5LNU | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	277
structure length	277
Chain Sequence	SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
molecule tags	Lyase
source organism	Arabidopsis thaliana
total genus	101
structure length	277
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2016-08-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5lnuA00

1EEPA 1U5JA 1ME8A 2Q3RA 3D0CA 1O95A 3W22A 3DFPA 1JUEA 4OU1A 3W88A 2DZXA 3C2EA 3W1MA 3N3MA 1RV8A 1H51A 2Z6IA 4G1KA 1YDVA 3EKLA 3VKJA 3K30A 1G6CA 2F7FA 4FNTA 5T26A 1VCGA 3PBYA 2BLEA 1JJKA 1JCXA 3UYCA 5LNUA 5F2LA 5DBUA 3CC1A 3W87A 1LLWA 3W7GA 4IPJA 3EWUA 5D05A 3Q37A 5D33A 3VCRA 3I68A 1QO5A 1OVDA 4Y8FA 3DFSA 2CLLA 3WK0A 1LBFA 2PRLA 1JRBA 3QPZA 4DBDA 3C2FA 3IVTA 2ZRWA 3RLUA 5DLCA 3E12A 1XM3A 3F1QA 3QFEA 5K7JA 3IGSA 3UPBA 4Z0SA 3BPWA 2Y85A 4UTTC 4JXCA 3UWWA 5BW6A 2WJZA 3KRSA 2ISWA 3WJSA 5D37A 2OMAA 1VQTA 4OWGA 4JTTA 3W2UA 2P10A 2BSLA 5D32A 2QDHA 3N9SA 3W1UA 4IOTA 3FS2A 1W3IA 2CZEA 2WSRA 3HB9A 1RVGA 3NQFA 4P61A 3NA8A 4UMAA 5G2IA 1OFDA 4Z1CA 1FWNA 5CPLA 3N73A 1H1ZA 2ZZ6A 1W5MA 3WK3A 1TB3A 5D03A 3S42A 3MO7A 4UFMA 1TV5A 5AHNA 5KITA 2VEKA 3EWXA 2JGYA 3A22A 4QQ3A 3W7OA 3HMJG 3RMJA 5C55A 3IRDA 3HIJA 4S1FA 1L6SA 4WY0A 4PC8A 1OK6A 4Z08A 2JK2A 2ZRUA 5HR6A 3GR7A 1OFAA 4Z1DA 2OJPA 3EWZA 5U4NA 1T99A 4KWWA 4JNMA 2WOQA 5K9DA 3SGUA 4HNVA 2TYSA 3DAQA 5D2YA 2QCDA 3PG9A 3OHIA 1EIXA 3W07A 3TA6A 2G95A 1L6WA 2VFGA 2TSYA 3W23A 1X7FA 4N6FA 4FIQA 2J9YA 2WV8A 1T0OA 3DKLA 1S3HA 1OABA 1H63A 3G18A 1O4UA 2ZZ5A 1J5TA 1OX4B 4FX8A 1KM4A 4A2RA 2ZA1A 3MHFA 3QSTA 4KKXA 5BRBA 3STFA 4CQ9A 1ICPA 2X1TA 2DZPA 5ABTA 1OFBA 4JTLA 4HNUA 4MLRA 4YCOA 1F6PA 1W5OA 3CU2A 3C2VA 1G4PA 3MP3A 5DXXA 3L9CA 3MYPA 4UTUA 2I1OA 3SW6A 1FCVA 1AL7A 2QCNA 5K3VA 3E49A 4XBKA 