5LNVA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320 complex from multiple crystals
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
277
structure length
277
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus 101
structure length 277
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnvA00
2VELA 2ABAA 3SIZA 5LKYA 2NZLA 5KITA 3S1VA 5FEZA 6ALDA 5CG7A 5D02A 3DKJA 1H63A 4CNOA 3LI1A 1KM1A 3SGUA 3ZS4A 4NJJA 5E1QA 1FWNA 4LRSA 3TXVA 3OEXA 1JR1A 3MHUA 1DQXA 2WOQA 4MFDA 2JBMA 1GEQA 2C14A 2X30A 2X2GA 3DI1A 4TU1A 2TRSA 2CZ5A 4JNMA 5EBUA 3NA8A 2CFFA 4ZVJA 1DORA 1KM2A 3R89A 2E5DA 5CZJA 3FA5A 1U5JA 4NNCA 1A5AA 1M7PA 3C3NA 4UR8A 4YLWA 1EP1A 3W1PA 2YZRA 4O28A 4BF9A 2RDTA 2JKAA 4CNNA 3GZ3A 3HGRA 1BEUA 2FFCA 4MVAA 4EIVA 5DCBA 4BWLC 2ZRUA 5AHFA 4WJEA 5AHMA 4Y6GA 1QNVA 5EY5A 4UTKA 2J9YA 1ME9A 1TIMA 1UASA 3PF3A 1TSIA 4JDBA 1SPQA 1YPIA 4AVFA 3PG8A 4FX7A 4GUHA 3WK0A 4O4VA 1KFCA 5K9DA 4LS0A 3W22A 4TX9A 1IIHA 5G2WA 2LLEA 3B0VC 2XFWA 3V75A 4PODA 5K4ZA 2EKCA 2ZBTA 5BMXA 1QDSA 5CZSA 3NAVA 2E6FA 4ICNA 3TJXA 3TR2A 2BX7A 1P1XA 1XL9A 2VFIA 1A50A 3N9RA 1IF2A 1S5VA 3LM7A 2P1FA 1ZJIA 1AL7A 4HKPA 4IUOA 1KTNA 1XKYA 4IJBA 3HB9A 4Z0JA 2QCCA 4FNRA 3B06A 4LVBA 2ZZ1A 1L6SA 2FPTA 1EP2A 3MP5A 2F7FA 4FO4A 3KVJA 4DO4A 1VHNA 4BR1A 1U83A 4WY0A 2E6AA 2NXIA 3W73A 4Z0SA 3M5XA 1GJPA 3BW3A 3W3OA 1MEWA 3TFXA 1CW2A 4KWVA 4MYXA 2ATSA 3KX6A 3M5ZA 3BG9A 3LCFA 4UNLA 1IXQA 2J9ZA 3B05A 4HPJA 2R8WA 5BOOA 3PSWA 2A0NA 4FB7A 4UUIA 4RCXA 3TK7A 1Y0EA 2QCLA 3C4UA 2EPHA 1G7VA 4M6PA 3FEMA 1OX4B 1FY6A 1PCWA 1LBMA 3EEGA 1SUXA 1KM5A 1YDVA 3TE9A 3PAJA 1UUOA 5AC8A 4GC4A 1QPRA 1G6CA 2A6NA 3OA3A 1MSSA 3CPRA 3OVPA 2GVJA 2ZTKA 1B57A 4H4IA 3ABQA 3NOEA 4DXVA 4O12A 1UJPA 4JIQA 1XFBA 4CNPA 4ZQOA 3DFQA 5AN7A 5F1VA 2DU2A 2E5BA 4NNBA 1OX5A 1OABA 1P5BA 3GLCA 3BW2A 1XUUA 2ZZ5A 3PUDA 1KM4A 4KFNA 4UTTA 5D09A 2YPIA 3G18A 1VYPX 4UMAA 3L21A 3GAKA 3PR2A 3RLVA 1BWLA 1IXOA 1WBJA 3DH7A 3W1XA 