5TIM | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
publication title	Refined 1.83 A structure of trypanosomal triosephosphate isomerase crystallized in the presence of 2.4 M-ammonium sulphate. A comparison with the structure of the trypanosomal triosephosphate isomerase-glycerol-3-phosphate complex. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	92
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1991-04-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5timA00

1XL9A 3LDVA 1E51A 3O1NA 1BWKA 1QR7A 2BTMA 5FEWA 2BLEA 3N9SA 1W3NA 3GKAA 3SGZA 4ZQNA 3KRZA 5I3KA 1ICSA 2CW6A 5CPLA 3M5ZA 4QNWA 2WSQA 5G1YA 3TFXA 4HNUA 2DJLA 2ZRXA 5HNRA 1JUBA 3CT7A 2PRHA 2V5BA 3M7WA 1KFCA 3WK1A 4JX5A 5LHEA 2I9EA 2NWSA 3QSRA 1TPVA 2WV8A 3TSBA 1QO5A 3NQ7A 2OCZA 3EWUA 2FTPA 2QF7A 4FXRA 5D37A 3E96A 4EWND 2E5BA 3O63A 4X22A 2GJNA 4PTNA 3EWBX 3S1UA 2ZA1A 4LU0A 2ZZ6A 1EP3A 3O6CA 3LCXA 1QOQA 1OFQA 2RKXA 4POCA 1P0NA 5C2XA 1IXQA 3W2MA 3FIGA 1A50A 4O8RA 3PR2A 2A2IA 2P1FA 5F2GA 2YFOA 1OF8A 1TPEA 3NPWA 4GUIA 2OT1A 3IIOA 4GUFA 7TIMA 3LI0A 3ABSA 3DFNA 3NR0A 2EKCA 5CZTA 1LORA 4IMCA 1XC4A 3S1XA 5H91A 2GVJA 1MSSA 2OZ0A 3KFTA 3HMJG 2BSLA 3GDRA 5EY5A 3L65A 2GUUA 2ZRVA 1B4KA 2ZRWA 5KTLA 3ABRA 3W9ZA 1Q6RA 3UYCA 4H6KA 2WKJA 4UTKA 4YXGA 2QDHA 5U4NA 3SIZA 3P81A 1P5BA 2V9DA 1LM1A 3QH2A 3T7VA 4JS3A 4IPIA 2NX3A 2Q3OA 3LTYA 3BLEA 2GJLA 2JKAA 3BARA 3M5VA 4YLWA 4PCFA 2DZXA 3HGJA 3RFAA 2VELA 3G22A 1P1XA 4QISA 5K9DA 1UJPA 1T8XA 5EKYA 4RR4A 1QMLA 1UB3A 3EX4A 4AH7A 1KM6A 2YFNA 3NQDA 5F2LA 1I2PA 1OX4A 3DHDA 1RQHA 3FJ6A 5LZLA 3STCA 1YTEA 4TX9A 5I3JA 1GVOA 3BW2A 1JCMP 3OG3A 2YCEA 3LB0A 2Y70A 4LOCA 3CTLA 3I7QA 3IV3A 1F05A 1G6CA 1QPNA 1SO3A 2W0UA 5D04C 4MFEA 3I6RA 2BWGA 4UFIA 2ZZ1A 2CLIA 2ABBA 1LOLA 3C2EA 4WZHA 3L5MA 1VZWA 4O53A 2DORA 4Z08A 5LNWA 4GBUA 4MFDA 3O15A 3MI6A 1DJNA 4NNAA 3W87A 3MYPA 5FESA 3LXBA 1L2UA 2CLEA 4E2BA 3CU2A 2RH9A 1KBIA 1LTDA 4JDYA 1F2JA 5BMWA 1TMHA 3BW3A 2Y7FA 4RZ4A 1P4CA 1H7NA 3IIVA 