5KSW | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	306
structure length	306
Chain Sequence	NRLSVKLPGLDLKNPIIPASGCFGFGEEYAKYYDLNKLGSIMVKATTLHPRFGNPTPRVAETASGMLNADGLQNPGLEVIMAEKLPWLNENFPDLPIIANVAGSEEDDYVAVCAKIGDAPNVKVIELNISCPNVKHGGQAFGTDPDVAAALVKACKAVSKVPLYVKLSPNVTDIVPIAKAVEAAGADGLTMINTLMGVRFDLKTRKPVLANITGGLSGPAIKPVALKLIHQVAQVVDIPIIGMGGVESAQDVLEMYMAGASAVAVGTANFADPFVCPKIIEKLPEVMDQYGIDSLENLIQEVKNSK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5675165234255477__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5675165234255477__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5KSW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5675165234255477__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5675165234255477","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5KSW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5675165234255477__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e3e85b9deaad65aeb60ff/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e3e85b9deaad65aeb60ff/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e3e85b9deaad65aeb60ff/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e3e85b9deaad65aeb60ff/pdb.gz): 487 ms

reading 306 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

306 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:305});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Lactococcus lactis
publication title	Isoleucine 74 Plays a Key Role in Controlling Electron Transfer Between Lactococcus lactis Dihydroorotate Dehydrogenase 1B Subunits rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase
total genus	97
structure length	306
sequence length	306
chains with identical sequence	C
ec nomenclature	ec 1.3.1.14: Dihydroorotate dehydrogenase (NAD(+)).
pdb deposition date	2016-07-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5kswA00

