5IM5 | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	STINNQLKALKVIPVIAIDNAEDIIPLGKVLAENGLPAAEITFRSSAAVKAIMLLRSAQPEMLIGAGTILNGVQALAAKEAGATFVVSPGFNPNTVRACQIIGIDIVPGVNNPSTVEAALEMGLTTLKFFPAEASGGISMVKSLVGPYGDIRLMPTGGITPSNIDNYLAIPQVLACGGTWMVDKKLVTNGEWDEIARLTREIVEQVNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Designed Riboflavin synthase
molecule tags	Protein binding
source organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
total genus	72
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	2, 3, 4, L, N, P, R, T, U, V, W, X, Y, Z
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
1	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5im5100

1Q6RA 1O5KA 4E38A 1T0OA 1S5WA 3ABQA 3G3MA 3LTYA 4LS2A 1DQXA 3LHWA 3O06A 5EKYA 3W70A 3TR2A 4GXMA 4MPQA 1MO0A 3W88A 4YMZA 3TUUA 3UYCA 4DF1A 3S5NA 4NUWA 1XFBA 3W72A 3BARA 1GQNA 3B8DA 4ZQOA 4RZ5A 1AMKA 5EL1A 1ICQA 1RV8A 2XFWA 1GT8A 4GUJA 3L65A 1O5XA 2W79A 4Q32A 5LNVA 4MLRA 2A7RA 3UPBA 1N8FA 3HJZA 2WNZA 1OFPA 2YFNA 2NWRA 1J2WA 1W31A 2Y7FA 3LCFA 3UPWA 2A6NA 3GVGA 1EP3A 1LZOA 1KV5A 3PF3A 3HGSA 4O52A 4UTTC 1ME9A 3GR8A 2H3BA 3O8AA 1ZENA 1WDWA 3MP5A 4OU1A 1H7NA 3C4UA 4GWEA 2E6DA 5FF3A 4RCXA 1SZGA 4GUIA 3OG3A 1FX6A 1G4EA 2QDGA 3W3OA 3C2RA 8TIMA 3INPA 5D04C 1G4SA 3PAJA 1GPWA 1O94A 3G22A 4HNNA 3W86A 3TIMA 1OX5A 2H6RA 2X2GA 3LI1A 1LBMA 3SFKA 4K38A 1H7PA 4JTFA 3LCGA 3ELFA 2NX9A 3MHGA 3QQ0A 1FXQA 1ZJIA 1OFDA 3B0PA 4LTSA 3CEUA 3BLFA 1K02A 2DU2A 2J9ZA 2V5BA 1GWJA 1QPRA 3UZ5A 4IPIA 1GVSA 1PE1A 2Z2UA 3OHIA 3BLIA 1GJPA 3UQNA 2FPYA 3W7GA 3PSWA 5IM51 4WQ6A 1OF6A 3SJ3A 3WK0A 4NQ1A 4UMAA 1JCMP 4M6QA 4O10A 3NL2A 1Z42A 2P1FA 2QUUA 1UASA 4ORMA 1KFCA 3LXCA 4RR4A 4EWND 1TJPA 3L0KA 3HGOA 2E09A 2B0MA 4ICNA 4JX5A 3FJLA 3SSJA 1XBYA 1THFD 2G95A 3NQFA 4MFDA 1KFKA 5I3JA 4XBSA 1ICPA 1RZMA 4Y9AA 2XN1A 3P60A 2R8WA 1EP1A 2Y62A 1F2JA 1UJPA 2YGYA 1Z48A 3TMQA 4DPQA 2V2DA 1H7XA 1JCNA 3BW2A 3H53A 2PE4A 4RX0A 4WD0A 1KM4A 2ZZ1A 3HGRA 5KSWA 1WX0A 2X16A 3A22A 1EA0A 3QZEA 4IX2A 4LUIA 2C0AA 5E0KA 