5IBXC

1.65 angstrom crystal structure of triosephosphate isomerase (tim) from streptococcus pneumoniae
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
SRKPFIAGNWKMNKNPEEAKAFVEAVASKLPSSDLVEAGIAAPALDLTTVLAVAKGSNLKVAAQNCYFENAGAFTGETSPQVLKEIGTDYVVIGHSERRDYFHETDEDINKKAKAIFANGMLPIICCGESLETYEAGKAAEFVGAQVSAALAGLTAEQVAASVIAYEPIWAIGTGKSASQDDAQKMCKVVRDVVAADFGQEVADKVRVQYGGSVKPENVASYMACPDVDGALVGGASLEAESFLALLDFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain d39 / nctc 7466)
publication title 1.65 Angstrom Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (TIM) from Streptococcus pneumoniae
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 89
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence F, G
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ibxC00
1K8ZA 2G95A 1FWTA 1TTQA 1KV8A 4GBUA 4O16A 4XBKA 5F1VA 1XKYA 1NFBA 1GPWA 1SU5A 1F7BA 3MHUA 4H4IA 4K39A 3M44A 4JYDA 3L0GA 3B03A 3S5ZA 1RVGA 3T55A 3C6CA 3F4WA 2HTMA 4S1FA 4NJJA 5A5WA 4JTLA 3DU0A 4LOCA 2DP3A 4MKNA 3QW3A 3M47A 1SSDA 1B3OA 3OVRA 2P1FA 2VXNA 4MZYA 5FF0A 1WQ5A 2VFIA 4O15A 4RX0A 3TAOA 5IBXC 4DO4A 2VEKA 1A50A 3G0SA 3O1NA 5G1TA 2A6NA 3LHYA 3G8RA 1HUVA 1LOQA 4H3DA 2ZZ4A 4XWUA 5TQLA 2ZTJA 2VEMA 2ABBA 1VLIA 3W71A 5K9CA 4I9AA 3KRZA 2Y88A 2DJLA 2ZYFA 4TU1A 3TX9A 1ZAHA 2NX3A 4MY1A 3UXDA 4EOUA 3VE7A 3W9ZA 2ZRUA 5I3GA 4LV4A 3RLVA 3NPUA 4PL2A 3N2MA 3VCRA 1VCGA 2ZRWA 3C3NA 3T78A 4E0CA 4UMCA 3L68A 3P5ZA 1SFJA 2VOMA 2WPBA 4XTIA 5CSRA 3STFA 3W7GA 5E93A 1WYIA 4FIQA 3GR7A 2Y7GA 1R30A 2VEPA 4LS2A 3DBPA 1JCMP 1Q6RA 4O1CA 1FCQA 1EA0A 1YTKA 2V30A 4JTJA 5L6UA 4UMBA 2FQIA 2G96A 4CLMA 1L6YA 4O4VA 2QDHA 2J88A 3HGRA 3M5VA 4WOZA 3NQEA 1F05A 4PFMA 4E2DA 3TJLA 4LS1A 3E9AA 2C15A 4JS3A 2E6FA 3W7HA 4WXZA 3FS2A 1H1YA 3BPWA 1FXQA 3S1WA 1P0NA 1K3UA 4O4WA 3C0JA 3EX2A 5DCDA 4OWGA 1X6UA 4MZ8A 3W7NA 1O5KA 1B4KA 1D3GA 1VQTA 1SO6A 3GIYA 3KHJA 1QAPA 3I7SA 1FWRA 1A5BA 3S9YA 3STEA 4CNOA 3QC3A 3P8IA 1OFAA 3LTYA 4IMFA 1I4NA 3NGJA 5TBOA 2O7QA 5H91A 1H63A 5D05A 4A3UA 4MYAA 4EVZA 1GOXA 2VC6A 3TXVA 3EKZA 