5TIM | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
publication title	Refined 1.83 A structure of trypanosomal triosephosphate isomerase crystallized in the presence of 2.4 M-ammonium sulphate. A comparison with the structure of the trypanosomal triosephosphate isomerase-glycerol-3-phosphate complex. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	92
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1991-04-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5timA00

3MWAA 3OVPA 3JR2A 1ZAHA 1LOSA 2YYUA 4POCA 1H62A 1W5NA 5D37A 4O1DA 4OE7A 1SU5A 2CW6A 4NJJA 4BI7A 3O6CA 4K8EA 3M41A 2BLEA 2FB3A 3L67A 1KBIA 3ABRA 4UFMA 3KXQA 1W5OA 4UMAA 3RF9A 2G97A 2A0NA 1TV5A 4M6VA 1G7UA 5D05A 3NL2A 3W7CA 2QUTA 3STCA 2WJZA 4UTJA 2ZRXA 2H8XA 2ZRZA 2AQWA 1UASA 5AHNA 3L0NA 4TU1A 2Y89A 3HGJA 1TRIA 1X1OA 4UTLA 3W2UA 2QCNA 2KZHA 3FKKA 3KVLA 3W71A 3NZRA 5LHFA 3TQ0A 1TIMA 2TSYA 1OYAA 2R8WA 1XDLA 1XXXA 2RH9A 4NJHA 3LRKA 3EX2A 1DJNA 4HSOA 4UXDA 1H63A 5HR6A 3C2EA 5HNRA 1VH7A 5AB3A 2VEPA 2GQ8A 5LNWA 3NPXA 2GOUA 3MHGA 3IVSA 5AYXA 1JCNA 1FCBA 2VFGA 3U6WA 3BVJA 4EWND 3TAOA 5LZLA 3BLIA 4XTIA 3NEVA 1J5TA 3TR2A 4UMBA 2WSYA 4LTSA 5HWMA 4NXKA 3W2MA 3TSMA 4JYDA 1G7VA 1LP6A 3R12A 1DV7A 2Q8LA 4CNNA 3KVJA 1JUEA 3NQEA 4XKYB 2ISSA 4UTMA 3QM3A 3PBUA 3WJXA 1RZMA 3WJZA 2CZEA 2A6NA 3ATZA 3S42A 1H7NA 2DZVA 1R2SA 4GJ1A 1I45A 4PL2A 1D3HA 3VE9A 2BZNA 3HIJA 4DQWA 4BK9A 2JGQA 2HS8A 3MBDA 3NA8A 5D09A 2ZZ3A 2VFFA 3NQAA 4MY1A 2CZFA 1JQXA 3M9YA 1TRDA 4FXSA 4GC4A 3BLFA 1QPRA 1TYGA 2ZRYA 5CPNA 1H61A 1KTBA 3MO7A 4O1AA 3UY8A 5CPLA 3W74A 1FWRA 4UR7A 2H3DA 3NQMA 3QFEA 2X1SA 2VFEA 3BGGA 1HFBA 5LGZA 1UJPA 3DU0A 1PCKA 4KWVA 2XN2A 3C6CA 3W7EA 2VEMA 1VHCA 3L68A 1EUAA 4YCPA 3BARA 4Z1DA 1R47A 4NNCA 2OZ0A 5DCEA 2F7FA 1YDOA 1H7OA 1K7EA 2ZTKA 3PUEA 3QPZA 1DBTA 5F2GA 4O18A 1LLWA 2J24A 4JX4A 3RNDA 3SIZA 3V75A 1GG1A 4FNTA 1THFD 1XC4A 5EMUA 1EPXA 3CLMA 4UC5A 3QSRA 4O28A 4JEQA 2C0AA 1KV5A 4LC6A 1UUMA 3MBFA 4BF9A 4FNQA 3A9IA 