5IDI | Genus

Total Genus 177

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	443
structure length	443
Chain Sequence	MKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKIGAKAYRFSISWPRILPEGTGKVNQKGLDFYNRIIDTLLEKNITPFITIYHWDLPFSLQLKGGWANRDIADWFAEYSRVLFENFGDRVKHWITLNELWVVAIVGHLYGVHAPGMKDIYVAFHTVHNLLRAHAKSVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEREEDIRAARFMHQFNNYPLFLNPIYRGEYPDLVLEFAREYLPRNYEDDMEEIKQEIDFVGLNYYSGHMVKYDPNSPARVSFVERNLPKTAMGWEIVPEGIYWILKGVKEEYNPQEVYITGNGAAFDDVVSEGGKVHDQNRIDYLRAHIEQVWRAIQDGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYNTQKRIIKDSGYWYSNVIKNNGLT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__224090418205323__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__224090418205323__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5IDI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__224090418205323__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"224090418205323","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5IDI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__224090418205323__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01373e1d208f6564b8f5fa/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01373e1d208f6564b8f5fa/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01373e1d208f6564b8f5fa/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01373e1d208f6564b8f5fa/pdb.gz): 108 ms

reading 443 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

443 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:442});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga neapolitana
publication title	Crystal structure of beta-glucosidase 1A from Thermotoga neapolitana and comparison of active site mutants for hydrolysis of flavonoid glucosides. pubmed doi rcsb
molecule keywords	1,4-beta-D-glucan glucohydrolase
total genus	177
structure length	443
sequence length	443
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2016-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5idiA00

