5LNSA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-r5p complex
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
275
structure length
275
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 98
structure length 275
sequence length 275
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnsA00
3TC6A 3T40A 3RMJA 3DI1A 2QDHA 3SIZA 2QAFA 1KTNA 2E77A 2E6YA 2ZZ3A 3GNDA 4B5NA 5SWUA 3W85A 3YPIA 3S42A 2C0AA 1X1OA 2GOUA 1B9BA 4EOUA 3QZEA 1KM5A 4MJMA 3NPXA 2OT1A 5F1VA 5IBXC 4PODA 1H7WA 4O19A 5LNSA 1D3GA 3SW6A 1FQ0A 3TR2A 3VCRA 1S5TA 2A6LA 4K38A 3KRSA 2YW3A 4LUJA 4RZ6A 3I6RA 1GJPA 3UWZA 5J5DA 2NUYA 1DL3A 3N73A 4FO4A 1GT8A 1KFLA 5HWJA 4QM1A 1W5PA 4JGDA 3SY5A 4C1LA 2XN2A 4JR5A 3W7OA 4UTUA 4IWWA 3LHZA 2OZ0A 3P80A 1V7YA 3W1UA 5DY2A 3I7RA 3L2IA 3PAJA 5FF2A 3HOJA 1OX4A 2V2DA 4JTHA 4ZQMA 3G18A 3UWYA 4R33A 2CZFA 4WXYA 5I3GA 1RQEA 4XKYA 3RF9A 3LRLA 5EL1A 5FEPA 5D09A 2QDGA 2H8ZA 1LYXA 1F74A 4K8EA 1WAUA 4GUIA 1GVOA 4HNTA 3A5FA 1Z41A 2CWNA 3LERA 2B0MA 4RXFA 3IIXA 5K4XA 3LRKA 1QMLA 1KM1A 2QUUA 3THAA 5D33A 3LV5A 4UR7A 4IXHA 3GYEA 3GDTA 4N6FA 4JTSA 4O12A 1EX5A 4POCA 1WV2A 3G1FA 1SUXA 3W75A 1GVQA 5AN7A 3W1LA 1A5BA 1BWKA 5F4XA 1FDJA 4JXCA 1KFJA 2VEKA 4IGHA 4HIBA 1O5XA 1PE1A 3GLCA 4WQ6A 1Y0EA 2IQTA 5HUPA 3T55A 4MYXA 2Z6IA 5GVJA 4BI5A 2Z1BA 3LDVA 4JTGA 3LOTA 4O10A 3O06A 5G5IA 5KTLA 3B0UX 2E6AA 3BLEA 3CM4A 1QOQA 5F2LA 3IVTA 3N2MA 1LLZA 3GDRA 2G96A 4GUFA 1G4SA 1TTJA 2XN0A 1QO5A 1O95A 1QOPA 3PF3A 1UJPA 1VR6A 1OFAA 1H61A 3W1RA 3QPYA 4ZQPA 3G1HA 1H1YA 3P81A 1YPFA 1GG1A 3IV3A 4UMBA 3O8AA 1L6SA 2J9YA 5LHEA 1EWEA 2C15A 2Y85A 4Q32A 1FX6A 4LVGA 3ZFHA 4KWWA 1D9EA 3IGUA 2Y70A 3RK8A 3L5MA 4BF9A 2FTPA 5AYZA 4PC8A 3HG4A 1F5ZA 2ABBA 2DJLA 4UIOA 3TMQA 5D2VA 2QCDA 2Y62A 3TAKA 1T99A 4MY1A 2WSQA 2ISWA 3HGJA 1HTIA 1NSJA 4MY8A 1PV8A 3W83A 4LS0A 8TIMA 1F6PA 4IMCA 4LC8A 3LCIA 3WK2A 1G67A 3W6YA 1I4NA 1TCDA 4RV8A 4FXSA 1ZNNA 3H53A 4AVFA 2D73A 3Q94A 4UUIA 