSAALAGLTAEQVAASVIAYEPIWAIGTGKSASQDDAQKMCKVVRDVVAADFGQEVADKVRVQYGGSVKPENVASYMAPDVDGALVGGASLEAESFLALLDFV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	1.65 Angstrom Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (TIM) from Streptococcus pneumoniae rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain d39 / nctc 7466)
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	89
structure length	249
sequence length	250
chains with identical sequence	B, D, E, H
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5ibxA00

3BGJA 1IGSA 1LP6A 3USBA 2D73A 2HSAA 1VCFA 3LX9A 5T26A 3QH2A 3T55A 4MKNA 3RLVA 2NX9A 4GXMA 1G7UA 4WXYA 1XBXA 3O06A 3S1UA 1KBJA 1W5QA 5AHNA 4RXGA 3MI6A 2BX7A 2Y7FA 1Q3NA 1UCWA 2J27A 4GBUA 5L6UA 2YYUA 1F5ZA 2FB3A 2XN1A 1TMHA 4ALDA 4LRSA 5U4NA 4A2RA 2B7QA 3Q94A 3UWZA 4IWWA 3LCFA 2KZHA 3OVPA 4OHQA 1VH7A 1DJQA 4O50A 4Y96A 2VEPA 5G4EA 3W7KA 3TFXA 1VYPX 4UMAA 5TQLA 3F4WA 2GQAA 3FIGA 3G24A 3W7NA 3I65A 4YLWA 4DF1A 1JRCA 3PUOA 3M5VA 2DZVA 1X7FA 3LRMA 1QO2A 3S5YA 5CZSA 2QAPA 3BG5A 3PC0A 2EAWA 5AYZA 3W84A 1KM4A 1RV8A 3TJXA 1G67A 1ML1A 3QC3A 2NUYA 2ZRVA 3W7RA 4LTSA 1S5TA 3BG9A 3ANYA 4O1CA 3EX2A 2VXNA 1M7OA 3IIVA 1H7NA 1DQXA 3NPUA 4IQLA 2JKEA 5D05A 4NU7A 3RF9A 3TW6A 5KZEA 4NNAA 3DFQA 4IMFA 2QJGA 4Z1AA 1MO0A 4PTNA 2AGKA 2CZFA 2GVLA 2X1UA 3C8FA 3LLFA 3N9SA 1G69A 1N55A 2ZRYA 3TC7A 1EX5A 1MEWA 2W0UA 3W7LA 4M6QA 2ABBA 5KINA 3C52A 2NWRA 4YCOA 1H1YA 2E6FA 2A5HA 5KMYA 2ZZ1A 4KWVA 3ABOA 3KVJA 2QCEA 4ZQOA 5HWNA 4UR7A 4YXGA 3W1TA 3NAVA 2VFHA 2YR1A 2ZDRA 1I2OA 4LOCA 3CT7A 3IGXA 4IX2A 4M6VA 1PIIA 2X2GA 4HKPA 2YW4A 4G1KA 3NQ7A 3SJ3A 2H8XA 4HSOA 1LROA 1XL9A 5D30A 4E38A 4EWND 2E09A 4S1FA 1MZHA 3PVFA 4ORIA 1MEHA 3HOJA 3G1VA 3LHZA 4XTIA 1KFJA 4PFMA 3W75A 3BGGA 3VE7A 4GJ1A 1LRNA 3EXSA 2WJZA 2QUUA 2GPTA 5KZMA 3T78A 1I2PA 3NZRA 3W7OA 4JTSA 4LU0A 3NL2A 2QCLA 3HJZA 5AC6A 2VEKA 1OX4B 1QFEA 1TPEA 1YADA 3TIMA 1FCBA 2Y7EA 4LRTA 2A85A 2QCDB 3S5NA 1OG0A 5AYYA 1R2RA 3G22A 2EPHA 3NA8A 4GUJA 