5EFDA

Crystal structure of a surface pocket creating mutant (w6a) of an alkali thermostable gh10 xylanase from bacillus sp. ng-27
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
354
structure length
354
Chain Sequence
VQPFAAQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a surface pocket creating mutant (W6A) of an alkali thermostable GH10 xylanase from Bacillus sp. NG-27
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. ng-27
molecule keywords Beta-xylanase
total genus 144
structure length 354
sequence length 354
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2015-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5efdA00
1Q6GA 4MDPA 4PMZA 3AI0A 3D5HA 5I5RA 1ODZA 1R85A 3CGTA 4P7OA 4HU0A 7CGTA 3VPLA 2NT0A 2YJQA 1O7AA 4PUEA 1TUXA 4ZXLA 4CD7A 2V3FA 1XD0A 2TAAA 3BC9A 3MS8A 1KXQA 3WNOA 4UQEA 5AY7A 4C7FA 3TTQA 1GOKA 2J79A 5GNYA 2QMKA 5M5DA 3OZPA 3VGEA 4TVDA 1RPKA 1MQRA 3EDJA 3AMLA 9CGTA 4UCFA 3W81A 3ZIZA 2JALA 3OLIA 2WVUA 2FHFA 3VDCA 3VIHA 1E6PA 2D23A 3MMUA 3BMVA 2O92A 2J77A 1JFXA 1M7XA 2GJRA 4W7VA 3N9KA 4URIA 3SUUA 3FW6A 4PSRA 4UQ9A 1UA3A 2PWEA 1C8XA 4AZ7A 1OCQA 3EDKA 3L4VA 1OD0A 4M81A 4UFLA 1MW1A 1QNOA 5HNNA 5FKYA 3ZO9A 2X05A 4AEEA 1R7AA 4A3YA 6TAAA 1YQ2A 3PZTA 1TA3A 4PMXA 3SIMA 1JG9A 1UR1A 1EOKA 1G94A 1UG6A 4PCTA 5JBDA 4TVUA 4PTMA 4PTXA 1HP5A 4MTVA 3N1AA 4ATWA 5CPQA 3ZR6A 1MYRA 4MB4A 3VM7A 4D1IA 4P7RA 1HVXA 1HJVA 1KBKA 1UKTA 3FXYA 1UD3A 3ZT5A 1GJWA 1J0HA 4JL2A 2PWDA 3JUGA 1V6YA 3CO4A 5CGMA 4CU6A 3BXWA 3BAKA 1W1TA 2ZIDA 5HOSA 4GZIA 1CENA 4XV0A 3PZQA 3HN3A 3K8KA 1UYQA 2WBKA 3BSGA 1G1YA 4WKFA 1DWAM 4UFJA 1J9YA 2BXYA 5M3WA 5HXMA 5BRPA 2UY2A 2VZSA 3VDAA 1WDSA 1D3CA 3VMNA 3CHCA 4D1JA 3ARXA 3A3HA 4AMCA 4J3UA 3W4RA 4J3SA 3WDIA 1KR1A 2G3IA 1UUQA 3ZQ9A 1E6RA 1GORA 3TP4A 5A6SA 3L2LA 1W2VA 1GQJA 2BS9A 4H2CA 4PTWA 