5BW6 | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	268
structure length	255
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
publication title	Visualizing the tunnel in tryptophan synthase with crystallography: Insights into a selective filter for accommodating indole and rejecting water. pubmed doi rcsb
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus	94
structure length	255
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2015-06-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5bw6A00

4LUIA 2RDTA 1M5WA 2CLLA 5K9CA 4OV9A 1K8YA 2ZRYA 1GVQA 1QO2A 2E5BA 5LHEA 1LM1A 2VXNA 4L4LA 2R14A 3EWYA 3W7KA 3B0PA 2C1HA 2Z2UA 3LXAA 5HMSA 2FJKA 2FLIA 3HGJA 4N2YA 2H3DA 3A5FA 2E6YA 1KM6A 3RF9A 3O1NA 3M47A 4FX7A 5D02A 1EEPA 1IXQA 4GUIA 1XM3A 4O28A 5HWJA 1RD5A 1LORA 3NQMA 1YTDA 2ZRUA 2ZYFA 4HNNA 3WJZA 5LNWA 1HG3A 1PHWA 3LXCA 5BOOA 3Q58A 5D05A 1MSSA 3G8RA 1WV2A 2VKZG 1VYSX 3P61A 4PFMA 2A85A 2OZ0A 3M43A 5EL1A 1HTIA 2QF7A 1O4UA 5D2XA 3TQVA 1TPH1 1F7BA 1T0OA 1VPXA 3EB2A 3PAJA 4M6QA 4RXFA 3DKJA 1KFBA 5AHLA 2QCDB 1GQNA 1KM1A 3W7GA 5D33A 2ZA3A 4IMFA 4DF0A 2QKFA 2J27A 1W1ZA 1F74A 4WJEA 4NT0A 3S1WA 1KFLA 1F76A 5LNRA 5K9XA 3BG5A 3I7SA 1RVGA 3EKLA 4UFHA 3LHUA 3I65A 4DBEA 1GTHA 1EP2A 3E0IA 3MP3A 3TIMA 4JX4A 4DO4A 4GJ1A 1JCYA 3C2EA 4MZ8A 5IBXC 3W1MA 3RFAA 4S1FA 3W84A 5EMUA 1GT8A 3EKZA 3EWBX 3L5AA 1YXYA 3EEGA 4AEOA 2B0MA 1WXJA 3W9ZA 3W7HA 3TJLA 3BPWA 4DQWA 2JKEA 1ML1A 2E6DA 2PURA 3LV5A 3CB8A 1EIXA 2XN1A 1DQWA 4LC8A 3O6YX 1K02A 5KINA 3SZ8A 1I4NA 2H3BA 2DZWA 2E5DA 3HPSA 5K3VA 4ZQNA 3VNDA 2QCEA 1D9EA 3S1VA 3TSBA 2YW4A 4KKXA 5K4XA 2R91A 2FIQA 3NEVA 3DI1A 4NXSA 4NU7A 1YDVA 4QISA 2F7FA 3FYPA 3B06A 1EPXA 3STCA 5I3IA 4JTUA 3E12A 3NXFA 3EX1A 5A8GA 3WJXA 3C4UA 1GPWA 3DKLA 3LRMA 4JX6A 1VLWA 2G95A 2O7QA 3G0SA 4NJHA 2ZDRA 4HKPA 1GVOA 1IIHA 3NQ6A 3DI0A 3SSJA 5G1YA 3W2NA 1DORA 4KFNA 4M7SA 4Z1CA 3ABOA 1T8XA 1MEIA 2BXVA 4O15A 3W86A 5AFDA 3INPA 4NZJA 3T55A 2ATSA 3P80A 4LVFA 1XFBA 1ME8A 3B0VC 2C16A 3CHVA 1DV7A 