5IDIA

Structure of beta glucosidase 1a from thermotoga neapolitana, mutant e349a
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
MKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKIGAKAYRFSISWPRILPEGTGKVNQKGLDFYNRIIDTLLEKNITPFITIYHWDLPFSLQLKGGWANRDIADWFAEYSRVLFENFGDRVKHWITLNELWVVAIVGHLYGVHAPGMKDIYVAFHTVHNLLRAHAKSVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEREEDIRAARFMHQFNNYPLFLNPIYRGEYPDLVLEFAREYLPRNYEDDMEEIKQEIDFVGLNYYSGHMVKYDPNSPARVSFVERNLPKTAMGWEIVPEGIYWILKGVKEEYNPQEVYITGNGAAFDDVVSEGGKVHDQNRIDYLRAHIEQVWRAIQDGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYNTQKRIIKDSGYWYSNVIKNNGLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of beta-glucosidase 1A from Thermotoga neapolitana and comparison of active site mutants for hydrolysis of flavonoid glucosides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 1,4-beta-D-glucan glucohydrolase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga neapolitana
total genus 177
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5idiA00
4HTYA 3SUWA 4R27A 2PBGA 1PZ2A 2O9PA 3OLEA 4A3HA 4UQ9A 1H4PA 5IDIA 2D20A 4UFMA 1B90A 2GJPA 3MUIA 2XIIA 4PEEA 2W66A 1CZ1A 2CHOA 2EPNA 2WZIA 1E6ZA 2DGAA 4OOUA 3AS0A 5AC4A 4OBRA 3MKKA 1QHPA 1HJVA 5AY7A 5IFPA 4AZBA 2W92A 4CU6A 3ALGA 3MUY1 2BXYA 3VX1A 3TTSA 1E6QM 5HNNA 3VNZA 1QNRA 2Y4SA 1W9DM 5CLTA 1VFMA 4W89A 4HPHA 1B3XA 1DWAM 2OWWA 2BVTA 1HKKA 2DQXA 1DTUA 3VM7A 3A4WA 1NWSA 4XZWA 1GUVA 3IK2A 1EH9A 1W9UA 3WENA 2BV9A 2BXZA 2YKKA 1F4AA 4TXEA 7TAAA 1OCQA 3M6DA 4MADA 2W67A 4U31A 5I6SA 2XVGA 3APGA 2DIEA 5ECUA 4YHGA 1E0WA 4ZXLA 1D7FA 1H3GA 1CIUA 1JGIA 4F9JA 4TVCA 2XVKA 2G3IA 3W27A 1UUQA 2XVLA 1NOWA 1CGWA 1GOOA 2XSAA 2E9BA 1ZL1A 3I3EA 3GBDA 5CXPA 2WWCA 2FDMA 3ARTA 6CGTA 2E9LA 4F9DA 1DWGM 1XH0A 3TTYA 4MNKA 1XD0A 4PMQA 3B8SA 2W4XA 1QI0A 3HU7A 2IXVA 1XRVA 1CGUA 1B2YA 3AIWA 5A8MA 4D6JA 3VDBA 4AC1X 2QHAA 2EBNA 