5LYRA

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-noeuromycin
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycosyl hydrolase family 71
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens xb1a
total genus 134
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5lyrA00
3LPPA 2XIIA 4ZE4A 4AEFA 2BV9A 1HP4A 2XVKA 1CDGA 3AJ7A 3O6AA 1ECEA 1ISYA 4CU8A 3B8SA 1VF8A 3GYCA 4AIEA 1UR4A 3VDCA 7A3HA 4AD5A 7CGTA 2UY4A 3SUTA 1WDRA 3OZPA 1UD2A 3MO4A 2GDVA 3KZSA 1C8XA 3WD3A 3KWXA 2E9BA 5A6SA 1B90A 2YIHA 5CQ1A 3VD5A 2DDXA 3SEPA 4YHGA 3L4WA 3ZJ7A 4BZYA 5A8MA 4RE4A 1G1YA 3WDQA 4CD5A 2XVLA 3POCA 4PCSA 1QI5A 4Z2JA 2QV4A 1W1VA 3MSDA 2C0HA 2EPLX 1WZAA 4ATDA 1HVQA 3K1DA 4CCEA 3NDZA 4DM2A 3EDEA 3WFZA 3VMNA 4GI9A 2Q8XA 1VBUA 2XM1A 5A8PA 5IXEA 2WCGA 3ARSA 4M29A 2WVTA 1NOUA 4MDOA 3QOKA 3B9AA 1QNPA 4LYPA 1GQKA 1L0PA 1W3KA 3CMJA 4E8DA 1C8QA 2VNCA 1KXQA 3W27A 4Z2KA 1UH4A 2WVVA 5E9AA 2VURA 1KWKA 4AD1A 4EKJA 1JZ3A 2XVNA 1H2JA 2YKKA 1TVPA 2QLYA 4PMZA 1M7XA 1YQ2A 4D6EA 3T2QA 4M24A 1NARA 1UZ4A 3PZMA 2OWXA 1PIGA 4CKQA 2OWCA 3W38A 1QPKA 1K9EA 2ZE0A 1H5VA 2G3MA 1HJQA 1B1YA 1GOIA 3BAWA 1VAHA 3N13A 2CCRA 1V3MA 2X05A 1BG9A 4W8BA 2J47A 1TFVA 1UWTA 3VGBA 2XVGA 1C3FA 1QOXA 2XSBA 1MXGA 3W4RA 3VMPA 1CPUA 1GQIA 1WDSA 1M01A 1NM9A 1OWQA 4TOQA 3U5UA 4Z2GA 3CZEA 3RM4A 1JZ4A 1LWHA 4TX6A 4JCLA 5LA0A 4Z2HA 3WL0A 2XWDA 1UKQA 1HXJA 1DTUA 4MJ4A 1D2KA 2CESA 1UH2A 5BYWA 2G8ZA 4FK9A 4AD3A 2VCAA 2QMKA 1QNSA 2AOSA 3WENA 4TX8A 1MXDA 3W29A 1V0LA 2G3JA 4BS0A 1H0GA 2BHUA 1UR0A 1GNXA 4AD4A 2HISA 1BTCA 1ZU8A 1CBGA 2X1IA 2BVYA 3CO4A 3CLWA 1N82A 1UWRA 4CD7A 3GH4A 3FAWA 5D9NA 2WWCA 2W61A 4U2YA 3B9EA 1TCMA 2PWDA 2W62A 5HPCA 1QI2A 1O6IA 1IZJA 2WBKA 3WQ8A 1V6XA 4DM1A 4BF7A 3WIJA 2YBTA 5DFAA 2PBOA 2XUCA 1J01A 