1H7NA 2Y63A 3S6DA 5C6MA 1R2RA 4FXSA 4M6VA 3N2XA 4LV9A 3NAVA 4UNLA 4Y90A 1UB3A 3S8HA 2A5HA 2RDTA 1D3HA 3ABQA 3THQA 1FBAA 1F2JA 3LCGA 3MYPA 4MUZA 2Q8ZA 4J9JA 3UZ5A 1PL9A 2FLIA 2CLEA 4A22A 3QYQA 4JTIA 3KX6A 1HO1A 2CLFA 1QO5A 2FFCA 1Q6LA 2WNQA 3QZEA 3M6YA 3LDVA 2VXNA 4QSHA 3NQGA 3CWOX 4ZL1A 6ALDA 3GKFA 1IGSA 1Q6RA 3HGJA 2EPHA 2NWRA 3W86A 3W84A 2V9DA 5EKYA 3VE7A 4FNSA 4LS1A 1OFEA 3U2OA 3GB6A 2B7OA 4GC4A 2WKJA 1SO4A 1FY6A 4E2DA 1G4SA 1UCWA 1OYBA 4UNKA 2GPTA 3P5ZA 1V7YA 5D33A 3I65A 1QO2A 1TPVA 3H54A 1QMLA 4LOCA 4Z1DA 4NXKA 3OVQA 2XN2A 5CSSA 5EY5A 3NNTA 3U6WA 3W75A 4R33A 2QKFA 5D32A 3VFLA 3PY2A 1GZGA 3UWUA 2DZVA 3LX9A 3ZFHA 4KKXA 4PL2A 4N4QA 2EF9A 3C56A 1AW5A 4WY0A 3W7IA 1H7WA 2GQ9A 2PRHA 4UFLA 4L4MA 4LVGA 5K4XA 1SSGA 3HO8A 3WK3A 3OVPA 2ISVA 4EWND 3W1UA 3FKRA 3KVMA 3QH2A 4CCEA 2WV8A 3P81A 3A24A 2V8ZA 3TQVA 5D02A 4O4WA 4HNNA 3B4UA 2Y70A 1A5CA 1UUMA 1JUBA 5AHMA 4JYDA 3SJ3A 4QQ3A 2NUYA 4E0CA 2NXGA 1I8JA 1JQVA 2I14A 4U4MA 4JTKA 4XQ6A 2BWGA 3FIGA 2B7NA 3LERA 1RV8A 1GG1A 4JTSA 3NQEA 4O19A 5AC6A 5L6UA 4GUGA 1TPB1 3NQ6A 2CLHA 3BGGA 3DBPA 4KWVA 4DXVA 3W72A 2ISSA 5K4ZA 3FJLA 3T55A 2V2DA 5HWNA 3L67A 2Y7DA 4BK9A 4JTHA 3EXRA 4ZQMA 2BLEA 4JTTA 2QJIA 1L6WA 2NV1A 1GTEA 1TJRA 1F05A 1TO3A 3O6CA 4NNBA 1F7BA 1VHCA 3M44A 1IXQA 1R47A 3M7WA 4O18A 1DORA 1YTEA 3FJ6A 1MXSA 3RF9A 1N8FA 5D2TA 2GJNA 5J5RA 3KRZA 3VCRA 2RHGA 4MPQA 4UR8A 5HULA 2WSQA 3M9YA 3EWZA 4LVAA 2E77A 4GBUA 2ZZ5A 1QCWA 4LUJA 1SZGA 4IJBA 3NL6A 4S2CA 4OGZA 3MJYA 1OK4A 4LRSA 3NPXA 4MVAA 1YTKA 1WV2A 1JULA 5E1QA 3RU6A 4ZZ9A 1LOLA 3R13A 5EA9A 3N19B 5E93A 3ATYA 1VGAA 3PUEA 2Q8LA 2QCFA 3PBWA 4JTGA 1M6JA 5D03A 2EKCA 3T44A 2H3DA 2QEZA 3GNNA 5KZMA 2EHHA 3TQKA 1LYXA 3W73A 4MZ1A 2P1FA 4GUJA 1KFJA 1G69A 1H51A 2H8XA 3M43A 2C14A 4NZFA 3O07A 3BLEA 4XTIA 3CU2A 4CQ8A 4I7VA 2XN1A 2FB3A 5G1TA 4MY9A 1TPFA 3W74A 2Z6JA 4Y96A 1GTHA 5CZTA 5BNKA 1K3UA 2ZFAA 3L21A 2GVJA 4E2BA 5AHLA 1SUXA 4K39A 3HQ1A 3N3MA 3FFSA 5D2XA 2PCQA 4RZ4A 5AHIA 3F1QA 4G1KA 3UPWA 3QMTA 1LDCA 3EB2A 1H1ZA 4OWGA 4O50A 3PVFA 5D2VA 2Q3OA 5C55A 3PBUA 4IOTA 1QFEA 3STFA 4MIMA 3GX9A 