5CSS | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	MYTAIVNLKTYREATGANFTRFMEKFEPVQGKFELIFSPSLLDLEKAAKCGKFRFFAQHVDAEPYGAYTGHVPMDMMIDLGITGSILNHSERRLPRDTIINTLKKASKLDFTIVLCVENAEEAKYFREYEPDFIAYEPRDLIGGDVSVSTAKPEIIEDIVKIYEGTGTSVLVGAGIKTGEDVRRSIGLGARGILVASGVVKSADPTKSLNSLIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Structure and Stability of the Dimeric Triosephosphate Isomerase from the Thermophilic Archaeon Thermoplasma acidophilum. pubmed doi rcsb
source organism	Thermoplasma acidophilum (strain atcc 25905 / dsm 1728 / jcm 9062 / nbrc 15155 /
total genus	70
structure length	214
sequence length	214
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5cssA00

4C1LA 5EA9A 3W22A 4IMGA 4PC8A 1RVGA 3UWWA 4QQ3A 3W7NA 2J9ZA 2V82A 1XL9A 4NNCA 5D2XA 4EWND 2QCEA 3DFPA 3IIXA 3KVLA 3DU0A 5E1QA 2VFFA 4GNJA 4XKYA 4ORMA 2XFWA 5AYZA 1B9BA 1OVDA 4TMCA 5LSMA 4LVDA 4JEQA 5HINA 4N6FA 5TIMA 3F4WA 1GPWA 3VFLA 2VC6A 4WQ6A 5AHIA 5KTLA 3N73A 3B06A 5D04C 3SIZA 5F1VA 3M44A 4PL1A 3N19B 5AC7A 3WJSA 2Z6IA 3KVJA 5KZMA 2Q8ZA 1DOSA 2ATSA 3R12A 4E0CA 3GR8A 1ICSA 3MJYA 1EWEA 3TX9A 4O16A 5LNUA 4WUIA 3C2EA 2ZYFA 3A5FA 4EVZA 4HNUA 1YPFA 3PAJA 3TFCA 4X9SA 1G69A 3PULA 4JTHA 4JIPA 1YTKA 4JTLA 2ZZ4A 4UFJA 4BWLC 2C1HA 3LCLA 4IQLA 2GQAA 1O5KA 2VEMA 1IIGA 1I2NA 5L6UA 4MY8A 1SFLA 1Z41A 3HOJA 3S8HA 3DAQA 2J9YA 3TU9A 3WJWA 2Q3RA 1QWGA 4JTEA 3A21A 5FESA 3HBLA 1QCWA 2GPTA 1PCKA 4UTWA 2VOMA 5CSSA 4IOTA 1Z48A 1FWRA 3NQ8A 3LHUA 1SSDA 4WX2A 1O60A 5HMSA 2ZRXA 2Q3OA 4AWTA 4UTKA 3O63A 3UPBA 3PWAA 1JUEA 2RFGA 5F2LA 1GT8A 3LBCA 4ADUA 1VRDA 2TYSA 2YCEA 3V1PA 3PUEA 5K7JA 2X2GA 4YL2A 1H60A 4UTJA 2CLMA 2I9EA 4QNWA 4XTDA 3N34A 4XTIA 3CEUA 2ZTJA 1H7NA 3S1VA 5F1UA 3NZ1A 1FDZA 5DLCA 1GVRA 3LV6A 3L0NA 4HHPA 3SW6A 4DO5A 3QW3A 3TXVA 5CPOA 2YDAA 1R46A 1XUZA 1XCFA 3DXIA 1I2QA 2FPVA 1IIHA 4LNYA 3P8JA 3ABOA 5AHNA 2A0NA 3MO7A 1TCDA 2QJHA 4LC8A 1W3IA 4Z0JA 1RD5A 1KA9F 4JGDA 1Z44A 4FX6M 3ZR4A 5FI8A 4TO8A 1F05A 1U83A 1KV5A 2FB3A 4RZ5A 3M5VA 4WOQA 3Q94A 3W85A 3NA8A 2C0AA 