5LNWA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320-g3p complex
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
274
structure length
274
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus 96
structure length 274
sequence length 274
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnwA00
2I1OA 3MHGA 1OHLA 5F2IA 2ZDRA 2X1RA 3NQGA 3ABRA 4PL2A 5CSRA 3BARA 5FEZA 3HG4A 4MY1A 4NX5A 3PS7A 2H6RA 3T4CA 3ABSA 4P2VA 2E68A 4UMAA 3S6DA 2DZTA 3WJZA 4UIOA 4GRSA 1VC4A 5BMXA 1KM0A 3WK1A 1YLVA 4G1KA 4JX5A 4UFLA 1I2OA 3C2VA 2VEKA 3TKFA 1WOAA 1QPNA 3C0JA 2YFOA 3RU6A 1I8JA 5AHIA 1MZHA 1SUXA 5LKYA 2WOQA 5EY5A 1H7PA 1VCFA 3HGRA 5G1TA 3KVJA 4I7UA 1WAUA 3GXTA 3W7RA 3NZRA 1GG0A 3W7OA 4JR5A 3HOJA 1UUMA 3PUOA 4NJHA 2V81A 3G3DA 3A23A 3QMTA 5AYZA 3W1AA 1W5OA 1SZEA 5AYXA 5C5YA 3EX3A 3IRDA 1K02A 5HULA 1GWJA 2JGQA 4UFJA 3W74A 2HS8A 2WSRA 5F1UA 1OFEA 1FCUA 1I2NA 1FXQA 4QAIA 5MHBA 3SGUA 5D2VA 2B0MA 3DKLA 2XN1A 4FHAA 1DL3A 2CLHA 1ZY9A 1RR2A 1R2TA 1WX0A 4N4PA 4WQ6A 3NQDA 4UTIA 1F6PA 4UR7A 4IPJA 4JDBA 3OVRA 2ATMA 3QQ0A 4JD4A 1QMLA 1IXOA 2BSLA 4WY0B 3BPWA 3TSDA 3O6DA 1LTDA 3W9ZA 2R94A 4M6VA 3WJXA 1DV7A 5AYYA 2GJLA 1M7PA 4DXVA 3CEUA 3MYPA 4UR8A 1T8XA 3P84A 3R2GA 4QJ1A 3IIPA 3N2XA 2TSYA 3UWQA 3HMJG 1B57A 5FF4A 5HR6A 1ZAJA 4AHOA 2QDHA 3S1WA 2QCLA 1Q3NA 1FWTA 5U4NA 3F1QA 4IMFA 4NZFA 1RQHA 4RLIA 1K03A 2C6QA 1WOBA 1KFBA 4O17A 3MBFA 1OYCA 2QDGA 1TPH1 4RJEA 1VLIA 5G2HA 1OVDA 1TPVA 1FWWA 4HSNA 3W7QA 5CKSA 1GEQA 4YLWA 2ISSA 1AL8A 4AH7A 4RV8A 3F4NA 3BG3A 3IIZA 5DCDA 3GKFA 3HPSA 5EL1A 5FF2A 1JULA 3G0UA 4JICA 4EF8A 2VFFA 4NUWA 1KFEA 1XBZA 4NT0A 3I6RA 1SW3A 2FPYA 5K9CA 5I3FA 3M43A 3CLMA 1K7FA 3QZEA 2CLEA 1TRDA 1I2PA 3DKJA 3PUEA 1H63A 4DPPA 4MZ8A 4GBUA 1ZCOA 3LTYA 4IX2A 1KA9F 4IGHA 1ONRA 4GUJA 3KAOA 5FEXA 3ELFA 1EWDA 3P8IA 1F7BA 4HHPA 3W7LA 1LRNA 4RXGA 1EA0A 4BR1A 3BG5A 3EWZA 1GTHA 1FBAA 4FIRA 1SO3A 3BLFA 3I68A 3TIMA 3SR7A 3B04A 3DFPA 3HBLA 5FF7A 