5MHB | Genus

Total Genus 120

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLCEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__666657659559865__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__666657659559865__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5MHB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__666657659559865__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"666657659559865","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5MHB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__666657659559865__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e5e0e40f60ab31e895212/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e5e0e40f60ab31e895212/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e5e0e40f60ab31e895212/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e5e0e40f60ab31e895212/pdb.gz): 101 ms

reading 323 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

323 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:322});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structural studies of substrate and product complexes of 5-aminolaevulinic acid dehydratase from humans, Escherichia coli and the hyperthermophile Pyrobaculum calidifontis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Delta-aminolevulinic acid dehydratase
total genus	120
structure length	323
sequence length	323
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2016-11-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5mhbA00

3G0XA 1OG0A 4H6KA 3KX6A 1UUOA 3IGXA 4BWLA 1V7YA 4UMCA 2V82A 4GWEA 1VCFA 1TPFA 1YXYA 3LGEA 4CCEA 3UWVA 4N4PA 2ZZ3A 1KFKA 3E02A 1VHCA 2J6XA 3LERA 4DBEA 3MP4A 3NGJA 5DXXA 3I7RA 3P80A 4HSNA 3P8JA 2ZTJA 3R89A 4TMBA 5FI8A 3HG2A 3F1QA 3W84A 1PHQA 3WJYA 2PRHA 1VCGA 1GOXA 1EWEA 3EWWA 3TC6A 2DU2A 2FTPA 4FXRA 1Q3NA 2YW3A 3W2KA 2A1YA 3W7EA 2E6DA 3BLIA 3TNOA 5AFDA 4YLWA 4YWIA 4R33A 3P67A 3R8RA 4AMAA 4O15A 4JTJA 4JTGA 2RDWA 2KZHA 1FDYA 4Z1DA 3TXVA 2FDSA 1MSSA 1H7OA 4UFKA 5G2HA 5A8GA 1SQ7A 4CQAA 3S1WA 2TRSA 2Z2UA 3G1VA 4UMBA 3I68A 1IIHA 2Y70A 2CZDA 4IOTA 5LGZA 