3WJXA 2YDAA 3GAKA 1SUXA 2Q8LA 4IGHA 5HWNA 1VR6A 1Z48A 1LBLA 3RMJA 3DHFA 1XUUA 3TJLA 5CPMA 2XN0A 1VCFA 4Y8FA 1O95A 3VFLA 1M5WA 1WBJA 3NQ8A 1W3IA 2NX1A 2WO5A 3W1QA 4UFHA 2E6DA 4FX8A 3LCFA 1H50A 3E0IA 4NXKA 3W1AA 4HSOA 3NG3A 4QJ1A 5BRBA 3WJWA 4Z1CA 2YSWA 2PC4A 2W6RA 1GT8A 1JCNA 1JCYA 1M6JA 3LBMA 2CLLA 5EBUA 3TDFA 4O15A 1ME9A 3O16A 2NUYA 1HUVA 2C16A 2V5LA 4HIBA 3B04A 1AW5A 5AFDA 1OFOA 1VRDA 3L66A 4QNEA 4QAIA 3BK0A 3N19B 1LBFA 1K7XA 1TPDA 2Y6ZA 3G18A 2FLIA 3WK3A 4NUWA 5CZSA 1H1YA 2TMDA 4LS0A 2J9XA 3W7KA 4P61A 4A2SA 1FXQA 2Z1BA 3BO9A 1JRCA 4H4IA 3W2LA 2FPYA 3EX1A 4NXSA 1VC4A 4HNVA 2J88A 3KXQA 2V81A 1X7FA 1KLYA 2ZZ3A 3W7QA 3GXPA 4R7JA 4JNMA 2RDTA 5HINA 1WOAA 4JY9A 4JYEA 1BTMA 1M7PA 3BGGA 4IMDA 5LSMA 3UWVA 3M44A 1G7VA 5CKSA 3QMTA 2A85A 1TPC1 2X30A 3EXSA 1G4PA 2EPHA 2ZA3A 3P82A 1THFD 2DJXA 4L4MA 2WJZA 4MLJA 5D30A 4LV9A 2DZPA 2X1UA 4FNUA 1GPWA 2Q8ZA 1YDNA 3G0UA 4M5PA 1TV8A 5AYYA 1F76A 5G2WA 3R89A 2C6QA 2FB2A 1KTCA 2HMCA 2R94A 4K8EA 5KMYA 3NQGA 3DI0A 1X6UA 2KZHA 4G1KA 4M7SA 4IXHA 1RQBA 1PIIA 1A5BA 4UTJA 2QJIA 4LVAA 1B57A 4WJEA 2QUVA 3OIXA 3S5YA 1TSIA 1F6KA 3M9YA 3P7YA 3MO7A 5K3VA 3W74A 5LGZA 1UBSA 4DBEA 1B9BA 2ZZ5A 1JQXA 4BR1A 4JTUA 5BOOA 4O28A 5J5RA 4IWWA 1FDYA 3DBPA 3M1ZA 3MP5A 3NM3A 2QAFA 3TSMA 3LLDA 3QPZA 3W1MA 3HPXA 3DFOA 4AWTA 3C0JA 4DO6A 1NVMA 5DY3A 4IQLA 1TV5A 3P5ZA 1SFLA 3PWAA 4E2DA 1K03A 3MHUA 4OV9A 3CPRA 3G0SA 3S5ZA 3W1RA 3L0KA 3C2VA 4JTTA 1C8VA 2QCCA 1MEHA 1R46A 4LC8A 3I7RA 2ISSA 5D2VA 1NF7A 3QQ0A 1XFBA 4A29A 1TJPA 1NSJA 3N2MA 4LS2A 5CZJA 3W75A 3PUEA 3OVRA 3ABQA 3C3NA 3QSTA 3C61A 4RKAA 3B4UA 4XZ9A 3GR7A 3GKFA 4NZFA 3S5OA 4NJJA 4WY0A 3L0GA 4PA8A 2A6NA 2Z6IA 1H51A 2X1TA 3W1LA 4JTKA 2X16A 1Z44A 3MBDA 2WNNA 5AC8A 2OJPA 4IX2A 5GVJA 3KVLA 3MBFA 2ABAA 3PSWA 4OV4A 4DQWA 1FCBA 3DGRA 1WDWA 3W7LA 3SSJA 4PODA 2NX9A 1K8ZA 3PVFA 4O17A 5F4XA 5F4SA 3SY5A 4O19A 2NV1A 2OMAA 4Z0SA 5AHLA 3A5VA 3NL2A 5AN7A 1VQTA 1WXJA 5HR6A 3VKJA 1YXDA 4LTSA 1AMKA 3MI2A 4UTWC 3D0CA 3AO0A 4UTWA 