3TV8A 4YCOA 4BWLC 2Y7GA 2E5DA 4JXCA 3I6RA 4CQ9A 1A5AA 2GVJA 2NUWA 4NJIA 1TPDA 4OBTA 3NL3A 2ZBTA 1LLWA 3OVPA 1FCUA 5AC6A 2UV8G 4NJGA 3QJAA 4HIBA 1FY6A 2JGYA 3BLEA 3E9AA 3G1SA 4NJJA 4PCFA 3BGGA 2QCNA 3CWOX 3DFPA 2CLEA 3NVTA 1W3TA 1PV8A 1TMHA 2GQ8A 5BOOA 3NQDA 1VCGA 2VEKA 2A85A 3GB6A 2AAMA 1U5JA 3PC0A 3TFCA 3RLUA 3N3MA 3LRLA 3O15A 5SWUA 1H1YA 4N6FA 1BWLA 2EAWA 1TPVA 4X3ZA 3T78A 3W1UA 1M7PA 5F4XA 4IMGA 5E1QA 1ZFJA 2ISVA 3G1HA 3FS2A 3LHYA 2H8ZA 3O05A 4GUFA 1KM1A 4CQAA 5AHFA 3RFAA 2CW6A 3N9SA 1B3OA 2V30A 4UFMA 2QEZA 2RDTA 4QISA 4UNKA 3LGEA 2NX3A 1UUMA 3KVKA 3JR2A 3WJYA 1HTIA 3M1ZA 3QMSA 3HMJG 3LB0A 5G2HA 2AGKA 2NLIA 4DF0A 5L9FA 2QCDA 4LV4A 4K8HA 3BG5A 4EF8A 1LTDA 1YXDA 3CM4A 4AWUA 3RLVA 1GOXA 2ABBA 1F7BA 2DZXA 3LCXA 3MMTA 1H7OA 2ISWA 2Y6ZA 2FTPA 1XCFA 1TTJA 2RDWA 3U6WA 3P5YA 1NFBA 4NZJA 5G2WA 2XN0A 4NXKA 1PL9A 3NGJA 1SPQA 1JULA 3SIZA 5AB3A 2C19A 4NNBA 1QMLA 1OFAA 4U28A 3I7QA 2C1HA 1XC4A 2YDAA 1M7OA 5D37A 4LS1A 3GAKA 3G1YA 5FI8A 3IGUA 4FX7A 3TNOA 4WY0F 6TIMA 1JRCA 1D3HA 1ZY9A 1TTPA 2VOMA 1QPOA 1KM5A 5MHBA 3S9YA 3FKRA 1LRTA 2FB2A 1F74A 4WUIA 5K3VA 4UTWA 3DFOA 2ZRYA 3WFAA 4MUZA 4S2BA 3ABOA 5CSSA 3PSVA 4JICA 4BI5A 3G8EA 3GK0A 4OHQA 2J6XA 3HG4A 2QUTA 4JX4A 3M6YA 1W5PA 1VZWA 2YFOA 2YYTA 3EWBX 3PULA 7TIMA 3S1WA 4QNEA 3MI6A 5F2GA 3A5VA 3R5EA 5BNKA 5H2ZA 2V82A 2J88A 1FDYA 2BZNA 3W87A 4QITA 3TA6A 5G4EA 5AYXA 2EHHA 1JCJA 4GUHA 4UMBA 4ZVJA 1QOQA 3F4WA 2WSRA 2CLIA 4O18A 4O8RA 4U4MA 3TC7A 1D9EA 1WOBA 1X8FA 3NPVA 1SUXA 4LU0A 2Z1BA 3HO8A 5CPMA 3P8IA 1TO3A 3W7MA 3W1MA 1W56A 2C6QA 2BWGA 2CFFA 2KZHA 1BWKA 3S1XA 1TV8A 2GUUA 2Y7EA 4UTIA 3GLCA 3W7HA 4UTJA 5AN7A 4UCGA 4MY9A 1KLZA 5I3IA 3GX9A 5AC7A 2F7FA 1KTBA 2VEMA 1ZHAA 3E49A 4UR8A 2TPSA 1FWWA 2WSQA 3K30A 3FFSA 4DEFA 1B57A 3GDLA 3MI3A 4OWGA 1K8YA 3P82A 3HOJA 3L21A 3SY5A 3PVFA 4CNOA 1KBIA 4JIPA 1R47A 1WBHA 4C1LA 3KRSA 4XUGA 2YX0A 1VGAA 1ONRA 2ZA1A 4J9JA 1ZAJA 4XWUA 4Y6GA 4O1DA 5CZJA 3IIZA 3SGZA 4N02A 3STCA 2E6YA 3W1PA 3TAOA 3PUOA 2ZZ7A 3NQAA 3GDTA 1TTQA 5HR6A 4O17A 3EWXA 1VLWA 3VNDA 