5LSMA

Crystal structure of nitronate monooxygenase (so_0471) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
346
structure length
339
Chain Sequence
CRLTRLFGIEFPIIQAPMAGVQGSALAIAVSEAGGLGSLPCAMLSLEALEAELTAIRSQTAKPINVNFFCHREPVAQAAKQAAWLEQLAPYFAEFNLDPNRTPYSKAQAEVLAKFKPEVVSFHFGLPDEELLLEIKSWGSKVISTATTVEEALWLEARGADAIIAQGLEAGGHRGHFLSEDLTEQLGTFSLLPQIIAAVEIPVIAAGGIVDATTVRAAMTMGASAVQVGTAYLLCPECNTSAIHREALQSDAAQHTALTNLFSGRPARGIVNRFMAEMGPMNEAVPDFPLASSAVAGLRTAAERLGFWDFSPLWCGQNASGCRAIPAADLTRSFVLSLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nitronate monooxygenase (SO_0471) from Shewanella oneidensis MR-1
rcsb
molecule keywords FMN-dependent nitronate monooxygenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis (strain mr-1)
total genus 114
structure length 339
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 1.13.12.16: Nitronate monooxygenase.
pdb deposition date 2016-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03060 NMO Nitronate monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lsmA00
4K38A 1K02A 3IIXA 2FPTA 1JCMP 3PUOA 3IGXA 1T0OA 4N9BA 2EF9A 3O6YX 1LRTA 2ABBA 5L6UA 3HF3A 2I1OA 3QMRA 3UXDA 4LC8A 3JRKA 3I7SA 5U7SA 4O0ZA 2PC4A 4JY9A 4RX0A 3PBYA 2FLIA 3B0VC 3C0JA 4O50A 3KOFA 2E6DA 3B03A 2ZRYA 3LBMA 5F2LA 4WY0F 4QIUA 3CU2A 5BOOA 2G5WA 4FNQA 4LVGA 3MMTA 2C14A 1JCXA 2ATMA 5KITA 2ZDRA 4RZ4A 3MBFA 1TYGA 2FDSA 2CWNA 4DO5A 1LBLA 2J9YA 4M6VA 4Y96A 3L21A 4JTSA 4EIVA 2CLFA 3C8FA 3BW3A 3B04A 4AWUA 3S5ZA 2Z2UA 3A23A 3TJXA 5IM51 1ZALA 3CQ0A 4NJHA 3P74A 1MEHA 5DBUA 1I8JA 4YCOA 1WDWA 5BRBA 2ZRXA 1S5VA 3WK1A 3KHJA 3NQ7A 3N3MA 4FIRA 3QPZA 3F03K 1QMLA 1FUYA 2C19A 3KVJA 2V5BA 3WK0A 4UC5A 1J5TA 3OVPA 1OFAA 1R30A 1W3TA 1VJIA 2WV8A 1YDOA 3C2VA 1JVNA 3M47A 4KWVA 3DFTA 4M7TA 4OV9A 3M6YA 5AN7A 2WOQA 5K7JA 3O6CA 3LHYA 1I2QA 4UTIA 1SO4A 4QNEA 1XDLA 3KXQA 5EA9A 5C6MA 4K39A 3EX4A 3FYOA 5EL1A 5LKYA 2C3ZA 5CKSA 1VYRA 3TW6A 1RD5A 1W5PA 1TPC1 2R8WA 1X1OA 2Q8LA 3O63A 3ANYA 2J88A 4R34A 2QCMA 3W1UA 2BSLA 1VGAA 1I4NA 3W1QA 1JULA 3PULA 5I3KA 5J5DA 4MFEA 5KTLA 3UZJA 4O18A 3UZ5A 1PCKA 2NX1A 1O94A 3BO9A 