4ZXOA 3VM5A 1CXEA 3GH7A 1FFRA 1HL9A 2WXDM 1XYFA 2PWFA 4PTWA 3T08A 3I3BA 5FD0A 2VRKA 4JKKA 1G9HA 2OSWA 2IUZA 3HMCA 1E1EA 5I23A 1CXIA 4V27A 4TTGA 1KR0A 4J3TA 2VX5A 3A3HA 4WSKA 5A8QA 2DH2A 3A4WA 1HNYA 1E4NA 4ACZB 3SUSA 3DHUA 4UQ9A 1E4MM 4ZE5A 3MANA 3UG4A 1HP5A 4BQ4A 1GOWA 1KGXA 2WZEA 4H2CA 4J3WA 4H41A 4UCFA 1LG1A 1MW3A 2ZX7A 1J0YA 1E5JA 2CKRA 1LL6A 2O9RA 2XFRA 3L4UA 4PMQA 1GCYA 1KQYA 1CYGA 4JHZA 4CD6A 1VBRA 4CU6A 2GK1B 2UY5A 1GOQA 3NJ3A 3ARRA 5IHRA 1EQPA 1X6LA 2YBUA 1MFUA 1JDCA 4GO8A 4E8CA 1B0IA 3N1AA 1UA3A 1JD9A 3ZQ9A 4AD0A 1ZS2A 1BYCA 1GHRA 4K68A 1Q6GA 5E6YA 1SR0A 2V3DA 2VVNA 5EFFA 1C92A 3PZUA 5GPRA 3WDRA 1CGYA 3GXDA 5M17A 4TTUA 2JIWA 3AHVA 1DWAM 2ZX8A 3WF3A 4BQ3A 1JZ2A 1ISWA 4QP0A 3T0DA 1Y7VA 1PX3A 1WCGA 2VMFA 4ATWA 3THCA 3WMCA 5I24A 4C7GA 3MS8A 3NSMA 1E6NA 2PC8A 8CGTA 2ZICA 3CIVA 1SMAA 2DT0A 3WKZA 2A3CA 1E71M 1UG6A 1HN1A 4LYQA 4CN1A 1VJSA 1SYTA 2V3EA 1EOKA 3VO0A 1B30A 1TZ7A 1OCQA 2WCSA 4HA1A 2BXYA 3LPOA 3OA5A 1VFOA 5FL0A 3M6DA 4DWSB 2FGZA 4W7UA 1WZMA 1YHTA 3K8MA 1G01A 1UR2A 1EXPA 4ZEPA 3UR8A 2YLLA 2DSZA 1K9FA 4CCCA 3IAQA 1VIWA 2D20A 3U7BA 1NWUA 3AS2A 1UQZA 4PN2A 3CPUA 3BSGA 1XH1A 1E56A 1MQPA 2J8FA 3UG5A 3T2OA 1BVZA 4B16A 4JAWA 3CUHA 1W2VA 5E70A 4XV0A 3OZOA 2D1ZA 2WAGA 3VX0A 3SCUA 3N18A 4AEEA 2PB1A 1W9PA 1EOMA 1LL7A 4BQ2A 3CMGA 3BXWA 2GJPA 4AZGA 4UNIA 4WKHA 4E2OA 3APGA 4BCEA 1HIZA 1ODZA 4D1JA 2DT1A 1WNOA 3I3EA 3VILA 3A4AA 2GJXA 1KQZA 4AWEA 1GQJA 1JI1A 1RPKA 4A3YA 1X1NA 2QPSA 2YL9A 3VIIA 4U3AA 4X0NA 1HKMA 1FA2A 2BY2A 2ZXBA 3WD0A 2W5FA 1QNRA 2YDQA 1ITCA 2W4XA 4PMDA 1QI3A 2W66A 5ABFA 4HOWA 4PMOA 3CTTA 4WSJA 4UQEA 1A47A 4P8WA 3FAXA 1H49A 1MVYA 3WBEA 4W8AA 5ECUA 2EPOA 3CHDA 5DT5A 2DH3A 1CGVA 4J3XA 1KXVA 2WZIA 1HVXA 1R85A 4Q22A 4F9JA 4U5IA 4AIOA 4DWSD 4W86A 3VX1A 