1I2OA 3S6DA 3KAOA 2CZ5A 3EX4A 2ATMA 4PODA 1LRQA 3O07A 5CZ0A 5FEZA 3SR7A 1TQJA 3S1UA 1OYBA 1W3IA 2D73A 3BVJA 3OVQA 5I3FA 4MLJA 3P62A 4HKPA 4L4LA 3S42A 1LOQA 5I3KA 2FLIA 3M9YA 3R89A 2A7PA 1KW1A 1XI3A 2HMCA 3N14A 1TPB1 2QDHA 5K2ZA 5G2IA 3W22A 1W0MA 4QQ3A 3LRMA 1HL2A 2QAFA 5EPDA 3U8GA 1T99A 3A9IA 5G1YA 3B04A 3P7YA 1LBFA 4W9TA 1ML1A 3NQVA 4GNJA 3GXNA 3KXQA 4O4VA 5AHLA 2IQTA 3L2IA 4JS3A 5C54A 1C9DA 5F2IA 4GBUA 5I3GA 2R14A 1H60A 1FDJA 2F84A 1GYNA 1VR6A 1LM1A 1U83A 3MHUA 1A5BA 3FLUA 3THQA 2Z6IA 3E02A 1YTEA 5D03A 4O53A 3KVLA 2VENA 2ZRXA 4MIMA 4AVFA 2GPTA 1VC4A 3IGSA 4UC5A 5CPLA 3QQ1A 5G4WA 4XTDA 1L6SA 3QW4B 3F1QA 3A5FA 3NR0A 1IXPA 1TJRA 4BF9A 3NQ2A 1R2SA 2ZYFA 2X1UA 3Q94A 3HPZA 2RH9A 3Q2DA 3EX3A 1S3HA 1GTEA 2H8XA 1Q6OA 3NZ1A 3W84A 2OZ0A 3CB8A 1VJIA 1NAL1 1SZFA 1DQWA 3T40A 1ME7A 4UTMA 3HBLA 4Z1BA 5KTLA 1IIGA 4TO8A 3W2NA 2ZTKA 2I14A 2VEPA 5AOUA 4FNQA 1LCOA 5D09A 5F1VA 1OVDA 1YYAA 1QCWA 1PHQA 2QCDB 1BEUA 1WAUA 4N9EA 3NNTA 4M5PA 1I8JA 2EPHA 3EX1A 3FEMA 4NNCA 4JY9A 4Q4KA 4MZ1A 3DFNA 4P2VA 3PM6A 3GZ3A 2PCQA 3W7DA 2BTMA 1TRIA 1JUBA 1G7UA 1VYPX 2ZZ5A 4IQLA 1H50A 4WX2A 1ICSA 3GAYA 2YXGA 2CLLA 2OCZA 5AC8A 2QAPA 2YZRA 2E6AA 4A22A 4JN6A 1UBSA 1WYIA 4PEKA 4DXVA 4CCDA 3LCIA 3L67A 2DZSA 1KM0A 2C18A 5FF4A 1SZEA 5BMWA 1EX5A 3B0UX 2NXGA 1K8XA 3ANYA 4MY1A 1OX4A 1YDOA 1RQBA 3NG3A 2PC4A 4JNMA 2FFCA 3N2XA 3LTSA 5HULA 4FHAA 1P1XA 3QEZA 3S5OA 5K9DA 1KV8A 3KFTA 4O19A 2V2HA 4RJEA 3T7VA 2YPIA 4UTWC 1FWSA 2A1YA 1N7KA 5KZEA 4YL2A 3O6YX 3YPIA 1OK4A 3KVMA 5F4SA 1GYLA 1QOPA 1TPWA 2NXIA 1IGSA 3LV5A 3VFLA 1EWEA 3PG9A 4KKXA 4LVBA 4R33A 4BK9A 5KZMA 5CGQA 4UXDA 1RQHA 1XM3A 2ZA3A 2YW4A 3TROA 1YPIA 4ADSA 3HGJA 4JTSA 3L5MA 5DY2A 2PRLA 4EIVA 3C6CA 4BI6A 3CT7A 3Q37A 3UWQA 2EGZA 2GVGA 2BXVA 1H62A 1A53A 4O14A 3LRKA 1EEPA 3P67A 5LGXA 4I7WA 4O0KA 3B03A 2TMDA 4UTKA 3R2GA 3HG5A 3G3DA 3IV3A 1OK6A 3VE9A 1KTCA 1XDLA 2Y61A 2C15A 1TTIA 3EKLA 3C0JA 1L6YA 3I65A 3PBWA 1Q3NA 4TR9A 4Z0JA 2CU0A 4LVDA 4UTUA 2DZUA 1IF2A 5CPOA 1YXYA 1X6UA 3O63A 3WJXA 2C14A 3DHDA 3PS7A 1OF8A 