5K2Z | Genus

Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	100
sequence length	277
structure length	277
Chain Sequence	SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__348536818755212__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__348536818755212__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5K2Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__348536818755212__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"348536818755212","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5K2Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__348536818755212__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e32d856ae3462f4c0b05e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e32d856ae3462f4c0b05e/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Structural definition of the lysine swing in Arabidopsis thaliana PDX1: Intermediate channeling facilitating vitamin B6 biosynthesis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus	100
structure length	277
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2016-05-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5k2zA00

5AHFA 1TREA 3RNDA 3Q37A 3TU9A 4K39A 3FKRA 4HIBA 3G22A 1EUNA 4JXCA 4XQ6A 2FPTA 1I2OA 3NXFA 4JEQA 5F2LA 4BF9A 1L6SA 1H61A 3C3NA 3E02A 4JNMA 3SGUA 2QCDB 2NWRA 3I7RA 4CCDA 2PRLA 3NM1A 4UNKA 4IUOA 3P7YA 2E5DA 3GR7A 2ZZ6A 3CB8A 3QZEA 4CQ8A 4FNQA 3TROA 1C8VA 1B4KA 3T7VA 1K8XA 1OF8A 2X1UA 5C6MA 1N8FA 3W71A 5TIMA 1F74A 4RV8A 3HG4A 4ZZ9A 2E5CA 3IGSA 1XKYA 4MJZA 2RDTA 1O60A 1MEWA 3QJAA 3HMJG 4WZHA 4BWLA 1FWSA 3M9YA 1AW1A 2NXHA 3NQ6A 4N9BA 3DFOA 3W7GA 4DO5A 4EOUA 3G1SA 2WO5A 4K8HA 3W70A 1ICSA 3FFSA 2DU2A 1QCWA 1DOSA 3LXCA 5LNRA 3DU0A 4G1KA 2E6YA 4NU7A 1WOAA 1MEHA 4KFNA 1LBMA 2ZRVA 5LGZA 1VCVA 3UYCA 1VQTA 2Z6JA 4PCFA 5D09A 5KMYA 3LCWA 1W3IA 2C13A 3QYQA 4ONVA 3LLFA 2PRHA 5HUPA 5K4ZA 1PCKA 2J9XA 4M7SA 3BLIA 5CPOA 3W1XA 4Y90A 2ZZ4A 2BWGA 4Z1CA 2J27A 1OABA 1X8FA 4NJHA 5I3GA 1VZWA 4DF2A 2Q3RA 2AQWA 5DLCA 4AAJA 1H60A 1S5VA 1EWEA 4JTKA 3CPRA 3S1XA 2YX0A 4GE8A 4UFHA 4XBSA 2JGQA 3TKFA 1LBLA 3MP3A 4O12A 3G1DA 3KVLA 5F2MA 1H7WA 2QDGA 5G5IA 3M43A 3PB0A 4MIMA 4UTLA 7TIMA 3EKLA 4MKNA 1TPDA 4AWTA 2ATMA 2R94A 4C1KA 2QCCA 4IPJA 1B57A 3IGUA 4NJGA 5DBTA 3IVUA 3W2NA 2X30A 1LOQA 5C5YA 3O06A 4NQ1A 1KM4A 3BW4A 3M6YA 3EX6A 3EEGA 3QW3A 3U8GA 5H2ZA 3FJLA 4RCXA 3EWWA 3LI1A 2B7QA 1D3GA 1QPOA 2YPIA 1FXQA 4M7TA 4JICA 4O0KA 3NQ2A 2CLIA 1QMLA 3BG9A 4LV4A 3N19B 1OX5A 4BFAA 1XCFA 2PE4A 2VFDA 1KFEA 3WJXA 4IGHA 