5T26A

Kinetic, spectral and structural characterization of the slow binding inhibitor acetopyruvate with dihydrodipicolinate synthase from escherichia coli.
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
293
structure length
292
Chain Sequence
HMFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, Spectral and Structural Characterization of the Slow Binding Inhibitor Acetopyruvate with Dihydrodipicolinate Synthase from Escherichia coli.
rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli o8 (strain iai1)
total genus 108
structure length 292
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2016-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5t26A00
1F05A 5FI8A 4QNEA 3P5ZA 4EOUA 2YSWA 3G18A 3W87A 1OF8A 2R14A 2RH9A 1XUUA 2E6FA 4O57A 1XBVA 1XFBA 5TIMA 5G1TA 3PBUA 4YXGA 3HGSA 5FF4A 3OVPA 2ZDRA 1KFJA 4TMBA 4GE8A 1B57A 5F4SA 3UNDA 3W2LA 1JR1A 3DHFA 3ATYA 1W5QA 1UB3A 2CWNA 3GDRA 3EWBX 4TIMA 1JVNA 3IVTA 4QISA 4ADSA 3KX6A 3T7VA 2CLFA 4MPQA 3A22A 4OBTA 3DFNA 3O8AA 3O06A 5AHLA 2VXNA 1GVSA 4ICNA 3JRKA 1DVJA 1ZENA 2E6YA 1SU5A 2PRMA 1XXXA 1Z44A 2QAFA 4JIPA 3STFA 3TJXA 3K30A 3PBYA 2OT0A 4MUZA 4GUJA 1L6SA 5LHFA 3M1ZA 3L65A 3LV5A 4RXGA 3CIWA 1AW1A 5D2WA 1C29A 1P5BA 2E5BA 4OE7A 3MP5A 3SGZA 2Y85A 2VC6A 1XBZA 4EVZA 3MYOA 2Y70A 4NJHA 2Y89A 3CWNA 4O11A 1G7UA 5HMSA 3A5VA 1QO5A 4MFEA 5I3FA 4K8HA 1TPVA 4LVDA 1HG3A 1Q6RA 3R2GA 2WSRA 3YPIA 4YL2A 1B9BA 1LYXA 1B3OA 2H3BA 2Q8ZA 1K8ZA 3GDMA 4LS1A 4WQ6A 1K7XA 1IXQA 4OV4A 3R12A 8TIMA 2X1RA 1VYRA 4UTJA 1DJNA 2HTMA 4IMEA 1XM3A 2WOQA 2C13A 1OJXA 1YDOA 3W1RA 3PVFA 1X1OA 5EKYA 1F73A 1OFQA 4FO4A 3TUUA 4I9AA 2ZQ0A 4UTUA 3FJ6A 3W2NA 1B4EA 1ZHAA 3MI2A 4MOZA 5IBXA 3M47A 4JY8A 1W3NA 3HIJA 4ZQCA 2ISVA 3N2MA 3TSBA 3ABRA 1H51A 4WOQA 4N9BA 2VEPA 3OA3A 4HSNA 3HGOA 1K8XA 2O7QA 4B5NA 1FCUA 2BX7A 