4M6PA 1U83A 3SGUA 2ZYFA 4GNJA 1CW2A 5AC7A 1H7PA 4HHPA 3S6DA 3CIWA 2W6RA 1JVNA 3UPBA 4DPPA 3LHYA 1ZHAA 5F4SA 3L67A 3HGSA 4ADUA 2P10A 3W7EA 3PS7A 4UTTC 4QNEA 1O5XA 3N2XA 4LW7A 1Z42A 2R8WA 4UTJA 2DORA 3UWWA 4KFOA 5J5DA 1ZENA 4IMDA 3A22A 3SSJA 1LCOA 2V5LA 1W31A 3FKKA 4LS0A 3NR0A 3EEGA 1XBVA 4JICA 5L9FA 3NQ6A 4IOTA 1A5CA 3G1HA 3T44A 4NZJA 2OMAA 2A1YA 3MBDA 5I3HA 1TV7A 2VFEA 3PUEA 3PG8A 3ZS4A 1F2JA 4N9EA 3UZ5A 2GVGA 2E5BA 4XBKA 1WOAA 1YXDA 3P74A 1VZWA 5C55A 3W7DA 4S2BA 5F2IA 2HMCA 2H90A 5D38A 2ZA3A 3QYQA 3QPZA 1JCMP 1OFPA 1WBJA 1PCKA 3ABRA 1FWSA 2OT0A 3QRHA 2X16A 5TBOA 3P5YA 3GAYA 3B4UA 3NNTA 4OE7A 1FDJA 4HNVA 1AW2A 3M47A 1D3GA 3PBVA 1MXSA 3UZJA 4X22A 1DL3A 4AMAA 1DKWA 3FOKA 4E2BA 4UIOA 4A22A 1H50A 2ZRXA 3WJWA 3S8HA 4MLJA 3TDFA 1JJKA 2H8ZA 1F7BA 1X6UA 4XZ9A 3GX9A 3PR2A 5FF2A 1RQEA 1R30A 5EL1A 1X1ZA 3MI2A 3O05A 2CLLA 1FY6A 1TV5A 2CLKA 4KFNA 5DY2A 4IPJA 4R53A 1XC4A 3L5LA 2OT1A 3DFOA 4RK8A 3C2EA 5DXXA 5BRBA 3F1QA 1TTQA 3IGUA 1W3NA 4IMEA 1OFDA 1W54A 2E6DA 1OYAA 4O14A 3CB8A 2YFOA 1H61A 1X8FA 1W0MA 3O63A 4N02A 3SFKA 3W7QA 1C29A 5AHEA 4QSHA 2QCCA 3L21A 2TSYA 4JIPA 3W9ZA 1I2QA 4RX0A 3HF3A 1GEQA 1PL9A 2FPVA 3HO8A 3QW3A 3M0ZA 1PCWA 3E0IA 3R2GA 3FEMA 3L68A 3L66A 2YXGA 2ZA2A 2Q8ZA 3LHTA 2BXVA 1FX6A 3NDOA 1G6CA 2CFFA 1BKSA 1HG3A 2QR6A 2RKXA 3TMLA 4K8HA 2DJLA 1D3HA 1EB3A 4FNPA 2ABAA 2GJNA 1KM2A 3I7RA 2B7OA 4NZFA 3O16A 1QO5A 3B0UX 4LC8A 5E1QA 2DZWA 2R14A 2WSYA 5F2GA 5DY3A 2DJXA 3G1YA 3BK0A 3GIYA 3F4NA 1L6WA 2X1TA 3HGRA 3W7CA 4BR1A 4RR4A 4L4LA 6TIMA 1XBYA 3FFSA 4UUIA 4JTHA 5DXYA 4QM1A 4I9AA 1TJPA 5AHMA 1H62A 3KVLA 1QPOA 4ZQCA 4WD0A 4DO4A 2F84A 3LB0A 1LOLA 3MYPA 4NUWA 3STFA 1JULA 2Y89A 3GLCA 4A2SA 3BVJA 3WJZA 1SSGA 3FYOA 1HL2A 4RJEA 4N4PA 5CPLA 1TPFA 4JYFA 3RNDA 1LLZA 5DN1A 3TU9A 1GYLA 4WX2A 2B4GA 1ZNNA 3IVSA 1JCJA 2VFGA 5BMWA 1TPUA 2QDGA 2XFWA 5AYXA 2A7PA 1KTBA 1GG1A 3P8IA 1YPFA 3NOEA 4LWWA 5EYWA 4NT0A 1LM1A 3L0NA 3LTYA 4RZ4A 3DFSA 3EX3A 4FNQA 1EP3A 2FQIA 3DKJA 1YTKA 1TQJA 3EWZA 3L0KA 2ZZ2A 5HNRA 