5TIMA

Refined 1.83 angstroms structure of trypanosomal triosephosphate isomerase, crystallized in the presence of 2.4 m-ammonium sulphate. a comparison with the structure of the trypanosomal triosephosphate isomerase-glycerol-3-phosphate complex
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Refined 1.83 A structure of trypanosomal triosephosphate isomerase crystallized in the presence of 2.4 M-ammonium sulphate. A comparison with the structure of the trypanosomal triosephosphate isomerase-glycerol-3-phosphate complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 92
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5timA00
1QDSA 5AYYA 3RU6A 3QPZA 4OQVA 3W1XA 2J6XA 4KWWA 1KM0A 2YFNA 1K3UA 2F84A 3OIXA 3LTPA 2WSQA 4EWND 4MYXA 1DV7A 4UTLA 3F03K 3QZEA 3P5ZA 3UPBA 4NJGA 1YTEA 3CPRA 1YADA 4UR8A 2QUVA 4EIVA 4FF7A 2DJXA 1JRCA 2PCQA 1TYGA 4JTHA 1FBAA 4MFEA 4U4MA 3STGA 2Z1BA 2HSAA 2QCMA 2H3BA 1TPVA 3THQA 1GG1A 3V1PA 2XN1A 5FEWA 4PODA 3FOKA 1Q6OA 3Q94A 2A1YA 3W86A 4X9SA 2V5LA 4ZQRA 2X1UA 2E5CA 3P84A 2C14A 5J5RA 3W2KA 3I7SA 4BK9A 4FHAA 5C2XA 2DZVA 3RLVA 3TH6A 2CZDA 2QJIA 2D73A 3GZ3A 2YZRA 1OVDA 2C16A 4C1LA 3W7LA 4NT0A 4LOCA 4PFMA 3CWOX 3S1WA 1JCJA 1W1ZA 3LBCA 4FX8A 3RMJA 4UIOA 4NJHA 4UNLA 2OX1A 1Z42A 5LKYA 1YTDA 2NWRA 3N9RA 1KA9F 3O05A 1NAL1 5AHMA 2JKAA 3UXAA 4N9CA 4I7WA 2Q8LA 1DJQA 3GNDA 3WK1A 3I65A 2NV2A 4GUFA 4O18A 2QCFA 4LU0A 1HFBA 4O57A 4JYFA 4GJ1A 3TJLA 1FXPA 1ZY9A 5KSWA 5G1TA 1PHWA 2ZA1A 3MO7A 3DFPA 2DZSA 1H60A 1ZCOA 1HG3A 3C52A 3TQKA 5CPOA 5AHNA 1IIHA 3TIMA 2R8WA 4UCGA 3LCXA 2HTMA 4ADUA 4Z0JA 3C4UA 4AEOA 2DZPA 1YPIA 1SU5A 2ZTJA 4RLIA 4WD0A 5KZMA 1V5XA 4WOZA 3NR0A 3MW7A 3U6WA 1LOLA 3O6CA 1WQ5A 3MYOA 5DY2A 3EXTA 3SGZA 3E0IA 3EWZA 3W7MA 4RXGA 1HTIA 3SSJA 1SZFA 3W7HA 3LGEA 4ZQNA 3A21A 3W2NA 5I3IA 4NU7A 1XBYA 1H7XA 2C0AA 1SPQA 3L0NA 3PBWA 1SFJA 2B7NA 1TMHA 1KTCA 2FPTA 2B7OA 2EGZA 4YL2A 3W83A 3C61A 1QPOA 2GVGA 3GK0A 1WBHA 4UTKA 1G4SA 3B0UX 1IGSA 4UFLA 5U4NA 4HNVA 3NG3A 1A50A 1NF7A 2V30A 1ME8A 