1WV2A 3MJYA 4NZJA 3HB9A 1MXSA 4LC6A 5DXXA 2H6RA 4O1DA 2NXGA 4WXZA 3O6DA 2V0TA 3LXAA 2Y89A 3ATYA 4K7VA 3V1PA 1H63A 1KM5A 4O1BA 3BG3A 5LHFA 4NJHA 5D02A 3M0ZA 3GDLA 3SJ3A 2Z6JA 2EGZA 4RCXA 1NFBA 3UQNA 5FI8A 1G4TA 2ATMA 3RLVA 1PE1A 1ZCOA 2FJKA 1D3HA 3P8IA 2B7QA 3AJXA 3M16A 5D09A 5DELA 1TRIA 1Q6LA 3G1XA 1UASA 4O18A 1TV7A 1VGAA 4L4LA 4RV8A 3RF9A 4EVZA 2NWRA 4HNNA 3FEMA 2C0AA 4CNPA 6ALDA 3NOEA 5AHFA 4BWLC 3BG5A 4EIVA 2A7NA 4BWLA 1HG3A 1U83A 1AK5A 1G67A 4WX2A 4B5NA 3L5AA 5LNSA 4D2JA 2TYSA 2VOMA 4NU7A 3PUDA 1LDCA 5D2WA 4UFMA 3G1FA 4NT0A 3S1VA 3N9RA 1JQVA 4JTSA 3C52A 1TTIA 2BZNA 3Q94A 3DU0A 4GUGA 2LLEA 4MY9A 4UIOA 1QAPA 3STGA 4JX6A 5FEXA 3LHWA 5HMSA 1FCVA 1TPUA 4GUJA 3KVJA 4FEZA 2G95A 5FF3A 3EWWA 3SGUA 3CWNA 3W7EA 1JCXA 2DU2A 2FIQA 3EEGA 5EL1A 4OBTA 4ORIA 3MWAA 5DXYA 4NNCA 2CLKA 2CLOA 2OX1A 3LRMA 1NEYA 1SZNA 3QMRA 1QFEA 8TIMA 3SW6A 1SU5A 4H3DA 4HT3A 4TU1A 2IQTA 3IVUA 1FBAA 2VFIA 4BK9A 2A0NA 2E6YA 3FS2A 1ZAJA 1H7PA 5KINA 4Y90A 4HNTA 2C13A 3DXIA 1QO2A 5CPNA 2GOUA 1TO3A 1BEUA 3L68A 3MYOA 4PL1A 1FCUA 1TYGA 2QCNA 5DCEA 1ZFJA 1DJQA 4HPXA 3TA6A 4GE8A 4EOUA 1LP6A 3GVGA 3ZWTA 4XUGA 4K8HA 1SZFA 3UXAA 1FDZA 2Z2UA 3CB8A 4PC8A 3Q2DA 4HN4A 4IUOA 2RFGA 5TIMA 1H62A 1VCVA 5C55A 2TPSA 3UXDA 3LHYA 3S9YA 1YPFA 4FIRA 4LVBA 4GXMA 1K3UA 4JTJA 1OK4A 3C56A 2VKZG 2ISWA 5HWMA 3P84A 2WSYA 1TPH1 4FNRA 3LBCA 4IOTA 1GYNA 4UTIA 1YTDA 3IGSA 1LRTA 1TJRA 2FDSA 3WJSA 2RDUA 3TU9A 1SZGA 3HG4A 4KFNA 3MUXA 1PCWA 1DHPA 3PF3A 1U5JA 3NQEA 3LM7A 4FO4A 3RNDA 3LCHA 2Y7GA 4BFAA 1K7EA 5I3GA 3KX6A 3TXVA 3GNDA 4FHAA 4UC5A 1GVSA 1GEQA 4C1KA 4AHOA 2B7PA 3MP4A 2J9ZA 4NJGA 3HG5A 2GVGA 4AB4A 3THAA 4OQVA 4ZQPA 4JXCA 3B05A 1S5VA 3LERA 3M6YA 2E6AA 1W54A 1KFKA 4N4PA 3HGRA 4Y9AA 3HBLA 4GWEA 3ELFA 5BNKA 4R53A 1ONRA 1OHLA 1WX0A 2E68A 1SO4A 1FWWA 2JKPA 2DZSA 3Q58A 5ABTA 3SECA 2RDWA 2NUXA 4C1LA 3UPWA 5L9FA 1JUKA 4LUJA 3PC0A 3LHTA 2X1RA 2H8XA 3TJXA 2NV2A 4UMBA 1H7WA 3LHZA 3A9IA 4LY8A 4MJMA 5G4EA 2DZTA 3P74A 2C14A 1F73A 4HHPA 4UR7A 1N8FA 