5CPMA 3NQAA 3TSMA 2IQTA 1ZAIA 2TPSA 4AWSA 1WAUA 2NXIA 1W5NA 4RXFA 3ZWTA 1P0NA 2ZZ3A 2NX3A 4A29A 3C61A 2VELA 4O8RA 4Z0JA 5HMSA 4J9JA 1I2RA 4BI7A 3C2FA 2J6XA 4WZHA 3BLIA 1XDMA 4CCCA 5CZJA 3B0VC 4GUFA 4LY8A 3HG3A 1W5MA 2VOMA 1P4CA 1BWLA 4HNNA 3VI2A 5HR7A 3NGJA 4K7VA 4MFEA 3T7VA 3TUUA 4N4QA 2R94A 4FB7A 2DZPA 4ORMA 2WV8A 1LYXA 3E02A 3TE9A 3STCA 2OZ0A 4JDBA 5E0KA 1W8SA 2XN0A 3Q58A 2Y62A 3Q2DA 3P61A 1EWDA 2C0AA 4O1DA 3NEVA 2EF9A 4N6EA 1KM3A 4UR8A 1KM1A 4OU1A 2ZZ5A 2ZTKA 4RCXA 5FEXA 3NQEA 4FNUA 2HS6A 4FNSA 4NJGA 3LERA 2FB2A 2NV2A 3W2UA 2ALDA 4R34A 4JTTA 3WJXA 3FKRA 4NNBA 1TSIA 3W07A 3W6YA 1N7KA 3W86A 1ZFJA 2AAMA 3M9YA 1LLWA 1ALDA 4JTGA 4JS3A 3UXDA 1NF7A 3MHUA 1QNVA 3E96A 3P7YA 3MWAA 4R7JA 3MHGA 4ZMGA 4Q4KA 1T96A 3DU0A 4XKYA 3V75A 1K03A 2A21A 2NWSA 4MY1A 3S0CA 2WO5A 1FXPA 3GDRA 4BK9A 2ZBTA 3W2LA 3ELFA 5LKYA 3EKZA 1ICQA 3GDLA 3L0GA 1A5BA 1W1ZA 3GXPA 3PULA 3A21A 5BMXA 4TR9A 3LRLA 3NPWA 4PL2A 2Z6JA 4MJZA 1SU5A 3SIZA 5CSRA 4NJKA 3AO0A 4PCFA 3JRKA 4N9DA 2J9ZA 4HN4A 4UXDA 2ZTJA 3LI1A 4EVZA 4JGDA 1TYGA 1OVDA 4NJJA 3TA6A 3MJYA 4IX0A 2PC4A 3G1XA 5BNKA 1P1XA 3P82A 2BTMA 5K4ZA 3UWYA 4P61A 1G4TA 1SW3A 5K7JA 3OVQA 2CLIA 4LUIA 4H4IA 5AN7A 2GJLA 4AB4A 1QMLA 1WQ5A 3QMRA 1V7YA 3M5YA 4KFPA 4JN6A 3S1XA 4ZL1A 4M7TA 3W1XA 1SW7A 2V5BA 4O0KA 3UWQA 3FS2A 3IIXA 3HB9A 1FQ0A 2E6YA 5D2XA 3NQ2A 4K7YA 2QDHA 3WJYA 4UTMA 4MZ8A 1GZGA 1JRBA 3TQ0A 2QCNA 3HG4A 3P84A 1Q45A 3DFNA 3RFAA 1Z48A 4TIMA 3UD6A 3S1WA 1KFCA 4RLIA 4ZQNA 1H51A 3W1PA 1IXOA 3WJSA 5AOUA 3UWVA 1SZEA 2Z6IA 4MJMA 1M5WA 1Q6QA 2HTMA 1FDZA 5EY5A 3IRDA 3MUXA 1QPQA 5LHFA 1KTCA 1EWEA 4LVFA 3EB2A 5D02A 3LCWA 3R5EA 1RVGA 3AJXA 3GXNA 2V2DA 2WKJA 1BEUA 3A5FA 5H2ZA 4E0CA 5F2MA 1W5PA 3HGOA 4MYAA 5IM51 3QPYA 1OFBA 4OBTA 4I7VA 5DELA 5LZLA 3HPZA 1FUYA 4NQ1A 2YPIA 3HMJG 4FF7A 2PURA 1K8XA 2PE4A 3I6RA 3CIXA 1PS9A 3W2NA 2TMDA 5BW6A 1KV5A 3CEPA 5FF0A 3NL5A 4JX4A 2FFCA 2G95A 2NZLA 1A53A 3G18A 1R47A 2BWGA 1EPXA 3DAQA 4LVAA 3CU2A 4TMCA 4WY0F 1TPC1 3NZ1A 3NQ8A 3LXBA 3FLUA 