1VHNA 5G1TA 1DQXA 1LBFA 3HQ1A 3ABSA 1VCVA 1TV5A 1ZAJA 2WNZA 3HGOA 3N9RA 5D2XA 3B0UX 1T8XA 5D05A 1L6SA 2QF7A 2QCFA 2EHHA 3EX1A 2A6LA 3DFQA 2QCCA 1XC4A 1MEIA 4OT7A 4JTTA 2ZA1A 4GFSA 2DZUA 4KKXA 1DKWA 3GAYA 1OHLA 4CCDA 1LOQA 2NUYA 3NDOA 4AWTA 3B4UA 4E38A 4O19A 3C2EA 4IMEA 1DBTA 1RVGA 4NJKA 1KM2A 3OG3A 1W5NA 3AO0A 3LCXA 1M7OA 3C2OA 4PEKA 1H1YA 5CZTA 3MO7A 1QPNA 3NOEA 3S5OA 3M5ZA 1WOBA 1DORA 1CI1A 1RQHA 4M19A 3RF9A 3TUUA 2NXIA 4JTUA 5F4SA 1UCWA 3NZ1A 5D2TA 1KFEA 3B0PA 4IJBA 2YYUA 3STGA 2D73A 5AB3A 3WK2A 1D3GA 1ZHAA 5FF3A 1VCGA 2YPIA 4QM1A 4HNNA 2GQAA 3ZWTA 5D30A 2VKZG 1PE1A 2V9DA 4MZ8A 3A24A 4DBDA 4UTUA 4M5PA 2X16A 5AOUA 1KM3A 3O05A 2TYSA 4ZQCA 3SIZA 3TQVA 1SW7A 4CQAA 2P1FA 2YFNA 3SY5A 4WQ6A 2NUXA 1PHQA 4LU0A 2FIQA 3W87A 3DXIA 1PL9A 5HJLA 3DFPA 2XN0A 3BLFA 2A0NA 4L4LA 2A6NA 2ZRWA 2B7OA 1TJRA 3LXAA 1KLZA 4DPPA 1KTCA 3I6RA 3NM3A 5CSSA 1VS1A 4RJEA 2Y6ZA 3FOKA 3JR2A 5J5RA 3MP4A 3NQCA 3R89A 4I7WA 2QCHA 3L66A 1J4EA 2CLIA 3KAOA 3QM3A 1ZCOA 3NQDA 2BX7A 1FDJA 3M16A 3CT7A 4WZHA 3NL3A 3IEBA 4I7VA 4E2BA 3MHUA 2A2IA 2NXHA 4NVTA 3LRMA 3MP3A 3A5FA 2W0UA 3CM4A 1C8VA 2C6QA 1RPXA 4UNKA 3WJWA 2GUUA 2YW3A 3ATZA 3G8RA 1FCQA 4K37A 1SO6A 1KM5A 3BK0A 1JR1A 3FKKA 3GB6A 2XFWA 3O8AA 4EVZA 4BWLA 3P81A 2E5CA 4WXZA 1YDVA 5CPOA 1XFBA 1D9EA 1A5BA 5LGZA 2GVJA 4N9EA 2E6YA 4XTIA 3CC1A 4O11A 4LC6A 5AYXA 4JYEA 5L9FA 4FO4A 1GT8A 2G97A 3FYPA 4X2RA 4IMCA 3O15A 5D37A 1QNVA 4FXRA 4O1CA 4FXSA 2RDUA 3QPYA 3SECA 2V30A 1H7PA 3NQMA 1SUXA 3TCEA 5AC6A 5HINA 4OWGA 1FWNA 3LB0A 3NGJA 2BTMA 4E2DA 1ICSA 1F74A 2QUTA 4WD0A 3G1DA 3GXPA 3FFSA 3TU9A 1IF2A 2AQWA 5K4XA 3PG8A 1WAUA 3L0GA 3Q94A 4LVDA 3ZWSA 5C5YA 2VEIA 1W0MA 3PR2A 4JS3A 1LYXA 4BI7A 2A7RA 3LRLA 4MJZA 4UTMA 1SPQA 2QDHA 1C9DA 3T40A 2NV1A 1WQ5A 4ONVA 3EWYA 5EY5A 3GDLA 3W70A 4CLMA 4AMAA 1H7RA 1TMHA 4H4IA 1OFOA 4N2YA 1NVMA 4DQWA 1P5BA 2O7SA 4XKYB 3W7NA 5A5WA 3QJAA 3TE9A 3FS2A 1OFQA 4FHAA 3L5AA 3LI0A 4IMDA 3IVSA 3TAOA 3H53A 2YW4A 2CFFA 4X9SA 3TR2A 4N6EA 5I3HA 4HN4A 1DL3A 3UQNA 2RKXA 3WJYA 1WXJA 1XKYA 5D2YA 2QR6A 2JK2A 3TFCA 1XUZA 5LNVA 1TPUA 3NXFA 3BG5A 4GRSA 3BLEA 1O60A 4QQ3A 1KV8A 3UNDA 3S9YA 2J27A 