2VFEA 4ZQMA 5A8GA 4PC8A 3NQ6A 4FF7A 2QJGA 3W7IA 2QR6A 4N9DA 3TROA 3HPSA 5T26A 1GEQA 3WJXA 2QDHA 3HG5A 1ICPA 4Z1AA 3NPUA 1I2NA 2NXHA 3G8EA 4M19A 2ZZ6A 3NL2A 3UD6A 4X3ZA 4JDYA 4XWUA 3BPWA 1DL3A 1SO5A 1NSJA 4N02A 3C2OA 3LDVA 3CC1A 3PB2A 1QPNA 3KRZA 4Y9AA 4U4MA 1AW5A 4HPJA 3TQVA 2RDWA 2B7QA 1PCKA 3W7OA 2Y63A 1VS1A 3OBKA 3M41A 2HSAA 1QNVA 3KRUA 3QH2A 5FEZA 1YPFA 1JRCA 4LUIA 1SSDA 3R5EA 2ZZ2A 4UTWA 1KM4A 1TSIA 1UASA 1EX5A 2TPSA 1TPWA 2Z6JA 3IV3A 1KM6A 3T4CA 1LRTA 3H55A 4HT3A 1SO4A 3MYPA 3PWAA 4ZQPA 1OK4A 2E5DA 3GB6A 4UNLA 5LNWA 1O95A 2WPBA 3NQ8A 4AF0B 4AHOA 2OZ0A 3M44A 3QMRA 1JUKA 1FCVA 3F4WA 2A1YA 1YPIA 4JTHA 3SGUA 3ZFHA 4YWIA 2E6AA 4UC5A 1EB3A 5DELA 2ZA3A 2YZRA 2VFGA 2DZWA 3N19B 4NJKA 3IIOA 1QMLA 3C6CA 3M16A 4O28A 3HBLA 3BW2A 1H7RA 4LVFA 4FNQA 1VLWA 3UWYA 1CX9A 3CT7A 4YMZA 2NV2A 3TSMA 1A5AA 3LCFA 3A24A 4DXVA 3THAA 4UFLA 4ADTA 1L2UA 3EXTA 4N9EA 3PG8A 2FPTA 3P80A 1HFBA 3S8HA 1FDJA 1WAUA 3B4UA 1TTQA 1UUOA 3ANYA 1K7FA 5CZTA 1FWNA 4Y6GA 4UIOA 1H62A 1KV8A 1W5MA 3IRDA 2BWGA 4AHQA 1VYPX 3TV8A 1OFEA 3GNDA 2J9YA 3LCIA 5K9DA 2NUYA 4AH7A 1DBTA 3TR2A 4JTEA 1G4PA 2GQ9A 3T40A 7TIMA 4CNNA 3EXSA 3RFAA 4MZYA 3GK0A 3PUDA 1MEWA 1LCOA 5HJLA 1I4NA 4UFHA 4LVGA 1O60A 1ZNNA 1RQHA 2NLIA 1H7XA 4MJZA 2GVGA 3U2OA 1QPQA 2FFCA 3N9RA 5LSMA 3NQ7A 2WV8A 2NXIA 2VFFA 5I3IA 5AFDA 5AOUA 2DJXA 1KFKA 4FX6M 4UTTC 4UTIA 2J27A 1Y0EA 3S1WA 4AWUA 3EKLA 1I2OA 1LBLA 4AMAA 5E1QA 4ALDA 5DN1A 4IX2A 3SI9A 1FWWA 3NQEA 1THFD 1JCLA 3E49A 3W1QA 1F76A 4O1DA 3E02A 5FF2A 1WBHA 3NG3A 2BSLA 4O4VA 4JTIA 5CPLA 3L5AA 5C55A 1GPWA 5AC8A 3HB9A 2C3ZA 1SW0A 1ZALA 3LHZA 3TW6A 2YDAA 5F2LA 1KFLA 4ML9A 1FDZA 3HG4A 5D2VA 4X22A 2X16A 4HNTA 5D38A 1HTIA 5D2XA 1J4EA 1SZGA 3NNTA 3NQ2A 1H60A 4RCXA 4K8EA 2OX1A 3G1FA 1LRQA 1WDWA 1M5WA 3L0NA 5CPOA 3WJSA 3M7WA 2ZTJA 4Z0JA 5D32A 4PODA 4CLMA 6ALDA 3H53A 4TU1A 2QUVA 