1A5CA 3NG3A 3PULA 5D03A 1W5MA 3W7RA 3TMQA 4NNCA 2V82A 2PRLA 4UTMA 4WJEA 3OG3A 2KZHA 3R13A 1VHNA 2BTMA 3I68A 2E1DA 4IUOA 4XZ9A 1IIHA 1V5XA 3C2FA 3NAVA 1H7WA 2O7SA 4LU0A 3MI6A 1N55A 3U6WA 4WOQA 1ZJIA 4CNNA 1W3TA 4K8EA 3BW3A 3ELFA 2I14A 1MZHA 5D2WA 3MW7A 1W0MA 1KM0A 1K03A 1G7UA 5KZEA 1BWKA 3IIPA 4O13A 1QPOA 3RLUA 2VFFA 3UNDA 2X16A 2B4GA 2PC4A 2ZCGA 1RR2A 1LBMA 4JGDA 2YDAA 3I65A 4C1KA 5BOOA 3MP3A 2B7NA 2Z6JA 5FESA 3OVPA 3FKKA 3EWBX 1TTPA 3G8EA 1VPXA 4GUIA 2VELA 2GVLA 3CB8A 1OFOA 3NEVA 2ATSA 1OFPA 4QSHA 3THQA 4M7SA 3S1VA 2G5WA 4RJEA 2Y63A 4ADSA 2I1OA 3HPZA 2ISWA 3IIXA 3TR2A 1ME7A 3C2VA 1TQXA 2CZ5A 5F2IA 1ICSA 2H8ZA 1G69A 3G0XA 3L0NA 4FF7A 5IM51 5KITA 1DHPA 1JQVA 2Y7FA 2W6RA 1C8VA 5K3VA 1LCOA 4K36A 1XBXA 4NX0A 1UUMA 4RXGA 3LHWA 3W2KA 4CNPA 3A9IA 4IPIA 3KRSA 2P10A 1W5PA 3MWAA 1UUOA 3CWNA 4K7VA 3DFPA 5HR7A 3B04A 1QO2A 5DBUA 1L9WA 4O53A 4QQ3A 3N34A 3QJAA 4BFAA 4GC4A 3TFXA 2JKAA 3W85A 4QM1A 4WX2A 1GVQA 4HN4A 3N73A 4UFHA 3NYZA 1DJQA 4UTLA 4KKXA 4JR5A 1NVMA 4HSNA 4CCEA 3ZWTA 3H55A 5BMWA 3PVFA 1OABA 5FF7A 3CLMA 3IIVA 5AB3A 2H8XA 5IBXA 3SGUA 1S5VA 3TSDA 4X2RA 3W75A 1U83A 3WFAA 2RFGA 4EWND 3MYPA 5FF2A 1I45A 4N6FA 3LX9A 4KFOA 1KFEA 3SJ3A 1KV5A 1LROA 2FLIA 3EXRA 5K7JA 1GVSA 3WJWA 4OE7A 5LNUA 3KVKA 5LNVA 3OA3A 2QJHA 1SZNA 1PCWA 1JUKA 3NVTA 5F2LA 2QCMA 3W2MA 4NU7A 4XBSA 4HPJA 2V5BA 4JTFA 5HWMA 4TR9A 5D33A 1ZFJA 4NJIA 4O10A 1AMKA 3M43A 1IIGA 1P4CA 1Z41A 2CLEA 3BO9A 4NJKA 3CPRA 4BK9A 4UFKA 2E5CA 1FDZA 3GKFA 1H7RA 4N02A 3W7LA 4YCOA 1VJIA 3O8AA 4RZ6A 3O6CA 4NJGA 1ML1A 1YDNA 3W7EA 4O1DA 4DF1A 3LCFA 5U4NA 4KFNA 4IMCA 1ZHAA 1JUEA 1TPDA 2QCDA 3CWOX 4JX6A 1PVNA 3WJZA 4JNMA 5LKYA 3B4UA 3W70A 1A5AA 4FNTA 1UCWA 1LM1A 3PUOA 4UTTC 5F2GA 3B8DA 4WD0A 1O5XA 1TJPA 4A2SA 3ANYA 3GYEA 3NOEA 5K9DA 1UBSA 1H62A 3TIMA 2B7OA 1VH7A 1W3IA 3S5NA 4DF2A 4OU1A 3G22A 2WOQA 3NQCA 5BW6A 2V2CA 3PM6A 4I7VA 3MMTA 4HT3A 3EKLA 3W88A 2VENA 3ABSA 4NNAA 3TE9A 5F4SA 5CZTA 3NM1A 1KLZA 1FY6A 4E2BA 2WSQA 4OQVA 3QPYA 1T0OA 1TRIA 4FNPA 1QOQA 3BG9A 4O54A 2NUWA 1V7YA 3TC7A 1LBFA 3BLIA 3LRMA 