5AY7A

A psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
330
structure length
315
Chain Sequence
GLKDAYKDYFKIGVAVNNRNVADPDQIKVVLREFNSITAENAMKPQPTEPKKGEFNWEDADKIADFCRANGIKMRGHTLMWHSQIGSWMYQDEKGNLLSKEEFYANMKHHIQAIVNRYKDVVYCWDVVNEAVADSPVYPGRPELRNSPMYQIAGEEFIYKAFEYAHEADPDALLFYNDYNDAEPAKSQRIYNLVKRMKDAGVPIDGIGMQAHYNVYGPTMKEVDDAIKLYSTVVDHIHLTELDIRINVSDWERTLQQDQYVQLFKVLRKHKDVIDCVTFWNVSDKDSWLGVRNYPLLFDENYKPKQAYNAVKNFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into potential cold adaptation mechanism through a psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Aegilops speltoides subsp. speltoides
molecule keywords xylanase
total genus 119
structure length 315
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2015-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ay7A00
1GJUA 3WL0A 3VO0A 4PMVA 2J47A 4TOQA 5E09A 3RM4A 1KBBA 2NW0A 2G3JA 1ZJAA 2WM0A 1LLOA 1GOQA 1GNXA 1JZ5A 1LG1A 3AISA 4HMDA 4ATDA 2C8NA 2DH2A 2WHKA 3S2CA 3KL3A 5EFDA 1W3JA 5GNZA 2J7GA 2XVNA 2BXZA 2WMHA 2XM1A 3SEPA 1JGIA 1JNEA 1Q6FA 4ZE4A 1O7AA 3WIJA 2J7HA 4AZGA 4RE4A 1DEDA 2DPEA 2A3HA 1FFRA 2YDRA 4Z2JA 1NOUA 4UFLA 1NOFA 1TVNA 1KWKA 1C90A 4AXNA 4IPLA 3M07A 1HJSA 3KWXA 3DHPA 1PPIA 2WZEA 3II1A 3MUZ1 4ZFMA 1JD9A 1V6XA 3IJ9A 1KBKA 1E55A 2WXDM 1MW1A 3QGVA 5A8OA 4OBSA 4W86A 3SCNA 4W8BA 1HIZA 3WF4A 3BH4A 2WLYA 1SMDA 3SCPA 4CN6A 3DYPA 1DTUA 4UTFA 1OCQA 1VAHA 1CZ1A 1G5AA 4W84A 2J7CA 2WK2A 3UR7A 4V28A 1V0KA 1HJXA 1CIUA 1UOKA 1JYWA 3WENA 1GQIA 1RH9A 3W27A 3WF3A 3ZJ6A 2CYGA 1OINA 3IJ8A 3WH9A 2VRJA 3OLGA 3VIJA 1W9VA 1KFWA 3AMGA 3O6AA 3WNKA 5F7UA 3NSMA 2PWGA 4IUGA 2FGLA 3WUGA 4MNJA 5I78A 4HU0A 3L2MA 4UOJA 3CZJA 4WKAA 3CZGA 4MADA 3PZ9A 1R85A 1HT6A 3G6LA 1JAKA 4MJ4A 2J62A 4PSRA 3ZMRA 3RCNA 2WVSA 3NDYA 3J7HA 3WD4A 2WB5A 1E4LA 1TFVA 3L4UA 2WPGA 3VIGA 3TTOA 1GCYA 4YHGA 1JZ3A 2J78A 4HMCA 2PC8A 1PIGA 