4AZ7A 1JXKA 2WMFA 3WH8A 1RH9A 4LPCA 1NM9A 2W5FA 4PMZA 4AY1A 5ABFB 4UNIA 5M03A 3L4VA 2E0PA 2WSKA 3ARTA 1LLOA 3AICA 1B90A 2WLYA 1CGTA 1FP9A 1BVNP 2OWCA 1CDGA 2WKLA 4U2YA 4AZ6A 1HJSA 1LL7A 2J77A 3MMWA 2Z1KA 1LWJA 5IHRA 5CQ1A 3TOPA 2PWHA 1R8LA 1E56A 5HBFA 1AQMA 4R27A 5DO8A 1E6QM 1TMQA 3IANA 1UQYA 2O92A 2W92A 3UESA 4CN1A 1BYDA 2ZIDA 2GK1A 2WZHA 5JBDA 2DEPA 4PMRA 1LL6A 2NT0A 4GI9A 3GBDA 1OIMA 4X0VA 4HP5A 4ACZB 3VIMA 3QGVA 1FP8A 5HPCA 3AIUA 3WDPP 2ZWYA 1XV8A 4WKAA 3MU7A 2J7CA 3BMWA 3O9NA 1KQZA 3TONA 4QAWA 4RL3A 3SCRA 2FHCA 3AXXA 3NDZA 4PBGA 2EPMX 2J47A 3W25A 1JAEA 1W9DM 3N17A 4RE2A 2J7EA 2XYLA 2Y24A 3FAXA 4PMDA 1VBRA 2ZXQA 4JFUA 5EBAA 4J28A 2ZX8A 4GZJA 5ECUA 2ZOXA 3PTQA 1KCKA 3WNKA 4OUEA 3VGEA 2V5DA 1GJWA 4GO8A 3VGGA 1D7FA 1BFNA 4MNLA 2OYKA 4D1IA 4FF5A 3VM7A 4AD5A 5I6SA 1XD0A 4HZ8A 1EHNA 1E6SM 3WQWA 1UR8A 4CCDA 3GNOA 2AAAA 1ZB5A 1OGBA 2C8NA 1TG7A 4W86A 3WNNA 3WF3A 2WK2A 2G41A 3ARYA 1JDDA 3CZEA 3WH5A 2HVMA 3KZSA 3WDRA 4PMNA 4UZUA 1BAGA 2J7GA 4FK9A 1V6WA 1EDGA 1SFSA 4LX4A 5LA1A 1UKPA 4W7VA 5AC4A 4PMYA 3EDEA 4UQ9A 4D6DA 4MNMA 3WFLA 1QVBA 4TVDA 5ABEA 3TA9A 5M5DA 3AIRA 4JHZA 2VT0A 1CXIA 3CZJA 4W84A 3WQ5A 1V0LA 1GOMA 1UR9A 2ZX7A 2ZXAA 2GSJA 1R7OA 3WN6A 4MTVA 4C7GA 5DFAA 1NOUA 2VRJA 3CHDA 1C8QA 1P6WA 5HXMA 4D71A 3T0DA 3EYPA 4W7WA 3QHNA 1WZAA 3WD4A 3VO0A 3FXYA 2VVNA 3HU7A 2NW0A 1IT0A 4W85A 3L4TA 3ECQA 4M29A 1UD3A 4AZBA 1HP4A 3AYRA 3AHVA 3M07A 4XZWA 4DWSA 1GVIA 1E55A 2VZSA 3SUWA 4CU8A 4IUGA 4M24A 4DUWA 4EAMA 3VIHA 4ATDA 2QPSA 3TTOA 3CGTA 1Y7VA 1V02A 4HA3A 2WCAA 2JALA 3VOCA 1UWUA 2ZUUA 3VNYA 5I5RA 2PWDA 5EFFA 1NQ6A 4E8CA 4KH2A 1BSIA 1XSKA 2VCBA 1HVQA 1UH3A 1DTUA 4B3KA 1VFOA 4PYSA 3K8LA 1FH8A 2FH8A 1OIFA 3OGSA 4JFTA 4S3KA 3ZJ6A 4Z2HA 3SCUA 4AZGA 5BWFA 4ZE4A 1CXLA 2X05A 3AYSA 4MPKA 4J3WA 1JZ3A 4W5UA 3W27A 2BY0A 1E5NA 3OB8A 3M6DA 1KGWA 2YOCA 4CD4A 1B3YA 2ZUSA 2A3AA 4BZYA 4X0NA 4U3CA 3QOKA 3LPPA 2A3BA 2XG9A 4UTFA 1MXDA 2BHZA 4PMQA 3CPUA 4OKDA 1GHRA 5ABFA 5A6LA 3CMGA 3BCDA 1XGZA 2BFGA 2D22A 4LYQA 2XVKA 4W88A 1C7SA 1JL8A 4U33A 3N04A 2G3JA 2WVVA 1C8XA 2VO5A 3IJ7A 3WQ4A 3ZR5A 5JBFA 2XGBA 2PI6A 2XJ7A 4BF7A 1UKTA 2EEXA 3GTNA 2QF8A 3EMZA 3RMEA 4ZEPA 4OZOA 