1XDLA 1H60A 1YLVA 3EX4A 3KVMA 4GRSA 3NL6A 1VC4A 1IF2A 1G4SA 2X30A 1EUAA 1WX0A 3BW3A 4QJ1A 4CCDA 3QJAA 3THQA 3P81A 3QZEA 5HULA 3BARA 3BLEA 1J4EA 1KFKA 3EWUA 4LVBA 2LLEA 3LHVA 2QCMA 4AHQA 1YTDA 3UY7A 4O1BA 1TRDA 3DFTA 2CWNA 5G2IA 2NV1A 3W23A 3CTLA 4UMCA 1SO5A 5G4WA 1LDCA 5J5RA 4O54A 2VENA 4UCGA 2E6AA 4UFIA 3O15A 1LZOA 4D2JA 5CPOA 1FWRA 1AK5A 3N19B 4O18A 3N34A 5F4WA 1HTIA 3M41A 3L9CA 3W71A 1NVMA 1R2TA 2QEZA 4PL1A 1CI1A 2GVJA 3UY8A 1WV2A 4LT9A 1F76A 3LHUA 4AAJA 2ZZ6A 1QAPA 3W1QA 4PC8A 2DP3A 1TPDA 3N73A 3O07A 3VCRA 2DZSA 2C19A 2O7SA 2QCGA 3DZ1A 4FEZA 2GUUA 1K8ZA 3GB6A 3TKFA 3PM6A 2G5WA 4BI6A 4YWIA 4AF0B 2E5CA 1D9EA 3A9IA 1LORA 1R46A 1ZAHA 3KVKA 4TU1A 3TROA 3NQCA 3W1MA 2UV8G 5HWMA 5HUPA 1IIHA 2A6LA 2QUTA 1TREA 4X3ZA 3K30A 4JTJA 3TCEA 5CKSA 1GOXA 4UNKA 1ZY9A 2Z2UA 4UTUA 1YDNA 3GNNA 3MO7A 3W1UA 2YCEA 2FPYA 3Q37A 1JUBA 3PBWA 5LGXA 4ADTA 4UTIA 4Y6GA 2OCZA 4DF0A 3VKJA 3GAKA 4QITA 3W70A 4Z0SA 3BG3A 3M44A 1SR9A 5LGZA 3TAOA 1M7PA 4KKXA 5AB3A 2E77A 4BF9A 3B06A 1AMKA 3LDVA 1J5TA 3LHWA 3P8JA 1GVQA 1H1ZA 2V8ZA 1F6KA 3GYEA 1A50A 5A5WA 4JY9A 1ME7A 2VFFA 4WY0B 1FBAA 1GVSA 1PVNA 3N3MA 4IMGA 3A24A 1XUZA 3CPRA 4MUZA 4UMBA 4WXZA 3TX9A 2A7NA 5HUOA 4UTLA 5D2WA 3MMTA 2ISVA 1NF0A 2V81A 3QMTA 1JCNA 4FNRA 1OX5A 1JQXA 1JQVA 3L2IA 4UFKA 1F73A 2C1HA 4CNNA 4MYXA 2X1SA 3IIPA 3C2RA 3E9AA 3G1SA 1Q6LA 2JBMA 4IGHA 1I45A 5F1UA 1BTMA 3O1NA 4CNPA 1QWGA 2A7RA 1JR1A 3G3MA 4Z1CA 3SZ8A 4JIQA 3CLMA 3JS3A 1FXQA 1GVFA 1MSSA 1WYIA 3QSRA 5AFDA 3CQ0A 4C1KA 4HIBA 1OJXA 3M5ZA 4O16A 4JTIA 1Q6RA 3TH6A 1XI3A 4LS1A 1FWNA 1GTHA 1WOBA 4IMCA 3M5XA 4BI5A 2ZRWA 2ZZ4A 2RDWA 2Y63A 1KBIA 4GUGA 5I3GA 4ZQPA 1FWTA 3DXIA 4HT3A 3W85A 5HQEA 3B0PA 1KLZA 1UUOA 2DZTA 5KTLA 3F03K 3PB2A 5I3IA 1HO4A 3IIOA 2CU0A 2PRLA 1TTPA 4YMZA 1ADOA 1VRDA 3QQ1A 5TIMA 3QEZA 5C6MA 3KFTA 4LV4A 2Q8LA 1ZAJA 1BWKA 5GVJA 3LCXA 4TO8A 3MP5A 2G97A 3W74A 2JKAA 5G1YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IBXA

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