1QPRA 4HKPA 4OBTA 3A24A 1GVQA 3TFXA 4ALDA 2QCDB 5LGXA 3L0KA 1ZAHA 3PSWA 4JTSA 2YGYA 4O13A 2FB3A 3MHFA 4WOQA 2CWNA 4BF9A 3E12A 5HWMA 1VCGA 3KOFA 3BO9A 5D02A 3G1AA 4XKYB 1O94A 1X6UA 4MY1A 3LHTA 1DQXA 5CKSA 1P0KA 3LLFA 4Q32A 2GJNA 1UB3A 2J24A 3LV6A 4AHPA 5K4XA 3WJWA 3W75A 3EX2A 1Q6RA 4D2JA 4WJEA 3BGJA 5G4WA 3FYPA 1VH7A 2QR6A 2R94A 1TIMA 5FEPA 2JK2A 2ZRZA 2QJHA 4ZQMA 5D09A 3HGSA 1H1YA 4Z1DA 2WSYA 3O6YX 4PEKA 2GQ9A 1PCWA 2UV8G 2DP3A 2G96A 2ATMA 3DGRA 1ZHAA 3HG3A 5C6MA 3L5LA 3KVKA 2OZ0A 5EPDA 3BLEA 4JICA 1JVNA 4GE8A 4YCPA 3QYQA 3W85A 1I4NA 5LNWA 2PRHA 3NOEA 3FYOA 1RQBA 3A5VA 4MY8A 1W5MA 1LOQA 3T7VA 5D2TA 3C8FA 2XFWA 3O63A 4MZYA 4M5PA 1XBVA 3HG2A 2VXNA 3LOTA 2XN2A 5LSMA 1SO3A 5K4ZA 5HUOA 3S6DA 3QMTA 3G0XA 1YDOA 3KVMA 4CQAA 1LP6A 4EF9A 3W1AA 4X22A 3BG9A 3O15A 3W7KA 2WNNA 3DKLA 1JCXA 2GVLA 3BW3A 1G69A 2NXHA 2WPBA 4JYEA 2ZTKA 2DZTA 1ONRA 3ATZA 1TTPA 2LLEA 4JEQA 1RR2A 1W56A 3HGJA 4UUIA 1YXDA 1SUXA 4N6FA 1XI3A 4N4PA 3W74A 3KVJA 3HB9A 3LXAA 5I3GA 1I2PA 3M5XA 3NDOA 3W87A 1Q3NA 4UFIA 5KZEA 2ISSA 5AHLA 4WZHA 5AHEA 3CB8A 2CU0A 2ZZ7A 5LGZA 4K39A 1F7BA 5BNKA 4Y9AA 5TBOA 1K02A 1UUOA 1I2RA 3FLUA 3DU0A 3QSRA 4OV9A 2BX7A 1LBFA 3W71A 1KM6A 4HSOA 4PTNA 3T44A 4O17A 4DPPA 1GOXA 2ZBTA 1KBIA 3TU9A 1U83A 3M43A 3PC0A 4NJJA 2FTPA 2CLOA 2NXIA 1S5TA 3UWQA 2YPIA 1FCUA 4K8EA 1HO1A 2C18A 1LROA 4ZQOA 3NM1A 3THAA 3I7RA 5D2WA 1EPXA 1VJIA 2ZCGA 3G1FA 3LCIA 3UZ5A 1PS9A 4ORIA 1W0MA 4NNCA 3QFEA 2QF7A 2EAWA 5DCBA 4M7SA 3B04A 4LS2A 1FCQA 2ZZ5A 3PVFA 3ZS4A 1LYXA 1ZNNA 5G2WA 1KV8A 2A85A 1N55A 2ZA2A 5EY5A 2FLIA 1GTHA 2A2IA 2TRSA 3NL2A 3M5YA 5FF3A 4KWVA 3LTSA 2E77A 1I2QA 4AH7A 2O7QA 1TTJA 2VFDA 2ZZ2A 2XN0A 1XL9A 3H53A 5D2XA 1KLZA 5F2LA 2RDUA 4JTEA 4DPQA 1TREA 4JTTA 1TQXA 1QMLA 1YXYA 5KINA 2YXGA 3LBMA 2OT0A 3GX9A 2NWSA 4CLMA 3R13A 1TQJA 3NQ6A 1JCLA 4A2SA 3W6YA 1MEWA 3LHZA 4JTGA 3TQVA 3FIGA 3QW4B 4O0ZA 2ZZ4A 1XXXA 4LNYA 2CW6A 4DO4A 1TPEA 3TCEA 1CI1A 3FJLA 3I6RA 2DU2A 1AK5A 1H5YA 1RPXA 4XBKA 4IMEA 3CTLA 1DORA 2E6FA 2Y62A 1GQNA 1UJPA 3N3MA 4BFAA 3NPUA 