5D2TA 1G69A 2ZRXA 4FX8A 4AMAA 3ATZA 4CNPA 1C29A 1ZNNA 3IIOA 5HR6A 3SIZA 2OCZA 3HG2A 4NJIA 5CZJA 4IX2A 3PBUA 1WOAA 4NNBA 3W1PA 3VE7A 4AH7A 1KBIA 1VLIA 1Q45A 5AHEA 5FESA 5C54A 3TA6A 2VFGA 2WO5A 4MFEA 4MZYA 1XI3A 3FLUA 2ZZ4A 3HIJA 5DBUA 3G22A 5LNUA 3EX3A 5F2GA 3S0CA 3MHGA 2DZUA 3NM1A 3PB2A 1LBLA 2C6QA 3N2XA 1SSGA 1VCGA 3NPUA 4K7VA 3P74A 4OGZA 5H2ZA 2CU0A 2O7SA 2CLEA 3SW6A 2Y88A 1Y0EA 3DGRA 1KW1A 3R8RA 4PA8A 3P5YA 1PIIA 3BVJA 4DPPA 5EYWA 3LXBA 2V2HA 3PS7A 3GAKA 3MWAA 1I2RA 1MXSA 3M5YA 4IQLA 3TSMA 2QCFA 3TMLA 1C9DA 4BK9A 4ZQCA 2W0UA 1B4EA 2VEKA 5A5WA 2DJLA 3G1DA 1OABA 3C52A 5AC8A 1TV5A 2A7NA 3TUUA 3TC6A 1M7OA 4IPJA 4FNTA 2YPIA 2Z0IA 3O6DA 4JR5A 2G97A 3LV6A 4HSNA 2FPVA 3WK0A 3EWZA 4YWIA 2ZRZA 3PUEA 4O18A 4WY0B 1TRDA 1N8FA 3PR2A 3GXPA 1QPOA 3G24A 3C2OA 4NNCA 4UTMA 1TMHA 2QDGA 1H50A 1JUKA 3H54A 5GVJA 2Y6ZA 2I9EA 5CPLA 1GG0A 4JYDA 3W1UA 2PC4A 1K3UA 4JY8A 2QJHA 2HS6A 2OMAA 1OF6A 2I14A 3CIXA 4AF0A 4LV9A 5FEZA 3LCIA 4YLWA 2H8ZA 2RDWA 1FCVA 1EUNA 1ZJIA 3HG3A 3NDOA 5DBTA 3NM3A 4JIPA 4ICNA 3TK7A 1OX4A 1H51A 2IQTA 3DFQA 5DCBA 1RQHA 4IPIA 3MHUA 2ZRWA 2Y7EA 5CPMA 1DHPA 2A2IA 2WJZA 2WNZA 3WJSA 3O6CA 2EGZA 3C2FA 3O16A 4LS1A 4IMDA 3NPVA 1ZY9A 1UB3A 3LCLA 1ICQA 3NQVA 3W7JA 1GEQA 1B57A 3W1RA 2A6NA 3S6DA 2GOUA 3I6RA 4FIRA 4UNLA 4CQAA 1KM3A 3NQ2A 4HNTA 2RFGA 3FYOA 3QSTA 3LLDA 1H61A 1OFOA 3NVTA 1I2PA 5I3FA 3GDMA 1MO0A 3R12A 3R89A 3L65A 1OFQA 4P2VA 3TQKA 4BI7A 1R2TA 5D30A 1QO5A 4FF7A 1YPFA 3Q37A 4ZVJA 2YXGA 3KVMA 1VQTA 2WSYA 3AO0A 4HN4A 1W5PA 2ZCGA 1LDCA 3QSRA 2QAPA 1DKWA 2GQ9A 4N6EA 1TV8A 3DFOA 4R33A 3V1PA 5D04C 1XUUA 2DU2A 2EKCA 3M5ZA 3ZFHA 4UFJA 5D09A 5HUOA 3CWNA 2RKXA 3KOFA 1W0MA 3BGJA 1FWNA 4GC4A 4K38A 4NQ1A 1RR2A 5DXYA 5D2VA 4GUJA 4NX5A 1JCNA 3W3OA 1FWSA 5HINA 1AW1A 3DH7A 1LLWA 3YPIA 3HGOA 3W2MA 3NL5A 4X2RA 2V2DA 1PE1A 3A22A 4H4IA 3SJ3A 3LRKA 4O1AA 1KTBA 1OVDA 4QIUA 5D37A 1ZAJA 2CW6A 1SZFA 2GVJA 5AHIA 3K30A 3U8GA 1Z44A 4ZL1A 3VE9A 5DLCA 4TMCA 2FB2A 3WJWA 1YXCA 3W70A 2CZDA 3V75A 1KTNA 1W31A 2ZZ5A 3RK8A 