5IBX | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	SRKPFIAGNWKMNKNPEEAKAFVEAVASKLPSSDLVEAGIAAPALDLTTVLAVAKGSNLKVAAQNCYFENAGAFTGETSPQVLKEIGTDYVVIGHSERRDYFHETDEDINKKAKAIFANGMLPIICCGESLETYEAGKAAEFVGAQVSAALAGLTAEQVAASVIAYEPIWAIGTGKSASQDDAQKMCKVVRDVVAADFGQEVADKVRVQYGGSVKPENVASYMACPDVDGALVGGASLEAESFLALLDFV

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__863473568605059__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__863473568605059__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5IBX/C/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__863473568605059__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"863473568605059","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5IBX/C/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__863473568605059__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain d39 / nctc 7466)
publication title	1.65 Angstrom Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (TIM) from Streptococcus pneumoniae rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	89
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	F, G
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
C	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5ibxC00

3L0NA 5I3JA 5E1QA 3LB0A 3NA8A 3TE9A 4Y8FA 1H7XA 1TPH1 1OFAA 5I3IA 3GXNA 3U2OA 4QQ3A 3QF0A 1R2SA 4A21A 2E6AA 3W86A 1ML1A 3GR8A 3THAA 3G1XA 2ATMA 3PB2A 3QSRA 4NJKA 3VCRA 3C8FA 2ZTKA 4GUGA 1LBLA 2LLEA 2IQTA 4ZQCA 1L6SA 3N2XA 3BLFA 5F4WA 5EYWA 4MOZA 1FWTA 3NOEA 1SW0A 1T8XA 2ZZ3A 5CZTA 1XL9A 4LUJA 1KM4A 1EX5A 1P5BA 2WNQA 1LBFA 2NV1A 2X16A 3S0CA 1LYXA 1F6PA 2H8XA 2A4AA 2X1RA 3CIXA 3UY8A 3LCLA 2WO5A 3TQKA 1QMLA 3A24A 4N6EA 3RU6A 3P8IA 5HINA 1GQNA 2Y85A 2YYTA 4HT3A 1ICQA 1GVFA 1HO4A 3P81A 3UPBA 1D9EA 2DZSA 4HIBA 3P82A 5ABTA 5K7JA 5DLCA 4ZL1A 5F2LA 1FX6A 3G1VA 3E02A 5IBXA 3S1UA 3HGSA 3S6DA 1SR9A 5F2IA 2DZVA 4AWTA 4OU1A 