2O7QA 3FKKA 1KM6A 1TPC1 1LROA 3O1NA 5AHNA 2YPIA 2V5LA 4LW7A 4RZ4A 3L5AA 1O5KA 1LLWA 3FYOA 3PG9A 3B06A 2WNNA 5D02A 2AAMA 1W54A 1NAL1 2NXHA 3NG3A 4AH7A 3CWOX 3TQVA 4JS3A 4LU0A 1KTCA 3UY7A 1VYSX 4QQ3A 4MFEA 1OFDA 3S5OA 1ZJIA 4JYDA 3QJAA 2X16A 1ONRA 3QW3A 3NXFA 1U83A 3LGEA 1GPWA 2VFGA 4IXXA 3F4NA 1W37A 4ICNA 1IGSA 2X30A 4TR9A 1K7FA 1C29A 3UZ5A 3LXCA 4U28A 3W2LA 4UFLA 2YZRA 4JTLA 4UMCA 5D04C 3T4CA 4I7VA 1TPEA 2ZRWA 4JTIA 3GDLA 2GJLA 3PG8A 2QKFA 2XFWA 1R2SA 1W1ZA 3SSJA 3FIGA 5K7JA 1AW1A 3FJ6A 4QAIA 3HGSA 2V2CA 1YLVA 3NA8A 3CT7A 3MJYA 2ZRZA 4O8RA 4UFJA 1H60A 1OG0A 1NF0A 2ZYFA 2V2HA 4GC4A 1EWDA 1PCKA 1B57A 3QQ0A 3UWUA 5A8GA 3M1ZA 1CI1A 4M6VA 1G6CA 2V0TA 1C9DA 2VKZG 4OBTA 1U5JA 1DORA 1QNVA 3A22A 1PVNA 1FWRA 1I2QA 2WJZA 5H2ZA 1G4PA 5CKSA 3TSDA 4WXZA 3N9SA 4M5PA 2X1TA 3LXAA 3HMJG 4O14A 1OX5A 3NAVA 3LBMA 4LUIA 1EUNA 1J2WA 1SW0A 3G1VA 5DCEA 1P1XA 2YGYA 5CG7A 2E5CA 3GK0A 5FEXA 5U7SA 3V1PA 3EWYA 2CLLA 1LOLA 4NJJA 3OEXA 3MBDA 3W3OA 4UC5A 1V5XA 7TIMA 3M5XA 1UCWA 3PBWA 5DXXA 3CEUA 4O28A 3PSWA 4YMZA 4O1AA 1WQ5A 5AHEA 4LV4A 1KLYA 4JX6A 2WSYA 3JR2A 1K02A 5E1QA 1F76A 2V5BA 1OYCA 4NNCA 3B8DA 5LSMA 4NUWA 4L4MA 3LHTA 4KFPA 1GZGA 3RLUA 2FLIA 1SO5A 4JTJA 1JULA 3L67A 1DKWA 3EEGA 4LNYA 3W7PA 1TRIA 3LLDA 3OG3A 3KOFA 1TB3A 5G2IA 4OQVA 1RV8A 4TU1A 3UNDA 1WOAA 2BLEA 4FX6M 1XFBA 4LY8A 5CPNA 4ZQOA 1TO3A 3G0XA 3U6WA 5BRBA 3B0PA 2ZA1A 1HO1A 2QEZA 1SW3A 1FCUA 3W74A 4TMBA 3JS3A 3IVSA 3B0VC 4LT9A 3BW4A 1IXQA 4Z1AA 2Y63A 3WFAA 3NQ7A 3M5YA 4PFMA 3L0NA 1TRDA 1L6WA 2P0OA 3W86A 4OGZA 1H62A 5D03A 1K8XA 1Q3NA 4QIUA 2DZWA 1B4EA 3GAKA 5I3IA 4RZ5A 1RZMA 2KZHA 3NQ8A 5A5WA 4HKPA 3HBLA 1SO4A 4FNPA 5FF0A 1FWNA 5DLCA 1KM0A 3EWBX 3PS7A 3AO0A 4NXSA 1GTEA 2VELA 3UWWA 2PRHA 5DBTA 3C52A 5AOUA 1ME8A 2QCHA 3KX6A 2BTMA 3PVFA 3FLUA 1QAPA 4MPQA 3NPUA 4OE7A 3GX9A 2RKXA 5E93A 2DU2A 1EPXA 3GXPA 1Q6QA 5D30A 1Z42A 4PA8A 5K3VA 1QR7A 3BG3A 3LTYA 2HS8A 2WKJA 2VFEA 2W79A 1EP3A 4QSHA 4BFAA 