4MIMA 1FWSA 5L9FA 4MJZA 3R12A 1IXQA 1H5YA 1N8FA 3AO0A 2HS6A 3LXCA 2J6XA 3P8IA 8TIMA 4HKPA 3M5ZA 1K3UA 3G1HA 2O7QA 3LCIA 4CQAA 4GNJA 3MUXA 3BW2A 4GXMA 2XN2A 3M0ZA 3WJXA 4KWVA 4MY1A 4FEZA 2ZZ4A 3ATZA 3QEZA 1KM5A 4OV9A 1GG0A 4YMZA 1TPVA 3IVSA 4GUFA 2EAWA 4NZFA 4FB7A 3W7EA 5D02A 3PSWA 3TUUA 1SZGA 5K9CA 4UTMA 5IM51 3IIXA 1VPXA 3ZR4A 3RF9A 1XDMA 5HUOA 4JTSA 3C6CA 1XL9A 3EX6A 1VS1A 1YTDA 3JR2A 3TW6A 1DQWA 4UR8A 4WD0A 2CLKA 5TBOA 1JQXA 2GUUA 1SQ7A 3CM4A 1QR7A 3SR7A 3TK7A 4E2DA 5HWJA 4HNNA 3L21A 1LCOA 2RH9A 1I2RA 3LHTA 3NDOA 5CSRA 2UV8G 5I3IA 4JIPA 1GVOA 4WXYA 4J9JA 1D3GA 1JVNA 4A3UA 1Z42A 1LYXA 1W0MA 2RDUA 4LW7A 5K9XA 1QO2A 4XWUA 4Y9AA 2VEIA 1FDYA 3HG4A 4UTIA 1WOBA 4Z1AA 5CZTA 2A6NA 3EWWA 1M6JA 1KLZA 1T8XA 2B7OA 4ZQCA 3GKFA 1EX5A 5AYXA 3A21A 3CIWA 1EWDA 3QC3A 1KM2A 4NZJA 1R46A 4O50A 2YDAA 3OVPA 2DORA 5BOOA 3LTPA 2V82A 1EB3A 4UFIA 5IBXC 1YPFA 4DF0A 2PE4A 3BLIA 3A23A 2DP3A 2C16A 1J4EA 3CWOX 1I2QA 2RDTA 1EP1A 2A7RA 1FWWA 3E96A 3Q58A 5AOUA 3M1ZA 1ONRA 1TTIA 3KAOA 5AHMA 4N02A 3WJZA 4ZQPA 3LXAA 5EPDA 5HR7A 2W79A 5LHFA 3MBDA 4MZ1A 3TXZA 3TW7A 3LHYA 1MO0A 3B0PA 1QMLA 1W54A 1ZAIA 2GOUA 5LNVA 5HINA 5J5DA 2Y7DA 1F76A 4LU0A 4CCCA 3YPIA 2E68A 4CNNA 3C3NA 3NNTA 2JKPA 1OX5A 2V2CA 1GYLA 5G2WA 1C9DA 2WKJA 3ZWTA 2H8ZA 3GDTA 3QSRA 3NPWA 1LRNA 5CZSA 4NJGA 4ZZ9A 4N6EA 3OVRA 3Q2DA 4DF1A 5C2XA 1WDWA 2JBMA 2XN1A 3L66A 3STCA 4OV4A 1K7XA 3UY7A 4XKYB 3TNOA 2V2HA 4JY8A 2YYTA 4XBSA 1Q6QA 4DPQA 5FF7A 1OHLA 3W1LA 4IQLA 4TMCA 3LDVA 5KZMA 2P0OA 3P80A 4NNCA 3NQ6A 3CB8A 2V81A 2Q3OA 1ADOA 3UZ5A 3T78A 3W84A 4JYDA 1FWTA 1H62A 3CEUA 4TX9A 1ZY9A 1ALDA 1H7RA 1PS9A 3VFLA 3CQ0A 3W1RA 2EKCA 3C61A 3NG3A 5SWUA 4GUJA 4UFLA 3GVGA 3PBWA 3KFTA 5FEPA 1QDSA 3TAOA 5AHFA 3B03A 3OEXA 2CLOA 2X2GA 1V7YA 3P84A 2AGKA 2ALDA 4BFAA 1DL3A 4FX7A 