1T99A 2C18A 1S3HA 4PTNA 2P10A 3W1PA 4O4WA 3M43A 2C6QA 1BTMA 1XBVA 2Y7FA 4LNYA 2FTPA 3S1WA 4PL2A 1QPQA 2XFWA 4J9JA 2ZDRA 3FFSA 4JDYA 3EXSA 4FO4A 4QNWA 2C14A 1LTDA 3GXPA 3G0SA 2E09A 2NV2A 5LNVA 3QW4B 2F7FA 1AK5A 4UFJA 4LTSA 4TU1A 4E0CA 3DFTA 2ZFAA 3NQ7A 3OVRA 3FOKA 1SZGA 3IIXA 1OX4A 4Z1AA 4JGDA 2CLOA 3TA6A 4LV4A 5FEXA 5J5DA 1ZNNA 3M5YA 1TYGA 1FQ0A 5TQLA 1G7UA 4CQ9A 1P0KA 2QJGA 5T26A 3MHUA 4Z1CA 3KVJA 2JKPA 3HF3A 2QCDA 1PV8A 4IMDA 5FF2A 1M7PA 3G24A 3NQ6A 4LVDA 4PA8A 5C6MA 4UR8A 3PBWA 3QEZA 1IXOA 3FYPA 3ZWTA 1OX4B 2EAWA 1KFCA 3EXRA 3MP5A 1LORA 2ABBA 3QZEA 1MZHA 2FPVA 3GLCA 3C6CA 2GOUA 3CU2A 3UWVA 1SW7A 1DV7A 2RDUA 3N9SA 2QCDB 4QJ1A 5BMXA 3EX2A 2H3DA 1LDCA 2Z1BA 3P84A 1KBJA 1X1OA 3LI1A 4R33A 4P61A 1T0OA 3USBA 2G96A 3TQVA 5K9XA 3TJXA 2DZWA 2H8ZA 3BLEA 3B4UA 2EGZA 5LGXA 1YPIA 3O6CA 2AGKA 3DAQA 2W79A 1VCGA 1H1YA 2C0AA 5EY5A 3S8HA 1TTIA 1VZWA 1OFPA 3DFSA 3NQ2A 3SR7A 2HSAA 4IWWA 3PUEA 3F03K 1J2WA 2ZCGA 5I3FA 4RZ4A 1H7WA 5K9CA 2YGYA 5AHLA 1FWSA 1DQWA 1YADA 5HNRA 1VQTA 3NM3A 1SO5A 4LT9A 3KFTA 2PE4A 3DU0A 4X9SA 1JULA 1ONRA 3L5AA 2YPIA 5FF4A 1Z41A 3TV8A 4ZQOA 5LNWA 5KITA 3FEMA 3PWAA 3IIOA 4YXGA 1I2QA 3DBPA 3L0GA 2PRHA 1OF6A 1A50A 2HS6A 1KM2A 1UASA 3NQFA 2Y7DA 4MPQA 4O19A 4A22A 1EUNA 5AYXA 1W3NA 4NUWA 3P7YA 2QF7A 2QDGA 2GQ9A 4UUIA 1EUAA 4JEQA 2DJLA 4IMGA 2OT0A 5EMUA 1IXNA 3KVKA 4NNBA 2EHHA 1TPEA 2G95A 5DY3A 3CTLA 1K3UA 4XQ6A 3H53A 3CHVA 1VC4A 1PS9A 1FCUA 5LNSA 2WJZA 4O10A 2C19A 1JCXA 3M6YA 3S1VA 3TAOA 5DY2A 5K3VA 2CWNA 4UMCA 1FDZA 2GVJA 4ZQRA 1PL9A 3TMQA 3GDMA 4MLJA 1GOXA 4FIRA 1FY6A 4WY0A 1RQEA 2RHGA 4FIQA 1S5WA 4K8HA 3EKZA 1OYAA 2ZZ4A 4I7WA 3LHTA 3TW6A 1XXXA 1TV8A 2GQAA 1F05A 3LHUA 3P74A 4P2VA 1GTHA 3W7RA 2V0TA 2E1DA 4FNTA 2VELA 2CU0A 4O54A 2A2IA 3CPRA 1W1ZA 2CZDA 2R8WA 3B06A 1EP3A 1VYSX 1DHPA 3NXFA 4FEZA 3W7MA 1UBSA 3AO0A 4A2RA 5HR6A 1LCOA 3MP4A 2VFGA 3LHZA 4N9EA 3STFA 2X1TA 1WA3A 1IIHA 2B0MA 2V5BA 1Q45A 1OYBA 3WJSA 5FF0A 