1TTIA 3C2EA 3W2LA 2H8ZA 1TRIA 1Z41A 1KM4A 3W6YA 4GJ1A 2C16A 3S1XA 3SW6A 3TK7A 5D33A 3NQAA 1A5CA 3W3OA 5D03A 1G4EA 1HFBA 1TQXA 1A5SA 1JQXA 3RMJA 4LU0A 2GVLA 4Z1CA 5U7SA 5HMSA 4HIBA 3L0KA 5EPDA 2QCMA 3TFXA 2R14A 1RPXA 3QEZA 4K7VA 3LXBA 4TIMA 1OK4A 3CTLA 3LCXA 5G4EA 3PB0A 5HQEA 4ZQRA 4LY8A 2PE4A 3DI1A 4N6EA 4O4VA 3G1DA 1OFDA 4WY0A 5KITA 3LHWA 2ZQ0A 3TROA 4WXYA 1TPB1 4QISA 1N8FA 4UXDA 3UWZA 3MP5A 3TV8A 2BLEA 4E2DA 1S5TA 3GAYA 1XI3A 1TTPA 3PSVA 2E6DA 3DFQA 4KWVA 3LERA 2FJKA 4LS1A 3T7VA 4H4IA 2CU0A 3EX4A 5K9XA 4DELA 2ZZ6A 4HNNA 1MSSA 3EX6A 1SZGA 2NUXA 3C8FA 1Q6RA 4HSOA 2CW6A 4ZL1A 4O54A 2RFGA 5D37A 4ZQNA 5K2ZA 5E93A 5F2GA 4UTMA 1F76A 2P0OA 1PHQA 4GXMA 4MY9A 3GNDA 3LTPA 3W7NA 2Q3RA 3N9SA 4MFDA 4FNSA 3A21A 3E12A 5FESA 1KM2A 2ATSA 3O06A 3EX2A 3BG9A 1GZGA 1ICSA 4KWWA 3RK8A 4NJKA 1LBMA 1TB3A 2E6AA 3G18A 4QSHA 3Q94A 4FNRA 5AC6A 2RDUA 3L2IA 4GUFA 3RF9A 2YZRA 4O15A 1OJXA 3W76A 1M7OA 2FTPA 4WOQA 3W75A 1KTNA 3VNDA 1OX4B 2ZRZA 1B4KA 3EKZA 3R12A 4O57A 4O28A 1V5XA 3JRKA 4YCOA 2O7SA 3P61A 3QRHA 3F4WA 3FKKA 3PBUA 2W0UA 3EEGA 1XBXA 1KBJA 1G69A 2JKAA 3O1NA 4NZJA 2A21A 5KTLA 4RX0A 2RDWA 2JGYA 4DEFA 1ME9A 4M19A 3MI6A 3L68A 5CG7A 5BMWA 2ZRXA 4MUZA 5FF0A 3MW7A 3IIOA 2VEIA 3W70A 1FDJA 5AB3A 1TJRA 3GNNA 1FCBA 1NSJA 4MKNA 1B4EA 4BK9A 4FB7A 4JTJA 4AHPA 5HJLA 4BWLA 2KZHA 3G1YA 3KRSA 3NQFA 2RHGA 3MO7A 5DY3A 3BO9A 3QW3A 4EWND 4O50A 4AMAA 5K3VA 3IGSA 3NYZA 3VI2A 4O53A 5DLCA 3UXAA 3LCLA 5BRBA 5C54A 3TC6A 5F4WA 4BI7A 4JEQA 3GX9A 3NM3A 1LBLA 2E5CA 4GUGA 5TIMA 4MPQA 4POCA 2DZVA 3V75A 4DF0A 1TMHA 2Y63A 3TDFA 4C1LA 3MHUA 3NR0A 3PBWA 3ANYA 2ISWA 4YMZA 5J5RA 3LCIA 3W22A 3QMSA 3E96A 1MEHA 2A6NA 5HINA 1KW1A 1RZMA 1TREA 5I3JA 3QJAA 5LSMA 3KVKA 4JNMA 3S1UA 3WK3A 4Z0SA 5ABTA 2C19A 4JTFA 3NDOA 1O60A 1GVFA 1HO4A 4NVTA 3B0PA 2PRMA 5KSWA 3DXIA 4XQ6A 4D2JA 1QCWA 4A2RA 1HG3A 1G7VA 2QCNA 1ZNNA 1XDLA 1WQ5A 3N34A 2WNZA 4AXKA 4R33A 3TMQA 3NL3A 3C2OA 3P81A 5HWNA 4AF0B 1I2QA 