5E0KA

X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from pyrococcus furiosus at 2.76 a
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYEEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Directed evolution of the tryptophan synthase beta-subunit for stand-alone function recapitulates allosteric activation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus (strain atcc 43587 / dsm 3638 / jcm 8422 / vc1)
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 89
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2015-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5e0kA00
1H7XA 3NZ1A 5T26A 3QMTA 4PL1A 4FXRA 1A5BA 1ZAHA 2EAWA 1T8XA 4JN6A 3TCEA 1P0NA 2CWNA 2GVJA 4PL2A 3W7IA 1TTJA 1DVJA 3O6CA 2BTMA 3PM6A 4ZQPA 3NQ7A 4UTUA 3NGJA 3GVGA 2PRMA 1QMLA 4WY0B 1JCYA 4HNVA 3L5AA 4UTJA 1KFKA 4Z0SA 3TAOA 5KZDA 3DXIA 4LY8A 3T7VA 3UWUA 1XXXA 4A2RA 5CZJA 3GDRA 1W5MA 3EWBX 1K3UA 3EEGA 3WJSA 1E51A 4IXXA 1AL7A 3BGJA 5AC6A 2G97A 3B0PA 3ZWTA 4AHOA 3LCFA 4UNKA 1G67A 4XWUA 1TPEA 4ZL1A 2WNZA 3HPXA 3A23A 4ZVJA 3STEA 5DCDA 2DP3A 3EKZA 3W2LA 4GC4A 5AB3A 4UTLA 3NZRA 4OGZA 3G1VA 1XBZA 1A53A 4I9AA 2V30A 4FB7A 3T40A 3WK1A 3M5YA 4K8EA 1KTBA 1JCMP 3NEVA 4YCPA 1F76A 1KV5A 4IMEA 5AHEA 1YTKA 3W1RA 4FEZA 2RH9A 3TJLA 4O52A 5D2XA 2XN2A 3DFQA 3W7MA 4YCOA 2B0MA 3CT7A 4LU0A 4N9DA 1P1XA 4DXVA 1O94A 4JY8A 4JTKA 3Q37A 3NQVA 2RKXA 2HS6A 4O10A 3ZR4A 2DZXA 2JK2A 3ABSA 1TPC1 2YW4A 5HMSA 3W7LA 2YZRA 1VYRA 2EF9A 1M6JA 1VJIA 4O54A 2H3DA 3L2IA 5DXYA 3LCIA 1SW3A 3RK8A 2QUUA 5G4EA 2VFFA 4GUJA 3HIJA 4XTDA 2Y88A 1KM1A 1XKYA 3PB2A 4JTIA 1RVGA 4UFJA 3BVJA 2H3BA 4YLWA 2YYUA 5HWJA 3W74A 4ZQCA 5CSSA 3F4NA 3MBDA 3DHFA 3P80A 5BMWA 5EPDA 1N7KA 3SSJA 1AMKA 3NAVA 4GJ1A 2J27A 2NUWA 2DZUA 3OA3A 1R2SA 3DGRA 1W5OA 3GKFA 5HJLA 4UMAA 1SO5A 4TU1A 3CIWA 2ATMA 1QPQA 1V5XA 4JTFA 2CZDA 3C8FA 4NJJA 4O19A 2VEIA 1F2JA 3KOFA 4MY1A 4JTJA 4KFNA 3W7NA 4TIMA 3LV5A 4I7VA 1SO3A 3O15A 1VCGA 4XUGA 5HR7A 4UC5A 1F6PA 3FLUA 4UTWA 4WQ6A 3GR7A 4MY9A 3LCXA 