4CNNA 3FFSA 1XL9A 3W87A 3GLCA 3MMTA 3OVRA 4RZ6A 3PB0A 1RQBA 3FIGA 4UFIA 3QPZA 3KHJA 3BLIA 1NF7A 3FJLA 4CCCA 2J6XA 4O53A 4UTWC 4MY9A 2CLOA 2E77A 3P5ZA 1DOSA 3IGXA 4N9CA 4JTKA 4IX0A 3O63A 3B8DA 5L9FA 1QAPA 2NX9A 2YW3A 3DHFA 1NVMA 2QCLA 3N3MA 3CPRA 3HBLA 2Q3RA 3N73A 4XKYA 1GVSA 2ZZ7A 4O8RA 4FB7A 4TMBA 3QMTA 2YFNA 2V0TA 2ZZ1A 4UFMA 3W2UA 4A2RA 2GJLA 3W1AA 5G4WA 1P0NA 3TW7A 2DORA 1JUEA 3LERA 3TAOA 2C3ZA 4MJZA 2ISVA 3NQGA 2QEZA 1XXXA 3T7VA 4CCEA 1PHQA 2GQ8A 3MW7A 1SW0A 2R94A 3NZRA 3CEPA 3W1LA 5U4NA 3ATYA 5FEWA 1QNVA 1F6PA 1JUBA 3N19B 3NQ8A 2JK2A 2G96A 3R5EA 4Y96A 4Q33A 4JTEA 5HWMA 3E49A 3P8IA 1A5SA 2VFDA 2AGKA 1FY6A 2A6LA 4DEFA 2V81A 1G4TA 1A50A 4O19A 2YSWA 1BEUA 5EBUA 3NL6A 1E51A 5CGQA 4NUWA 3TXZA 3HGSA 1FXPA 3W1XA 1S5WA 5H91A 4N9BA 3W72A 3GNNA 3OBKA 3HO8A 4XWUA 2J9YA 4XBKA 3S9YA 4Z0SA 3N9SA 4O4WA 3O05A 3NYZA 4UMBA 3PULA 2ISSA 3TC7A 4OWGA 2ZZ2A 1DJQA 1TCDA 2YFOA 1L2UA 3KVLA 6TIMA 3A9IA 3FEMA 3BV4A 5IBXA 2ATMA 4QJ1A 1H1YA 1TPVA 3KVKA 2FFCA 2WNQA 3W2LA 3LBMA 1Q6QA 4PL1A 4YCPA 3LHZA 2A1YA 3TDFA 4A21A 2X2GA 1K7EA 3KVJA 4NNAA 3PM6A 3RLUA 1LRTA 2A7PA 1FBAA 4O1BA 3RMJA 4M19A 4XTDA 1J2WA 4WXZA 2Y62A 3LTSA 2P0OA 2WQPA 3W22A 1FQ0A 3ELFA 3QQ1A 4NJKA 5EPDA 4B5NA 3GR8A 3NPXA 5KITA 2TRSA 3UYCA 4UTTA 5BRBA 4UTUA 4IJBA 4YL2A 4N4PA 3MJYA 4DXVA 1F05A 3EXTA 2JKPA 3LHWA 3P60A 3PBVA 1HUVA 1RQEA 2A0NA 1R30A 3QC3A 3LTYA 4DF2A 1TSIA 3TROA 1G67A 4I7WA 1K7XA 1XC4A 3EXSA 3PBYA 3L0KA 1OFBA 1TPC1 4FO4A 1N55A 4QQ3A 1BWKA 4JD4A 3M0ZA 4I7VA 3NO5A 2JGQA 4BWLC 2OJPA 1VH7A 4WQ6A 3PVFA 1FWWA 3LHYA 5CKSA 3P62A 3IIPA 2VEIA 4LOCA 1SW7A 1H5YA 2Q8LA 5IM51 5I3KA 3LOTA 5F1UA 5KZEA 4LVDA 2YDAA 4N6FA 2CZFA 4UMAA 3S5ZA 4RXGA 3ZWSA 2VFFA 3EX4A 3EX6A 1FCBA 3ANYA 2X1TA 3Q94A 1AW2A 2QDHA 1G4EA 2Z6IA 3PUDA 3BW4A 1D3HA 4LVGA 5FF7A 4PEKA 3T4CA 1W3TA 3BW3A 2P10A 4JTTA 1P4CA 3LB0A 5FF0A 4DF1A 1OYBA 5F4WA 2QCHA 2DZSA 4U4MA 1P0KA 4QSHA 2PE4A 5G1TA 3PUOA 1WYIA 1CI1A 1JCMP 3CM4A 3W7CA 3W2JA 3OEXA 1L6WA 1KM4A 4QAIA 2PRMA 4Q32A 1OYCA 4IXXA 4LU0A 2ZTJA 