1FDYA 3MP4A 1XC4A 3H54A 3W73A 4JTSA 2CLOA 1H7NA 1UCWA 3EWBX 3OIXA 1A53A 4ZVJA 3G24A 2PRLA 3EB2A 2F84A 1SZNA 1QPOA 5IBXA 1OX4A 5LGXA 1EP2A 5LNUA 1ICPA 1LLWA 4X2RA 2WPBA 1B3OA 3TAKA 1LBFA 4ZQMA 4RR4A 5BW6A 3FS2A 5F2LA 1SO4A 2EAWA 1J5TA 1GG1A 3SSJA 4I7WA 1FY6A 1OFOA 3N14A 4FXSA 1HL2A 1BTMA 2CWNA 4QIUA 3SGZA 2J27A 3OA3A 4Z0JA 3W1NA 4JTKA 3N19B 1JUKA 2OX1A 3ATYA 1XCFA 3A9IA 4E0CA 4YCPA 1IIHA 5EKYA 4CCDA 2ABAA 4L4MA 2QUVA 4NNCA 2E6FA 3A22A 1EUNA 3L66A 3NAVA 2BXVA 3L5LA 4O1CA 2EPHA 1TPC1 3DH7A 3UY7A 1UASA 1KM6A 3NNTA 1OK6A 3LV6A 5BOOA 5KZMA 3MBDA 4KFOA 1GVQA 2A5HA 2A7NA 2C13A 2WQPA 3FIGA 4A2SA 3G1XA 5CSSA 1SSDA 1TPDA 2RDTA 2QAPA 3U6WA 4MLRA 3LCGA 1VYSX 1O5KA 4FF7A 3B03A 4A22A 3LXAA 1F5ZA 3O16A 2H3BA 2A7PA 2VC6A 2NV2A 1FXPA 3SJ3A 3GDMA 3O6YX 3CPRA 3S5NA 3NO5A 3QSRA 3M9YA 1SR9A 4N4QA 5I3HA 5SWUA 2YX0A 3STFA 4LV4A 1Z48A 3W1MA 3DFSA 3W7PA 3K30A 1T0OA 5E0KA 1SQ7A 1KBIA 1O4UA 5L9FA 5AHEA 3EWXA 4PTNA 1BEUA 4UNLA 3QF0A 5DBTA 3LBMA 1GVOA 2ZZ4A 3BVJA 1OYAA 2H3DA 2YSWA 2E77A 3E49A 4WJEA 1OYBA 1H51A 1W56A 2DZSA 5LHEA 2GQ8A 3PB2A 4CNNA 1I4NA 3FA5A 2V5BA 3A24A 4AF0A 3IIXA 1B9BA 4PODA 3JR2A 2G97A 3FFSA 1W31A 2OJPA 3M0ZA 4Y9AA 3MHFA 5AHFA 3BW3A 4S2CA 1I45A 1DJQA 4DF1A 4XWUA 1P1XA 3W7CA 3GDLA 4RK8A 1K3UA 3FEMA 3HJZA 2JKEA 4YXGA 2P1FA 3ATZA 2FFCA 2F7FA 2X16A 2E6YA 4OU1A 3W88A 3LRMA 4OWGA 1GTEA 3AO0A 4ICNA 1F05A 3LCHA 4FX7A 1JCLA 1AW2A 3CU2A 4MZ1A 1Q45A 3IVSA 2VFHA 3OHIA 5CZSA 2NLIA 6ALDA 1PS9A 4A3UA 1CX9A 4GUIA 2HSAA 4O1AA 4GE8A 4XKYB 3GB6A 3CHVA 5G1YA 4O11A 3DBPA 4MJMA 1PE1A 2DZUA 3KOFA 4N9CA 4MFEA 1ME7A 2A0NA 3R13A 3TCEA 4AHQA 3TC7A 1LRQA 3LHYA 4FNPA 3SZ8A 1XDMA 1XM3A 2OMAA 2ZZ3A 4O10A 2Z2UA 3DAQA 4YL2A 4N9DA 3HPXA 4XZ9A 1WDWA 1O5XA 5G4WA 2O7QA 5LHFA 3LLDA 4Z1DA 1OABA 4K36A 3VCRA 4ADTA 1C9DA 2ZTKA 3TU9A 3C4UA 2NXHA 4NQ1A 3TE9A 5C6MA 4M6QA 4IX0A 5HR7A 3S5ZA 5H2ZA 5DBUA 3JS3A 5EMUA 2ZZ2A 3EWUA 1KFKA 4JTTA 3W83A 4HNVA 3M6YA 1KTBA 2GVJA 