3W2UA 1QDSA 3TK7A 5FF0A 4XTDA 1PL9A 1OFOA 3DFSA 1D3HA 4JIPA 4E38A 4JX6A 5IM51 3HGSA 1KM0A 3LXBA 4NJIA 4R33A 1YXCA 3WJZA 3LHZA 3H54A 5CGQA 3DFTA 3HGJA 2XFWA 1IIGA 4O52A 4W9TA 5I3JA 3SGZA 1V7YA 3SSJA 3INPA 1PHWA 3PBWA 4MUZA 2Y6ZA 5HR7A 3R5EA 2X1RA 3SIZA 1YXDA 1H7PA 3L0NA 2V2HA 1TV7A 1W0MA 2C1HA 2GJNA 3OG3A 3FKKA 5HR6A 3QW4B 1ADOA 2KZHA 3MW7A 2J9YA 1XBXA 4RX0A 5EA9A 3QSRA 3MMTA 4S2BA 1ZAIA 2JKPA 3QQ1A 3UY8A 2DZPA 2C3ZA 5AYXA 1A5AA 1GWJA 4FX8A 1A53A 3C2FA 3MP5A 3KX6A 1VLWA 3B04A 3U6WA 3TW6A 2C18A 1W5PA 4XZ9A 3O05A 1K03A 3W2JA 2QCNA 1QPQA 1YPFA 3C2VA 3C8FA 1GYNA 4DPQA 2VEKA 3G24A 4OU1A 4JTTA 3P5YA 1MZHA 5BMWA 3YPIA 2YFNA 3S0CA 2GQAA 1UUOA 1XI3A 3GDRA 3HOJA 3M1ZA 4N9EA 1VHCA 3L68A 4LRTA 2GVGA 3ZFHA 1WYIA 3O16A 4M6PA 4HNVA 3BG5A 3BW3A 3JR2A 3QMTA 1T8XA 3EWXA 1I2PA 3PC0A 1PS9A 1TRIA 2H8ZA 3CM4A 1V5XA 5AC8A 1F76A 4NT0A 2AAMA 1EWDA 1CX9A 2ZDRA 3BARA 3TE9A 4OHQA 3O1NA 3NM3A 3GAYA 3ANYA 4L4LA 3OVPA 4MZ8A 3BK0A 3W1QA 2B7NA 1F73A 2QJGA 3FA5A 5F1UA 4MFDA 1DJNA 3QSTA 1JCNA 2JKAA 1XC4A 4GUFA 3N9SA 3B03A 1W54A 3UWQA 4O1CA 3LHWA 2FQIA 4O19A 2QCDA 1VR6A 3R2GA 2YGYA 1OHLA 1L9WA 1M7OA 1YDVA 3W6YA 3L65A 1Q6OA 1TPWA 4PODA 3DXIA 3MYPA 3N14A 3NR0A 1KM3A 4LU0A 4GC4A 3PS7A 1EB3A 1Q6LA 3PBYA 3HF3A 3E96A 1TSIA 4UTTA 3QC3A 2GUUA 4FEZA 3SECA 3AO0A 3L2IA 3UY7A 3N73A 4Q4KA 1RZMA 1XDLA 1AMKA 3W22A 3O07A 1OF6A 3ZR4A 1H63A 4HNUA 3ABRA 3N2XA 3UXDA 3LI0A 2FPVA 1GTEA 1Q6QA 3NL3A 4NZFA 2ZQ0A 2C0AA 3HGRA 1M7PA 3FIGA 4LVBA 1W8SA 3UWVA 1MXSA 2CWNA 3TQVA 1SFJA 3NQFA 2B7OA 3F4WA 2VFFA 4HSNA 1TTIA 3F1QA 2DZUA 1SUXA 3LERA 5FF4A 1VYRA 4FX7A 3NAVA 5LSMA 3HB9A 1RQBA 3KRUA 1KFCA 3RMJA 5K9XA 1G4EA 1TPC1 3DFNA 3S5YA 3SZ8A 1R30A 2GJLA 3CWNA 5I3HA 3NPVA 3O6YX 4JDYA 3TW7A 4UMAA 1P0KA 3USBA 5DCEA 3G1AA 3DKJA 3BGGA 2B7PA 3M5VA 4ML9A 4MOZA 4U28A 3QMRA 4AXKA 3M41A 4K38A 3LHVA 2FB2A 1JR1A 3W7LA 2C14A 4AWSA 1ICQA 3W72A 3TSBA 1Z41A 1LROA 1OK4A 5DCDA 4O54A 3OHIA 4TO8A 1OVDA 1BEUA 3G3DA 5EMUA 1OFBA 2QEZA 2YR1A 4LUIA 4NUWA 3O63A 2Y63A 4OT7A 3RK8A 3LCLA 3G3MA 1TCDA 4RXGA 3CT7A 1KFLA 1JRCA 3H55A 2QUTA 4IMFA 1NEYA 1LYXA 2OCZA 1KM1A 1QFEA 2JGYA 3ATYA 3W7OA 4QSHA 2EHHA 4P61A 4FNRA 3CTLA 2A1YA 4PH6A 3FYOA 3M0ZA 5EKYA 1KA9F 2QDHA 1KFKA 4ORMA 1JUKA 3HO8A 2GVLA 1A5BA 2VC6A 3LGEA 2XN2A 4OQVA 3IRDA 2DJLA 1NF0A 3LOTA 4JTEA 2J88A 3AJXA 3P61A 4RLIA 2Z2UA 4O18A 2D73A 5CPNA 4NNCA 3PG9A 3W1MA 1TPVA 5D33A 4FX6M 1ALDA 3PBUA 3W1LA 2WNQA 2NUYA 3TFCA 5D2VA 3PULA 3W1RA 3IIXA 1TJRA 4LW7A 4EVZA 3IIOA 1D9EA 4KWVA 4K7VA 1J4EA 1VS1A 2DZTA 2FIQA 2ZA1A 4O28A 3HGOA 4X3ZA 2RHGA 1Z44A 