1FWWA 1CW2A 1L6WA 4GRSA 3WJWA 3L21A 1WA3A 1YTEA 3W2JA 2BTMA 3A24A 4O0KA 1TO3A 3L68A 2X1TA 3HGSA 4XQ6A 2P0OA 4Z0JA 2Y7GA 2D73A 3GDMA 2V5LA 2CZEA 1KLZA 3W76A 3T55A 2DZWA 4HNVA 1JJKA 1UASA 4AEOA 2NUXA 1W1ZA 3QW3A 2GJLA 1FDZA 2E5BA 2QAPA 5HQEA 5D09A 3W7LA 4K7YA 2QJHA 5F2MA 1ZY9A 2Y7FA 2X1RA 3IRDA 1VYPX 2NV1A 3PBWA 1NSJA 3U8GA 1ZFJA 4ZQPA 3LI1A 1LYXA 4UTJA 1SZGA 2A4AA 3MMTA 4DF2A 4JNMA 2J9ZA 1A5BA 3ABRA 5AOUA 4CQ8A 3S9YA 2DZXA 3LHUA 3LCFA 3RNDA 3DKJA 3C2RA 4FEZA 4IXHA 4UTLA 1H62A 3V1PA 2AQWA 2VFHA 2JGYA 5AHLA 4NZJA 3UY7A 3BARA 4DPPA 2DZUA 4ADTA 2WQPA 3IGSA 3W3OA 1A5AA 2ZA3A 5HUPA 5I3HA 3NM3A 2VEPA 1FCQA 1G4EA 1EEPA 4YL2A 2OCZA 3EXRA 4EWND 1KBJA 4A2SA 1TTPA 3EWUA 4RJEA 3TJLA 2OX1A 3TW7A 1AW1A 4S2CA 3HF3A 3TC7A 4GE8A 4TR9A 1W37A 4LTSA 3UXDA 4MY1A 3W73A 5CGQA 3CLMA 1RVGA 1PV8A 3HPXA 1GJPA 2CWNA 4M6QA 1KM0A 2C0AA 3ABQA 3GXNA 1O60A 2RFGA 1IXQA 3MHGA 2OZ0A 3MWAA 3NA8A 3MYPA 4OV9A 1OX5A 3BG5A 5CSSA 1KM2A 4HN4A 4M7SA 5I3KA 1YDNA 3LCHA 3HG4A 2AGKA 1GZGA 1M6JA 1B4EA 1SFLA 2Q8LA 2A0NA 4IJBA 1RPXA 4IX0A 3HIJA 3GIYA 1XUZA 3NQ6A 4RX0A 1PIIA 4AXKA 4NJHA 4D2JA 2ZA1A 4LS2A 5TQLA 3UWUA 2CLHA 3PSWA 5D38A 1Z48A 3UWYA 3W7QA 4UTKA 4FIQA 4QIUA 4UFHA 3LV6A 4CCCA 3LCLA 1OABA 4LVBA 4FHAA 2E6YA 1KFLA 2QCDB 4KWWA 3STGA 1K8XA 5G4EA 4UFLA 5DELA 1SZFA 5F4SA 3ZWSA 5HR7A 4JTEA 4A3UA 4LV9A 3UQNA 1SUXA 1TTIA 2QF7A 3BVJA 5CPMA 1H1YA 2QCGA 4UTWA 3W22A 4JX6A 2YFNA 4JTKA 4YXGA 1G69A 1KLYA 5ABTA 1L2UA 1ME8A 4HPXA 1TPC1 4M6PA 3W74A 3KVKA 3MI2A 4U4MA 2QCMA 6TIMA 1LCOA 1SZNA 1YPIA 4IWWA 4NQ1A 1EIXA 3DKLA 3CTLA 4Q33A 2C15A 1OHLA 2B7OA 1GVQA 3W1LA 4JX5A 3D0CA 4NZFA 1RZMA 1RV8A 3A5VA 1SFJA 4POCA 1H7WA 3JR2A 4ZVJA 4OWGA 4K37A 4K39A 1H5YA 2A7PA 1P1XA 2B4GA 3KAOA 3DI0A 3U6WA 4Y9AA 5IBXC 5KINA 2A2IA 4PEKA 3WJXA 3FEMA 3L9CA 3FKRA 5LNSA 1QFEA 4RZ6A 3PY2A 1KA9F 1QAPA 4LS0A 4WZHA 1C8VA 1FXPA 2GPTA 3GB6A 4PA8A 3UY8A 1QCWA 3VE9A 1H1ZA 1KFBA 3C2OA 4ZQCA 3FJ6A 2VKZG 4QJ1A 3W7HA 1BWLA 5E0KA 2X30A 3N3MA 1GVRA 1WBJA 2QJGA 3DFPA 1JUBA 3MI6A 3W1RA 1K03A 4MFEA 4E2DA 3HG3A 1P5BA 4OGZA 4FXSA 5F4WA 1VQTA 4M7TA 5AHFA 4JN6A 4OV4A 1AW2A 1CX9A 3KHJA 4Q4KA 2FJKA 4AH7A 3ATZA 5CZSA 4JYFA 4DELA 2E68A 