2ZICA 4FLQA 2YA2A 1GPFA 3MUY1 3T2OA 4GZIA 4UQCA 2ZE0A 3JUGA 1V03A 1NM9A 3AMLA 4UZSA 4UFIA 5LYRA 3SUVA 5CGMA 1EDQA 1GHRA 4P8WA 4L4OA 5D9OA 2D23A 3GH7A 2GSJA 4AZ5A 2WKGA 3CO4A 1C91A 1XSKA 2J4GA 4TX6A 4BQ3A 5CLWA 3ZIZA 3UR8A 1CXHA 3PZMA 3ARWA 4CGTA 3VD5A 5A1AA 2Y5EA 4D72A 4WLCA 4CD4A 2WCGA 5FCZA 1V0MA 3WUFA 2WBKA 3ALFA 5A3HA 3VGFA 3VMNA 1ZU8A 3AXIA 2WHMA 1US3A 1AQHA 4ZE5A 5A6BD 1GOKA 2VCBA 2OWCA 1BYAA 5BXSA 4PCTA 1A47A 1RPKA 3RJYA 4W85A 2VZOA 1W9XA 1UD5A 3EMQA 1M7XA 4MNKA 1DWAM 4TXEA 3ZJ7A 1EQPA 2YL9A 5D9MA 1H11A 1MXGA 4PN2A 5A6KA 5CG0A 1AMYA 3ZR6A 3VKKA 3L4YA 1JZ2A 1E71M 3K8LA 3WUEA 4P7RA 3WBEA 3FHAA 3WDIA 5IDIA 2FDMA 1I1WA 3SURA 5CJ5A 1UKPA 3BLPX 2J25A 1U2YA 1V3HA 1A3HA 4JKLA 1ECEA 2GK1A 3WEMA 3WN6A 4ML4A 1HXJA 1PJ9A 4AIEA 4OOUA 1QHZA 4FLOA 4HA1A 2FHBA 3VIOA 1H2JA 5JUVA 5E0FA 2ZX8A 1G0CA 4ZENA 3EDJA 4PMOA 3W28A 3MO4A 1CXFA 1H09A 2O9PA 5CSUA 4AD4A 2YA0A 4ATWA 3NSXA 4M82A 3ZT5A 3VU2A 3CPUA 3PTQA 1GVYA 4NZCA 2WVUA 1JI1A 1WCGA 1Q6GA 5DFAA 4TVDA 2YBUA 2HVMA 4A3HA 4IISA 1R86A 3OGRA 1KCKA 3A4AA 4AZ7A 2BXYA 3SCTA 5ABEA 3SUWA 3WFLA 3M7SA 4H8VA 3WF0A 2EPMX 4PRWA 1C3FA 1DWHM 4U2YA 3WDPP 1QNPA 2V5CA 5GPRA 1H5VA 1KGWA 1Q6DA 1W9DM 1NWRA 4N42A 4W88A 4CKQA 2VZTA 1B3ZA 3RJXA 2NSXA 1UH2A 4MTVA 4LPCA 4B15A 5C8BB 3W38A 1UR2A 2YLLA 3U7VA 3AIVA 3CZ8A 3AS0A 3FHQA 1GUVA 4QCEA 2GJXA 3MSDA 1SR0A 1OT1A 3KZSA 3AZSA 2GVYA 2PBOA 1WAWA 3WQ4A 5A69A 3B9AA 1W1VA 4JFSA 1JAEA 2VVNA 1DP0A 3OZOA 3LPPA 3AYSA 3B8SA 3ALGA 1UKQA 4EAMA 2CESA 3MMWA 4LXFA 2ZXBA 1MW0A 2VR5A 2D1ZA 1W1YA 2WC7A 3WDHA 2UY3A 3EDKA 1TVPA 5A8MA 1OB0A 2F2HA 4CUCA 3NCOA 4OUEA 3ZO9A 1VRXA 3T2QA 4IM4A 1FHLA 4TVUA 2V38A 4W7VA 1TZ7A 3N12A 1F4HA 1EO7A 2DIEA 2XYLA 2Z1SA 4X9YA 4GKLA 4RE2A 1QBAA 5D8ZA 3D5HA 3OLIA 4FLSA 1YQ2A 2IUZA 1HKMA 1UZ4A 4DM2A 5IFTA 5ABFB 1K9DA 5HNNA 3NUKA 2WMKA 2EPNA 1ZJBA 5JBFA 3AHZA 4W93A 2ZWZA 4MB5A 2AAAA 