4U4MA 3UWZA 3IGXA 5LZLA 4MLJA 2BTMA 2YW3A 4O52A 1H7PA 2VELA 3NPUA 5U7SA 5D09A 3MI6A 4O1DA 1HO1A 1DJQA 1WXJA 2H3BA 4FO4A 4YL2A 1CI1A 2FPYA 3BLFA 2NV1A 1SO6A 3W1XA 3W3OA 1H7XA 2YSWA 1SW3A 4MZYA 1Z48A 5H2ZA 4TMBA 2VFIA 1OX6A 3GAKA 4M19A 4C1KA 1QPOA 4I9AA 3MJYA 3UQNA 4A2SA 3QMRA 1KTNA 1IXOA 5IBXA 1TRIA 3U8GA 4X22A 2DJXA 4JX5A 4RX0A 1F2JA 1RZMA 3W2MA 1B3OA 3KVLA 4UNLA 2RKXA 3LLFA 3QPYA 3V75A 1P1XA 1IGSA 1EUNA 4M6QA 2DZUA 1KM6A 2ZDRA 2GVGA 3LRMA 3S9YA 3KOFA 3DI0A 1FUYA 2Z0IA 3HO8A 4LVDA 5L6UA 1DKWA 4ORIA 1T96A 3ZWSA 3O6CA 1WBJA 5KZEA 3EXSA 1GPWA 4UUIA 3BG3A 3TIMA 2A21A 3S5NA 4LOCA 2NV2A 3P60A 3W86A 4OBTA 3QYQA 4Y6GA 1YYAA 1SW0A 3LCWA 4PL1A 1PV8A 4CCEA 4S2BA 1EP2A 5G4WA 1ZJIA 2Y89A 3H53A 4UR7A 3PM6A 4DPPA 5DELA 3TSBA 2C0AA 4O18A 3TFCA 3LCXA 2A7PA 3M47A 3GAYA 5CG7A 1MZHA 3KVKA 4PH6A 3S5OA 3MI3A 2Q8ZA 5AC6A 1PL9A 4JDYA 4AHPA 5F2MA 3QH2A 2EPHA 2V5LA 1C29A 1QPNA 1TJPA 3O1NA 1LRQA 4MKNA 4PL2A 5LKYA 2PRMA 4GUIA 3QW4B 3R2GA 4O1BA 2V5BA 4LT9A 4XUGA 5CPMA 3L0KA 1SSGA 1H50A 4GFSA 1FDZA 1HL2A 4FNQA 4O12A 1S5WA 2CLMA 4HPXA 3TC6A 3T40A 4FNUA 3MHGA 1FCBA 2VENA 4QM1A 3L5AA 1GEQA 1YXCA 4UMBA 1O94A 7TIMA 1VCVA 1IXPA 5E1QA 1TYGA 2ZTKA 3I7RA 3SFKA 3L5MA 4NJHA 4MUZA 3GDLA 2C3ZA 3RFAA 2GVJA 2QCFA 1L9WA 3CHVA 3HG2A 2GQAA 1E51A 2FLIA 5F1VA 4Y96A 4AAJA 1ML1A 3NQCA 4NNBA 1FCUA 1W5PA 3FYPA 4IXXA 2V0TA 3NM3A 3LLDA 4NJKA 5FEZA 3F4NA 4L4LA 4O53A 1UUMA 2YW4A 3NVTA 4B5NA 5D2TA 3GXNA 4K37A 1GVQA 2R14A 5K2ZA 1GVSA 2FTPA 5J5RA 3A9IA 5KMYA 3UWQA 4QIUA 2CLFA 3QW3A 3PUOA 3TU9A 4O8RA 1AK5A 1VYSX 4LVAA 1KFCA 1MEWA 2J9XA 4QNEA 5KINA 2V9DA 4UCGA 3NR0A 2WNZA 4N9DA 4LRSA 1AMKA 3NQ2A 1EA0A 3GYEA 4RJEA 4DEFA 3T7VA 1GVFA 3NQGA 2X1UA 3SY5A 4BI7A 2Z6JA 3S5YA 2CU0A 2QCHA 1LORA 4K38A 4WX2A 2GJLA 1TMHA 3THQA 3I6RA 3RLVA 3LI0A 