5K7J | Genus

Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	247
structure length	240
Chain Sequence	PRYLKGWLKDVVQLSLRRPSFRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKSPSGLDVERDPIEYSKFMERYAVGLSILTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMADFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIGINDENDLDIALRIGARFIGIHSHNKENQRKLISMIPSNVVKVAAHGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKEFIL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__887391025745862__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__887391025745862__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5K7J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__887391025745862__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"887391025745862","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5K7J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__887391025745862__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e34a4e830ce68657cacb7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e34a4e830ce68657cacb7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e34a4e830ce68657cacb7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e34a4e830ce68657cacb7/pdb.gz): 1019 ms

reading 240 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

240 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:239});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Metal binding protein
source organism	Sulfolobus solfataricus (strain atcc 35092 / dsm 1617 / jcm 11322 / p2)
publication title	Probing the minimal determinants of zinc binding with computational protein design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Indole-3-glycerol phosphate synthase
total genus	90
structure length	240
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2016-05-26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5k7jA00

1B4KA 1LORA 3TCEA 3DFNA 1NF0A 3LCHA 4UTLA 1SZGA 4GNJA 1H7OA 3ABRA 4JNMA 5KZEA 3DFQA 3QPYA 3L21A 2X2GA 1A50A 4GXMA 5J5RA 5HULA 3UNDA 3V75A 2Y63A 3B05A 1H63A 5EA9A 4YL2A 1XI3A 3KFTA 1L6WA 3W7EA 1LBMA 4JYFA 4Z08A 3G0SA 3M0ZA 4H4IA 2Y88A 2ZRVA 2Z6IA 4DF0A 4RX0A 3DH7A 3M5XA 1K8ZA 3UQNA 1TQXA 5AHLA 1KLYA 1GVOA 1F76A 4LUJA 1FCBA 4S2CA 3W2LA 5F2GA 1H7RA 5FESA 2B7QA 4Q32A 5KSWA 5FEPA 1JCNA 3M5VA 4BI7A 3R13A 4JTKA 4JTFA 1QPQA 2YDAA 1YYAA 1KFLA 1RV8A 4MLRA 5HQEA 3E02A 4TMCA 1W5OA 1H5YA 3LTSA 1QNVA 3O63A 2FPTA 1Z44A 1NFBA 2ZZ4A 1YXDA 3IIPA 3NL6A 1TMHA 4FIRA 3W1AA 2ATSA 1TB3A 1R2SA 2HS8A 1TPB1 3BK0A 3GK0A 4IMGA 4NXKA 4LS1A 3L5LA 1K8YA 3I6RA 1MO0A 1OX4A 1N8FA 1HTIA 1H60A 2NX9A 2YXGA 1TV7A 1OYCA 3HG4A 3B4UA 2V2DA 1XC4A 3DGRA 3GVGA 3OG3A 5CG7A 4QJ1A 1W1ZA 2WQPA 5DXXA 3WK0A 2HS6A 4N2YA 4CNPA 1GYNA 1FDJA 2FPVA 2XFWA 1YADA 4ADSA 1J4EA 1A5CA 2R8WA 3W76A 3MI2A 2VENA 1SFJA 1C29A 4U28A 3T44A 1G7VA 1YXYA 1FWSA 3W1XA 3MP4A 4AHOA 5LGZA 4UMCA 3KXQA 4CQ9A 3D0CA 3H54A 4LC6A 4LVBA 4OHQA 2NXIA 4AF0B 2QCEA 1THFD 1P1XA 3MBDA 3O6DA 3GYEA 1G7UA 4XKYB 2E5CA 5FF3A 3GDRA 3LERA 3GDTA 2ZZ5A 1DQWA 4WY0A 3HPZA 2ZDRA 1SPQA 1DHPA 1DV7A 5G1YA 1A5SA 4MZ8A 1UJPA 2WKJA 1WA3A 2NXHA 5DCBA 3UPWA 3P84A 1ML1A 1B9BA 1LOQA 4M6QA 5CPMA 1K7XA 4O18A 3LLDA 3KVJA 3LOTA 2F7FA 4CCCA 4O17A 3DXIA 2V5LA 4UIOA 4NJGA 4QIUA 4MY9A 2R14A 4MUZA 3HPXA 4O11A 4LT9A 4UFHA 3VNDA 3W74A 5KINA 2IQTA 1GVQA 1LZOA 1QMLA 2AGKA 2G96A 1KBJA 3NQ6A 3LV5A 3NXFA 2V5BA 4JEQA 1SSGA 2VEMA 3S42A 3V1PA 1FDZA 4AWUA 2OJPA 3L65A 3LCGA 3VE7A 4DBDA 3O06A 3A23A 4HSOA 3QF0A 2D73A 2QCGA 2X1UA 3CIXA 1UB3A 3LDVA 3KX6A 4UFMA 2I1OA 1TTJA 3C4UA 5FF4A 8TIMA 4O1CA 3SZ8A 1N7KA 1TPVA 1OFAA 1IXOA 1XBZA 1W3IA 2QAPA 5D2TA 1I2QA 4HPJA 4OV4A 4JY9A 1FXPA 2BTMA 3TFXA 3W7PA 4FNQA 3UZ5A 3B0PA 2JGYA 3NZ1A 3I7SA 1VHNA 4DXVA 4JTLA 3TW7A 4K36A 4XBKA 1YDOA 5CSRA 3DFOA 3DZ1A 1W8SA 2CZDA 2GQ8A 5IBXC 2R94A 3C52A 3VI2A 1JCMP 2C1HA 2GQ9A 5AYZA 3NQDA 2NUXA 5DELA 1VGAA 3FKRA 2VC6A 4A3UA 1OG0A 1W3NA 3GAKA 4O28A 5AC6A 4R7JA 1FDYA 4W9TA 1P5BA 1TRIA 3C2FA 3M6YA 1GJPA 2C14A 3FIGA 3HGJA 4WOZA 2GPTA 1VYRA 4P2VA 2VFEA 1TSIA 4JX5A 3C8FA 4WD0A 2CWNA 4N9EA 2H8XA 1HFBA 4WX2A 3GAYA 3TC6A 3UD6A 5H2ZA 2CZ5A 3GNNA 3UYCA 3WJZA 3TX9A 2J9ZA 4IQLA 