5A2BA 2DPEA 3IJ7A 1UR8A 1CECA 3IANA 5A1AA 4AZIA 3AROA 4UFKA 5TD4A 4WK9A 3WQ5A 1BGAA 3ZSTA 4GI6A 1PZ2A 2ZX5A 4U33A 1B9ZA 4QDMA 5JBEA 1JDDA 1UKQA 4W88A 4UFHA 3CUFA 1Q6CA 4OBRA 4ZEPA 1XSIA 1JF5A 2CKRA 1I1XA 3ARUA 3F5KA 1JD9A 1E3ZA 3SCTA 4UTFA 3VMOA 5EB8A 4RE4A 1VENA 1CGVA 2QV4A 3WF4A 4S3KA 3B9EA 5ECUA 2VJXA 3MMDA 1W9DM 4Q22A 2GDUA 3NIYA 1R87A 4MNLA 1QW8A 4MB5A 1G5AA 1PIFA 1QBAA 2FGLA 4ATLA 3VIFA 1H5VA 4FK9A 2GJXA 1V02E 4NF7A 5A8PA 4ZE5A 5JBFA 1JXKA 1CNVA 2IXUA 1NM9A 2XSBA 3CIVA 1U33A 1HKKA 2XSAA 4AZHA 3K8LA 4TX6A 3RJYA 2CEQA 1WZMA 1MXDA 5ABEA 2E9BA 2GSJA 1HL8A 1UKSA 3CHDA 2WMIB 1E1FA 4XUYA 3A4WA 2WZHA 4J3WA 4M56A 2DT3A 1E72M 1DTUA 3K4AA 4QLJA 4TVCA 4DWSC 4MNMA 4ZENA 4EK7A 4KRTA 3OZOA 1UWUA 3VMPA 2QPSA 2GUYA 2O9TA 3WUFA 2ZUSA 3CBWA 3WD1A 3AIWA 2CYGA 4JL1A 4U3AA 4D6GA 1UR4A 3WD0A 5A8QA 5CPSA 3AIBA 1MFVA 2VI0A 2VMFA 1DWGM 3LPOA 5I79A 3AZSA 1D2KA 3I3BA 1XC6A 1TG7A 1K9DA 1B1YA 3OG2A 1W9PA 4PRWA 3LMYA 4GZJA 1CBGA 1VAHA 1OWQA 2WYSA 1CPUA 4F8XA 3ARWA 4FLOA 2NSXA 1XH2A 2WCAA 2XFRA 2EPMX 3NYDA 1J0IA 3ARVA 1H1NA 1BVNP 3UCQA 4W84A 4JFUA 4AY1A 2YA1A 4M80A 4MPKA 3VIPA 4WSKA 3BLPX 1EHNA 1QI5A 1AQHA 1UR9A 2Q8XA 2DT2A 3GYCA 3PZIA 2WNWA 1NP0A 3CMJA 4M29A 4PEEA 4UQBA 4W8AA 5EBAA 2VR5A 3WUBA 5A6KA 3MANA 4R5EA 4IUGA 4JKMA 2BY1A 1EDTA 1BLIA 4AZGA 1MW2A 4GO8A 1UZ1A 2WAGA 3PHAA 1UOKA 4X0NA 3T0DA 3POCA 1HJSA 4QFUA 5HPOA 1FFRA 2D22A 1CGXA 1E43A 4UQDA 4JKKA 1KXTA 5E70A 1CYGA 5GPRA 7TAAA 1XCXA 3GH4A 2ESCA 3AXIA 4ATDA 3SUSA 4QLLA 3KWXA 1PPIA 4NRRA 1ISXA 2YOCA 4BF7A 3MV11 2DIEA 5LYRA 4AD4A 3N04A 1RP8A 2X2YA 3AHTA 3WELA 1QHPA 4KH2A 3WQ4A 4HA1A 5BRQA 2DGAA 3UG4A 3W6MA 1VF8A 2DSVA 3QOKA 3UETA 3BAIA 1PX4A 5A6LA 1OM0A 4F9JA 3M07A 2WHLA 3KZSA 1GNXA 3PZGA 3M6DA 4AD2A 3THDA 1U30A 5A8MA 1PEZA 5I2UA 3T08A 1TMQA 1OT2A 3T2QA 3O2LA 3EDDA 1KXVA 3AHVA 2XVNA 3NSMA 3J7HA 3PTMA 