4IUOA 2C3ZA 3YPIA 2HMCA 1W8SA 3IV3A 4O17A 3MBFA 3IVTA 3PBWA 1F6KA 4HIBA 3DH7A 3MI2A 2VXNA 3A5VA 3M41A 3S42A 4Q4KA 3MWAA 2BX7A 1SZGA 2V81A 3FJ6A 4QITA 3BV4A 1LYXA 2WO5A 5K9XA 4R7JA 2DZSA 1KW1A 3STFA 1H5YA 2CLOA 3G22A 1SZFA 1WOAA 2WJZA 1P0KA 2W0UA 1CW2A 2E5DA 2V9DA 3MHUA 3UXDA 3SGUA 4NJIA 1BTMA 3OIXA 3DI1A 3IEBA 3LCGA 1VH7A 2BSLA 5C55A 4AB4A 1ME8A 1H51A 3G0SA 3B8DA 1KM0A 1ZCOA 5LGXA 1XFBA 2BZNA 3FYOA 2QCDB 3BLFA 2EAWA 2QJGA 1L2UA 3CHVA 1O95A 1AK5A 5ABTA 5K9DA 1H1ZA 4XQ6A 4E2BA 1WBJA 1KM3A 1D3HA 2V0TA 3BLIA 1DQXA 3OVQA 2NUYA 1L6SA 1NF7A 1LOSA 4KWWA 2VFGA 3PBYA 3UWQA 2NWSA 4GC4A 3HMJG 5DCEA 3CQ0A 3PUDA 1XBXA 3Q2DA 1K8YA 2NUWA 3TCEA 1TTQA 4M7TA 1TPEA 3DFSA 2I14A 4O18A 4XUGA 3T44A 1UJPA 3ZFHA 3WK3A 3P8IA 4BR1A 2NUXA 3P74A 2QUUA 1MSSA 1FWNA 1R30A 1H63A 2ZZ2A 3NQAA 5AHLA 1SO3A 3L67A 3SI9A 3EWUA 1HO4A 4HSNA 3EKLA 1OYCA 3TW6A 3A9IA 2ISVA 3NAVA 1M7OA 4OV9A 1SU5A 2FIQA 1KBJA 2J27A 3BLEA 3DFTA 2WNZA 3NQ7A 1Y0EA 4WY0B 4YMZA 3C56A 1OF8A 4OU1A 1JQXA 4RCXA 1LCOA 1QDSA 4UCGA 2J6XA 1JCJA 3W1QA 1W56A 1OFDA 3STCA 3T4CA 4A29A 4NJJA 4PL2A 3IGUA 5I3GA 1H62A 5LHEA 1XUUA 5FF4A 1H7WA 4Q33A 4YCOA 3INPA 5KINA 4RZ4A 1SQ7A 2FB2A 3UPWA 3PSWA 4YLWA 4C1KA 2YSWA 4OWGA 2QCHA 3VE7A 3W7GA 4UTIA 2E77A 2XN2A 4LUJA 4AHQA 5AYYA 3BGJA 3TH6A 4FNTA 3GB6A 4E38A 2JK2A 1JUBA 1YADA 1IXOA 3PS7A 4JTUA 2GVLA 1ICQA 3LRKA 5BW6A 3TMQA 2XN0A 4FIQA 2Y7DA 1TIMA 3RFAA 3S1UA 3TXZA 1A5BA 1X6UA 3L9CA 3ZS4A 1OFQA 3IGSA 4K6AA 1K7EA 3M43A 5FEZA 2DORA 3G0XA 2EKCA 1P1XA 4I9AA 2YGYA 3BW4A 2H3DA 3LXAA 3G8RA 4UFKA 5K3VA 4FX7A 4HNNA 3EXSA 1TYGA 4HPXA 1MO0A 2P1FA 4LC6A 3M6YA 1W1ZA 4UTUA 4MZYA 3OVRA 5HNRA 4LOCA 1UBSA 1W5PA 3QM3A 1OF6A 4BI6A 4AH7A 3O1NA 1KTNA 5AHMA 4K8HA 3MBDA 1SFJA 1UUMA 1SUXA 2ZQ0A 2A2IA 1NFBA 1TPC1 1EUNA 3E12A 5CPLA 1X1ZA 3NPXA 2GJNA 2E5BA 3G24A 4S2CA 3EWYA 3W7JA 4KFPA 3HQ1A 2B7OA 4GXMA 1SZEA 4NNBA 1HO1A 3BG5A 1PHWA 1B3OA 3HGOA 3HG2A 2XN1A 3LI1A 3QZEA 1EP1A 4O15A 4CCCA 4I7WA 3P84A 3NQDA 2EHHA 5FF3A 3TA6A 5DXYA 2ZTKA 3M16A 4O0ZA 4LVBA 3W7MA 5G4EA 3DGRA 1M6JA 