3UWQA 2J6XA 5HUPA 5K9XA 1GG0A 2O7SA 3W7PA 3TDFA 3G1VA 3ZWSA 4ZMGA 3MYOA 3W7MA 4ZVJA 3TX9A 1JCJA 1F76A 1FWRA 5F2LA 1W54A 1JRCA 3L65A 4IXXA 4GXMA 1K7EA 4GRSA 1A5AA 3DFQA 1KTCA 2C6QA 4LW7A 3IGSA 2CZDA 3UWVA 2NXIA 4XBSA 4BFAA 1DL3A 3LHWA 4FX8A 2IQTA 3PS7A 1OYAA 3ABRA 3TSMA 2GQAA 4ICNA 3WJWA 3QSTA 4GFSA 3NQCA 4O52A 5HNRA 5SWUA 2DU2A 1PCKA 4DBEA 3P61A 1SO3A 2NX9A 3W1QA 3NQAA 1SZFA 3S1WA 1XDLA 3R89A 1QNVA 3SECA 3TIMA 5CPLA 2Y7EA 3LRLA 5DCDA 4Z0JA 3M41A 4NNAA 3LGEA 1R30A 4UFJA 4BI5A 4P2VA 5LHEA 4NJHA 1ZFJA 3RLUA 3B8DA 3M5VA 5BRBA 3VKJA 2JKEA 4NUWA 4AHPA 5CG7A 1YDNA 4O11A 3PB2A 3S5ZA 1C29A 1ME8A 3W7OA 5TBOA 4Q33A 4UCGA 3I7QA 1X1OA 4XWUA 1YTDA 3M0ZA 5LKYA 5DCBA 4LUIA 3W9ZA 3QJAA 4AEOA 2CFFA 1R2TA 2E1DA 5KTLA 1H50A 2DZWA 3B05A 4HNTA 3HPZA 3HPXA 1VLIA 3G8RA 2VKZG 3SGUA 1VCVA 3MBDA 1VR6A 2ZRUA 3IIVA 2LLEA 4MFEA 4RCXA 4A29A 2NX3A 3W7QA 4JY9A 4X9SA 1IIGA 1NSJA 1LLZA 1L2UA 3L2IA 1OFRA 5U7SA 5F4WA 4UMBA 4CNNA 3W85A 1I2NA 1YADA 1H7PA 2X2GA 2VFIA 4IMGA 4LU0A 4IQLA 4N02A 1H7RA 1TPEA 1EUNA 1VJIA 3MI2A 3W2JA 1XI3A 3SSJA 4M6QA 2WNNA 1JVNA 1VCFA 3LHVA 5AYZA 3IIOA 5DXYA 4QM1A 2A6NA 4Y8FA 1W5MA 4RZ5A 3NPVA 4IUOA 4BI6A 3NVTA 3S5YA 3T78A 1GVRA 5KMYA 1NFBA 3SY5A 3W2UA 4JTUA 3A23A 3NPWA 1KV5A 4UTWA 3G8EA 1H1YA 3NG3A 3MUXA 2J88A 3LLFA 1EX5A 4CQAA 4UUIA 1ICPA 1W3NA 2YZRA 3PUOA 4P61A 2YDAA 5LNVA 3DFNA 3LXCA 1B57A 3L5MA 4LVBA 3UWZA 3STGA 2E5CA 3UY7A 4ZQRA 5TIMA 2OCZA 3R2GA 4JN6A 2A85A 2E5BA 5I3IA 2NX1A 3BGJA 4HHPA 3W2MA 1W5QA 1QAPA 1IIHA 1EWEA 1R46A 1K7XA 3LHZA 3H55A 1TPDA 1XFBA 2JKPA 4O53A 3C2RA 4UFKA 1LOQA 3GK0A 4DQWA 4RLIA 4JYEA 3G1SA 4IMEA 1NEYA 5GVJA 4AWSA 2OT1A 1FDJA 5BW6A 1GOXA 3ELFA 4AHOA 2YCEA 2QCDA 1JCLA 1H7OA 4FB7A 4OV9A 5DY3A 2VEKA 3S1XA 3V75A 4AWTA 3LCHA 4K8EA 2QR6A 3S5NA 5F2MA 3TE9A 1ONRA 5H91A 3LI0A 3G1FA 3W2KA 3B0PA 3FYOA 2W79A 1VQTA 4K8HA 3HF3A 1TTJA 3GR8A 5KZDA 3O6YX 1PE1A 4NJKA 1GYLA 3KVKA 3NL5A 4M7TA 3W1XA 2NXHA 1T0OA 2ZTJA 2PRMA 5F4XA 5FEWA 4LS0A 4I7WA 4IMDA 2Y62A 4KWWA 1J2WA 3DAQA 2ZZ1A 2WNZA 