3G22A 1X6UA 3NQ8A 3N19B 3L5MA 3OA3A 3A5FA 3JRKA 1F6PA 4U28A 4R53A 3W7MA 1TPFA 3MI3A 2J27A 2BX7A 5AHLA 4GFSA 2J9ZA 4M7TA 2GVJA 5D30A 2GVGA 1NF0A 2WPBA 3LGEA 3W2NA 4AH7A 1OX6A 3G18A 5I3JA 2WSRA 1I2NA 3QMSA 1CW2A 5K3VA 5EA9A 3DXIA 1W0MA 3TAKA 1GVRA 1H1ZA 3CEPA 1ZNNA 1F7BA 2VFHA 4XTDA 1M7PA 3W9ZA 4HNVA 4K6AA 5KSWA 1ZY9A 5DELA 1BKSA 4OWGA 4K7YA 2YCEA 3T7VA 3GXPA 2QCLA 4YCOA 3OBKA 4FHAA 4HPXA 1TTPA 1WAUA 5EL1A 2FFCA 5AYYA 2EKCA 5G2WA 7TIMA 3QW3A 3N3MA 2XFWA 1KM4A 5HMSA 5DY3A 4XWUA 1OFBA 4LVDA 5HINA 5D2TA 3HGOA 3TW7A 3INPA 3MI2A 3FS2A 5BW6A 2JK2A 3LLDA 3G0XA 2Y62A 5KITA 2WKJA 4X3ZA 1GT8A 2J88A 4FNRA 2OMAA 3NG3A 3NQDA 1AW5A 2I9EA 2OJPA 1HL2A 1ME8A 4XBSA 4RV8A 1NFBA 2E1DA 3WK2A 3F4WA 4QAIA 3IVTA 3Q37A 3P5ZA 4DBEA 1M7OA 1ME9A 4N9DA 3S5NA 1ME7A 3F03K 3EXSA 1S3HA 4ORIA 1XBYA 2TRSA 1QO2A 4EF8A 1ICSA 3G1HA 3M1ZA 4K38A 2NWRA 1JCJA 4CLMA 1OFRA 1PHWA 4JY9A 2LLEA 3B05A 4UTKA 2GQAA 4WUIA 6TIMA 3W1NA 3LDVA 5LNUA 1D3GA 2QJHA 2V5BA 3DHDA 4UFHA 4MYXA 1C9DA 4GRSA 3OVQA 1FCUA 4HT3A 3E9AA 3NAVA 3A5VA 1F05A 2XN1A 4LS1A 3C8FA 1ZAJA 2A4AA 1QDSA 4BI6A 4O4WA 8TIMA 4AB4A 3W7QA 5FF2A 4NUWA 3S1VA 1IF2A 4HKPA 1O95A 3IGXA 1WV2A 3T78A 5D2VA 3E02A 2FQIA 4O8RA 4DEFA 1ZENA 3ZFHA 4PH6A 4JIQA 4IJBA 3DFNA 3P80A 4I7VA 3SGZA 4DO6A 2ZQ0A 3A21A 5CSSA 5I3FA 3LB0A 3W75A 5HUPA 3NQ6A 3W1TA 3SGUA 1OFDA 3E96A 1VRDA 1SZEA 4O15A 3PG8A 1P0KA 2FPVA 1FWWA 3C56A 1K7FA 3I68A 5AHFA 4AWTA 1PS9A 3E0IA 3LHZA 1MO0A 1YYAA 3DKJA 3C2VA 1P5BA 3CEUA 1C8VA 2VENA 1RD5A 2FJKA 4RKAA 3KAOA 3LCIA 2ZDRA 3IV3A 5T26A 4ADTA 2TPSA 3LERA 2DP3A 3LM7A 4LVFA 5DLCA 1K02A 3G1AA 5K9CA 1FWTA 3LI0A 4QSHA 1DJQA 1IIHA 3P81A 4IMDA 2H90A 3Q2DA 3S5OA 4HNUA 1TMHA 2E6YA 4L4MA 4S1FA 3M5XA 2NZLA 3G8RA 1FBAA 5H91A 3HO8A 4IMGA 4QNEA 4JY8A 2DU2A 2CLFA 3TMQA 3GAKA 5AN7A 3HGRA 4MZ8A 1GPWA 4H3DA 3VE7A 1WQ5A 4IX2A 4AAJA 3TW6A 1TJPA 3RK8A 2JGYA 4IMFA 1ML1A 3O1NA 5K4ZA 1W3TA 5CPOA 2JKEA 1QMLA 3L9CA 2E5BA 1F76A 4RZ5A 3AJXA 1SZGA 3OIXA 1VJIA 3B03A 3V1PA 2VELA 1FWSA 