1W3TA 3O05A 3W7HA 4QM1A 1H7RA 1SO4A 5DN1A 4UFIA 3W7PA 2HMCA 2RKXA 3QPYA 1LRQA 4Y90A 2CLHA 5L6UA 5AB3A 2QR6A 2PC4A 3G3MA 4NXSA 3FS2A 4IGHA 1FWRA 4UFLA 3W2JA 3ANYA 5HULA 1HO1A 3W2UA 1WOAA 3KVLA 1PHWA 2ZRVA 2ZZ7A 4RLIA 1TPVA 4JD4A 4M5PA 4WD0A 4ICNA 3WK3A 1RQHA 4IMEA 3IVUA 4MFEA 3IV3A 1ZFJA 1Q6RA 2DZUA 1P1XA 2E5CA 4JTSA 1R47A 4N9BA 2QEZA 4EVZA 1D3HA 4GC4A 4O1CA 5G1TA 2WNZA 3JRKA 1AW5A 1V7YA 4XZ9A 4HNVA 4UTWA 2F84A 2B4GA 3GKAA 3W1RA 1RV8A 2RDWA 3KVMA 3V1PA 4AMAA 3LCGA 4GWEA 1FXPA 3C3NA 4NJJA 2VFDA 3GDTA 4NU7A 3AJXA 3L66A 4N9CA 1QOPA 4XBSA 5D2XA 2WSYA 3R5EA 1UJPA 3W1XA 4K8EA 1OFEA 4K6AA 1KLYA 3LRKA 1KFEA 1XUZA 1PCWA 5CKSA 4B5NA 4EOUA 2DORA 3FKKA 1WXJA 5F1UA 3UQNA 5LZLA 2UV8G 2VKZG 2OMAA 3A22A 3HGOA 3MUXA 3DZ1A 1XI3A 4W9TA 1K7FA 2YXGA 3SZ8A 2Y7GA 1KFJA 3E9AA 3IIZA 2Y7EA 1JQVA 5KZEA 2ZYFA 1DOSA 1LLWA 4CNOA 2DZXA 4YCPA 3TR2A 2QCMA 1EWDA 2E6FA 3P5YA 4JY8A 5DCDA 3W73A 1PVNA 5I3KA 3LM7A 3N9RA 4K7YA 5F4XA 5F4SA 1U83A 3S5OA 4ADUA 1RPXA 3HBLA 1G4SA 4FXSA 4Z08A 3BLIA 3UPWA 2VEMA 4PH6A 2RH9A 4AEOA 1AG1O 3QW3A 4FHAA 3TSBA 1Q6QA 3MBDA 3WK0A 1JCMP 3EWZA 2CLFA 4M6QA 2WSQA 4UFHA 3T78A 3WK2A 1T96A 1F6KA 4WUIA 4IPJA 1XBXA 3W7IA 2ZZ2A 3M44A 3SSJA 4M7SA 2A7PA 4QITA 1QDSA 2J27A 1OX6A 3FLUA 4MIMA 3CEPA 3DHFA 3EX4A 4ZQPA 4ONVA 3W7CA 3B0UX 2NX1A 3H54A 1X8FA 1KW1A 3TSMA 3NQMA 1XDLA 2V30A 2FB3A 3F4WA 4ORIA 3G18A 1HL2A 1TPC1 3TK7A 2QCFA 1LROA 4UNLA 3IVTA 3LCXA 1JUEA 3W83A 3RK8A 3EXTA 2GJLA 3W76A 5AHMA 4BFAA 4UC5A 5G4EA 1ZAJA 2Q3OA 2J88A 3TXZA 4WXZA 3PG8A 5AHEA 1L9WA 3A5FA 1YDOA 3W7EA 5CPOA 4O28A 3Q58A 4O4VA 2Z6JA 4JXCA 1IXQA 4Y96A 3W7JA 2BXVA 1X1ZA 3JS3A 2FPTA 1GYNA 2Z2UA 3QMSA 3HG2A 3Q2DA 3GZ3A 1KTNA 4ADTA 4DXVA 1V5XA 4ML9A 1KFBA 3EWBX 3EKLA 1GEQA 2J24A 1RQBA 4OV9A 1H60A 1DBTA 4A2SA 2YR1A 3SY5A 3MYOA 4O17A 1AMKA 5KMYA 3W1UA 3HB9A 4FNUA 4Q32A 3I7QA 4UTIA 1ICPA 3LXAA 4TR9A 3C2OA 3TMLA 3LERA 2EPHA 4IMFA 1F2JA 2ISWA 4DO5A 3T40A 5K4XA 4WOQA 