1QPNA 2ZFAA 5EMUA 2YPIA 3P5ZA 3P62A 1S5TA 3EX1A 3MMTA 5LGZA 3QMSA 5C6MA 4NVTA 2CZFA 2HTMA 2X1RA 3W1MA 1QR7A 3C2FA 1TRDA 3TFXA 3PB2A 1KFJA 1I2RA 1K7XA 4PODA 5DBUA 4S1FA 4ZQRA 3QQ0A 3W1XA 1O4UA 1F74A 1LORA 4O1AA 3OHIA 3L68A 4JTJA 1K03A 2X1TA 4FB7A 1DKWA 1GVOA 4QSHA 5HUPA 4PH6A 3AJXA 3STEA 4TMBA 1XI3A 1UB3A 4RK8A 4FXSA 4UFHA 5KITA 1PS9A 3L21A 2ZCGA 2V8ZA 1XBYA 2NWRA 3Q37A 3RU6A 4UR8A 3O07A 1FWWA 5DCBA 3K30A 3DKJA 4O10A 3SR7A 5F4XA 3UYCA 3HIJA 1GTEA 2J88A 1G7VA 4UFLA 3QMRA 1KM4A 5D30A 5HJLA 4GBUA 2QCGA 1ADOA 4KFOA 2ALDA 4XWUA 3NGJA 3HB9A 4O28A 3W7EA 2FTPA 1KM1A 2ABAA 2CLLA 5J5DA 3W7IA 4FHAA 4X3ZA 2B7PA 2DU2A 4O11A 1AW5A 3EWWA 1EA0A 5TBOA 1YLVA 3W76A 2Z2UA 2VKZG 4WXZA 2OMAA 3BARA 1UUOA 2ZRYA 1FXQA 5G1YA 4IMCA 1LLWA 3TK7A 3BPWA 3W07A 1G6CA 4UIOA 4GFSA 3D0CA 3L5MA 2Y70A 4JDYA 2ZZ5A 2HS6A 1PIIA 2B4GA 4M7SA 2ZA2A 3FKKA 2PE4A 1X1OA 3OVPA 3M47A 4UR7A 2RDUA 1DL3A 1TV8A 1C9DA 1XDLA 3RNDA 2VEPA 3B03A 2G97A 3PBUA 2DZUA 3DFOA 3QFEA 2YX0A 3DZ1A 1LRNA 2A6LA 3I6RA 1OJXA 1ZNNA 3NYZA 2GVJA 4GUGA 4WD0A 2VEIA 2QCDA 3R2GA 4NUWA 4IXHA 3GXNA 1W54A 5D2VA 4M6QA 1Q6OA 2ZDRA 3E49A 4FIRA 1QO2A 4OHQA 1F6PA 5TQLA 1K3UA 3W2NA 1FCBA 3NM1A 7TIMA 3KRZA 4ZQMA 1AW1A 2R91A 1D9EA 2Y62A 1YDNA 3CB8A 5U7SA 3DHDA 1WYIA 3G1FA 1SW7A 4AXKA 2AGKA 4JTGA 3L0KA 5I3IA 3R8RA 3U2OA 1GG1A 2AAMA 3LM7A 1GVFA 1LM1A 5U4NA 3UWYA 3NO5A 3KAOA 4OE7A 1SSGA 2X1SA 4MZ1A 1HL2A 4UTTA 2RH9A 1RQHA 3S5NA 5AC8A 3HGRA 5D37A 4H3DA 4NXKA 3MYOA 4DO6A 1RPXA 4AHOA 3OA3A 5G5IA 2F7FA 3BO9A 4DO4A 3BW2A 5DELA 3RMJA 4WY0A 4NX0A 2VENA 3DBPA 3HGSA 1QOQA 3T55A 1LP6A 3M5XA 4UUIA 5K9CA 2ISWA 1AL7A 4TR9A 3LBMA 3MI3A 5CZJA 3UZ5A 3I7SA 2UV8G 4U4MA 1T99A 4LRSA 1TB3A 4BI7A 2QJIA 4JY8A 3SGZA 2FDSA 2Y7EA 4PFMA 4R53A 5CZ0A 2NV1A 3FJLA 1DQWA 3UWZA 4UTWC 4E2DA 3M5ZA 3A24A 2YZRA 2B7QA 1R2SA 1G67A 1FCUA 3FIGA 4MY9A 4O1BA 5L9FA 3JS3A 2E6FA 4NQ1A 3GNNA 3G0UA 2FPTA 3H53A 3TDFA 1G4TA 1BEUA 3THQA 3O6DA 4BK9A 3LDVA 3SECA 3PG9A 3T78A 2B7NA 2NX9A 3G1DA 3NPWA 2ZZ1A 1I8JA 2VFIA 2E1DA 3H55A 3BW3A 2YYTA 4JYFA 3TC7A 