1XH0A 3O6AA 3RO8A 3EMQA 4W89A 4QDMA 4ACZA 1ISWA 1BVZA 1E73M 3RJXA 1E6PA 1J12A 1B3VA 1V3MA 1X1NA 2OWWA 3AMCA 1PZ2A 1UWTA 1CXEA 3BC9A 4PCSA 3GYCA 1GQJA 2VCAA 3N1AA 3AZSA 3CUHA 3WH6A 3T08A 5CPTA 3WNMA 3WUGA 7CGTA 1CPUA 1HJUA 5A8QA 1G01A 3VIKA 4JZ5A 4D6IA 1ZU8A 4N0RA 4YHEA 1OB0A 1E5JA 1FH7A 3SCSA 2WBKA 2WAGA 2Q8XA 3NIYA 1TCMA 2HISA 1FFQA 1JYVA 1UUQA 2O9PA 2XFRA 1HX0A 4QLKA 1E40A 4GPNA 3D3AA 1GPFA 1TVPA 3IJ8A 1V03A 1WNOA 3WNPA 2X0YA 1NARA 1LQ0A 3SURA 3BAJA 2WCGA 2QHAA 1MXGA 3S2CA 1MQRA 2JIWA 4PCTA 1C7TA 1WCGA 3PZGA 3KL0A 1XD1A 3AS1A 2CHNA 3WKZA 2XVLA 3W24A 3TTQA 1E0VA 1JYXA 4GINA 3CZLA 3WFZA 1JXJA 1DWFM 1OINA 2OLHA 1E1FA 1PX8A 1TA3B 1QI3A 1B2YA 1KXQA 4CKQA 1XC6A 4GKLA 1W1VA 3WNOA 5D9PA 2CKRA 2O9OA 1GORA 3GH5A 4ZXOA 1NOWA 1XHGA 1V3KA 5E70A 2JEQA 4ZXLA 1QPKA 5BXSA 1OT1A 3DYPA 3BAWA 1V08A 3W26A 1WZLA 1JDAA 4LYPA 3WF2A 3OLIA 5AYIA 2XHYA 3EDDA 3W4RA 3VM5A 3K8MA 3F4VA 1SMAA 4OOZA 3DC0A 2DH2A 4M82A 6TAAA 2XVGA 3I3BA 3AHYA 1UR2A 2WWDA 4AMCA 1W9BM 4DM1A 1KXHA 4E2OA 4ML4A 3U5UA 1C92A 4C7DA 2C0HA 1EO7A 5ABHA 2EJ1A 3ZQ9A 1LG2A 2Y8VA 3AXIA 1R85A 2XSAA 1JFXA 3FNDA 1VRXA 1B3ZA 3GXFA 4JAWA 2XIBA 8CGTA 1UH4A 4DM2A 1HKJA 4PMVA 3UG3A 2G4FA 3N15A 4XX6A 3G6LA 3NJ3A 1CGWA 3FN9A 1CXFA 2WC4A 4MAVA 1JI1A 2AOSA 2UWFA 1HL9A 2J62A 1CGUA 3CHEA 1KGXA 1XYFA 1KXVA 3W53A 3T2QA 5GNZA 1E0XA 1LWHA 2EBNA 1BHGA 1F4HA 1BF2A 2XWEA 1C91A 5D9OA 4WSKA 1V6UA 2JFEX 3BAYA 4YPJA 5FD0A 4H8VA 1JZ7A 1A47A 5HNNA 5C8BB 1WDSA 2B31A 1NP2A 1UWSA 1GNXA 1I75A 3N18A 1XH2A 4TOQA 3ZIZA 3WL0A 5A6SA 4HA1A 3ALGA 4CU7A 2G8ZA 3VD9A 4AZIA 2TAAA 1J0KA 3PHAA 3AMLA 4Q7NA 3WQVA 4AZ5A 1E72M 3BSGA 1B1YA 3MS8A 1E70M 1UR4A 3EDJA 4TVUA 1DWAM 1OD0A 3A47A 5A1AA 4A3YA 1ISYA 1WAWA 3N11A 3L4UA 5CLWA 3AMKA 3LMYA 3ZR6A 2ZX6A 2ZUMA 2E9BA 4H04A 1W1YA 2DSWA 5FL1A 1OM0A 5A6JA 1IV8A 1CXHA 4UFMA 1SYTA 5JIWA 5CGMA 1V3JA 1WDQA 3GNRA 1BYBA 3FHQA 2CKSA 4ZE5A 4CVUA 1G5AA 1EOKA 3QHMA 2E4TA 3VVGA 2WNWA 2E8YA 1JZ8A 3PN8A 3W28A 1I1XA 2W61A 2J7BA 4NZCA 1PZ3A 2J25A 3NSNA 4HMDA 3DHUA 1E15A 1XSIA 2WCSA 2ZX9A 3AHTA 2XPKA 4PTMA 4HOZA 3VD4A 1K6AA 3M46A 3ZJ8A 4HU8A 3BSHA 3CUIA 2DIEA 4TTUA 1AQHA 1WZMA 4CGTA 4WKFA 