5LKYA

X-ray crystal structure of n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, with the phenylalanine at position 190 replaced with the non-canonical amino acid dihydroxypropylcysteine.
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
291
structure length
289
Chain Sequence
KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extending enzyme molecular recognition with an expanded amino acid alphabet.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus (strain nctc 8325)
total genus 119
structure length 289
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lkyA00
3QMTA 4MYAA 5AHFA 3TJLA 3W7CA 1DORA 3SZ8A 1P4CA 3TQVA 1ZHAA 1V5XA 1I2RA 4IMFA 4UTIA 3NM3A 1IGSA 4IXXA 1PVNA 3OEXA 2Q8ZA 1ICSA 1N8FA 1XL9A 4LW7A 1KA9F 2J9ZA 2QCMA 1TPEA 3P84A 4HHPA 1TPH1 3Q2DA 5AFDA 4DBEA 2TSYA 1UJPA 5IBXC 1KBJA 1ZAHA 4OWGA 4JXCA 2WNZA 4KKXA 5D32A 4ZQPA 2AQWA 5G2IA 5F1UA 3S9YA 5F4WA 3UWWA 1M6JA 3HMJG 5EKYA 3DI1A 4ZQCA 3TIMA 5G4WA 2V82A 3A24A 1NF0A 5LGZA 3FS2A 3H55A 1YXCA 2ATSA 4O4VA 4NU7A 1H61A 4L4MA 3B06A 1GPWA 4DQWA 3GR8A 2RDWA 2DP3A 3LCIA 3LX9A 4XWUA 1BTMA 4FEZA 1YPFA 3LM7A 1DJNA 2RFGA 1YTKA 5C55A 5DY2A 5H91A 1DBTA 1AL7A 4JY9A 3LBMA 3M41A 1SW7A 4WD0A 4FF7A 2WPBA 2NUXA 2WNQA 4ADUA 3A5VA 4J9JA 4JTFA 3A22A 1KTNA 1KLZA 1H63A 3V1PA 4AEOA 4UTJA 4WOZA 3NQ6A 4RK8A 5FEPA 5DBTA 3FA5A 4LWWA 3W1PA 3N2MA 4K6AA 3ABOA 2Y7EA 2X1RA 2C14A 2ZQ0A 3P82A 5KMYA 3G3DA 4ML9A 3LLFA 3S5ZA 1W3NA 3E96A 4JDYA 3EX3A 3B03A 4IXHA 4MVAA 5HINA 1KBIA 1S3HA 3W7EA 4HNTA 4I7VA 1MZHA 3P61A 3NAVA 4NJKA 4FX8A 3F1QA 4PEKA 1TTPA 4HNVA 1SO3A 2A21A 3EXSA 1G4SA 2P1FA 3IVUA 2ZRVA 5DBUA 4JYEA 3YPIA 4CNPA 1DL3A 1TTIA 4XBSA 3HBLA 4NXKA 3HJZA 5DCEA 2X1TA 5IBXA 1TSIA 4IQLA 4IWWA 5TIMA 3LCWA 3TAOA 3FOKA 5I3GA 1P1XA 4XBKA 4FXSA 2GVLA 1J2WA 4YCOA 4R34A 1I4NA 6ALDA 2D73A 4JX4A 2Q3RA 2E5CA 1SFLA 2J27A 4O0ZA 3KOFA 3TE9A 3WK1A 1KFEA 3OVQA 3LHTA 4LUJA 4JTGA 1FWWA 1K03A 3UZJA 3L21A 3KVLA 4TO8A 5K3VA 5AHNA 4I7WA 2WNNA 3W88A 4O15A 1VLIA 3FYPA 4LTSA 