1H50A 3W7RA 2OMAA 5FEXA 4HHPA 3IIOA 4JTHA 4FNTA 4JN6A 5G2IA 3LTYA 2H6RA 2J9XA 1ZENA 1OF8A 4XTIA 3W7GA 5F4XA 1KTBA 3W6YA 5EA9A 1W5PA 3LLDA 2DJLA 1T0OA 1O60A 5AHEA 2VXNA 4R7JA 1HO1A 3W75A 3T55A 3P61A 3G0SA 3MI3A 5H2ZA 4IXXA 1GVSA 3QEZA 1G4PA 5CZTA 1M5WA 4PA8A 1VCFA 1SSGA 2V30A 3N3MA 2JGQA 2Y7FA 2Z6JA 1YADA 1KM6A 3P74A 5AYZA 1SFJA 3GX9A 3F4WA 4FNUA 2ISVA 1NF0A 4I9AA 3DFNA 1PHQA 3G0XA 1XBYA 2I9EA 4LS1A 4UMCA 1OG0A 1I45A 4UFKA 3WJWA 3HQ1A 4WOQA 3CM4A 2VFHA 3L66A 3H53A 1JCNA 1VCVA 2DZTA 2BWGA 4OWGA 5BW6A 2YYUA 1D3GA 1W5OA 3PB0A 3EX1A 3FKRA 2ZTJA 3LCHA 3MBDA 2OT1A 3E49A 1GYLA 3FYOA 1Z44A 1Z48A 3O16A 4ML9A 4YL2A 1K03A 1G4TA 3P80A 4DF1A 3GXTA 5SWUA 4AHQA 1NF7A 1GYNA 3CC1A 1LOLA 2PE4A 2C6QA 4A22A 4N9EA 5D2VA 2CW6A 3MUXA 4I7UA 2DORA 2WSQA 1P0KA 1TQJA 3MW7A 1G4SA 1XM3A 5HWNA 2NXHA 1AW1A 1F73A 4CLMA 4QIUA 3HO8A 1A5BA 4EVZA 3CQ0A 4JTFA 3O6YX 4HPXA 4MLJA 1UB3A 3TROA 1LRTA 1VRDA 3DU0A 2QCFA 3W87A 1EUNA 1ZNNA 4AXKA 4QJ1A 2FLIA 1Z41A 4JYFA 5FF4A 1LLWA 1LP6A 3N19B 5K2ZA 3SGZA 4FNQA 3NQGA 5EKYA 2IQTA 3EB2A 3W1LA 2DZWA 1KFLA 3C6CA 2NWSA 3NL3A 3KRSA 3QM3A 3QPYA 1Q3NA 3DXIA 2NV2A 1XBVA 3P5YA 3SJ3A 1QCWA 4Q33A 3L5MA 4NT0A 1FDYA 4FXSA 4E38A 3W1AA 4A2RA 2J27A 3N9SA 4XWUA 1WYIA 4AMAA 2Q8LA 2TSYA 4MJMA 3C0JA 3T40A 2QJIA 3ELFA 4UFIA 1XXXA 4IPJA 4OV4A 1KLYA 4TIMA 3ATZA 2EHHA 1NFBA 1W5NA 3G1FA 4GNJA 5D37A 1TPUA 1JCLA 1G7UA 2JGYA 3GDTA 3N2MA 5HUOA 2W79A 1X8FA 1GWJA 1XDMA 2VFDA 3TQVA 3TW6A 1EWDA 1ME8A 4OGZA 2R14A 3E12A 4UTUA 3CTLA 3PS7A 1VJIA 4O50A 3MHFA 4HSOA 1W3NA 2WJZA 3R12A 3RLUA 2PRHA 3M43A 1TV5A 4HNNA 3LBCA 3LCXA 3U8GA 3M0ZA 3EXSA 1KFKA 1T8XA 1ZAIA 1J5TA 3I7RA 2EF9A 1HTIA 1TV8A 3G3MA 3ANYA 1PE1A 3W7OA 3OIXA 4HNVA 4MY9A 4XTDA 1LROA 1Q45A 4Q32A 3S1UA 1YDOA 1IXNA 3Q2DA 2NWRA 5CKSA 3FS2A 1CI1A 4DF0A 5EYWA 4ADSA 1H7WA 3EWUA 1I2OA 1YPFA 5G4EA 4RZ4A 4MJZA 3LB0A 3RU6A 3KXQA 4FIRA 3PB2A 4WX2A 3KRZA 4W9TA 1DHPA 3INPA 1FWRA 4IMCA 3M47A 3OHIA 1WX0A 2ZA3A 