5TIM | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Refined 1.83 A structure of trypanosomal triosephosphate isomerase crystallized in the presence of 2.4 M-ammonium sulphate. A comparison with the structure of the trypanosomal triosephosphate isomerase-glycerol-3-phosphate complex. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	92
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1991-04-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5timA00

1LYXA 1H7PA 1JRBA 3JRKA 4A2RA 1H50A 4FNPA 1OYAA 2E1DA 4NJJA 1KA9F 4OQVA 4LY8A 1FWSA 3GR8A 1SR9A 1XUUA 2Z0IA 1AMKA 1WV2A 1JULA 2ZTJA 1SFJA 3A21A 4GNJA 3TA6A 3PVFA 3FYOA 2ZA1A 3NQ7A 1ADOA 3N19B 4ONVA 5D09A 5AOUA 2ZZ6A 3WJYA 4GC4A 4QIUA 3MHGA 3TDFA 3SI9A 3RNDA 2ISSA 4UTJA 2Z6JA 1ME9A 1TB3A 3G8EA 4IGHA 3PC0A 4PA8A 4HSOA 4LC8A 3L5AA 1YDVA 2AGKA 4K37A 3W7DA 4A3UA 2WSRA 3L67A 4XKYA 1RQEA 3GX9A 5CPLA 1OK6A 1SO6A 3F03K 2QCEA 4HPXA 3BV4A 3M41A 1GG0A 3W7MA 2VELA 3PWAA 4IMCA 1G4TA 4N2YA 1JCYA 1L9WA 2CLIA 3T4CA 3PSVA 4Z0JA 3A22A 1EWEA 4H6KA 1VQTA 3DU0A 1MXSA 1QO5A 1KBJA 1WOBA 3P60A 3CHVA 4NJIA 1XL9A 2QCLA 3E49A 3EWUA 3ABOA 2VXNA 3UNDA 3P67A 5AHMA 4ADUA 4DF0A 4E2DA 2JGQA 3M44A 1FDYA 3WK0A 1Q6OA 2E6FA 1JJKA 1W54A 1GEQA 3G1YA 1ZAIA 4NQ1A 3QRHA 4JTUA 3I7QA 5LGXA 5K3VA 3KVLA 4HNUA 4Z0SA 1W5QA 4A2SA 4JTFA 4CNNA 1OJXA 3SSJA 2QJHA 3B0PA 4M6VA 2Y7EA 3HG2A 2V5LA 1DORA 5D2VA 4UTTA 1PCKA 1H60A 3TQVA 1RD5A 4PCFA 2VEPA 4AF0B 1ZAHA 1DBTA 2BZNA 3C6CA 1KM1A 4MJZA 3EXSA 4NU7A 1PV8A 1O60A 1JRCA 6TIMA 3L2IA 2G97A 2I9EA 4KFPA 3TFCA 5AHEA 1OX4B 3W7OA 1IF2A 3LI0A 4MY1A 4AF0A 2RHGA 5EL1A 4OHQA 2VEMA 4UTMA 5D2YA 1D3HA 1L6YA 3M6YA 3GVGA 3NPVA 5HMSA 2FTPA 4WOZA 1OX4A 4JTTA 4GJ1A 2C3ZA 4IXXA 3A5FA 3HG3A 5EKYA 2CW6A 5LKYA 4JY9A 4ORIA 3EKLA 4LW7A 2NV1A 4AWUA 4O16A 4GRSA 1YXYA 3GNDA 1G4SA 3PBUA 4BI7A 1BWKA 3BGJA 2V2DA 3S9YA 3NM1A 3M1ZA 1N8FA 4IMFA 1F5ZA 5C2XA 4JYFA 1H7WA 4JS3A 4OT7A 4RX0A 1FCQA 5I3JA 1GJPA 1S5WA 4JGDA 2DJLA 3LCHA 2A0NA 