3QW4B 3E02A 3DI1A 4TMCA 1KFBA 2E6FA 2HTMA 3S5ZA 4ZZ9A 1ZY9A 4UFIA 3QPZA 1UUOA 4HPJA 1TO3A 4M7SA 3W2KA 2ZZ7A 5HR6A 3HJZA 5D37A 4DBDA 2CLLA 4MUZA 3LTPA 2BWGA 5FI8A 5EMUA 5F1VA 3S1UA 5DXXA 1CW2A 3P74A 2QJIA 4Q33A 3TW6A 3V75A 1FCQA 3NQFA 3S8HA 2X2GA 2NWSA 2QJGA 5LNVA 3B8DA 1P4CA 4JTLA 4UNLA 4O18A 3NQEA 3KAOA 3O06A 1QO5A 2R14A 3UXDA 2Y7EA 3MO7A 4O0ZA 4LVAA 3UD6A 1RPXA 1SSGA 3G1AA 2YSWA 2FQIA 2WJZA 3PUDA 1WYIA 5BOOA 1JQVA 3B04A 5D30A 3P60A 4NJIA 1FDJA 3CPRA 1SW0A 1PL9A 4O1CA 4LC8A 5DCEA 5AYXA 2Z6JA 4OV4A 4HNNA 3M16A 4IPJA 3W72A 1LP6A 4K36A 3HPZA 3TFCA 5LKYA 3CU2A 2ZA2A 3P67A 4IMCA 4PH6A 1D3HA 1F5ZA 4AAJA 2V2DA 3M6YA 3NQAA 4O28A 2Y7DA 2J88A 3LOTA 5AHMA 2PRLA 3NL5A 1W8SA 1XFBA 2TSYA 1W3TA 2H90A 3LRMA 5D2WA 4O15A 2QCDB 3LXAA 1SQ7A 3S1VA 2C13A 3PG9A 5LNUA 1ZHAA 3DFNA 1KM4A 2ZCGA 4WZHA 5EL1A 3INPA 2A7RA 3OG3A 4UR7A 3B05A 2V2HA 2E6DA 2QF7A 2WPBA 3NPUA 3R12A 2EHHA 4O1BA 3V1PA 4JGDA 5DBTA 4HIBA 3N9RA 1TV8A 2V81A 4O50A 2CFFA 1SW7A 4KKXA 4XKYA 3G3DA 4JICA 4QAIA 4JXCA 3ANYA 3SGZA 3QJAA 4JX5A 2Z6IA 1TV7A 1XL9A 3QC3A 4FNUA 3NQCA 4QIUA 4QITA 1SZFA 5CSRA 1ADOA 3CM4A 4RKAA 3PVFA 5LHFA 5CZSA 1M7PA 2Y7GA 2ALDA 2ZRVA 2QKFA 2VEKA 4N4PA 3RLUA 2QUTA 2V8ZA 3MHFA 3O05A 3PUEA 3FYPA 4O1DA 1ICQA 3TQKA 1HFBA 3PBWA 4M6PA 3LRLA 3TA6A 1EB3A 4X3ZA 3UXAA 2G96A 5CPLA 4X9SA 5EBUA 1VS1A 1OYAA 2HSAA 4FX6M 4Z1BA 3BO9A 1TPB1 3STFA 5FF2A 3W1NA 4QNEA 3W1UA 4MJZA 4DF2A 4MIMA 3I68A 3EX6A 4QNWA 3TUUA 3HB9A 2DORA 4GFSA 1OF6A 3GK0A 3LGEA 4CCDA 4TMBA 4YWIA 5K4XA 3W2MA 3G0XA 1L6SA 3HQ1A 4H3DA 3IEBA 3QPYA 3ZWSA 1X8FA 5LSMA 2E5CA 2X1SA 3W6YA 3I7RA 4HN4A 1RZMA 3W7PA 2R91A 1TJRA 1OX4B 4M5PA 1QOQA 4X22A 4N6EA 1LROA 1K7XA 1OFBA 3L5LA 1YXCA 4MFEA 3PC0A 2QCHA 3WK0A 4IX2A 1EIXA 4PODA 1T0OA 4M6QA 1FXPA 2NX1A 1K03A 4UTMA 1RQBA 4Z1AA 4QJ1A 1DJQA 1WOBA 4NJKA 5J5RA 3GAKA 3EWUA 2WSQA 4N4QA 2E1DA 3IIZA 1I45A 1TV5A 5LNRA 1GYNA 2ZQ0A 3KX6A 3NOEA 4MZ8A 4WY0A 2NWRA 3NR0A 4AF0B 5H2ZA 1LM1A 1FDYA 4LVGA 4O53A 1IF2A 1NSJA 3PG8A 3W3OA 1LCOA 3P84A 4L4LA 2PC4A 1Z41A 