4RXGA 2EGZA 3O1NA 3KRUA 1H7XA 2QJGA 1OYCA 4HNUA 4NX5A 5KSWA 1LCOA 1YXYA 5AFDA 1Y0EA 2CLOA 4O1AA 3RNDA 5G2HA 4HIBA 2J27A 4XBKA 4MYXA 2QJHA 2NZLA 3NQ8A 1SR9A 4HT3A 3B04A 3TROA 2HTMA 4TMBA 3OG3A 1A5SA 3A21A 4UIOA 2ZRVA 3W2LA 3JR2A 3FYPA 1ME9A 2CLLA 4FNPA 2P10A 2H6RA 3CWNA 3O6DA 3MHFA 3EX3A 2QF7A 1ZNNA 3PAJA 1W8SA 4JX5A 3SGZA 4YCPA 2QAPA 3F03K 3G0UA 2ZZ7A 8TIMA 3G1YA 2C16A 4N9BA 5FF7A 1OG0A 2ZA1A 1H62A 3EKZA 2B7PA 1ML1A 3TQ0A 4OHQA 2X1UA 5DCEA 1TTIA 4C1KA 3O06A 4H4IA 3BLFA 3TAOA 4A21A 3PSVA 1AL8A 4JDYA 4XUGA 1LBLA 1ZCOA 4N9DA 1GT8A 5HWMA 3KVJA 4EVZA 3LHUA 3P80A 1TMHA 1KFLA 3UXAA 2NLIA 3SR7A 4AVFA 2ZTKA 3BLIA 2TYSA 4ADUA 4UR7A 1VLWA 3GDLA 4ORIA 1P1XA 3IIZA 5BMWA 1KM5A 4H3DA 4WXZA 4RKAA 1XBZA 4HPXA 2CWNA 4Z08A 3P7YA 4I7UA 1UUOA 1F6KA 2CLKA 4NXSA 4O0KA 1PCWA 1SFJA 5DXXA 1VHNA 3QW3A 3N73A 3C52A 2I1OA 3INPA 4AB4A 1PHWA 1VYRA 3THAA 3TFCA 3TR2A 3QEZA 3T7VA 5C5YA 1LP6A 1EP1A 2HSAA 4N2YA 3T40A 3NQ2A 1IF2A 1OVDA 1SSDA 4JYFA 1TV8A 3H53A 3KXQA 3HMJG 3Q2DA 2HMCA 2A6LA 3GIYA 1H61A 3EWWA 2XFWA 1VZWA 3A5VA 2OJPA 3GDRA 3W71A 1GYNA 3W1TA 5T26A 2X30A 3F4NA 5D37A 7TIMA 4NU7A 3GDMA 3L5AA 3KOFA 3SW6A 4CCDA 3OIXA 2YFOA 3PULA 1B4KA 4PCFA 3UWWA 1XDMA 3C6CA 1XKYA 2J24A 3TMQA 5DN1A 2B7QA 2B0MA 3P74A 3PSWA 4K36A 3W7KA 4HPJA 4B5NA 1Z42A 1WQ5A 3DFPA 2VFDA 3CT7A 3PC0A 3DHFA 1WDWA 3QQ1A 3QRHA 1LLWA 1X6UA 4YMZA 4Z1CA 4M6PA 2WO5A 3MP3A 3NZRA 4DO5A 1HFBA 4WZHA 3EX4A 1IXPA 1O60A 2QCEA 4NNCA 1AW2A 2V2CA 1QR7A 2JBMA 2QDHA 3CB8A 1JCNA 4FEZA 3W7LA 1TRIA 1JCYA 4JICA 3HG2A 3NDOA 3BG5A 1LTDA 1SFLA 5DELA 1F5ZA 2YPIA 1JRBA 2ZCGA 3C61A 4RXFA 4TX9A 2F7FA 3QQ0A 1BWKA 3NO5A 4RZ6A 1ZAHA 3HG3A 3TJXA 2E09A 4HN4A 1FDYA 1FWWA 3PG9A 5EMUA 4HSNA 3CLMA 1ZENA 2H90A 2TPSA 2YSWA 1ZJIA 4ML9A 2ZBTA 4Q4KA 3G0SA 1KTBA 3TC7A 4AF0B 3PG8A 1WOBA 5TQLA 4CLMA 3N9SA 5I3HA 1EA0A 1G7UA 2JK2A 3DU0A 5FESA 4JD4A 3MP5A 5HMSA 4N6EA 5K9CA 5HQEA 4UTWC 4D2JA 2CZFA 4S1FA 3F4WA 3NL3A 4AWUA 5F4SA 1K8XA 3LHTA 3W7CA 3TW6A 1YDVA 3O63A 1TTPA 1MO0A 4IX2A 2QUTA 2FDSA 3W7RA 2E68A 