4MJZA 1UUOA 1XCFA 2GQAA 3C2EA 4CQ9A 1TV7A 2JK2A 4DO6A 4DPQA 3F03K 3KVJA 3TROA 2QJGA 1NEYA 1T8XA 2VEMA 3ELFA 3NPWA 2ABAA 3EX6A 3TKFA 4YCOA 3SR7A 2NLIA 3D0CA 4UR8A 3WK3A 5AYXA 4FX8A 3ATYA 1YXCA 3LI1A 1MSSA 2ZDRA 2VENA 4RLIA 1OFOA 3HPXA 3CC1A 4LRSA 3G1XA 3UD6A 2YYTA 2ALDA 1Q6LA 4ML9A 3ABOA 3M43A 3NQCA 4JEQA 4TX9A 3SECA 3TV8A 4Q33A 3P5YA 3TSBA 4FNSA 2E5DA 4MLRA 2G97A 4CCDA 2CZ5A 3WJYA 3U2OA 4DF2A 3BW3A 4KFOA 1G7UA 3GXNA 2A6NA 3DAQA 4K6AA 1PCWA 3MHGA 4RXGA 4TIMA 1TPUA 2ZFAA 3PWAA 1P4CA 2FB3A 5EY5A 3DFTA 1GQNA 2A7NA 1TIMA 2GVGA 4GJ1A 4ZVJA 4ZQNA 4NVTA 1PHWA 1W5NA 4Z08A 2E09A 2V30A 4WD0A 1I2OA 1KFKA 5CPMA 2ZTJA 4DQWA 3T44A 1XBVA 4NJIA 1ME9A 3WJSA 2CLKA 4C1KA 1YTDA 2DZUA 2JGYA 2WV8A 2C14A 1K7XA 1OYAA 2VC6A 1OFRA 3GNNA 2PRMA 5C2XA 2BZNA 1S5VA 1KFCA 1JQVA 2NXIA 2AGKA 1X6UA 5FEZA 1VH7A 1KLZA 2ZZ5A 3NQ2A 3ZWTA 3PB0A 4Y6GA 3UWVA 4MZYA 3W23A 1EA0A 4GWEA 2YSWA 3A9IA 4QITA 3A21A 3W7QA 1FWWA 4O1DA 1YPIA 2A85A 1K03A 1T96A 1VCVA 5I3KA 2NXGA 5CPOA 1LRTA 5LGXA 3TUUA 3EKLA 4JX5A 5K2ZA 4IOTA 3NOEA 3M47A 1OFEA 5KITA 3FOKA 5HR6A 3UQNA 4XQ6A 3GB6A 3CIWA 3CPRA 3KAOA 2ZRVA 3W1MA 3ABRA 3TXVA 1BTMA 4Y8FA 4A22A 2JKAA 1LBFA 2BWGA 1XBYA 1QPQA 1BEUA 2QUVA 3TCEA 4AXKA 1DVJA 2RDWA 3KRZA 3IIOA 1TPVA 1FBAA 2DORA 1AL7A 4FHAA 3G1AA 3NQDA 2EGZA 1LRQA 5F1UA 4A3UA 5FESA 2H6RA 3C2RA 3LCWA 3M7WA 3C56A 3TU9A 3W72A 1D3HA 2H8XA 2PCQA 1KV8A 2YFOA 3R13A 4K39A 5D2YA 3W7CA 4AB4A 1VC4A 2Z2UA 1TPB1 2H3DA 2QR6A 4ZQRA 3RNDA 3MWAA 1OX4B 5CGQA 3T78A 3MI6A 3HPSA 5I3FA 3SZ8A 5G4EA 5HUOA 2C19A 4ADUA 4E2DA 1W31A 3DENA 3PBUA 2RDUA 3ABQA 4IX0A 4MLJA 3TJLA 2CW6A 4RR4A 3KVMA 2GJNA 1XUUA 1TTIA 3CB8A 4HN4A 2ISVA 2V9DA 3W2NA 5K4ZA 2Q3RA 4HSNA 2W6RA 4PL1A 1E51A 1W3IA 1YYAA 5C55A 4LVFA 4EF9A 2Z6JA 4Z0SA 4NQ1A 3F4WA 1NFBA 3W73A 3H54A 3CLMA 5KZDA 3NYZA 2QCFA 2HS6A 1R2TA 3S1WA 3S8HA 1XM3A 1WYIA 2X1UA 4FEZA 5FEWA 4JX4A 1X7FA 3NVTA 3W70A 1TQJA 2DJXA 2PC4A 3GVGA 5KMYA 1YXYA 3ATZA 4NJGA 4X2RA 