3LCIA 4Z1BA 4GFSA 2FIQA 4LU0A 3M6YA 1YTKA 3EEGA 4LW7A 1KW1A 3BG9A 3TFCA 1W3TA 3OIXA 1TYGA 1H51A 5K4XA 1LDCA 3SR7A 5I3FA 3HB9A 4ZZ9A 1LZOA 5DY3A 3BGJA 1WOBA 1ZJIA 2V2DA 3GKFA 1HUVA 2C6QA 4YCOA 2Y7DA 1GG0A 2PCQA 3DBPA 4A21A 2E09A 3B05A 2Y7EA 3T44A 1DORA 3NG3A 5I3IA 1J5TA 3BW4A 4O54A 4GXMA 1T99A 2Y63A 3GZ3A 2ZA2A 1W5PA 3MI3A 1KTBA 3W7NA 5KITA 3S1VA 4JXCA 2J88A 5AHIA 3SGUA 2B0MA 3E96A 1OVDA 3G8RA 3MP3A 2DZVA 4MLRA 3S5OA 2ISWA 2Z6IA 2H90A 4QITA 5K9DA 4H3DA 4MJMA 5LZLA 1XDMA 1ML1A 4NX5A 3M47A 1UB3A 4WD0A 1OFRA 2ZRVA 4Y96A 4TU1A 3W1MA 1XBXA 3BO9A 4XUGA 4O1AA 1VLIA 1L6SA 2VOMA 3GR7A 3GNNA 2PURA 3KXQA 1KBIA 3SIZA 1V5XA 4O1CA 1JCXA 2CLOA 2J9XA 3SY5A 3OVPA 3W71A 4PL2A 1U5JA 4PH6A 3CEPA 3R12A 4N4QA 1AL8A 3N9RA 3W7KA 3B03A 3WK3A 5HMSA 4WX2A 3NEVA 5AYYA 2A7RA 4A22A 3USBA 2V0TA 2ATSA 3IIXA 3C52A 4E38A 1FCUA 3E9AA 4JS3A 3TKFA 4Z1AA 2QCNA 4K8HA 2ZZ7A 3ELFA 5U4NA 1VCVA 1LOQA 1X8FA 4GUGA 4AVFA 1TPB1 3CQ0A 4WOQA 3P74A 4LOCA 1TV7A 4TIMA 3PSVA 1TCDA 5FF3A 3N2MA 5AHEA 1LORA 4O0ZA 1DHPA 4IPJA 4DEFA 5AC6A 3WJSA 3HOJA 2FB3A 1O4UA 1MEWA 1FWSA 3BK0A 1FQ0A 1OFOA 3LOTA 3W70A 2NZLA 2O7QA 3C61A 1TRIA 3GAKA 3RU6A 1EUAA 1VGAA 3Q94A 4KFNA 4PTNA 2PC4A 5D03A 2WO5A 3P8IA 3MBDA 3C0JA 4NNCA 1OJXA 1IIGA 1OFAA 4QM1A 2ZZ4A 3W2LA 1ME9A 1NEYA 1I2OA 1HTIA 3TQ0A 4MPQA 1OX4B 2HS8A 3RLVA 1LOLA 3PB2A 4OT7A 4MLJA 3STFA 1W54A 4OU1A 5AYZA 3O63A 1B4KA 1WQ5A 4I7VA 2DORA 1I4NA 1N7KA 3G1FA 3NYZA 3PBUA 3NM1A 1P4CA 4K8EA 4K7VA 5I3GA 2Y61A 4OBTA 3O6YX 3DH7A 3Q58A 3W1QA 2G5WA 4I7WA 4ADUA 2C1HA 4FNUA 2TMDA 3CIXA 3PG9A 1JR1A 1YYAA 3KVJA 4UR7A 3MO7A 1JUKA 2Z6JA 4LRTA 1T8XA 5EL1A 1TPWA 4UTUA 1ZHAA 3T7VA 1G4TA 2E6AA 3W2MA 2F7FA 1W31A 1F6KA 1IGSA 2WSYA 2ZDRA 1TJPA 1X1OA 1B57A 5HNRA 2OJPA 3QSRA 3THQA 1O94A 1ZALA 5KTLA 4AWSA 2JKEA 3IIVA 1W8SA 5U7SA 4JTSA 4EF8A 5D2XA 5BNKA 2QUVA 4Q32A 3AJXA 4N9DA 2Y88A 5D30A 3A22A 4JTIA 3HJZA 4A2RA 2B7QA 1UJPA 4O8RA 1XBZA 5CKSA 3T40A 2GUUA 3M5ZA 5DBTA 1LBLA 1XC4A 2I9EA 2R91A 3T78A 5C55A 1J2WA 4Z0SA 3PUEA 4RXFA 3F03K 3EWZA 3IEBA 3W83A 4QSHA 2RHGA 1H50A 2NXIA 2QCFA 4O12A 1X1ZA 1X6UA 3W86A 5K2ZA 1G6CA 2JBMA 3PR2A 5D37A 1PHWA 4RKAA 4AF0B 3PULA 4NVTA 3RK8A 3QMTA 