1HKJA 1EGZA 1LG1A 3DECA 2OYLA 4JHZA 2E9MA 2YL8A 3G6MA 1C7SA 3EYPA 3T0AA 2CBIA 2QHAA 1HJWA 4OKDA 5E6YA 4PMVA 3UESA 2DDXA 1KCLA 2W63A 1GCYA 1K9EA 5AC5A 1BG9A 3WKZA 4XZWA 1TA3B 3WNKA 4LPCA 1W9BM 4V27A 1V03A 4FLSA 1KWGA 1QW9A 1UA7A 2VRKA 4M8UA 1UHVA 4OOUA 4V2XA 4NRSA 1MQPA 1NH6A 3PZMA 2XM2A 3ZMRA 1WE5A 3VIGA 3ARQA 3DYPA 3VD3A 2CIPA 3TTSA 1E3XA 1GOOA 1I1WA 1ZBKA 2E3ZA 4J3TA 2F61A 1CGWA 1J18A 3BGAA 1GHSA 4C7DA 3NDYA 3GZAA 2G3MA 2PI6A 2AOSA 4Z2JA 3AIVA 1E0XA 4HPHA 4PUDA 4H04A 1UH2A 1KQYA 5I23A 5D9MA 2E9LA 5D9OA 3WBEA 1VEPA 1E4IA 1VFUA 4HMDA 3ZT6A 5AYIA 3SEPA 3W26A 4YHGA 4A3HA 2JIWA 2CETA 2QPUA 2DEPA 1UWTA 1LL6A 2YDQA 2VVSA 3QHMA 4TX8A 1HNYA 1JI2A 4WSJA 2ZUWA 1ZJAA 1JNDA 4HZ6A 4MNJA 1E70M 1HL9A 2D24A 1OSEA 4KGLA 1FH8A 1DHKA 2YLAA 2D0HA 4HU8A 3MO4A 2WANA 3HMCA 3OLEA 1AMYA 2CKSA 3T2OA 3AXHA 1US2A 2DSUA 4W7WA 1JZ2A 4PBGA 1Q4NX 1M03A 2D0FA 4CD4A 1E73M 2YL9A 4WJXA 2WC3A 3I3EA 4W86A 2WHMA 4AW7A 1H49A 5E0CA 1GZJA 2J7FA 1J0YA 3WMSA 4K68A 4W93A 1JL8A 1ISYA 3BCFA 1JZ8A 2YA2A 3VGDA 1CXEA 3F4VA 1X1NA 4MB1A 3ZJ7A 2XVLA 4CKQA 4IM4A 1VB9A 1VRXA 3A47A 1LQ0A 1JZ4A 1RH9A 2VO5A 1NARA 5EFDA 3NSNA 4MADA 2NT1A 1LG2A 1OGSA 3QR3A 2WKGA 2GJXB 3AISA 3AQUA 1E4NA 5CXPA 1CWYA 4LYRA 2WVVA 1BPLB 2ZE0A 4NI3A 2YBTA 3CUGA 2E8YA 5CJ5A 1W3JA 1LJYA 2JIEA 3VGFA 3TTOA 4D6FA 2XUCA 6CGTA 1UR0A 3CZGA 3ZJ6A 4YPJA 2J25A 5DMYA 1EOMA 2WK2A 1FH7A 2XGIA 2A3EA 3GXFA 3WL1A 3UR8A 2VVNA 4H8UA 3WD3A 2AAAA 4ZFMA 1JI1A 2HISA 3CZ8A 3CUHA 5DEZA 1VFFA 4E8DA 2W92A 2O9PA 4D71A 5ABFA 2WCSA 3WQWA 2PB1A 4B3KA 2EXOA 3FY1A 4TOQA 5BWFA 1US3A 3ZT7A 1R86A 5BXRA 2WPGA 4OBSA 1NOFA 1XGZA 2CBUA 3IJ8A 1FH9A 1B90A 4M82A 1E71M 3VIOA 1VEOA 4LX4A 4J27A 4X9YA 5E0FA 1V3HA 3KL0A 4U5KA 2XVGA 1E1EA 4TUFA 2MANA 1W3KA 4WIWA 4P7QA 3RM9A 4GI9A 1G9HA 2JEPA 1TR1A 1AQMA 3ALFA 2WM0A 3WDPP 4D6CA 3AMKA 4EE9A 6A3HA 1P6WA 4H8HA 