4OGZA 3NQGA 1PHWA 4NX0A 2DJLA 3M5XA 3LHYA 3D0CA 3GR7A 2YW4A 1D9EA 3KVKA 1H7PA 2W6RA 1VH7A 4R7JA 3UY8A 3C0JA 3BG3A 3W7LA 1JUEA 3NQMA 3BLIA 1XDMA 2Y7DA 3JS3A 2QCNA 2QKFA 4AWTA 4IJBA 3W2KA 4K6AA 3PBVA 3FEMA 3LCLA 3TE9A 1SZFA 5G4EA 4O53A 1XL9A 1X1ZA 3INPA 4RK8A 3W7HA 5EYWA 4U28A 2Y6ZA 4JTSA 4OT7A 1RZMA 3RLVA 3UWUA 1VRDA 3LI1A 5I3HA 2IQTA 1C9DA 1Q6OA 5FESA 3WFAA 4O15A 2ZCGA 4O1BA 3LB0A 2ABAA 2X2GA 4JX6A 1O4UA 4KFOA 4HNVA 5HUOA 3SW6A 3FLUA 2OT1A 2CLHA 1LM1A 3B0VC 1OF6A 3DFOA 3TIMA 5BRBA 1S5WA 3LHWA 2ABBA 4NVTA 4FNPA 1KTBA 1A5CA 3W7CA 3I7QA 4QAIA 5U4NA 3TJLA 2FTPA 3S1XA 2NUWA 1TPEA 4DBDA 4XBKA 3DFPA 3TK7A 2Q3RA 1OFAA 3LM7A 1TQXA 1KLYA 5F2GA 4EF9A 3W84A 4UFIA 4R53A 1GVOA 1LRNA 2NZLA 4GNJA 1DJQA 5K7JA 2GJNA 4E0CA 3EX3A 2GPTA 4IWWA 2TSYA 4LRTA 5KITA 1JUBA 2G97A 3W07A 1B4KA 2H3DA 3W71A 1WYIA 1FWRA 4KFNA 1TJRA 2CLOA 4N2YA 1GWJA 4PEKA 1H7WA 2FLIA 4MFDA 1KFBA 2BZNA 4LNYA 3P5YA 1SPQA 2YCEA 4PL1A 4O14A 1YTDA 3LTPA 3BVJA 4N6EA 2Y88A 5LNVA 3S0CA 1RVGA 4GFSA 2ZRVA 4Y90A 1T8XA 3G1DA 1EEPA 4NQ1A 1DQWA 1JULA 1NEYA 4FNUA 5ABTA 3W83A 3L67A 3L9CA 1O5XA 3QYQA 3PSVA 4NZFA 3HO8A 4P2VA 3OVRA 5BMXA 4BFAA 1PV8A 1JCJA 4XTIA 2VFIA 1A5SA 2C1HA 3RF9A 3SSJA 3PUOA 2G5WA 4LC8A 4Q4KA 1P0KA 3PF3A 2CLMA 2Q8LA 5F2MA 1KFCA 5D33A 4E38A 1X8FA 3TXVA 1SO3A 2F7FA 1ONRA 3QMTA 2NXGA 2HS6A 2E68A 5DY2A 3NL3A 3B0PA 2P0OA 4IQLA 5AC6A 3IIZA 4M6VA 1VR6A 2C6QA 3W86A 5EPDA 4MZ1A 1L6YA 1V5XA 1VCFA 3PR2A 1HUVA 1Z41A 2YFNA 3C2RA 4RZ4A 2BXVA 1GVQA 3DKJA 4WXYA 1RD5A 4M7SA 1K7EA 3HJZA 1VJIA 4UR7A 1YTKA 3IVSA 5LNUA 1I8JA 4NJJA 5HUPA 3R13A 4JTTA 4A22A 3LGEA 5FEPA 3PSWA 5KZDA 3W1AA 2YGYA 1S3HA 5KSWA 3BARA 4NZJA 3HGRA 2AQWA 2C16A 2V5LA 1TYGA 1W5PA 5FF0A 3W1TA 1KM2A 2R91A 2YYTA 5HWMA 5CGQA 2TYSA 3QW3A 1ZAJA 3EWWA 1KBJA 3EB2A 3MBFA 4CQAA 3RNDA 1G4EA 3SZ8A 4NT0A 3S9YA 2OCZA 3DGRA 3CEPA 1W54A 