4LC6A 1G6CA 5LGZA 4FNRA 4QNEA 4JTIA 3N9RA 3GZ3A 3W7NA 1TRIA 3W88A 2J9ZA 3PWAA 5LHFA 3EWUA 1VGAA 2QUTA 2A21A 4MVAA 1LYXA 2CZ5A 1SFLA 1T99A 3OIXA 5AYXA 1TQJA 3FA5A 1TV7A 1JJKA 4GBUA 2ABAA 3MP5A 2YR1A 3SFKA 3L2IA 3CC1A 4MLJA 5FF4A 4MPQA 1LRQA 3DBPA 4AWTA 3L5MA 1LBFA 4GNJA 2VFIA 2WV8A 5CPOA 3FS2A 4A3UA 3JRKA 1VCFA 3W7OA 1HL2A 1LOLA 3U6WA 2AQWA 2CLHA 2ZRVA 4OU1A 4JN6A 5G2HA 4K36A 1OK6A 4RKAA 2A7RA 1TO3A 4JY9A 3GK0A 3P67A 4XQ6A 3L21A 4O4VA 1QWGA 1FXQA 1R47A 1S5TA 1S3HA 3NG3A 2NUWA 3I7QA 4D2JA 4WXYA 4EF8A 3IVTA 4WOZA 4XTIA 4W9TA 1XBYA 5DXXA 3T78A 3UWWA 2A4AA 2BLEA 1LOSA 1A53A 1HO1A 4M6PA 1H7RA 4WUIA 3LCHA 3R13A 4E2BA 1D3GA 1ME9A 1GYNA 3W7MA 2QJGA 3NQDA 1UBSA 1UUMA 4KFOA 1U5JA 3SECA 1GJPA 5HNRA 3NQFA 1YDNA 3Q2DA 4JTSA 4UC5A 2DZVA 4LVBA 2B4GA 4PC8A 2W79A 5U7SA 3S8HA 2CWNA 4FXSA 1ZAHA 1AK5A 4OT7A 1FX6A 3HMJG 4UUIA 4XZ9A 2JGYA 3DFPA 3TQ0A 4N4QA 3UD6A 1LP6A 1GTEA 4LS0A 4BF9A 4IGHA 2CZEA 3W76A 4HIBA 4IUOA 5AYYA 3GKFA 3ZS4A 5CSRA 4ML9A 3W7DA 1G4PA 1THFD 2E09A 1UUOA 2EF9A 3HF3A 2F84A 3NL2A 3W23A 2QUVA 2VEPA 1RZMA 3LCWA 1GWJA 3HGRA 5DY3A 1R2RA 3HPXA 2YCEA 2RHGA 4Z1DA 3LTPA 3IIVA 3QW3A 5T26A 4HNVA 4RZ5A 3A5VA 4ZZ9A 4MZ1A 1TJPA 4EWND 4RK8A 2QJIA 3T44A 4O13A 4H6KA 5HJLA 3MYOA 4POCA 3VI2A 3UWVA 3WK2A 3MBFA 4M6VA 4RZ4A 1OFEA 2NWSA 3GR7A 2UV8G 5CZTA 4IMGA 3W85A 3L68A 3QF0A 3G3MA 3CWOX 1SO3A 3G1YA 1S5VA 1I8JA 3GXNA 5LKYA 5LGXA 1TPB1 3MYPA 3GKAA 4O1CA 2VENA 3RU6A 3BW2A 3UY7A 3SY5A 2NUYA 4RX0A 4JTFA 1BWLA 4H3DA 3W1QA 3BG9A 3KXQA 8TIMA 3GDRA 3TMQA 4JYFA 4PH6A 2OT1A 5HULA 2I1OA 4JTJA 1YADA 2C13A 3QQ0A 3IEBA 1G7VA 3CQ0A 1OX5A 1JRCA 2BZNA 3G8EA 4M7TA 2V5BA 2R8WA 1IXNA 3N14A 4JTHA 3S1XA 1A5AA 4DBDA 5K9DA 1I45A 3QJAA 3GNDA 3NPWA 4OQVA 4UTWA 2C15A 3PF3A 4TU1A 1W3NA 2Y61A 4PTNA 2Y70A 1JULA 1O60A 5F1VA 3IVUA 3HB9A 3L9CA 1OFPA 1L9WA 2QCDA 3IRDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5BW6A

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Chord Diagram

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