1FCBA 3R5EA 3EX3A 3B05A 5C2XA 4QNWA 4FX8A 1XI3A 1SU5A 4Q33A 4JYDA 3GXTA 2ZZ5A 3K30A 2ZTJA 4UR8A 4LOCA 4ZQNA 4LNYA 2Y7FA 3L0KA 3TQKA 2VOMA 1ZJIA 3PVFA 3FIGA 4GJ1A 1YTDA 1Z41A 1W5OA 1L2UA 4M7SA 4CNPA 1QPOA 4UCGA 2RH9A 1W31A 1L9WA 5DY2A 1IXPA 2Q3OA 4RZ6A 4O1DA 4AHOA 7TIMA 1BWLA 3CPRA 1LP6A 4R33A 4OQVA 5FESA 5FEZA 1F2JA 5G1YA 4R53A 1Q6RA 1S3HA 4XBKA 1VYPX 4Q32A 1HFBA 3P67A 1QO2A 3CLMA 3H55A 4NT0A 1LTDA 1Z44A 3ZR4A 2CZDA 1KBJA 2X1UA 1M7PA 1O4UA 2O7QA 1QPRA 1AW5A 4GUFA 3A5VA 3KX6A 2W79A 2C18A 4GXMA 1V7YA 3LLDA 4K8HA 4RLIA 3BW4A 3F1QA 3PY2A 3LX9A 6ALDA 4XTDA 3SR7A 3W7LA 3LDVA 1G4SA 4PL2A 3G1XA 3TA6A 1XBYA 3VNDA 3W1AA 5FEPA 2E68A 1Z48A 4IPIA 3CTLA 4RCXA 4ML9A 4E0CA 1KM0A 5K9CA 4UTTC 2PRLA 4MZYA 1VCFA 3W7HA 3ZFHA 5LNUA 4DO6A 5CSRA 2A21A 5CPLA 2P0OA 3LBCA 3NL5A 5G5IA 5HUPA 1P4CA 3NVTA 1K8XA 1OF6A 3VKJA 1B4EA 4DF2A 3E02A 2QJHA 3QSRA 3GDRA 2Y85A 1GG0A 1WV2A 5C55A 3G18A 3NPWA 5DXYA 1GTHA 3W7QA 4MYXA 2E1DA 3OA3A 3V75A 1GG1A 4QJ1A 3E9AA 1HL2A 3Q58A 1R2SA 1DVJA 2QCDB 3T7VA 3DFOA 2F7FA 2C0AA 3P61A 3QQ1A 5AHEA 4BWLC 3QZEA 3IGUA 1GOXA 1FWWA 3GIYA 3LV5A 3MI2A 3U2OA 1GQNA 4C1KA 3HJZA 3RLVA 2YX0A 4ZMGA 1O5KA 2G95A 4HSNA 4JX6A 5F1UA 4UR7A 5I3FA 5I3IA 3KRSA 1EX5A 1DJQA 4IX0A 4LS1A 3L0NA 3O06A 1JJKA 4G1KA 1T96A 5DXXA 2VEPA 3UWWA 4DELA 3HPXA 1ICQA 4O1AA 4AHPA 2QAPA 1H7OA 2OX1A 5D09A 3LM7A 1MZHA 4C1LA 4JN6A 2Y89A 4EOUA 5IBXC 1GZGA 4Q4KA 2X1RA 3KVMA 4A21A 4QAIA 4FNPA 3M1ZA 3T78A 3VE7A 3ABRA 4Y90A 5GVJA 1LORA 1YPFA 3I7QA 1K8YA 1FCUA 4PODA 2VFGA 4HNUA 3W86A 3SW6A 3EX2A 2YR1A 2ZZ2A 4X22A 2DJXA 5H91A 3TC6A 3LCFA 3NQ2A 3QQ0A 3WFAA 3SZ8A 2A4AA 4UTWA 1TIMA 1Y0EA 3M41A 4R7JA 2JGYA 5DLCA 1PHWA 1TTQA 4MY8A 3UYCA 4LV4A 3NQEA 1Q6QA 1AW2A 1SFJA 1TTIA 3HG5A 4GUIA 4BI6A 1VYSX 3TSBA 1R46A 4UFIA 3G1VA 2ZZ1A 1JCLA 3TSDA 4NQ1A 4IX2A 4S2CA 1ALDA 3I65A 3QYQA 4TMBA 2CLMA 2H90A 4AXKA 1TO3A 1AL8A 4O10A 3MI3A 1QO5A 2B7QA 2CLOA 5BMXA 4A2RA 3W76A 5EBUA 1MEWA 4UXDA 3DH7A 3M43A 1TPEA 1H7XA 3QFEA 3UPWA 1B4KA 2I14A 4XQ6A 3STCA 3TQ0A 1W3IA 3QH2A 2WNNA 3G1AA 1HTIA 2B4GA 1WOAA 2C16A 1NAL1 2WO5A 1RR2A 3WJXA 2FTPA 3RNDA 3P8JA 3LRKA 1H1ZA 3PUEA 4TR9A 1G4PA 