3WBAA 2XGIA 1VBUA 1UD3A 3AS2A 5A8NA 1O7AA 1G0CA 1CXEA 3SCOA 1GCYA 3FHQA 1HJSA 3RM9A 5JIWA 4KGLA 2W61A 1UR9A 1HVXA 5M03A 1XGZA 2FHFA 4E4PA 1BYBA 4ZEPA 5IHSA 4D1IA 5C70A 4JL2A 1JYVA 4MNMA 4QP0A 5FL1A 4N0RA 1GONA 1NM9A 1VFFA 2WVUA 3WIJA 3KE0A 4IISA 4B16A 4BQ4A 1W1PA 2ZXAA 1SMAA 4W93A 3N12A 1E73M 4D1JA 4W5UA 4RE4A 1E56A 1ISZA 3FN9A 1ZJBA 1R7AA 4D6EA 4CGTA 2UY3A 3MSDA 1WKYA 4UFLA 1FFRA 1BGAA 1J0KA 2CNCA 3VX0A 2BY0A 1CGVA 1HKJA 2OYKA 2EQDA 5EFFA 1UD5A 2UWFA 5M3WA 4XV0A 4U2ZA 1E5NA 4QLLA 1KQYA 1GJWA 4UQCA 3CPUA 1MQPA 4FF5A 3SUVA 2UY4A 4D6CA 1RP9A 1V3IA 3WQ5A 1CXKA 3THDA 3RIKA 3PTQA 1OT2A 3WF3A 3WMBA 5HPCA 2PWDA 1JIBA 4WIWA 3AMGA 2GJXA 1RD6A 2X05A 4MDPA 4AMCA 1KXTA 1HL9A 4GQRA 4GINA 1KGXA 2VCBA 5A6AA 1UKPA 1ZBCA 2J79A 3W29A 3FY1A 2VZVA 1V08A 1FP8A 3K8LA 3IANA 1V3MA 1XYZA 4GZIA 4AISA 2WYSA 1LWHA 3LPPA 1FA2A 4FLOA 3F5KA 5E6ZA 4IPLA 1XC6A 2CIPA 4U3CA 3CZJA 4Z2IA 4ZXOA 5CLWA 1UQZA 3TTOA 4B15A 2J7EA 1C3FA 1EGZA 1B3YA 4UFHA 2XHYA 4ATWA 1EQPA 4TVDA 4P8VA 4W88A 3W53A 3ARQA 1TA3B 4AXNA 3CHFA 2ZWYA 1JNDA 1GQIA 4TOQA 2ZICA 3ARWA 5A2AA 3OG2A 2QPSA 5LYRA 1D2KA 2ZUNA 2CEQA 1J0ZA 1R87A 5CSUA 1ZJAA 2DH3A 5E70A 2G4FA 4AIEA 1J0HA 3NSNA 4C7FA 4HU8A 1SR0A 2FHCA 3WDJA 5JBDA 1TR1A 1WCGA 5BXTA 1US3A 3BC9A 3W28A 1VAHA 4OKDA 3UG4A 4PTMA 3CMJA 2W5FA 1B3ZA 5E09A 3EDDA 2CBVA 2E9MA 3M46A 5AYIA 2WSPA 1QBAA 3PZOA 4CCEA 4PSRA 1OGSA 1WDSA 2VX7A 4NI3A 1JZ7A 1JXKA 1NOUA 2YA1A 1KWKA 4S3JA 1J12A 4GO9A 1DWFM 4J28A 3RJXA 4B3LA 4ML4A 2WHMA 2V3FA 1V3HA 1H11A 5EFDA 3UG5A 3W0KA 1BG9A 3T0BA 2Z1SA 1QBBA 1KBKA 1VFUA 1B9ZA 3ARSA 1UH3A 3GXMA 1JYXA 3AZRA 2ZX8A 4WKFA 1W32A 2PWHA 2WWDA 1HN1A 1WZMA 2OWCA 2XWDA 2EEXA 1RH9A 3AROA 4E2OA 4Z2KA 1JYWA 3THCA 3SIMA 2YA2A 3GXIA 3AQUA 3AIUA 3BMVA 1BPLB 2V38A 4LXFA 1C91A 2EXOA 3CTTA 5A6SA 5FD0A 4AWEA 2YOCA 4D6HA 3SCNA 2BVDA 3LMYA 3IAPA 3VD9A 1O6IA 1J01A 4HP5A 3WH5A 4UFIA 1UA3A 4QLJA 5A2CA 2ZUSA 1JYNA 2YBUA 1H0GA 3UETA 