3KVJA 3LDVA 4POCA 2NX1A 2J6XA 3P74A 2NLIA 3LBCA 5LNSA 3P62A 4NZJA 3HO8A 2CLKA 4CQAA 3O63A 4JEQA 3RU6A 2C0AA 3LCWA 4LV9A 2QJGA 4UXDA 1G6CA 5K4XA 4UCGA 3QMRA 2JBMA 4RCXA 5DCEA 3QW4B 3E49A 4UFLA 6TIMA 3L66A 3B0PA 4UTIA 5L9FA 4JIPA 1AW1A 2CFFA 1B4EA 5CZSA 3CQ0A 4K7YA 4ZQOA 3PAJA 1ALDA 3W7DA 4UTWC 3CT7A 2XFWA 1KM3A 2WNZA 3B05A 3M7WA 2H6RA 1D3HA 4XTDA 1TQJA 1EX5A 3RMJA 2IQTA 1Q3NA 3Q2DA 2J9YA 5FI8A 4AH7A 1I2QA 2C13A 2YXGA 3C56A 4OGZA 2TMDA 1GTHA 1DL3A 3C52A 5K9XA 2QUTA 3WK2A 3LXAA 5FEZA 7TIMA 4IQLA 3GR8A 2EF9A 3EEGA 1Y0EA 1JQXA 1TV7A 4UFIA 4DPQA 1ADOA 3VE9A 1S5TA 5AN7A 1TMHA 5DXYA 4O12A 5AC7A 1R2SA 3HJZA 4WY0F 4DEFA 3HPSA 3Q37A 4QIUA 4R33A 4M5PA 3PR2A 2DZTA 1KM2A 3NQDA 1H61A 1BEUA 3TSBA 3BG5A 3HG4A 4B5NA 1LRNA 1OFQA 4OV4A 3NXFA 3TH6A 2E09A 5DY2A 1KM4A 2R8WA 4LW7A 4NNBA 2C14A 4QNWA 1PS9A 2HS6A 3NZRA 2NUXA 1HL2A 5AHIA 1OHLA 2E68A 3TK7A 2X30A 2XN1A 3KVMA 4LVGA 1EWDA 4RXFA 3NL2A 2ISVA 4FIRA 4LS0A 3GKAA 3L65A 2WKJA 3GK0A 4FNQA 2CLHA 2PURA 3LV6A 4AWUA 2W79A 3GXNA 3Q58A 3G1HA 2JKPA 2LLEA 3CIXA 2YZRA 2ZBTA 5ABTA 4DXVA 4ML9A 3G3MA 3PSVA 5LNRA 4GUJA 3JRKA 4LC8A 4Y90A 2JKEA 4TO8A 2QJIA 5KSWA 5KZDA 3P84A 4P2VA 3W2LA 3GXTA 2X1SA 1VYPX 2GOUA 3QQ0A 4GUGA 4TIMA 2YFNA 2CLMA 1GWJA 3ZFHA 4O0ZA 3P7YA 2QKFA 3MYOA 1FWWA 1D9EA 4M7TA 2ZZ5A 3W7KA 2R14A 1C9DA 3INPA 5C2XA 5FF3A 4O19A 2E6DA 3EWZA 1SZEA 4X22A 1K7XA 4CCDA 2ZRXA 2FDSA 2YPIA 1S5WA 4N9BA 3W3OA 1WBJA 4GFSA 4M6VA 4MPQA 3FA5A 3YPIA 5EL1A 2Y6ZA 3DZ1A 3BV4A 1OX4A 3DGRA 4AF0B 2Y70A 3W87A 3HGOA 5DXXA 3W6YA 4MY9A 1TCDA 3RF9A 4JY9A 1AW2A 4UFMA 1M7OA 1X8FA 1LOLA 1VZWA 1DVJA 1EEPA 2DZWA 3PF3A 1KLYA 5TIMA 3LCXA 3W72A 1H7PA 2YFOA 2R94A 4Y9AA 3BGJA 3HPXA 3W22A 4NXSA 2NXIA 2QCFA 4MYXA 5J5DA 1NF7A 2XN0A 5G4WA 4O11A 4UTTA 3C2RA 1IF2A 5KZMA 3NR0A 5BMXA 3NPVA 4Y6GA 3HQ1A 4FNRA 1MEHA 4JX5A 3TDFA 2CLFA 1L2UA 1OFDA 1R2RA 1XI3A 5I3IA 1OVDA 3EX6A 4KWWA 1K8XA 3W1UA 3NQ2A 1UASA 4LUIA 3QQ1A 3EWYA 1MXSA 1SO3A 2B7QA 3T40A 5G5IA 1A5SA 3O6DA 4JTIA 3W1RA 1SZFA 1MEWA 4IJBA 2V2DA 4HSOA 1VHCA 3UWYA 2VFDA 2TPSA 4JIQA 1SW7A 1GYLA 1H5YA 