1CEOA 4CN4A 2WWDA 3WEOA 4E2OA 4UOJA 1W2PA 5DF0A 3F5JA 3AS1A 3BLKA 1CXHA 4M24A 5FD0A 1C90A 1MW3A 1MWOA 3OGVA 2BNJA 3APGA 5I24A 5IHSA 1DP0A 1WZKA 2V5CA 2WVSA 3CH9A 4ACZA 1GOQA 2O9OA 3MU7A 1GW1A 2A3HA 4JFWA 4WLCA 1N82A 3WNMA 2J7BA 2GFTA 3RM4A 5DFAA 3W0KA 1TCMA 2VR4A 2YDSA 2JE8A 3L4YA 1J0ZA 1BFNA 2CERA 3BAJA 3MV01 1V3MA 4D6EA 1J0JA 1VIWA 5CZKA 4QCFA 3WDHA 1L0PA 2A3CA 4DUWA 2YKKA 1UH4A 3WFZA 1LWHA 2WBGA 4XZBA 4AD3A 3GNPA 4HMCA 3WD2A 3U57A 1HIZA 2F8QA 3CZJA 3WH7A 1W3LA 4HOXA 4GPNA 3VVGA 3WH6A 2WB5A 1KGUA 2XWEA 3VILA 4DM1A 2GVYA 2D1ZA 2EPLX 4Z2GA 3FNDA 3VNZA 4JAWA 2WSKA 2D2OA 4CUCA 1GHRA 1SR0A 3VX1A 4J3VA 2VZTA 1QHOA 1F4AA 4CN1A 2XVPA 3VTRA 3VD7A 2X8RA 1J11A 4F66A 2FH8A 1Z32X 1UD4A 5BCAA 1O6IA 1JAKA 4AZCA 1V0NA 3LPPA 1XH0A 3WH9A 5JUVA 1B3VA 3IK2A 2VCCA 3N17A 1E0WA 2E40A 4OJYA 1BHGA 4PCSA 3AS3A 5DT5A 2VUYA 2E0PA 1CXIA 5A94A 4DM2A 3AS2A 3L4ZA 3MKKA 1WCGA 3CZKA 3WMBA 1XYZA 3CMGA 1E6SM 3RMEA 1UH3A 2DT1A 4N0RA 2ZX8A 2J74A 1MW0A 4LYQA 2X0YA 4JKLA 2QLYA 4HOWA 1B3YA 3WEZA 1ESWA 1H4PA 2F2HA 1U2YA 4DUVA 1JDAA 3EDEA 1ISWA 1V6XA 1HKIA 1BYDA 1X6NA 4CCDA 1EIBA 4U3CA 4MB3A 3AHXA 3LPGA 4OZOA 1IZJA 3UEQA 3VKKA 1UD8A 3W53A 4TXEA 1WDQA 4UQCA 3OBAA 1HF6A 3WBAA 2AMGA 3WMCA 4AZBA 3DHPA 2FH6A 1UQYA 3FAWA 4FLQA 3SCUA 4GZEA 4H8VA 5ABGA 3WFLA 1J01A 1EQCA 1UQZA 3SUTA 1TE1A 3CUJA 1EDGA 4P7NA 1HJUA 3BCDA 1E9LA 3ZM8A 5C70A 1BVZA 3GBEA 4JFSA 3W28A 3WF2A 4AXNA 4CGTA 2WXDM 4CU8A 2YA0A 3BH4A 3UR7A 3GNRA 8A3HA 1NWSA 5I3DA 1GPFA 2VC9A 2W61A 3W25A 3W37A 4B3LA 3SCNA 5A6JA 3EMZA 1B3ZA 4B15A 3VGBA 4WKHA 3W82A 4PMQA 5A6BD 3EDFA 4AEFA 3FN9A 4CD8A 4AZ5A 1JZ5A 5CG0A 1Q6FA 1IZKA 3A4XA 3WF3A 4DWSD 1OBAA 4Q7NA 2XFFA 3VINA 4UFIA 4EANA 3WDRA 3WH5A 5IHRA 1WDRA 3A6OA 1KCKA 4UNIA 1J12A 5CQ1A 2OWXA 2W66A 4J28A 1HKMA 2BHZA 1WDPA 1E55A 1DEDA 4W8LA 4FMVA 3WD4A 4KWUA 1EHAA 1E4LA 1KXHA 1EQPA 