1NAL1 4HSOA 4AXKA 1W3IA 4M6VA 1E51A 1RD5A 2D73A 2C15A 3IVSA 5HJLA 4ZMGA 2QCLA 4JYDA 5EKYA 3QQ0A 1C29A 2VEPA 4FNQA 1MO0A 3DGRA 1A5SA 3GX9A 1OYCA 1GG1A 3MBFA 1B3OA 2QCGA 3HG4A 1LOQA 1KTCA 1A53A 5AFDA 1QR7A 4XUGA 1VYRA 5D2VA 3SIZA 1TJRA 3LXCA 1FCBA 5F2MA 3P8JA 3DFNA 1PHQA 2QCNA 3TSDA 1H50A 2QCCA 1DORA 3SI9A 1H61A 1TPB1 3B0VC 3PUOA 4L4LA 1TO3A 1Q6LA 3C61A 3GAYA 4JYFA 4K37A 2ZRYA 4HHPA 5KZMA 1G67A 3IGUA 1KM1A 1LOLA 1YTKA 4RXGA 3M1ZA 1XFBA 4AWSA 4JS3A 4Q33A 4Z1DA 2H3BA 3OIXA 3GXTA 4BI7A 4CNPA 3GR7A 1G4EA 1X6UA 4LC6A 3PF3A 1WDWA 1QWGA 2QAFA 3RLVA 1AW2A 1F7BA 1LBMA 1NEYA 3NYZA 5E0KA 1TV5A 4NJIA 4CQ8A 3UWUA 3NQVA 3NZRA 3BVJA 3W7QA 1W5NA 4EF9A 4UTTC 3VI2A 4HN4A 1QPNA 1I2PA 4FNRA 1ADOA 2HS8A 2YZRA 2OZ0A 3R12A 1QFEA 2R94A 3Q37A 1SO6A 4HNTA 1FWWA 3M16A 2VFEA 3QMRA 4WQ6A 5K9DA 4N4QA 3STGA 1O4UA 3W3OA 1H51A 4LC8A 3LRLA 3TH6A 4TO8A 4KFNA 1SU5A 2TPSA 4E2DA 5F1VA 2NLIA 4AWUA 3TX9A 4O0KA 1VCFA 2J9ZA 4O14A 4HPJA 1KA9F 3WJYA 3C2RA 3CQ0A 3MO7A 3LDVA 3EWYA 3GB6A 4JTUA 1BKSA 2DZPA 3MWAA 3ABQA 2FLIA 1RR2A 5C5YA 3SECA 1VGAA 2ZZ1A 3G0XA 1YXDA 3EX1A 3ZS4A 3LTPA 3B04A 1B9BA 2A6LA 4JTLA 3G0UA 1BWKA 1TCDA 1YDNA 3MI3A 4C1LA 3OG3A 4LOCA 4O57A 1B57A 4OWGA 4UTMA 4CLMA 3O15A 3OVQA 3W1AA 4TMCA 2OCZA 1NSJA 4CNNA 3H55A 4MVAA 1OX5A 1GZGA 2Z0IA 3CT7A 3TC7A 4TX9A 3C2VA 4JIPA 3R2GA 3L5MA 2JBMA 4O0ZA 2DZTA 3FA5A 1XBYA 3BG9A 4O13A 3LBCA 4O16A 4JTFA 1TPUA 3L21A 1LM1A 1Z44A 2ZZ5A 3HMJG 2OJPA 1HTIA 4C1KA 2NZLA 1P4CA 3DFOA 5HUPA 5CZ0A 4PFMA 3HPZA 3LX9A 4X22A 1N7KA 4UTHA 2XN2A 2R91A 4IJBA 2E6DA 3NPWA 4KWWA 1H7PA 4MY9A 1DJNA 5AC6A 2H6RA 1HUVA 4K7VA 3TKFA 3BW3A 4FNSA 3GYEA 1VYPX 2QCEA 4O15A 5A5WA 4HNNA 2Y88A 5K2ZA 1JJKA 4LY8A 4DBDA 5IBXC 1XBZA 2NXHA 2ATSA 3SGZA 3BGGA 1VHNA 5KINA 3M41A 4RKAA 3LRMA 2GQ8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IBXC

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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