4GBUA 2C15A 4X2RA 4DO4A 3MMTA 4O54A 1U5JA 1L9WA 4LTSA 3RK8A 3FA5A 3GAYA 1J5TA 1WQ5A 4JD4A 2QJHA 4W9TA 1ADOA 4IUOA 1KW1A 4AHPA 5AHMA 2DORA 4A2SA 2CLLA 1KM5A 1QFEA 5HWJA 4N9CA 1BWLA 3WJZA 3LRLA 3B03A 5D30A 4FXRA 4MIMA 3VCRA 4GXMA 4IXHA 2Y7EA 1ZCOA 5IBXC 2ZZ4A 1XUZA 3Q2DA 4PL2A 3GR8A 3CHVA 2PCQA 4C1LA 1ML1A 2ZYFA 1HL2A 2FPYA 3HGJA 3TAKA 3WJYA 3NQAA 2NX9A 1UBSA 2NWRA 1F5ZA 2Q3OA 3W3OA 3QFEA 4GRSA 1QOQA 1FX6A 3PM6A 3SJ3A 1FY6A 3N34A 2CFFA 3LERA 2VFDA 3QW4B 2TMDA 4KFPA 2A0NA 4RLIA 4FX8A 1IF2A 3PULA 4AAJA 1W56A 2VEMA 3LOTA 1DORA 1JJKA 2OMAA 3PC0A 2A7NA 4HHPA 3IIVA 2HMCA 2VFHA 3LCGA 3WJWA 1G69A 4JN6A 4MKNA 1R30A 4RZ6A 3TCEA 4RV8A 5EA9A 1E51A 3T78A 2CZDA 4UUIA 1TV5A 2AAMA 1ALDA 4LOCA 2QUTA 3P82A 3NM1A 1TPH1 4JTJA 3MHFA 2DZSA 2FDSA 3EX1A 1SFLA 1Q3NA 5C6MA 4NXKA 2QCEA 4ZQRA 3P8IA 2GJLA 3R8RA 1M6JA 3Q58A 1WA3A 3OG3A 3W74A 3R89A 2JGYA 3ZWTA 1DQXA 1GYLA 4ZMGA 5AB3A 2R94A 2GVJA 2Z2UA 4O8RA 5IM51 3NXFA 1LLWA 4LV4A 5G2IA 5HINA 2QDGA 4JIQA 5LKYA 1ME9A 4CQ9A 1ICSA 1O94A 4YCPA 1XBYA 4FNSA 1OFPA 2ZZ5A 2EGZA 4DELA 5CSRA 2NV1A 3DU0A 1JQVA 4CNPA 1FUYA 1QAPA 1RQBA 4BR1A 1F2JA 1H50A 3TFXA 1A5BA 3NO5A 1PE1A 2QCLA 1W1ZA 3QM3A 3MP4A 1GT8A 1QR7A 4Z08A 3O1NA 4UTHA 2PURA 1IIHA 1YYAA 4CCEA 1TMHA 2J9ZA 3NOEA 1KM3A 1H61A 1QPOA 1PS9A 4FIQA 1T99A 3I7RA 3SFKA 2A7RA 3NQCA 3W7KA 1GG1A 3NR0A 3P74A 4AVFA 3SY5A 2GVLA 2A21A 5CPMA 1JCYA 1FXPA 4L4LA 4ONVA 3S5OA 1QCWA 3EWYA 1WX0A 2J6XA 3W7DA 4DPQA 3L2IA 3G8RA 3TAOA 4H6KA 3N2XA 4QQ3A 4WY0F 2YYUA 4FNTA 1KTCA 4XZ9A 4JR5A 4Z1BA 3OHIA 4K36A 5BMWA 1W3TA 2BTMA 4X9SA 1AL8A 4CCCA 3S5NA 4BWLC 3VKJA 3DZ1A 5H91A 2TRSA 3CB8A 4XQ6A 1DOSA 3CLMA 3LXAA 4RJEA 1CI1A 5H2ZA 3O05A 1ZAHA 4NNBA 5EY5A 1ZY9A 1VHNA 3QJAA 3LRMA 3U8GA 2QAPA 1LTDA 2ATSA 3P81A 1KTNA 3NZRA 4O17A 2WNQA 3W7PA 5LGXA 3QPZA 4IOTA 4MZ8A 2P1FA 3DHDA 5CG7A 1ZJIA 3HPZA 4TR9A 