2C7FA 4MNLA 3WEZA 3PZOA 2D2OA 4GINA 1ITXA 3PTMA 2VQTA 2NT1A 4QLJA 5AYBA 3VINA 2XSAA 1N82A 3VDAA 3VTRA 2J75A 3THDA 1MW3A 5I3DA 4F79A 2XM2A 4CD7A 5I23A 4D1IA 1TCMA 5C71A 4GZEA 2VURA 2W63A 3N17A 3OGVA 2GK1B 4DWSD 3ARZA 4JHOA 3AICA 4BF7A 3KEHA 5ABHA 2A3AA 4PBGA 3WY1A 3N11A 3OLEA 4YPJA 4EANA 1JI2A 4UR9A 3SCUA 2O92A 3GNOA 4A3YA 1VEMA 1VIWA 5CZKA 4D6GA 4UNIA 2VRKA 1V6WA 4HA3A 3CZKA 3BAIA 4GQQA 1UYQA 3W29A 2O9TA 3F5KA 4XZWA 1DWGM 3AMDA 2PWHA 3GM8A 3AIRA 3VDBA 3A6OA 1QW8A 1Y7VA 3ZJKA 3OLDA 2XIIA 1K9EA 3VIKA 2J79A 2VX7A 3M6DA 1KCLA 4W89A 5E9AA 1BAGA 4OZOA 2UY5A 2EPKX 1V3MA 4QDMA 2D0GA 3S6TA 5CPQA 2ZWYA 2OYLA 1TA3A 1Q6CA 7A3HA 3AHVA 4UOZA 3AXXA 4PMXA 4F66A 1JZ7A 3AS1A 4D6EA 1FP8A 3B9EA 4Z2IA 2XHYA 1KXHA 4AZIA 1ISZA 3CUGA 3ZT6A 4AC1X 1M04A 1HVXA 3BC9A 4XX6A 1ZBKA 4URIA 4D6IA 1H3GA 4M56A 2O9OA 3LMYA 5ABGA 3W24A 4AYSA 4AWEA 3NIYA 5E6ZA 2WCSA 4MB3A 3GYCA 4TTGA 1US2A 1CGXA 5DT5A 2ZOXA 2BY1A 3AXHA 4LX4A 4LYPA 5HDRA 1JF6A 1X6LA 2JE8A 3I3DA 5CPSA 2BV9A 4X0VA 4P7NA 1MXDA 5E70A 4ACZB 3DECA 1F4AA 3PTKA 1W2VA 3GBEA 2G41A 4AZ6A 3WD2A 1J12A 3PZVA 3WKZA 3TTSA 5M03A 2WC3A 4QLKA 3HU7A 1W3LA 1GJWA 5I6SA 3BSGA 4A4AA 4CD8A 3W0KA 3AS3A 2J77A 2V3FA 2WVTA 5BXTA 1Z32X 1YHTA 3WNMA 1MW2A 1VBUA 1W91A 1WPCA 5HPCA 3SIMA 1QNOA 3SCRA 1WZKA 4ZXLA 4E8CA 4CN1A 3VMPA 1C7TA 1UWSA 4K68A 2CPUA 2XPKA 2VCAA 1HN1A 1UWUA 4AD2A 3RM8A 1JZ6A 5D9PA 1JIBA 2A3EA 2OSXA 2J7DA 2XFFA 1XHGA 2VX6A 4Z2HA 4RL3A 4WKHA 3L4XA 1PX3A 1QW9A 1ISWA 3KL0A 1EDTA 2WZHA 3UG5A 1ZL1A 4M1RA 1XSJA 2E9LA 4GIAA 2XSBA 1VFFA 1TUXA 5LA2A 1WO2A 4AD0A 1WZMA 5A2AA 1XYFA 1J0KA 7TAAA 1E5NA 5I2UA 2TAAA 4Z2KA 4MB4A 2WNWA 4WF7A 2VVSA 1PZ2A 4GI9A 2O9RA 3U7BA 3AQUA 2QMKA 4JKKA 3W37A 2YL6A 3AMKA 1NP2A 2WC4A 1J0JA 4EE9A 1W3HA 4WKFA 1HKJA 3ARSA 4H41A 4KWUA 1E1FA 1H49A 1ISXA 1EXPA 1BGAA 3VIHA 1OGGA 4J3SA 3CHEA 3IAPA 2VRQA 1UD6A 4JL1A 1EA9C 2OLHA 3WQ8A 1VF8A 