1JL8A 1OWQA 4R5EA 3MO4A 4GIAA 1WZAA 2EPLX 1AQHA 2A3EA 4HZ7A 3OGSA 3EDJA 3W24A 1OIMA 4W8AA 5BWFA 3VIGA 1FH9A 3GTNA 4BF7A 4UZSA 1CLVA 3PZUA 4N42A 2CITA 1H49A 1B3VA 4UFJA 4X0VA 1B30A 3WNPA 4B9ZA 3IAQA 1E4NA 2QV4A 4ACZB 1KXQA 1QI4A 3ZMRA 5E0CA 2J8GA 3PTMA 2CETA 1CECA 1KB3A 3RCNA 1E55A 1G01A 4S3KA 3WN6A 4BZYA 3WQ4A 3GH4A 4H8UA 5ABGA 3L4UA 4AD0A 5CPQA 1NQ6A 4URIA 2ZUUA 1XH1A 1G1YA 5JBFA 3CZKA 4P7QA 3EMQA 3GBEA 5BRPA 1E71M 3GH5A 4DUXA 3ZT6A 3ARYA 4UNIA 5D8ZA 1MQQA 1QNSA 1E5JA 1C8YA 3I3DA 4D6IA 2WLZA 2WW5A 4F66A 2YDRA 1CGYA 3SCUA 1JF6A 3TONA 1GVYA 2WM0A 5DT7A 2WMHA 4U3AA 1GOWA 1CXLA 4V27A 3T2PA 2DEPA 5IFTA 3W26A 4CD5A 3VIHA 1PZ3A 1KFWA 4WKHA 1R8LA 1V02A 2JALA 1QNQA 3PBGA 4ATLA 3CHEA 1BHGA 1UWTA 3QHOA 1EO5A 3PZMA 3VGFA 2EO7A 2WMJA 2DSVA 3OA5A 4OUEA 3OLIA 4EKJA 3OB8A 4JFVA 4UQEA 4D71A 1BSIA 3GNPA 1MYRA 1V3KA 3N04A 2ZIDA 1AQMA 4MNLA 1E1FA 5A8PA 4LGXA 1EO7A 1JFHA 2VZOA 2PC8A 3VUPA 2JEPA 1UKQA 2Y24A 3F5LA 1VIWA 1GHRA 5CGMA 1QW9A 4D6FA 1MW2A 4PTVA 2WZHA 1KCKA 1JI1A 2BHYA 4DWSD 2ZX9A 4AZ6A 1KCLA 3ECQA 1JAKA 4XB3A 1C8QA 3BSHA 3EMZA 2YLLA 4Q7NA 1ISYA 2Y2WA 4Z2HA 2VURA 2AOSA 1GOQA 1B0IA 4RL3A 3OLGA 4JKMA 4M29A 4TX8A 2G3JA 3CZEA 2ZUVA 4PRWA 1W9PA 2ZOXA 1W3KA 3DYOA 2IXUA 4AY1A 3N13A 4W87A 1QHOA 1K6AA 2DIJA 2EJ1A 3IJ8A 3K46A 5LA1A 1LL6A 3FNDA 4X0NA 3MV11 1GOMA 2CBJA 3BH4A 5EBAA 2WBGA 1KR0A 1TA3A 3U7BA 3AMLA 4C7GA 2J4GA 3BSGA 1BVZA 1CENA 3LPGA 4FLSA 4BS0A 4PYSA 5CPTA 2UY2A 4MPKA 2B31A 3VM5A 3KL0A 3UERA 2WAGA 1LL4A 2WKLA 4P7RA 1E72M 3HMCA 5A2BA 2VI0A 4JL1A 2ZXDA 3KL3A 1E3XA 1WPCA 3N11A 2J25A 1M7XA 2OSWA 2OWXA 2Y8VA 4AIOA 3KEHA 2VT0A 1SMDA 3VGBA 2WCGA 8A3HA 3EBVA 1XCXA 3UG3A 1CNVA 3CUFA 3ZR5A 1LL7A 1PBGA 3BAIA 1GQJA 4JFTA 3WNMA 1JI2A 4DUWA 4W8BA 3BAJA 2WVVB 3WF4A 1W2PA 1R85A 3OGVA 4B9YA 1LG1A 1AMYA 2DPEA 2FGZA 2W62A 1QOXA 5ABFA 1XSJA 3EDEA 1GOKA 4C7DA 1EA9C 1WZLA 1UKOA 1KBBA 3RPMA 1ISXA 3L2LA 4K68A 1GVIA 1E70M 4HMCA 3W37A 4TTUA 