3TFCA 4LV4A 3P60A 4O54A 4ORMA 5K9CA 1KLZA 2QCFA 1SW3A 3M47A 1K7FA 4DF0A 2PE4A 3CIWA 2YGYA 2Y62A 1WAUA 4NNBA 3LTSA 4FX7A 4AWSA 4RZ6A 2B0MA 3HGSA 1MZHA 3W2UA 4CCCA 5KITA 1GYLA 3VE7A 1D3GA 4K39A 2NLIA 1XBYA 1S5TA 4KWVA 1PL9A 1XKYA 3LV6A 2JGYA 1LRNA 4O10A 5AYZA 1ZNNA 4YMZA 1SPQA 2C3ZA 3DFTA 5D05A 3NQAA 4O14A 1PCKA 4AF0B 1LBMA 1VH7A 4HKPA 3W71A 4LVGA 5BW6A 1Q3NA 3I65A 2AQWA 1GWJA 3LTPA 3IIXA 3DFPA 4MY1A 5D32A 5H2ZA 4PEKA 3MW7A 3B0PA 1VLIA 1OFBA 3PULA 3USBA 3G1AA 4QIUA 1EA0A 3PB2A 3W7GA 3H53A 1O60A 3BLFA 4JX4A 1KM1A 2ZDRA 3EKZA 2VC6A 3FFSA 5A8GA 5U7SA 3W7JA 5HR7A 3SI9A 1OJXA 2ZRYA 1G4EA 5AB3A 3LI1A 1DKWA 1SW7A 3NQ2A 2CWNA 3GX9A 4JD4A 4J9JA 1OFAA 1SSGA 1V5XA 5G2IA 3HGOA 4MYAA 1YYAA 3ZWSA 1JCJA 1EX5A 5D33A 2QDGA 3DKLA 4UFLA 3W7MA 4IJBA 4XBKA 3TMQA 1ZY9A 1LZOA 3EXRA 3W7IA 2I14A 2A1YA 4MZ8A 3NL6A 4XTIA 4CCEA 2ZCGA 4QSHA 3A24A 4DEFA 3TW7A 3P80A 3LRKA 3QW4B 4JR5A 1FY6A 3PBUA 2E5CA 3C4UA 2QCGA 5IBXC 3KVKA 1D9EA 1GVRA 4YCPA 1GZGA 5IBXA 1CX9A 4OHQA 2ZZ7A 4UTHA 3IVSA 4LS1A 4WY0F 4JTFA 1XM3A 3W7PA 1AW1A 4RXFA 4X9SA 3TMLA 2PURA 4CLMA 2G97A 2Y7EA 3L21A 1ADOA 1T96A 2Y85A 3E49A 2QJHA 2ZFAA 4GJ1A 3VE9A 1GVQA 1QNVA 5CSRA 3BV4A 1VCGA 4N6EA 1ALDA 1KM3A 4R33A 5F2IA 5FF4A 2B7OA 4I9AA 4IMGA 4BI7A 1PS9A 1N7KA 1KM4A 1VYSX 2ZA2A 1XBXA 1WYIA 5AHNA 1UUMA 4S1FA 4NQ1A 1JULA 4DELA 1EIXA 5CG7A 2DP3A 1KW1A 1VYPX 3G3MA 1JVNA 4JTIA 5K7JA 5KZMA 2R91A 3W72A 1LOSA 4ZMGA 3TQKA 2V2HA 3BW4A 3UPBA 3GZ3A 2FPVA 1H7OA 2YPIA 1TRDA 2J24A 1OFRA 2P0OA 2WNZA 3G1HA 2NZLA 3NO5A 5EMUA 3BLIA 1EEPA 4LNYA 2GQ9A 3IGUA 1M7OA 3CEUA 2W79A 3T78A 3DENA 4MUZA 3WK2A 1WBHA 3THQA 3W76A 3TR2A 4LRSA 3CM4A 2ZQ0A 4IMEA 1TPFA 3G24A 1OYCA 3E12A 3ZFHA 1QOPA 1R2SA 1XCFA 4XKYA 2A21A 1KM0A 2H3DA 4MVAA 1RPXA 3W73A 4JICA 5L6UA 5CZ0A 1TQXA 4OGZA 2WNQA 5LNUA 1K8YA 3B03A 1QWGA 4UR8A 4CNOA 5AC6A 5D2XA 3TW6A 1I2NA 4CQ9A 3UWQA 1EWEA 1KV8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5TIMA

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