3LXBA 3BW2A 4AB4A 4YWIA 1AW1A 4GC4A 2ZYFA 4UTKA 1A5CA 1GYNA 1CX9A 2E77A 4AEOA 4UTLA 5D38A 1YXYA 3G0UA 3DGRA 5CZ0A 1NSJA 3GKAA 3P82A 2Y7EA 2V2HA 3RLUA 3NQAA 3LTSA 3LTPA 4K8EA 1OFPA 2E6FA 1SW0A 2X1TA 2ZFAA 3LOTA 2EPHA 3TKFA 4FNUA 4UFHA 3QMTA 2V5LA 4OBTA 3QEZA 4IGHA 3SJ3A 1W8SA 1GPWA 1W5MA 1W3NA 1TREA 4XZ9A 3BLIA 2Q8ZA 4KFOA 3TXVA 4LUIA 3R13A 4YXGA 1I2OA 1VC4A 1GVFA 3M9YA 2B0MA 4PA8A 3L9CA 1B57A 4FX6M 1S5WA 5AHLA 1DOSA 3DZ1A 1KTNA 4O52A 3UWQA 2IQTA 2Y88A 4O54A 2FFCA 1O95A 2JBMA 2G96A 2YGYA 4O57A 3UWZA 3PC0A 1B9BA 4O13A 1R2TA 4WJEA 4JTHA 2QKFA 1Q6OA 1U5JA 4NJGA 3FKRA 1CW2A 2J6XA 4NZFA 1AMKA 1P1XA 2BZNA 1TQJA 2YCEA 1ICPA 3M7WA 1F76A 4HPXA 2YFOA 4DPQA 1UBSA 3CB8A 2EKCA 3P60A 4LVAA 3W1MA 3TAKA 1RQEA 4U4MA 3TDFA 2X2GA 3PS7A 3DHFA 4WY0A 1RZMA 4RV8A 4DBEA 1FXPA 3W7EA 1GVRA 5FI8A 1ME8A 4X3ZA 5D33A 3W71A 3W7KA 3G3MA 1SO3A 3IIOA 4PH6A 1FDYA 4JYFA 3NQFA 1AL7A 3VE9A 3HG3A 5EYWA 2Z6IA 3BGGA 3PBUA 3YPIA 3N34A 2RHGA 3HB9A 2NX9A 3MHGA 2VC6A 3G1HA 1H7NA 1EUAA 2E5DA 3M5XA 5K9XA 2Y61A 1A50A 1K7XA 4MY9A 4NXSA 2C15A 1W37A 3IV3A 3P7YA 3INPA 5F1VA 4ZZ9A 5F2GA 4UNLA 1Z42A 3VFLA 1N7KA 3LERA 1S5TA 3GZ3A 1IGSA 1YXDA 3C3NA 4LV9A 4TO8A 3TMQA 1XL9A 1U83A 1G67A 5AC7A 4JTLA 2E09A 4XKYA 4QISA 3W7IA 1YADA 2J9XA 1OX6A 1YLVA 1LDCA 2P10A 3SI9A 1KFBA 5E93A 4AVFA 3OEXA 1XBVA 1DJNA 3SGUA 3NEVA 5D04C 1YYAA 1J2WA 1SW3A 1H5YA 5LZLA 1VHCA 2JGQA 3W1TA 4PTNA 1SSGA 1TPH1 1OJXA 2Q3RA 4CQ8A 1YTKA 5EPDA 1TV7A 1X6UA 3B06A 3NG3A 3HG4A 2W6RA 1QPQA 4UFKA 1KM6A 4IXHA 4LS2A 5LHEA 1UUMA 3HGSA 3BG3A 5KSWA 2PCQA 1LM1A 2TSYA 1XXXA 1H50A 1PCWA 3ELFA 5SWUA 5A8GA 4UTWC 4HIBA 2Y63A 3LI1A 4IQLA 5E0KA 4O15A 1V5XA 1OX4A 5K2ZA 1UASA 4I9AA 3HIJA 4HT3A 4NNBA 3W1PA 2X30A 2V2CA 3H54A 4MVAA 3GKFA 3W1LA 2Z0IA 4JTEA 2NXGA 3IRDA 3QF0A 1TB3A 4ORMA 3WJSA 3GR7A 1W56A 5HR6A 4K36A 5LNSA 5TIMA 3SSJA 1KM1A 4LTSA 2DZWA 3DAQA 5FEXA 3BGJA 2VEMA 2R94A 1D3HA 2GQ8A 3NPXA 3LLFA 3W7CA 2RDWA 1VQTA 4O14A 3LCLA 1OFRA 3PSVA 1PIIA 4KFPA 4LT9A 3M5YA 3QSTA 3QC3A 1H51A 4FF7A 1GWJA 3G1FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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