2EGZA 3W1UA 1TSIA 2NUXA 4E0CA 1EP2A 2CWNA 2QCHA 2B4GA 4ZQRA 2Y6ZA 3TNOA 5C55A 4O54A 1W56A 5CZJA 3UPBA 2ZRWA 4S2CA 3G1YA 2RFGA 3W86A 4CQ9A 1GZGA 3EX4A 3RMJA 3HBLA 4Z1CA 1TPWA 1R46A 4UTIA 1KA9F 1A5BA 3BG3A 4Q32A 3G0SA 3NQGA 3W1AA 3W1LA 3SECA 3Q58A 5A5WA 2C15A 5D38A 1S5TA 5CGQA 5FEPA 1TPB1 4PTNA 3R8RA 5LNSA 2FIQA 1T8XA 2Z6JA 4LWWA 3DKLA 4OV4A 3KVKA 5F4WA 3NYZA 3HOJA 2CLEA 1BTMA 4UIOA 1BEUA 1FCVA 3W1XA 1O60A 3MHFA 3TQKA 4LNYA 3MUXA 3NPWA 3RLUA 4JYEA 5D32A 2ISWA 3UXAA 2PE4A 4JTLA 4K37A 4LUIA 4R34A 4NXSA 5AFDA 1ZJIA 3TQVA 2WNZA 1XBZA 3CT7A 3PUDA 5G5IA 3R13A 3HG4A 4NNBA 4OV9A 2NV2A 3KRZA 3SJ3A 4UFKA 2DZXA 2NWSA 4ZQMA 1QPQA 1WDWA 2C6QA 1FDYA 1VQTA 3QZEA 5L6UA 3CIWA 1Q6QA 3CTLA 2A7PA 2VOMA 2YYTA 4M6QA 1Q45A 3C4UA 4HHPA 4ZVJA 3P8IA 3C3NA 3EWWA 3BO9A 1QR7A 3HPXA 4FF7A 3LXCA 4DF1A 3TCEA 3TU9A 1VYRA 4IPIA 3S0CA 2FLIA 3PAJA 2Q3RA 3NQCA 3PG9A 3NL6A 3GR7A 4MPQA 1AW2A 1G4SA 1KV8A 2R94A 1QO5A 1VZWA 1GEQA 1KM1A 2TYSA 1UUOA 3NGJA 2JKPA 1GYLA 1LRQA 5DBTA 3SR7A 3LHUA 3IIOA 2BTMA 1IXNA 3HB9A 3W83A 2AGKA 2Y7FA 3EWBX 3S1UA 3QJAA 4IXHA 3UWWA 3GLCA 4HIBA 4UCGA 5FEZA 4XUGA 1AG1O 2E5CA 4U4MA 3NL5A 3C2OA 3N73A 2QAPA 1L2UA 1WX0A 2HSAA 2C19A 3OVRA 3NDOA 4GWEA 1EP1A 2CU0A 4AEOA 4Q4KA 2FPTA 1EP3A 2X1TA 3HG2A 3DFPA 1SUXA 4MIMA 2ZZ4A 3W23A 3HG3A 4L4LA 5HQEA 1VCFA 3P61A 3I65A 5AC8A 3LHVA 1GQNA 3FJ6A 3QQ0A 4NJIA 2DZTA 1WYIA 4ICNA 4X22A 4RX0A 1A5AA 2HTMA 3MYPA 3HMJG 3BLEA 3KRSA 3NOEA 3QQ1A 2C16A 3G0UA 4BWLA 2OT1A 3GDMA 2Q3OA 4WZHA 2VKZG 1F74A 5IBXA 4BI5A 1Z44A 3GIYA 5F4XA 1VLIA 4CCCA 4HSNA 1JRBA 3GAYA 4GNJA 4IOTA 1SSDA 1OK4A 3ZS4A 3LBCA 2QR6A 1W37A 4ADUA 3THQA 1JVNA 1OX4A 3SW6A 5TQLA 2A7RA 2A5HA 2CZ5A 1OK6A 2P1FA 3LCGA 3ABOA 5HWJA 1KLYA 3GR8A 3TK7A 3NQ2A 3O16A 3ABQA 3TSBA 3GX9A 1I2OA 3FEMA 5EY5A 5K4XA 4WOQA 2JBMA 1EEPA 1GG0A 3W1RA 3NR0A 4PL1A 1EB3A 4BWLC 1U5JA 3CM4A 4IXXA 1AL8A 5IBXC 3PB2A 3R5EA 3FFSA 5G4EA 1C29A 3SI9A 1QCWA 2WQPA 4AF0A 3IVUA 3T44A 5HULA 4A29A 1OFPA 3FA5A 3MW7A 1JR1A 1XKYA 5DY2A 4N6EA 