1J18A 1PAMA 2YL9A 4J3UA 1V3LA 1EHAA 1K9EA 1Q4NX 3OZOA 3II1A 9CGTA 2WXDM 4JHZA 2VTFA 2GUYA 2D0FA 3O9NA 3RJYA 3VNYA 3AISA 1WB0A 3SCPA 3L4XA 1JDCA 1V0LA 2NW0A 2QLYA 3TP4A 1MW1A 4UQAA 2YL8A 1PJ9A 5A95A 4LQ1A 4PMVA 3ZT7A 3UCQA 5DMYA 2CKRA 3B9AA 2YIHA 2C0HA 3A4XA 3CH9A 3IJ9A 1E6XM 2WHJA 2XVNA 2WB5A 4HMDA 1C8XA 1Q6EA 1J0YA 4AZGA 4HMEA 3A3HA 1XV8A 1ZBWA 2GDUA 3DYPA 4WKAA 2JF7A 2O9OA 2WHKA 1GNXA 1NWTA 3WMCA 5BXPA 4EK7A 1A3HA 5D8WA 3RO8A 2VZUA 1R7OA 4OJYA 2XTKA 5DEZA 4MB5A 3UR8A 4ACZA 2YL5A 3GNRA 1UKTA 3SCWA 4CN4A 2Z1KA 2JF6A 5KEZA 4AD1A 1HIZA 2XFFA 4UZUA 1XH2A 1HX0A 2WSKA 2YL6A 3WQ8A 1QI2A 2YBTA 3WSUA 5FL0A 4BQ5A 1KWGA 5FOOA 2XFYA 3WUBA 3WDIA 1JD7A 2DT3A 2OSYA 3KWXA 3ZQ9A 4TX6A 2WMIB 2A3CA 4JCLA 4JAWA 2CERA 3CMGA 3D3AA 2BS9A 5GQBA 3MV01 4U33A 1E0XA 3OZPA 3QOMA 4P8UA 4MJ2A 1TZ7A 3WEZA 4IUGA 2JE8A 1V6XA 5IXEA 3NUKA 3ZIZA 4PMDA 2VRJA 1UD8A 3WUEA 1BLIA 3UESA 4DM2A 1DWHM 3W82A 2XUCA 4IPNB 1HJUA 4KWUA 3EMCA 2ZUTA 3ZJ6A 3TTQA 1BVNP 3BCDA 4J3TA 1AQ0A 1OSEA 5F7UA 3WEOA 4H41A 2V5CA 5JBEA 2QF8A 2J7HA 1B3WA 3VIMA 1GHSA 2VL4A 2WPGA 2D1ZA 4CU7A 4JFWA 2GSJA 4HZ8A 2OYLA 3PTKA 5JUVA 2WK2A 2E40A 3FW6A 5A6LA 2C7FA 1FFQA 2VNCA 1EHNA 1JG9A 4MB4A 2VCAA 2VX6A 1WDPA 2O92A 3G6LA 3VILA 2J8FA 4AD5A 2CXGA 3PZIA 1UWUA 1M04A 2VOTA 4M80A 4WJXA 4BCEA 4D72A 1S46A 2RGMA 3T09A 1ESWA 3ZJ8A 2WVTA 1OB0A 1HJWA 4CVWA 2WHLA 1UHVA 2DT1A 5BROA 3AJ7A 1SYTA 3CHCA 3J7HA 4YPJA 4EAMA 6A3HA 3MUZ1 2XSBA 1UH2A 2PWGA 3TOPA 3AOFA 4L4OA 2BY2A 2J7FA 3NDYA 4KMQA 1B31A 3L4VA 2Q8XA 1DEDA 5A6KA 5FCZA 1W1VA 1W91A 4Z2JA 1NWUA 2A3BA 1DWJM 5CSYA 1DP0A 1W3LA 4XZBA 2X1IA 4P7LA 2VR4A 4QFUA 3L4ZA 2GVYA 1C90A 3S6TA 1IV8A 1MW3A 3CHDA 4CN6A 1EOKA 5I2UA 2J75A 7CGTA 3WEMA 4AD4A 1H5VA 2WC3A 3ARRA 2X09A 4GI8A 1J11A 4PSPA 4HA4A 2GJRA 4YHEA 2CHNA 3AFBA 4IM4A 1R86A 3BMWA 3ARZA 5CZKA 1NARA 2XJ7A 3AHVA 2CYGA 4P7OA 5ABFB 2F8QA 4Y7EA 4QAWA 1FOBA 4WF7A 5D9NA 2G8ZA 8CGTA 1L0PA 3VIIA 1H0IA 