2Y7FA 3B0PA 4AF0A 5CZ0A 3GVGA 2AQWA 3TR2A 1M6JA 4JTUA 3LHYA 1WBJA 1OFBA 4A29A 1UUMA 2VC6A 4JIQA 2A21A 5HNRA 1X1ZA 2H8XA 5FEXA 1W37A 3MBDA 1L6WA 3C0JA 3DFNA 4N9EA 3NL5A 4O14A 1RD5A 1FCVA 4EF8A 1PE1A 3NQCA 3KRUA 3W2UA 1FUYA 4NX0A 4O1CA 1J2WA 3W7NA 2EF9A 4MLRA 3EB2A 3BARA 4XTDA 4JTFA 3HQ1A 3W7EA 4AAJA 4JX5A 1G67A 3VE9A 4JY9A 2DORA 2VENA 1OHLA 3W1RA 3TK7A 5DCEA 2A7RA 1F73A 4UTUA 3PBVA 5AB3A 2W6RA 5D33A 3N2MA 4NJKA 4M7TA 2J88A 4YLWA 3DHDA 3S5OA 3R8RA 2RKXA 5TIMA 3L66A 1SQ7A 1SW0A 5EKYA 5AYZA 4BI6A 3QF0A 1GZGA 4L4LA 2TYSA 1G7VA 3G8RA 1KLYA 4ZQPA 2QCEA 2ABBA 4BI5A 3WJZA 4MYAA 3W73A 5KMYA 4UTJA 3BLFA 3DI1A 3OVRA 3SJ3A 2RHGA 3S1VA 4O50A 5EL1A 3MP4A 5EYWA 2ZRWA 1RQHA 1FDJA 4KFOA 4OHQA 1WA3A 5LNSA 3IVTA 4K7VA 2BTMA 4N9DA 4G1KA 5L6UA 1D9EA 5HWJA 3QM3A 3PSVA 3PY2A 1LLZA 1KV5A 1KW1A 1K7XA 2VFEA 3CIWA 4JX6A 3FJ6A 5G2IA 1UASA 3S1UA 4AVFA 2JBMA 3G0UA 3HPXA 1LRQA 1B9BA 1IIGA 4IWWA 5D32A 4H6KA 4O19A 4EOUA 1EP3A 1W8SA 3BW2A 5AFDA 3L0GA 3QQ0A 1VLWA 1KFBA 3BGGA 2FB2A 3R12A 4N6EA 1KFCA 2Y61A 1RV8A 1TCDA 2C3ZA 3LX9A 1K7EA 4UTWC 5C54A 2NXGA 1WOAA 5AHFA 3A23A 4LVGA 4H3DA 5LNRA 3EX1A 4N02A 4E2BA 3SY5A 1QWGA 3EXRA 4UFKA 4MPQA 3TXZA 1LCOA 1PVNA 3F1QA 2PC4A 3DFSA 3H55A 4LVBA 5HULA 3VCRA 2F7FA 2HMCA 4EVZA 4BR1A 1ICQA 4A22A 4O4VA 2FPVA 2ISWA 5GVJA 3W72A 4UMCA 2X1TA 5T26A 1TV5A 3STCA 3GIYA 2BZNA 2WNQA 3W88A 1C8VA 3PS7A 4O11A 3NQ7A 1KTNA 1VGAA 2BWGA 4DXVA 1R2TA 3UWZA 1M5WA 4NXKA 5G4EA 4ZL1A 1BKSA 3UWYA 1EWDA 1LBLA 3NZRA 1EIXA 2QCLA 5D2YA 3B03A 1SZEA 3LXCA 1AW1A 4OE7A 4RZ4A 1MSSA 4RV8A 4O16A 1FWSA 4JGDA 1BEUA 4AWUA 2IQTA 3JRKA 5BRBA 3GDLA 4GC4A 4O10A 3G8EA 1XM3A 4I7VA 4PA8A 4YWIA 2ZQ0A 4K6AA 5IM51 1EWEA 1ML1A 1FXQA 2PURA 1F74A 3GB6A 3QSTA 4UTWA 1WX0A 1RZMA 4FXSA 4LT9A 3SFKA 2V82A 1G4TA 3O07A 1JUKA 3DHFA 3IIOA 1FDZA 1TPFA 1EP2A 2H8ZA 1FWRA 2E6AA 3NEVA 1G4EA 1AL8A 4GWEA 4TX9A 1R30A 3TX9A 2P0OA 2VOMA 2V0TA 2P10A 1ALDA 3FA5A 4XWUA 3MHGA 2CFFA 3AO0A 3IIZA 4LC8A 5G1YA 2ISVA 4P61A 1KM3A 3W07A 4OWGA 1T0OA 4Y96A 3M7WA 5F2IA 4R53A 4HPXA 5EBUA 