3WD3A 1J9YA 4MPKA 4D6DA 4UOQA 1JXKA 1TA3B 2YJQA 2CBIA 1CYGA 3ARVA 2W62A 1L8NA 1JF5A 5JBEA 5HXMA 2ZX5A 1HJWA 1OBAA 1UQYA 4JAWA 2FH6A 3MV11 3BLKA 5AC5A 3VGGA 1VEPA 1BVNP 2AMGA 1V3KA 1HJUA 1KQYA 4QCFA 4BQ2A 1HKKA 3VIIA 2Y8VA 2X0YA 4W5ZA 3N9KA 4BCEA 6TAAA 2DEPA 3MANA 2GFTA 3L4ZA 1J01A 3VGBA 3VM7A 1GORA 2ZUTA 4AD5A 2J74A 3HJEA 2B31A 3NYDA 2BVYA 5ABFA 2BHUA 1E4NA 4N0RA 3OA5A 2D20A 4UQBA 3K1DA 1KXQA 2C0HA 4JZ5A 4ACYA 1TMQA 4U3AA 3FNDA 4AD1A 3HMCA 2QPUA 4PMYA 4P7QA 5HOSA 2BY0A 3NJ3A 2VOTA 1EOKA 4CCCA 2ZUWA 4OJYA 1RP8A 5E0CA 4JHZA 1BGGA 2WCAA 1CNVA 1M03A 3PZQA 3DYOA 4R5EA 5CQ1A 1WE5A 3W81A 1UKOA 2VZVA 2D22A 2OYKA 3WF2A 2YL5A 1V6UA 1NOWA 3W25A 1BYBA 5A6SA 1R7OA 1WNOA 3O2LA 1FP9A 2BY2A 4W7UA 2EBNA 2G3MA 4KGJA 4JCMA 4W5UA 1BLIA 1UR8A 1RP9A 2PWEA 2DT1A 3GXDA 4GI6A 4WK9A 1V3JA 4LYQA 2VJXA 1FFQA 3N1AA 2CETA 4P7OA 4PMUA 1QBBA 1VJZA 2GUYA 2ZXAA 3CZLA 1C93A 2WSKA 2JF6A 3ZJ8A 1XH0A 2D3LA 2DH3A 1E0VA 2EJ1A 1E43A 1E0XA 2JIEA 3F4VA 4C7DA 5DF0A 2DSKA 3POHA 4M80A 2QV4A 3K46A 1HJQA 1UWQA 4JFUA 1CXLA 1OSEA 1FOBA 4E2OA 2Z1KA 3VDHA 4H7VA 1JG9A 2GDVA 3CUJA 3I3BA 4E4PA 2ZXDA 3TP4A 5HBFA 1DWJM 4HOWA 1E6ZA 1G1YA 3OIHA 4AD3A 1EIBA 1BYDA 3WNPA 4PYSA 4FF5A 2CCRA 2YKKA 2YL8A 5AC4A 1QVBA 4AIUA 5BYWA 1UR1A 4IPNB 4NSBA 1B2YA 1E6RA 3WD0A 3L4TA 4JIEA 1XCWA 1E6PA 5CPTA 1TR1A 5FOOA 1UR9A 4B3LA 2XG9A 3M46A 1E0WA 1HP4A 4W8AA 2EXOA 2AOSA 3APGA 3WDQA 4NRRA 3OB8A 3RDKA 1QI4A 1CECA 1SMAA 2JFEX 4GPNA 4HOXA 5A6AA 3GDBA 1BSIA 1GOIA 9CGTA 1B30A 1H1NA 4PUDA 1XYZA 2QMJA 3ARQA 1VBRA 3UG4A 3WBAA 4D6FA 1GVIA 1V02A 3L4VA 2VC9A 3EYPA 4ACZA 2XJ7A 1PBGA 3VNZA 1B31A 1MQRA 2WMJA 3WDRA 1ISVA 3ECQA 8A3HA 1E6SM 1E72M 3VGHA 4CU6A 2GDUA 1ZBWA 4BA0A 4BS0A 3CIVA 1QHPA 4HOZA 2PBGA 1CTNA 3RIKA 3OGSA 3FXYA 1GQLA 2ZUMA 2G3IA 3VUPA 2WMFA 5A94A 1XGZA 1LWJA 1E6NA 1HL9A 3SUSA 1JDAA 4CU7A 3GXFA 3VDCA 4OOZA 1C92A 1KR1A 3UCQA 1UD2A 4FMVA 