1M7OA 3SGUA 1FY6A 4EWND 1FWTA 4O13A 4FNSA 3MWAA 4R53A 2EKCA 4S2CA 4A21A 1QAPA 4ALDA 1OFPA 4K37A 1J4EA 2C19A 5BMXA 1MSSA 2Y6ZA 4UFKA 3UY7A 3QH2A 3EWZA 1J5TA 1P5BA 3NG3A 2GJLA 3N19B 3C4UA 3CTLA 3O1NA 4JNMA 5KINA 1Q3NA 4NZFA 2FPVA 3DAQA 4CNNA 5E1QA 4BR1A 4A3UA 4WJEA 2OX1A 4BWLA 5TBOA 4UMBA 3W2UA 3LRKA 3ATZA 4Y6GA 5FF4A 2B7NA 5AC7A 5CZ0A 3DKJA 4I7UA 3O16A 2ABAA 4NX0A 2FTPA 4RR4A 4GUIA 3TU9A 2NX9A 3R2GA 3UWVA 1H62A 3MI2A 3C2FA 6ALDA 2X1UA 2VFEA 1GEQA 3M5XA 1W5NA 2Y61A 2Z2UA 1I4NA 3BARA 4RLIA 5C54A 3B06A 3W1MA 4UMCA 3QM3A 4IMGA 5D04C 1GWJA 3DENA 4AEOA 4RZ4A 3W7DA 1GPWA 2E6AA 3MJYA 3GXNA 4Z0JA 4UTHA 3ABOA 1YTEA 1OJXA 2ISSA 1TTQA 3WK3A 2X16A 1DQXA 5U4NA 3LLDA 4EOUA 4E38A 4Q4KA 3W1AA 2FFCA 5AYZA 3EB2A 3HG4A 1AL8A 2J6XA 1UB3A 3L0GA 1TRIA 3KFTA 3LB0A 3EWWA 3QQ0A 1XDMA 1GJPA 3GX9A 2D73A 3ABQA 1K8XA 5AHFA 3LI1A 1IIGA 1WBHA 1FCBA 2TRSA 4OE7A 4XBSA 2QCFA 1K7EA 4UUIA 1VHNA 1GZGA 5FF3A 4NXKA 5G2IA 3TXZA 3G18A 3MI3A 3OVPA 1VCVA 1ZAIA 2E68A 3KRZA 3B0VC 1G4SA 1XI3A 2DZPA 2JKEA 2QUVA 4AHPA 1OFRA 3BV4A 1JUBA 4NNCA 1PCWA 4J9JA 3VKJA 4RV8A 3OEXA 3FOKA 3B03A 3G1XA 4TO8A 1DORA 2CLOA 3UZJA 2BXVA 2ZA1A 1KLZA 4RZ6A 2AAMA 4POCA 5K4ZA 1DQWA 4M19A 4QQ3A 3OVRA 1LBMA 2DJLA 1KM0A 3QRHA 4WXYA 4CQ9A 1PE1A 1OFOA 3DFOA 3GDMA 3DFTA 4RZ5A 1TPWA 3G1DA 5HUOA 1VRDA 3W1LA 2R8WA 5F4WA 1S3HA 1H7RA 3T55A 1W56A 4O1AA 3W7GA 5I3KA 1EUNA 2QEZA 5G1YA 1QFEA 3TSDA 3HGRA 4BFAA 3CQ0A 4K7VA 4MLJA 1H7PA 2WNQA 1KA9F 1B3OA 1HUVA 2GUUA 2NV1A 4MZYA 1SFJA 1L6YA 4KWWA 4AXKA 3RLVA 5LGXA 1GTEA 3UQNA 1VPXA 4QM1A 4DO5A 4MY8A 2VC6A 3M43A 1XUUA 3EXRA 1WX0A 4UXDA 3SR7A 3UY8A 1RQHA 2KZHA 1Z48A 1GVFA 1FBAA 5AC8A 4UFLA 1FCVA 5I3JA 1QCWA 1I2RA 2WV8A 2V9DA 1GOXA 3EX2A 1O5KA 4BI7A 2CLEA 1LOQA 3PF3A 1R30A 3NA8A 3IVTA 4WOZA 3NM1A 5K7JA 4ZQNA 2EGZA 3TK7A 2B4GA 3MMTA 5F1UA 4CQAA 3LXBA 1LORA 1CI1A 4E2BA 4LV4A 3L66A 3EXSA 3EKLA 3I7SA 4EF8A 4TX9A 4WUIA 2VEPA 3WJZA 4MKNA 2GPTA 2A7NA 3SJ3A 1X1OA 1DL3A 4R34A 1I2OA 1I8JA 1EWDA 3BGGA 2CU0A 5KZMA 2NV2A 3LLFA 1AK5A 4IPIA 4HKPA 