3BW4A 4DQWA 2AGKA 4YXGA 2ZZ2A 3W2MA 4NUWA 1H60A 4DPQA 5DY2A 3MO7A 1SU5A 4BFAA 2QF7A 4AF0B 1RQEA 3SW6A 5AB3A 1N55A 1WXJA 3N14A 3LBMA 1JUBA 3R13A 3I68A 4E2DA 1QO5A 3IGUA 2QAFA 3TW7A 4JY9A 4M7SA 3NQDA 1JUEA 2V2DA 3KVMA 4MPQA 4ZQCA 2ABBA 2RH9A 1OFEA 3CIWA 3ABSA 4LVAA 1W37A 5BNKA 4KKXA 3BG3A 1SQ7A 4MY8A 4N9CA 1PHWA 2H90A 3M9YA 3EX4A 4YCPA 2C18A 1XC4A 3K30A 3W7CA 3NQ6A 3L2IA 5KZDA 3P82A 5F2LA 3QMTA 3THAA 2ZFAA 5FF2A 2A1YA 4YMZA 3GIYA 3NYZA 3I6RA 3CWOX 3T78A 4IQLA 2RFGA 1ZY9A 4U28A 2QCEA 5D04C 3LHYA 1R2RA 3A9IA 1G69A 1K8YA 1ZCOA 1SFLA 2JKPA 1F5ZA 4Z1AA 1TPH1 5T26A 1GZGA 4J9JA 1QFEA 4ORIA 3W7MA 4XBKA 4Z1DA 3HIJA 4N9BA 4UTWC 1FQ0A 4PTNA 1DOSA 1B9BA 3O63A 4AHOA 4CCDA 1LBFA 4O10A 4LVGA 4WY0B 2B7QA 5H91A 3N73A 2FIQA 2G96A 1H7NA 2ZA2A 3G1AA 4UC5A 1KA9F 2CLFA 1QAPA 3IEBA 6TIMA 3NZ1A 2O7SA 2HTMA 3C61A 3LXBA 4AWSA 1DBTA 5HULA 1BTMA 1OFPA 5FI8A 3USBA 4PH6A 4FX8A 3S42A 1W3TA 3NVTA 3PBYA 3LI0A 5DELA 4RKAA 5U7SA 5E93A 2Z2UA 4N4QA 1TQXA 3EX6A 1JCMP 3LHUA 4O53A 1FWSA 4EOUA 4FNPA 3NR0A 4BI6A 4LS2A 4MZ8A 3OVRA 1EPXA 2X1SA 4K38A 5HQEA 4MFEA 3NQ2A 2VEPA 4UR7A 3GYEA 3DBPA 4JYEA 3QW3A 4NU7A 4JTKA 3G8EA 3TV8A 2ZCGA 2W6RA 3NNTA 1XI3A 1O95A 2ZRWA 3U6WA 3B0UX 1TYGA 1JUKA 1VH7A 3STGA 5G4WA 4CCCA 1H7PA 1JRBA 3WJXA 3QQ0A 4XQ6A 4PL1A 3NL2A 2R91A 3NO5A 4E0CA 5E0KA 3RF9A 3QZEA 5LHEA 4A21A 3RFAA 3M7WA 1OJXA 4D2JA 3PUOA 1EIXA 1YXDA 3M1ZA 3W23A 2B7OA 3W1UA 2DZXA 3NM1A 3P67A 1ME7A 3ZWSA 3S0CA 2QCNA 3P81A 4QNWA 3PBVA 4NNAA 4O16A 5LZLA 1YDNA 1ICPA 5GVJA 8TIMA 2Z6IA 4NVTA 1JCYA 1JCJA 3DFSA 3E9AA 1W5MA 5CSRA 3DHFA 3M6YA 1I2PA 3LHZA 1DVJA 5EMUA 4N6EA 3AJXA 3O6DA 3F1QA 4BI7A 4M6QA 3DZ1A 3IIXA 4K36A 5IBXA 1K7FA 1C9DA 3NXFA 2FPVA 1OYCA 4K37A 4HSNA 1I2NA 1TTPA 1ONRA 1OFDA 3NPWA 5D2WA 1FWTA 5FESA 3KVKA 3W1QA 1RQBA 4GRSA 3DKLA 1D9EA 1H7OA 5BRBA 1SO5A 3W1NA 1TPDA 4JGDA 1VZWA 5AYXA 1MZHA 3GDKA 3MBFA 5CPNA 1AK5A 3KHJA 1TRIA 3MHGA 1RV8A 1JQVA 2P10A 2ZQ0A 1LYXA 1WOBA 