3S5YA 2QUUA 4DBEA 5HNRA 2FJKA 1YXDA 3GZ3A 3GXPA 3IIPA 1R2SA 4D2JA 1GVFA 3P67A 2X1SA 2GQAA 1RR2A 1K02A 2RFGA 1TQJA 1TIMA 4BI7A 3W76A 5K2ZA 3ABOA 4LV9A 2EAWA 4MY8A 1TB3A 2C0AA 4PA8A 3PAJA 3KVJA 2W0UA 4BF9A 3ZR4A 5CPNA 1C8VA 2NUXA 3A23A 5HQEA 2I14A 5LHEA 3HPXA 5D03A 1TTPA 1GG0A 1GOXA 5FF3A 3GNNA 4PFMA 3KOFA 3WK1A 3KVMA 2FB3A 3OVQA 4JXCA 4WUIA 4OWGA 1I45A 1H1ZA 3KXQA 4OHQA 1I2PA 2ALDA 5DCBA 4Z1DA 3UXAA 1ZFJA 3TC7A 3W9ZA 4LS0A 3W7EA 1N55A 2YXGA 1Q6LA 1BEUA 1XC4A 4O1AA 3L0KA 4MYXA 3N14A 2X1UA 4CNOA 3ELFA 3L21A 4POCA 1AW2A 1Q45A 2ZZ7A 1S5VA 3KVLA 5L9FA 2QCGA 1OFRA 3U6WA 1MO0A 2DZTA 1DHPA 3G1VA 3USBA 1HO1A 1W3IA 3THQA 2JBMA 2DU2A 4QSHA 1QPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HPH A;  3WBE A;  5KZ6 A;  3P5Z A;  4EOU A;  4FXJ A;  4S3C A;  3G18 A;  1XUU A;  1JZ2 A;  3NCO A;  4EAY A;  3CL6 A;  3OVP A;  3PAO A;  4C6F A;  4TMB A;  3A3W A;  4GE8 A;  4DN1 A;  3PNU A;  4CNS A;  4F8X A;  1UC5 A;  3CV1 A;  2YKK A;  1KB3 A;  2DSV A;  1RBL A;  3EWB X;  4TIM A;  1AZ2 A;  4ADS A;  3KX6 A;  2CLF A;  4FLS A;  3TWB A;  3A22 A;  1DP0 A;  3DFN A;  3O8A A;  3T0T A;  3R58 A;  2E6Y A;  4PUK A;  3ID7 A;  1PTA A;  3STF A;  5H8M A;  3S5S A;  3GZA A;  1IT8 A;  1U2Y A;  5LHF A;  5G1M A;  5C9U A;  2VD8 A;  3V7P A;  3LV5 A;  3V18 A;  6A3H A;  1E6Q M;  1UR2 A;  2C1I A;  4A4A A;  1P5B A;  3MP5 A;  1JZ7 A;  3MYO A;  3WFZ A;  3GTX A;  4U5K A;  2C1G A;  2Y89 A;  3CV6 A;  4O11 A;  3GVR A;  5HMS A;  1QW8 A;  3TOP A;  2QGY A;  1B3Z A;  2PU0 A;  3PZM A;  1LLO A;  2WSR A;  3AXK A;  3U0H A;  4F4R A;  3HM7 A;  3OW1 A;  2O9P A;  4NKC A;  2H3B A;  4DUW A;  1K8Z A;  5AYI A;  1QAT A;  2KX9 A;  1K7X A;  2HXU A;  4KH2 A;  3TN3 A;  1DJN A;  1FKW A;  4XZL X;  4PBG A;  3B9E A;  1I9C B;  3GVV A;  3AMK A;  1JF5 A; 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