3VGFA 4KWUA 4R5EA 2WVVB 1QHOA 4UFJA 1EGZA 2DSUA 2VX7A 3WEZA 4S3JA 1NWTA 2VUYA 3W6LA 4Z2LA 1B9ZA 1M03A 4MJ4A 2D24A 4P8WA 4AZCB 2BV9A 1JYWA 1J10A 1C93A 1H09A 1ECEA 3PZTA 4J7RA 2FH6A 2V3DA 1EO5A 3UETA 1G1YA 2FDMA 1D2KA 5GNYA 1OGGA 4JL1A 1VIWA 3MUAA 1BYAA 1W9XA 4AIEA 3UR7A 1W2VA 2VOTA 1XCWA 2ZE0A 1GJUA 1GW1A 2J8GA 1W3LA 3SCNA 1WP6A 1TA3A 1JGIA 4TXEA 2ZXDA 4W7UA 4UQAA 1Q6CA 4UCFA 1UKSA 4M81A 4XV0A 3B9DA 4ACYA 1R7AA 2CCRA 3VIFA 3SUSA 3ZSSA 1K9DA 2FHFA 3THDA 5AYBA 1HJWA 3G6MA 2YL5A 5I24A 2J8FA 1K9TA 1UZ1A 4AWEA 4PMUA 3AHXA 3J7HA 3VILA 1J0YA 4CCCA 2D3NA 1VEOA 1W9PA 4HZ6A 3W81A 1AVAA 1B0IA 3AMGA 3CBWA 1UWQA 2FGZA 2CBJA 3PZVA 5A8OA 1KBBA 3GBEA 5HOSA 4F79A 3POCA 3CLWA 4P7RA 4U31A 2DSVA 2GJPA 4OOUA 1PX4A 1JAKA 1JNDA 3EDFA 3ARUA 2YA2A 2QV4A 4D6GA 1EHAA 3CIVA 4EKJA 3MSDA 2WBGA 3L2LA 4V28A 4OIFA 2RGLA 5DF0A 3VGDA 4JIEA 3ZSTA 2ZUVA 4CD8A 8A3HA 1XYZA 5JIPA 1UQZA 3AS0A 3MUIA 1Q6FA 2WZIA 2WB5A 2VZVA 4AC1X 7A3HA 5TD4A 3F5KA 4PSPA 3N12A 2YJQA 1ESWA 2Y4SA 5AY7A 2PC8A 3ARQA 4EANA 5IXEA 5A94A 3VU2A 1J0JA 4DWSD 2UY5A 4QLLA 1HNYA 3IJ9A 4H8HA 1E4NA 1TE1A 1MW1A 5CJ5A 5EB8A 2VI0A 3N13A 3GXDA 1SMDA 4GZIA 2VURA 3UEQA 1HJXA 4QFUA 4CD7A 2X09A 4B9YA 1C3FA 3WD1A 4J3VA 3LPFA 4HA4A 1IZJA 2VJXA 1HT6A 1MFUA 5DT5A 4BQ3A 3WEOA 4DWSC 1X6NA 4PUEA 1TZ7A 1BGGA 4UOQA 3T2OA 2BHYA 1FOBA 4JCMA 4ATWA 1HN1A 1QI2A 2E8ZA 3WEMA 1XCXA 5FCZA 5IFTA 2V38A 3WMCA 1CIUA 1MFVA 4H8UA 4Y7EA 4NRSA 3VTRA 2CESA 4GZEA 3B8SA 3ZJ7A 4GQRA 1VFUA 1K9EA 2BY3A 5BROA 3BAKA 4FMVA 1V6XA 4M56A 2A3EA 3OG2A 3GZAA 2Y5EA 3WSUA 1US2A 1KB3A 2XIIA 3GXIA 5BRPA 1V0KA 5I77A 3BXWA 2IXVA 3RDKA 1KCLA 3SCOA 2A3CA 2BVDA 5EFDA 1J0IA 4F8XA 4JKMA 4AIOA 3VIJA 5GPRA 2DIJA 2PBGA 1ZBVA 5A2CA 2EPNA 4AEEA 5BCAA 4AISA 3NSMA 5E0CA 2BS9A 3GH7A 1JI2A 3IAPA 1QOXA 3NCOA 5HDRA 4MNKA 4UOJA 4W93A 1WE5A 1UZ4A 3WDJA 4AZCA 4HU0A 1QW9A 4B16A 5I3DA 1GVYA 4WJXA 2QLYA 1CYGA 1QNQA 4JFSA 3D5HA 1O6IA 1E3XA 3AS3A 2VX6A 3F5LA 4P8UA 4P7NA 3VDAA 2VR4A 2VX5A 3FY1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5IDIA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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