1JULA 1SW0A 3TROA 3DENA 1P1XA 2X1UA 3W70A 3IGUA 3STEA 4LRTA 1YTKA 1KFCA 2QF7A 2VFDA 2DJXA 3P5YA 3EXRA 1KFJA 1YXDA 3C61A 1QWGA 1JCYA 4BFAA 1FUYA 4LV4A 5DXYA 3W2LA 4JNMA 2JKAA 1DVJA 3O6DA 1LROA 4JYFA 3QEZA 1FCQA 4UUIA 2ZZ5A 1SR9A 4RR4A 4D2JA 1R2TA 1TTQA 4LS0A 4OHQA 4XBKA 2AAMA 3DAQA 3LRLA 4MJMA 4JX5A 1NF7A 3TXVA 4R33A 2EAWA 2I14A 5C2XA 4HNTA 1YTEA 3SSJA 3QYQA 4ZQNA 2XN0A 1UCWA 3HF3A 5U4NA 3NQFA 5F1UA 1HTIA 2E77A 2V0TA 4JGDA 5TIMA 1A53A 3M6YA 4JD4A 1AL7A 3GZ3A 5K2ZA 2ZFAA 2O7QA 2V30A 3GKFA 1SW7A 4FX6M 3W7NA 1LRTA 4RZ6A 2NX9A 5K7JA 3NVTA 1IGSA 1TPDA 4RXGA 3STGA 3G8EA 1B4KA 3KX6A 2NX3A 4N02A 3NNTA 3N9SA 2PRHA 1FQ0A 1KM0A 4UFLA 3IEBA 3M44A 4K8HA 3MP5A 2FB2A 2HS6A 1W3IA 1JUKA 4JTHA 4MY8A 4BR1A 3HQ1A 1F2JA 3EKZA 5CKSA 2ZTJA 4LS2A 1KM5A 1GYNA 2IQTA 2HMCA 3DH7A 1FXQA 1R2RA 1OJXA 2A6LA 1H60A 4B5NA 3G1DA 2FDSA 4NZJA 4J9JA 1NVMA 3W7OA 3TX9A 3W7DA 4W9TA 4LUJA 3NXFA 4Q33A 1TV7A 4ADSA 1SO3A 3TJLA 1T96A 1KW1A 3OEXA 2DORA 3O05A 2Y7GA 3EX6A 1FY6A 3H55A 4NT0A 4Z0SA 5FEXA 1O5KA 3KVMA 1OVDA 4UTTA 5F2LA 2QEZA 1DORA 2YSWA 2FPYA 1JUBA 1IXPA 3IIZA 3S8HA 1K8ZA 5AOUA 1P4CA 2X16A 3LCWA 1FDZA 3LCHA 5D2WA 1K8YA 1LYXA 3LLFA 2QCMA 4AVFA 1G4PA 4N9EA 1W1ZA 4Y8FA 3TC7A 5HWNA 4O10A 5G2HA 3U8GA 4UNKA 3EXTA 3MHUA 4HNNA 5CZ0A 3S9YA 2Z2UA 5I3HA 3CU2A 4LVBA 3SZ8A 4OT7A 5EKYA 1EUNA 1K3UA 3F4NA 1YDVA 5I3KA 4AHOA 2EPHA 3UYCA 4AWSA 1KTNA 2QCDB 5H2ZA 4UR8A 2X1RA 4TMBA 4GE8A 4O0KA 5HUOA 1JCXA 2CLLA 3G1SA 3WJSA 4UTUA 4MZ1A 2YFNA 5F1VA 4XKYA 1ICPA 3IRDA 4P61A 4UTTC 4QNWA 4P2VA 1N7KA 1BWKA 2WSQA 3DFQA 3U2OA 3P62A 4NX5A 3WK1A 2Y70A 4KFPA 2WNQA 1LZOA 3GDTA 2ATSA 1W3NA 4N2YA 4NNAA 1QNVA 2C3ZA 4QIUA 3WK3A 2H3BA 1PE1A 3TE9A 4OU1A 3PBWA 1LORA 2GJLA 1TTIA 2WNNA 1A50A 3EX1A 4JXCA 3ABSA 1LOQA 1KFEA 4O19A 2PCQA 3PVFA 1Z41A 2P10A 4A22A 4C1LA 3K30A 3P67A 1W54A 1RQEA 1VS1A 1LTDA 4O0ZA 1XL9A 4IGHA 2NXIA 3PC0A 1QPNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5TIMA

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