1SW0A 3W2MA 1RD5A 1SZNA 3BW4A 2J24A 4DELA 2WKJA 3MP3A 4NJKA 1J4EA 4LT9A 3P84A 4BR1A 4UFHA 3S1VA 5IBXA 2QUVA 4X2RA 3IIOA 5KMYA 3TH6A 2FJKA 3W7KA 5HUPA 4NNAA 4H6KA 2JKEA 2EF9A 4ZQNA 3G24A 3LI0A 2CZDA 2TSYA 3DKLA 3NO5A 4BI7A 4PH6A 3A21A 4CNNA 4FX6M 6ALDA 2WNQA 4JTKA 2QCGA 2QCMA 2C13A 4BFAA 1XL9A 4O1BA 4Z1AA 2E5CA 3TSMA 3OBKA 1VH7A 2V5LA 3OIXA 3TX9A 1EUAA 1QPQA 1HFBA 2HS8A 4UTHA 4QM1A 2C16A 1RR2A 5C5YA 3DFTA 2PRMA 5GVJA 3M5ZA 1VCFA 3P74A 4C1KA 3UY8A 5DCBA 4RZ6A 4JYEA 4EOUA 3TC6A 1F05A 4ONVA 4RXFA 2RKXA 3N2MA 3ATZA 1EIXA 3PG8A 3QPYA 2QCEA 1D3GA 5I3HA 1TREA 3UXDA 1VQTA 4LY8A 4JTLA 2QKFA 3L0NA 4QNWA 3M0ZA 5K4XA 2QJGA 4RKAA 1GZGA 1YDVA 5A5WA 4LUJA 4B5NA 1TCDA 4WOQA 1O95A 5D2VA 3W1LA 3UWUA 3EB2A 1TIMA 1OABA 1JCYA 5EY5A 2GJLA 5LHEA 4X9SA 2FDSA 1YTKA 3ABRA 4AHQA 2G96A 4E0CA 2VEIA 1AW2A 3DI1A 3S5YA 1VYSX 5FF7A 4UTLA 4LRTA 4QJ1A 4MYAA 4WY0B 4DPPA 2ZZ3A 5F2LA 5HWNA 1PVNA 3SI9A 1QFEA 4HNVA 4CCEA 4O15A 3CLMA 4DO6A 5LGZA 4A2RA 1H7WA 4AXKA 2OJPA 4RZ4A 5D30A 3W07A 1KM6A 2DZVA 2Y70A 3W7PA 3DXIA 4Y8FA 1R46A 2OMAA 3QW3A 1L6WA 1SW7A 1HO4A 4RV8A 5CG7A 3NQCA 3P5ZA 2GVLA 4A21A 3TQ0A 3G1DA 4PFMA 1H61A 4K6AA 3WJWA 1X7FA 3C8FA 1G7VA 3BPWA 1KA9F 3N9RA 1ZCOA 3SGUA 4I7VA 3S5ZA 3ZS4A 1FWTA 1P4CA 5DXXA 3DH7A 3NYZA 3CC1A 1WQ5A 5DELA 4A29A 3LXAA 2FPTA 4QIUA 1LYXA 1IXOA 5CPNA 2WNNA 4R7JA 4AWSA 5AFDA 4ALDA 1IIHA 1YPFA 1VHCA 1EP2A 3UWYA 4LC8A 1TYGA 4JX6A 2ZRVA 3N19B 4HNUA 3NQMA 5BW6A 3NZRA 5G1TA 1LDCA 2VELA 4S1FA 3DGRA 5A8GA 3MHFA 4ADUA 2QJIA 3TU9A 1S5TA 2VFEA 3FOKA 2ATSA 1CW2A 4JD4A 3HB9A 3W83A 3LERA 3E0IA 2WV8A 1XDMA 1SO4A 3GKAA 1W5NA 1H51A 1MEWA 5FEPA 3L5AA 1W54A 1FUYA 3W2JA 4ADTA 4UTTA 2QF7A 3H55A 1OX4B 2V81A 3G1AA 2V2CA 4LVAA 1LBLA 4O13A 2G5WA 3NPUA 4OV9A 3ZR4A 3CEPA 3QPZA 5LSMA 2A2IA 2VKZG 4Y96A 3GYEA 4Q33A 1FXPA 1W5OA 1IXNA 3LBMA 5T26A 1I4NA 3W7NA 3NPWA 1P5BA 3N34A 5LNUA 3MP4A 3LBCA 3LX9A 3LV6A 1XXXA 4HSNA 2Q3OA 4FXSA 3G1XA 2Q8LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5IM51

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