2YGYA 3O06A 2ZQ0A 4OBTA 5DY3A 3GAYA 3P8JA 1GG0A 3N3MA 4HNTA 4HKPA 1S3HA 4ZQNA 4DF0A 3HGJA 4UIOA 4IOTA 2YYUA 1FCUA 1M7PA 1WA3A 4QJ1A 3ATZA 1SR9A 3UD6A 5LNWA 3MP4A 1YXCA 3OEXA 1Z44A 4LUJA 3PS7A 5D38A 1GJPA 3W7OA 4IMGA 1LRTA 1WBHA 3E96A 2OJPA 4FNUA 2NXHA 3QMTA 1WX0A 4YXGA 3PB2A 2E6YA 3P80A 2ZA2A 4IX0A 3LTSA 2VKZG 1KFKA 2ZZ1A 3UQNA 4Z1AA 4UTWA 3MP5A 1ZENA 3UY7A 5C5YA 4J9JA 1SPQA 4LRSA 2F84A 2D73A 3SR7A 3V1PA 4TX9A 1EUAA 4RK8A 3QPZA 3PG9A 3QRHA 2BZNA 1JCNA 1QCWA 1KM5A 1GYNA 3F1QA 3TW7A 1DV7A 1G4TA 1HTIA 3KOFA 4MLRA 2B7PA 3NL5A 2HMCA 4ADTA 2H90A 4NT0A 3S5YA 3NO5A 1H7NA 4M6QA 3NPXA 2Y62A 4L4LA 5G4EA 1SQ7A 2YX0A 1VYRA 1I2RA 2G97A 1AG1O 3LGEA 4UC5A 3FJLA 3R8RA 1NEYA 4XKYA 1T8XA 2RDTA 3A23A 3VNDA 2NUYA 5C54A 3HG5A 3W76A 4Z1BA 1SW0A 1SUXA 5AYZA 1OF6A 4X3ZA 1GVFA 3C61A 2QAFA 1VCFA 3PB0A 4N6EA 3HBLA 2GQ8A 3LHUA 1H50A 4O18A 5CG7A 4A21A 4RKAA 3LERA 1ZCOA 4D2JA 1F6KA 3SGZA 3FYPA 1H7XA 4YCPA 5LSMA 3LI0A 4M6PA 4YWIA 4WZHA 3P67A 3TKFA 1XL9A 3FFSA 2NX9A 1ZY9A 5BRBA 1K7EA 1F5ZA 5H2ZA 1W1ZA 2YSWA 2EAWA 1SW3A 4AMAA 2ZRYA 1AK5A 1X1ZA 4DPPA 4ZQRA 4WUIA 3LB0A 1XC4A 4W9TA 2WV8A 1LOSA 1MEIA 3OVQA 4R53A 3KRUA 4HPXA 3QZEA 3PUDA 4Z08A 5D2YA 3LI1A 1Z48A 3STCA 3UWQA 3KAOA 3VKJA 1YPFA 3IRDA 3W2NA 2CU0A 2PRMA 3LHZA 3BGGA 2NWSA 1OYBA 3L5MA 2FPTA 1ME8A 1TJRA 1TYGA 1VLWA 3W7PA 4HNNA 3C2EA 1LDCA 3RFAA 3PC0A 3DH7A 3EXTA 2CZFA 2EKCA 2W0UA 4NZFA 1G4PA 3CM4A 1VC4A 3NQGA 3HIJA 4LVDA 4QAIA 2AAMA 2ZA3A 3QFEA 3G3DA 4L4MA 4FNSA 4H6KA 4HIBA 3SW6A 2TSYA 2GJNA 1Q6OA 3LOTA 5F1UA 3WJXA 1JVNA 1R47A 2C18A 2VFHA 4ORIA 4AWTA 1MO0A 3DFOA 4UNLA 3TC6A 2ZA1A 8TIMA 2RKXA 3L9CA 4O1BA 4N9EA 1XBVA 3W7JA 1TRDA 4YMZA 3DFQA 1OJXA 2DZVA 3IVUA 1KTNA 1ZNNA 3ABRA 2X1RA 3S42A 4TMCA 2Q8LA 1NF0A 4NUWA 3BK0A 3NQ7A 1Q6LA 3ZWSA 2J9ZA 3G1FA 2R91A 5HNRA 3NQAA 3G24A 2BX7A 1JR1A 1QPRA 4MVAA 1QFEA 3K30A 3OHIA 3GNDA 3UZ5A 2A6LA 4UNKA 2FPVA 5AC6A 3PBUA 1FQ0A 3W1MA 2A21A 3E02A 4N4QA 3UPBA 1TTIA 3W83A 2ZZ6A 3W2JA 1T96A 3AJXA 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 2QCL A;  2X1T A;  3GAK A;  3TU9 A;  