1K8XA 2YCEA 5G2HA 5LHEA 2KZHA 3GAKA 1LLWA 1A5SA 4JTJA 1XC4A 1D3HA 3DFQA 4QQ3A 1R2SA 4MUZA 1DL3A 2OMAA 4RR4A 4NJIA 5I3KA 3L68A 3LHVA 1GPWA 2CLHA 1OABA 1R47A 2PRLA 3MHUA 5D38A 4MLJA 3M0ZA 1WDWA 3G0SA 2V2CA 3G24A 4Z0SA 2JGYA 3SGUA 2CLKA 1A5AA 1P1XA 3NQ8A 5DBTA 4JY8A 1DHPA 1W31A 3PB0A 4A21A 6ALDA 3ABQA 4QJ1A 5D2VA 3L9CA 2NUXA 3DXIA 3MUXA 4HSNA 3TJXA 4TMCA 4UFJA 3VE7A 1OK4A 1FCBA 2E6DA 3DFOA 3HBLA 1ME7A 3EKLA 3TV8A 3W1MA 4ONVA 4S2CA 1WV2A 1XDLA 3LCWA 4LTSA 3OVQA 4AB4A 1W3IA 2YYUA 2B7QA 4Q33A 2V2DA 4LW7A 3B8DA 4YCOA 4FNUA 1CX9A 4IMGA 3EWXA 2WSRA 4M19A 7TIMA 4UTHA 1AL7A 2TPSA 3CT7A 2J9XA 3DH7A 3NQDA 1XCFA 3GR7A 1ADOA 4MKNA 5K9DA 3D0CA 5DCDA 4LRSA 1H7RA 2C19A 1JUBA 2A7NA 3MJYA 4HT3A 1AMKA 3FKKA 4K36A 2A6LA 3TMQA 4DBDA 2A4AA 4IJBA 5E93A 4XTIA 5LHFA 2OJPA 2W79A 3O8AA 1T8XA 2Y88A 3HO8A 1Z44A 3KRSA 4QNEA 1VPXA 2QDHA 3HGOA 3R2GA 2X16A 4KKXA 3C6CA 2P1FA 3EWWA 2QDGA 1QAPA 2WKJA 3TROA 3E96A 4ORMA 3W2LA 5I3FA 1W54A 3CIXA 3JR2A 3O06A 4NUWA 1IXQA 3A22A 2B0MA 3TNOA 3S5NA 3QW3A 1GVOA 3MI2A 2YSWA 4NVTA 3Q2DA 3VI2A 5CZTA 3PBYA 3G3DA 2E6YA 4M6PA 5F2GA 1WOBA 1EX5A 4IGHA 4R34A 4KFNA 2EHHA 1IXNA 3LM7A 3MBFA 1M7OA 2RDTA 3GAYA 1JR1A 3IGXA 5C55A 3L2IA 1N8FA 1DBTA 1XFBA 4UTIA 1KTBA 4XBSA 1ZALA 5LZLA 2VEPA 3WJSA 2ZA3A 5BMWA 1A53A 1DJNA 3N34A 3QH2A 1Y0EA 4I7UA 3CM4A 3LRLA 5AC6A 4XZ9A 4IPIA 3KHJA 1SFLA 4O8RA 1VYRA 3PUDA 3M47A 2NX9A 2G97A 3LB0A 1LM1A 2RH9A 3GXNA 4FNPA 2BXVA 2AGKA 2X1SA 2VEIA 3GR8A 5CPNA 3W7RA 3BV4A 3BW4A 2V5BA 1J5TA 1TTIA 1F5ZA 2VFHA 3G3MA 4O15A 3S5YA 3W70A 3FFSA 3O16A 1VZWA 5HWNA 4HNUA 2YR1A 2A6NA 1TJRA 4IX0A 1OX4A 1QOPA 5A5WA 3ATYA 4GUHA 3L21A 1TV7A 1VR6A 3NPWA 3U8GA 2H6RA 1S5WA 4HNTA 2ZRVA 4IXXA 3W7QA 3EWBX 3ABOA 3RLUA 1H61A 1TRDA 2YYTA 5K9CA 2GQAA 2A7PA 5KTLA 3S42A 1G6CA 3H54A 1T96A 4IMFA 1HO4A 2ZZ6A 5I3HA 4IXHA 2ABAA 3HPSA 1SZGA 1YPFA 3NGJA 3W7GA 4JR5A 4O28A 3KX6A 1W5PA 1YXCA 3TSMA 1QNVA 2NZLA 1BWKA 3LTYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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