3W85A 3PUDA 4AXKA 4YCPA 4JYEA 3B0UX 3GDMA 3QQ0A 1B57A 2X16A 1A5AA 4I7WA 2ISVA 3NQAA 4AVFA 3GR8A 1VC4A 3EX3A 1XBXA 2ATMA 4OE7A 3PWAA 3G8EA 2NLIA 2A4AA 4LVGA 1G7UA 1W3TA 4O17A 1I2NA 3NAVA 1DOSA 3B05A 3G0SA 2YFOA 3NL2A 5LGXA 1LM1A 1L6YA 1OF6A 4JN6A 2R8WA 4IXHA 4HPJA 4AF0B 1SSDA 1K8ZA 3LX9A 2RHGA 4PFMA 1OG0A 3H55A 3W83A 1XBZA 2E6YA 4ONVA 3P8JA 5F2IA 3O07A 1NF7A 3LRLA 4D2JA 3W9ZA 4O15A 1R2TA 2NXHA 4E0CA 2VFHA 3NQ7A 4BR1A 2YR1A 3F03K 3TXVA 1JCLA 3USBA 3PSVA 4NXSA 2D73A 3LBMA 3NO5A 5AB3A 3MP5A 3O16A 4HNTA 3KVMA 3QJAA 3U6WA 3DBPA 3WK1A 3C56A 2ZTJA 2X1RA 5EBUA 3DFNA 1G4TA 2ZRXA 3B04A 5F4SA 2GQ8A 3FYOA 1DHPA 3S1XA 1HUVA 1TPWA 4R7JA 2QJHA 3LCHA 3TROA 2OCZA 1AW2A 3FJ6A 1HO4A 5EY5A 1TPEA 4JTFA 4MY9A 4AMAA 1GYNA 3S1UA 2NWRA 3PVFA 1YADA 1KM3A 3A5FA 3FKKA 1GTHA 1IIHA 1RPXA 4O1AA 3UXAA 1QFEA 4ZQRA 1TV7A 4MY8A 3HQ1A 1TJRA 5TIMA 3FIGA 4FF7A 2BWGA 4H6KA 1TTQA 1QOQA 3G1VA 3PBVA 2J88A 1M7PA 1GG1A 5D2XA 3GDRA 2QUTA 3NL5A 3O06A 1P0NA 3VE7A 1KFLA 1XBYA 3P5ZA 1Q6RA 5EYWA 4CQ8A 3L65A 1KTBA 4MYXA 1VH7A 3HJZA 4IMDA 1XCFA 1KFBA 3O15A 4UTWA 1FDJA 4DO4A 1RD5A 3HG3A 3TQ0A 1W8SA 3GNDA 4HIBA 1C8VA 3UZJA 3M5VA 1CW2A 4LC6A 4UTHA 2V30A 3E9AA 4K6AA 4EF8A 1OF8A 3TMLA 1XC4A 4YLWA 1W5NA 4WQ6A 1SFJA 2QCGA 1M7OA 4OHQA 2QDGA 3TAKA 2QJIA 1I2OA 3NEVA 4JTHA 2E5BA 2NZLA 4LRTA 1PE1A 4L4MA 2C13A 2Y88A 2HSAA 1BEUA 1OFOA 5E93A 3UY8A 3F4WA 1LOLA 1JCNA 2XFWA 2E1DA 2VFDA 1A5BA 4OT7A 1PHWA 4NX0A 3P7YA 2LLEA 4Z1BA 3TE9A 1TTJA 1NVMA 3NGJA 1SR9A 3NQMA 3NZRA 4BI6A 1KM0A 3MW7A 3BW3A 3PC0A 4JGDA 4RK8A 3L0NA 5FF4A 1TSIA 1EP3A 1B9BA 3ELFA 1KA9F 4O0KA 3STGA 4ZQNA 2ZRZA 1QCWA 2Z1BA 2DZTA 3W2NA 5C5YA 3UNDA 2B7PA 3IGUA 1ZENA 3ZS4A 4LC8A 4IMCA 3CT7A 4JX4A 3JRKA 4BWLC 3P82A 5HJLA 4ADUA 3LGEA 4A29A 2ABAA 3KRZA 3M41A 3P5YA 2VKZG 2H8XA 2NXIA 2JKEA 