3U57A 3M07A 2O92A 1OD0A 4J27A 1UHVA 2GDUA 2E4TA 3N17A 3BLKA 3QGVA 4UFMA 1QHPA 4UOJA 1H09A 5A8NA 3ZM8A 2ZWYA 3I3DA 1EHAA 3GNRA 2J78A 1B3XA 3MSGA 1JZ8A 1JXJA 2BXZA 3F5KA 5F7UA 2A3HA 2ZUSA 3OGVA 3VGEA 2BHZA 3WQ5A 1E6PA 1KGWA 1UOKA 1XD0A 2CETA 2D3LA 2MANA 1GQLA 4XB3A 1QW9A 4W8LA 3MUY1 3WSUA 1V0NA 4TVDA 1PBGA 1E3ZA 3VIOA 1I1WA 2DT3A 1OGBA 4MPKA 4OJYA 3PZGA 1CNVA 3F5JA 3N04A 2QPUA 1C91A 4MNJA 3WL1A 2VRQA 3SCNA 5HOSA 2BHYA 3ARTA 2WMHA 1QBBA 4H8VA 3N9KA 5CG0A 3KEHA 1DWGM 2Z1SA 4HZ7A 3BAIA 3AISA 4MNMA 3SCOA 3ZO9A 3WY1A 1HL8A 1LL4A 2NT1A 4D6DA 3ARVA 3VGGA 2DGAA 2EPKX 1CECA 1BHGA 1W2PA 1EGZA 2VCCA 3AS0A 3OB8A 1KFWA 1WDPA 4J28A 1XRVA 4QFUA 5C70A 4B9YA 4AW7A 1JDDA 2HVMA 3PZOA 1I1XA 1J9YA 4JL1A 1R7AA 4UOQA 4HZ6A 3L2LA 4W5UA 4F8XA 3MMDA 1J0ZA 3WMBA 1JYNA 4OBRA 4P7QA 2RGMA 3WQ4A 3AIWA 2VCBA 3UG3A 2XFFA 2PWGA 2VR5A 1W9XA 3UCQA 3AICA 3VGHA 3W0KA 1GOOA 3WNLA 1EO7A 4M8UA 2EPNA 1JFXA 1CXHA 2FDMA 3SIMA 3WBAA 3ZR5A 1UKPA 3PBGA 5AC4A 5DO8A 3K46A 1CGUA 1UA7A 2VVSA 3VD4A 4QAWA 4W84A 5BXTA 3GDBA 2VQTA 4ZXLA 2WLZA 3F5LA 2WKLA 2WVVB 5CPTA 4AC1X 1B3WA 3FHAA 4PUEA 5HNNA 3VNZA 1HT6A 2VI0A 2WPGA 2WZHA 1C7TA 3MUIA 3EDDA 4FF5A 2EPMX 3AZRA 4P8UA 3WUBA 4W7VA 2WC7A 3VKKA 4JHOA 3WNNA 3VIMA 3NYDA 2Y4SA 1Q6DA 3AMGA 4CD4A 3LPGA 2J4GA 5I6SA 2CBJA 4PMYA 5A6LA 1ZBWA 1GUVA 4LX4A 6TAAA 1H4PA 1J18A 1E3XA 4UQCA 2VZUA 5AYBA 2OYMA 1NOWA 3SCRA 5A2AA 1EIBA 2VR4A 4UQDA 1JI2A 3WDJA 3FXYA 1JZ5A 1KCLA 3BAJA 4OKDA 3RPMA 2VRJA 2XPKA 3THDA 1QBAA 1XSIA 3AIQA 4JFUA 4PMXA 5CXPA 2JF7A 4GI8A 4DUWA 4P8VA 1PIFA 1F4AA 3VTRA 3RJYA 2UY2A 1H3GA 1E6ZA 3GNOA 4F9DA 2DSKA 4V2XA 4AYSA 4BA0A 4UTFA 2J7CA 4XZWA 2CHNA 3BAYA 1TG7A 3POHA 1WZLA 4CVWA 3AYSA 1NP2A 4HOZA 2CIPA 2G41A 5GQBA 4WIWA 5I2UA 3VOCA 2Y8KA 5BXSA 3VIHA 1I75A 1HX0A 5BRPA 