5CPTA 1V6VA 2WZEA 1UKPA 2C7FA 1A3HA 3VIKA 3OB8A 1ZS2A 2Y4SA 3KE0A 1H2JA 4PMRA 4WKAA 3VIIA 2VX6A 2W62A 3VD9A 3EBVA 4U2ZA 2WMFA 3N11A 1B2YA 3GNOA 2XM1A 4D6HA 4GI8A 3W38A 3LPFA 4HZ7A 1FA2A 3AYRA 4QAWA 3EMCA 2WVVB 2G3NA 2G4FA 3U5UA 1SYTA 3ZSSA 1GONA 2W67A 1VEMA 2Y2WA 4Z2LA 2GDVA 1G0CA 1C8YA 2VTFA 2ZUTA 2JF7A 1H11A 4CVUA 1HVQA 2XVKA 3VD5A 2PF0A 1V0KA 1BF2A 3CPUA 1BAGA 2GK1A 3ZJKA 3G6LA 2WVTA 2XIBA 3WIJA 3SCVA 3SCRA 3S2CA 1BGGA 1R7OA 3L4XA 1JXJA 2X1IA 3AMGA 1ISVA 2D0GA 3VO0A 1F4HA 3RPMA 2J7CA 1ITCA 4GXPA 1V6WA 1HN1A 5ABFB 2BFGA 3AZRA 5GQBA 2CHOA 3AHYA 3UERA 1G01A 2PWGA 2BVYA 1CXLA 2QMJA 1FP9A 2WWCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q6G A;  4MDP A;  4PMZ A;  3AI0 A;  3D5H A;  5I5R A;  1ODZ A;  1R85 A;  3CGT A;  4P7O A;  4HU0 A;  7CGT A;  3VPL A;  2NT0 A;  2YJQ A;  1O7A A;  4PUE A;  1TUX A;  4ZXL A;  4CD7 A;  2V3F A;  1XD0 A;  2TAA A;  3BC9 A;  3MS8 A;  1KXQ A;  3WNO A;  4UQE A;  5AY7 A;  4C7F A;  3TTQ A;  1GOK A;  2J79 A;  5GNY A;  2QMK A;  5M5D A;  3OZP A;  3VGE A;  4TVD A;  1RPK A;  1MQR A;  3EDJ A;  3AML A;  9CGT A;  4UCF A;  3W81 A;  3ZIZ A;  2JAL A;  3OLI A;  2WVU A;  2FHF A;  3VDC A;  3VIH A;  1E6P A;  2D23 A;  3MMU A;  3BMV A;  2O92 A;  2J77 A;  1JFX A;  1M7X A;  2GJR A;  4W7V A;  3N9K A;  4URI A;  3SUU A;  3FW6 A;  4PSR A;  4UQ9 A;  1UA3 A;  2PWE A;  1C8X A;  4AZ7 A;  1OCQ A;  3EDK A;  3L4V A;  1OD0 A;  4M81 A;  4UFL A;  1MW1 A;  1QNO A;  5HNN A;  5FKY A;  3ZO9 A;  2X05 A;  4AEE A;  1R7A A;  4A3Y A;  6TAA A;  1YQ2 A;  3PZT A;  1TA3 A;  4PMX A;  3SIM A;  1JG9 A;  1UR1 A;  1EOK A;  1G94 A;  1UG6 A;  4PCT A;  5JBD A;  4TVU A;  4PTM A;  4PTX A;  1HP5 A;  4MTV A;  3N1A A;  4ATW A;  5CPQ A;  3ZR6 A;  1MYR A;  4MB4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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