1W3NA 4FO4A 2QJGA 2A7RA 1P0KA 2FPVA 1TPVA 4MFEA 3E02A 5CG7A 2WV8A 5BRBA 3PG9A 3OHIA 2TSYA 1RV8A 2G5WA 3KRSA 4O0KA 2VFGA 1QOPA 2A5HA 5EPDA 2HS6A 2HMCA 4N9BA 8TIMA 3PBWA 4PL1A 5F4SA 5HULA 3STFA 4ZVJA 3P5ZA 4OV4A 5I3KA 4QM1A 3TK7A 3HIJA 4J9JA 5L9FA 4HT3A 2WNQA 3C56A 2E6DA 4K36A 1FXQA 3ZFHA 3U8GA 1JCMP 1SZGA 4FF7A 1ICSA 3QZEA 2Z6IA 1H7OA 3TFXA 1FWWA 3FKRA 4GUGA 4XTDA 2V8ZA 3MMTA 3TU9A 3W23A 3HBLA 2YSWA 4JDBA 4LUJA 2VFFA 2A6LA 1GVRA 2V81A 2HTMA 1JCJA 1I2NA 1DJQA 3PBYA 4U4MA 3WJXA 1EP1A 3MJYA 2V2HA 1X8FA 1TMHA 2WNZA 3V1PA 4AVFA 1GT8A 3IIPA 4O57A 1TREA 2WSYA 4YCPA 1C8VA 1QFEA 3Q94A 3KFTA 5KITA 1VPXA 2JKAA 3HJZA 4IX2A 3NEVA 5LNSA 2CFFA 4HPJA 1SO5A 3GB6A 4CQ8A 1LOQA 5D2TA 1RPXA 5F1VA 2C18A 2QCDA 1W31A 1DOSA 3TAKA 1P5BA 2TRSA 4QAIA 1QO2A 5IBXC 2YYUA 4E38A 2A6NA 3G1HA 3W1QA 1QDSA 5I3IA 2B7PA 4EVZA 3HGSA 5TBOA 4FNSA 4TO8A 1QPRA 4K38A 3P8IA 1IXNA 1OFRA 3G22A 5EBUA 2QAFA 5EY5A 1EUAA 1ICQA 5AHFA 3A5VA 1W5PA 3TV8A 3MP4A 4FIRA 1WBHA 1XC4A 1W56A 3W73A 2X1SA 3A24A 3TX9A 3PUEA 4N4PA 3KRUA 3TNOA 2QCHA 2IQTA 2OZ0A 4B5NA 2YCEA 2H90A 4S2CA 2EPHA 2Z1BA 4DBDA 1JUEA 3TW6A 1SZNA 1YPIA 3P61A 1VGAA 3WK1A 3L9CA 1EIXA 3QEZA 3QMRA 1XI3A 2TPSA 4NNBA 1OYBA 2CU0A 2EHHA 3DH7A 2AQWA 1SO3A 1TTPA 4M6QA 2R14A 3TJLA 4AH7A 5D2WA 3IGXA 2ZTKA 2CWNA 1QAPA 3P62A 3S5ZA 4CCDA 1W3IA 5AYYA 3C2EA 4NNAA 3DFSA 2FIQA 3TSMA 1KFCA 2C1HA 3FEMA 3VNDA 4DPPA 1KV5A 4FX8A 3G1AA 4PTNA 3S42A 3GXTA 3O07A 3GXPA 5K4XA 5LSMA 3LHUA 1GVFA 3BG5A 3KVJA 3Q2DA 3G3DA 2GVGA 1NF0A 4RCXA 1SZEA 4CQAA 1HL2A 3UXDA 2V82A 1LOLA 1Y0EA 1FX6A 1A53A 3B06A 2P0OA 1IGSA 1HTIA 1EA0A 3THQA 1VJIA 3W7PA 3W83A 1XBYA 3EX6A 4G1KA 5F4WA 3C2RA 5AHIA 3O63A 5AC8A 3BO9A 2Q3OA 1WOAA 3LM7A 5LZLA 2VOMA 1XBVA 2ISVA 3MYOA 4RV8A 1H63A 1W0MA 1C9DA 5F4XA 3M5VA 4PODA 4DO4A 1XUZA 2PCQA 1SW3A 4H3DA 3MHFA 1Z48A 1CW2A 2Y7DA 4AHPA 3GKAA 4MVAA 3OVRA 2DZXA 3S1VA 4QNEA 3G1XA 2B7OA 3AO0A 1O4UA 1KM6A 3TMQA 1TPC1 3UYCA 4QITA 2F7FA 4JTLA 1IXOA 4JNMA 4UNLA 3TXZA 5HWJA 3LGEA 2J88A 