1B3VA 1QHZA 4UFHA 4JFVA 4PEEA 1C7SA 3SCWA 4MB5A 1FFQA 2F8QA 3CHCA 2D0FA 4Q7NA 1XH0A 2JEQA 3AHYA 4JKMA 4YHEA 4QLLA 5BCAA 3VDBA 2FHBA 1EDGA 1TE1A 3EMQA 5DMYA 3ALGA 1UQYA 2W91A 1VJZA 2JIEA 5A6BA 3GNPA 4UZUA 1E70M 1JF5A 3W82A 2V5CA 5CGTA 1UWIA 2J75A 3F4VA 1LLOA 2XM2A 4CU7A 2PWEA 2NW0A 1BAGA 4HZ8A 4ZFMA 2D24A 3K4DA 4OOUA 1EH9A 4PRWA 4MB3A 4M82A 3HJEA 3SUVA 3AMDA 4D6GA 4H8UA 2DIEA 2XGIA 3AS1A 3GM8A 2WK2A 1PAMA 1VFMA 2XJ7A 1KXTA 2YJQA 4PMVA 4FMVA 1W9BM 3ARWA 2DIJA 1J11A 9CGTA 3A6OA 4D6HA 1OGSA 2CHOA 2JEPA 1SMDA 2DSVA 1G94A 1UD6A 1KGUA 5HXMA 3W25A 1W3JA 1TVNA 1NWRA 3OIHA 3FN9A 5D9MA 3SUWA 5BRQA 1VEMA 2EXOA 5FCZA 5CGMA 3QHMA 1CZ1A 1XCWA 1KR1A 2ZUTA 2J8GA 4PMUA 4R27A 4PMRA 5EMYA 3WF1A 1E15A 5FOOA 1UKTA 1PEZA 5I78A 3T0AA 4QCEA 4H7VA 3ARXA 2Y5EA 3QHOA 1PX4A 4WF7A 1QW8A 3BCDA 2V3GA 4N0RA 2VOTA 3CZGA 1BPLB 1WDQA 2WCAA 4IM4A 3GXMA 2J25A 2X09A 2AMGA 4PSRA 3M46A 4U3CA 1M53A 2WMKA 1HJXA 4HOXA 1MWOA 2WSKA 1XSJA 3L2MA 1GVYA 2C7FA 2DPEA 3TOPA 3UERA 3MMUA 1VENA 3ZT7A 4AY1A 1J0KA 2BY3A 2G3NA 1R8LA 3DECA 3VGDA 2GUYA 1UR8A 4D72A 3T09A 2E0PA 3ARYA 4D6IA 4UFKA 3WD4A 1GZJA 3WNPA 1JFHA 1GPFA 1JDAA 2E40A 2YL6A 3AMKA 4ACZA 2J7BA 2OSXA 4IUGA 1V3JA 3BMWA 2ESCA 6CGTA 3OGSA 3OLGA 1JYXA 5AY7A 2G4FA 3BCFA 5A3HA 1ZL1A 4GO9A 1IV8A 4AD2A 2CYGA 3WH8A 1UKOA 3TONA 2YDRA 1GONA 1ITXA 2ZIDA 4ACYA 1XD1A 3AYRA 1H41A 2O9OA 5I3DA 3WNKA 2WHLA 5LA1A 1VFFA 4L4OA 2WLYA 3CUFA 1NQ6A 3ZOAA 4HPGA 2ZUWA 2FH6A 2XHYA 2UY3A 4U33A 1BG4A 3U7VA 1OD8A 1E4LA 3NSNA 2YL8A 2GJXB 3AZSA 2VX7A 4DUXA 4MB4A 3K8KA 3PN8A 4AZ7A 1E6RA 3MU7A 3OGRA 1G0CA 2CXGA 3WNMA 1JYWA 3BC9A 1V02E 1HJVA 1V6VA 2Z1KA 1CGTA 3VVGA 2VZOA 2WANA 4GZEA 3WF2A 4B15A 2BVDA 5ABFB 2YA0A 5CLWA 3WQVA 3HN3A 4UFLA 1RP8A 1WZKA 4AZ6A 3WH5A 4H04A 4AZCA 4CGTA 3IK2A 