4BI7A 1DJNA 4GUIA 4JGDA 1YDOA 4LVDA 4MY8A 4N4PA 3GYEA 4PC8A 5EYWA 2C19A 4WOZA 2QUVA 4TO8A 1RQHA 1XL9A 2QCNA 3TKFA 3NQVA 2DORA 4LTSA 5AHEA 4PH6A 3LRKA 1Z48A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MP4 A;  2QCL A;  2R1M A;  1GQJ A;  4RV8 A;  4XZL X;  3WLT A;  3NGJ A;  1EQC A;  3PZQ A;  5E0C A;  3VGH A;  1RXO B;  2Q8X A;  3GH7 A;  3L4W A;  2UY2 A;  1OX4 B;  1OX4 A;  4HGX A;  3B0X A;  3AXH A;  4QG9 A;  4DO6 A;  2C8N A;  1V3H A;  4UFM A;  1L0P A;  1GOK A;  1DWH M;  2BS9 A;  2BNJ A;  1QBB A;  2GDU A;  4B3L A;  2VP8 A;  3BMX A;  2XVK A;  3DG7 A;  4X3Z A;  4ZR8 A;  4DXX A;  5IDI A;  1PIG A;  4DNH A;  6TIM A;  2X7V A;  5G5I A;  2FJU B;  1Z3N A;  4TMC A;  4CD8 A;  1W3I A;  5GQB A;  5G1Y A;  3VGF A;  3ITG A;  3E5P A;  4XUY A;  1ZHA A;  1FHL A;  4D72 A;  4P7Q A;  1B9Z A;  2YYT A;  1RQB A;  1LBF A;  1EDT A;  4FX7 A;  1G4T A;  5D30 A;  1QWK A;  4FIR A;  3NQF A;  1W91 A;  2A7R A;  5E70 A;  2C1H A;  4QS6 A;  4CEU C;  3YPI A;  4PTX A;  4X0N A;  3IV3 A;  2FPV A;  3EDF A;  3QPY A;  3UZW A;  3KVL A;  1EEP A;  4J5N A;  4UOZ A;  1EF3 A;  4GKT A;  5A95 A;  2VUR A;  2GUY A;  4MDP A;  1XRT A;  5FOO A;  2CLI A;  2TOD A;  4JDB A;  4J3V A;  2X1S A;  2R14 A;  3APY A;  3SAD A;  2VCA A;  1CLV A;  1CZ1 A;  3ZJ8 A;  2PC4 A;  1I2Q A;  4S3J A;  4CQ9 A;  4LNC A;  4GD0 A;  3LHY A;  2XPK A;  3K1G A;  2TSY A;  1Q3N A;  2C13 A;  1DP0 A;  1SYT A;  4UTT A;  4GOA A;  6XIA A;  1S1R A;  4A4A A;  5JBF A;  2OQY A;  3BAX A;  4QG8 A;  1FQ0 A;  1G4E A;  4GY7 A;  2G3N A;  3BLK A;  2AGK A;  4FR6 A;  4X63 A;  2C0A A;  3F4D A;  1GJP A;  1ADO A;  1O5X A;  2VM8 A;  3ZLG A;  1XWY A;  1VFT A;  4GUH A;  4E4F A;  2YXO A;  4RE2 A;  5K7J A;  2RJG A;  3DES A;  4JFU A;  3VK5 A;  1JIB A;  2ZUW A;  2YL5 A;  2IMR A;  4QLL A;  2NQ5 A;  3B9N A;  3APT A;  4PUL A;  4CNP A;  5I00 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5KSWA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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