3WDJA 1SFSA 2Y8KA 3BMVA 4JFTA 1E70M 2BY3A 1OD0A 1BF2A 4OKDA 3WQVA 1IZJA 1GOMA 1J18A 4GO8A 3A4XA 2JALA 1NWSA 3W26A 1W3KA 2D3NA 2W5FA 2G8ZA 2Q8XA 3ZM8A 1D2KA 3MUAA 3IJ7A 5EBAA 2YIHA 1UH4A 3AHXA 4OBRA 2WMIA 4QAWA 2E8ZA 2EPOA 1ISYA 3ZOAA 2G3NA 3VD7A 3VX1A 2CKSA 4CCDA 1E4IA 1OIFA 5I0DA 1Q4NX 2DGAA 3ZR5A 3PN8A 2VNCA 3K4AA 3AZTA 3VVGA 3F5LA 1MYRA 1J11A 3AIEA 3WH6A 1V08A 2ESCA 2W92A 4PTMA 1BHGA 1QNQA 3CUIA 1UKSA 4X0NA 1QPKA 1R8LA 4UZUA 3T0BA 3W82A 4DWSA 2ZX7A 2XIBA 5A6LA 4F8XA 3POCA 4UQ9A 4LGXA 1FH7A 1X1NA 3GZAA 1OD8A 1OGBA 3SCQA 3FN9A 1KQZA 5JIPA 4D6CA 1WZLA 3VGEA 3DHUA 3CBWA 3ZT7A 1JDCA 3BAYA 4E8DA 5KZ6A 1VFMA 3GXIA 1ODUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GJU A;  3WL0 A;  3VO0 A;  4PMV A;  2J47 A;  4TOQ A;  5E09 A;  3RM4 A;  1KBB A;  2NW0 A;  2G3J A;  1ZJA A;  2WM0 A;  1LLO A;  1GOQ A;  1GNX A;  1JZ5 A;  1LG1 A;  3AIS A;  4HMD A;  4ATD A;  2C8N A;  2DH2 A;  2WHK A;  3S2C A;  3KL3 A;  5EFD A;  1W3J A;  5GNZ A;  2J7G A;  2XVN A;  2BXZ A;  2WMH A;  2XM1 A;  3SEP A;  1JGI A;  1JNE A;  1Q6F A;  4ZE4 A;  1O7A A;  3WIJ A;  2J7H A;  4AZG A;  4RE4 A;  1DED A;  2DPE A;  2A3H A;  1FFR A;  2YDR A;  4Z2J A;  1NOU A;  4UFL A;  1NOF A;  1TVN A;  1KWK A;  1C90 A;  4AXN A;  4IPL A;  3M07 A;  1HJS A;  3KWX A;  3DHP A;  1PPI A;  2WZE A;  3II1 A;  3MUZ 1;  4ZFM A;  1JD9 A;  1V6X A;  3IJ9 A;  1KBK A;  1E55 A;  2WXD M;  1MW1 A;  3QGV A;  5A8O A;  4OBS A;  4W86 A;  3SCN A;  4W8B A;  1HIZ A;  3WF4 A;  3BH4 A;  2WLY A;  1SMD A;  3SCP A;  4CN6 A;  3DYP A;  1DTU A;  4UTF A;  1OCQ A;  1VAH A;  1CZ1 A;  1G5A A;  4W84 A;  2J7C A;  2WK2 A;  3UR7 A;  4V28 A;  1V0K A;  1HJX A;  1CIU A;  1UOK A;  1JYW A;  3WEN A;  1GQI A;  1RH9 A;  3W27 A;  3WF3 A;  3ZJ6 A;  2CYG A;  1OIN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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