2VFFA 1RPXA 2DZTA 3TU9A 3GDLA 4HNTA 2E68A 1JCJA 2P10A 3BG3A 1W37A 1SQ7A 3W7OA 3H53A 3OVPA 4KFOA 1ME7A 3PUEA 4K6AA 2V8ZA 3IIOA 5ABTA 4OGZA 3T55A 1OYAA 1PE1A 1PCWA 3DAQA 4GBUA 4O52A 2ZA1A 3RMJA 3UWQA 1ICSA 2ZYFA 4MZYA 2DZVA 2H3DA 4LU0A 4O1AA 1J2WA 2NX1A 1FXQA 3LHTA 4ZQRA 1XL9A 4O53A 1F05A 3TJXA 4CLMA 1VCGA 4FNRA 4DF2A 4RXFA 4FEZA 2GUUA 4UTJA 4DQWA 3GR8A 1KM1A 3CHVA 3O6CA 3W7LA 1FWRA 2W79A 3SGUA 2B7PA 1MEHA 4GUGA 3HMJG 2QCDB 3IVUA 4JTEA 5HJLA 2NLIA 2CLIA 3KRSA 3HB9A 3S5NA 1Z48A 3LI1A 1ZALA 3W86A 1TTIA 3W1RA 4E2BA 1HG3A 4RXGA 4FNPA 4IOTA 3U2OA 2A4AA 3DKLA 4JIPA 5D03A 3IGSA 4FF7A 3W70A 2ZRXA 3W07A 3S0CA 2ZTKA 2A5HA 1XBYA 4IX0A 3BGGA 3QRHA 3L0KA 3T40A 2Q8LA 3PUDA 3SGZA 1OFDA 4BI5A 3A5VA 5A8GA 3G0XA 1XKYA 3GXTA 2PURA 3KVMA 2WSYA 3PUOA 4RLIA 3HG3A 3P62A 4QNEA 4UTWC 1A5AA 3TSDA 5I3FA 1XBVA 5AHFA 3HBLA 1K3UA 5D2YA 4AB4A 2FB3A 1RQBA 3KOFA 3KRUA 3MYOA 2JKEA 2V81A 2BWGA 3G1SA 5G4EA 1XDLA 1JRBA 3W75A 4IWWA 3A22A 1A53A 1EX5A 4A2SA 5C55A 2C0AA 1IXQA 3M7WA 3P82A 2NWSA 1GG0A 5G1TA 3BW3A 1QAPA 3RF9A 1AMKA 5HMSA 3P5ZA 3LB0A 3IGXA 3CQ0A 4Z0JA 3R89A 2NV2A 1FBAA 3KVKA 2Z0IA 1S5TA 3P61A 3A9IA 3QMSA 2E5BA 3NPUA 4LV4A 3I7RA 3SIZA 1DORA 1VPXA 5K4ZA 1WV2A 1BWKA 3RNDA 3HOJA 2V2HA 5CGQA 3MUXA 1KM0A 4GRSA 5EY5A 3ANYA 4DO4A 2E5DA 2ZRZA 2CZFA 1IF2A 2VFDA 5AHMA 3AJXA 5CKSA 2JK2A 3MI6A 3O16A 3NL5A 2V2CA 2XN1A 4XTIA 1ALDA 3PAJA 2CZEA 3W2UA 1OFRA 4QNWA 3FJ6A 4OU1A 5FEWA 1VZWA 4JDYA 4Y9AA 1LLWA 1T96A 2J24A 1TQJA 3N3MA 4J9JA 3UWUA 2DZPA 3T78A 3ABSA 1WAUA 3ATYA 3NPVA 1WDWA 3MI3A 1QPRA 1CI1A 1MXSA 3R2GA 3C2EA 1W3TA 1JR1A 4JYDA 3LTYA 3DKJA 4MPQA 4BI6A 5FI8A 4DO6A 1EB3A 4GFSA 5HUPA 3NQVA 3G24A 5I3HA 3G1HA 2FDSA 4K8HA 4MFEA 4YCOA 3Q58A 5KTLA 4FHAA 1M7PA 4M7SA 6TIMA 5CSSA 5HINA 1X8FA 3TSMA 3HQ1A 1FCUA 3IGUA 4LS2A 4HIBA 1B3OA 1ZNNA 4IUOA 4Q4KA 3GX9A 5D2VA 1SO5A 5BNKA 1IGSA 4YLWA 3BARA 1ME8A 1VCFA 2YCEA 2A21A 4P61A 1T0OA 4X9SA 2A2IA 3W7GA 2ZRWA 2J6XA 4TR9A 3NOEA 4I7UA 3GDKA 3NL3A 5LSMA 4NT0A 4UXDA 3MO7A 3C2RA 3NZRA 3W2KA 4UMAA 2WV8A 4QSHA 5K7JA 2Y89A 4JYEA 1G4PA 1PV8A 4Z1CA 2ISWA 4UTIA 3ELFA 1V7YA 3S6DA 3W88A 4E38A 