4PFMA 4IWWA 2TMDA 2Y6ZA 5C55A 1VYSX 1J4EA 1I2QA 3NL3A 2H6RA 3IRDA 1G67A 5D32A 4WY0B 3ELFA 1JCNA 1MSSA 4LVBA 4IPIA 3B04A 3P74A 2QDGA 1VLWA 2YPIA 1TJPA 4E0CA 1OF6A 2XN1A 3TQKA 1JUBA 1QPOA 3G0SA 5KINA 2VFIA 4UMCA 1HUVA 3O16A 1FWTA 1UJPA 1W5OA 4M6PA 2E77A 5G2HA 5FF3A 1DQXA 3W88A 5AC7A 4O1CA 1TV7A 1QR7A 1C29A 3BPWA 3LTYA 3BK0A 5C54A 2NLIA 2YW3A 4LOCA 3NL5A 3R8RA 5KZMA 3W7HA 1MEHA 1SPQA 5CPMA 2FQIA 1YLVA 2XN0A 3M0ZA 4NJHA 1AK5A 1HFBA 4IXHA 2G95A 1H1YA 4H4IA 3PUOA 5F2LA 3LERA 5DCDA 1WYIA 4O1AA 1FUYA 3SY5A 2ZCGA 1M7OA 3INPA 1SUXA 1W1ZA 3VE7A 3NOEA 3G3MA 3L0KA 2Y7FA 4WZHA 3TR2A 4HNVA 3M47A 4UR8A 3I6RA 2ZZ5A 3CIXA 5D33A 3FS2A 1SQ7A 3TE9A 3UQNA 1QPNA 3R13A 1Z44A 3RF9A 1YADA 2CLEA 1I4NA 3S1XA 1H51A 4O12A 3B0UX 2X16A 3S5OA 3TSBA 3GR7A 3W2LA 4LVGA 4UUIA 3PULA 3HGRA 4ADTA 4AWTA 3F4WA 5LGZA 2Y85A 5K9CA 5FEXA 3W1AA 1K8XA 1NSJA 4N9EA 1W3TA 4O11A 5J5RA 4KWVA 1X1ZA 1EEPA 1FDJA 4O8RA 1ZJIA 1ME8A 3BG3A 1G4EA 2A7NA 2QAPA 3DFQA 4EF8A 3DHFA 1G7UA 1JUKA 4BWLA 2GPTA 4JTEA 4OBTA 2VC6A 4TMCA 1VHCA 3L5MA 2PRHA 2RDTA 4X22A 1VCGA 3A9IA 1GTHA 2PC4A 3GDTA 1GWJA 1HO4A 3ABQA 3DFPA 4BF9A 1FCVA 3TH6A 3RK8A 1TTIA 3ATZA 1V5XA 3EWBX 4Y9AA 1O94A 4UNKA 3EX2A 4O52A 5U7SA 3O6YX 5LHEA 1T8XA 2H3DA 3Q37A 3L5LA 2YW4A 4M7SA 4EF9A 1ONRA 2QKFA 2X1RA 4N4QA 4XBSA 3EXRA 4YCOA 4JTJA 4XBKA 1TV5A 3BVJA 2Y88A 2RDWA 3HPSA 4IJBA 3MBDA 5FF0A 1BEUA 4MPQA 4E2BA 3N73A 3WK2A 4MYAA 1A5SA 1OFQA 4M7TA 1GVOA 3C3NA 3FKKA 3QW3A 1XM3A 4NUWA 4RZ5A 1ME7A 1AL7A 2X30A 3LCGA 3W76A 2HSAA 3QSRA 2NX3A 1UCWA 4GBUA 1KM0A 1QWGA 1EB3A 5FEPA 2DZSA 4GE8A 3GYEA 5G2WA 2NV2A 3QMTA 3M9YA 3W2NA 4LUIA 5G4EA 4MLRA 1VS1A 4NXKA 1TPFA 1KFKA 3SW6A 3DKLA 4A21A 3GDMA 1OFAA 4ZQPA 3W75A 3W1PA 1Q45A 2BX7A 3GDRA 4TR9A 3UWYA 3GDKA 3QC3A 2EF9A 2V9DA 4FEZA 1XCFA 4RK8A 5T26A 3LTPA 4M19A 5DLCA 3ZR4A 3FFSA 3W7GA 1AW5A 5CPNA 4M5PA 4AWSA 3S1WA 5KMYA 1TSIA 2QUVA 2C6QA 3M16A 1LRTA 1LBLA 5A8GA 2DP3A 1E51A 3KOFA 4JDYA 3W86A 1K8ZA 3NDOA 3MUXA 1F2JA 4D2JA 3NM3A 3EEGA 4LRTA 