5DXYA 4H3DA 1GWJA 1X8FA 2ZYFA 3G1AA 3PG8A 4O1CA 2WSQA 2ZBTA 2YGYA 2XN0A 6TIMA 1AW5A 4JR5A 3GK0A 3NQVA 1LP6A 2ZZ2A 4EIVA 4BI5A 1W31A 1G4EA 3EX1A 1SZFA 2VEMA 4HT3A 1Q45A 5D04C 4O4WA 1OFRA 5K4XA 2QCMA 1TCDA 4MZ8A 2CZDA 4GWEA 2FPVA 3PB2A 1F73A 3G1FA 3DGRA 1GOXA 2A1YA 4K8HA 3LI1A 1H7OA 3GKAA 1P0KA 1O5XA 1KW1A 2QCLA 3G22A 4ML9A 2A6LA 2QAFA 1W1ZA 4PTNA 3W73A 2ZZ1A 3O63A 3V1PA 1F6KA 1VZWA 3RNDA 1U83A 1XUZA 5I3KA 1Q3NA 4FNSA 4O10A 3UWYA 4WUIA 1YDNA 3W7QA 2YZRA 1CX9A 1TQXA 1SZNA 3QM3A 4M7TA 4S2CA 3G1SA 5CGQA 2H3DA 4PEKA 1RQEA 4WXZA 5CZJA 3FJLA 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1NEYA 2DJLA 3W7KA 4N4PA 3EEGA 3M44A 4NJIA 4WY0B 1K03A 1OFPA 3RU6A 4QITA 1YTEA 1WAUA 3ATYA 3T55A 3LXBA 2CZ5A 1XBVA 2QEZA 4JIQA 5D38A 4K36A 1UB3A 1TPFA 1XI3A 3HGOA 4RR4A 5LHEA 1FWRA 2ZZ3A 1TPH1 3B4UA 2QCDB 3BO9A 1QAPA 4ZQOA 3C52A 5C54A 1KFEA 4AEOA 2DU2A 2Y62A 4R34A 4NNAA 3TJLA 1SO3A 3DHFA 1KTCA 5K4ZA 4IX0A 3TQVA 3O6YX 3DU0A 1FBAA 3GLCA 4X9SA 4POCA 1SU5A 4QNWA 2GJNA 4X3ZA 1ZAHA 3IVUA 3WK2A 4NU7A 1PCKA 3DHDA 3G8RA 4KFPA 1JCJA 4NXKA 4AH7A 3BVJA 3W7RA 3GXTA 3PAJA 3P74A 5CPNA 3QF0A 1UBSA 2NUXA 1G7VA 4R33A 4K8EA 3UWUA 2RDWA 4GJ1A 1KLYA 3PBUA 3PY2A 1DORA 3DFTA 5D2WA 4O13A 1YPIA 4WJEA 5AYZA 5FF2A 5EKYA 3NM1A 3NXFA 2E6DA 1P4CA 4KFNA 5FEXA 3W76A 2QUVA 4LUIA 1M5WA 5AFDA 2ISSA 2Q8LA 3PUEA 1MSSA 3TCEA 1NFBA 2NX1A 3IIZA 1H1YA 2Y7EA 3W7IA 3SSJA 1AL8A 4C1LA 3QZEA 4FNRA 1ICQA 4O14A 5I3GA 3S1WA 1VGAA 3VI2A 3IIVA 4GUHA 1ZAJA 2QAPA 5DY2A 1TO3A 1RQHA 1DVJA 2BXVA 5I3HA 1N55A 5FF0A 2A2IA 3IIPA 2C15A 1VCFA 1SZEA 3BGGA 4E2BA 3L5LA 4JTEA 3QMSA 2WNQA 3TR2A 2IQTA 4UTWC 5EMUA 1FXQA 3P67A 3PULA 1K02A 4WZHA 1XFBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5LNUA

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