4QITA 1KM3A 4ORMA 3UWQA 4ZZ9A 2CLEA 4XZ9A 1PE1A 3P8IA 1EP1A 1YDOA 3DHFA 2DU2A 3NGJA 4M7TA 4Y9AA 3OG3A 4QJ1A 1RQBA 4XKYA 3ZFHA 1UUMA 1KV5A 4IMGA 1O4UA 1BWLA 3BW4A 3NO5A 1OFRA 2NX9A 3MI3A 3S42A 4C1LA 1TRDA 4L4LA 3OVRA 3PVFA 1WX0A 3V75A 4HSOA 3IIOA 1RD5A 3DFSA 3H54A 4EVZA 1A53A 2C0AA 2VEKA 3NG3A 2PRMA 3S0CA 1J4EA 2EF9A 2NXIA 3DI0A 3R8RA 1G4EA 4BWLC 4WXZA 2ZDRA 4K7YA 4WY0A 3STFA 3SY5A 1SSGA 2CLHA 1T99A 3QM3A 4RZ5A 3GAKA 2A0NA 1SFJA 2ATMA 1ICQA 5F2MA 3SR7A 2NWRA 2ZTJA 3MMTA 4JTHA 5EPDA 4DO5A 3W22A 3C52A 2E5BA 2GUUA 1FCBA 3TFCA 3UYCA 3PBYA 5TBOA 2W0UA 4RJEA 5HWNA 4HNNA 1KW1A 3P62A 1GQNA 5D2TA 4PC8A 3DFTA 3FIGA 1G7VA 4N2YA 3O1NA 2OJPA 2Z0IA 3BV4A 2VFDA 2V9DA 1LCOA 1K8YA 3HG5A 3O6CA 1EB3A 2I9EA 4QNWA 3CEPA 4FNRA 1OF8A 2V2CA 5CKSA 2DZSA 2P0OA 2Y88A 4O18A 3NQMA 3MUXA 1KTBA 4AF0A 3S5YA 4BF9A 3M47A 1UUOA 1TPC1 2B7OA 1ML1A 2G5WA 1ZJIA 1QPOA 1Z41A 2VXNA 3LRKA 4KFOA 4Z08A 1SO5A 3NQGA 1TTQA 1FDZA 1LZOA 5CZJA 2ZZ7A 2PE4A 3KVKA 3TU9A 2V5BA 5K9CA 4N02A 3DU0A 4IMEA 3L66A 4JNMA 5F2GA 4C1KA 3GDLA 3TW6A 2WSYA 5CZSA 3M16A 5FF7A 3H53A 3NL2A 1ZAJA 5D2YA 3LGEA 4JD4A 2QJHA 3W70A 5LKYA 1DHPA 4AMAA 3W1LA 3QMSA 5L9FA 3SIZA 3UXAA 4RX0A 1RR2A 4U4MA 1XCFA 4EF9A 3EKZA 4CQAA 4HIBA 3LCFA 3BO9A 3IIVA 4RR4A 4ORIA 5AB3A 3NNTA 3EX6A 5AHEA 4N9EA 1G4TA 3MBDA 3OHIA 5DXXA 3W73A 3DAQA 2TRSA 3BGJA 2J9YA 1QPQA 4NNCA 4AHOA 1XDLA 4Z0SA 5EMUA 4B5NA 5MHBA 3LV6A 5AYXA 3QH2A 3HGOA 2X16A 3CLMA 2FJKA 4NX0A 1NAL1 1YADA 4UFHA 4UFLA 4FNSA 1KFLA 2EAWA 1QCWA 1W0MA 4JTIA 1FCQA 5CPNA 4JX6A 2DJLA 4ZQMA 5D04C 1Z42A 2YR1A 3BVJA 4R33A 1G7UA 5C2XA 3DGRA 3BARA 3LHYA 3EWWA 1DV7A 3EWBX 4HPJA 3TC7A 3VE7A 1K8ZA 1VCGA 1JUKA 1TPUA 1SW3A 3M6YA 4X9SA 4LVGA 3CQ0A 3MBFA 3N2XA 5LSMA 3TDFA 1GVRA 2V30A 5AHMA 1FY6A 1ALDA 4WZHA 3NQFA 5AYZA 5FI8A 4NZFA 3KAOA 2YW3A 4I9AA 3W7IA 1LBMA 3W87A 5LZLA 3C2VA 4IPIA 3O07A 3C2RA 4NNBA 2JKEA 2Y7GA 3QPZA 1OJXA 2DZXA 1EP2A 4N4QA 3IGSA 3G1AA 3LERA 1GG1A 4A29A 4K37A 3PY2A 1HFBA 3N3MA 1SU5A 4PL1A 2YPIA 4QSHA 1VHCA 5U4NA 1TTJA 4Z1BA 