1UZ4A 3WH8A 2V3EA 3RMEA 4PMYA 1V6UA 2V5DA 4GZEA 2E8YA 3A6OA 4AEEA 1HP5A 5A6BA 3GYCA 2BY3A 4MB3A 2BHZA 1WDQA 2VVNA 5I23A 2WVVA 4Z2LA 3GH7A 4GI9A 1E9LA 2FH6A 5DF0A 1E6RA 1OGGA 1Q6GA 1YQ2A 4J27A 1UR1A 5M17A 2JIWA 1HL8A 1L8NA 1ODZA 3VDCA 3VMNA 1BYCA 3EYPA 1JF5A 2D22A 2W63A 3PN8A 1UYQA 3WBEA 1JNEA 3DYMA 4ZE4A 1PPIA 2VUYA 4PMUA 2CESA 1JDAA 4H2CA 1G5AA 4AZHA 4JIEA 3T0AA 1XD1A 4AZIA 1VEOA 2J7GA 5I77A 2XPKA 4MAZA 3O2LA 1N82A 2Y5EA 3F4VA 4AZ5A 1ISVA 4YN5A 2CPUA 1QW8A 5AYBA 5GNZA 1UD4A 3AYSA 1TVPA 1CXHA 4HOZA 1MFUA 2EPMX 3JUGA 2WCSA 3VD3A 1DHKA 1P6WA 1UWQA 5CGTA 3VOCA 3KL5A 3WD1A 1QNOA 4KRUA 3SEPA 3ZSTA 2FHBA 2FGLA 5D4YA 1PIGA 3O6AA 3VDAA 3CUJA 1CWYA 2PI6A 3CBWA 5DO8A 3AIEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HTY A;  3SUW A;  4R27 A;  2PBG A;  1PZ2 A;  2O9P A;  3OLE A;  4A3H A;  4UQ9 A;  1H4P A;  5IDI A;  2D20 A;  4UFM A;  1B90 A;  2GJP A;  3MUI A;  2XII A;  4PEE A;  2W66 A;  1CZ1 A;  2CHO A;  2EPN A;  2WZI A;  1E6Z A;  2DGA A;  4OOU A;  3AS0 A;  5AC4 A;  4OBR A;  3MKK A;  1QHP A;  1HJV A;  5AY7 A;  5IFP A;  4AZB A;  2W92 A;  4CU6 A;  3ALG A;  3MUY 1;  2BXY A;  3VX1 A;  3TTS A;  1E6Q M;  5HNN A;  3VNZ A;  1QNR A;  2Y4S A;  1W9D M;  5CLT A;  1VFM A;  4W89 A;  4HPH A;  1B3X A;  1DWA M;  2OWW A;  2BVT A;  1HKK A;  2DQX A;  1DTU A;  3VM7 A;  3A4W A;  1NWS A;  4XZW A;  1GUV A;  3IK2 A;  1EH9 A;  1W9U A;  3WEN A;  2BV9 A;  2BXZ A;  2YKK A;  1F4A A;  4TXE A;  7TAA A;  1OCQ A;  3M6D A;  4MAD A;  2W67 A;  4U31 A;  5I6S A;  2XVG A;  3APG A;  2DIE A;  5ECU A;  4YHG A;  1E0W A;  4ZXL A;  1D7F A;  1H3G A;  1CIU A;  1JGI A;  4F9J A;  4TVC A;  2XVK A;  2G3I A;  3W27 A;  1UUQ A;  2XVL A;  1NOW A;  1CGW A;  1GOO A;  2XSA A;  2E9B A;  1ZL1 A;  3I3E A;  3GBD A;  5CXP A;  2WWC A;  2FDM A;  3ART A;  6CGT A;  2E9L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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