1HTIA 4H4IA 1IXNA 3TROA 3GAKA 4S2BA 3CTLA 1KLZA 3IVUA 1K8XA 3M0ZA 5SWUA 4JYEA 3EKZA 1OFAA 2DJXA 2ZRUA 3C61A 2ZA1A 5CKSA 3ZWSA 3LLFA 3VCRA 3TAOA 3FA5A 5I3JA 3GDMA 4DF0A 5DXXA 4Z1CA 1R47A 2H3BA 4MLRA 3IRDA 2VFHA 2CW6A 3USBA 1K02A 2BXVA 1AG1O 3C2VA 1VS1A 3G1VA 2JGYA 4KFNA 4FXRA 4WY0F 2V2HA 1YTEA 3ABSA 1OG0A 2W6RA 3Q58A 3W2MA 3JRKA 1G7UA 3CC1A 1F7BA 3M7WA 1PHQA 3W72A 4GRSA 2DZWA 1KM2A 4LV9A 1UCWA 5G2IA 3NOEA 1J4EA 3EXTA 3I65A 5C5YA 1JCXA 3G8EA 6TIMA 2Z0IA 2G95A 3N14A 2Y89A 3W7RA 3GDTA 2GOUA 4CQAA 3VKJA 2FQIA 3B4UA 4A22A 1E51A 3CEPA 4ML9A 1Q3NA 5FF0A 1YTDA 4JTTA 2ZBTA 4LVFA 4O13A 4RXFA 3DFNA 5G1TA 3DHFA 3RK8A 2DJLA 4JX5A 4UFIA 1J5TA 1DJQA 3W87A 4AVFA 5DCDA 1JCYA 3MHGA 2EGZA 1FQ0A 2QAPA 3N9RA 2IQTA 3IIVA 5CG7A 3FYPA 5E0KA 5G2HA 4UNLA 4O0KA 4XKYB 2P0OA 3C2OA 3G1YA 3UZJA 2QAFA 4Z0SA 1BWKA 1S3HA 3KVKA 4CCEA 3KXQA 2QEZA 1L6YA 1LOQA 1T8XA 2Y88A 2I1OA 1O94A 1VPXA 4QAIA 4J9JA 1H50A 5D2TA 5IBXA 3S5ZA 1YDOA 4M5PA 5HWNA 3A22A 1H7PA 5LNRA 4A2RA 4UTHA 4N4QA 1YDVA 3W1NA 1YXYA 3LCXA 2PRHA 2E6AA 3QJAA 4DBEA 3KX6A 1J2WA 3B0UX 4LU0A 1ZAJA 4L4LA 5CSRA 5D33A 3O8AA 2DZTA 1ZAIA 4HPJA 3W1PA 1JCLA 1OFOA 3BVJA 3TQKA 3IVSA 4FF7A 4MYAA 3O06A 4IMFA 1OK6A 4ICNA 4JX6A 3N2MA 5F2MA 1LDCA 1ZAHA 3LGEA 3THAA 1QMLA 1OFEA 2NXIA 1W5NA 2QCMA 1A53A 1TJRA 4HSOA 1OYBA 2QCFA 3M9YA 2V5LA 4GUJA 3O16A 1JR1A 3DENA 3TJXA 1CI1A 4FO4A 4W9TA 3ATYA 2CLHA 3CWNA 1VGAA 4NXSA 2C16A 1V5XA 4JD4A 4CNNA 1FDYA 1WOBA 1AMKA 5G2WA 3W7OA 1L9WA 4JICA 3EX2A 4JYDA 5HUOA 2H90A 1SW0A 3L5AA 1GYNA 3NPVA 4LTSA 3NG3A 2JKPA 2Y85A 4N9CA 3P7YA 5DBTA 3VE9A 1OK4A 3U8GA 3GDLA 5CGQA 5F2GA 1AW2A 4RR4A 4LS2A 4O4VA 4ONVA 3PUOA 1YXDA 4N4PA 1OX4B 3WK1A 1ME9A 1TTIA 2QF7A 1FBAA 3GKAA 4ORIA 2GVGA 4A21A 3E96A 2V2CA 2H8XA 1I2PA 1KFLA 2AQWA 2DZXA 3HG3A 4IMEA 2CWNA 3CT7A 2ZZ3A 4MFEA 1FWSA 4POCA 4ZQNA 3QYQA 3NEVA 1XKYA 2BLEA 2QUTA 3KVMA 4JTFA 4OT7A 2CZEA 2FJKA 1U5JA 5KSWA 3GDKA 3NL2A 1FXPA 2QUVA 4MZ8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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