4MY8A 4K7VA 2WOQA 1G4PA 1SO4A 3TMLA 3LHUA 3CEUA 3U8GA 2Y7FA 1F74A 2DZVA 1MO0A 3QW3A 2VENA 2HS6A 1VQTA 4IGHA 5D03A 3DFPA 3FFSA 3NR0A 3DFQA 1LROA 3B05A 2DJXA 1IIGA 2HSAA 3OBKA 1ADOA 2WQPA 3TW7A 3G8EA 1OYAA 5C5YA 2E1DA 2B7NA 4HKPA 4HT3A 3HG3A 3ZWSA 3HB9A 3QSTA 3CC1A 3W3OA 1VRDA 4QNEA 4O54A 1XBZA 4UXDA 4IX0A 2ZRUA 3G1DA 5D33A 1SUXA 4DPPA 2FQIA 3MYPA 3IGXA 1O94A 2VFFA 1VGAA 2A6LA 2WSQA 1ZFJA 4E2BA 5CSRA 4R7JA 3LHWA 4QQ3A 3ABSA 2FIQA 3M9YA 4CCEA 3PBWA 4FIQA 1M7PA 1XFBA 2QJGA 1P0NA 1FWRA 1JUEA 5CG7A 4WX2A 2J88A 4O14A 5BOOA 1F05A 1X6UA 3M0ZA 4FO4A 3ATYA 1SZEA 4O13A 1DKWA 5LNUA 2A5HA 2A85A 1YYAA 1U83A 4GFSA 1JCLA 3HGRA 3QRHA 1VH7A 3C8FA 1I8JA 1DVJA 1A5AA 4Q4KA 4YWIA 4ZMGA 2QCLA 4QISA 2RDUA 3M5YA 3MO7A 1G6CA 4IPJA 2ZYFA 3VI2A 5AHLA 3C3NA 3L0GA 1HUVA 4LC8A 4OQVA 3RMJA 3W85A 3LI0A 3WJXA 2YFNA 4UMAA 5LNSA 2C13A 1JCNA 2PRLA 1VR6A 3TSMA 1RQHA 3FJLA 3GKFA 1H51A 4K8HA 2JBMA 1L2UA 2QCGA 1R2RA 5LHEA 2XN0A 2NV2A 2VFIA 2A1YA 3N14A 4TU1A 2ZZ1A 4LU0A 4NJJA 3P81A 2Y85A 3UQNA 2ISSA 3EWYA 5HULA 1G67A 5CPMA 1QMLA 3W75A 4LV9A 3NQEA 5FEZA 5KINA 3TUUA 2BX7A 5FESA 6TIMA 1KFCA 1YLVA 2OT0A 4QAIA 2C18A 4P2VA 4MZYA 4OU1A 3ANYA 1UBSA 3ZR4A 4M6VA 1K7XA 3GXNA 1EX5A 1LBFA 1EA0A 3G1SA 3HO8A 2CZFA 1FUYA 3QEZA 3CWNA 4OGZA 1JQXA 1ZY9A 1TPVA 5J5RA 4ZL1A 1I2NA 3S1UA 4O19A 3W74A 1JCXA 3SSJA 3W7MA 2C3ZA 3ABRA 2CWNA 3DKJA 4EOUA 1TV5A 2X1UA 4MY9A 3TKFA 3NYZA 1F5ZA 1H5YA 1YTDA 3TQ0A 3N73A 1H50A 1WDWA 2AAMA 4CNOA 1WBHA 1X1ZA 3P7YA 1OX6A 5LHFA 1PCWA 4N9DA 3W7QA 1QFEA 1P5BA 2QAFA 3UNDA 4O28A 1SO6A 3LTSA 3I6RA 4N9BA 3L68A 4EIVA 2QDGA 1XBVA 1ZCOA 1DQXA 4LS0A 3NOEA 4PH6A 4EWND 2C1HA 2Y70A 2Q8LA 2QKFA 1FWTA 4Z1CA 1Q45A 3WK0A 4PCFA 4E2DA 1LYXA 5EL1A 1PV8A 4ZVJA 3W2KA 4GWEA 3UWUA 2V2HA 1KM6A 2EPHA 2FPTA 4MLRA 1OG0A 1LOLA 4AAJA 1TQJA 5E1QA 3A21A 4YL2A 1PCKA 1XKYA 5I3FA 1FCUA 3F4NA 3LI1A 1JUBA 1JCJA 4KFPA 4UTTA 2RDTA 3EWUA 2O7QA 2GVGA 4HN4A 4LT9A 3WJWA 2PC4A 4RLIA 1H7OA 1B9BA 5BMWA 1JCMP 4POCA 1XBXA 1SR9A 2GQAA 4FX6M 1FBAA 1W56A 4AHPA 2I1OA 1H1YA 