1VCVA 5D2YA 3LRLA 1W54A 3DHDA 1DORA 1T99A 1P4CA 4UNKA 3ZS4A 4O14A 1H61A 1YDOA 3UD6A 3W2MA 2QR6A 3QFEA 1NAL1 4MVAA 4HNTA 4LWWA 4CNPA 5CPNA 2EKCA 4EF9A 1F2JA 1L9WA 3C3NA 1QPQA 1IGSA 3GR8A 3C6CA 3DI0A 5CZJA 1BWLA 5T26A 2Q8LA 5D2WA 4EOUA 2NZLA 3GXNA 4YWIA 3UNDA 2Y85A 3W1QA 3DGRA 3NOEA 4PEKA 1OX6A 3PG8A 3U2OA 2E5BA 2C3ZA 4WX2A 4M5PA 2WO5A 5CGQA 1MEWA 1W5NA 2FDSA 3GDKA 3I7SA 3TJXA 1BKSA 1TV5A 5A5WA 4BWLC 3UY8A 5K4XA 2J9XA 5FI8A 2P10A 3NPUA 3QW4B 4LVAA 2FLIA 1LRTA 2OT1A 4TX9A 1PVNA 1S3HA 3KVLA 5LNRA 1F73A 1W37A 2W6RA 1G4TA 4IOTA 3ZR4A 4DO6A 1RQEA 2DJLA 3NL2A 1W5MA 4MIMA 1KLYA 3STCA 1VH7A 1N7KA 3IVUA 5HWJA 3QM3A 4IJBA 2QJIA 3HO8A 4N9BA 3W1RA 1QR7A 1L6YA 1AW5A 4DO5A 5KZDA 4RCXA 1FWSA 5J5DA 1UBSA 3LHTA 5F1VA 2A1YA 4XKYA 1TCDA 3CM4A 3PVFA 4B5NA 4X22A 5I3GA 2G5WA 3M7WA 1FQ0A 5KZEA 2B7PA 1S5VA 1EPXA 4FXRA 3M1ZA 1QAPA 3MI2A 2WSYA 1OFAA 2C18A 1LYXA 3GYEA 1C8VA 1PHWA 3ZWTA 4Y90A 4UMBA 4Z1AA 3C52A 4DQWA 1LDCA 2QKFA 5AOUA 4LUIA 3O05A 5LNVA 2J24A 2ZYFA 4O13A 4ZQCA 3CWNA 4QITA 1XXXA 1LOLA 4LNYA 3TQKA 3NQMA 3QPZA 3W85A 1E51A 5D38A 1Z44A 3G1FA 1ML1A 1SFJA 3S0CA 2BX7A 3W1PA 2C0AA 1K7XA 3GAKA 1UUOA 3W7EA 2FPTA 4S1FA 1PL9A 1AG1O 2R8WA 5H91A 3T78A 5IBXC 1OF8A 1O95A 3G8EA 4R53A 3W7HA 1W3NA 1L2UA 1H50A 3S1VA 2E09A 2VENA 4OV4A 4GUHA 1RV8A 3LOTA 3TUUA 3W84A 1KLZA 2V0TA 4WUIA 1M6JA 2VEPA 5F4XA 4U4MA 4MZYA 4BI6A 4EVZA 3N73A 3R8RA 4NU7A 3W71A 3HPZA 1Q6LA 5DY2A 2YFNA 2FQIA 3MJYA 1PV8A 1JCNA 4MY8A 2J88A 2I14A 1ME8A 3IVTA 5HUPA 3P60A 2ZRVA 3O6CA 1MXSA 1DJNA 3L9CA 1JCJA 5EBUA 5EYWA 2BZNA 1UJPA 4LC6A 2PRHA 1WXJA 4JTLA 3GVGA 4K39A 3S42A 5D32A 5C55A 5K7JA 1H60A 3UWYA 3P7YA 2Z6IA 3L5MA 2AQWA 2VELA 1XBYA 3PC0A 5HWMA 2A6LA 3HGSA 2Y6ZA 4Q32A 2RKXA 2VEMA 1ZALA 2IQTA 2ZZ1A 4UTLA 1LOQA 2V9DA 1LP6A 3ABOA 4IXXA 3G8RA 3QH2A 1TPWA 4CCEA 3M47A 1D3HA 4BFAA 2H8XA 3IV3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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