1BYAA 3PZIA 5TD4A 1EA9C 2TAAA 2E3ZA 2WC4A 4X0VA 5HDRA 1UD3A 3UESA 4A4AA 5CSUA 2XIBA 3TTQA 1CXLA 1E1FA 1OM0A 3A4XA 3FW6A 1BYBA 2VC9A 1L8NA 2GSJA 3WEOA 2YLAA 1BSIA 1EHNA 4JFSA 1GVIA 3WH9A 3AIUA 2W67A 1GORA 1W1PA 4OIFA 1OB0A 3UEQA 1EDTA 1CXKA 5BWFA 5IHSA 3ZIZA 3AFBA 3BSHA 3W53A 3S6TA 2ZUNA 4MAVA 3CZ8A 5BXPA 4W87A 5JBDA 4PSPA 1E0VA 1CXFA 3O2LA 3O9NA 2O9TA 2V5DA 1B2YA 1BFNA 3ZT5A 4M56A 4CN4A 3CUJA 1V02A 4FLRA 5M03A 4W88A 4UFJA 2X0YA 3AROA 3L4VA 3PZ9A 3WMSA 5AC5A 2J7EA 2WMIA 1S46A 4GXPA 3VDAA 1HKKA 1E6QM 1KWGA 4JZ5A 1CLXA 2WW5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LPP A;  2XII A;  4ZE4 A;  4AEF A;  2BV9 A;  1HP4 A;  2XVK A;  1CDG A;  3AJ7 A;  3O6A A;  1ECE A;  1ISY A;  4CU8 A;  3B8S A;  1VF8 A;  3GYC A;  4AIE A;  1UR4 A;  3VDC A;  7A3H A;  4AD5 A;  7CGT A;  2UY4 A;  3SUT A;  1WDR A;  3OZP A;  1UD2 A;  3MO4 A;  2GDV A;  3KZS A;  1C8X A;  3WD3 A;  3KWX A;  2E9B A;  5A6S A;  1B90 A;  2YIH A;  5CQ1 A;  3VD5 A;  2DDX A;  3SEP A;  4YHG A;  3L4W A;  3ZJ7 A;  4BZY A;  5A8M A;  4RE4 A;  1G1Y A;  3WDQ A;  4CD5 A;  2XVL A;  3POC A;  4PCS A;  1QI5 A;  4Z2J A;  2QV4 A;  1W1V A;  3MSD A;  2C0H A;  2EPL X;  1WZA A;  4ATD A;  1HVQ A;  3K1D A;  4CCE A;  3NDZ A;  4DM2 A;  3EDE A;  3WFZ A;  3VMN A;  4GI9 A;  2Q8X A;  1VBU A;  2XM1 A;  5A8P A;  5IXE A;  2WCG A;  3ARS A;  4M29 A;  2WVT A;  1NOU A;  4MDO A;  3QOK A;  3B9A A;  1QNP A;  4LYP A;  1GQK A;  1L0P A;  1W3K A;  3CMJ A;  4E8D A;  1C8Q A;  2VNC A;  1KXQ A;  3W27 A;  4Z2K A;  1UH4 A;  2WVV A;  5E9A A;  2VUR A;  1KWK A;  4AD1 A;  4EKJ A;  1JZ3 A;  2XVN A;  1H2J A;  2YKK A;  1TVP A;  2QLY A;  4PMZ A;  1M7X A;  1YQ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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