5KMYA 1F05A 4JYDA 3L5LA 4JICA 3NZRA 2ZRZA 3L66A 3R13A 4UTTA 3LHVA 3W85A 3M43A 2W79A 3SSJA 1UUMA 4JDBA 3M16A 2E77A 4M5PA 3QQ1A 3W1TA 5C54A 1F5ZA 1XUUA 1XBYA 2WNQA 3NQ7A 3UD6A 1WBHA 3K30A 1ZENA 3VCRA 3QFEA 2PRMA 3TUUA 4HPJA 4N9BA 2YYUA 2QUTA 2Y6ZA 2YW4A 1SW7A 1FY6A 3IIPA 4MZ1A 2ZQ0A 1HFBA 1SO4A 2VENA 2NX9A 3ZFHA 1Z41A 1KM3A 3EWBX 4QQ3A 1QPOA 3MP5A 2QCDA 3CWOX 2E5DA 1YDVA 1VR6A 4XZ9A 1S3HA 4RLIA 4JTHA 1SU5A 4AAJA 2GVLA 2ZYFA 1TPEA 4NJIA 2DZTA 3UWQA 3P7YA 5D04C 1VJIA 1ICPA 2R94A 3O07A 1PCWA 3W7JA 5AC7A 3W9ZA 3M7WA 3NPUA 3C8FA 1XDLA 2NUWA 5MHBA 4HNUA 3DENA 4DQWA 2RDUA 3UNDA 3RLUA 3LCXA 4EIVA 3OBKA 5BRBA 4IXXA 5EPDA 2QAFA 5CZ0A 5A5WA 5LNVA 1R46A 1JCLA 1ZAHA 3DFTA 4R7JA 3C2EA 3PG8A 3S1UA 3TJXA 4IMCA 2JK2A 2FPYA 4JD4A 3WJZA 3W7DA 4L4LA 3O1NA 1NVMA 4RK8A 4FF7A 2V30A 3NZ1A 3QSTA 1KTCA 3GXTA 3SJ3A 1YXDA 1XM3A 1SW0A 3EKZA 3B04A 2HMCA 3KVMA 1U83A 1TTJA 4FX7A 1JULA 1TRDA 3MJYA 4NNAA 3P62A 3OG3A 5HJLA 2HS6A 3GK0A 1FX6A 5FEZA 2YPIA 1GTEA 3GVGA 5LNRA 3PUDA 3QJAA 2A5HA 1PL9A 2XN1A 3FJLA 3G24A 3HPZA 2CU0A 3C4UA 3I7SA 3TE9A 1B3OA 2V9DA 4ADSA 4BK9A 3EX2A 1XL9A 4O4VA 2TPSA 1N55A 5CPNA 1SR9A 3M5YA 1OF6A 3OA3A 1IXNA 1WYIA 3NQFA 4ONVA 4MVAA 4JY9A 2VXNA 4FNSA 1MO0A 3B8DA 1YTDA 2ABAA 2C3ZA 1YXCA 4ORMA 3GYEA 4S2BA 2C19A 3QQ0A 3Q37A 4WY0B 3MHUA 1UBSA 3E0IA 1AG1O 2CLEA 1LRNA 1XCFA 3SW6A 3W7IA 2GQ9A 1VHNA 3OEXA 3DFSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1W2P A;  2QKF A;  2MAN A;  3AIV A;  2OLA A;  3EB2 A;  4IQJ A;  2PZ0 A;  3QF0 A;  4C6J A;  4UB9 A;  3GFZ A;  1JND A;  2R1M A;  1MQP A;  3HFT A;  2VEL A;  5AHN A;  4DO4 A;  2YXO A;  1I2R A;  1FP8 A;  1EL3 A;  3JUG A;  3TZN A;  5K4Z A;  3LLD A;  3GVQ A;  1P6W A;  3ALF A;  4IMF A;  2IKG A;  3GWQ A;  2WMI B;  2VEI A;  2JF6 A;  5BMW A;  1XGD A;  2YCI X;  2NVA A;  4PCS A;  3KRS A;  1O5K A;  3WH9 A;  2E25 A;  3GE7 A;  3ZWT A;  4NAS A;  3E49 A;  3Q2D A;  4AFY A;  3W53 A;  3VAV A;  1FCB A;  2HPM A;  4G7E A;  1A53 A;  3W72 A;  2QMJ A;  1IEW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5MHBA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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