1EP2A 1N55A 1MEIA 3SZ8A 1TPEA 4GFSA 3W7NA 4NJGA 1AG1O 2BTMA 3W7EA 3MO7A 4JTGA 4TX9A 1H5YA 2B4GA 3GDLA 2CZ5A 1O5XA 2WO5A 3OEXA 3B05A 5CPOA 2JKEA 1K02A 1XXXA 3QJAA 5KSWA 4DF1A 4S2BA 3MBFA 1IXPA 4LS0A 3R89A 3TXVA 3JS3A 3G1DA 1OX6A 2NX9A 4MOZA 1BWLA 4NT0A 1F6PA 4O1DA 1QNVA 1OG0A 4IMDA 5HWNA 3IV3A 5TQLA 4DF2A 1YYAA 4UXDA 1OFEA 1MZHA 1VCFA 3HG5A 4P2VA 2Y70A 5EMUA 1X7FA 3F1QA 3VFLA 3FIGA 5FF7A 1PHQA 4PC8A 4UTIA 5H2ZA 1G69A 3THAA 2ZRZA 5LNWA 3GKFA 3IIVA 5HNRA 2JGYA 4Q4KA 4UTWC 4DEFA 4NZJA 4R34A 5CKSA 3TJXA 2C13A 2ZRYA 3LRKA 1JQXA 1P0NA 5CSSA 3E0IA 3T44A 4Y90A 4AXKA 4UCGA 4CNPA 5KTLA 1ZALA 5LHFA 4JY8A 2ZDRA 2YX0A 1KTBA 1AW2A 1PE1A 1F73A 2GJLA 3W70A 4ZQOA 3ZS4A 2JKPA 3OVQA 5DELA 1CI1A 5K4ZA 3S5YA 5HR7A 3NQCA 4LC6A 3L65A 1L6SA 1FCBA 1ZFJA 2G96A 1XBZA 1XFBA 1D3GA 3NQDA 3C8FA 2QDHA 2WPBA 3BLEA 3MI6A 1NVMA 1FXPA 3W7RA 3DI1A 1YXCA 3ABSA 3NPWA 3EB2A 3N2XA 4UTLA 1R47A 4QSHA 5I3HA 2PRLA 2Y7GA 3EX3A 4LS1A 1T96A 2ZRWA 3UZJA 3OVPA 3E9AA 4AB4A 2Q8ZA 4NNCA 2V5BA 3S6DA 4UIOA 4IQLA 2DZWA 3RLUA 3LXAA 1O95A 1M5WA 1NFBA 3BW3A 2P1FA 4DBEA 2CLOA 3O15A 1H7XA 4ZL1A 1UUMA 1LDCA 4RJEA 3W7JA 5DBUA 1LROA 2Q3RA 4LVFA 2GJNA 3IIXA 3LHWA 5G1TA 2Y61A 1S5TA 3CB8A 3VKJA 5E93A 1W5MA 1OHLA 2C15A 5DCBA 3GIYA 2B0MA 3LDVA 5C6MA 3QPYA 3W1TA 1VRDA 4FX6M 5HUOA 3G1VA 3LHTA 3KHJA 4FNRA 4MLJA 1XDLA 1F76A 4MIMA 4N6EA 4PH6A 1TCDA 3NVTA 2EAWA 3M5XA 1UASA 3HMJG 4FNUA 4GUIA 3RMJA 3NZRA 4AHQA 3P84A 5J5DA 3QH2A 1TRDA 4K7YA 3TROA 5KZDA 5HWMA 3NQ2A 3CPRA 4XUGA 4MKNA 3TC7A 5AYZA 2FJKA 3W7KA 5AHNA 3TUUA 1I2PA 3RU6A 1EUNA 3NGJA 5D30A 1L2UA 1KFLA 2FB2A 2LLEA 2GUUA 3BARA 3LCWA 2ABBA 1YTEA 3VE9A 3ZWTA 3HG4A 1ZENA 2Y89A 2ATMA 4LU0A 1JVNA 1NF7A 3N14A 2R8WA 5K9DA 2E6YA 1X1OA 3C61A 3C2FA 4ZQMA 3I65A 1IIHA 1VH7A 5EA9A 3ATYA 2RFGA 1TYGA 4R7JA 4NZFA 3P5YA 5D2XA 6ALDA 3DHDA 4DO5A 1LP6A 3OBKA 3NZ1A 2VKZG 4UTTC 4I7WA 2ALDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5TIMA

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