3A24A 4ZQRA 4UTKA 3OBKA 3TAKA 2C0AA 2PRHA 3IGUA 4MFDA 2AGKA 3NQMA 4XZ9A 2FDSA 1JRCA 4H4IA 3C3NA 1KM2A 2Q8LA 4LVDA 3LHUA 3TIMA 2JKPA 2XN0A 5TQLA 2G95A 3PSVA 3JR2A 4GRSA 4KWVA 3D0CA 1R2TA 2CLHA 5EKYA 5FEXA 3BLFA 3UWZA 5FF0A 3UPWA 4ONVA 3DZ1A 4WD0A 1EEPA 2Q3RA 5D2YA 3VE9A 3W1XA 4NXSA 3O63A 3P8JA 4OV9A 2FIQA 1UASA 4NNAA 4JEQA 1OFQA 4ADTA 1L2UA 2PCQA 4LV9A 2X30A 3GDLA 1ZCOA 3TQVA 2ZZ2A 3GNNA 2GOUA 4HT3A 2ISVA 1Z44A 3RMJA 1UUMA 4MOZA 1K8YA 1P0KA 2E6YA 4LC6A 1H7WA 3FJLA 5IBXA 4RX0A 1HTIA 3LM7A 1OX4A 5G2WA 2I1OA 1H7NA 2C1HA 3G1HA 3OIXA 3QFEA 1J2WA 1TYGA 2YXGA 3NYZA 1N55A 5D05A 1GVSA 3K30A 3L0KA 4LVFA 4ZMGA 2RDTA 5HULA 1SZGA 3AJXA 3R5EA 4LS2A 4CCEA 1YPIA 1TQJA 2OMAA 3S6DA 4KFPA 2RDUA 3LBCA 3G1YA 2Q8ZA 2ZRWA 5J5DA 2NLIA 1KM6A 3W23A 2ZZ3A 5AHNA 3SZ8A 5BRBA 3MHUA 2CLIA 2VFGA 4A29A 4B5NA 2VXNA 1H60A 2NXIA 1TB3A 2Y63A 2FPYA 1O60A 3NQ6A 1T96A 4A2SA 1K8ZA 3UWQA 2A7PA 1PVNA 1TTPA 1SZNA 5L6UA 3S0CA 3L5MA 3G0UA 4OBTA 3LERA 2ZRUA 3RF9A 3I7QA 2VOMA 1TPVA 1FX6A 2DJXA 1VLWA 2BX7A 3M7WA 3EX1A 5EA9A 3Q94A 1NF7A 3VNDA 3IGXA 5K9DA 3CEPA 4S1FA 1PCKA 3T78A 1QPNA 3W1PA 3M0ZA 3PUOA 4GUGA 2QJHA 4FX8A 2ZTJA 4HNUA 3KVLA 3HOJA 4O4WA 3NL3A 1VHCA 4K7YA 4LUJA 4UCGA 3N2XA 4GBUA 3NQGA 1OFAA 2GQ8A 2Z1BA 1JRBA 1W5PA 3HBLA 5I3GA 1ME9A 4JTGA 2ZA3A 4AHQA 5KSWA 3W76A 3IRDA 1VLIA 3MP3A 1SFLA 3NPVA 1QPRA 3LTYA 2ZDRA 3W88A 4LTSA 4OWGA 3W9ZA 3HG5A 3HG2A 1B4KA 2A0NA 4N9EA 3T44A 5BW6A 1BEUA 1LYXA 1TJPA 3H53A 2WSYA 3M5VA 1VH7A 4XQ6A 2PURA 1ME7A 4BK9A 4UTTC 3QEZA 5F4SA 4NU7A 4NX5A 1JR1A 3GKAA 4LRSA 2PE4A 4UFHA 2W79A 2AQWA 3JRKA 4FIRA 3L67A 1I2PA 2FPTA 3DFPA 5AHIA 5SWUA 3W7CA 2UV8G 5F2GA 4JIPA 2Y89A 4CQ8A 1RD5A 3O07A 3E9AA 2WSRA 1B9BA 2V5LA 3N34A 1TREA 1SSDA 1X1ZA 3HPSA 3AO0A 5D09A 4AWSA 3BG9A 5F4XA 4Z1DA 3TROA 4IXHA 1SO4A 3HF3A 4K8HA 2GQAA 1R47A 3HO8A 5C55A 3HG3A 4JTTA 4MJMA 4FXSA 1GG0A 4W9TA 1EUAA 3PAJA 4UFMA 4N2YA 2QR6A 1TIMA 1YXYA 2BSLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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