5AYYA 5LGXA 3T44A 1XM3A 4LNYA 3EEGA 1VLWA 3C6CA 3VFLA 2W6RA 4HNUA 1QR7A 3GXPA 2BZNA 3W2MA 4UFKA 3IVSA 4GBUA 4S2CA 3NPVA 2QJIA 3EX1A 4GE8A 1HTIA 4OE7A 4MKNA 4CNNA 1X8FA 4QM1A 3O05A 2ZZ3A 4Z1AA 3GX9A 3RK8A 4UTKA 3NPUA 5AC7A 4BI7A 1L9WA 1RV8A 2WKJA 2IQTA 3W7OA 3G1YA 1H62A 4MOZA 1ZENA 3G1XA 1Z48A 4UFJA 4JTKA 2F84A 3DFOA 1BWKA 1HL2A 1IF2A 1W5QA 3BLIA 2Y89A 2VELA 4CCCA 1EP3A 2JKAA 2TMDA 5SWUA 1LOQA 5LNRA 4UNLA 3T55A 4NNAA 3MI2A 1K8XA 4W9TA 1MEWA 2A6NA 1QPRA 1AW1A 2B4GA 1C29A 2W79A 1GEQA 5C54A 4OV9A 2WSRA 3UY8A 4PFMA 1YDNA 3KVMA 2QR6A 4AWUA 4BR1A 4LOCA 3W86A 4ALDA 3SECA 1C8VA 1LDCA 2H3BA 3HF3A 5HUPA 4TX9A 5U7SA 1YXYA 3QPYA 3C2EA 5G5IA 4RZ6A 4MY1A 4FNUA 1KM0A 4MZ1A 3P5YA 1H7WA 2I14A 1W5NA 4PTNA 5K2ZA 4MLJA 3QQ0A 3PR2A 2H8ZA 1GTHA 3LXCA 2G97A 3W7HA 3MJYA 2OX1A 4K39A 4Q33A 3TSDA 2YX0A 4NJIA 3GK0A 1OX4B 2C19A 3SI9A 2Z2UA 3DBPA 2NUYA 3N9RA 3W23A 4WQ6A 4ADSA 3FKKA 4TR9A 5G1TA 2DZWA 1TB3A 2ISWA 4RCXA 1OK4A 5HR7A 3B4UA 1QOQA 3WJZA 1Q6QA 4JGDA 4Y8FA 2B0MA 2ZRXA 4JTSA 4NUWA 3ZS4A 3LDVA 1ICPA 2CLMA 4FNPA 1W5OA 2CLFA 4UFIA 4UTWC 5K9XA 1M5WA 3S5NA 3TK7A 3C56A 3L5LA 3EKLA 5CZTA 3S1VA 1CX9A 3CM4A 1OFOA 2ZFAA 4O11A 4GRSA 3TSBA 1S5WA 3NXFA 3MP4A 2PURA 3NM1A 3T78A 3K30A 3LV5A 2V5LA 2YXGA 3PBUA 1LLWA 3JS3A 1T0OA 5TQLA 3WJYA 4UFMA 4JTTA 3SGUA 4E38A 3TA6A 1H60A 2FPYA 1TPDA 1OFBA 3WJSA 1AL8A 2YGYA 5T26A 5IM51 4O50A 2WJZA 2CZDA 4A2SA 4ZQRA 2ABAA 4LV4A 4PODA 4ADTA 3W7NA 3PB0A 5KTLA 1QO5A 4GUIA 4UTLA 2QCHA 1HG3A 4DF2A 1JVNA 3BPWA 3LCXA 4JTJA 3HIJA 3ATZA 4JIPA 3W1XA 3W9ZA 1LP6A 1P0KA 4JTUA 4X22A 1GVQA 1LM1A 2WV8A 3ABQA 4NZJA 4GXMA 1QNVA 4LUIA 4MIMA 4K36A 4MFDA 3W83A 3IV3A 3RFAA 4FNTA 4XTIA 3STGA 1K7EA 1A50A 2VFGA 4Y90A 3MYOA 2E5DA 1VYSX 1E51A 3KXQA 3Q58A 4LC6A 5G2WA 5I3HA 3B8DA 4AH7A 3DENA 2ZBTA 1A5SA 3KVJA 4HPXA 4UTHA 1FXQA 3NDOA 4UTWA 1TV7A 4YLWA 1PS9A 1MXSA 3CWOX 1D9EA 5K7JA 1W3TA 1NF7A 1OFQA 4UC5A 3S1WA 4MJMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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