4X2RA 3RFAA 3NDOA 3Q37A 4PA8A 2I9EA 3TW6A 4A29A 2BZNA 1KM5A 5DBUA 3TROA 4PTNA 1TCDA 3STEA 4CNOA 2WOQA 4ZVJA 3THAA 1WYIA 1G69A 1OFBA 2E6DA 3CT7A 1AL7A 4LOCA 3NG3A 3S5YA 2ABAA 5K4XA 1I8JA 2ZFAA 3S1WA 4O4VA 2E09A 4LVGA 1FY6A 3MWAA 3MP5A 4UFLA 4MY8A 3B0VC 4O15A 4LVAA 5DCEA 2ZTJA 2V82A 3G1XA 3SFKA 2CLEA 3N73A 3PG8A 2Q3OA 3O15A 1P0KA 3CPRA 3EKZA 3SR7A 1LOSA 1WOAA 1H51A 2QJHA 4FIQA 3TNOA 3N2MA 3ATZA 4D2JA 4K37A 3N19B 2QDHA 3ZWSA 2QCMA 1OX4B 1LBLA 2YYUA 3L5AA 3S8HA 3EWYA 2YGYA 1LBFA 3L68A 4AWTA 3EEGA 3TKFA 4NZJA 3C56A 2WSRA 3W2JA 2OT0A 5HNRA 1O4UA 2YFNA 3F1QA 1FWTA 2QCCA 5A5WA 3F4NA 4OBTA 5C6MA 4JX4A 1RQHA 3JS3A 2DU2A 4NJKA 2TYSA 4TIMA 2PRMA 1R46A 2QJIA 2Z2UA 2H8ZA 3LXCA 4IX2A 5I3KA 2Y85A 3L67A 4LRTA 2A85A 3E49A 1W5MA 1GWJA 5LNSA 2WPBA 2NWRA 1W5NA 1TTQA 3GDMA 2YZRA 2BSLA 1L2UA 4MZ1A 5E1QA 1MEIA 5G2HA 1OFQA 3OVRA 1AW1A 1TJRA 5KZMA 5IM51 3G22A 4ZMGA 1R2TA 1KBIA 3EX6A 3FKKA 4JGDA 1TTPA 1DQXA 2ZZ3A 1DVJA 1GTHA 3EX3A 4ORIA 1H62A 4LWWA 5HUOA 3LM7A 5LHEA 1P4CA 1QO5A 4HPXA 4R53A 4ONVA 4WXZA 1FWNA 3A21A 3P8JA 5BRBA 2DORA 4AMAA 1YDNA 4JR5A 1GPWA 5CPOA 2QEZA 2VEKA 2ZZ1A 2QJGA 3Q2DA 1LRNA 4M19A 2BLEA 3PBWA 1ONRA 3QYQA 3PVFA 4LVDA 3DI0A 1FWWA 1VC4A 3ZR4A 2NUYA 2X30A 5LHFA 4GUFA 4WY0F 3W1MA 3G3DA 3WK1A 1SUXA 1SZFA 3B06A 1OF8A 5F4SA 1F7BA 3CWOX 1YPFA 4A21A 3RLVA 3BW2A 4FX8A 5D05A 3W71A 3W84A 4ALDA 1SFLA 1Q6LA 1R30A 3NA8A 3EWWA 4RJEA 5K9XA 2O7SA 3WFAA 1OFOA 2OCZA 4NUWA 4RK8A 3W7HA 3W7CA 3W83A 1I2NA 1LTDA 4FB7A 4LUIA 2WNNA 1E51A 1W31A 4XKYA 2RDWA 5TQLA 3CM4A 3FOKA 3M41A 4S1FA 1GT8A 3THQA 3BG9A 4O0ZA 3TMQA 1EUAA 1VH7A 2RDUA 2YFOA 3OBKA 4GUJA 3W1TA 1KFKA 5HWMA 4N02A 4ZZ9A 1YXCA 3K30A 5DN1A 3W7DA 3FEMA 3NR0A 3B04A 4WOQA 1W5PA 3QEZA 1BKSA 5AYYA 4IPIA 1O94A 1OK6A 5AHNA 2O7QA 3UY7A 4K8EA 1KM2A 4ZQCA 3C2OA 3UWYA 3WJXA 3FYPA 3GLCA 3L66A 3IEBA 3TJLA 1SR9A 2CLMA 2J27A 2WO5A 5LNVA 4UUIA 2Q3RA 3MJYA 1OYBA 4BWLC 3QFEA 1FCVA 2JKPA 1VLIA 1ZY9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5K7JA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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