3JS3 A;  3N9S A;  3ABQ A;  3TQK A;  2PE4 A;  2ZRV A;  3LRK A;  1K7F A;  3BVJ A;  3LCG A;  5D32 A;  5AFD A;  4IMD A;  1IXO A;  2C6Q A;  2ABA A;  3NA8 A;  4LC6 A;  3FEM A;  1O4U A;  3CIW A;  4GUF A;  3LCI A;  3WK1 A;  4JTG A;  2FB3 A;  3R2G A;  3IVS A;  4AF0 A;  1LRQ A;  4GXM A;  5AC8 A;  4UUI A;  3P81 A;  4CQ9 A;  5CZ0 A;  4MLJ A;  3NL3 A;  1VCV A;  1GT8 A;  1KFB A;  3NM3 A;  1GEQ A;  1G7V A;  1VGA A;  3N19 B;  3HG3 A;  3SEC A;  4DEL A;  4BI6 A;  3T4C A;  3LCH A;  5C6M A;  1QR7 A;  2ZZ3 A;  1RZM A;  3D0C A;  5HWJ A;  3E0I A;  1CX9 A;  1WOA A;  3A21 A;  3LCL A;  3MBD A;  3PY2 A;  3G1X A;  4C1L A;  1OFB A;  4IGH A;  2QCC A;  2QUU A;  1ONR A;  3GDL A;  1BWL A;  3GDM A;  4IME A;  4NQ1 A;  5CSS A;  1EP2 A;  1OG0 A;  2RDW A;  1F74 A;  3TAK A;  3TFC A;  3IEB A;  5U7S A;  1KBJ A;  1H1Z A;  2Z0I A;  3UWW A;  2Y7E A;  2CZE A;  5F2M A;  1F2J A;  1FWN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WPG A;  3ORW A;  3EA1 A;  1WUE A;  4GBU A;  4O16 A;  1WDS A;  3IAQ A;  1EJV C;  1GPW A;  3TON A;  2YCL B;  3WBE A;  8XIM A;  3VUS A;  3KE0 A;  3DEC A;  3SUT A;  4JKK A;  3TN4 A;  2YL6 A;  2HTM A;  1VFH A;  2DP3 A;  1F6Y A;  5EML A;  4EAN A;  2P1F A;  1PJ9 A;  2PWV A;  1G9H A;  1RCQ A;  3FJN A;  3L2L A;  3HQP A;  4LYK A;  4RX0 A;  4FK9 A;  1V0K A;  2VYO A;  2CET A;  3LZ5 A;  4WGH A;  4YHE A;  2PP1 A;  1GVE A;  1ITC A;  3NSX A;  3G0S A;  3GUW A;  2G50 A;  4I9J A;  3UZY A;  1LJY A;  3V0S A;  1A5L C;  5CC7 A;  1VLI A;  2UWF A;  2DEP A;  2W9M A;  2DZB A;  3WEL A;  4CU7 A;  3TX9 A;  1ZAH A;  2NX3 A;  4PTD A;  3VE7 A;  3W9Z A;  4HHM A;  4LV4 A;  5DML A;  2DUA A;  2HPI A;  1F4H A;  3N2M A;  2QII A;  2ZRW A;  3C3N A;  3T78 A;  4E0C A;  1E6P A;  1J0J A;  4YPJ A;  1XKJ A;  2WPB A;  5CSR A;  3STF A;  4Q4S A;  1WYI A;  3WF3 A;  3RLG A;  2Y7G A;  3K5X A;  4AIB A;  1EC8 A;  1IT0 A;  2ISF A;  4MB5 A;  3P2V A;  2GUY A;  4UMB A;  4CLM A;  3NDY A;  5E70 A;  2J88 A;  1AQ0 A;  4O1E A;  3NQE A;  2J7E A;  3BH4 A; 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