4LVDA 3EXTA 2XN0A 1FCQA 1KBIA 3UWQA 5D38A 1VPXA 3LRMA 4PFMA 3V1PA 3C56A 4KFOA 2F84A 2ALDA 3W72A 2EGZA 2YW4A 1SZNA 4UIOA 1SZEA 1GG0A 4JYDA 1VGAA 3TSDA 1L6YA 2QAPA 2QUTA 1N7KA 2A4AA 2YFOA 3GNDA 4O0KA 4IMGA 1X6UA 2TPSA 3W7EA 2CWNA 2GQAA 3TSBA 2V0TA 5CGQA 3LXCA 4O17A 5CPOA 4S1FA 5KZEA 3UXAA 1LBLA 3B04A 3QF0A 1TPB1 4JX5A 2X1RA 1FBAA 3S6DA 1OFQA 2C19A 2WQPA 1EB3A 3EWZA 1WDWA 3TH6A 1W1ZA 2EAWA 2C0AA 4FNSA 1GVOA 5LSMA 3HOJA 3O07A 2YSWA 5ABTA 5D30A 5LGXA 3NQCA 5BMWA 3L9CA 1G4EA 4POCA 2V8ZA 1TPFA 1DJQA 2ZRVA 4NXKA 5HR7A 2Y89A 3EX2A 1QR7A 3IV3A 3HBLA 1MEHA 3VE7A 4LV4A 5IM51 2WV8A 1EP3A 2YX0A 3R8RA 4C1LA 1SO4A 3C2FA 3W7PA 5IBXC 3LTSA 1TPEA 2GJNA 4R33A 3UZ5A 4OQVA 3BGJA 5AC7A 3W2KA 2YXGA 1D3HA 1NEYA 1LLZA 2QJHA 1W56A 1QPNA 1A5SA 4LC6A 4JXCA 5DLCA 3PVFA 3G1VA 3WK2A 5FF0A 1FXPA 3SECA 1ZAJA 1SR9A 4N2YA 4IMFA 3UD6A 3SZ8A 1PV8A 3LDVA 2V2CA 1DJNA 1W31A 3W85A 3PY2A 2BZNA 2Y6ZA 3W70A 1R46A 1OF6A 1V7YA 3JS3A 3NPVA 1UCWA 4NX5A 2JKEA 2VFFA 5DBUA 3TIMA 2VC6A 2J24A 3GB6A 2FJKA 4O19A 3LX9A 3VE9A 7TIMA 1PS9A 1AMKA 1TJPA 4QNEA 1VHCA 1GOXA 2G95A 1H1YA 5HMSA 3G3DA 5HWMA 3EKZA 2OZ0A 3TJLA 3TMQA 2CU0A 3ZR4A 2ZRYA 1LCOA 4HNTA 2RDWA 3P8IA 3TFCA 4G1KA 4OHQA 1OX4A 1WOAA 3G1SA 4JTJA 3STEA 4NXSA 3QFEA 5DCDA 5KSWA 1J2WA 3QW4B 4R34A 4MOZA 1SW0A 1G67A 3TC6A 4RZ6A 4X22A 2VKZG 4NZJA 5K3VA 1V5XA 3QC3A 4ZZ9A 2Z1BA 1KM3A 2V9DA 3FOKA 5HUPA 1VLWA 1K8XA 4ALDA 4UTTC 3STFA 2VEMA 4IXHA 2CZFA 4GUJA 4OBTA 2E1DA 4JTEA 3CHVA 3UWYA 1S5WA 1SW3A 3EKLA 2DJXA 3NZRA 3TU9A 4JY8A 1NAL1 2VEIA 1JQXA 3HF3A 2RDUA 4WOZA 3EWXA 3W1TA 2FPYA 3NQMA 1GT8A 2QDGA 4UTJA 1PL9A 3EWWA 1NVMA 2KZHA 1HO4A 3DFOA 3F03K 4E2BA 3CIXA 3LGEA 2OCZA 1BWKA 2WKJA 3LCLA 1FCVA 3Q94A 4HIBA 5KMYA 3KFTA 3JR2A 3HG3A 3VFLA 4K8EA 2CLIA 1YXCA 5K4XA 1KV8A 2V82A 3NEVA 4A3UA 2H8ZA 4RX0A 3U2OA 5HINA 2CZEA 1ZAHA 2NV1A 3R5EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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