4A29A 2YXGA 3TQ0A 1G4PA 2NV2A 1OX4A 2DZSA 4RR4A 4WXZA 3GNDA 4Z1AA 1WQ5A 4A21A 5MHBA 3DGRA 4FIQA 3GX9A 2E09A 3R8RA 3NPUA 1KM2A 4AHQA 4UNLA 1ZY9A 3L5LA 4QJ1A 3HPXA 3LXAA 5G2HA 4WOQA 4IX2A 1GJPA 3EKZA 3KVJA 4O53A 4BK9A 1TPB1 5H91A 1TTJA 4IMDA 4UFKA 1WOBA 1RD5A 3GXNA 4X2RA 4NX5A 1G69A 4KFPA 4CNOA 1O95A 2UV8G 2F84A 4GUHA 1J2WA 1OK6A 1DJQA 1K8ZA 4O4WA 1WAUA 5TBOA 5E1QA 1OYBA 2ZZ1A 4CNPA 1DVJA 4QIUA 1HG3A 4GBUA 4UUIA 3P60A 3LCXA 2O7QA 4MY1A 1SPQA 3W1NA 5KSWA 1XBVA 1FQ0A 3B06A 3M47A 4LVAA 2YYUA 1JJKA 3WK0A 1VH7A 1YTEA 2BZNA 3B0UX 1LZOA 3C2RA 3Q2DA 4D2JA 4AMAA 3BLFA 4RZ5A 4FNPA 4K6AA 5DBUA 4POCA 2YZRA 4RK8A 2CU0A 3LX9A 4FHAA 5D2WA 4NNAA 3PBVA 4K36A 3SJ3A 2OT1A 4YCPA 2ZTKA 3G8EA 3RU6A 3K30A 3QPZA 5LNVA 2H6RA 3NNTA 1SZGA 3W73A 4ADUA 2V2CA 2WQPA 2A2IA 1G4TA 1GVOA 4XBKA 5LZLA 4WJEA 1JCXA 2VKZG 1W3NA 1LRTA 1GTHA 4HN4A 3DFQA 3D0CA 2J6XA 1Z42A 4ADSA 4A2SA 1P1XA 3KAOA 4FNSA 3G0XA 4IMEA 4MLJA 2Y88A 1RQEA 3NL6A 4Z0JA 5DCBA 4UTJA 4FXSA 4JTJA 2BSLA 5F1VA 5C2XA 4PEKA 4I7WA 4IX0A 2CLOA 3RLUA 5HULA 3TC7A 4LY8A 3LTYA 3LHYA 4UIOA 2B0MA 2VFHA 2DP3A 1T96A 2WOQA 5GVJA 2FDSA 1S5TA 1FXPA 4JYDA 3CLMA 1OFEA 4N9DA 3NEVA 2OX1A 3HJZA 4LT9A 4UR8A 1FX6A 3G8RA 3N3MA 2HS6A 1R2SA 3A23A 1N7KA 4UMBA 1YXYA 3W85A 3KRSA 1J5TA 1AL7A 4JTLA 1XDMA 1JQVA 3LDVA 3ATZA 3MYOA 3S1VA 1OX6A 2XN1A 3W2MA 3STGA 3TV8A 1M5WA 1MO0A 2NX1A 3Q94A 5CSRA 2ZTJA 4Y96A 3E12A 4GJ1A 2IQTA 3W7MA 5FEWA 1BKSA 1WA3A 4LC6A 1IGSA 3I6RA 1SO4A 1LDCA 4LUJA 5C55A 1FBAA 1H7XA 3JRKA 3A24A 3IVTA 4ZQNA 3UZ5A 4UTMA 3LRMA 5LNUA 3W2KA 3DAQA 2QJIA 3EX2A 4IMGA 2FJKA 3BPWA 2RH9A 4WX2A 2QUUA 3MUXA 1VGAA 2QF7A 4FNTA 3B0PA 1FY6A 3W2LA 1W1ZA 1K7EA 1KBIA 3T44A 2QCGA 1ME8A 1EIXA 4GFSA 2P10A 3BGJA 2RDWA 1XUZA 4R53A 3PUDA 4DQWA 3WJSA 3EX4A 2J24A 1FDZA 3GR8A 4PC8A 5KZDA 1BWKA 3A21A 1RQHA 1FWTA 3B0VC 1BWLA 1FUYA 4UTWC 2Q3OA 3P82A 3MI2A 4O8RA 5D38A 2FTPA 3UXAA 3LBCA 3TMQA 4HNNA 1B9BA 1S5WA 4HPJA 1F5ZA 4WOZA 1ZFJA 4JX4A 4UFLA 4Z1BA 4KFOA 2BTMA 1L6WA 1P4CA 2WSRA 3IIVA 4MY9A 3STEA 3M5YA 3BLEA 4N9CA 5LGXA 2E6AA 1HO4A 1LOSA 3HPZA 1GG1A 5D32A 2VELA 1LRQA 4JTFA 2BLEA 4JTSA 1VPXA 3A5VA 2H3BA 4DPPA 4HT3A 1M6JA 1DBTA 2CLFA 1H7RA 1OFPA 1GVQA 3SW6A 2VEPA 1ZAJA 1SZFA 3OA3A 3KRZA 1AK5A 3ZWTA 1KM5A 3E49A 5C54A 2PRMA 3P5ZA 1DQWA 1OX4B 3P84A 3VFLA 2A7PA 3BO9A 1FWNA 4GXMA 4O1AA 3RF9A 3NL5A 2E68A 1B4EA 3U2OA 1RR2A 4MVAA 2BXVA 2NXGA 3FJ6A 3UQNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5K2ZA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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