3P7YA 3ZWSA 2X1SA 4ZQCA 5G4WA 5CZJA 2EPHA 3DI0A 1JUKA 1VRDA 3BK0A 2G5WA 1GTHA 1UBSA 1OK6A 3B05A 4HNNA 4XTIA 4GE8A 1VGAA 2ZZ2A 2YW4A 1F73A 3LX9A 1L9WA 3EWZA 4FNTA 1TTQA 2V81A 3U8GA 3EWWA 3QMRA 4UTMA 4IPJA 3T7VA 3RLVA 1TMHA 5K9CA 3W7JA 1OJXA 2C13A 1K3UA 4JTEA 4JYFA 3TC7A 1XL9A 3W7RA 5AHFA 2B7PA 1EP1A 4IUOA 3BLIA 1XDMA 2QCGA 3Q37A 1Q45A 4BWLA 2QJIA 5CSSA 2AQWA 3G24A 1GVRA 4BK9A 4M7SA 1XUZA 4BI6A 5CZSA 3QC3A 4NZFA 4NJHA 3W87A 4KFNA 3L66A 3TDFA 4DELA 3G3DA 1SFJA 4XTDA 1O4UA 1VZWA 1FDYA 4DBDA 1IIHA 4IJBA 3DH7A 4S2BA 4AHOA 1ME7A 3GIYA 2FB2A 1XBXA 3MBFA 2VEIA 3M16A 2E1DA 4O11A 2QCDB 3M41A 3HG5A 3L21A 2G95A 3PY2A 1LOQA 5DBUA 3R5EA 4JY9A 3O6YX 2Y7EA 4RJEA 1WXJA 4Z0JA 3NL6A 3W2KA 2A21A 3VKJA 3BGGA 3M5VA 3P60A 3I7SA 1TYGA 5AYYA 1YDNA 3CQ0A 2QCLA 1SW7A 4H3DA 4GXMA 5HMSA 5LKYA 1R47A 3HG3A 2A1YA 1FDZA 3S5ZA 3P74A 1Q6RA 3VI2A 2BSLA 2WNQA 3CTLA 1W5QA 3PUDA 4OV4A 3WK1A 5DY3A 4FF7A 3QH2A 1MXSA 2NUXA 3KVLA 1ADOA 4ORIA 2YXGA 4MFDA 1CX9A 1AMKA 2ZZ6A 4XBSA 1MEHA 4HPJA 3DKLA 3MUXA 3W07A 3S1VA 1A53A 3NM1A 4O13A 5F2IA 3S5NA 5BNKA 2OCZA 3EX3A 1ALDA 5F4WA 3NO5A 3R89A 1WBJA 3DGRA 3PUEA 3G0UA 3HJZA 1RD5A 2PE4A 4K36A 5ABTA 2VFIA 3HB9A 4FNRA 3MW7A 1THFD 1GEQA 5LZLA 5LNVA 4NJKA 1PHQA 3EXTA 4OWGA 1A50A 4UTIA 3HPZA 2A7PA 1YDVA 2JGQA 2FPYA 5DN1A 3DFSA 2I9EA 3TE9A 3R8RA 3E0IA 2B7OA 1KBJA 3FA5A 3C4UA 3M5ZA 4N9EA 4Q4KA 4WJEA 4I9AA 3L9CA 2YR1A 1EIXA 3E49A 1AK5A 4WY0A 1IXOA 3GXTA 2ISSA 4BWLC 5DCBA 3IIPA 1MO0A 3W7MA 4WY0F 2B4GA 3EKZA 2A0NA 4O17A 4HPXA 1AW5A 4UFKA 5KINA 4A2SA 1UB3A 3GKFA 5D37A 4O15A 3NR0A 2WQPA 5KZMA 4TMCA 3L5LA 2TRSA 3PM6A 3WJWA 3A5VA 3OVQA 1SZEA 3NPVA 1KFEA 2I1OA 1KA9F 2YX0A 3W76A 1JCJA 4FX7A 3IRDA 4U4MA 1YXDA 4WOZA 2CLMA 4X9SA 1H1ZA 3I7QA 4YCPA 5LNWA 3FJLA 1EB3A 1JVNA 4O4VA 2FDSA 3THQA 1RR2A 3EXRA 4H6KA 2R94A 1LDCA 4UTKA 2H90A 2PRLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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